Halaman
DAFTAR ISI ................................................................................................ i
DAFTAR GAMBAR .................................................................................... iii
DAFTAR TABEL ........................................................................................ iv
BAB 1. PENDAHULUAN ........................................................................... 1
1.1 Latar Belakang .................................................................................... 1
1.2 Rumusan Masalah ............................................................................... 2
1.3 Tujuan Khusus Riset ............................................................................ 2
1.4 Manfaat Riset ...................................................................................... 2
1.5 Urgensi Riset ....................................................................................... 2
1.6 Temuan yang Ditargetkan .................................................................... 2
1.7 Kontribusi Riset Terhadap Ilmu Pengetahuan ...................................... 3
1.8 Luaran yang Ditargetkan ..................................................................... 3
BAB 2. TINJAUAN PUSTAKA ................................................................... 3
2.1 Itik Pitalah ........................................................................................... 3
2.2 Gen Myostatin ..................................................................................... 4
2.3 Penciri Genetik PCR-RFLP ................................................................. 4
BAB 3. METODE RISET ............................................................................. 5
3.1 Waktu dan Tempat Penelitian .............................................................. 5
3.2 Alat dan Bahan .................................................................................... 5
3.3 Peubah Penelitian ................................................................................ 5
3.4 Tahapan Riset ...................................................................................... 6
BAB 4. BIAYA DAN JADWAL KEGIATAN ............................................. 7
4.1 Anggaran Biaya ................................................................................... 7
4.2 Jadwal Kegiatan .................................................................................. 8
DAFTAR PUSTAKA ................................................................................... 8
LAMPIRAN ................................................................................................. 11
Lampiran 1. Biodata Ketua Anggota Serta Dosen Pendamping .................. 11
i
Lampiran 2. Justifikasi Anggaran .............................................................. 19
Lampiran 3. Susunan Tim Pengusul dan Pembagian Tugas........................ 21
Lampiran 4. Surat Pernyataan Ketua Tim Pengusul ................................... 23
ii
DAFTAR GAMBAR
Gambar Teks Halaman
iii
DAFTAR TABEL
iv
BAB 1. PENDAHULUAN
1
Penelitian yang yang berkaitan dengan myostatin pada unggas yaitu ayam
pernah dilakukan oleh Khaerunnisa et al. (2016). Yang meneliti tentang
polimorfisme gen myostatin T4842G pada ekson-2 berhubungan dengan
karakteristik karkas pada ayam Indonesia. Hasil penelitian menunjukkan bahwa
lokus myostatin bersifat polimorfik pada semua populasi. Sementara hasil
penelitian Nisa (2021) yang mengidentifikasi keragaman, menganalisis komposisi
basa nukleotida dan asam amino dari diplotipe gen myostatin ekson 3 pada itik
lokal jantan. Kesimpulan penelitian tersebut yaitu terdapat empat belas titik
mutasi membentuk dua belas pola sekuen, masing-masing pola diplotipe
menunjukkan adanya perbedaan komposisi basa nukelotida dan menunjukkan
adanya keragaman gen myostatin ekson 3 pada populasi itik lokal jantan serta
mengakibatkan perbedaan komposisi asam amino yang disandikan.
Berdasarkan uraian di atas, peneliti tertarik untuk melakukan penelitian
dengan judul “Identifikasi Keragaman Gen Myostatin (MSTN) pada Itik
Lokal Sumatera Barat”.
2
1.7 Kontribusi Riset Terhadap Ilmu Pengetahuan
Data yang diperoleh dari riset yang akan dilakukan diharapkan dapat
menjadi rujukan pada penelitian yang lebih mendalam terkait gen myostatin
terutama untuk ekspresi genetik (mRNA relatif) dan asosiasi genotip terhadap
karakteristik sifat pertumbuhan otot pada itik lokal.
3
2.2 Gen Myostatin
Gen MSTN atau Growth Differentiations Factor 8 (GDF8) merupakan
anggota dari superfamili Transforming Growth Factor-β (TGF-β) yang berfungsi
sebagai regulator negatif dari pertumbuhan otot skeletal (Dushyanth et al., 2016).
Gen myostatin (MSTN) terletak pada kromosom tujuh dan disusun oleh tiga ekson
dan dua intron (Zhao et al., 2016).
Fungsi dari gen myostatin yaitu sebagai inhibitor (regulator negatif),
poliferasi dan diferensiasi siklus sel selama miogenesis dalam sel embrionik dan
dewasa (Grade et al., 2019; Konovalova et al., 2021). Massa otot dalam tubuh
ternak dipengaruhi oleh keseimbangan antara sintesis protein dan degradasi
protein. Keseimbangan ini diatur oleh komunikasi sel otot, terutama otot rangka,
melalui dua jalur utama: AKT (protein kinase B/mTOR yang bertanggung jawab
atas sintesis protein, dan jalur AKT/FOXO yang mengatur degradasi protein
(Rodriguez et al., 2014).
Agung et al. (2016) menyatakan bahwa gen MSTN bagian ekson 3 pada
generasi pertama (F1) hasil persilangan dengan sapi Belgian Blue pertama di
Indononesia merupakan marker untuk sifat double muscling pada sapi Belgian
Blue juga ada (diwariskan) pada anak-anak sapi generasi F1 (jantan dan betina).
Nisa (2021) menyatakan bahwa gen MSTN bagian ekson 3 pada itik lokal jantan
bersifat polimorfik. Khaerunnisa (2016) juga menyatakan bahwa gen MSTN
bagian ekson 2 pada ayam Indonesia bersifat polimorfik.
4
mengharuskan ekstraksi DNA dalam jumlah besar. Proses ini relatif mahal,
melibatkan prosedur yang panjang, dan menggunakan radioaktif
Enzim restriksi yang digunakan pada penelitian ini yaitu enzim TaqI dan
HaeIII. Dimana enzim TaqI memotong pada sekuen T↓CGA. Sedangkan enzim
HaeIII memotong pada sekeun GG↓CC. Masing-masing enzim memotong target
pada dua titik potong.
5
3.4 Tahapan Riset
6
Gambar 1. Struktur Gen Myostatin
Lakukan elektroforesis pada gel agarose 1,5% yang telah diwarnai dengan
ethidium bromide untuk melihat hasil amplifikasi gen myostatin, kemudian amati
hasilnya dengan menggunakan UV transilluminator. Jika terdapat pita pada posisi
atau ukuran yang sesuai dengan sumur yang berisi sampel DNA pada gel agarose,
maka dapat dikatakan bahwa proses amplifikasi tersebut berhasil. Selanjutnya,
hasil elektroforesis dapat direkam menggunakan kamera.
3.4.3 Penggenotipan Gen Myostatin
Siapkan tabung Eppendorf 2 ml dan beri label sesuai sampel yang
digunakan. Setelah itu, masukkan produk PCR sebanya 3-4 µl ke dalam tabung
Eppendorf menggunakan mikro pipet. Kemudian enzim restriksi ditambahkan
sebanyak 1 µl, 5 µl buffer, dan 40-41 µl nuclease free water ke dalam tabung
Eppendorf. Setelah semua bahan ditambahkan, masukkan tabung yang berisi
produk PCR dan enzim restriksi tersebut ke dalam mesin PCR selama 30 menit
pada suhu 37O C.
Setelah selesai, lakukan proses elektroforesis pada gel agarose 1,5%
dengan pewarna ethidium bromide untuk melihat hasil penggenotipan gen
myostatin. Sertakan DNA bench top (marker) dalam sumur gel dan jalankan
elektroforesis menggunakan mesin dengan tegangan 150 volt selama 30 menit.
Selanjutnya, produk elektroforesis diamati dengan bantuan sinar UV
transilluminator. Dokumentasikan hasil restriksi dengan menggunakan kamera.
7
Instansi Lain
3 Transportasi lokal Belmawa 1.000.000,-
Perguruan Tinggi 200.000,-
Instansi Lain
4 Lain-lain Belmawa 1.500.000,-
Perguruan Tinggi 300.000,-
Instansi Lain
Jumlah 12.000.000,-
Rekap Sumber Dana Belmawa 10.000.000,-
Perguruan Tinggi 2.000.000,-
Instansi Lain
Jumlah 12.000.000,-
DAFTAR PUSTAKA
Agung, P., P. Said, S. Sudiro, and B. Blue. 2016. Myostatin gene analysis in the
first generation of the belgian blue cattle in Indonesia. 41(March). 13–20.
https://doi.org/10.14710/jitaa.41.1.13-20.
Direktorat Jenderal Peternakan dan Kesehatan Hewan. 2016. Populasi Itik
Menurut Provinsi. Kementrian Pertanian RI. Jakarta.
Dushyanth, K., T. K. Bhattacharya, R. Shukla, R. N. Chatterjee, T. Sitaramamma,
C. Paswan, and P. Vishnu. (2016). Gene expression and polymorphism of
myostatin gene and its association with growth traits in chicken. Animal
Biotechnology, 27(4), 269–277.
Fanani, M. Z. 2011. Teknologi analisis molekuler menggunakan metode
restriction fragment length polymorphism (RFLP) : aplikasinya dalam
diagnosis spesies candida. http://mazfanani.wordpress.com/2011/04/25.
Grade C. V. C., C. S. Mantovani, and L. E. Alvares. 2019. Myostatin gene
8
promoter: structure, conservation and importance as a target for muscle
modulation. Journal of Animal Science and Biotechnology 10(1).
Kementerian Pertanian. 2011. Keputusan Menteri Pertanian Nomor
2923/Kpts/OT.140/6/2011 tentang Penetapan Rumpun Itik Pitalah. Jakarta.
Khaerunnisa, I., M. Pramujo, I. I. Arief, C. Budiman, A. Gunawan, Jakaria, and C.
Sumantri. 2016. Polymorphism of the T4842G myostatin gene is
associated with carcass characteristics in indonesian chickens. International
Journal of Poultry Science, 15(8): 316–324.
Konovalova E., O. Romanenkova, A. Zimina, V. Volkova, and A. Sermyagin.
2021. Genetic variations and haplotypic diversity in the myostatin gene of
different cattle breeds in russia. Animals 11(10): doi:
10.3390/ani11102810.
Mito dan S. T. Johan. 2011. Usaha Penetasan Telur Itik. PT. Agro Media
Pustaka, Jakarta.
Muladno. 2010. Teknologi Rekayasa Genetika. Edisi Kedua, Bogor.
Mulyadi, U. 2014. Kaya dari Beternak Bebek Petelur dan Bebek Pedaging.
Flash Books, Jakarta.
Nisa, K., N. Sultan, dan S. Kasim. 2021. Keragaman gen myostatin ekson 3 pada
itik lokal jantan menggunakan metode direct keragaman gen myostatin
ekson 3 pada itik lokal jantan menggunakan metode direct. [SKRIPSI]
Oldham. 2001. Molecular expression of myostatin and myod is greaterin
doublemuscled than normal-muscled cattle fetuses. Am J Physiol
Regulatory Integrative Comp Physiol. 280: R1488-R1493.
Rodriguez, J., B. Vernus, I. Chelh, I. Cassar-Malek, J. C. Gabillard, A. H. Sassi,...
and A. Bonnieu. 2014. Myostatin and the skeletal muscle atrophy and
hypertrophy signaling pathways. Cellular and Molecular Life Sciences.
71(22): 4361-4371.
Suhaemi, Z. 2017. Potensi keragaman genetic itik lokal Sumatera Barat. Padang:
Disertasi, Universitas Andalas
Suhaemi, Z. dan Febriani. 2018. Perbandingan nilai ekonomis itik pitalah dan
bayang sebagai itik pedaging. 20(18): 451-455
Sunatmo, T .I. 2009. Mikrobiologi Esensial. Mikrobiologi IPB. Bogor.
Susilorini, T. Eko, Sawitri, M. Eirry, dan Muharlien. 2010. Budi Daya 22 Ternak
Potensial. Penebar Swadaya, Jakarta.
Viljoen, G. J., H. N. Louisand and R. C. John. 2005. Molecular Diagnostic PCR
Hand Book. Springer : IAEA-FAO (Fiat-Panis).
Ye, X., S. R. Brown, K. Nones, L. L. Coutinho, J. C. Dekkers, and S. J. Lamont.
2007. Associations of myostatin gene polymorphisms with performance
and mortality traits in broiler chickens. Genetics Selection Evolution.
39(1): 73-89.
9
Zhao, Z. H., H. Li., H. J. Yi and B. X. Peng. 2016. The correlation between
polymorphism of the mstn gene and slaugterntraits in sansui ducks.
Pakistan J. Zool. 48 (5): 1283-1290
Zulfahmi. 2013. Penanda DNA analisi genetik tanaman. Jurnal Agroteknologi. 3
(2): 41-52
10
LAMPIRAN
Semua data yang saya isikan dan tercantum dalam biodata ini adalah benar dan
dapat dipertanggung jawabkan secara hukum. Apabila di kemudian hari ternyata
dijumpai ketidaksesuaian dengan kenyataan, saya sanggup menerima sanksi.
Demikian biodata ini saya buat dengan sebenarnya untuk memenuhi salah satu
persyaratan dalam pengajuan PKM-RE.
11
Padang, 6 Februari 2024
Ketua Tim
12
Biodata Anggota 1
A. Identitas Diri
Semua data yang saya isikan dan tercantum dalam biodata ini adalah benar dan
dapat dipertanggung jawabkan secara hukum. Apabila di kemudian hari ternyata
dijumpai ketidaksesuaian dengan kenyataan, saya sanggup menerima sanksi.
Demikian biodata ini saya buat dengan sebenarnya untuk memenuhi salah satu
persyaratan dalam pengajuan PKM-RE.
Padang, 6 Februari 2024
Anggota Tim,
(Winanti Salsabila)
13
Biodata Anggota 2
A. Identitas Diri
Semua data yang saya isikan dan tercantum dalam biodata ini adalah benar dan
dapat dipertanggung jawabkan secara hukum. Apabila di kemudian hari ternyata
dijumpai ketidaksesuaian dengan kenyataan, saya sanggup menerima sanksi.
Demikian biodata ini saya buat dengan sebenarnya untuk memenuhi salah satu
persyaratan dalam pengajuan PKM-RE.
(Ahmad Rafi)
14
Biodata Anggota 3
A. Identitas Diri
Semua data yang saya isikan dan tercantum dalam biodata ini adalah benar dan
dapat dipertanggung jawabkan secara hukum. Apabila di kemudian hari ternyata
dijumpai ketidaksesuaian dengan kenyataan, saya sanggup menerima sanksi.
Demikian biodata ini saya buat dengan sebenarnya untuk memenuhi salah satu
persyaratan dalam pengajuan PKM-RE.
(Kyla Tahira)
15
Biodata Anggota 4
A. Identitas Diri
Semua data yang saya isikan dan tercantum dalam biodata ini adalah benar dan
dapat dipertanggung jawabkan secara hukum. Apabila di kemudian hari ternyata
dijumpai ketidaksesuaian dengan kenyataan, saya sanggup menerima sanksi.
Demikian biodata ini saya buat dengan sebenarnya untuk memenuhi salah satu
persyaratan dalam pengajuan PKM-RE.
(Rahmat Ikdon)
16
Biodata Dosen Pendamping
A. Identitas Diri
17
Bibit Dan Desain Perkawinan Dalam
Rangka Pembentukan Galur Unggul
Ayam Kokok Balenggek
4. Identifikasi Dan Asosiasi Gen Prolaktin Dikti 2022
(Prl) Dan Gen Follicle Stimulating
Hormone (Fsh) Terhadap Beberapa
Sifat Produksi Itik Pitalah Sumatera
Barat
5. Identifikasi Gen HSP 70 pada itik lokal Riset Dasar Unand 2023
menggunakan metode RFLP dan
Sekuensing
6. Fertility Rate, Fertility Period, and DOC Dikti 2023
Sex Ratio of Kokok Balenggek Chicken
after Artificial Insemination
7 Identifikasi Fenotip Generasi Induk Dikti 2023
(G0) dan Generasi Pertama (G1) Pola
Perkawinan Assortative terhadap Hasil
Produksi Pada Ayam Kokok Balenggek
Semua data yang saya isikan dan tercantum dalam biodata ini adalah benar dan
dapat dipertanggungjawabkan secara hukum. Apabila di kemudian hari ternyata
dijumpai ketidaksesuaian dengan kenyataan, saya sanggup menerima sanksi.
Demikian biodata ini saya buat dengan sebenarnya untuk memenuhi salah satu
persyaratan dalam pengajuan PKM-RE.
18
Lampiran 2. Justifikasi Anggaran
No Jenis Pengeluaran Kuantitas Harga Total (Rp)
Satuan
(Rp)
1 Bahan Habis Pakai (maks 60%)
Pengambilan sampel darah 60 sampel 10.000,- 600.000,-
Jarum suntik 0,3 ml 100 buah 2.500,- 250.000,-
Ekstraksi DNA 60 sampel 10.000,- 600.000,-
Primer 2 pasang 285.000,- 570.000,-
Elektroforesis 90 gel 10.000,- 900.000,-
PCR tube 5 pack 100.000,- 500.000,-
PCR tips 5 pack 100.000,- 500.000,-
Enzim restriksi 2 paket Dana laboratorium
Mikro pipet 20-50 µl 1 buah 500.000,- 500.000,-
Mikro pipet 10 µl 1 buah 500.000,- 500.000,-
Nuclease free water 6 liter 120.000 720.000,-
Buffer BL 1 buah 180.000.- 180.000,-
Buffer WA 1 buah 180.000,- 180.000,-
Buffer CE 1 buah 180.000,- 180.000,-
Sintesis DNA (cDNA) kit 60 reaksi 60.000/10 900.000,-
i-MAX II reaksi
Tabung vecutainer 60 buah 2.000,- 120.000,-
SUB TOTAL 7.200.000,-
2 Belanja Sewa (maks 15%)
Analisis PCR 6 kali 50.000,- 300.000,-
Running RFLP 6 kali 350.000,- 300.000,-
Nanodrop 2 kali 50.000,- 100.000,-
Biaya ekstraksi DNA 1 kali 500.000,- 500.000,-
ekstraksi
Biaya elektroforesis 6 kali 50.000,- 300.000,-
Running inkubasi 60 kali 5.000,- 300.000,-
SUB TOTAL 1.800.000,-
3 Perjalanan lokal (maks 30%)
Transportasi kegiatan 4 bulan 200.000,- 800.000,-
perjalanan penelitian dari
kampus ke laboratorium
Kegiatan penyiapan bahan I bulan 400.000,- 400.000,-
SUB TOTAL 1.200.000,-
4 Lain-lain (maks 15%)
Cooling box 1 buah 700.000,- 700.000,-
Dry ice 5 buah 40.000,- 200.000,-
Paket internet tim 4 bulan 100.000,- 400.000,-
Biaya publikasi 1 kali 500.000,- 500.000,-
19
SUB TOTAL 1.800.000,-
GRAND TOTAL 12.000.000,-
GRAND TOTAL (Terbilang: dua belas juta rupiah)
20
Lampiran 3. Susunan Tim Pengusul dan Pembagian Tugas
NO Nama/NIM Program Bidang Alokasi Uraian Tugas
Studi Ilmu Waktu
(jam/mi
nggu)
1 Nada Iswari Peternakan Peternakan 20 jam / Mengkoordinasikan
Samara/ minggu anggota kelompok
2010611042 riset dan memastikan
semua anggota aktif,
mengelola persiapan
bahan, penyiapan
sampel dan bahan uji
serta melakukan
penghitungan hasil
analisa sampel.
2 Winanti Peternakan Peternakan 20 jam/ Mempersiapkan
Salsabila/ minggu laboratorium riset,
2010613010 alat dan bahan serta
melakukan proses
pengelolaan tahap
analisis sampel dan
bahan uji.
3 Ahmad Peternakan Peternakan 20 jam/ Menyediakan tempat
Rafi/ minggu pengambilan sampel
2010342015 dan keberangkatan
serta melaksanakan
kegiatan uji dasar
penelitian.
4 Nashifa Peternakan Peternakan 20 jam / Mengumpulkan
Noor mingu catatan harian
Rozali/ masing-masing
2210612002 anggota,
mengumpulkan data,
menyusun laporan,
membuat artikel
ilmiah dan menulis
laporan kemajuan
dan laporan akhir.
5 Rahmat Peternakan Peternakan 20 jam / Mengatur keuangan
Ikdon / minggu riset, pembelian alat
221061 dan bahan,
penyiapan sampel
dan bahan uji, serta
21
melakukan evaluasi
hasil riset
22
Lampiran 4. Surat Pernyataan Ketua Tim Pengusul
SURAT PERNYATAAN KETUA TIM PENGUSUL
23