Pd
Kelas : VB Reguler
Prodi : Pendidikan Biologi
ATURAN PELAKSANAAN KULIAH
DATANG TEPAT WAKTU
→ MAKS TERLAMBAT 20 MENIT
NO SANDAL, NO KAOS OBLONG
MELAKUKAN TUGAS INDIVIDU & KELOMPOK
MENGUMPULKAN TUGAS TEPAT WAKTU
Penilaian :
HADIR 20%, TUGAS 25%,
UTS 25%, UAS 30%
TIDAK MENGHIDUPKAN HANDPHONE SELAMA
KULIAH BERLANGSUNG
MINTA IZIN SEBELUM MASUK JAM KULIAH
T.U.J.U.A.N
9
2 ~ UTS ~ 12
5 Kalorimeter
10
3 Alat Ukur Cahaya 13
6 Manometer
BAROMETER 13 14 HIGROMETER
SPEEDOMETER 15 16 ~ UAS ~
Pertemuan 2
BIOKIMIA
→
TM-1
BIOKIMIA
Pendahuluan: Sejarah dan Perkembangan Biokimia
Hubungan Biokima dg Ilmu lain
How About Biochemistry...?
BIOS CHEMIS
Fenomena Ilmu Kimia : Kimia
kehidupan Organik
Metabolisme
How About Biochemistry...?
Contoh :
Struktur Molekuler Benda Struktur Molekular
Mati Organisme
Struktur dan susunannya sederhana dan tidak Kompleks terorganisasi
terorganisasi secara sempurna
▪ D-fruktosa (termanis dari semua gula) Gula ini berbeda dengan gula yang lain karena
merupakan ketoheksosa.
▪ D-galaktosa (bagian dari susu) Gula ini tidak ditemukan tersendiri pada sistem biologis,
namun merupakan bagian dari disakarida laktosa.
▪ D-ribosa (digunakan dalam pembentukan RNA) Karena merupakan penyusun kerangka
RNA maka ribosa penting artinya bagi genetika bukan merupakan sumber energi. Jika
atom C nomor 2 dari ribosa kehilangan atom O maka akan menjadi deoksiribosa yang
merupakan penyusuna kerangka DNA.
▪ D-glukosa (karbohidrat terpenting dalam diet) Glukosa merupakan aldoheksosa, yang
sering kita sebut sebagai dekstrosa, gula anggur ataupun gula darah. Gula ini terbanyak
ditemukan di alam
▪ D-gliseraldehid (karbohidrat paling sederhana) Karbohidrat ini hanya memiliki 3 atom
C (triosa), berupa aldehid (aldosa) sehingga dinamakan aldotriosa.
SIFAT FISIK DAN KIMIA MONOSAKARIDA
▪ Pembentukan Ester
1. Reaksi Oksidasi
▪ Berdasarkan kemampuannya untuk mereduksi senyawa/pereaksi
(Tohlens, Benedict, Fehling), monosakarida dapat digolongkan :
Gula pereduksi
Gula non pereduksi
▪ Kemampuan monosakarida untuk mereduksi pereaksi-pereaksi
tersebut di atas didasarkan pada adanya gugus aldehid atau gugus
-hidroksi keton, dimana dengan adanya pereaksi-pereaksi
tersebut gugus aldehid atau -hidroksi keton akan teroksidasi
menjadi karboksilat/keton.
Semua monosakarida adalah Gula Pereduksi
CHO O
HC OH C OH
HO C + Cu2+ C OH +2 Cu O
C OH HO C merah bata
C OH C OH
CH2OH C OH
CH2OH
D - glukosa asam- D - glukonat
▪ Oksidasi aldosa oleh pereaksi Fehling’s, Benedict’s atau Tohlen’s
membentuk asam monokarboksilat → Asam Aldonat.
▪ Oksidasi aldosa dengan oksidator kuat (HNO3 panas) menghasilkan
asam dikarboksilat karena HNO3 selain mengoksidasi gugus aldehid
juga mampu mengoksidasi gugus CH2OH terminal
3. Pembentukan Glikosida
CH2OH CH2OH
O OH O OCH3
+
H
OH * + CH3OH OH * + H2O
OH H OH H
OH OH Ikatan glikosida
-D-glukopiranosa metil--D-glukopiranosida
▪ Asetal/ketal seperti ini dinamakan Glikosida dan ikatan dari karbon anomerik
dengan gugus OR disebut ikatan glikosidik.
▪ Glikosida dinamai berdasarkan nama monosakaridanya, dengan mengganti
akhiran –a dengan –ida.
▪ Misal: glukosa → glukosida
manosa → manosida
GULA PEREDUKSI DAN NON PEREDUKSI
Gula Pereduksi
▪ Gula pereduksi Gula Non Pereduksi
merupakan golongan gula
(karbohidrat) yang dapat ▪ Gula yang tidak mengandung
mereduksi senyawa- gugus aldehida
senyawa penerima ▪ Gula yang termasuk non
elektron, contohnya
▪ adalah glukosa dan
adalahreduksi
sukrosa
fruktosa.
Ujung dari suatu gula
▪ Semua monosakarida (glukosa,
pereduksi adalah ujung
fruktosa, galaktosa)
yang mengandung
dan disakarida (laktosa,maltosa),
gugus aldehida atau keton
kecuali sukrosa dan
bebas.
pati(polisakarida), termasuk sebagai
DISAKARIDA
• Disakarida adalah karbohidrat yang terdiri dari 2
satuan monosakarida
• Beberapa disakarida yang sering dijumpai : Maltosa,
Selobiosa, Laktosa, Sukrosa
Disakarida
▪ Uji Molisch
Uji ini untuk semua jenis karbohidrat. Monosakarid a, disakarida, dan polisakarida akan cin merah
memberikan hasil positif. Uji positif jika timbul cin ungu yang merupakan
kondensasi antara furfural atau hidroksimetil furfural dengan a-naftol dalam pereaksi
molish.
▪ Uji Benedict
Uji Benedict adalah uji kimia untuk meng etahui kandungan gula (karbohidrat)
pereduksi (yang memiliki gugus aldehid a tau keton bebas) . Gula pereduksi meliputi
semua jenis monosakarida dan beberapa d isakarida seperti laktosa, glukosa dan maltosa.
Uji benedict berdasarkan reduksi Cu2+ me njadi Cu+ oleh gugus aldehid atau keton bebas
dalam suasana alkalis, biasanya ditambahk an zat pengompleks seperti sitrat atau tatrat
untuk mencegah terjadinya pengendapan C uCO3. Uji positif ditandai dengan
terbentuknya endapan merah bata, kadang disertai dengan larutan yang berwarna hijau,
merah, atau orange.
▪ Uji Seliwanoff
Uji Seliwanoff bertujuan untuk me ngeahui adanya ketosa (karbohidrat yang
mengandung gugus keton). Pada ereaksi seliwanoff, terjadi perubahan oleh HCl panas
menjadi asam levulinat dan 4- ksilmetilfurfural. Jika dipanaskan karbohidrat yang nghasikan
mengandung gugus keton akanhidro
mwarna merah pada larutannya. Disakarida enjadi glukosa dan
sukrosa yang mudah dihidrolisa mfruktosa
dengan memberi reaksi positif
uji Seliwanoff. Glukosa d memberianwarna
karbohdrat lain dalam jumlah banyak dapat juga
yang sama.
▪ Uji Barfoed
Uji ini untuk membedakan monosakarida dan disakarida dengan jalan mengontrol
kondisi-kondisi percobaan, seperti pH danwaktu pemanasan. Pada analisa ini,
karbohidrat direduksi pada suasana asam. Disakarida juga akan memberikan hasil
positif bila didihkan cukup lama hingga terjadi hidrolisis.
Pertemuan 4
PENGERTIAN PROTEIN
Protein adalah sebuah senyawa organik yang komplek dan
berbobot molekul besar yang terdiri dari suatu asam amino yang
dihubungkan dengan satu sama lain dengan suatu ikatan peptida.
Molekul protein mengandung karbon, hidrogen, oksigen, nitrogen dan
sulfur serta fosfor.
Protein sangat berperan penting dalam pembentukan struktur, fungsi,
regulasi sel-sel makhluk hidup dan virus. Protein juga bekerja sebagai
neurotransmiter dan pembawa oksigen dalam darah (hemoglobin).
Protein berguna sebagai sumber energi tubuh.
PENYUSUN PROTEIN
Protein tersusun dari peptida-peptida sehingga membentuk suatu
polimer yang disebut polipeptida. Setiap monomernya tersusun atas
suatu asam amino. Asam amino adalah molekul organik yang
memiliki gugus karboksil dan gugus amino yang mana pada bagian
pusat asam amino terdapat suatu atom karbon asimetrik (Gambar 1).
Pada keempat pasangannya yang berbeda itu adalah gugus amino,
gugus karboksil, atom hidrogen, dan berbagai gugus yang
disimbolkan dengan huruf R. Gugus R disebut juga sebagai Rantai
samping yang berbeda dengan gugus amino.(Campbelletal., 2009).
Asam amino dalam suatu protein memiliki bentuk L, terionisir
dalam larutan, dan memiliki bentuk C asimetris kecuali asam amino
jenis glisin. Asam amino standar memiliki jumlah sebanyak 20
macam. Dari 20 macam asam amino tersebut terbentuklah suatu
rantai polipeptida. Rantai asam amino akan dilipat menjadi bentuk 3
dimensi dan menjadi bentuk protein spesifik yang diperlukan oleh
berbagai aktivitas metabolisme atau menjadi komponen suatu sel
(Lehninger etal., 2004; Vo-Dinh, 2005). Di dalam protein tersusun 20
macam asam amino yang memiliki karakteristik yang bebeda-beda
sehingga dapat dikelompokkan berdasarkan sifat dan ciri rantai
sampingnya (gugus R). Pengelompokan tersebut antara lain asam
amino bersifat polar (serin, treonin, sistein, asparagin, dan glutamin);
non-polar (glisin, alanin, prolin, valin, leusin, isoleusin, dan metionin);
gugus aromatik (fenilalanin, tirosin, triptofan); bermuatan positif (lisin,
histidin, arginin); dan bermuatan negatif (aspartat dan glutamat).
Pengelompokan tersebut didasarkan pada polaritas, ukuran, dan
bentuk dari suatu asam amino (Lehningeretal., 2004; Murray etal.,
2009).
STRUKTUR PROTEIN
Dilihat dari tingkat organisasi struktur, protein dapat
diklasifikasikan ke dalam empat kelas dengan urutan kerumitan
yang berkurang. Kelas-kelas itu adalah :
•Struktur primer: Ini adalah hanya urutan asam amino di dalam
rantai protein. Struktur primer protein dilakukan oleh ikatan-ikatan
(peptida) yang kovalen.
•Struktur sekunder: Hal ini merujuk ke banyaknya struktur helix-
aa atau lembaran berlipatan-B setempat yang berhubungan
dengan struktur protein secara keseluruhan. Struktur sekunder
protein diselenggarakan oleh ikatan-ikatan hidrogen antara
oksigen karbonil dan nitrogen amida dari rantai polipeptida.
•Struktur tersier: Hal ini menunjuk ke cara rantai protein ke dalam
protein berbentuk bulat dilekukkan dan dilipat untuk membentuk
struktur tiga-dimensional secara menyeluruh dari molekul protein.
Struktur tersier diselenggarakan oleh interaksi antara gugus-fufus
R dalam asam amino.
• Struktur kuartener. Banyak protein ada sebagai oligomer, atau
molekul-molekul besar terbentuk dari pengumpulan khas dari
subsatuan yang identik atau berlainan yang dikenal dengan
protomer.
PROSES KATABOLISME PROTEIN
Para proses katabolisme protein asam-asam amino tidak dapat
disimpan oleh tubuh. Jika jumlah asam amino berlebihan atau terjadi
kekurangan sumber energi lain (karbohidrat dan protein), tubuh akan
menggunakan asam amino sebagai sumber energi. Tidak seperti
karbohidrat dan lipid, asam amino memerlukan pelepasan gugus
amina. Gugus amin ini kemudian dibuang karena bersifat toksik bagi
tubuh.
Terdapat 2 tahap pelepasan gugus amin dari asam amino, yaitu:
Transaminasi: Enzim aminotransferase memindahkan amin kepada α
ketoglutarat menghasilkan glutamat atau kepada oksaloasetat
menghasilkan aspartat
Deaminasi oksidatif: Pelepasan amin dari glutamat menghasilkan ion
ammonium Gugus-gugus amin dilepaskan menjadi ion amonium
(NH4+) yang selanjutnya masuk ke dalam siklus urea di hati. Dalam
siklus ini dihasilkan urea yang selanjutnya dibuang melalui ginjal
berupa urin.
Proses yang terjadi di dalam siklus urea digambarkan terdiri atas
beberapa tahap yaitu:
Melalui peran enzim karbamoil fosfat sintase I, ion amonium
bereaksi dengan CO2 menghasilkan karbamoil fosfat.
Melalui raksi ini diperlukan energi dari ATP
Melalui peran enzim ornitin transkarbamoilase, karbamoil fosfat
bereaksi dengan L-ornitin menghasilkan L-sitrulin dan gugus fosfat
dilepaskan.
Melalui peran enzim argininosuksinat sintase, L-sitrulin bereaksi
dengan L-aspartat menghasilkan L-argininosuksinat. Reaksi ini
membutuhkan energi dari ATPDengan peran enzim
argininosuksinat liase, L-argininosuksinat dipecah menjadi fumarat
dan L-arginin
Dengan peran enzim arginase, penambahan H2O terhadap L-
arginin akan menghasilkan L-ornitin dan urea.
HUBUNGAN KATABOLISME
KARBOHIDRAT, PROTEIN DAN LEMAK
Tahukah kamu bahwa Asetil Ko-A sebagai bahan baku dalam
siklus Krebs untuk menghasilkan energi yang berasal dari
katabolisme karbohidrat, protein, maupun lemak. Titik temu dari
berbagai jalur metabolisme ini berguna untuk saling menggantikan
“bahan bakar” di dalam sel, Hasil katabolisme karbohidrat, protein,
dan lemak juga bermanfaat untuk menghasilkan senyawa- senyawa
lain yaitu dapat membentuk ATP, hormon, komponen hemoglobin
ataupun komponen sel lainnya.
Lemak (asam heksanoat) lebih banyak mengandung hidrogen
terikat dan merupakan senyawa karbon yang paling banyak tereduksi,
sedangkan karbohidrat (glukosa) dan protein (asam glutamat) banyak
mengandung oksigen dan lebih sedikit hidrogen terikat adalah
senyawa yang lebih teroksidasi.
Senyawa karbon yang tereduksi lebih banyak menyimpan
energi dan apabila ada pembakaran sempurna akan
membebaskan energi lebih banyak karena adanya pembebasan
elektron yang lebih banyak. Jumlah elektron yang dibebaskan
menunjukkan jumlah energi yang dihasilkan. Perlu kamu ketahui
pada jalur katabolisme yang berbeda glukosa dan asam glutamat
dapat menghasilkan jumlah ATP yang sama yaitu 36 ATP.
Sedangkan katabolisme asam heksanoat dengan jumlah
karbon yang sama dengan glukosa (6 karbon) menghasilkan 44
ATP, sehingga jumlah energi yang dihasilkan pada lemak lebih
besar dibandingkan dengan yang dihasilkan pada karbohidrat dan
protein. Sedangkan jumlah energi yang dihasilkan protein setara
dengan jumlah yang dihasilkan karbohidrat dalam berat yang
sama.
Pertemuan 5
Lipidmerupakankelompokbiomolekul
yang bersifat non-polar
berisi molekullemak
yang disebut trigliserida
Trigliserida ini masih dapat
dipecah
menjadi molekul-molekul yang
lebih kecil
3 buah asam lemak
gliserol
+
DEFINISI
sederhana majemuk
GLISERIDA
Sebagian besar lemak dan minyak dalam alam terdiri dari
98- 99% trigliserida.
Trigliserida → ester gliserol dan asam lemak yang
tepatnya disebut triasilgliserol.
Bila asam lemak dalam trigliserida adalah sama maka
disebut trigliserol sederhana ; bila berbeda dinamakan
trogliserol campuran.
Bila satu asam lemak bergabung dengan gliserol, maka
lemak tersebut dinamakan monogliserida dn bila dua,
digliserida
FOSFOLIPID
Fungsi utama Fosfolipida adalah membentuk memberan sel
sehingga terdapat dalam setiap sel hidup, dibentuk dalam
hati dan menempati urutan ke-2 kandungan lipida dalam
tubuh.
Fosfolipida merupakan trigliserida dimana asam emak pada
posisi karbon ketiga ditempati oleh gugus fosfat dan gugus
basa – mengandung nitrogen.
Gugus basa pada fosfolipida menentukan nama fosfolipida
tersebut. Misalnya fosfatidilkolin (lesitin) mengandung gugus
kolin, sedangkan fosfatidilserin mengandung gugus serin
seagai gugus basanya.
STEROL
Sterolyang banyak terdapat di dalam pangan adalah
kolesterol dalam jaringan hewani, ergosterol dalam khamir
dan beta-sitosterol dalam makanan nabati.
Kolesterol adalah sterol yang paling dikenal oleh
masyarakat. Didalam tubuh mempunyai fungsi ganda, yaitu
di satu sisi diperlukan dan disislain membahayakana
tergantung seberapa banyak terdapt dalam tubuh dan bagian
mana.
KLASIFIKASI LEMAK
1. Berdasarkan sumbernya : lemak nabati dan lemak hewani
2. Berdasarkan jenis asam lemak penyusunya : lemak jenuh
dan lemak tak jenuh
3. Berdasarkan jumlah jenis asam lemak penyusunnya:
lemak berasam 1, lemak berasam 2 dan lemak berasam 3
= 1 palmito, 2 stearo, 3 olein
4. Berdasarkan bentuknya pada suhu kamar: lemak padat
(fat) dan lemak cair (minyak)
KOMPONEN PENYUSUN
H2C – CH – CH2
| | |
OH OH OH
→
KOMPONEN PENYUSUN
2. Asam-asam lemak
Asam monokarboksilat dengan rantai
lurus Dan radikal karboksilnya terletak di
ujung rantai karbon
Mempunyai jumlah aton C yang genap
Berupa asam lemak jenuh Dan asam
lemak tak jenuh
Bila suatu molekul asam lemak
ALjenuh ALtakjenuh
Bentu Bentu
k k
Pada asam lemak tak
jenuh
konfigurasi -trans
Atom pad ikatan rantai gandanya
H a sisiyang berlawanan
berad pad
a a
2. ALtrans
3. ALtak jenuh
1.ALjenuh Lemakjahat
gliser
ol
+
2
asam
lemak
- Testosteron
- Progesteron
- Estradiol
- Kortisol
Kolesterol - Garam
empedu
Lipid
Pertemuan ke 7
Apa itu Asam Nukleat?
6. Lokasi hanya ada pada nukleus Lokasi ada pada nukleus dan
sitoplasma
Struktur asam nukleat DNA
dan RNA adalah mirip.
Struktur ini dibagi menjadi
empat tingkatan yang
berbeda, primer, sekunder,
tersier dan kuarterner.
Struktur primer
Struktur primer asam nukleat merupakan urutan linear nukleotida, yang
dihubungkan satu sama lain dengan sambungan fosfodiester.
Nukleotida terdiri dari tiga komponen – basa nitrogen, gula 5-karbon dan
gugus fosfat.
Basa nitrogen adalah purin (adenin, guanin) dan pirimidin sitosin, timin/urasil.
Gula 5 karbon adalah deoksiribosa untuk DNA dan dan gula ribosa pada RNA.
Struktur Sekunder
Struktur sekunder adalah interaksi antara basa. Struktur ini menunjukkan
bagian mana helai terikat satu sama lain. Kedua untai DNA dalam double heliks
DNA terikat satu sama lain dengan batas hidrogen. Nukleotida pada pasangan
basa satu untai dengan nukleotida untai lainnya. Struktur sekunder DNA
didominasi pasangan basa dua helai polinukleotida membentuk double heliks.
Struktur tersier
Struktur tersier adalah bentuk
tiga dimensi di mana seluruh
rantai dilipat. Pengaturan
struktur tersier berbeda dalam
empat bentuk struktural:
Tangan Kiri atau kanan
Panjang pergantian heliks.
Jumlah pasangan basa per giliran.
Perbedaan ukuran antara utama
dan alur kecil.
Struktur Kuarter
Struktur Kuarter adalah tingkat
yang lebih tinggi dari organisasi
asam nukleat. Struktur ini
mengacu pada interaksi asam
nukleat dengan molekul lain.
Organisasi yang paling sering
terlihat adalah bentuk kromatin
yang menunjukkan interaksi
dengan protein histon kecil.
Fungsi Asam Nukleat
Asam nukleat memiliki fungsi utama dalam tubuh yaitu sebagai materi genetik dan juga koenzim.
Untuk menggunakan informasi genetik untuk mengarahkan sintesis protein baru.
Asam deoksiribonukleat adalah penyimpanan untuk tempat untuk informasi genetik dalam sel.
DNA mengontrol sintesis RNA di dalam sel.
Informasi genetik yang ditransmisikan dari DNA ke pembentukan protein dalam sel.
RNA juga mengarahkan produksi protein baru dengan mengirimkan informasi genetik pada struktur
bangunan protein.
Fungsi dari urutan basa nitrogen dalam tulang punggung DNA menentukan protein yang disintesis.
Fungsi dari heliks ganda DNA adalah bahwa tidak ada gangguan terjadi pada informasi genetik jika
hilang atau rusak.
RNA mengarahkan sintesis protein.
m-RNA mengambil pesan genetik dari RNA.
transfer t-RNA mengaktifkan asam amino, ke tempat sintesis protein.
r-RNA sebagian besar hadir dalam ribosom, dan bertanggung jawab atas stabilitas m-RNA.
Pertemuan 9
SEL
Nobel kedokteran 2013 'untuk
transportasi sel'
http://www.bbc.co.uk/indonesia/majalah/2013/10/131007_iptek_nobelkedokteran.shtml
STRUKTUR DAN FUNGSI SEL
BERDASARKAN JUMLAH
SEL
TUMBUHAN, HEWAN,
BAKTERI, MONERA CENDAWAN,
PROTISTA
PERBEDAAN SEL PROKARIOTIK DAN EUKARIOTIK
DINDING SEL
Berfungsi sebagai pelindung dan
SITOPLASMA Cairan yang pemberi bentuk, hanya dimiliki : bakteri,
berada diluar inti sel terdiri atas cendawan, ganggang, dan tumbuhan.
air dan zat-zat terlarut serta
berbagai macam organel sel MEMBRAN PLASMA
hidup Pembatas sel dari lingkungan luar
bersifat semi permeabel, dimiliki
semua sel
Glikoprotein
(mengikat molekul sel tetangga)
Kepala (Fosfat) → Hidrofilik
Ekor (Lipid) →
Hidrofobik
Protein integral
(protein yang
terbenam)
Protein periferal
(protein
menempel)
STRUKTUR DAN FUNGSI ORGANEL SEL
Sitoplasma
Cairan yang berada diluar inti, terdiri atas air dan zat-zat yang terlarut
serta berbagai macam organel sel hidup, organel dalam sitoplasma
antara lain :
Retikulum Endoplasma (RE)
berupa saluran-saluran yang
dibentuk oleh membran RE