yang

Analisis Sekuensing Nukleotida Menggunakantinggi

BLAST dan (Basic
menghambat
Local
pertumbuhan patogen laut, termasuk
Alignment Search Tool)
Fasta DNA FEL 1 Bacillus pumilus

Alqoriffah Hasanah, 1904112019, Ilmu Kelautan, Fakultas Perikanan dan Kelautan,

Universitas Riau, Pekanbaru, Riau
Email: alqoriffah.hasanah2019@student.unri.ac.id

ABSTRACT
Bacterial isolate DNA analyzed data from the results of the isolation and identification of
bacterial isolates and test their activity against pathogens. Descriptive analysis, supported
by literature studies and the results of previous studies and the DNA test results were
analyzed using BLAST analysis.Bacillus pumilus is a Gram-positive, aerobic, spore-
forming bacillus commonly found in soil. The selected Fasta in the analytical test is FASTA
1 in the appendix. By using NCBI on the BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) tools.
Keyword: DNA, BLAST, Bacillus pumilus

PENDAHULUAN
Bacillus pumilus adalah basil
Gram-positif, aerobik, pembentuk
spora yang biasa ditemukan di tanah.
Spora Bacillus pumilus—dengan
pengecualian strain mutan ATCC
7061—umumnya menunjukkan
ketahanan yang tinggi terhadap tekanan
lingkungan, termasuk paparan sinar
UV, pengeringan, dan keberadaan
oksidator seperti hidrogen peroksida.
Strain B. pumilus yang ditemukan di
NASA Jet Propulsion Laboratory
ditemukan sangat resisten terhadap
hidrogen peroksida.
Strain B. pumilus yang diisolasi
dari udang windu (Penaeus monodon)
ditemukan memiliki toleransi garam
Vibrio alginolyticus, bila
dibudidayakan Bersama.
Bacillus pumilus mengandung
satu kromosom melingkar termasuk
sekitar 4000 gen dan 3600-3900 protein
dengan panjang yang bervariasi dalam
kisaran 3,7 hingga 3,8 Mbp. 41% dari
pasangan basa DNA pada B. pumilus
adalah G-C. Struktur seluler B. pumilus
mirip dengan spesies Bacillus lainnya
seperti B. subtilis, B. megaterium, dan
B. cereus, lapisan luar ikatan silang
peptidoglikan pada B. pumilus ditutupi
oleh asam teichoic dan lipoteichoic
sama seperti kebanyakan bakteri gram
positif lainnya. Asam-asam ini
mengandung poliglikosil fosfat dengan
mono- dan disakarida sebagai Fasta yang dipilih pada uji analilis
monomernya yang dapat berperan adalah FASTA 1 pada gambar berikut:
dalam adhesi ke permukaan yang
berbeda seperti sel inang.
Di sisi lain, gugus fosfat pada
permukaan Bacillus pumilus dapat
memberikan muatan negatif bersih
pada permukaan sel yang
memungkinkan untuk menangkap
beberapa kation penting seperti Ca2+
dan Mg2+ yang diperlukan untuk
kehidupan sel.
BAHAN DAN METODE
Bakteri isolate DNA dianalisis
data dari hasil isolasi dan identifikasi
isolate bakteri dan uji aktifitasnya Gambar 1. FASTA 1
terhadap pathogen. Analisisi secara Dengan menggunakan NCBI
deskriptif, didukung dengan studi pada tools BLAST (Basic Local
literatur dan hasil-hasil penelitian Alignment Search Tool).
terdahulu dan pada uji DNA hasil
dianalisi mengguakan analisis BLAST
yakni dilakukan dengan mengedit
urutan DNA hasil sekuensing, urutan
BLAST yakni dilakukan dengan
mengedit urutan DNA sekuensing,
urutan DNA di copy ke program
Notepad . Selanjutnya dilakukan
Gambar 2. Hasil BLAST FASTA 1
penelusuran melalui website
https://www.ncbi.nih.nlm.gov/ . Data Jenis bakteri yang terindentifikasi
yang di peroleh dari hasil sequence merupakan jenis bakteri Bacillus yakni
dianalisis meggunakan teknik BLAST, Bacillus pumilus.
paket program Clustal W, Mega.06, dan Fungsi Bacillus pumilus
Bioedit. Kemudian dilanjutkan dengan
pembuatan Filogenetik menggunakan Bacillus pumilus dapat
program Mega 11. mensekresikan enzim selulase untuk
mendegradasi selulosa menjadi glukosa
atau oligosakarida. Manfaat dari
fermentasi kotoran sapi dengan
HASIL DAN PEMBAHASAN
penggunaan Bacillus pumilus adalah
untuk menambah ketersediaan nutrien
media kultur (Indrawan, 2003).
Selanjutnya bakteri yang sudah
diidentifikasi melalui BLAST dibuat
filogenetik molekuler nya, yaitu
gambaran klasifikasi yang
menunjukkan hubungan kekerabatan
suatu spesies dengan nenek moyang
dan hubungan evolusioner antara
organisme.
Pohon Filogenetik diproses
menggunakan aplikasi Mega 11 untuk
melihat gambaran klasifikasi bakteri
Bacillus pumilus.
Gambar 3. Proses pembuatan
Filogenetik bakteri Bacillus pumilus
Dalam prosesnya mencari 3
perbandingan untuk bisa melihat hasil
perbandingan klasifikasi bakteri
Bacillus pumilus.
KESIMPULAN
Proses identifikasi hasil analisis
DNA dapat diproses melalui NCBI
dengan BLAST kemudian membuat
pohon Filogenetiknya menggunakan
aplikasi MEGA 11. Bakteri yang
didapat pada FASTA
(>2861773_RM3_1439bp) adalah jenis
bakteri Bacillus pumilus yang memiliki
fungsi dan kegunaan dapat
mensekresikan mensekresikan enzim
selulase untuk mendegradasi selulosa
menjadi glukosa atau oligosakarida.
DAFTAR PUSTAKA
Hendrick C a, Johnson LK, Tomes NJ,
Smiley BK, Price JP. Insertion
of Tn916 into Bacillus pumilus
plasmid pMGD302 and
evidence for plasmid transfer by
conjugation. Plasmid.
1991;26(1):1-9
Joo, G., Kim, Y., Lee, I., Song, K., and
Rhee, I. “Growth promotion of
red pepper plug seedlings and
the production of gibberellins
by Bacillus cereus, Bacillus
macroides and Bacillus
pumilus”. Biotechnology
Letters. 2004. Volume 26. p.
487-491.
Pan J, Huang Q, Zhang Y. Gene cloning
and expression of an alkaline
serine protease with dehairing
function from Bacillus pumilus.
Current microbiology.
2004;49(3):165-9. Available
at:http://www.ncbi.nlm.nih.gov
/pubmed/15386098. Accessed
April 11, 2012..
Tamura K., Stecher G., dan Kumar S.
(2021). MEGA 11: Analisis
Genetika Evolusi Molekuler
Versi 11. Biologi dan Evolusi
Molekuler
https://doi.org/10.1093/molbev/
1 msab120.
LAMPIRAN
Lampiran 1. Pohon Filogenetik
bakteri Bacillus pumilus

Keterangan
Hubungan evolusioner taksa 1. Saitou N. dan Nei M. (1987). Metode
tetangga-bergabung: Sebuah metode
Sejarah evolusi disimpulkan
baru untuk merekonstruksi pohon
menggunakan metode Neighbor-
Joining [1]. Pohon optimal ditampilkan. filogenetik. Biologi dan Evolusi
Persentase pohon ulangan di mana Molekuler 4:406-425.
taksa terkait mengelompok bersama
2. Felsenstein J. (1985). Batas
dalam uji bootstrap (1000 ulangan)
keyakinan pada filogeni: Pendekatan
ditunjukkan di bawah cabang [2].
menggunakan bootstrap. Evolusi
(sebelah cabang). Jarak evolusioner
39:783-791.
dihitung menggunakan metode
Maximum Composite Likelihooddan 3. Tamura K., Nei M., dan Kumar S.
dalam satuan jumlah substitusi basa per (2004). Prospek untuk menyimpulkan
lokasi. Analisis ini melibatkan 4 filogeni yang sangat besar dengan
sekuens nukleotida. Semua posisi menggunakan metode tetangga
ambigu telah dihapus untuk setiap bergabung. Prosiding National
pasangan urutan (opsi penghapusan Academy of Sciences (AS) 101:11030-
berpasangan). Ada total 566 posisi 11035.
dalam dataset akhir. Analisis
evolusioner dilakukan di MEGA 11.
4. Tamura K., Stecher G., dan Kumar S.
(2021). MEGA 11: Analisis Genetika
Evolusi Molekuler Versi 11. Biologi
dan Evolusi Molekuler
https://doi.org/10.1093/molbev/msab1
20.