Journal Reading

Effectiveness of Rapid Multiplex Polymerase Chain Reaction for Early

Diagnosis and Treatment of Pertussis

Disusun Oleh:

Rischa Miyananda

2111901041

Pembimbing:

dr. Faradilah Halusia, Sp.A

KEPANITERAAN KLINIK SENIOR ILMU KESEHATAN ANAK

FAKULTAS KEDOKTERAN UNIVERSITAS ABDURRAB
RUMAH SAKIT UMUM DAERAH BANGKINANG
2021
 KATA PENGANTAR

Puji dan syukur kehadirat Tuhan Yang Maha Kuasa atas segala rahmat yang
diberikan-Nya sehingga penulis dapat menyelesaikan journal reading yang berjudul
“Effectiveness of Rapid Multiplex Polymerase Chain Reaction for Early Diagnosis
and Treatment of Pertussis”. Journal reading ini dibuat sebagai persyaratan untuk
mengikuti KKS pada ilmu kesehatan anak di RSUD Bangkinang.

Dalam kesempatan ini, penulis mengucapkan terimakasih kepada dr. Hj.

Faradilah Halusia, Sp.A dan segenap staff bagian ilmu kesehatan anak RSUD
Bangkinang atas bimbingan dan pertolongannya selama menjalani kepaniteraan
klinik bagian ilmu kesehatan anak. Penulis memohon maaf apabila terdapat banyak
kesalahan pada penulisan maupun penyusunan makalah. Kritik dan saran pembaca
yang dimaksud untuk mewujudkan kesempurnaan journal reading sangat kami hargai.
Demikian, semoga makalah ini dapat bermanfaat. Terimakasih

Bangkinang, Desember 2021

Penulis
Terjemahan Jurnal

Efektivitas Rapid Multiplex Polymerase Chain Reaction untuk Diagnosis Dini dan
Pengobatan Pertussis

Se Chang Oh a,#, Soo Min Park a,#, Jian Hur b, Eun Young Choi b, Hyun Jung Jin b, Yu
Kyung Kim c, Jong Ho Lee b, Ji Young Ahn e,**, Jae Min Lee e,*
a
College of Medicine, Yeungnam University, Daegu, South Korea
b
Department of Internal Medicine, Yeungnam University, Daegu, South Korea
c
Department of Clinical Pathology, School of Medicine, Kyungpook National
University, Daegu, South Korea
d
Department of Laboratory Medicine, College of Medicine, Yeungnam University,
Daegu, South Korea
e
Department of Pediatrics, College of Medicine, Yeungnam University, Daegu,
South Korea

Abstrak
Latar Belakang: Pertusis merupakan penyakit infeksi saluran pernafasan yang
disebabkan oleh Bordetella pertussis. Insiden pertusis telah meningkat di Korea
Selatan karena berkurangnya kekebalan yang diinduksi vaksin. Kultur memiliki
sensitivitas yang rendah dan waktu penyelesaian yang lama (Turnaround Time/TAT).
Baru-baru ini, rapid multi-polymerase chain reaction (mPCR) dengan TAT sekitar 1
jam dikembangkan untuk mendeteksi patogen pernapasan (17 virus dan tiga bakteri)
termasuk B. pertussis. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui efektivitas mPCR
untuk diagnosis dini dan pengobatan pertusis.
Metode: Kami melakukan penelitian retrospektif pada pasien dengan pertusis yang
didiagnosis dari Mei 2017 hingga Juni 2019 di sebuah rumah sakit universitas di
Korea Selatan. Spesimen swab nasofaring diuji menggunakan mPCR. Data diambil
dari rekam medis.
Hasil: Sebanyak 27 pasien dengan usia rata-rata 48,9 tahun (kisaran: 3,3-82.2 tahun)
didiagnosis dengan pertusis, 9 di antaranya (33,3%) adalah laki-laki. Sebelas (40,7%)
mengalami demam, 12 (44,4%) mengalami dispnea, tiga (11,1%) mengalami batuk
paroksismal, dan sembilan (33,3%) mengalami rejan inspirasi. Interval median dari
onset gejala hingga diagnosis adalah 9 hari (kisaran: 1-31 hari). Dua puluh empat
pasien (81,5%) didiagnosis dalam waktu 2 minggu dari onset gejala. Semua kecuali
satu pasien diberi resep antibiotik makrolida. Dua puluh dua pasien (81,5%)
memerlukan rawat inap, termasuk tiga (11,1%) yang membutuhkan perawatan unit
perawatan intensif untuk ventilasi.
Kesimpulan: Menguji pasien dengan gejala pernapasan menggunakan mPCR dapat
meningkatkan diagnosis awal pertusis, memastikan pengobatan yang tepat dan dapat
membantu pengendalian wabah.
Kata Kunci: Bordetella Pertusis, multi-polymerase chain reaction, pencegahan
Pendahuluan
Pertusis merupakan penyakit sangat menular yang menimbulkan gejala klinis
sangat luas dari yang ringan hingga mengancam jiwa dan dapat mengakibatkan
kematian bayi.1 Pertusis menyebar melalui droplet pernapasan dan dapat ditularkan
melalui batuk, bersin, atau bernapas dalam satu ruangan.2
Di Korea Selatan, pemerintah memperkenalkan vaksin difteri, tetanus, dan pertusis
aselular (DTaP) dalam Program Imunisasi Nasional (National Immunization
Program/NIP) pada tahun 1989. Insiden pertusis yang dilaporkan secara bertahap
menurun dari tahun 1955 hingga akhir 1990-an, diikuti oleh peningkatan baru-baru
ini dari awal 2000-an.3 Vaksinasi pertusis diberikan kepada bayi dalam tiga dosis
DTaP pada usia 2, 4, dan 6 bulan. Vaksinasi booster pertusis diberikan pada usia 15-
18 bulan dan pada usia 4-6 tahun dengan DTaP, dan pada usia 11-12 tahun dengan
vaksin tetanus, difteri, dan pertusis (Tdap). Cakupan vaksinasi DTaP Korea di antara
bayi di bawah usia 36 bulan adalah 96%-97% pada tahun 2017, 4 dan anggaran NIP
sekitar 250 juta dolar.5
Terlepas dari upaya ini, wabah pertusis terjadi kira-kira setiap 3 tahun di Korea
Selatan dan jumlah wabah telah meningkat baru-baru ini. 6 Oleh karena itu, terbukti
bahwa pertusis tidak dikendalikan secara memadai. Alasan untuk ini termasuk tidak
dilakukannya imunisasi pada remaja dan orang dewasa berusia 15 tahun pada waktu
yang tepat, dan di bawah diagnosis karena gejala atipikal pada remaja dan orang
dewasa.3,7 Dengan demikian, pasien tersebut adalah penyebab utama penularan dalam
keluarga mereka.
Diagnosis baku emas untuk pertusis adalah kultur. Namun demikian,
polymerase chain reaction (PCR) banyak digunakan karena kecepatan diagnosis dan
sensitivitas yang tinggi relatif terhadap kultur. Multiplex PCR (mPCR) sangat cepat
karena dapat mendeteksi patogen yang berbeda dengan satu tes. Oleh karena itu,
mPCR digunakan untuk diagnosis banyak penyakit menular termasuk penyakit
menular pernapasan,8-10 gastroenteritis menular,11 dan infeksi sistem saraf pusat seperti
meningitis dan ensefalitis.12 Penelitian ini dilakukan secara retrospektif untuk
mengetahui efektivitas mPCR untuk diagnosis dini dan pengobatan pertusis.

Metode
Populasi dan Sampel
Sebuah studi retrospektif dilakukan dengan menggunakan catatan 27 pasien yang
didiagnosis dengan pertusis dari Mei 2017 hingga Juni 2019 di Pusat Medis
Universitas Yeungnam. Swab nasofaring diperoleh dari semua pasien dan diuji
menggunakan mPCR. Data usia, jenis kelamin, gejala pada saat diagnosis, masuk,
rawat inap, isolasi, riwayat vaksinasi, riwayat medis masa lalu, dan penyakit penyerta
yang menunjukkan gejala, inisiasi pengobatan, durasi rawat inap, dan waktu
diagnosis diambil dari rekam medis pasien.

Multiplex Polymerase Chain Reaction

mPCR dilakukan dengan panel pernapasan FilmArray (FA-RP; BioFire Diagnostics,
Inc., Salt Lake City, UT, USA) menggunakan penganalisis BioFire FilmArray 2.0
sesuai dengan instruksi pabrik. FA-RP menggunakan kantong kedap udara sekali
pakai yang menyediakan bahan kimia yang dibutuhkan untuk mengisolasi,
memperkuat, dan mendeteksi asam nukleat dari berbagai patogen pernapasan dalam
satu sampel swab nasofaring. FA-RP adalah tes mPCR otomatis yang secara
bersamaan mendeteksi adenovirus, coronavirus (CoV)-229E, CoV-HKU1, CoV-
NL63, hCoV-OC43, human metapneumovirus, human rhinovirus/enterovirus,
influenza A, influenza A/H1N1 , influenza A/H1-2009, influenza A/H3N2, influenza
B, virus parainfluenza tipe 1-4, virus syncytial pernapasan, Bordetella pertussis,
Chlamydophila pneumoniae, dan Mycoplasma pneumonia. Dalam kasus dengan
koinfeksi, masing-masing infeksi oleh virus atau bakteri diakui sebagai positif.
Analisis Statistik
Analisis statistik dilakukan dengan menggunakan IBM SPSS versi 25.0 (IBM Corp.,
Armonk, NY, USA). Uji korelasi Pearson digunakan untuk menganalisis hubungan
antara usia dan durasi batuk. Nilai-P <0,05 dianggap signifikan secara statistik.

Hasil
Demografi dan Gejala Klinis
Dua puluh tujuh pasien, dengan usia rata-rata 48,9 tahun (kisaran: 3,3-82,2 tahun) dan
rasio pria dan wanita 1:2, didiagnosis dengan pertusis menggunakan mPCR (Tabel 1).
Ada delapan anak dan remaja (0-19,9 tahun) dan 17 orang dewasa (≥ 20 tahun).
Penyakit jantung adalah riwayat medis mendasar yang paling banyak dilaporkan,
dengan sembilan (33,3%) dan delapan (29,6%) pasien masing-masing melaporkan
hipertensi dan penyakit paru-paru kronis. Ekspektorasi dahak (63,0%), dispnea (n=
12; 44,4%) dan demam (n= 11; 40,7%) adalah gejala yang paling umum selain batuk.
Puncak kejadian pertusis terjadi pada bulan November dengan total tujuh kasus.
Ada tiga kasus di masing-masing Januari, Februari, dan Agustus (Gambar 1 (a)).
Berdasarkan pola musiman, kejadian pertusis tertinggi terjadi pada musim gugur
(September hingga November) dan terendah pada musim semi (Maret hingga Mei)
(Gambar 1 (b)).

Gambar 1. Tren bulanan dan musiman kejadian pertussis. (A) Tren bulanan kejadian
pertussis (B) Tren musiman kejadian pertussis. Musim semi (Maret hingga Mei), musim
panas (Juni hingga Agustus), musim gugur (September hingga November) dan musim dingin
(Desember hingga Februari).
Hasil Laboratorium dan Multiplex Polymerase Chain Reaction
Hasil laboratorium ditunjukkan pada Tabel 1. Dari 27 pasien, 10 ditemukan memiliki
koinfeksi menggunakan mPCR. Koinfeksi yang paling umum adalah adenovirus dan
human rhinovirus/enterovirus (masing-masing 5; 18.5%). Ada satu pasien dengan
koinfeksi coronavirus NL63 dan satu dengan koinfeksi M. pneumonia. Median waktu
penyelesaian adalah 94 menit (kisaran: 57-213 menit).
Durasi Batuk
Durasi rata-rata batuk adalah 7 hari (kisaran: 2-30 hari). Tujuh belas (62,9%) dan 24
(88,8%) pasien memiliki periode batuk masing-masing < 8 hari dan ≤ 14 hari. Waktu
rata-rata dari gejala pertama hingga diagnosis adalah 9 hari (1-31 hari). Dua puluh
empat pasien (81,5%) didiagnosis dalam 2 minggu (Tabel 2, Gambar 2). Tidak ada
perbedaan signifikan yang diamati dalam durasi batuk menurut usia (Gambar 3; P=
0,711). Durasi batuk untuk pasien yang didiagnosis dengan pertusis adalah rata-rata 7
hari (kisaran: 2-30 hari).

Gambar 2.Waktu dari timbulnya gejala

hingga diagnosis

Gambar 3. Korelasi antara durasi batuk dan usia

Pengobatan dan Hasil Klinis
Perawatan pasien dan hasil ditunjukkan dalam Tabel 3. Dua puluh lima pasien diobati
dengan azitromisin dan satu pasien diobati dengan klaritromisin. Semua pasien
diisolasi, dengan 22 (81,5%) dirawat di rumah sakit, dan lima dirawat di klinik rawat
jalan. Tiga pasien yang membutuhkan perawatan ventilator dirawat di unit perawatan
intensif. Tidak ada kematian pasien.

Diskusi
Pertusis memiliki masa inkubasi 7-10 hari.13 Perjalanan klinis pertusis berkembang
melalui tahap catarrhal, paroxysmal, dan pemulihan secara berurutan. Setiap tahap
berlangsung sekitar 1-3 minggu. Bayi dan anak-anak, remaja dan orang dewasa
memiliki perkembangan yang serupa. Namun, orang dewasa dan remaja memiliki
gejala yang lebih ringan dibandingkan bayi dan anak-anak. Pada tahap catarrhal,
pasien menunjukkan gejala infeksi saluran pernapasan atas seperti demam ringan,
malaise, sakit tenggorokan, hidung tersumbat, rinorrhea, lakrimasi, bersin, dan batuk
paroksismal nokturnal. Oleh karena itu, mudah untuk mengabaikan pertusis pada
tahap awal. Pada tahap paroksismal, pasien menunjukkan gejala parah dengan batuk
intens dan hebat (lima sampai sepuluh batuk paroksismal) yang berlangsung beberapa
menit dan berhubungan dengan sianosis, proptosis mata, tonjolan lidah, saliva,
produksi lendir mulut yang kental, lakrimasi, dan pembengkakan vena leher.
Selanjutnya, tanda klasik pertusis inspirasi rejan bermanifestasi pada tahap ini. Rejan
inspirasi, batuk paroksismal, dan muntah pasca-tusif adalah tiga tanda klasik
pertusis.13 Pada tahap pemulihan, gejala pasien berangsur-angsur berkurang.
World Health Organization mendefinisikan kasus klinis ini sebagai batuk yang
berlangsung setidaknya 2 minggu dengan batuk yang paroksismal, rejan inspirasi,
atau muntah pasca-tusif. Metode diagnostik pertusis meliputi kultur, PCR, uji
serologi, dan pewarnaan direct fluorescent antibodi (DFA). Tes serologi perlu
dikalibrasi dengan standar referensi untuk pengujian titik waktu tunggal setelah
mengukur antibodi imunoglobulin G (IgG), seperti Standar Internasional World
Health Organization.14 Setelah vaksinasi, pertusis tidak dapat didiagnosis karena IgG
yang diinduksi oleh vaksin. Pewarnaan DFA tidak dapat digunakan untuk
mendiagnosis karena sensitivitas dan spesifisitasnya yang rendah. Gold standart
untuk diagnosis pertussis adalah kultur laboratorium. Namun, pertumbuhan B.
pertusis dapat memakan waktu hingga 10 hari dan juga memerlukan pengujian
kerentanan antimikroba dan molekuler. Dengan demikian, PCR yang dapat
didiagnosis dalam satu hari dan memiliki spesifisitas dan sensitivitas yang tinggi
dapat digunakan sebagai pelengkap atau dapat menggantikan pengujian kultur dalam
mendiagnosis pasien dengan gejala klinis pertusis.4
FA-RP, tes mPCR yang baru dikembangkan, dapat mendeteksi banyak patogen
pada satu tes. Sebuah studi baru-baru ini menemukan bahwa tes ini secara signifikan
mempersingkat TAT dibandingkan dengan mPCR konvensional.9 Dalam penelitian
ini, TAT median adalah 94 menit, dan semua pasien diisolasi dan menerima terapi
antibiotik spesifik setelah diagnosis pertusis.
Yoon et al.,6 melaporkan bahwa durasi batuk pada pasien dengan pertusis rata-
rata 26,2 (10-45) hari untuk remaja pediatrik (0-19 tahun) selama 2005-2017 di Korea
Selatan. Park et al.,15 melaporkan durasi batuk rata-rata 14,0 hari (7-21 hari untuk
remaja dan dewasa) selama 2011-2012. Dalam penelitian kami, durasi batuk rata-rata
adalah 7 hari yang lebih pendek dari penelitian sebelumnya. Waktu yang dipersingkat
dari onset gejala hingga diagnosis mungkin disebabkan oleh tes mPCR cepat.
 Tidak ada perbedaan yang signifikan dalam durasi batuk dan usia. Durasi batuk
untuk pasien yang didiagnosis dengan pertusis adalah rata-rata 7 hari, rata-rata 8,5
hari, lebih rendah dari penelitian sebelumnya.6,7,15 Dalam penelitian ini, kami
menganalisis secara retrospektif gejala klinis pasien yang didiagnosis dengan
pertusis. Hanya sembilan pasien (33,3%) yang menunjukkan tanda-tanda klasik
pertusis, yang tampaknya merupakan hasil diagnosis dini.
Di Korea Selatan, menurut Pedoman Manajemen Vaksinasi Nasional, semua
warga negara menerima tiga dosis dasar DTaP pada usia 2, 4 dan 6 bulan, tiga
vaksinasi penguat pada usia 15-18 bulan, dengan DTaP pada usia 4-6 tahun; dengan
Tdap pada 11-12 tahun, diikuti dengan dosis vaksin Td setiap 10 tahun. 16 Pada tahun
2017, angka imunisasi DTaP pada bayi berusia 12, 24, dan 36 bulan dilaporkan
masing-masing sebesar 97,7%, 96,2%, dan 96,6%.5,17 Meskipun angka imunisasi
tinggi, laporan kejadian pertusis meningkat dan bagaimanapun sistem pengawasan
Korea untuk pertusis cenderung meremehkan beban pertusis.17,18
Selain itu, sebagian besar remaja tidak menerima vaksin booster secara teratur;
telah dilaporkan bahwa kemungkinan pertusis sebagai penyebab batuk kronis telah
meningkat.7 Selanjutnya, infeksi pertusis pada remaja dan orang dewasa telah
ditemukan bertanggung jawab untuk transmisi rumah tangga pertusis untuk bayi yang
rentan.19 Di AS, insiden pertusis yang dilaporkan telah meningkat sejak 1980-an,
dengan puncaknya setiap 2-5 tahun. Pada tahun 2013, ada 28.639 kasus pertusis yang
dilaporkan di AS dan 13 kematian terkait pertusis.20 Di AS, studi analisis basis data
klaim menunjukkan bahwa pertusis kurang dilaporkan pada orang berusia di bawah
50 tahun, terutama dengan bertambahnya usia. Oleh karena itu, perlu dikembangkan
program kesehatan masyarakat untuk mengurangi beban pertusis. 21 Dalam penelitian
kami, remaja dan orang dewasa yang terinfeksi pertusis menyumbang 85,2% dari
total beban. Oleh karena itu, jika tes mPCR menggunakan FA-RP diterapkan pada
pasien dalam kelompok usia ini, wabah pertusis dapat dikendalikan secara lebih
efektif.
 Penelitian ini memiliki keterbatasan sebagai berikut: penelitian ini secara
retrospektif menganalisis rekam medis semua pasien yang didiagnosis dengan
pertusis selama 2 tahun di satu institusi. Meskipun beberapa pasien adalah infeksi
pertusis yang sebenarnya, mungkin ada beberapa pasien yang tidak terdiagnosis
pertusis karena mereka tidak diskrining dengan benar. Karena ini adalah penelitian
retrospektif, spesimen pasien yang kurang terdiagnosis tidak diuji lagi. Hal ini dapat
menyebabkan bias dalam interpretasi pengumpulan data. Kultur merupakan baku
emas dalam diagnosis pertusis, tidak dimasukkan dalam praktik klinis rutin, sehingga
tidak dapat dimasukkan dalam penelitian dan dianalisis. Pengujian pasien dengan
gejala pernapasan melalui mPCR yang mengandung pertusis dapat mengarah pada
diagnosis dini. Diagnosis dini dan pengobatan yang tepat dapat membantu dalam
pengendalian wabah pertussis.

Persetujuan Etis
Studi ini telah disetujui oleh Institutional Review Board dari Pusat Medis Universitas
Yeungnam (Nomor IRB: YUMC 2019-08-013).

Kontribusi Penulis
JML dan JYA adalah peneliti utama untuk penelitian ini. JML, JHL, dan YKK
menyusun ide untuk naskah ini. SCO dan SMP melakukan analisis data dan menulis
draft pertama naskah. SCO, SMP, JH, EYC, HJJ, YKK, JHL, JYA dan JML
menginterpretasikan hasil dan secara kritis meninjau draft naskah ini. Semua penulis
membaca dan menyetujui naskah akhir.

Deklarasi Kepentingan Bersaing

Tidak ada

Ucapan terima kasih

Pekerjaan ini didukung oleh Hibah Penelitian Universitas Yeungnam 2019
(219A480007).
 Daftar Pustaka

1. Cherry JD. Pertussis in young infants throughout the World. Clin Infect Dis
2016;63(Suppl 4):S119e22. https: //doi.org/10.1093/cid/ciw550
2. Warfel JM, Beren J, Merkel TJ. Airborne transmission of Bordetella pertussis. J
Infect Dis 2012;206:902e6. https: //doi.org/10.1093/infdis/jis443
3. Choe YJ, Park YJ, Jung C, Bae GR, Lee DH. National pertussis surveillance in
South Korea 1955-2011: epidemiological and clinical trends. Int J Infect Dis
2012;16. https: //doi.org/10.1016/j.ijid.2012.07.012. e850e4
4. Lind-Brandberg L, Welinder-Olsson C, Lagergard T, Taranger J, Trollfors B,
Zackrisson G. Evaluation of PCR for diagnosis of Bordetella pertussis and
Bordetella parapertussis infections. J Clin Microbiol 1998;36:679e83. https:
//doi.org/10.1128/jcm.36.3.679-683.1998
5. Korea Centers for Disease Control & Prevention. National immunization
project. National immunization project management Guidelines 2019. Osong:
Korea Centers for Disease Control & Prevention; 2019; 2019 [Internet],
https://is.cdc.go. kr/upload_comm/syview/doc.html?
fnZ157311601176300.pdf&rsZ/upload_comm/docu/0019/. [Accessed 5 March
2020].
6. Yoon SH, Hong YH, Lee HK, Lee JH, Shin M. A survey of the domestic
epidemiological characteristics and clinical manifestations of pertussis. Allergy
Asthma Respir Dis 2018;6: 54e61. https://doi.org/10.4168/aard.2018.6.1.54
7. Lee SY, Han SB, Kang JH, Kim JS. Pertussis prevalence in Korean adolescents
and adults with persistent cough. J Kor Med Sci 2015;30:988e90. https:
//doi.org/10.3346/jkms.2015.30.7.988
8. Piralla A, Lunghi G, Percivalle E, Vigano C, Nasta T, Pugni L, et al.
FilmArray(R) respiratory panel performance in respiratory samples from
 neonatal care units. Diagn Microbiol Infect Dis 2014;79:183e6. https:
//doi.org/10.1016/j.diagmicrobio.2014.02.010
9. Lee JM, Lee JH, Kim YK. Laboratory impact of rapid molecular tests used for
the detection of respiratory pathogens. Clin Lab 2018;64:1545e51. https:
//doi.org/10.7754/clin.lab.2018.180411
10. Li J, Tao Y, Tang M, Du B, Xia Y, Mo X, et al. Rapid detection of respiratory
organisms with the FilmArray respiratory panel in a large children’s hospital in
China. BMC Infect Dis 2018;18:510. https://doi.org/10.1186/s12879-018-3429-
6
11. Williams MM, Taylor Jr TH, Warshauer DM, Martin MD, Valley AM,
Tondella ML. Harmonization of Bordetella pertussis real-time PCR diagnostics
in the United States in 2012. J Clin Microbiol 2015;53:118e23. https:
//doi.org/10.1128/jcm.02368-14
12. Leber AL, Everhart K, Balada-Llasat JM, Cullison J, Daly J, Holt S, et al.
Multicenter evaluation of BioFire FilmArray meningitis/encephalitis panel for
detection of bacteria, viruses, and yeast in cerebrospinal fluid specimens. J Clin
Microbiol 2016;54:2251e61. https: //doi.org/10.1128/jcm.00730-16
13. Kilgore PE, Salim AM, Zervos MJ, Schmitt HJ. Pertussis: microbiology,
disease, treatment, and prevention. Clin Microbiol Rev 2016;29:449e86.
https: //doi.org/10.1128/cmr.00083-15
14. World Health Organization. Laboratory manual for the diagnosis of whooping
cough caused by Bordetella pertussis/Bordetella parapertussis. Geneva,
Switzerland: World Health Organization; 2014
15. Park S, Lee SH, Seo KH, Shin KC, Park YB, Lee MG, et al. Epidemiological
aspects of pertussis among adults and adolescents in a Korean outpatient
setting: a multicenter, PCRbased study. J Kor Med Sci 2014;29:1232e9.
https: //doi.org/10.3346/jkms.2014.29.9.1232
16. Choi EH, Park SE, Kim YJ, Jo DS, Kim YK, Eun BW, et al. Recommended
immunization schedule for children and adolescents: committee on infectious
diseases of the Korean pediatric society, 2018. Korean J Pediatr
2019;62:252e6. https://doi.org/10.3345/kjp.2019.00227
17. Ministry of Health and Welfare Korea Centers for Disease Control &
Prevention. Infectious diseases surveillance yearbook. Cheongju: Korea
Centers for Disease Control & Prevention; 2018; 2017.
http://www.cdc.go.kr/CDC/cms/ content/eng/03/123003_view.html. [Accessed
5 March 2020]
18. Choe YJ, Kim JW, Park YJ, Jung C, Bae GR. Burden of pertussis is
underestimated in South Korea: a result from an active sentinel surveillance
system. Jpn J Infect Dis 2014;67:230e2. https://doi.org/10.7883/yoken.67.230
19. Kwon HJ, Yum SK, Choi UY, Lee SY, Kim JH, Kang JH. Infant pertussis and
household transmission in Korea. J Kor Med Sci 2012;27:1547e51. https:
//doi.org/10.3346/jkms.2012.27.12.1547
20. Adams D, Fullerton K, Jajosky R, Sharp P, Onweh D, Schley A, et al.
Summary of notifiable infectious diseases and conditions - United States, 2013.
MMWR Morb Mortal Wkly Rep 2015;62: 1e122.
https://doi.org/10.15585/mmwr.mm6253a1
21. Chen CC, Balderston McGuiness C, Krishnarajah G, Blanchette CM, Wang Y,
Sun K, et al. Estimated incidence of pertussis in people aged < 50 years in
United States. Hum Vaccines Immunother 2016;12:2536-45. https:
//doi.org/10.1080/21645515.2016.1186313.
 ANALISIS KASUS

Are the result of the study valid?

Was the diagnostic test Yes No Unclear

evaluated in a Representative
spectrum of patients? (like
those in whom it would be used
in practice)
[ ] [ ] [ ]
Comment :
Penelitian ini dilakukan dengan menggunakan
catatan 27 pasien yang didiagnosis dengan
pertusis dari Mei 2017 hingga Juni 2019 di Pusat
Medis Universitas Yeungnam. Data usia, jenis
kelamin, gejala pada saat diagnosis, masuk,
rawat inap, isolasi, riwayat vaksinasi, riwayat
medis masa lalu, dan penyakit penyerta yang
menunjukkan gejala, inisiasi pengobatan, durasi
rawat inap, dan waktu diagnosis diambil dari
rekam medis pasien.

Was the reference standard Yes No Unclear

applied regardless of the index [] [ ] [ ]
test result?
Comment :
Pada penelitian ini, semua pasien diminta untuk
melakukan swab nasofaring kemudian diuji
menggunakan mPCR.
Was there an independent, Yes No Unclear
blind comparison between the [] [ ] [ ]
index test and an appropriate
reference (‘gold’) standard of
diagnosis? Comment :
mPCR banyak digunakan karena kecepatan
diagnosis dan sensitivitas yang relatif tinggi
terhadap kultur.
What were the result? Yes No Unclear
[ ] [ ] [ ]

Comment :
Pada penelitian ini, 27 pasien yang diuji
menggunakan mPCR didiagnosis dengan
pertussis.
Were the methods for Yes No Unclear
performing the test described in [  ] [ ] [ ]
sufficient detail to permit
replication? Comment :
mPCR dilakukan dengan panel pernapasan
FilmArray (FA-RP; BioFire Diagnostic, Inc, Salt
Lake City, UT, USA) menggunakan penganalisis
BioFire FilmArray 2.0 sesuai dengan instruksi
pabrik. FA-RP adalah tes mPCR otomatis yang
secara bersamaan mendeteksi adenovirus,
coronavirus (CoV)-229E, CoV-HKU1, CoV-
NL63, hCoV-OC43, human metapneumovirus,
human rhinovirus/enterovirus, influenza A,
influenza A/H1N1 , influenza A/H1-2009,
influenza A/H3N2, influenza B, virus
parainfluenza tipe 1-4, virus syncytial
pernapasan, Bordetella pertussis, Chlamydophila
pneumoniae, dan Mycoplasma pneumonia.
Dalam kasus dengan koinfeksi, masing-masing
infeksi oleh virus atau bakteri diakui sebagai
positif.