Pengembangan Laboratorium Biologi

Molekuler
Soegianto Ali
 Biologi molekuler
• Biologi molekuler adalah ilmu yang mempelajari komposisi,
struktur, dan interaksi molekul sel (
https://www.nature.com/subjects/molecular-biology)
• Secara umum diartikan sebagai pemeriksaan terhadap dogma
sentral (DNA  RNA  Protein)
• Saat ini definisi sel lebih luas  juga terkait mikroorganisme
dan virus
 Lingkup Laboratorium Biologi Molekuler
• Berdasarkan dogma central  cakupan luas
• Umumnya dianggap pemeriksaan materi genetik  DNA dan
RNA
• Laboratorium riset berbeda dengan laboratorium diagnostic
• Lingkup diskusi  Laboratorium diagnostic
 Lingkup Laboratorium Biologi Molekuler
Meliputi:
• Diagnostik gen atau alel gen atau kromosom
– Identifikasi gen tertentu
– Peningkatan atau penurunan ekspresi gen (bukan hal rutin)
– Pemeriksaan kromosom atau karyotyping
• Diagnostik agen penyakit: virus, bakteri, jamur, protozoa
– Kualitatif: menyatakan terdeteksi atau tidak materi genomic
– Kuantitatif: follow up pengobatan
• Pemeriksaan marker sel: hitung CD4 dll.
 Diagnostik gen atau alel gen atau kromosom
• Untuk pemeriksaan kromosom  sel dalam keadaan mitosis
 fasilitas kultur sel
– Kabinet steril/laminar flow
– Inkubator CO2 dengan backup listrik
– Inverted microscope dengan kamera
– Kadang perlu fasilitas imunohistokimia untuk memudahkan
pengenalan kromosom
– Piranti lunak untuk Analisa kromosom
 Diagnostik gen atau alel gen dan kromosom
• Diagnostik gen seringkali memerlukan proses perbanyakan
untuk memudahkan Analisa
• Bila kontaminasi  amplifikasi  perlu kerja ekstra bersih
• Spesimen manusia  sampai DNA terisolasi, perlu dianggap
berbahaya  dikerjakan di Biosafety cabinet level 2
• Proses amplifikasi
– Amplifikasi simetris n siklus= 2n  30 siklus= 230
– Risiko kontaminasi besar
Diagnostik gen atau alel gen dan kromosom

Sumber:https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/a/ab/Polymerase_chain_reaction-en.svg/1024px-
Polymerase_chain_reaction-en.svg.png
 Diagnostik gen atau alel gen dan kromosom
• Visualisasi pasca amplifikasi: Gel electrophoresa

Sumber:
https://www.nationaldiagnostics.com/electrophores
is/article/ethidium-bromide-
staining#imgrc=7gGxxne-mbKwyM

Sumber:https://www.hoelzel-biotech.com/media/wysiwyg/infortis/Ethidiumbromidendfassung_eng.jpg
 Diagnostik gen atau alel gen dan kromosom
• qPCR  tidak membuka tabung post amplifikasi 
menurunkan risiko kontaminasi
Sumber:
https://www.spa
ndidos-
publications.com
/article_images/i
jmm/38/3/IJMM
-38-03-0951-
g01.jpg

Sumber: https://www.smobio.com/web/image/2357?access_token=703dc44d-73de-4601-bc35-
cbae80155090
 Diagnostik agen penyakit
• Pemeriksaan genomic dari agen penyakit  lebih spesifik
dibandingkan pemeriksaan antibody
• NAAT  nucleic acid amplification test  lebih sensitif tetapi
perhatikan risiko kontaminasi
• Untuk agen penyakit yang sulit dideteksi karena genomiknya
sedikit. Kalau mudah untuk dibiakkan atau mudah ditemukan
dalam jumlah besar  pakai metode yang lebih sederhana
 Diagnostik agen penyakit
• Tergantung jenis agen penyakit:
– Secara umum dikerjakan di laboratorium biosafety level 2
– Untuk agen penyakit tertentu  BSL 3
– Untuk yang sangat berbahaya dan menular  BSL 4, mis Ebola
• Awal pengerjaan juga membutuhkan Biosafety cabinet.
• Kadang digunakan untuk mendeteksi gen pembawa resistensi
obat, mis untuk MDR TB
 Diagnostik agen penyakit
• Kualitatif: dapat menggunakan PCR end-point. Dapat didesain
sendiri. Kekurangan  mudah terkontaminasi
• Saat ini seringkali menggunakan qPCR walaupun untuk
pemeriksaan kualitatif
• Kuantitatif dibutuhkan untuk follow up pengobatan:
Pengobatan Hepatitis B, Pengobatan Hepatitis C, Pengobatan
HIV
• Saat ini pandemi COVID-19  PCR menjadi metode standar
 Diagnostik agen penyakit
• Perhatikan fasilitas laboratorium untuk pengerjaan jenis agen
penyakit.
• PCR end-point mulai digantikan dengan qPCR karena
menghindari kontaminasi, tetapi masih dapat dilakukan dengan
kehati-hatian yang tinggi
• Ada beberapa metode lain: LAMP (Loop Isothermal Amplification
) yang relatif lebih mudah, Rapid Molecular Test dll
• Metode baru: CRISPR/Cas
 Diagnostik agen penyakit
• Dapat memeriksa DNA dari agen atau RNA  reverse
transcription
• Straintyping bakteri  16s rRNA
• Cek gen pembawa resistensi bakteri, mis pada TB. Dengan
metode standard butuh waktu yang lama
• Viral load  kuantitatif, untuk follow up pengobatan.
 Pemeriksaan marker sel
• Umumnya dilakukan di lab riset
atau lab khusus
• Mis hitung CD4 pada penderita
HIV
• Lainnya adalah dengan FISH untuk
tumor marker, mis untuk melihat
reseptor estrogen pada Ca
Mammae Sumber:
https://www.cancerjournal.net/articles/2019/15/5/image
s/JCanResTher_2019_15_5_989_244222_f3.jpg
Sumber:
https://universe84a.com/wp-content/uploads/2020/09/Molecular-Labo
ratory-Design-1024x576.jpg
Sumber: https://lh3.googleusercontent.com/proxy/O2BEauVh7VI81bW2R6jgP2bWmyPtsH9FEhPl8Cy3fCkgH1GWv9S4-
QcJN3to5llXFIuqpKOAYaRT95YGFXiGWd45DRoLkrAlBqmK4iDuu3OOi__y0SH-p7IT0Z_dCaK_hw
 Penting
• Masalah kontaminasi  protocol ketat
• Masalah limbah pemilahan limbah secara ketat
• Pemeliharaan instrument
• dll