ANALISIS PAKAN BADAK JAWA (Rhinoceros sondaicus sondaicus)

MENGGUNAKAN MARKA DNA BARKODE GEN KLOROPLAS

maturase K (matK)

RAUZUL RUDIANSYAH RIZKI

DEPARTEMEN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2021
 PERNYATAAN MENGENAI SKRIPSI DAN
SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA*

Dengan ini saya menyatakan bahwa skripsi dengan judul Analisis Pakan
Badak Jawa (Rhinoceros sondaicus sondaicus) Menggunakan Marka DNA
Barkode Gen Kloroplas maturase K (matK) adalah karya saya dengan arahan dari
dosen pembimbing dan belum diajukan dalam bentuk apa pun kepada perguruan
tinggi mana pun. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang
diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam teks
dan dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian akhir skripsi ini.
Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari karya tulis saya kepada
Institut Pertanian Bogor.
Bogor, Januari 2021

Rauzul Rudiansyah Rizki

NIM G34160064
 ABSTRAK

RAUZUL RUDIANSYAH RIZKI. Analisis Pakan Badak Jawa (Rhinoceros

sondaicus sondaicus) Menggunakan Marka DNA Barkode Gen Kloroplas
maturase K (matK). Dibimbing oleh DEDY DURYADI SOLIHIN dan
HADISUNARSO.
Badak jawa (Rhinoceros sondaicus sondaicus) merupakan salah satu satwa
yang ada di Indonesia yang kini keberadaannya terancam punah dan diperkirakan
jumlahnya kurang lebih 62 individu pada tahun 2013, dan saat ini hanya dapat
ditemukan di Taman Nasional Ujung Kulon (TNUK), Banten. Saat ini, faktor
pakan badak jawa menjadi hal yang krusial bagi keberlangsungan hidup spesies
tersebut karena luasan serta kualitas pakannya sangat terancam karena adanya
kerusakan hutan. Tujuan penelitian ini adalah memberikan informasi pakan badak
jawa secara tepat dan aktual melalui proses barcoding DNA tumbuhan dari feses
badak jawa yang telah dikoleksi dari TNUK, Banten. DNA total didapatkan dari
10 sampel feses badak jawa dan 10 tumbuhan yang diduga sebagai pakan badak
jawa. PCR dilakukan dengan menggunakan primer spesifik tumbuhan marka
matK. Analisis sekuen yang didapat di BLAST-n kemudian diolah menggunakan
MEGA 7 untuk dilihat identitas dan kekerabatannya. Hasil analisis 10 sampel
feses mendapatkan Leea coccinea dari famili Vitaceae diduga sebagai pakan
favorit badak jawa. Sumber pakan lainnya adalah tumbuhan Terminalia
guyanensis (Combretaceae), Morus celtidifolia (Moraceae), dan Dillenia indica
(Dilleniaceae). Dari 10 sampel tumbuhan diduga pakan badak jawa salah satu
diantaranya yaitu sampel tumbuhan sulangkar (Leea indica) memiliki jarak
genetik yang paling dekat dengan sampel feses yang teridentifikasi sebagai Leea
coccinea yaitu perbedaannya berkisar 1.59– 1.71% (0.0159–0.0171). Hal ini
menunjukkan sulangkar (Leea indica) diduga sebagai pakan favorit badak jawa.
Ketidakcocokan tersebut diduga belum terdapatnya database sulangkar (Leea
indica) di GenBank.

Kata kunci: DNA tumbuhan, feses badak, gen matK, pakan badak, Rhinoceros
sondaicus
 ABSTRACT

RAUZUL RUDIANSYAH RIZKI. Analysis of Javan Rhinoceros (Rhinoceros

sondaicus) forage plants using barcode DNA markers of chloroplast maturase K
(matK) gene. Supervised by DEDY DURYADI SOLIHIN and HADISUNARSO.
The Javan rhino (Rhinoceros sondaicus sondaicus) is one of the animals
in Indonesia which is now threatened with extinction. It was estimated that its
number was around 62 individuals in 2013, and currently can only be found in
Ujung Kulon National Park, Banten. At present, the Javan rhino forage is crucial
for the survival of this species because the area and quality of its food are
seriously threatened due to forest destruction. The purpose of this study was to
provide accurate and actual information on Javan rhino food through the process
of barcoding plant DNA from Javan rhino faeces that had been collected from
Ujung Kulon National Park, Banten. Total DNA was obtained from 10 Javan
rhino faeces and 10 plants suspected of being Javan rhino feed. PCR was
performed using specific primers for the matK marker plant. Sequence analysis
obtained in BLAST- n was then processed using MEGA 7 to see its identity and
kinship. The results of the analysis of 10 stool samples found Leea coccinea from
the Vitaceae family, which is thought to be the favorite food of Javan rhinos.
Other food sources are Terminalia guyanensis (Combretaceae), Morus celtidifolia
(Moraceae), and Dillenia indica (Dilleniaceae). From 10 of the plant samples,
Leea indica had a genetic distance that was very close to the fecal samples
identified as ranging from 1.59-1.71% (0.0159-0.0171). This shows that the
sulangkar, (Leea indica) is thought to be the Javan rhino's favorite food. This
discrepancy is thought to have not yet existed in the sulangkar (Leea indica)
database at GenBank.

Keywords: Faeces of rhino, forage of rhino, matK gene, plant DNA, Rhinoceros
sondaicus
 © Hak Cipta milik IPB, tahun 2021
Hak Cipta dilindungi Undang-Undang

Dilarang mengutip sebagian atau seluruh karya tulis ini tanpa mencantumkan atau
menyebutkan sumbernya. Pengutipan hanya untuk kepentingan pendidikan, penelitian,
penulisan karya ilmiah, penyusunan laporan, penulisan kritik, atau tinjauan suatu masalah,
dan pengutipan tersebut tidak merugikan kepentingan IPB.

Dilarang mengumumkan dan memperbanyak sebagian atau seluruh karya tulis ini
dalam bentuk apa pun tanpa izin IPB.
ANALISIS PAKAN BADAK JAWA (Rhinoceros sondaicus sondaicus)
MENGGUNAKAN MARKA DNA BARKODE GEN KLOROPLAS
maturase K (matK)

RAUZUL RUDIANSYAH RIZKI

Skripsi
sebagai salah satu syarat untuk memperoleh
gelar Sarjana pada
Departemen Biologi

DEPARTEMEN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2021
Tim Penguji pada Ujian Skripsi:

1. Prof Dr Ir Tatik Chikmawati, MSi

 Judul Skripsi : Analisis Pakan Badak Jawa (Rhinoceros sondaicus sondaicus) Menggunakan
Marka DNA Barkode Gen Kloroplas maturase K (matK)
Nama : Rauzul Rudiansyah Rizki
NIM : G34160064

Disetujui oleh

Pembimbing 1:
Dr Ir Dedy Duryadi Solihin, DEA

Pembimbing 2
Ir Hadisunarso, MSi

Diketahui oleh

Ketua Departemen Biologi IPB

Dr Ir Miftahudin, MSi
NIP 196204191989031001

Tanggal Ujian: 22 Desember 2020 Tanggal Lulus:

 PRAKATA

Puji dan syukur penulis panjatkan kepada Allah subhanaahu wa ta’ala atas
segala rahmat dan karunia-Nya sehingga karya ilmiah ini berhasil diselesaikan.
Penelitian ini dilaksanakan pada September 2019 hingga September 2020 di
Laboratorium Konservasi Genetik Hewan, Pusat Penelitian Sumberdaya Hayati
dan Bioteknologi (PPSHB), LPPM IPB. Judul yang dipilih dalam penelitian ini
ialah “Analisis Pakan Badak Jawa (Rhinoceros sondaicus sondaicus)
Menggunakan Marka DNA Barkode Gen Kloroplas maturase K (matK)”.
Terima kasih penulis ucapkan kepada dosen pembimbing Dr Ir Dedy
Duryadi Solihin, DEA dan Ir Hadisunarso, MSi yang telah memberikan
pengarahan dan bimbingan selama menyelesaikan karya ilmiah ini. Ucapan terima
kasih penulis sampaikan kepada Dr Nina Ratna Djuita SSi, MSi selaku dosen
pembimbing akademik yang telah memberikan bimbingan selama menjalankan
studi. Terima kasih kepada Prof Dr Ir Tatik Chikmawati, MSi selaku dosen
penguji yang telah memberikan saran dan masukan dalam penulisan karya ilmiah
ini.
Ungkapan terima kasih penulis sampaikan kepada Ayah, Ibu, serta keluarga
besar atas segala doa, semangat, dukungan dan kasih sayang yang telah diberikan.
Tidak lupa penulis sampaikan ucapan terima kasih kepada Staf Pendidik Departemen
Biologi atas ilmu yang telah diberikan, kepada Staf Kependidikan Departemen
Biologi terutama Mas Endan dan Mba Ica yang telah memudahkan dalam hal-hal
administrasi. Terima kasih kepada Bapak Syamsul, Bapak Samad, Bang Alam, Bang
Sendi, Mba Gita, dan Mba Isma yang telah memberikan banyak saran dalam
penelitian. Selain itu, rasa terima kasih penulis sampaikan kepada Refda, Reza, Tahir,
serta teman-teman Biologi IPB yang telah memberikan dukungan dan semangat.
Akhir kata, penulis berharap semoga karya ilmiah ini dapat bermanfaat.

Bogor, Januari 2021

Rauzul Rudiansyah Rizki

 DAFTAR ISI

DAFTAR TABEL XI

DAFTAR GAMBAR XI

I PENDAHULUAN 1
1.1 Latar Belakang 1
1.2 Tujuan Penelitian 3
II METODE PENELITIAN 3
2.1 Waktu dan Tempat 3
2.2 Bahan dan Alat 3
2.3 Metode 4
III HASIL DAN PEMBAHASAN 7
3.1 Hasil 7
3.1.1 Konsentrasi dan kualitas DNA sampel menggunakan NanoDrop 7
3.1.2 Hasil elektroforesis DNA feses badak jawa 8
3.1.3 Hasil elektroforesis DNA tumbuhan yang diduga sebagai pakan badak jawa 8
3.1.4 Identifikasi spesies dari feses badak jawa berdasarkan marka molekuler matK
menggunakan BLAST-n NCBI 9
3.1.5 Identifikasi spesies tumbuhan yang diduga sebagai pakan badak jawa
berdasarkan marka molekuler matK menggunakan BLAST-n NCBI 10
3.1.6 Jarak genetik 10 sampel feses badak jawa berdasarkan marka molekuler
matK 11
3.1.7 Jarak genetik 10 sampel tumbuhan yang diduga sebagai pakan badak jawa
berdasarkan marka molekuler matK 11
3.1.8 Jarak genetik 10 sampel feses badak jawa dibandingkan dengan 10 sampel
tumbuhan yang diduga sebagai pakan badak jawa berdasarkan marka
molekuler matK 12
3.1.9 Konstruksi pohon filogenetik 10 sampel feses badak jawa 13
3.1.10 Konstruksi pohon filogenetik 10 sampel tumbuhan yang diduga sebagai pakan
badak jawa 14
3.1.11 Konstruksi pohon filogenetik 10 sampel feses badak jawa dan 10 sampel
tumbuhan yang diduga sebagai pakan badak jawa 15

3.2 Pembahasan 16
3.2.1 Konsentrasi dan Kualitas DNA Sampel 16
3.2.2 Identifikasi spesies dari feses badak jawa berdasarkan marka molekuler matK
menggunakan BLAST-n NCBI 17
3.2.3 Identifikasi spesies tumbuhan yang diduga sebagai pakan badak jawa
berdasarkan marka molekuler matK menggunakan BLAST-n NCBI 17
3.2.4 Jarak genetik dan konstruksi pohon filogenetik sampel feses badak jawa
berdasarkan model K2P dengan metode Neighbor-Joining 18
3.2.5 Jarak genetik dan konstruksi pohon filogenetik sampel tumbuhan yang diduga
sebagai pakan badak jawa berdasarkan model K2P dengan metode Neighbor-
Joining 19
 3.2.6 Analisis hubungan kekerabatan sampel feses badak jawa dengan sampel
tumbuhan yang diduga sebagai pakan badak jawa 20

IV SIMPULAN DAN SARAN 21

4.1 Simpulan 21
4.2 Saran 21

DAFTAR PUSTAKA 22

RIWAYAT HIDUP 24

DAFTAR TABEL
2.1 Data sampel feses badak jawa yang digunakan 4
2.2 Data sampel tumbuhan yang diduga sebagai pakan badak jawa 4
3.1 Hasil analisis NanoDrop dari sampel-sampel yang digunakan dalam
penelitian 7
3.2 Hasil BLAST-n sekuen DNA feses badak jawa 9
3.3 Hasil BLAST-n sekuen DNA tumbuhan yang diduga sebagai pakan
badak jawa 11
3.4 Jarak genetik antar 10 sampel feses badak jawa berdasarkan model K2P 11
3.5 Jarak genetik antar 10 sampel tumbuhan berdasarkan model K2P 11
3.6 Jarak genetik antar 10 sampel feses badak jawa dan 10 sampel tumbuhan
berdasarkan model K2P 12

DAFTAR GAMBAR
3.1 Hasil elektroforesis DNA feses badak jawa menggunakan barcode matK 8
3.2 Hasil elektroforesis DNA tumbuhan yang diduga pakan badak jawa
menggunakan barcode matK 8
3.3 Konstruksi pohon filogenetik 10 sampel feses badak jawa menggunakan
metode Neighboor-Joining (NJ) dengan bootstrap 1000 kali
pengulangan
dan model K2P berdasarkan barcode gen matK 13
3.4 Konstruksi pohon filogenetik 10 sampel tumbuhan yang diduga sebagai pakan
badak jawa menggunakan metode Neighboor-Joining (NJ) dengan bootstrap
1000 kali pengulangan dan model K2P berdasarkan barcode gen matK 14
3.5 Konstruksi pohon filogenetik 10 sampel feses badak jawa dan 10
sampel tumbuhan yang diduga sebagai pakan badak jawa menggunakan
metode Neighboor-Joining (NJ) dengan bootstrap 1000 kali
pengulangan dan
model K2P berdasarkan barcode gen matK 15
 I PENDAHULUAN
1.1 Latar
Belakang

Indonesia dikenal sebagai negara kepulauan dengan keanekaragaman

hayatinya yang sangat tinggi. Tidak heran tingkat endemik flora dan fauna yang
ada di Indonesia cukup tinggi. Banyak pulau yang terisolir dalam jangka waktu
yang cukup lama, mengakibatkan berbagai spesies mengalami proses evolusi
menjadi spesies yang berbeda (Sutoyo 2010). Badak jawa (Rhinoceros sondaicus
sondaicus) merupakan salah satu satwa yang ada di Indonesia. Pada tahun 1772,
Camper seorang professor zoologi di Groningen menyatakan bahwa badak yang
hidup di Jawa tidak identik dengan badak india (Rhinoceros unicornis).
Pernyataan tersebut memicu peneliti lain untuk menelaah secara ilmiah karakter
badak jawa secara terinci yang dilakukan oleh Desmarest pada tahun 1822 dan
badak jawa tersebut diberi nama Rhinoceros sondaicus. Badak jawa secara
taksonomi dapat diklasifikasikan ke dalam kingdom Animalia, filum Chordata,
kelas Mammalia, ordo Perissodactyla, famili Rhinocerotidae, genus Rhinoceros
Linnaeus 1758 dan spesies Rhinoceros sondaicus Desmarest 1822 (Lekagul dan
McNelly 1977). Saat ini terdapat tiga subspesies badak jawa yang diketahui,
diantaranya Rhinoceros sondaicus inermis, Rhinoceros sondaicus annamiticus,
dan Rhinoceros sondaicus sondaicus. Subspesies Rhinoceros sondaicus inermis
yang terdapat di India bagian timur laut, Bangladesh, dan Myanmar telah
dinyatakan punah (Rookmaaker 1980). Spesies terakhir dari Rhinoceros sondaicus
annamiticus yang terdapat di Vietnam, Laos, Kamboja, dan Thailand bagian timur
juga telah dinyatakan punah pada Mei 2010 dan terakhir sebelum kepunahannya
terlihat di Taman Nasional Cat Tien, Vietnam (Brook et al. 2014). Saat ini yang
tersisa dari subspesies badak jawa, hanya menyisakan Rhinoceros sondaicus
sondaicus yang terdapat di Taman Nasional Ujung Kulon (TNUK), Provinsi
Banten.
Badak jawa (Rhinoceros sondaicus sondaicus) merupakan spesies yang
dikategorikan sebagai critically endangered atau terancam punah dalam Red List
Data Book yang dikeluarkan oleh International Union for Conservation of Nature
and Natural Resources (IUCN) pada tahun 1978. Badak jawa juga terdaftar dalam
Apendiks I oleh Convention on International Trade in Endangered Spesies of
Wild Fauna and Flora (CITES) tahun 1975 sebagai satwa yang tidak boleh
diperdagangkan karena jumlahnya yang sangat sedikit dan dikhawatirkan akan
punah (Rahmat 2009). Pemerintah Indonesia juga menetapkan badak jawa sebagai
satwa yang dilindungi berdasarkan Peraturan Pemerintah No. 7 Tahun 1999
tentang Pengawetan Tumbuhan dan Satwa Liar (Hidayat et al. 2016). Pada tahun
2008- 2009 jumlah populasi badak jawa yang tersisa berkisar 29-47 individu dan
dapat ditemukan pada TNUK, Banten (Hariyadi et al. 2011). Namun demikian
pada tahun 2013 populasinya telah berkembang menjadi sekitar 62 individu
(Setiawan et al. 2018). Keberlangsungan hidup badak jawa di TNUK masih
terancam oleh berbagai faktor. Badak jawa memiliki habitat dengan sebaran
terbatas, rentan terhadap bahaya-bahaya bencana alam, misalnya ledakan Gunung
Krakatau, gempa bumi dan tsunami. Perluasan pemukiman, perburuan liar, dan
kerusakan hutan yang semakin masif juga mengancam keberlangsungan hidup
dari badak jawa. Selain itu, sebagai satwa yang memiliki sebaran terbatas,
potensi terjadinya inbreeding
2

menjadi semakin besar, yang pada akhirnya dapat mengakibatkan terjadinya

penurunan kualitas genetik badak (Rahmat 2009).
Selain dari faktor alam maupun manusia, faktor biologis yaitu pakan badak
jawa juga menjadi hal yang krusial. Kurangnya pengetahuan mengenai tumbuhan
spesifik yang menjadi pakan badak menjadi masalah untuk kelangsungan hidup
badak jawa. Identifikasi tumbuhan berdasarkan morfologi dari feses sulit
dilakukan, karena bagian-bagian dari tumbuhan tersebut telah hancur dan sulit
dikenali. Analisis molekular dalam upaya konservasi genetika merupakan bagian
dari strategi konservasi badak jawa yang berstatus terancam punah. DNA
barcoding menjadi salah satu tahap dalam penentu keberhasilan analisis
molekular lanjutan. Oleh karena itu, penetapan pakan badak dapat memanfaatkan
teknologi molekuler dengan menggunakan teknik DNA barcoding. DNA
barcoding merupakan metode identifikasi spesies menggunakan potongan DNA
pendek yang disebut barcode DNA (Hebert et al. 2003). The Consortium for
the Barcode of Life (CBOL Plant Working Group 2009) merekomendasikan
penggunaan dua gen kloroplas yaitu ribulosa-1,5bifosfat karboksilase (rbcL)
dan gen maturase K (matK) sebagai barcode standar untuk DNA tumbuhan.
Maturase K (matK) adalah gen yang dikodekan oleh kloroplas yang
menghasilkan protein maturase K yang berguna untuk membantu proses
pemisahan (splicing) in vivo beberapa group II introns pada saat terjadi
pembentukan translasi protein. Gen matK memiliki panjang sekitar 1570 bp dan
mengkodekan protein maturase. Tingkat evolusi yang tinggi dari gen matK
membuat gen tersebut dijadikan sebagai marka genetik andal sehingga gen
tersebut dapat digunakan untuk pembentukan rekonstruksi filogenetik pada level
taksonomi seperti ordo dan famili, bahkan hingga tingkat genus atau spesies (Ali
et al. 2015). Kurangnya informasi mengenai pakan suatu satwa yang dikonservasi
tentu menjadi suatu kendala. Perlunya data pakan badak jawa yang tepat dan
aktual akan mampu mengarahkan pihak pengelola wilayah konservasi untuk
melakukan manajemen habitat pada daerah konservasi tertentu seperti TNUK
untuk badak jawa. Salah satu langkah tersebut adalah memelihara tumbuhan yang
menjadi pakan favorit badak jawa sehingga menghindari dari resiko kepunahan
karena kekurangan pakan. Berdasarkan penelitian sebelumnya menunjukkan
bahwa terdapat 252 jenis dari 73 famili tumbuhan yang diketahui sebagai pakan
badak jawa (Muntasib 2002). Berdasarkan data yang ada terdapat beberapa
tumbuhan diduga sebagai pakan favorit badak jawa diantaranya adalah: Donax
cannaeformis, Spondias pinnata (Rinaldi et al. 1997), Ardisia humilis, Dillenia
excels, Leea sambucina (sinonim Leea indica (Merrell 1919)) (Rahmat et al.
2008), Blumeodendron tokbrai, Derris tyorsifolia, Eugenia subglauca, Thespesia
populnes, Uncaria sp. (Mahmud et al. 2020). Penelitian ini diharapkan dapat
menemukan jenis pakan badak jawa yang biasa dimakannya dan akurat
berdasarkan analisis kecocokan data dengan hasil analisis molekuler dari feses.
Dengan demikian, barcoding pakan berdasarkan analisis molekuler akan
mendukung upaya konservasi habitat dan pelestarian badak jawa. Kebenaran
makanan favorit badak dapat diuji dengan kesamaan karakter molekuler hasil
dari tumbuhan pakan yang diyakini sebagai pakan badak dengan
karakter molekuler hasil uji feses.
 3

1.2 Tujuan Penelitian

Penelitian ini bertujuan memberikan informasi pakan badak jawa secara

tepat dan aktual melalui proses barcoding DNA tumbuhan dari feses badak jawa
yang telah dikoleksi dari TNUK, Banten.

II METODE PENELITIAN

2.1 Waktu dan Tempat

Penelitian dilakukan pada bulan September 2019 hingga bulan September

2020. Pengumpulan sampel feses badak jawa dan tumbuhan yang diduga sebagai
pakan badak jawa dilakukan di TNUK, Banten. Ekstraksi DNA dan PCR sampel
dilakukan di Laboratorium Konservasi Genetik Hewan, Pusat Penelitian
Sumberdaya Hayati dan Bioteknologi (PPSHB) LPPM IPB, Dramaga, Bogor.

2.2 Bahan dan Alat

Sampel feses badak jawa yang digunakan berasal dari koleksi Dr Ir Dedy
Duryadi Solihin, DEA yang berjumlah 10 jenis berbeda. Sampel tumbuhan yang
diduga sebagai pakan badak jawa berjumlah 10 jenis berbeda yang dikirim dari
TNUK, Banten. Bahan kimia yang digunakan yaitu aquades, buffer Low TE,
etanol 70%, etanol absolut, GreenTaq PCR Mix Promega, TBE 10x. Kit yang
digunakan untuk isolasi DNA sampel tumbuhan dan feses yaitu Dneasy® Plant
Mini Kit (Qiagen). Bahan yang digunakan untuk visualisiasi DNA yaitu agarose,
ethidium bromide, TBE 1x. Alat yang digunakan yaitu bioSan Microspin 12,
bioSan TS-100, Neraca Analitik, NanoDrop, PCR Sensoquest Labcycler 48,
Thermolyne Maxi Mix II, Submarine Electrophoresis Hoefer USA, dan Uvitec
Cambridge Gel Doc.
4

2.3 Metode

2.3.1 Koleksi Sampel

Sebanyak 10 feses badak jawa, yang diambil pada waktu yang berbeda
(Tabel 1), digunakan pada penelitian kali ini. Sampel tumbuhan yang diduga
sebagai pakan badak jawa berjumlah 10 jenis berbeda (Tabel 2) yang dikirim dari
TNUK, Banten pada bulan Desember 2019.

Tabel 2.1 Data sampel feses badak jawa yang digunakan

Bagian
No. Bulan Kode sampel
tumbuhan
1 Januari 2019 Jan 1 CBNR OCC1 01 Daun
2 April 2019 Apr 4 CJKL OCC4 04A Daun
3 Mei 2019 Mei 1 CKRG OCC5 01A Daun
4 Juni 2019 Jun 1 CUJKLN OCC6 01B Daun
5 Juli 2019 Jul 4 CGKD OCC7 04B Daun
6 Agustus 2019 Ags 4 CGKD OCC8 04B Daun
7 Agustus 2019 Ags 7 CGKD OCC8 07C Daun
8 Oktober 2019 Okt 3 RRKUG OCC10 T3C01 Daun
9 November 2019 Nov 1 CTDHN OCC11 T1A01 Daun
10 November 2019 Nov 2 CTDHN OCC11 T1A02 Daun

Tabel 2.2 Data sampel tumbuhan yang diduga sebagai pakan badak jawa
No. Nama daerah Famili Spesies
1 Bisoro Moraceae Ficus hispida
2 Calik angin Euphorbiaceae Mallotus floribundus
3 Ciciap Moraceae Ficus septica
4 Katumpang Rubiaceae Borreria laevis
5 Kitanah Rutaceae Zanthoxylum sp.
6 Kiteja Lauraceae Cinnamamum iners
7 Lampeni Primulaceae Ardisia humilis
8 Mengkudu Rubiaceae Morinda citrifolia
9 Pulus Urticaceae Dendrocnide stimulans
10 Sulangkar Vitaceae Leea indica
 5

2.3.2 Ekstraksi DNA Total

Proses ekstraksi DNA untuk sampel feses dan tumbuhan menggunakan
protokol kit ektraksi dari Dneasy® Plant Mini Kit (Qiagen) yang telah
dimodifikasi. Sampel feses dilakukan pencucian terlebih dahulu dengan
menggunakan buffer Low TE sedangkan sampel tumbuhan dilakukan pencucian
menggunakan aquades. Sampel kemudian dicuci di dalam tabung mikro
berukuran 2 ml menggunakan vortex, lalu disentrifugasi 8000 rpm selama 1 menit,
dilakukan sebanyak tiga kali pengulangan. Sebanyak 0.8 gr sampel jaringan yang
telah dicuci kemudian dicacah halus di dalam petridish atau mortar, kemudian
ditambahkan 200 µl buffer AP1. Sampel disimpan di dalam inkubator 38 ºC
selama 16 jam. Sampel kemudian ditambahkan 10 µl Rnase A stock solution (20
mg/ml). Sampel selanjutnya disentrifugasi dengan kecepatan 2000 rpm selama 6
menit, supernatan pada sampel dipindahkan ke dalam tabung mikro berukuran 1.5
ml. Sampel kemudian diinkubasi menggunakan thermo-shaker pada suhu 65 ºC
selama 2 jam, sampel kemudian didinginkan selama 5 menit pada suhu ruang dan
ditambahkan buffer P3 sebanyak 150 µl. Sampel kemudian disimpan dalam
freezer selama 0.5 jam untuk tahap selanjutnya.
Tahap berikutnya dilakukan pengambilan supernatan pada sampel dan
dimasukkan ke dalam QIAshredder mini spin column, kemudian disentrifugasi
8000 rpm selama 1 menit. Setelah itu cairan di dalam tabung penampung
dipindahkan ke dalam tabung mikro 1.5 ml, lalu ditambahkan larutan AW1
sebanyak 1.5 x dari volume cairan tersebut, kemudian cairan tersebut dipindahkan
ke dalam tabung DNAeasy mini spin column dan disentrifugasi 10000 rpm selama
1 menit. Cairan tersebut kemudian dibuang dan ditambahkan larutan AW2
sebanyak 500 µl, dilanjutkan dengan disentrifugasi 10000 rpm selama 1 menit.
Buang cairan dan biarkan selama beberapa jam dengan membuka tutup tabung
DNAeasy mini spin column. Selanjutnya 50 µl larutan AE ditambahkan ke dalam
tabung DNAeasy mini spin column kemudian disentrifugasi 10000 rpm selama 1
menit untuk elusi pertama dan disentrifugasi 13000 rpm selama 1 menit untuk
elusi kedua.

2.3.3 Pengukuran Kuantitas dan Kualitas DNA

DNA hasil ekstraksi diukur konsentrasi dan kemurniannya untuk mengecek
nilai kuantitatif dan kualitasnya menggunakan Nanodrop. Kemurnian DNA
ditentukan dari nilai Optical Density (OD) yang diukur menggunakan NanoDrop
pada panjang gelombang 260 hingga 280 nm. Sampel DNA yang bagus memiliki
nilai Optical Density (OD) berkisar 1.8 – 2.0.

2.3.4 Amplifikasi Produk PCR

DNA total hasil ekstraksi digunakan sebagai DNA template untuk proses
amplifikasi dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR). Primer yang
digunakan yaitu sepasang primer matK. Primer Forward matK-1RKIM-f (5′-
ACCCAGTCCATCTGGAAATCTTGG -3′) dan primer Reverse matK-3FKIM-r
(5′-CGTACAGTACTTTTGTGTTTACGA-3′). Target dari primer matK
menghasilkan produk PCR sepanjang 889 bp. Total volume pereaksi PCR yang
diperoleh yaitu 25 µl, dengan komposisi 7.5 µl ddH2O, 12.5 µl GreenTaq PCR
Mix Promega, 1 µl primer forward, 1 µl primer reverse, 1 µl MgCl2, dan 2 µl
DNA template. Proses PCR menggunakan mesin PCR Sensoquest Labcycler 48.
Siklus
6

PCR yang digunakan untuk amplifikasi DNA menggunakan tahapan pradenaturasi

94 ºC selama 3 menit, denaturasi 94 ºC selama 30 detik, annealing 51 ºC selama
30 detik, elongasi 72 ºC selama 1 menit sebanyak 35 siklus, elongasi akhir (final
extension) pada suhu 72 °C selama 5 menit, dan pendinginan 20 ºC selama 10
menit.

2.3.5 Visualisasi Hasil Produk PCR

Hasil dari produk PCR dimasukkan pada gel agarose 1.2% (gel agarose 0.6
mg, TBE 1x50 ml, dan EtBr 2.5 μl) dalam larutan 1xTBE (Tris-borate-EDTA)
yang telah diwarnai dengan ethidium bromide kemudian dielektroforesis
menggunakan alat Submarine Electrophoresis Hoefer USA. Elektroforesis
dilakukan selama 60 menit dengan daya sebesar 85 volt. Setelah dielektroforesis,
gel agarosa divisualisasi menggunakan alat Uvitec Cambridge Gel Doc untuk
melihat produk PCR yang dihasilkan.

2.3.6 DNA Sequencing

Produk PCR yang dihasilkan kemudian disekuensing untuk melihat runutan
susunan basa-basa nukleotida. Proses sekuensing dilakukan menggunakan metode
Sanger Sequencing di perusahaan FirstBase, Malaysia melalui perusahaan jasa
pelayanan sekuensing di Indonesia yaitu PT Genetika Science, Jakarta.

2.3.7 Analisis Data

Hasil dari primer matK disejajarkan berdasarkan sekuens forward dan
reverse untuk mendapatkan sekuen yang utuh. Pensejajaran sekuen menggunakan
program Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) versi 7 (Kumar et al.
2016). Hasil analisis sekuen tersebut kemudian dilakukan Basic Local Alignment
Search Tool-nucleotide (BLAST-n) di situs National Center for Biotechnology
Information (NCBI). Model Kimura-Two-Paramater (K2P) digunakan untuk
analisis jarak genetik (Kimura 1980). Konstruksi pohon filogenetik menggunakan
metode Neighbor-joining dengan model K2P dengan bootstrap 1000 ulangan
(Kumar et al. 2016).
 7

III HASIL DAN PEMBAHASAN

3.1 Hasil

3.1.1 Konsentrasi dan kualitas DNA sampel menggunakan NanoDrop

Alat NanoDrop digunakan untuk mengukur konsentrasi dan kualitas DNA
hasil ekstraksi. Hasil kualitas dan konsentrasi DNA yang telah diukur kemudian
dievaluasi untuk menuju ke tahap selanjutnya. Hasil NanoDrop dapat disajikan
pada Tabel 3.

Tabel 3.1 Hasil analisis NanoDrop dari sampel yang digunakan dalam penelitian
Konsentrasi λ 280 Rasio λ
No Jenis/Kode sampel DNA λ 260
(ng/µl)(ng/µl)
(ng/µl) 260/280
1 Tumbuhan Pakan/Bisoro 12.736 0.254 0.138 1.870

2 Tumbuhan Pakan/Calik angin 43.066 0.861 0.466 1.871

3 Tumbuhan Pakan/Ciciap 0.973 0.019 0.002 1.904

4 Tumbuhan Pakan/Katumpang 1.175 0.023 0.003 1.811

5 Tumbuhan Pakan/Kitanah 1.226 0.024 0.002 1.978

6 Tumbuhan Pakan/Kiteja 0.825 0.016 0.003 1.877

7 Tumbuhan Pakan/Lampeni 0.945 0.018 0.012 1.954

8 Tumbuhan Pakan/Mengkudu 1.151 0.023 0.002 1.897

9 Tumbuhan Pakan/Pulus 26.012 0.520 0.267 1.880

10 Tumbuhan Pakan/Sulangkar 1.267 0.025 0.013 1.898

11 Feses/Jan 1 CBNR OCC1 01 5.090 0.101 0.054 1.931

12 Feses/Apr 4 CJKL OCC4 04A 11.034 0.231 0.072 1.920

13 Feses/Mei 1 CKRG OCC5 01A 1.209 0.024 0.013 1.990

14 Feses/Jun 1 CUJKLN OCC6 01B 1.926 0.038 0.021 1.949

15 Feses/Jul 4 CGKD OCC7 04B 2.188 0.043 0.019 1.860
16 Feses/Ags 4 CGKD OCC8 04B 0.922 0.018 0.011 1.831
17 Feses/Ags 7 CGKD OCC8 07C 0.707 0.014 0.009 1.939
18 Feses/Okt 3 RRKUG OCC10 T3C01 1.841 0.036 0.021 1.903

19 Feses/Nov 1 CTDHN OCC11 T1A01 1.285 0.025 0.001 1.979

20 Feses/Nov 1 CTDHN OCC11 T1A02 0.935 0.018 0.002 1.825

8

3.1.2 Hasil elektroforesis DNA feses badak jawa

Amplifikasi DNA sampel feses badak jawa untuk bulan Januari, April, Mei,
Juni, Juli, Oktober, November menggunakan primer matK menghasilkan produk
DNA berukuran 889 bp yang ditunjukkan pada Gambar 1.

889 bp

Gambar 3.1 Hasil elektroforesis DNA feses badak jawa menggunakan barcode
matK, M= Marka 1 kb, 1. (Jan 1 CBNR OCC1 01), 2. (Apr 4 CJKL
OCC4 04A), 3. (Mei 1 CKRG OCC5 01A), 4. (Jun 1 CUJKLN OCC6
01B), 5. (Jul 4 CGKD OCC7 04B), 6. (Ags 4 CGKD OCC8 04B), 7.
(Ags 7 CGKD OCC8 07C), 8. (Okt 3 RRKUG OCC10 T3C01), 9.
(Nov 1 CTDHN OCC11 T1A01), 10. (Nov 1 CTDHN OCC11
T1A02).

3.1.3 Hasil elektroforesis DNA tumbuhan yang diduga sebagai pakan badak jawa
Amplifikasi DNA sampel tumbuhan yang berjumlah 10 spesies berbeda
menggunakan primer matK menghasilkan produk DNA berukuran 889 bp yang
ditunjukkan pada Gambar 2.

889 bp

Gambar 3.2 Hasil elektroforesis DNA tumbuhan yang diduga sebagai pakan
badak jawa menggunakan barcode matK, M= Marka 1 kb, A–J=
Sampel tumbuhan yang diduga sebagai pakan badak jawa), A.
(Bisoro), B. (Calik angin), C. (Ciciap), D. (Katumpang), E.
(Kitanah), F. (Kiteja),
G. (Lampeni), H. (Mengkudu), I. (Pulus), J. (Sulangkar).
 9

3.1.4 Identifikasi spesies dari feses badak jawa berdasarkan marka molekuler
matK menggunakan BLAST-n NCBI
Analisis dan identifikasi spesies dilakukan dengan mencocokkan sekuen
marka molekuler matK dengan sekuen tumbuhan yang terdapat pada GenBank.
Hasil yang diperoleh dari 10 sampel feses yaitu bulan Januari, April, Mei, Juni,
Juli, Agustus, Oktober, dan November pada Tabel 4.

Tabel 3.2 Hasil BLAST-n sekuen DNA feses badak jawa

Query Similar
Spesies terdekat Kode akses
No Bulan Kode sampel cover identity
(Famili) GenBank
(%) (%)

Jan 1 Leea coccinea

1 Januari 99.00 99.55 AM396497.2
CBNR (Vitaceae)
OCC1 01
Terminalia
Apr 4 CJKL
2 April guyanensis 99.00 96.05 NC_043807.1
OCC4 04A
(Combretaceae)

Mei 1 CKRG Morus celtidifolia

3 Mei 100 97.65 NC_047236.1
OCC5 01A (Moraceae)

Jun 1 Dillenia indica

4 Juni CUJKLN 100 88.96 NC_042740.1
OCC6 01B (Dilleniaceae)

Jul 4 Leea coccinea

5 Juli CGKD 99.00 99.66 AM396497.2
(Vitaceae)
OCC7 04B

Leea coccinea
Ags 4 99.00 99.66 AM396497.2
6
Agustus CGKD (Vitaceae)
OCC8 04B
Leea coccinea
99.00 99.66 AM396497.2
7 Ags 7 (Vitaceae)
Agustus CGKD
OCC8 07C
Leea coccinea
99.00 99.66 AM396497.2
(Vitaceae)
Okt 3 RRKUG
8 Oktober OCC10 T3C01
Leea coccinea
99.00 99.66 AM396497.2
Nov 1 CTDHN (Vitaceae)
9 November OCC11 T1A01
Leea coccinea 99.00 99.66 AM396497.2
Nov 1 CTDHN (Vitaceae)
10 November
OCC11 T1A02
10

3.1.5 Identifikasi spesies tumbuhan yang diduga sebagai pakan badak jawa
berdasarkan marka molekuler matK menggunakan BLAST-n NCBI
Spesies tumbuhan yang diduga sebagai pakan badak jawa dianalisis dan
diidentifikasi dengan mencocokkan sekuen marka matK dengan sekuen tumbuhan yang
terdapat pada GenBank. Hasil BLAST-n tersebut dapat disajikan pada Tabel 5.

Tabel 3.3 Hasil BLAST-n sekuen DNA tumbuhan yang diduga sebagai pakan badak jawa
Nama latin/daerah Query Similar
No Spesies terdekat Kode akses
(Famili) cover identity
(Famili) GenBank
(%) (%)
1 Ficus hispida/Bisoro
(Moraceae)
Ficus hirta (Moraceae) 100 98.99 MN364706.1

Mallotus Acronychia pedunculata

98.00 98.86 AB924925.1
floribundus/Calik angin (Rutaceae)
2
(Euphorbiaceae) Melicope sp. (Rutaceae) 98.00 98.51 EF489107.1

Antiaris toxicaria (Moraceae) 100 94.62 NC_042884.1

3 Ficus septica/Ciciap
(Moraceae)
Broussonetia kaempferi
(Moraceae) 99.00 93.89 MH223641.1
Borreria Rotheca serrata (Lamiaceae) 100 98.32 MN814867.1
4 laevis/Katumpang Rotheca myricoides
(Rubiaceae) 94.00 98.22 MF801728.2
(Lamiaceae)
Zanthoxylum paniculatum
99.00 94.54 MN969552.1
5 Zanthoxylum sp./Kitanah (Rutaceae)
(Rutaceae)
Zanthoxylum pinnatum
98.00 94.54 NC_046746.1
(Rutaceae)
Cinnamomum verum 100 99.44 KY535878.1
6 Cinnamomum (Lauraceae)
iners/Kiteja (Lauraceae) Cinnamomum kotoense
100 99.44 NC_050346.1
(Lauraceae)
Ardisia guianensis 98.00 98.97 JF416269.1
7 Ardisia humilis/Lampeni (Primulaceae)
(Primulaceae) Ardisia mamillata
98.00 98.06 JF416275.1
(Primulaceae)
Morinda Morinda citrifolia (Rubiaceae) 99.00 99.40 NC_047302.1
8 citrifolia/Mengkudu Morinda officinalis
(Rubiaceae) 99.00 96.27 KR869730.1
(Rubiaceae)
Dendrocnide meyeniana
Dendrocnide 94.00 98.00 MF651932.1
9 (Urticeae) (Urticeae)
stimulans/Pulus
(Urticaceae) Laportea Canadensis 94.57 AY257537.1
99.00

Leea indica/Sulangkar Leea coccinea (Vitaceae) 99.00 98.30 AM396497.2

10
(Vitaceae) Vitis hancockii Vitaceae) 100 95.73 Mk140656.1
 11

3.1.6 Jarak genetik 10 sampel feses badak jawa berdasarkan marka molekuler
matK
Jarak genetik antar feses badak jawa dapat disajikan pada Tabel 6. Besarnya
jarak genetik berkisar antara 0 hingga dengan 0.3563.

Tabel 3.4 Jarak genetik antar 10 sampel feses badak jawa berdasarkan model K2P
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
1
2 0.1492
3 0.1418 0.1572
4 0.2950 0.3563 0.3535
5 0.0011 0.1492 0.1404 0.2933
6 0.0011 0.1492 0.1404 0.2933 0,0000
7 0.0011 0.1492 0.1404 0.2933 0,0000 0,0000
8 0.0011 0.1492 0.1404 0.2933 0,0000 0,0000 0,0000
9 0.0023 0.1478 0.1390 0.2949 0,0011 0,0011 0,0011 0,0011
10 0.0011 0.1492 0.1404 0.2933 0,0000 0,0000 0,0000 0,0000 0,0011
Keterangan: 1. (Jan 1 CBNR OCC1 01), 2. (Apr 4 CJKL OCC4 04A), 3. (Mei 1 CKRG OCC5 01A),
4. (Jun 1 CUJKLN OCC6 01B), 5. (Jul 4 CGKD OCC7 04B), 6. (Ags 4 CGKD OCC8
04B), 7. (Ags 7 CGKD OCC8 07C), 8. (Okt 3 RRKUG OCC10 T3C01), 9. (Nov 1
CTDHN OCC11 T1A01), 10. (Nov 1 CTDHN OCC11 T1A02).

3.1.7 Jarak genetik 10 sampel tumbuhan yang diduga sebagai pakan badak
jawa berdasarkan marka molekuler matK
Jarak genetik antar sampel tumbuhan yang diduga sebagai pakan badak
jawa dapat disajikan pada Tabel 7. Besarnya jarak genetik berkisar antara 0.0229
hingga dengan 0.2877.

Tabel 3.5 Jarak genetik antar 10 sampel tumbuhan berdasarkan model K2P
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
1
2 0.2064
3 0.0229 0.2277
4 0.2361 0.2461 0.2548
5 0.2160 0.1102 0.2407 0.2735
6 0.2580 0.2603 0.2723 0.2571 0.2767
7 0.2333 0.2498 0.2553 0.2173 0.2603 0.2338
8 0.2362 0.2651 0.2501 0.2108 0.2877 0.2515 0.2128
9 0.1081 0.2447 0.1252 0.2445 0.2498 0.2765 0.2580 0.2526
10 0.1669 0.1834 0.1885 0.1948 0.2157 0.1917 0.1638 0.2112 0.1735
Keterangan: 1. (Bisoro), 2. (Calik angin), 3. (Ciciap), 4. (Katumpang), 5. (Kitanah), 6. (Kiteja), 7.
(Lampeni), 8. (Mengkudu), 9. (Pulus), 10. (Sulangkar)
 12

3.1.8 Jarak genetik 10 sampel feses badak jawa dibandingkan dengan 10 sampel tumbuhan yang diduga sebagai pakan badak
jawa berdasarkan marka molekuler matK
Jarak genetik antar feses badak jawa dan tumbuhan yang diduga sebagai pakan badak jawa dapat disajikan pada Tabel 8. Besarnya jarak
genetik berkisar antara 0 hingga dengan 0.4047.

Tabel 3.6 Jarak genetik antar 10 sampel feses badak jawa dan 10 sampel tumbuhan berdasarkan model K2P
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
1
2 0.1492
3 0.1418 0.1572
4 0.2950 0.3563 0.3535
5 0.0011 0.1492 0.1404 0.2933
6 0.0011 0.1492 0.1404 0.2933 0.0000
7 0.0011 0.1492 0.1404 0.2933 0.0000 0.0000
8 0.0011 0.1492 0.1404 0.2933 0.0000 0.0000 0.0000
9 0.0023 0.1478 0.1390 0.2949 0.0011 0.0011 0.0011 0.0011
10 0.0011 0.1492 0.1404 0.2933 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0011
11 0.1585 0.1714 0.0467 0.3547 0.1571 0.1571 0.1571 0.1571 0.1557 0.1571
12 0.1717 0.1918 0.1913 0.3646 0.1732 0.1732 0.1732 0.1732 0.1732 0.1732 0.2064
13 0.1813 0.1946 0.0686 0.3688 0.1798 0.1798 0.1798 0.1798 0.1784 0.1798 0.0229 0.2277
14 0.1906 0.2195 0.2172 0.4033 0.1891 0.1891 0.1891 0.1891 0.1877 0.1891 0.2361 0.2461 0.2548
15 0.2021 0.2191 0.2185 0.4047 0.2036 0.2036 0.2036 0.2036 0.2307 0.2036 0.2160 0.1102 0.2407 0.2735
16 0.1878 0.2255 0.2446 0.4015 0.1863 0.1863 0.1863 0.1863 0.1862 0.1863 0.2580 0.2603 0.2723 0.2571 0.2767
17 0.1569 0.2147 0.2240 0.3793 0.1555 0.1555 0.1555 0.1555 0.1554 0.1555 0.2333 0.2498 0.2553 0.2173 0.2603 0.2338
18 0.2054 0.2379 0.2271 0.3892 0.2038 0.2038 0.2038 0.2038 0.2053 0.2038 0.2362 0.2651 0.2501 0.2108 0.2877 0.2515 0.2128
19 0.1709 0.1970 0.1119 0.3788 0.1694 0.1694 0.1694 0.1694 0.1708 0.1694 0.1081 0.2447 0.1252 0.2445 0.2498 0.2765 0.2580 0.2526
20 0.0171 0.1632 0.1528 0.3055 0.0159 0.0159 0.0159 0.0159 0.0171 0.0159 0.1669 0.1834 0.1885 0.1948 0.2157 0.1917 0.1638 0.2112 0.1735
Keterangan: 1. (Jan 1 CBNR OCC1 01), 2. (Apr 4 CJKL OCC4 04A), 3. (Mei 1 CKRG OCC5 01A), 4. (Jun 1 CUJKLN OCC6 01B), 5. (Jul 4 CGKD OCC7 04B), 6.
(Ags 4 CGKD OCC8 04B), 7. (Ags 7 CGKD OCC8 07C), 8. (Okt 3 RRKUG OCC10 T3C01), 9. (Nov 1 CTDHN OCC11 T1A01), 10. (Nov 1 CTDHN
OCC11 T1A02), 11. (Bisoro), 12. (Calik angin), 13. (Ciciap), 14. (Katumpang), 15. (Kitanah), 16. (Kiteja), 17. (Lampeni), 18. (Mengkudu), 19. (Pulus), 20.
(Sulangkar)
12
 13

3.1.9 Konstruksi pohon filogenetik 10 sampel feses badak jawa

Data jarak genetik pada Tabel 6 diatas kemudian diproses lebih lanjut
dengan merekonstruksi pohon filogenetiknya seperti yang terlihat pada Gambar 3
berikut ini.

Jan 1 CBNR OCC1 01 Jan 1 T05 OCC1 01 MatK

Nov 1 CTDHN OCC11 T1A02
Nov
70 Okt 3 RRKUG OCC10 Jul 1 1 matK
4 CGKD MatK
OCC7 04B
100 Ags 4 CGKD OCC8 04B Ags
Okt 3 71 CGKD
matK OCC8 07C Nov 1 CTDHN OCC11
MatK
Sub
Apr 4 CJKL OCC4 04A Grup IA
JULI 4 CGKD OCC7 04 Matk
99Mei 1 CKRG OCC5 01A
Jun 1 CUJKLN OCC6 01B Ags 4 Matk
Grup I
Ags 7 matK
MatK
Nov 01 Matk
April 4 CJKL OCC4 04 MatK Sub
Grup IB
Mei 1 CKRG OCC5 01 Matk
Jun-1 CUJKLN OCC6 01 Matk Grup II

0.050

Gambar 3.3 Konstruksi pohon filogenetik 10 sampel feses badak jawa

menggunakan metode Neighboor-Joining (NJ) dengan bootstrap
1000 kali pengulangan dan model K2P berdasarkan barcode gen
matK.
14

3.1.10 Konstruksi pohon filogenetik 10 sampel tumbuhan yang diduga sebagai

pakan badak jawa
Data jarak genetik pada Tabel 7 diatas kemudian diproses lebih lanjut
dengan merekonstruksi pohon filogenetiknya seperti yang terlihat pada Gambar 4
berikut ini.

Bisoro 100 MatK

matK
100Ciciap Pulus
Sub
matK
MatK Grup IA
Calik Angin
90 Matk Grup I
100Kitanah
Sulangkar MatK
matK Sub
Kiteja Grup IB

MatK
matK
MatK
matK Sub
Grup IIA

Matk
Grup II
Lampeni Matk
75 Sub
Katumpang Mengkudu
Matk Grup IIB
73
86 Matk

0.020

Gambar 3.4 Konstruksi pohon filogenetik 10 sampel tumbuhan yang diduga

sebagai pakan badak jawa menggunakan metode Neighboor-Joining
(NJ) dengan bootstrap 1000 kali pengulangan dan model K2P
berdasarkan barcode gen matK.
 15

3.1.11 Konstruksi pohon filogenetik 10 sampel feses badak jawa dan

10 sampel tumbuhan yang diduga sebagai pakan badak jawa
Data jarak genetik pada Tabel 8 diatas kemudian diproses lebih lanjut
dengan merekonstruksi pohon filogenetiknya seperti yang terlihat pada gambar 5
berikut ini.

100 Bisoro MatK

matK
99 Ciciap MatK
matK
100 MeiMei
1 CKRG
1 CKRGOCC5
OCC501A01 Matk
83 Pulus Matk
Apr April
4 CJKL OCC4 04A
4 CJKL C4 04 MatK
Sub Grup IA
63 46 Calik
OC Angin matK
MatK
100 Kitanah Kiteja MatK
matK
Lampeni Matk
Katumpang MengkuduMatk
81 Matk
Grup I
74 Matk
93
Sulangkar matK MatK
Nov 101
Nov Matk OCC11 T1A02 Nov 1 CTDHN OCC11
CTDHN
100 Nov 1 1 Mat
matK
K
MatK Sub Grup IB
Ags77CGKD
95 Ags matK OCC8 07C
AgsAgs
4 CGKD
4 MatkOCC8 04B
68 JULI 4 CGKD
Jul 4 CGKD OCC7
OCC7 04 Matk
04B
Jan Jan 1 T05
1 CBNR O CC1
OCC1 01 01 MatK
OktOkt 3 1 matK
3 RRKUG OCC10
MatK Jun 1 CUJKLN
Jun-1 CUJKLNOCC6
OCC601B
01 Matk Grup II

0.050

Gambar 3.5 Konstruksi pohon filogenetik 10 sampel feses badak jawa dan 10 sampel
tumbuhan yang diduga sebagai pakan badak jawa menggunakan metode
Neighboor-Joining (NJ) dengan bootstrap 1000 kali pengulangan dan
model K2P berdasarkan barcode gen matK
16

3.2 Pembahasan

3.2.1 Konsentrasi dan Kualitas DNA Sampel

Pengukuran konsentrasi dan kualitas DNA dari hasil ekstraksi 20 sampel

yang digunakan pada penelitian kali ini diukur dengan menggunakan alat
Nanodrop pada panjang gelombang 260 nm dan 280 nm. Kemurnian dan kualitas
DNA dapat dihitung melalui perbandingan panjang gelombang A260 nm dengan
A280 nm. Hasil data Tabel 3, rasio kualitas DNA 10 sampel tumbuhan yang
diduga sebagai pakan badak jawa berkisar antara 1.811–1.978, sedangkan rasio
kualitas DNA 10 sampel feses badak jawa berkisar antara 1.825–1.990. Hasil data
yang diperoleh, menunjukkan bahwa kualitas DNA dari 20 sampel telah murni
dan bebas dari pengotor seperti RNA dan protein dikarenakan berkisar antara 1.8–
2.0 (Sambrook et al. 1989).
Hasil konsentrasi DNA 10 sampel feses badak jawa berkisar antara 0.707–
11.034 (ng/µl), sedangkan hasil konsentrasi DNA 10 sampel tumbuhan yang
diduga sebagai pakan badak jawa diperoleh berkisar antara 0.825–43.066 (ng/µl).
Menurut Garg et al. (2018), hasil konsentrasi DNA dari suatu sampel yang
diekstraksi dipengaruhi oleh lamanya penyimpanan sampel yang telah dikoleksi.
Hal ini dapat dilihat dengan adanya perbedaan konsentrasi antara sampel feses
badak jawa dan sampel tumbuhan yang diduga sebagai pakan badak jawa.
Konsentrasi DNA untuk sampel feses badak jawa lebih rendah karena faktor
penyimpanan sampel yang sudah cukup lama yaitu dari tahun 2019. Adanya
penurunan konsentrasi DNA disebabkan oleh terjadinya proses degradasi DNA.
Adanya perbedaan konsentrasi dari setiap sampel memiliki pengaruh
terhadap tebal atau tidaknya pita produk PCR yang dihasilkan. Konsentrasi DNA
sampel tumbuhan yang diduga sebagai pakan badak jawa memiliki nilai yang
lebih tinggi dibandingkan konsentrasi DNA pada sampel feses badak jawa
sehingga menghasilkan ketebalan pita produk PCR yang berbeda. Pita produk
PCR yang dihasilkan pada 10 sampel tumbuhan yang diduga sebagai pakan badak
jawa (Gambar 2) terlihat lebih tebal dibandingkan dengan pita produk PCR pada
10 sampel feses badak jawa (Gambar 1). Hal ini sesuai dengan pernyataan
Obradovic et al. (2013), konsentrasi DNA memiliki pengaruh terhadap kualitas
pita produk PCR yang dihasilkan. Konsentrasi DNA yang rendah akan
menghasilkan pita produk PCR yang lebih tipis. PCR inhibitor juga menjadi
masalah dalam proses pembentukan pita produk PCR, adanya senyawa seperti
polisakarida dan fenolik di jaringan tumbuhan menyebabkan pita produk PCR
yang dihasilkan menjadi lebih tipis (Samarakoon et al. 2013). Hal ini dapat dilihat
pada sampel feses badak jawa bulan April (Gambar 1) yang memiliki konsentrasi
11.034 ng/µl, namun menghasilkan pita produk PCR lebih tipis. Sampel bulan
April diduga menghasilkan senyawa inhibitor ketika dilakukan proses ekstraksi
DNA. Proses ekstraksi DNA sampel feses badak jawa menggunakan berbagai
jenis bagian daun tumbuhan yang masih tersisa di feses tersebut.
 17

3.2.2 Identifikasi spesies dari feses badak jawa berdasarkan

marka molekuler matK menggunakan BLAST-n NCBI

Identifikasi suatu spesies melalui karakter morfologinya saat ini mulai

tergantikan oleh pendekatan berbasis DNA. Tingkat kecepatan dan ketepatan yang
lebih akurat menjadi alasan metode identifikasi spesies melalui molekuler
dipercaya menghasilkan data yang lebih aktual dan tepat (Leray et al. 2019).
Analisis dan identifikasi pakan badak jawa dari 10 sampel feses badak jawa
dilakukan dengan BLAST-n NCBI, didapatkan query cover dan similar identity
dari setiap sampel. Query cover menunjukkan persentase dari panjang nukleotida
suatu sampel yang sesuai dengan panjang sekuens database di dalam GenBank.
Persentase identitas atau kecocokan antara runtutan nukleotida sampel dengan
sekuens database yang tersejajarkan dapat dilihat dari nilai similar identity.
Semakin tinggi nilai query cover dan similar identity yang dihasilkan
menunjukkan kecocokan antara sekuens sampel dengan sekuens database yang
terdapat di dalam GenBank (Newell et al. 2013).
Data Tabel 5 menunjukkan rentang nilai query cover 99–100% dan similar
identity 88.96–99.66% dari 10 sampel feses badak jawa, terdapat 4 jenis
tumbuhan yang diduga ada pada sampel feses tersebut. Sampel feses bulan April,
Mei, dan Juni menghasilkan tiga jenis tumbuhan yang berbeda, sementara sampel
feses bulan Januari, Juli, Agustus, Oktober, dan November menghasilkan satu
jenis tumbuhan yang sama. Sampel feses bulan April memiliki nilai quary cover
99.00% dan similar identity 96.05% pada tumbuhan Terminalia guyanensis
(Combretaceae), sampel feses bulan Mei memiliki nilai quary cover 100% dan
similar identity 97.65% pada tumbuhan Morus celtidifolia (Moraceae), sampel
feses bulan Juni memiliki nilai quary cover 100% dan similar identity 88.96%
pada tumbuhan Dillenia indica (Dilleniaceae), sementara sampel feses bulan
Januari, Juli, Agustus, Oktober, dan November memiliki nilai query cover yang
sama yaitu 99.00% namun terdapat perbedaan pada nilai similar identity untuk
bulan Januari yaitu 99.55%. Adanya perbedaan tersebut diduga terjadi proses
mutasi diakibatkan adanya pengaruh dari lingkungan yang mengakibatkan
runtutan nukleotida antar sesama spesies menjadi berbeda. Leea coccinea
(Vitaceae) merupakan bagian dari tumbuhan vaskular (Angiospermae), hal ini
sesuai dengan penyataan Soltis et al. (2002), tingkat evolusi molekuler dari
tumbuhan vaskular sangat bervariasi dan seringkali berkolerasi dengan pola
adaptasi.

3.2.3 Identifikasi spesies tumbuhan yang diduga sebagai pakan badak jawa
berdasarkan marka molekuler matK menggunakan BLAST-n NCBI

BLAST-n NCBI digunakan untuk mengidentifikasi spesies tumbuhan yang

diduga sebagai pakan badak. Tabel 6 menunjukkan rentang nilai query cover 94–
100% dan similar identity 93.89–99.40% dari 10 sampel tumbuhan tersebut.
Terdapat beberapa spesies tumbuhan yang tidak cocok dengan tingkat famili,
genus hingga spesies yang terdapat pada GenBank. Calik angin (Mallotus
floribundus) dan katumpang (Borreria laevis) memiliki perbedaan pada tingkat
famili. Ciciap (Ficus septica), kitanah (Zanthoxylum sp.), dan pulus
(Dendrocnide stimulans)
18

memiliki perbedaan pada tingkat genus. Bisoro (Ficus hispida), kiteja

(Cinnamomum iners), lampeni (Ardisia humilis), dan sulangkar (Leea indica)
memiliki perbedaan pada tingkat spesies. Hanya mengkudu (Morinda citrifolia)
yang memiliki kecocokan hingga tingkat spesies. Perbedaan hasil ini diduga
terkait dengan belum adanya database tumbuhan yang terdapat di TNUK, Banten
pada GenBank. Menurut Kress (2017), konsep dari DNA barcoding adalah DNA
barcode dari suatu sampel yang tidak diketahui akan disejajarkan dengan
perpustakaan DNA barcode (GenBank) melalui algoritma pencocokan dengan
sekuens terdekatnya. Saat ini, diperkirakan terdapat sekitar 380000 tanaman darat
di dunia, yang terdiri atas 352000 golongan Angiospermae, 1300 golongan
Gymnospermae, 13000 golongan lumut dan paku-pakuan (Fazekas et al. 2012).

3.2.4 Jarak genetik dan konstruksi pohon filogenetik sampel feses

badak jawa berdasarkan model K2P dengan metode Neighbor-
Joining

Sepuluh sampel feses badak jawa kemudian dilakukan analisis jarak

genetik dan konstruksi pohon filogenetiknya untuk mengetahui hubungan
kekerabatan antar sampel. Jarak genetik digunakan untuk mengetahui variasi dan
diferensiasi genetik antar populasi (Cavalli-sforza 1997). Model Kimura-2-
Parameter (K2P) digunakan untuk menghitung jarak genetik antar sampel feses
badak jawa. Tabel 6 menunjukkan jarak genetik antar 10 sampel feses, dapat
dilihat sampel pada bulan Januari, Juli, Agustus, Oktober, dan November memiliki
rentang jarak genetik yang rendah yaitu 0–0.11% (0.0000–0.0011) yang
mengindikasikan bahwa sampel tersebut memiliki variasi nukleotida yang sangat
kecil dan kemungkinan berasal dari organisme yang sama, yaitu Leea coccinea.
Jarak genetik yang telah didapatkan pada setiap sampel kemudian
dilanjutkan dengan analisis filogenetik melalui diagram pohon atau yang dikenal
sebagai pohon filogenetik (Brinkman dan Leipe 2001). Salah satu tujuan dari
pembuatan pohon filogenetik adalah untuk mengkonstruksi dengan tepat
hubungan antar setiap organisme dan melihat perbedaan yang terjadi dari satu
nenek moyang kepada keturunannya (Dharmayanti 2011). Metode Neighbor-
Joining digunakan karena kecepatan dan ketepatannya dalam membangun pohon
filogenetik (Telles et al. 2018). Gambar 3 menunjukkan pohon filogenetik 10
sampel feses badak jawa, terbentuk dua grup utama yaitu grup I dan grup II. Grup
I membentuk dua sub grup yaitu sub grup IA yang terdiri atas sampel bulan
Januari (Jan 1 CBNR OCC1 01), Juli (Jul 4 CGKD OCC7 04B), Agustus (Ags 4
CGKD OCC8 04B), Agustus (Ags 7 CGKD OCC8 07C), Oktober (Okt 3
RRKUG OCC10 T3C01), November (Nov 1 CTDHN OCC11 T1A01), dan
November (Nov 1 CTDHN OCC11 T1A02),
sedangkan sub grup IB terdiri atas sampel bulan April (Apr 4 CJKL OCC4 04A),
dan Mei (Mei 1 CKRG OCC5 01A). Grup II hanya terdiri atas satu sampel yaitu
bulan Juni (Jun 1 CUJKLN OCC6 01B). Sub grup IA memiliki panjang cabang
yang sangat pendek, menurut Dharmayanti (2011), panjang cabang
menggambarkan jumlah substitusi basa yang dapat berupa polimorfisme DNA
atau haplotipe. Leea coccinea diduga menjadi spesies yang terdapat pada sub grup
IA. Sampel bulan April dan Mei yang terdapat pada sub grup IB memiliki
hubungan yang masih berkerabat, diduga sebagai spesies Terminalia guyanensis
(Combretaceae) dan Morus celtidifolia (Moraceae), sementara pada grup II
sampel
 19

bulan Juni memiliki hubungan kerabat yang jauh dari bulan-bulan lainnya dan
diduga sebagai spesies Dillenia indica (Dilleniaceae).
Valid atau tidaknya data menjadi hal yang krusial di dalam suatu pohon
filogenetik, diperlukan suatu analisis untuk menguji hal tersebut. Analisis
bootstrap adalah metode yang digunakan untuk menguji seberapa baik set data
model dengan konsep resampled. Cabang-cabang dalam pohon filogenetik yang
diprediksi menjadi signifikan jika set data resampled seharusnya dilakukan
berulangkali (sebagai contoh > 70%) memprediksi cabang-cabang yang sama
(Felsenstein 1988). Jika nilai bootstrap rendah maka sekuen seharusnya
dikeluarkan dari analisis untuk mendapatkan sebuah pohon filogenetik yang dapat
dipercaya. Gambar 3 menunjukkan nilai bootstrap pada 70%, 99%, dan 100%,
sehingga validitas pohon filogenetik dapat dipercaya.

3.2.5 Jarak genetik dan konstruksi pohon filogenetik sampel tumbuhan yang
diduga sebagai pakan badak jawa berdasarkan model K2P dengan
metode Neighbor-Joining

Sebanyak 10 sampel tumbuhan yang diduga sebagai pakan badak jawa

yang telah disekuensing kemudian dianalisis menggunakan program MEGA 7
untuk mengetahui jarak genetik dan konstruksi pohon filogenetiknya.
Tabel 7
menunjukkan nilai jarak genetik setiap sampel pada rentang 2.29–28.77%
(0.0229– 0.2877). Sampel bisoro (Ficus hispida) dan ciciap (Ficus septica)
memiliki jarak genetik yang kecil yaitu 2.29% dan berasal dari famili yang sama
yaitu Moraceae. Hal ini sesuai dengan pernyataan Nithaniyal et al. (2014),
jarak genetik antar individu dari spesies yang sama (intraspesifik) memiliki
kisaran persentase perbedaan 0.00–0.49%, sedangkan jarak genetik antar spesies
(interspesifik) memiliki kisaran persentase perbedaan 0.00–2.60% untuk barcode
matK, terbukti bisoro (Ficus hispida) dan ciciap (Ficus septica) merupakan
spesies yang berbeda. Konstruksi pohon filogenetik kemudian dilakukan untuk
melihat hubungan kekerabatan antar spesies. Pohon filogenetik dari 10 sampel
tumbuhan yang diduga sebagai pakan badak membentuk dua grup besar (Gambar
4). Grup I membentuk dua sub grup, dimana sub grup IA terdiri atas bisoro (Ficus
hispida) dan ciciap (Ficus septica) dari famili Moraceae masih memiliki
kekerabatan dengan pulus (Dendrocnide stimulans) dari famili Urtiaceae,
sementara sub grup IB terdiri atas Mallotus floribundus atau calik angin
(Euphorbiaceae) masih berkerabat dengan Zanthoxylum sp. atau kitanah
(Rutaceae). Grup II membentuk dua sub grup, yaitu sub grup IA diisi oleh
sulangkar (Leea indica) dari famili Vitaceae, sementara famili Rubiceae,
Lauraceae, Primulaceae yang terdiri atas katumpang (Borreria laevis),
mengkudu (Morinda citrifolia), kiteja (Cinnamomum iners), dan lampeni
(Ardisia humilis) membentuk sub grup IIB.
20

3.2.6 Analisis hubungan kekerabatan sampel feses badak jawa

dengan sampel tumbuhan yang diduga sebagai pakan badak
jawa

Analisis jarak genetik dan pohon filogenetik digunakan untuk melihat

hubungan antara 10 sampel feses badak jawa dengan 10 sampel tumbuhan yang
diduga sebagai pakan badak jawa. Hasil analisis jarak genetik dengan model K2P
dapat dilihat pada Tabel 8. Sampel feses pada bulan Januari (Jan 1 CBNR OCC1
01), Juli (Jul 4 CGKD OCC7 04B), Agustus (Ags 4 CGKD OCC8 04B), Agustus
(Ags 7 CGKD OCC8 07C), Oktober (Okt 3 RRKUG OCC10 T3C01), November
(Nov 1 CTDHN OCC11 T1A01), dan November (Nov 1 CTDHN OCC11
T1A02)
memiliki tingkat perbedaan yang sangat kecil dengan sampel tumbuhan sulangkar
(Leea indica) yaitu berkisar 1.59–1.71% (0.0159–0.0171), pada barcode matK
jarak genetik antar individu dari spesies yang sama (intraspesifik) memiliki
kisaran persentase perbedaan 0.00–0.49%. Kecilnya jarak genetik yang dihasilkan
dan kesamaan genus antar sampel feses dan tumbuhan menandakan barcode matK
cocok digunakan untuk mengidentifikasi suatu spesies. Hal ini sesuai dengan
penelitian Nithaniyal et al. (2014), barcode matK memiliki kemampuan sebesar
96.5% untuk mengidentifikasi 117 sampel tumbuhan berbeda spesies pada 34
famili.
Pohon filogenetik antara 10 sampel feses badak jawa dengan 10 sampel
tumbuhan yang diduga sebagai pakan badak jawa dapat dilihat pada Gambar 5,
terlihat adanya dua grup besar yang terbentuk yaitu grup I dan grup II. Sampel
bulan Mei (Mei 1 CKRG OCC5 01A) berkerabat dekat dengan tumbuhan bisoro
(Ficus hispida) dan ciciap (Ficus septica) dan ketiganya berasal dari famili
Moraceae. Sampel bulan April (Apr 4 CJKL OCC4 04A) yang diduga dari famili
Combretaceae berkerabat dengan tumbuhan Mallotus floribundus atau calik angin
(Euphorbiaceae) dan Zanthoxylum sp. atau kitanah (Rutaceae). Kedua bulan
tersebut termasuk ke dalam sub grup IA, sementara sampel bulan Januari (Jan 1
CBNR OCC1 01), Juli (Jul 4 CGKD OCC7 04B), Agustus (Ags 4 CGKD OCC8
04B), Agustus (Ags 7 CGKD OCC8 07C), Oktober (Okt 3 RRKUG OCC10
T3C01), November (Nov 1 CTDHN OCC11 T1A01), dan November (Nov 1
CTDHN OCC11 T1A02) memiliki hubungan kekerabatan dengan sampel
sulangkar (Leea indica) dan membentuk sub grup IB. Sampel bulan Juni (Jun 1
CUJKLN OCC6 01B) yang diduga sebagai famili Dilleniaceae membentuk grup
II dan masih berkerabat dengan famili Vitaceae. Pola pohon filogenetik yang
terbentuk sesuai dengan hasil penelitian Hilu et al. (2003), bahwa famili
Dilleniacea dan Vitaceae masih memiliki hubungan kekerabatan. Adanya
kecocokan pada tingkat genus antara sampel feses bulan Januari, Juli, Agustus,
Oktober, dan November dengan sampel tumbuhan sulangkar (Leea indica),
diduga tumbuhan tersebut menjadi pakan favorit bagi badak jawa. Hal ini sesuai
dengan penelitian Rahmat et al. (2008), sulangkar (Leea indica) termasuk salah
satu tumbuhan pakan yang disukai oleh badak jawa, di mana tingkat pertumbuhan
dan pola sebarannya tinggi dan mengelompok.
 21

IV SIMPULAN DAN SARAN

4.1 Simpulan

Badak jawa (Rhinoceros sondaicus sondaicus) yang terdapat di TNUK,

Banten memiliki preferensi dalam memilih tumbuhan pakannya. Tumbuhan Leaa
coccinea dari famili Vitaceae ditemukan sebanyak 7 kali pada sampel feses
dengan bulan yang berbeda. Tumbuhan Leea spp. yang ada di TNUK menurut
daftar pakan yang telah diketahui terdiri atas Leea indica (Sulangkar), Leea rubra
(Kibiawak), Leea angulata (Kibuaya). Sulangkar (Leea indica) memiliki
hubungan kekerabatan yang sangat dekat dengan Leea coccinea, sehingga diduga
bahwa sulangkar (Leea indica) menjadi pakan favorit yang ditemukan dalam
penelitian ini dengan menggunakan barcode gen matK. Sumber pakan lainnya
adalah tumbuhan Terminalia guyanensis (Combretaceae), Morus celtidifolia
(Moraceae), dan Dillenia indica (Dilleniaceae). Hasil jarak genetik dan hubungan
kekerabatan pohon filogenetik antara sampel feses dan tumbuhan yang diduga
sebagai pakan badan jawa menunjukkan kecocokan hingga tingkat genus.

4.2 Saran

Hasil analisis dari feses badak jawa (Rhinoceros sondaicus sondaicus)

menggunakan primer matK dalam penelitian ini dapat dimanfaatkan keperluan
datanya untuk menentukan upaya pelestarian tumbuhan di dalam habitat badak
jawa guna membantu usaha konservasi. Penelitian lebih lanjut mengenai
keanekaragaman pakan badak jawa melalui analisis fesesnya juga perlu dilakukan
dan diperlukan adanya data pustaka genom tumbuhan yang ada di TNUK, Banten
untuk mempermudah menentukan pakan badak jawa agar lebih aktual dan tepat.
22

DAFTAR PUSTAKA

Ali MA, Gyulai G, Al-Hermaid F. 2015. Plant DNA Barcoding and Phylogenetics.
Saarbrucken (DE). Lambert Academic Publishing.
Brinkman FSL, Leipe DD. 2001. Phylogenetics analysis. Meth Biochem Anal.
43:323-358.
Brook SM, Dudley N, Mahood SP, Polet G, Williams AC, Duckworth JW, Ngoc
TV, Long B. 2014. Lessons learned from the loss of a flagship: The
extinction of the Javan rhinoceros Rhinoceros sondaicus annamiticus from
Vietnam. Biological Conservation. 174:21-29.
Cavalli-sforza LL. 1997. Genes, peoples and languages. PNAS. 94(15):7719 -
7724. [CBOL] Consortium Barcode of Life Plant Working Group. 2009. A DNA
barcode
for land plants. PNAS. 106(31):12794-12797.
Dharmayanti NLPI. 2011. Filogenetika molekuler: Metode taksonomi organisme
berdasarkan sejarah evolusi. Wartazoa. 21(1):1-10.
Fazekas AJ, Kuzmina ML, Newmaster SG, Hollingsworth PM. 2012. DNA
barcoding methods for land plants. Methods Mol Biol. 858:223-252
Felsenstein J. 1988. Phylogenies from molecular sequences: Inferences and
realibility. Annual Review of Genetics. 22:521-565.
Garg Rk, Sengar K, Singh RK. 2018. Comparative analyses of genomic DNA
extracted from freshwater fish tissues preserved in formaldehyde and
alcohol in different periods of time. Journal of Applied Biology &
Biotechnology. 6(4):26-31.
Hariyadi ARS, Priambudi A, Setiawan R, Daryan D, Yayus A, Purnama H. 2011.
Estimating the population structure of Javan rhinos (Rhinoceros sondaicus)
in Ujung Kulon National Park using the markrecapture method based on
video and camera trap identification. Pachyderm. 49:90-99.
Hebert PDN, Cywinska A, Ball SL, deWaard JR. 2003. Biological identifications
through DNA barcodes. Proc Biol Sci. 270(1512):313-321.
Hidayat D, Nitibaskara TU, Iskandar S. 2016. Keanekaragaman jenis pakan badak
jawa (Rhinoceros sondaicus Desmarest) pada habitat rumpang di resort
Citelang Taman Nasional Ujung Kulon Pandeglang Banten. Nusa Sylva.
16(2):60-64.
Hilu et al. 2003. Angiosperm phylogeny based on matK sequence information.
American Journal of Botany. 90(12):1758-1776.
Kimura M. 1980. A simple method for estimating evolutionary rate of base
substitutions through comparative studies of nucleotide sequences. Journal
of Molecular Evolution. 16:111-120.
Kress WJ. 2017. Plant DNA barcodes: applications today and in the future.
Journal of Systematics and Evolution. 55:291-307.
Kumar S, Stecher G, Tamura K. 2016. MEGA7: Molecular Evolutionary Genetics
Analysis Version 7.0 for Bigger Datasets. Mol Biol Evol. 33(7):1870-1874.
Lekagul B, McNeely J. 1977. Mammals of Thailand. Bangkok (TH):
Sahakarnbhat Co.
Leray M, Knowlton N, Shian-Lei H, Nguyen BN, Machida RJ. 2019. GenBank is
a reliable resource for 21st century biodiversity research. PNAS.
116(45):22651-22656.
 23

Mahmud R, Kartono AP, Prasetyo LB. 2020. Preferensi relung pakan badak jawa
dan banteng. Media Konservasi. 25(1):81-88.
Merrill ED. 1919. Notes on the flora of Sumatra. Philipp. J. Sci. 14(2):245.
Muntasib, H. 2002. Penggunaan ruang habitat oleh badak jawa (Rhinoceros
sondaicus Desm. 1822) di Taman Nasional Ujung Kulon [disertasi]. Bogor
(ID): Institut Pertanian Bogor.
Newell PD, Fricker AD, Roco CA, Chandrangsu P, Merkel SM. 2013. A small-
group activity introducing the use and interpretation of BLAST. Journal of
Microbiology and Biology Education. 14(2):238-243.
Nithaniyal S, Newmaster SG, Ragupathy S, Krishnamoorthy D, Vassou SL, Parani
M. 2014. DNA barcode authentication of wood samples of threatened and
commercial timber trees within the tropical dry evergreen forest of India.
Plos One. 9:1-11.
Obradovic J, Jurisic V, Tosic N, Mrdjanovic J, Perin B, Pavlovic S, Djordjevic N.
2013. Optimization of PCR conditions for amplification of GC-rich EGFR
promotor sequence. Journal of Clinical Laboratory Analysis. 27:487-493.
Rahmat UM. 2009. Genetika populasi dan strategi konservasi badak jawa
(Rhinoceros sondaicus Desmarest 1822). JMHT. 15(1):83-90.
Rahmat UM, Santosa Y, Kartono AP. 2008. Analisis preferensi habitat badak
jawa (Rhinoceros sondaicus, Desmarest 1822) di Taman Nasional Ujung
Kulon. JMHT. 14(3):115-124.
Rinaldi D, Mulyani YA, Arief H. 1997. Status populasi dan perilaku badak jawa
(Rhinoceros sondaicus Desmarest) di TN Ujung. Media Konservasi. Edisi
khusus:41-47.
Rookmaaker LC. 1980. The distribution of the Rhinoceros in eastern India,
Bangladesh, China, and the Indo-Chinese region. Zool. Anz. 205:253-268.
Samarakoon T, Wang SY, Alford MH. 2013. Enhancing PCR amplification of
DNA from recalcitrant plant specimens using a trehalose-based additive.
Applications in Plant Sciences. 1(1):1-3.
Sambrook J, Fritsch EF, Maniatis T. 1989. Molecular cloning: A laboratory
manual. New York (US): Cold Spring Harbor Laboratory Press.
Setiawan et al. 2018. Preventing global extinction of the javan rhino: tsunami risk
and future conservation direction. Conservation Letters. 11(1):1-9.
Soltis PS, Soltis DE, Savolainen V, Crane PR, Barraclough TG. 2002. Rate
heterogeneity among lineages of tracheophytes: integration of molecular
and fossil data and evidence for molecular living fossils. PNAS. 99(7):4430-
4435.
Sutoyo. 2010. Keanekaragaman hayati Indonesia suatu tinjauan: masalah dan
pemecahannya. Buana sains. 10(2):101-106.
Telles GP, Araujo GS, Walter MEMT, Brigido MM, Almeida NF. 2018. Live
neighbor-joining. BMC Bioinformatics. 19(172):1-13.
24

RIWAYAT HIDUP

Penulis dilahirkan di kota Pontianak pada 7 Oktober 1998 sebagai anak

pertama dari pasangan Alian Zultami dan Sulastri. Pendidikan sekolah menengah
atas (SMA) ditempuh di sekolah SMA Negeri 1 Pontianak dan lulus pada tahun
2016. Pada tahun 2016 penulis diterima sebagai mahasiswa program sarjana (S-1)
di program studi Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam di
IPB. Selama mengikuti program S-1, penulis aktif menjadi pengurus Himpunan
Organisasi Biologi (Himabio) IPB pada tahun 2017-2019 dan pernah menjadi
asisten akademik di bidang fisiologi tumbuhan dan instrumentasi biologi
lingkungan pada tahun 2019.