Acara 4

Praktikum Teknik Laboratorium

Elektroforesis Protein

KUNCI JAWABAN WORKSHEET

1. Jelaskan mengapa elektroforesis protein lebih sulit dilakukan dibandingkan

elektroforesis DNA?
○ DNA memiliki muatan per massa yang tetap, sedangkan elektroforesis protein
ditentukan oleh kadar asam amino yang menyusun rantai samping
○ Protein memiliki struktur sekunder sehingga diperlukan beta-mercaptoethanol
untuk membuat strukturnya menjadi linear dan SDS untuk mengkonsistenkan
muatan protein.
○ DNA tidak memiliki struktur 3D, sedangkan elektroforesis protein memiliki
struktur 3D sehingga dibutuhkan SDS
2. Jelaskan mengapa elektroforesis protein menggunakan gel poliakrilamide, dan
mengapa tidak menggunakan gel agarose?
○ poliakrilamid akan membentuk matriks yang sesuai untuk separasi protein
berdasarkan ukurannya
○ gel poliakrilamid memiliki ukuran pori-pori yang lebih kecil
3. Apa fungsi dari bahan SDS, beta-mercaptoethanol, dan TEMED?
○ SDS berfungsi untuk mendenaturasi struktur sekunder, tersier, dan kuartener
protein serta memberikan muatan negatif pada protein
○ Beta-mercaptoethanol berfungsi untuk memutuskan ikatan disulfida protein
dan meminimalisasi efek migrasi dari struktur sekunder protein
○ TEMED berfungsi sebagai katalis reaksi polimerisasi dengan cara memicu
pembentukan radikal bebas dari APS
4. Apa perbedaan fungsi stacking gel dan separating gel? Dan berapa konsentrasi
akrilamidenya?
○ Stacking gel berfungsi untuk menyamakan starting point protein sebelum
elektroforesis dijalankan
■ Konsentrasi akrilamid = 5%
○ Separating gel berfungsi untuk memisahkan protein
■ Konsentrasi akrilamid = 10%
5. Nilai Rf pada setiap band dalam proses analisis gel didapatkan dari?
○ jarak migrasi sampel/jarak migrasi pewarna
6. Apa saja faktor-faktor yang mempengaruhi hasil elektroforesis?
○ preparasi dan ekstraksi sampel
○ bentuk dan ukuran molekul
○ kontaminan pada sampel
○ formulasi, kondisi, dan volume reagen yang digunakan
○ besaran volume, arus, dan daya yang digunakan untuk running
7. Jarak migrasi fragmen protein sampel adalah 5,69 cm, sedangkan jarak migrasi
pewarna 10 cm. Jika diketahui persamaan kurva standar dari marker y= -2,0519x +
2,2952 dengan R2 = 0.9426 maka berapakah berat molekul fragmen protein sampel
tersebut? (tidak perlu sampai mendapatkan bilangan bulat, boleh menyatakan dalam
bentuk eksponen)