Sabita Nur Khofifah Syaidanna

225070507111013
A

Purifikasi Jika Isolat Protein Telah Ada Menggunakan Kolom

1. What is the anticipated difference in apparent molecular weight between

pFluoro Green (GFP) and pFluoroBlue (BFP) as detected by denatured SDS-
polyacrylamide gel analysis?
Jawaban :
Berat molekul nyata suatu protein yang dideteksi oleh elektroforesis gel
SDS Polyacrylamide terdenaturasi (SDS-PAGE) bergantung pada beberapa faktor,
termasuk struktur primer protein (urutan asam amino), modifikasi pasca-
translasi, dan kondisi elektroforesis. Langkah denaturasi dengan SDS di SDS-
PAGE membantu menghilangkan struktur sekunder dan tersier, sehingga berat
molekul yang tampak terutama bergantung pada panjang rantai polipeptida dan
komposisi asam amino. Protein pFluoro-Green (GFP) dan pFluoroBlue (BFP)
masing-masing merupakan varian dari protein fluoresen hijau dan protein
fluoresen biru, yang sering digunakan dalam penelitian biologi molekuler dan
biologi sel.
Protein-protein ini memiliki ciri struktural yang sama, yaitu domain
fluorofor yang bertanggung jawab atas sifat fluoresennya. GFP dan BFP biasanya
memiliki panjang sekitar 238-240 asam amino. Dalam SDS-PAGE yang
terdenaturasi, berat molekul suatu protein ditentukan oleh panjang rantai
polipeptidanya. Karena GFP dan BFP memiliki panjang yang sama dan memiliki
struktur yang sama, berat molekul keduanya akan sangat mirip. Mereka mungkin
bermigrasi sedikit berbeda karena perbedaan urutan asam aminonya, namun
perbedaannya tidak signifikan.

2. Why is the molecular sieving matrix swelled prior to packing the column?
Jawaban :
Pembengkakan dapat terjadi karena kolom mengalami
ketidakseimbangan karena pengaruh dari suhu yang kurang sesuai. Faktor lain
yang dapat mempengaruhi hal ini yaitu bisa jadi saat proses pengayakan masih
terdapat sampel yang tidak tercampur secara sempurna, bisa juga karena slurry
yang terkena pengaruh udara sehingga udara masuk ke dalam kolom dan
menjadi penghambat, oleh karena itu matrix ayakan dapat mengalami
pembengkakan akibat berisi ekstrak bakteri yang diberi GFP maupun BFP.

3. What is the basis of molecular sieve chromatography?

Jawaban :
Pada percobaan ini ekstrak bakteri yang mengandung GFP atau BFP akan
difraksinasi secara kromatografi menggunakan matriks saringan molekuler.
Faktor faktor yang mempengaruhi pemisahan meliputi ukuran, bentuk dan
faktor biologis non protein yang terkait seperti residu karbohidrat. Protein
fluoresen akan dideteksi pada kolom dan selanjutnya di tabung reaksi dengan
pemeriksaan di bawah sinar UV panjang. lampu. Untuk sebagian besar protein,
Sabita Nur Khofifah Syaidanna
225070507111013
A

kolom tersebut juga dapat digunakan untuk menentukan berat molekul yang
tampak. Estimasi akurat komposisi dan ukuran polipeptida protein dilakukan
dengan menganalisis fraksi yang mengandung protein yang diinginkan dengan
mendenaturasi elektroforesis gel poliakrilamida.

4. Can molecular sieve chromatography columns be used to separate DNA

fragments?
Jawaban :
Iya, metode kromatografi saringan molekuler dapat digunakan untuk
memisahkan fragmen-fragmen DNA. Molekul DNA yang memiliki ukuran besar
dapat digunakan untuk fraksinasi dengan sebagian besar matrix sephadex
karena DNA tidak dapat menembus serat agar.