Nama: Fitri Kurnia Anggraeni

NPM: 2250397014
D4 TLM Alih Jenjang
Pengenalan Online Database
Protein Data Bank
A. GP120 adalah glikoprotein yang berada di permukaan selubung virus HIV. GP120 memiliki
peran penting dalam masuknya virus HIV ke dalam sel.
1. Cari protein tersebut pada website https://www.rcsb.org/

2. Temukan data yang bernama HIV gp120 C5

Q1. Sebutkan nama penulis publikasi yang memasukkan data tersebut! Caffrey,
M., Jacobs, A., Guilhaudis, L.
Q2. Apa metode yang digunakan peneliti untuk mendapatkan struktur 3D protein
tersebut? SOLUTION NMR

3. Klik nama HIV gp120 C5

Q3. Berapa berat molekul protein tersebut? 2.67 kDa
Q4. Berapa panjang asam amino penyusun protein tersebut? 23
Q5. Screenshot struktur 3D protein tersebut!
B. MT64 adalah protein lestari yang ada pada M. tuberculosis
1. Cari protein tersebut pada website https://www.rcsb.org/

2. Temukan data The solution structure of antigen MPT64 from Mycobacterium

tuberculosis defines a novel class of beta-grasp proteins
Q1. Apa metode yang digunakan peneliti untuk mendapatkan struktur 3D protein
tersebut? SOLUTION NMR
Q2. Dari organisme mana protein tersebut berasal? Mycobacterium tuberculosis
H37Rv
3. Klik nama The solution structure of antigen MPT64 from Mycobacterium tuberculosis
defines a novel class of beta-grasp proteins
Q3. Pada organisme apa protein tersebut diekspresikan? Escherichia coli BL21(DE3)
Q4. Berapa berat molekul protein tersebut? 22.38 kDa
Q5. Berapa panjang asam amino penyusun protein tersebut? 204
Q6. Screenshot struktur 3D protein tersebut!
 Praktikum Bioinformatika
Pengenalan Online Database
UniProt

A. Lisozim pada manusia merupakan lisozim tipe c. Enzim ini mampu menyerang bakteri
dengan cara menyerang dinding selnya sehingga menjadi porous dan bakteri kehilangan
cairan sel, akhirnya mati.
1. Cari enzim tersebut pada website https://www.uniprot.org/uniprot/
2. Temukan lisozim C yang berasal dari manusia dengan nama gen LZM.
3. Klik kode enzim tersebut
Q1. Apa fungsi enzim tersebut? Lysozymes have primarily a bacteriolytic function;
those in tissues and body fluids are associated with the monocyte-macrophage system
and enhance the activity of immunoagents
Q2. Berapa sisi aktif yang dimiliki oleh enzim tersebut? Ada 2 sisi Aktif
Q3. Sebutkan posisi sisi aktifnya! 53 & 71
4. Scroll halaman tersebut hingga menemukan struktur 3D enzim tersebut
Q4. Screenshot stukturnya!

Q5. Apa metode yang digunakan untuk mendapatkan struktur tersebut? X-Ray, NMR,
Neutron, Predicted.

B. Hemaglutinin merupakan salah satu faktor virulensi dari virus Influenza.

1. Cari protein tersebut pada website https://www.uniprot.org/uniprot/
2. Temukan hemagglutinin dari Influenza A Virus dengan kode entry R4HHX3
3. Klik kode enzim tersebut
Q1. Apa fungsi protein tersebut?

Q2. Berapa berat molekul protein tersebut? 63,236

Q3. Berapa panjang asam amino penyusun protein tersebut? 566
4. Jika anda perhatikan, protein tersebut berasal dari virus Influenza yang diisolasi dari
daerah Jakarta, pada halaman website tersebut ternyata diberikan informasi bahwa
protein hemagglutinin dari Influenza A Jakarta memiliki kemiripan dengan Influenza A
dari daerah lain.
Q4. Sebutkan daerah tersebut !
 Praktikum Bioinformatika
Pengenalan Online Database
KEGG

1. Buka website KEGG

2. Klik KEGG pathway
3. Scroll kebawah, temukan bagian 6. Human Diseases
4. Temukan penyakit Rheumatoid Arthritis pada bagian 6.3. Immune Diseases
Q1. Screenshot reaksi yang terjadi pada penyakit tersebut!

5. Lanjutkan pencarian pada bagian Human Diseases

6. Temukan Hepatitis B pada bagian 6.9 Infectious disease: viral
Q2. Screeshot proses replikasi virus tersebut dan respon imun yang terjadi!