Dezika Geniya

G84110065
Tugas Bioinformatika

Tugas Analisis Protein

Caspase 8, apoptosis-related cysteine peptidase [Xenopus laevis]

Tahap awal:
 Sekuens DNA protein dicari di website NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov).
 Pada query, pilih “Protein” dan ketik protein yang akan dianalisis pada kolom search. Klik
search.

 Selanjutnya akan muncul halaman hasil pencarian database Caspase 8 seperti di bawah ini.
 Klik “Caspase 8, apoptosis-related cysteine peptidase [Xenopus laevis]”

 Selanjutnya akan muncul halaman detail Caspase 8 yang telah dipilih seperti di bawah ini.
 Klik FASTA.

 Selanjutnya, akan muncul halaman yang memuat sekuens DNA Caspase 8 yang telah dipilih.
 Sekuens DNA (mulai dari MSD hingga NAM) di-block dan di-copy untuk analisis protein.
 Dezika Geniya
G84110065
Tugas Bioinformatika

1. Analisis protein menggunakan ExPASy ProtParam

 Buka website ExPASy ProtParam (http://web.expasy.org/protparam/)
 Paste sekuens DNA yang telah dicopy sebelumnya ke kolom sekuens.
 Klik Compute parameters.

 Selanjutnya akan muncul hasil analisis protein Caspase 8 seperti di bawah ini.

ProtParam
User-provided sequence:
10 20 30 40 50 60
MSDLLSSTVD AMNLADMNKL LFEISEDLDK TETLAMIFLC EKRVTAQEKE NIKDAKTLFL
70 80 90 100 110 120
CLKKKDLICY NDLSFLKELL YRIGRNDLLR GKLGVRTEEI KRIIEVSPQI SPYRILLYDI
130 140 150 160 170 180
SQGLSKKEVE DLKYLLDLST AKTENASILE IFLELEKVGK LHPDDLQKLK HDLETIGCKN
190 200 210 220 230 240
LSRNIEDYER ISEADNHRPE NLPDLFEKIS VQEEQVNCTA QEPFNGEQRT PQPETESDYC
250 260 270 280 290 300
QPQQHSHMNL ETYHLEKNPH GWCVVINNYD FKEARSQDCK YTDREGTAKD AEEITRIFNA
 Dezika Geniya
G84110065
Tugas Bioinformatika

310 320 330 340 350 360

RGYITEEHRD LTAANIQKTL EMYSKKDHAE KDSFVCFILS HGGVGTVCGC DGEEVEIKRL
370 380 390 400 410 420
TKYFNGQHCR SLINKPKIFF IQACQGKESH PKVDMDMDTS FYEPDANGSH LPLEADFLTA
430 440 450 460 470 480
FATVEDYTSL RHRENGSIYI QQLCKALTTY TNQDLIDILT SVNSDVANML FRLWRKNVTQ
490 500
MPSFKSELRK KLILPPPNAM

Number of amino acids: 500 Analisis menunjukkan bahwa terdapat 500 asam amino
yang terdapat pada protein Caspase 8. Caspase 8
Molecular weight: 57623.4
memiliki bobot molekul sebesar 57623.4 g/mol dan pH
Theoretical pI: 5.32 isoelektrik sebesar 5.32.
Amino acid composition:
Ala (A) 24 4.8%
Arg (R) 23 4.6%
Asn (N) 27 5.4%
Asp (D) 36 7.2%
Cys (C) 14 2.8%
Gln (Q) 21 4.2%
Glu (E) 47 9.4%
Gly (G) 19 3.8%
His (H) 14 2.8%
Ile (I) 32 6.4%
Leu (L) 56 11.2%
Lys (K) 41 8.2%
Met (M) 11 2.2%
Phe (F) 19 3.8%
Pro (P) 18 3.6%
Ser (S) 30 6.0%
Thr (T) 30 6.0%
Trp (W) 2 0.4%
Tyr (Y) 17 3.4%
Val (V) 19 3.8%
Pyl (O) 0 0.0%
Sec (U) 0 0.0%
Analisis menunjukkan bahwa terdapat residu asam amino
(B) 0 0.0% negatif berupa Aspartat dan Glutamat sebanyak 83
(Z) 0 0.0% sedangkan residu asam amino positif berupa Arginin dan
(X) 0 0.0%
Lisin sebanyak 64.
Total number of negatively charged residues (Asp + Glu): 83
Total number of positively charged residues (Arg + Lys): 64

Atomic composition: Analisis menunjukkan komposisi atomik Caspase 8.

Carbon C 2536 Caspase 8 memiliki komposisi atom karbon (C) sebanyak
Hydrogen H 4022 2536 buah, atom hidrogen (H) sebanyak 4022 buah, atom
Nitrogen N 688 nitrogen (N) sebanyak 688 buah, atom oksigen (O)
Oxygen O 792
Sulfur S 25 sebanyak 792 buah dan atom Sulfur (S) sebanyak 25
buah. Caspase 8 memiliki formula molekul
Formula: C2536H4022N688O792S25
Total number of atoms: 8063
C2536H4022N688O792S25.
 Dezika Geniya
G84110065
Tugas Bioinformatika

Extinction coefficients:

Extinction coefficients are in units of M-1 cm-1, at 280 nm measured in

water.

Ext. coefficient 37205

Abs 0.1% (=1 g/l) 0.646, assuming all pairs of Cys residues form cystines

Ext. coefficient 36330

Abs 0.1% (=1 g/l) 0.630, assuming all Cys residues are reduced

Estimated half-life:

The N-terminal of the sequence considered is M (Met).

The estimated half-life is: 30 hours (mammalian reticulocytes, in vitro).

>20 hours (yeast, in vivo).
>10 hours (Escherichia coli, in vivo).

Analisis estimasi waktu paruh protein Caspase 8 menunjukkan tiga hasil. Waktu paruh
pertama adalah selama 30 jam pada retikulosit mamalia secara in vitro. Waktu paruh
kedua adalah sekitar 20 jam pada ragi secara in vivo. Waktu paruh ketiga adalah
sekitar 10 jam pada E.coli secara in vivo.

Instability index:
The instability index (II) is computed to be 42.21
This classifies the protein as unstable.
Analisis indeks ketidakstabilan
menunjukkan hasil sebesar 42.21 dan
mengindikasikan bahwa Caspase 8
Aliphatic index: 84.46
bersifat tidak stabil.
Grand average of hydropathicity (GRAVY): -0.566

Analisis rata-rata hidropatisitas menunjukkan

hasil sebesar -0.566 dan mengindikasikan
bahwa Caspase 8 bersifat hidrofilik.
 Dezika Geniya
G84110065
Tugas Bioinformatika

2. Analisis protein menggunakan ExPASy PeptideCutter

 Buka website ExPASy PeptideCutter (http://web.expasy.org/peptide_cutter/)
 Paste sekuens DNA yang telah dicopy sebelumnya ke kolom sekuens.
 Klik Perform.

PeptideCutter memprediksi situs-situs pembelahan potensial oleh protease ataupun

oleh senyawa-senyawa kimia pada sekuens protein yang diberikan.

 Selanjutnya akan muncul hasil analisis protein Caspase 8 seperti di bawah ini.

Peptide Cutter
The sequence to investigate
10 20 30 40 50 60
MSDLLSSTVD AMNLADMNKL LFEISEDLDK TETLAMIFLC EKRVTAQEKE NIKDAKTLFL
70 80 90 100 110 120
CLKKKDLICY NDLSFLKELL YRIGRNDLLR GKLGVRTEEI KRIIEVSPQI SPYRILLYDI
130 140 150 160 170 180
SQGLSKKEVE DLKYLLDLST AKTENASILE IFLELEKVGK LHPDDLQKLK HDLETIGCKN
190 200 210 220 230 240
LSRNIEDYER ISEADNHRPE NLPDLFEKIS VQEEQVNCTA QEPFNGEQRT PQPETESDYC
250 260 270 280 290 300
QPQQHSHMNL ETYHLEKNPH GWCVVINNYD FKEARSQDCK YTDREGTAKD AEEITRIFNA
310 320 330 340 350 360
RGYITEEHRD LTAANIQKTL EMYSKKDHAE KDSFVCFILS HGGVGTVCGC DGEEVEIKRL
370 380 390 400 410 420
TKYFNGQHCR SLINKPKIFF IQACQGKESH PKVDMDMDTS FYEPDANGSH LPLEADFLTA
430 440 450 460 470 480
FATVEDYTSL RHRENGSIYI QQLCKALTTY TNQDLIDILT SVNSDVANML FRLWRKNVTQ
490 500
MPSFKSELRK KLILPPPNAM

The sequence is 500 amino acids long.

 Dezika Geniya
G84110065
Tugas Bioinformatika

Available enzymes
The enzyme(s) that you have chosen:
 Arg-C proteinase
 Asp-N endopeptidase
 Asp-N endopeptidase + N-terminal Glu
 BNPS-Skatole
 Caspase1
 Caspase2
 Caspase3 Analisis menunjukkan sejumlah enzim
 Caspase4 yang tersedia dan telah dipilih, antara lain
 Caspase5
Arg-C proteinase, Asp-N endopeptidase,
 Caspase6
 Caspase7 Asp-N endopeptidase + N-terminal Glu,
 Caspase8 BNPS-Skatole, Caspase 1-10,
 Caspase9 Chymostrypsin-high dan low specificity,
 Caspase10 Clostripain, CNBr, Enterokinase,
 Chymotrypsin-high specificity
GranzymeB, Factor Xa, Asam format,
 Chymotrypsin-low specificity
 Clostripain Glutamil endopeptidase, Hidroksilamin,
 CNBr Asam Iodosobenzoat, LysC, LysN,
 Enterokinase NTCB, Pepsin, Prolin Endopeptidase,
 GranzymeB Proteinase K, Staphylococcal Peptidase I,
 Factor Xa
 Formic acid
Tobacco Etch Virus Protease, Termolisin,
 Glutamyl endopeptidase Trombin dan Tripsin.
 Hydroxylamine
 Iodosobenzoic acid
 LysC
 LysN
 NTCB (2-nitro-5-thiocyanobenzoic acid)
 Pepsin (pH1.3)
 Pepsin (pH>2)
 Proline-endopeptidase [*]
 Proteinase K
 Staphylococcal peptidase I
 Tobacco etch virus protease
 Thermolysin
 Thrombin
 Trypsin
[*] NOTE: Proline-endopeptidase was reported to cleave only substrates
whose sequences do not exceed 30 amino acids. An unusual beta-propeller
domain regulates proteolysis: see Fulop et al., 1998.
You have chosen to display all possible cleaving enzymes.
These enzymes cleave the sequence:

No. of
Name of enzyme Positions of cleavage sites
cleavages

43 82 85 90 96 102 114 183 190 198 229 275

Arg-C proteinase 23 284 296 301 309 359 370 431 433 472 475
489
 Dezika Geniya
G84110065
Tugas Bioinformatika

2 9 15 26 28 53 65 71 86 118 130 136 163

164 171 186 194 203 237 269 277 282 289
Asp-N endopeptidase 36
309 326 331 350 393 395 397 404 415 425
453 456 464

2 9 15 22 25 26 28 31 40 47 49 53 65 71 77
86 97 98 104 118 127 129 130 136 143 149
153 155 163 164 171 173 185 186 188 192
Asp-N endopeptidase + 194 199 203 206 212 213 221 226 233 235
83
N-terminal Glu 237 250 255 269 272 277 282 284 289 291
292 305 306 309 320 326 329 331 350 352
353 355 387 393 395 397 402 404 413 415
424 425 433 453 456 464 486

BNPS-Skatole 2 262 474

CNBr 11 1 12 17 36 248 322 395 397 469 481 500

Caspase1 2 172 416

22 38 59 70 75 81 113 118 134 152 188 206

Chymotrypsin-high
224 239 253 262 269 271 281 298 303 323
specificity (C-term to 38
334 337 363 364 379 380 401 402 417 421
[FYW], not before P)
427 439 450 471 474 484

1 4 5 12 14 17 20 21 22 28 34 36 38 39 58
59 60 62 67 70 73 75 76 79 80 81 88 89 93
113 116 117 118 124 132 134 135 136 138
149 152 153 155 161 166 169 173 181 188
Chymotrypsin-low 197 205 206 224 239 245 248 250 253 254
specificity (C-term to 110 255 260 262 269 271 281 298 303 308 311
[FYWML], not before P) 320 323 328 334 337 339 341 360 363 364
368 372 379 380 395 397 401 402 410 413
417 418 421 427 430 432 439 443 447 450
455 459 469 470 471 473 474 484 488 492
500

43 82 85 90 96 102 114 183 190 198 229 275

Clostripain 23 284 296 301 309 359 370 431 433 472 475
489

3 10 16 27 29 54 66 72 87 119 131 137 164

165 172 187 195 204 238 270 278 283 290
Formic acid 36
310 327 332 351 394 396 398 405 416 426
454 457 465

23 26 32 41 48 50 78 98 99 105 128 130 144

150 154 156 174 186 189 193 200 207 213
Glutamyl endopeptidase 47 214 222 227 234 236 251 256 273 285 292
293 306 307 321 330 353 354 356 388 403
414 425 434 487

Hydroxylamine 4 225 365 407 435

 Dezika Geniya
G84110065
Tugas Bioinformatika

Iodosobenzoic acid 2 262 474

19 30 42 49 53 56 63 64 65 77 92 101 126
127 133 142 157 160 168 170 179 208 257
LysC 41
272 280 289 318 325 326 331 358 362 375
377 387 392 445 476 485 490 491

18 29 41 48 52 55 62 63 64 76 91 100 125
126 132 141 156 159 167 169 178 207 256
LysN 41
271 279 288 317 324 325 330 357 361 374
376 386 391 444 475 484 489 490

NTCB (2-nitro-5- 39 60 68 177 217 239 262 278 335 347 349
14
thiocyanobenzoic acid) 368 383 443

3 4 4 5 13 14 19 20 20 22 27 28 33 34 37
38 38 39 57 59 59 60 61 62 72 73 74 75 75
76 78 80 88 88 89 93 115 117 123 124 131
132 134 136 137 138 148 149 151 152 152
153 154 155 160 165 166 168 169 180 202
Pepsin (pH1.3) 106
205 205 206 223 250 254 255 270 271 297
319 334 336 337 338 339 363 371 378 380
400 401 411 416 417 417 418 420 421 429
430 442 443 446 454 455 458 459 469 470
470 471 473 484 488

3 4 4 5 13 14 19 20 20 22 27 28 33 34 37
38 38 39 57 59 59 60 61 62 69 70 72 73 74
75 75 76 78 80 80 81 88 88 89 93 112 115
117 117 118 123 124 131 132 133 134 134
136 137 138 148 149 151 152 152 153 154
155 160 165 166 168 169 180 187 188 202
Pepsin (pH>2) 139 205 205 206 223 238 239 250 252 253 254
255 261 268 269 270 271 280 281 297 302
319 322 323 334 336 337 338 339 362 363
363 371 378 380 400 401 401 411 416 417
417 418 420 421 426 427 429 430 438 439
442 443 446 449 450 454 455 458 459 469
470 470 471 473 473 484 488

Proline-endopeptidase
4 163 199 376 391
[*]

Proteinase K 246 4 5 8 9 11 14 15 20 21 22 23 24 26 28 31
32 33 34 35 37 38 39 41 44 45 46 48 50 52
55 57 58 59 60 62 67 68 70 73 75 76 78 79
80 81 83 88 89 93 95 97 98 99 100 103 104
105 106 110 113 115 116 117 118 120 124
128 129 130 132 134 135 136 138 140 141
143 144 146 148 149 150 151 152 153 154
155 156 158 161 166 169 173 174 175 176
181 185 186 188 189 191 193 194 200 202
205 206 207 209 211 213 214 216 219 220
 Dezika Geniya
G84110065
Tugas Bioinformatika

222 224 227 230 234 235 236 239 250 251
252 253 255 256 262 264 265 266 269 271
273 274 281 282 285 287 288 291 292 293
294 295 297 298 300 303 304 305 306 307
311 312 313 314 316 319 320 321 323 329
330 334 335 337 338 339 344 346 347 353
354 355 356 357 360 361 363 364 372 373
378 379 380 381 383 388 393 399 401 402
403 406 411 413 414 415 417 418 419 420
421 422 423 424 425 427 428 430 434 438
439 440 443 446 447 448 449 450 451 455
456 458 459 460 462 466 467 470 471 473
474 478 479 484 487 488 492 493 494 499

23 26 32 41 48 50 78 98 105 128 130 144

Staphylococcal 150 154 156 174 186 189 193 200 207 213
42
peptidase I 222 227 234 236 251 256 273 285 292 306
321 330 353 356 388 403 414 425 434 487

4 8 11 13 14 19 20 21 33 34 35 36 37 38 43
45 51 57 58 59 61 67 74 75 79 82 88 92 94
102 103 109 114 115 116 123 134 135 140
145 147 148 151 152 157 160 168 175 180
184 190 205 208 210 215 219 223 247 249
Thermolysin 117 254 263 264 265 287 296 297 299 303 312
313 315 319 328 333 334 336 337 338 343
346 359 363 371 372 377 378 379 380 382
392 400 412 417 419 420 421 423 429 437
439 442 445 446 455 458 461 466 468 469
470 472 477 483 491 492 498 499

Trypsin 19 30 42 43 49 53 56 63 64 65 77 82 85 90
92 96 101 102 114 126 127 133 142 157 160
168 170 179 183 190 208 229 257 272 275
61
284 289 296 301 309 318 325 326 331 358
359 362 370 377 387 392 431 433 445 472
475 476 485 489 490 491

Di atas ini merupakan sejumlah enzim yang dapat

melakukan pembelahan pada situs pembelahan spesifik pada
Caspase 8. Proteinase K merupakan enzim yang memiliki
situs pembelahan terbanyak bila dibandingkan dengan enzim
lainnya yaitu sebanyak 246.

These chosen enzymes do not cut:

Caspase10
Caspase2
Caspase3 Hasil analisis yang menunjukkan enzim-enzim yang tidak
Caspase4 memotong sekuens DNA Caspase 8.
Caspase5
Caspase6
Caspase7
 Dezika Geniya
G84110065
Tugas Bioinformatika

Caspase8
Caspase9
Enterokinase
Factor Xa
GranzymeB
Thrombin
Tobacco etch virus protease

3. Analisis protein menggunakan ExPASy PeptideMass

 Buka website ExPASy PeptideCutter (http://web.expasy.org/peptide_mass/)
 Paste sekuens DNA yang telah dicopy sebelumnya ke kolom sekuens.
 Klik Perform.

PeptideMass membelah sekuens protein dan mengkomputasi massa peptida-peptida

yang terbentuk.

 Selanjutnya akan muncul hasil analisis protein Caspase 8 seperti di bawah ini.

PeptideMass
The entered sequence is:
10 20 30 40 50 60
MSDLLSSTVD AMNLADMNKL LFEISEDLDK TETLAMIFLC EKRVTAQEKE NIKDAKTLFL
70 80 90 100 110 120
CLKKKDLICY NDLSFLKELL YRIGRNDLLR GKLGVRTEEI KRIIEVSPQI SPYRILLYDI
130 140 150 160 170 180
SQGLSKKEVE DLKYLLDLST AKTENASILE IFLELEKVGK LHPDDLQKLK HDLETIGCKN
190 200 210 220 230 240
LSRNIEDYER ISEADNHRPE NLPDLFEKIS VQEEQVNCTA QEPFNGEQRT PQPETESDYC
250 260 270 280 290 300
QPQQHSHMNL ETYHLEKNPH GWCVVINNYD FKEARSQDCK YTDREGTAKD AEEITRIFNA
310 320 330 340 350 360
RGYITEEHRD LTAANIQKTL EMYSKKDHAE KDSFVCFILS HGGVGTVCGC DGEEVEIKRL
370 380 390 400 410 420
TKYFNGQHCR SLINKPKIFF IQACQGKESH PKVDMDMDTS FYEPDANGSH LPLEADFLTA
430 440 450 460 470 480
 Dezika Geniya
G84110065
Tugas Bioinformatika

FATVEDYTSL RHRENGSIYI QQLCKALTTY TNQDLIDILT SVNSDVANML FRLWRKNVTQ

490 500
MPSFKSELRK KLILPPPNAM
Hasil analisis menunjukkan enzim
The selected enzyme is: Trypsin yang terpilih adalah Tripsin. Semua
Maximum number of missed cleavages (MC): 0 Sistein dalam bentuk tereduksi dan
All cysteines in reduced form. Metionin belum teroksidasi.
Methionines have not been oxidized.
Displaying peptides with a mass bigger than 500 Dalton.
Using monoisotopic masses of the occurring amino acid residues and giving peptide masses
as [M+H]+.

The peptide masses from your sequence are:

[Theoretical pI: 5.32 / Mw (average mass): 57623.47 / Mw (monoisotopic mass): 57586.86]

mass position #MC modifications peptide sequence

4383.9583 393-431 0 VDMDMDTSFYEPDANGSHLP LEADFLTAFATVEDYTSLR
3370.4739 230-257 0 TPQPETESDYCQPQQHSHMN LETYHLEK
3028.5295 446-472 0 ALTTYTNQDLIDILTSVNSD VANMLFR
2800.2626 332-358 0 DSFVCFILSHGGVGTVCGCD GEEVEIK
2406.0990 209-229 0 ISVQEEQVNCTAQEPFNGEQ R
2124.0356 191-208 0 ISEADNHRPENLPDLFEK
2055.9395 1-19 0 MSDLLSSTVDAMNLADMNK
1805.8428 258-272 0 NPHGWCVVINNYDFK
1748.9316 143-157 0 TENASILEIFLELEK
1443.7188 66-77 0 DLICYNDLSFLK
1401.7736 103-114 0 IIEVSPQISPYR
1398.7007 31-42 0 TETLAMIFLCEK
1395.6937 434-445 0 ENGSIYIQQLCK
1349.7675 115-126 0 ILLYDISQGLSK
1321.6885 20-30 0 LLFEISEDLDK
1154.6026 378-387 0 IFFIQACQGK
1051.5241 477-485 0 NVTQMPSFK
1024.4417 363-370 0 YFNGQHCR
1023.5721 134-142 0 YLLDLSTAK
1015.4877 171-179 0 HDLETIGCK
1004.4796 302-309 0 GYITEEHR
973.5313 310-318 0 DLTAANIQK
965.5488 492-500 0 LILPPPNAM
965.5050 161-168 0 LHPDDLQK
938.4214 184-190 0 NIEDYER
871.4230 319-325 0 TLEMYSK
837.4902 57-63 0 TLFLCLK
 Dezika Geniya
G84110065
Tugas Bioinformatika

833.3999 290-296 0 DAEEITR

799.5036 371-377 0 SLINKPK
732.3774 128-133 0 EVEDLK
693.3930 78-82 0 ELLYR
675.3672 44-49 0 VTAQEK
630.3569 86-90 0 NDLLR
620.3514 297-301 0 IFNAR
619.3297 97-101 0 TEEIK
599.2783 327-331 0 DHAEK
597.2991 388-392 0 ESHPK
580.2395 276-280 0 SQDCK
554.2569 281-284 0 YTDR
505.2616 285-289 0 EGTAK
504.2776 486-489 0 SELR
503.2824 50-53 0 ENIK

91.6% of sequence covered (you may modify the input parameters to display also
peptides < 500 Da or > 100000000000 Da):

10 20 30 40 50 60
MSDLLSSTVD AMNLADMNKL LFEISEDLDK TETLAMIFLC EKrVTAQEKE NIKdakTLFL
70 80 90 100 110 120
CLKkkDLICY NDLSFLKELL YRigrNDLLR gklgvrTEEI KrIIEVSPQI SPYRILLYDI
130 140 150 160 170 180
SQGLSKkEVE DLKYLLDLST AKTENASILE IFLELEKvgk LHPDDLQKlk HDLETIGCKn
190 200 210 220 230 240
lsrNIEDYER ISEADNHRPE NLPDLFEKIS VQEEQVNCTA QEPFNGEQRT PQPETESDYC
250 260 270 280 290 300
QPQQHSHMNL ETYHLEKNPH GWCVVINNYD FKearSQDCK YTDREGTAKD AEEITRIFNA
310 320 330 340 350 360
RGYITEEHRD LTAANIQKTL EMYSKkDHAE KDSFVCFILS HGGVGTVCGC DGEEVEIKrl
370 380 390 400 410 420
tkYFNGQHCR SLINKPKIFF IQACQGKESH PKVDMDMDTS FYEPDANGSH LPLEADFLTA
430 440 450 460 470 480
FATVEDYTSL RhrENGSIYI QQLCKALTTY TNQDLIDILT SVNSDVANML FRlwrkNVTQ
490 500
MPSFKSELRk kLILPPPNAM