IDENTIFIKASI BAKTERI GRAM NEGATIF PADA

PENDERITA SEPSIS DENGAN KULTUR DARAH NEGATIF

MENGGUNAKAN METODE POLYMERASE CHAIN
REACTION (PCR) DAN SEQUENCING

Identification of Gram Negative Bacteria in Sepsis Patient with Negative

Blood Cultures Using The Polymerase Chain Reaction (PCR) And
Sequencing Methods

Oleh:
Hasnawati
C195222008

Pembimbing 1:
dr. Firdaus Hamid, Ph.D., Sp.M.K., Subsp. Bakt. (K)
Pembimbing 2:
Dr. dr. Fadhilah, M.Kes., Sp.MK. Subsp.Vir.(K)

PROGRAM STUDI MIKROBIOLOGI KLINIK

PROGRAM STUDI PENDIDIKAN DOKTER SPESIALIS-1
FAKULTAS KEDOKTERAN
UNIVERSITAS HASANUDDIN
2023
 BAB I

PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Infeksi aliran darah (IAD) didefinisikan sebagai suatu keadaan dimana

terdapat satu atau lebih kultur darah positif yang berhubungan dengan tanda-
tanda infeksi sistemik seperti demam, menggigil, dan/atau hipotensi. Infeksi aliran
darah dapat diklasifikasikan berdasarkan sumber infeksinya menjadi infeksi aliran
darah primer dan sekunder. IAD primer terjadi tanpa adanya titik infeksi lain. IAD
sekunder berkembang dari area infeksi yang terdeteksi sebagai sumber pathogen
(CDC, 2023; Lutwick et al., 2021). Infeksi aliran darah (IAD) sering dikaitkan
dengan perangkat akses intravaskular. Infeksi aliran darah yang berhubungan
dengan jalur kateter sentral (CRBSI) berhubungan dengan peningkatan
morbiditas dan mortalitas di antara pasien yang dirawat di rumah sakit termasuk
peningkatan lama rawat inap dan perkembangan sepsis, mengingat
meningkatnya angka resistensi antimikroba (Paredes, 2016; CCCID, 2016).
Infeksi aliran darah (BSI) menyebabkan morbiditas dan mortalitas global
yang signifikan (Rudd et al., 2020). Infeksi aliran darah (IAD) mewakili 40% kasus
sepsis dan syok septik yang diperoleh dari komunitas dan yang diperoleh di
rumah sakit (HA) dan sekitar 20% dari kasus yang diperoleh di ICU. Hal ini selalu
dikaitkan dengan luaran yang buruk terutama ketika terapi antimikroba yang
memadai dan pengendalian sumber infeksinya tertunda (Adrie et al., 2017; Tabah
et al., 2012; Zahar et al., 2011). Infeksi aliran darah dapat disebabkan oleh
patogen seperti bakteri gram negatif, bakteri gram positif, maupun candida. Untuk
bakteri gram positif S.aureus adalah penyebab tersering infeksi aliran darah baik
yang diperoleh di komunitas maupun yang diperoleh di layanan Kesehatan).
Adapun bakteri gram negatif diketahui merupakan penyebab sekitar 25% hingga
50% semua jenis infeksi aliran darah, dan penyebab paling sering kasus sepsis
berat dan syok sepsis. Hal ini berhubungan dengan lipopolisakarida pada dinding
sel bakteri gram negatif (Paredes, 2016).
 Infeksi aliran darah dipastikan melalui kultur kaldu darah pasien selama 5-
7 hari untuk mendeteksi bakteremia. Hal ini dianggap sebagai standar baku emas
dan memungkinkan identifikasi patogen dan pengujian kerentanan untuk
memandu pengobatan (Lami et al., 2016; Opota et al., 2015). Meskipun demikian,
kultur darah seringkali negatif. Alasan utama negatifnya mungkin karena pasien
menderita penyakit non-bakteremia atau bakteri muncul secara berkala atau
dengan kepadatan darah yang sangat rendah. Namun, penjelasan tambahannya
adalah bahwa mikroorganisme penyebab penyakit ini bersifat halus, fastidious,
tidak dapat hidup, tumbuh lambat pada kepadatan rendah, atau tidak dapat
dibiakkan dalam media kultur darah atau ketika pengobatan antibiotik telah
dimulai sebelum pengambilan darah, yang dapat membunuh atau menghambat
pertumbuhan patogen.
Sering kali hasil kultur darah terlewatkan dan dapat disebut sebagai
“negatif palsu”. Perawatan antimikroba yang tepat waktu, tepat, dan tepat sasaran
sangat penting untuk memastikan kelangsungan hidup pasien yang diduga infeksi
aliran darah (IAD) sehingga ada kebutuhan untuk meminimalkan dan
mengidentifikasi negatif palsu sejak dini. Metode PCR dan sequencing dianggap
lebih efektif dan efisien dalam mendeteksi DNA bakteri. Hal ini belum pernah
diteliti di Makassar, sehingga peneliti tertarik untuk meneliti mengenai “Identifikasi
Bakteri Gram Negatif Pada Penderita Sepsis Dengan Kultur Darah Negatif
Menggunakan Metode PCR Dan Sequencing”.

1.2 Rumusan Masalah

Berdasarkan uraian tersebut di atas, maka perlu dilakukan penelitian dengan
rumusan masalah penelitian sebagai berikut:
1.2.1 Apakah Bakteri Gram Negatif dapat diidentifikasi menggunakan metode
PCR dan sequencing dari kultur darah negatif penderita sepsis yang
dirawat inap di Rumah Sakit Pendidikan Tinggi Nasional Universitas
Hasanuddin Makassar ?”
1.3 Pertanyaan Penelitian
1.3.1 Berapa temuan bakteri gram negatif melalui pemeriksaan menggunakan
metode PCR dan sequencing dari kultur darah negatif penderita sepsis
yang dirawat inap di Rumah Sakit Pendidikan Tinggi Nasional Universitas
Hasanuddin Makassar?
1.3.2 Apakah ada perbedaan karakteristik antara penderita sepsis yang PCR
positif dengan PCR negatif bakteri gram negatif ?
1.3.3 Apa saja jenis bakteri gram negatif yang ditemukan melalui pemeriksaan
menggunakan metode PCR dan sequencing dari kultur darah negatif
penderita sepsis yang dirawat inap di Rumah Sakit Pendidikan Tinggi
Nasional Universitas Hasanuddin Makassar?

1.4 Tujuan Penelitian

1.4.1 Tujuan Umum
Diketahuinya metode yang lebih baik dalam mengidentifikasi bakteri gram
negatif melalui pemeriksaan metode PCR dan sequencing dari kultur darah
negatif penderita sepsis yang dirawat inap di Rumah Sakit Pendidikan Tinggi
Nasional Universitas Hasanuddin Makassar.
1.4.2 Tujuan Khusus
a. Untuk mengetahui berapa temuan bakteri gram negatif melalui
pemeriksaan menggunakan metode PCR dan sequencing dari kultur
darah negatif penderita sepsis yang dirawat inap di Rumah Sakit
Pendidikan Tinggi Nasional Universitas Hasanuddin Makassar.
b. Untuk mengetahui perbedaan karakteristik antara penderita sepsis yang
PCR positif dengan PCR negatif bakteri gram negatif.
c. Untuk mengetahui jenis bakteri gram negatif yang ditemukan melalui
pemeriksaan menggunakan metode PCR dan sequencing dari kultur
darah negatif penderita sepsis yang dirawat inap di Rumah Sakit
Pendidikan Tinggi Nasional Universitas Hasanuddin Makassar.
1.5 Manfaat Penelitian
1.5.1 Manfaat Akademik
Penelitian ini secara akademik diharapkan dapat memberikan kontribusi
dalam perkembangan penelitian terkait identifikasi bakteri gram negatif dan juga
diharapkan dapat menjadi bahan acuan referensi bacaan khususnya dalam mata
kuliah bakteriologi.
1.5.2 Manfaat untuk Instansi Kesehatan
Penelitian ini diharapkan dapat memberikan masukan bagi instansi terkait
(RSPTN Unhas) tentang kemungkinan sepsis disebabkan oleh spesies bakteri
gram negatif namun sulit terdeteksi menggunakan metode kultur, sehingga dapat
dipertimbangkan untuk pemeriksaan dengan metode lain yakni PCR dan
sequencing.
1.5.3 Manfaat untuk Peneliti

1. Bagi peneliti, penelitian ini diharapkan dapat menambah pengetahuan

mengenai upaya identifikasi bakteri gram negatif dari kultur darah negatif
dengan menggunakan metode pemeriksaan PCR dan sequencing.
2. Bagi peneliti selanjutnya, hasil penelitian ini diharapkan dapat menjadi sumber
informasi untuk meneliti lebih lanjut misalnya mengenai faktor-faktor di
lingkungan rumah sakit yang dapat berhubungan dengan temuan bakteri gram
negatif dari kultur darah negatif dengan menggunakan metode pemeriksaan
PCR dan sequencing.

1.6 Ruang Lingkup

Ruang lingkup penelitian ini adalah melihat kejadian bacteremia pada
penderita sepsis dari hasil pemeriksaan biakan darah negatif menggunakan
metode molekuler.
1.7 Kebaruan Penelitian
Penelitian tentang identifikasi bakteri gram negatif dari kultur darah negatif
di Indonesia masih kurang, karenanya melalui penelitian ini diharapkan dapat
menemukan metode yang lebih baik dalam mendeteksi bakteri gram negatif dari
kultur darah negatif pada pasien sepsis yang dirawat inap di RSPTN Universitas
hasanuddin Makassar.