4.1.

2 Analisis Prosedur Ekstraksi DNA

Metode Ekstrasi DNA adalah tahap awal penelitian molecular yang sangat

berpengaruh terhadap kualitas isolasi DNA, sehingga mendapatkan kualitas dan

kuantitas DNA yang tinggi. Prosedur ekstraksi DNA terbagi menjadi 2 macam yaitu

dengan menggunakan metode konvesional (lisis buffer) dan dengan menggunakan

Chelex 10%. Pengunaan kedua metode ini memiliki kelebihan dan kekurangan

masing-masing. Jika menggunakan metode Chelex 10% kelebihan yang didapat

adalah larutan/bubuk Chelex 100 resin ini mudah di dapat dan hasil yang didapatkan

lebih akurat. Kekurangan menggunakan metode Chelex 10 % ini adalah bubuk

Chelex 100 resin ini tergolong mahal harganya.

4.1.2.1 Ekstrak DNA Lysis Buffer

Lysis buffer merupakan salah satu metode ekstraksi DNA dengan

menggunakan larutan lysis buffer untuk proses pemecahan sel suatu organisme

makhluk hidup. Kekurangan dengan menggunakan metode larutan Lysis Buffer ialah

kemurnian DNA yang kurang karena adanya protein, RNA), mudah terkontaminasi,

serta berbahaya. Namun kelebihan dari larutan lysis buffer ini untuk ekstraksi DNA

adalah proses ekstraksinya yang mudah, dengan bahan yang digunakan memiliki

harga yang ekonomis dan mudah diperoleh. Alat dan bahan yang bisa digunakan

pada ekstraksi DNA lysis buffer diantaranya alkohol 96%, aquades, larutan lysis

buffer, microtube, sampel (hewan atau tumbuhan dengan perbandingan 1:2), katup

zip. Hasil dari isolasi DNA dengan menggunakan Metode Lysis buffer menghasilkan

DNA Genom dengan jumlah yang tidak terlalu banyak, sedangkan hasil isolasi DNA

dengan menggunakan isolasi DNA Thermal Lisis menghasilkan jumlah DNA Genom

yang relatif sedikit. Elektroforesis DNA Genom Thermal lisis menunjukkan hasil pita
genom tipis dan terlihat samar samar seperti tidak ada pita genom yang terbentuk.

Metode isolasi DNA menggunakan lysis buffer merupakan metode

isolasi yang menggunakan larutan buffer untuk proses pemecahan selnya.

Penggunaan larutan buffer pada proses isolasi menggunakan Tris HCl dengan pH 8.

Fungsi larutan buffer adalah untuk menjaga struktur DNA selama proses lisis dan

pemurnian. Pada tahap akhir pemberian buffer TE untuk menjaga DNA terjaga

selama penyimpanan. Hasil isolasi DNA dengan menggunakan metode isolasi lysis

buffer menghasilkan DNA genom dengan jumlah yang tidak terlalu banyak. Hasil

elektroforesis menunjukkan bahwa pita DNA genom yang nampak tipis walaupun

ada satu pita DNA genom yang terlihat jelas dan tebal. Pita DNA genom pada K1L

(sumur 2) jelas dan tebal menunjukkan bahwa konsentrasi DNA sangat baik.

(Buwono, et al. 2016)

4.1.2.2 Ekstraksi DNA Chelex 10%

Chelex 10% merupakan salah satu metode ekstraksi DNA dengan

menggunakan bubuk Chelex 100 resin. Dengan menggunakan metode Chelex 10%

hanya membutuhkan waktu yang relatif singkat, biaya operasional yang murah serta

tingkat keamanan lebih tinggi dibandingkan dengan metode yang lain dan hasilnya

lebih akurat karena menggunakan bubuk 100 resin. Namun metode ini juga

membuat DNA dan RNA yang dihasilkan relatif sedikit dan tahap pemanasan yang

dilakukan saat proses ekstraksi dapat merusak struktur rantai ganda DNA

( Denaturasi ) yang dihasilkan, selain itu bahan bubuk 100 resin relatif mahal. Alat

dan bahan yang digunakan dalam ekstraksi DNA Chelex 10% diantaranya hot plate,
bunsa, pisau bedah, mini sentrifuge, alkohol 96%, dan chelex 100 resin.

Istilah Chelex merupakan singkatan kata dari Chealiting Ion

Exchange Resin yang kemudian oleh sebuah perusahaan biokimia digunakan

menjadi sebuah nama dagang suatu produk ekstraksi DNA, yaitu Chelex. Reagen

yang terkandung dalam produk tersebut adalah sebuah resin yang dapat digunakan

untuk mengekstrak DNA dengan cara memanaskannya pada suhu tertentu (hot

shock), biasanya dilakukan dengan menggunakan hot plate pada suhu 95-100C

selama 30-45 menit. Selama proses ekstraksi, resin Chelex mampu melindungi

sampel dari enzim DNAse yang mungkin tetap aktif selama proses ekatraksi. Hal ini

dilakukan melalui pengikatan ion dan kation, salah satunya adalah pengikatan ion

Magnesium (Mg2+). (Marwayana, 2015)