12/6/2017

Analisa DNA
Forensik

Pembahasan
 Apa itu DNA?
 Dimana DNA dalam tubuh?

 Bagaimana DNA membedakan

individu2?
 Analisa DNA Forensik
 DNA dan Statistik
2

1
 12/6/2017

Apa itu DNA?

DNA
Deoxyribose Nucleic Acid or Deoxyribonucleic Acid
Polimer dari asam nukleat /nukleotida A, T, G, C
DNA mengandung informasi genetik
Fungsi: mengkode protein-protein tubuh

2
 12/6/2017

DNA is a code for making proteins

AGC TAG CTT ATA CTC TAT CTC TTT

Amino Amino Amino Amino Amino Amino

Acid Acid Acid Acid Acid Acid

Urutan asam amino menentukan tipe

protein apa yang dibuat.

Peran protein dalam tubuh :

 Protein transport, Contoh: Hemoglobin (transport
oksigen dari paru-paru ke sel-sel)
 Nutrien, Contoh: Ovalbumin (telur), kasein (protein susu)
 Gerak mekanis (fungsi otot), Contoh: actin dan myosin
 Struktural, Contoh: rambut, kolagen
 Pertahanan, Contoh: antibodi
 Regulator, Insulin - hormon
 enzim - Katalis reaksi-reaksi dalam tubuh, seperti reaksi
padi jalur metabolisme gula menjadi energi

DNA juga menentukan berapa banyak sel

harus membuat masing-masing protein ini.
6

3
 12/6/2017

Struktur DNA
Polimer dari monomer nukleotida → A, T, G, C

Apa itu nukleotida?

Adenine
Cytosine
Basa Guanine
Gugus Fosfat
Thymine

Gula
Deoksiribosa
7

4 Basa DNA

A C
Adenine Cytosine

G T
Guanine Thymine

4
 12/6/2017

4 Basa DNA

A C

G T

Polimer DNA
Basa berpasangan →
Ikatan Hidrogen

A pairs with T

G pairs with C

Antar Nukleotida →
Ikatan Fosfodiester
Untai ganda, Anti paralel 5’  3’

5
 12/6/2017

Bentuk DNA = Double Helix

Tulang punggung
Gula Fosfat

Basa
Nitrogen

11

Penulisan DNA?
DNA ditulis sebagai urutan basa-basa:

5'-AAGTCGATCGATCATCGATCATACGT-3'

• Hanya salah satu untai saja yang ditulis

• terdapat tiga milyar (3.000.000.000) pasang basa
(huruf) dalam DNA manusia, dalam setiap sel.

12

6
 12/6/2017

Diantara manusia, kebanyakan dari 3 milyar

basa dalam urutan DNA adalah sama persis.

• 99.8% DNA manusia mirip satu sama lain, tetapi

perbedaan 0.2% saja sudah lebih dari cukup
untuk membedakan manusia satu dengan
lainnya.
• DNA manusia bahkan 98% mirip/serupa dengan
simpanse.
• NO TWO PEOPLE HAVE IDENTICAL DNA*
*except identical twins

13

Fakta menarik:
 Iftwo different people started reciting their
individual genetic code at a rate of one letter
per second, it would take almost eight and a
half minutes before they reached a difference.
 Ifunwound and tied together, the strands of
DNA in one cell would stretch almost six feet
but would be only 50th trillionths of an inch
wide.
 If all the DNA in your body was put end to end,
it would reach to the sun and back over 600
times (100 trillion x six feet divided by 92
million miles).
14

7
 12/6/2017

Dimana DNA dalam

tubuh??

15

Dimana DNA dalam tubuh??

DNA berada di dalam sel pada tubuh kita.

Nucleus/
Inti sel
(Brain of the cell)

Mitochondria
*CpDNA pada tanaman (organel)
16

8
 12/6/2017

Setiap sel dalam tubuh

mengandung kopi DNA yang sama

Beberapa sel yang penting untuk forensik :

Sel Darah Putih Sel Sperma Sel epitel

dinding mulut17

DNA inti dikemas ke dalam Kromosom

18

9
 12/6/2017

Kromosom visible pada saat sebelum mitosis (sel

fase S,seperti huruf x karena sudah replikasi), pada
waktu-waktu lain kromosom dalam keadaan coil
yang longgar sehingga tidak mudah dilihat.

2 kromatid identik
(setelah replikasi, sebelum mitosis) 19

Spesies Jumlah
Kromosom
species berbeda  jumlah
Fruit Fly 8 kromosom berbeda
Human 46 Manusia memiliki 23
Rye (Roggen) 14 pasang kromosom di
Ape 48
dalam nucleus dari setiap
Guinea Pig 16
sel tubuh  jadi total 46
Sheep 54
Dove (Taube) 16
Chicken 78
Earthworm 32
Carp (Karpfen) 104
Pig 40
Butterflies ~380
Wheat 42
Fern (Farn) ~1200

10
 12/6/2017

Kromosom ditemukan berpasangan

 Pasangan Homolog
 memiliki gen yang
sama pada posisi
yang sama.
 satu dari ayah dan
satu dari Ibu
 Kecuali kromosom di
gamet (sel haploid)
untuk reproduksi

46 kromosom / sel.
(23 pasang) 21
Diploid

 Sel dengan kromosom berpasangan  sel diploid.

 Setiap sel di dalam tubuh diploid kecuali gamet.
 Gamet hanya memiliki satu kromosom dari setiap pasangan
homolog  disebut sel haploid
contoh: sel sperma, sel telur, putik, serbuk sari

Tanaman poliploid :
 Triploid: banana, apple,
ginger.
 Tetraploid: macaroni
wheat, maize, cotton, potato,
cabbage, leek, tobacco,
peanut, kinnow, Pelargonium.
 Hexaploid: bread wheat,
chrysanthemum, oat.

11
 12/6/2017

 23 pasang kromosom terdiri dari:

 Autosom pasangan kromosom 1 – 22, tidak
menentukan jenis kelamin.
 Kromosom sex pasangan ke-23, menentukan
jenis kelamin manusia.
 Male  pasanan ke-23 terdiri dari satu kromosom X (besar)
dan satu kromosom Y (kecil).
Female  dua kromosom X (besar)
 Jika seorang pria memproduksi sel sperma (by meiosis) 
50% dari sel-sel spermanya membawa kromosom X (selain
22 kromosom lainnya), dan 50% lainnya membawa
kromosom Y.
 Sel telur dari seorang wanita akan selalu membawa satu
kromosom X (selain 22 kromosom lain).

12
 12/6/2017

Mendelian Inheritance

Genetic variation
25

Meiosis I
Interphase
mitosis
Male
body
cell

Male
zygote

Sel sperma
Meiosis II

Sel telur 26
fertilization
Distribusi kromosom dalam siklus mitosis & meiosis pada sel sperma manusia

13
 12/6/2017

crossing over
mother cell

(2cx2= 4c, 2n)

(2c, 2n) (4c, 2n)
replikasi

(4c, 2n)

(c, n)
(c, n)
(c, n)
(c, n)

(2c, n+2c, n)
(c, n+c, n)
(c, n+c, n) 27
2(2c, n)
1 sel diploid membelah menjadi 4 sel haploid (4 genetically different cells).

meiosis

Crossing over Double crossing over

 Selama interphase:
 kromosom menduplikasi / replikasi
 Kromosom-kromosom homolog saling bertukar informasi
genetik (chromosomal crossover = homologous
recombination) sebelum pembelahan pertama (meiosis I).

VIDEO
28

14
 12/6/2017

meiosis

Crossing over Double crossing over

 Setiap “Daughter Nuclei II” menerima satu kombinasi set
haploid random yang diturunkan dari 23 pasang
kromosom.
 223 kombinasi yang berbeda dihasilkan dari meiosis.
 After union with opposite gametes (fertilization)  223 x
223 ~ 70 trillion possible combination
29

Terminologi

30

15
 12/6/2017

 Genom : informasi genetik total yang terkandung

dalam suatu sel (= seluruh urutan DNA dari suatu
organisme).
 Genom bakteri E. coli  600,000 pb DNA
 Genom manusia dan tikus mengandung lebih dari 3
milyar pb.
 Gen : Unit DNA yang berperan dalam penurunan
sifat (membawa informasi)
 satu gen dikode oleh beberapa ribu hingga 10 ribu pb
 HGP  jumlah gen pengkode protein pada manusia
kurang dari 30.000 (~ 5% dari genom manusia)
 Gen terdiri dari exon (bagian mengkode protein) dan
intron (bagian yang mengetengahi, berada diantara
exon).
31

 Marker : bagian DNA yang dapat digunakan sebagai

penanda
 Polimorf  urutannya bervariasi (antar individu)
 Ditemukan di daerah non-coding  either between
gene or within gene (i.e. intron)
 alat identifikasi  jenis spesies atau sifat tertentu dari
organisme
 Berperan dalam studi forensik, biodiversiti, evolusi,
MAB (marker assisted breeding), GWAS.
 Locus (plural: Loci)  posisi atau lokasi suatu gen
atau marker dalam kromosom
 ribuan loci telah dikarakterisasi (mapped) pada
kromosom manusia o/ HGP
 setiap gen yang sama akan berada di posisi/locus yang
sama pada masing2 kromosom dari pasangan homolog.32

16
 12/6/2017

 Alleles : alternative possibilities (kemungkinan

alternatif/varian) untuk suatu gen/marker atau locus
gen/marker
 Homozygot  pada satu locus setiap kromosom pada
pasangan homolog memiliki 2 allel yang identik.
 Heterozygot  pada satu locus masing2 kromosom
homolog memiliki 2 allel yang berbeda
 alat identifikasi  jika satu locus memiliki allel (varian)
yang banyak, yang perbedaannya dapat dideteksi.
 Genotype (genotyping) : karakterisasi allel2 yang
eksis pada satu locus genetik/marker.
 Jika eksis 2 allel pada satu locus, A dan a, maka ada 3
genotype yang mungkin*  AA, Aa dan aa
 AA dan aa  homozygot ; Aa  heterozygot.
33

 DNA Profile : kombinasi genotype2 yang diperoleh

dari banyak loci (multiple loci)
 DNA profiling / DNA typing : proses untuk
menentukan genotype2 yang ada pada lokasi2
spesifik sepanjang molekul DNA.

34

17
 12/6/2017

Bagaimana DNA
membedakan individu?

35

Bagaimana DNA berbeda antar manusia?

DNA disusun dari 4 huruf yang mungkin

A G C T

Dari 3 milyar huruf, 99.8% urutan pada

semua manusia identik.

There are several ways the sequence can be different.

36

18
 12/6/2017

Ada beberapa cara, urutan menjadi

berbeda?

1. satu buah basa (huruf) yang berbeda.

Person 1 AGCTAGATCGTTATTCCGAG
Person 2 AGCTAGATCGTCATTCCGAG

37

2. satu atau lebih basa bertambah atau

berkurang.

Person 1 AGCTAGATCGTTATTCCGAG
Person 2 AGCTAGATCGTATTCCGAG
Person 3 AGCTAGATCGTTTATTCCGAG
Person 4 AGCTCCGAG

38

19
 12/6/2017

Person 1 AGCTAGATCGTTATTCCGAG
Person 2 AGCTAGATCGTATTCCGAG
Person 3 AGCTAGATCGTTTATTCCGAG
Person 4 AGCTCCGAG

39

3. Daerah tertentu DNA dapat mengalami

pengulangan (repeatation) dengan jumlah
pengulangan yang berbeda-beda
Person 1 ..GCCAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTTTCAT..
1 2 3 4 5 6
Person 2 ..GCCAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTTTCAT..
1 2 3 4 5
Person 3 ..GCCAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTT..
1 2 3 4 5 6 7

40

20
 12/6/2017

Nomenklatur

41

Marker di luar gen

21
 12/6/2017

Marker di dalam gen (intron)

 Ditulis inisial nama gen dan posisi intron dalam gen
tersebu
marker TH01  human tyrosine hydroxylase gene
located on chromosome 11. The ‘01’ = the repeat region
in question is located within intron 1of the tyrosine
hydroxylase gene.
 = HUMTH01 ( FROM HUMAN)

 The short arm of a chromosome is designated as ‘p’ while the long

arm is referred to as ‘q’. The band nomenclature refers to physical
staining with a Giemsa dye (G- anded). Band localization is
determined by G-banding the image of a metaphase spread during
cell division. Bands are numbered outward from the centromere with
the largest values near the telomeres.

22
 12/6/2017

NOMENKLATUR
 12p1= band 1 on the short arm (p) of chromosome
12.
 If additional sub-bands are seen as techniques are
developed to improve resolution, then these are
renamed p11.1, p11.11, etc
 2p23-pter or somewhere between band 23 and the
terminus of the short arm on chromosome 2

Analisa DNA
Forensik

46

23
 12/6/2017

Chromosomal DNA Markers :

 Human Genome Project suggest :
 95% of nuclear genome = non-coding sequences
 5% are made up of protein-coding genes
 Non-coding sequences : reveal individual variability 
interesting for identification purposes.
 Alec Jeffreys (and Co.), 1980s :
 Total human DNA digested by enzymes
 Reveals random patterns for different individuals
 The pattern  unique to each individual
 The term genetic fingerprint  RFLP-based Tech.
 Need large amount of DNA  disadvantages to
degraded forensic evidence material. 47

 Penemuan polymorphic tandem repeat structures

 length polymorphism  Variasi jumlah pengulangan urutan
basa
 PCR-based tech.  suitable for the purpose of typing small
amounts of degraded DNA.
 Minisatellite, VNTRs (Variable number of tandem repeats)
 about 20-70 bp long sequences, tandemly repeated
(between 70- 450 times) in a head-to-tail fashion at a
specific chromosomal locus.
 Microsatellite, STRs (Short tandem repeats)
 Short length of repeated core unit  only 2-6 bp
 PCR products about 100-300 bp  better suited for genetic
typing of forensic evidence material (degraded DNA).
48

24
 12/6/2017

Chromosomal DNA Markers: tandem repeat

Length
polymorphism 49

Chromosomal DNA Markers: tandem repeat

Keunikkan tandem repeats :
 Setiap orang memiliki urutan tandem repeats tertentu
 Probabilitas 2 orang yang tidak saling bersaudara
memiliki tandem repeats yang sama adalah 1/1015
 Beberapa kemiripan urutan tandem repeats dijumpai
dalam individu terkait (bersaudara)

DNA fingerprinting
 Teknologi yang menggunakan/memanfaatkan urutan
tandem repeats untuk mengidentifikasi suatu individu.
 Synonym : STR typing, STR profiling, genetic
fingerprinting, DNA profiling, genetic profiling.

50

25
 12/6/2017

Chromosomal DNA Markers: tandem repeat

DNA fingerprinting based on tandem repeats

51

DNA fingerprinting based on tandem repeats

Single-plex  locus tunggal ; Multi-plex  locus banyak (multiple loci)

PCR Amplification

Different
colour of
Restriction each loci
enzymes

Gel Electrophoresis 52

26
 12/6/2017

RFLP Restriction enzymes,

enzymes that cut a DNA
molecule at a particular
place/sequence, usually
of 4 to 6 nucleotides.

53

27
 12/6/2017

Related individuals

 Urutan tandem repeats diwarisi

dari satu generasi ke generasi
melalui komplementasi suatu
gen
 S2 (anak yang diadopsi / anak
non-biologis dari IBU dan
AYAH) tidak boleh mewarisi
pola apapun dari IBU dan
AYAH.
 Sementara D1, D2, S1 (semua
anak-anak biologis dari IBU
dan AYAH), DNA mereka
menunjukkan pola yang
serupa dengan IBU atau
AYAH

PERBANDINGAN RFLP - STR

28
 12/6/2017

Short Tandem Repeats (STRs)

 Currently the most used of all forensic markers

 Individual identification possible
 Type of data used in the FBI CODIS database
 People differ in length at these loci
 Are located in the nuclear DNA (chromosomes)

Forensic DNA Analysis

NOMENKLATUR
Locus: D5S818

Alleles: 7,9

Paternal chromosome 5
CCAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATCC
Maternal chromosome 5
CCAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATCC
58

29
 12/6/2017

Forensic DNA Analysis

13 loci used in CODIS

STR Marker Chr omosome Repeat Sequence Repeat units Other Alle le s
TPOX 2 AA TG 6 - 14
CS F1P O 5 AGA T 6 - 15 10.3
D5S 818 5 AGA T 7 -15
D7S 820 7 GATA 6 - 14
D8S 1179 8 TATC 8 - 19
D13S 317 13 TATC 7 - 15
D16S 539 16 GATA 5, 8 - 15

D3S 1358 3 TCTA * 9, 11- 20 15.2, 16.2

FGA 4 CTTT* 15 - 30 16.2 -30.2
22.3, 34.2, 46.2
TH01 11 AA TG* 3, 5 - 12 8.3, 9.3, 10.3, 13.3
VW A 12 TCTA * 11 - 22 15.2
D18S 51 18 AGA A* 8 - 27 13.2, 14.2, 15.2
17.2, 19.2
D21S 11 21 TCTA * 24 - 38 24.2 - 35.2
59

Forensic DNA Analysis

13 loci used in CODIS

60

30
 12/6/2017

ABI 310 Genetic Analyzer

Separates Amplified DNA

Capilary Electrophoresis 61

62

31
 12/6/2017

Forensic DNA Analysis

Capillary Electrophoresis
Sample will have one or two peaks at each loci.

63

Forensic DNA Analysis

Compare to a ladder that has all peaks at each loci.

64

32
 12/6/2017

Forensic DNA Analysis

65

Forensic DNA Analysis

Chromosomal DNA Markers :
Example
TPOX CSF1PO D5S818 D8S1179

Blood stain 7,9 10,13 7,15 8,8

Suspect 1 8,9 10,10 9,10 11,12
Suspect 2 10,11 9,13 8,14 9,12
Suspect 3 7,9 10,13 7,15 8,8

66

33
 12/6/2017

Comparison of the DNAprofiles for two individualsobtained with multipleshort

tandem repeat markers.STR length variationat unique sites on 10
differentchromosomes areprobed with this DNA testto provide a random
matchprobability of approximately1 in 3 trillion.

34