GENETIKA VIRUS

Maxs U. E. Sanam
 TERMINOLOGI
Genetika adalah ilmu yang mempelajari tentang sifat-
sifat menurun pada organisme.
Genom: Keseluruhan materi genetik dari suatu
organisme
DNA (deoxyribonucleic acid)Molekul yang
mengandung informasi genetik utama dalam bentuk
suatu sekuen nukleotida linear dalam kelompok-
kelompok triplet
Kromosom adalal struktur pembawa gen
Lokus gen: posisi dari suatu gen pada kromososm
Produk genpolipeptida atau RNA ribosomal yang
disandi oleh suatu gen.
Asam nukleat suatu molekul DNA ataupun RNA yang
dapat menyimpan informasi genetik
DOGMA CENTRAL

Company Name www.themegallery.com

 DNA NUCLEOTIDE
Phosphate
Group

5
O=P-O
CH2
O
O
N
Nitrogenous base
C 4 C1
(A, G, C, or T)
Sugar
(deoxyribose)
C3 C2
 5 O
DNA 3

3 O 5
P P
5 O
1 G C 2 3

4 4
1
2 5
3 O
P 3
P
5 T A
O
O 5
P
P 3
GENE EXPRESSION

DNA RNA PROTEIN

Protein Fungsional
1. Bioregulator (Hormon)
2. Biokatalisator (Enzim)
3. Protein Transport (hemoglobin)
4. Protein Pelindung (Antibodi)
5. Protein struktural (Glikoprotein)
6. Porotein kontraktil (Miosin, Actin)

Company Name www.themegallery.com

 LEVEL OF BIOLOGICAL INFORMATION

Company Name www.themegallery.com

 KOMPOSISI KIMIAWI VIRION

Komposisi kimia partikel virus sangat bervariasi

(antar famili)
Parvovirus virus paling sederhana, virion-nya
tersusun atas protein-protein struktural dan
DNA; pada enteroviruses, t.a. protein2 virus dan
RNA.
Genom dr virus-virus vertebrata tersimpan/
terselebungi oleh suatu shell cangkang protein
disebut capsid
Capsid tersusun atas polimer unit-2 kecil,
capsomer
 herpesviruses dan pneumoviruses memiliki
struktur yg lebih kompleks -- adanya Amplop.

Protein utama pada eksterior amplop adalah

glikoprotein

Ada/tidaknya lipid pada amplop ---- 2 klas

virus dapat diinaktivasi oleh pelarut organik
(amplop) dan virus yang resisten (non-
enveloped).
VIRAL NUCLEIC ACIDS IN THE VIRION

Jenis asam nukleat & struktur genom dasar

klasifikasi virus
Virus hanya memiliki satu jenis asam nukleat
untuk memindahkan informasi genetik
Virus dikelompokkan menjadi virus RNA, dan
virus DNA
Untuk virus RNA viruses, satu pembeda utama
adalah apakah virion RNA merupakan positive
sense... secara langsung ditranslasi menjadi
protein, ataukah perlu ditranskripsi terlebih
dahulu menjadi mRNA sebelum translasi
protein.
 Dalam kelompok negativestrand, ada virus
dengan genom single-strand utuh (e.g.,
Paramyxoviridae) dan virus dengan genom yang
tersegmentasi (e.g., Orthomyxoviridae 6, 7,
atau 8 segmen; Bunyaviridae 3 segmen;
Arenaviridae 2 segmen).
Genom Retroviridae bersifat diploid, yakni virion
mengandung genom utuh RNA positive-sense.
Genom RNA. Birnaviridae memeiliki 2 segmen;
Reoviridae miliki 10, 11, or 12 segmen,
tergantung pada genus virus.
Ukuran genom virus RNA 2 kb (Deltavirus) hingga
> 30 kb (Virus RNA terbesarCoronaviridae).
 Untuk virus DNA, struktur genom kurang
kompleks, berbentuk molekul tunggal single-
stranded (ss)DNA ataupun molekul tunggal
doublestranded (ds)DNA.
Genom virus dsDNA, sirkuler sederhana pada
Polyomaviridae dan Papillomaviridae (58
kbp); linear Herpesvirinae (125235 kbp)
Genom virus ssDNA dapat berupa linear
(Parvoviridae) atau sirkuler (Circoviridae &
Anellovirus), ukuran berkisar 2,8 5 kbp.
 Ukuran genom mencerminkan kapasitas
penyandian protein dari virus.
Sebagian genom berperan penting sebagai elemen
pengatur/regulator bagi proses translasi protein,
replikasi genom, transkripsi gen virus (promoter,
sinyal terminasi, situs poliadenilasi, situs
pemotongan RNA, etc.).
Untuk sintesis protein, virus memanfaatkan
beragam strategi untuk tingkatkan kapasitas
penyandian genom. Misalnya, gen P pada virus
Sendai Respirovirus) mengatur sintesis 7 protein
berbeda dengan menggunakan beragam
mekanisme.
VIRION STRUCTURE
Virion adalah partikel virus komplit
Suatu virus sederhana terdiri atas sebuah
molekul asam nukleat (DNA or RNA) yang
diselebungi/dikelilingi oleh sebuah capsid
yang tersusun atas subunit-subunit protein
Subunit-subunit protein tsb dapat meng-
gabungkan diri membentuk unit multimer
(unit-unit struktural), yang mengandung satu
atau beberapa rantai polipeptida.
VIRAL PROTEINS IN THE VIRION
Genom virus hewan menyandi satu hingga >
100 protein.
Protein yang terdapat pada virion (partikel
virus mature) dikenal sebagai protein-
protein struktural
Protein-protein yang terlibat dalam
penyusunan partikel virus, replikasi genom,
modifikasi respon imun hospes terhadap
infeksi, dirujuk sebagai protein-protein
nonstruktural.
GENOMIC CHANGE
Menyebabkan perubahan antigenisitas dan
patogenisitas virus.
Mutasi merupakan penyebab perubahan
genetik yang paling umum
Sedikit umum, interaksi genetik dikenal
sebagai rekombinasi, dapat terjadi antar
virus atau antara virus dan sel hospes,
akibatkan perubahan karakteristik virus.
MUTATIONS
Mutasi adalah kesalahan bersifat acak dan
spontan yang terjadi saat penggandaan asam
nukleat; paling banyak terjadi saat replikasi
virus.
Tingkat mutasi genom pada virus DNA ... 10 8
1011 per sintesis/pemasangan nukleotida; pada
virus RNA lebih tinggi, 103 108
Normal: koreksi error dikerjakan oleh enzim
eksonuklease (DNA/RNA polimerase)
Rendahnya fidelitas replikasi genom virus RNA
dikarenakan buruknya mekanisme koreksi error
oleh enzim replikasi RNA
 Paparan sinar X, radiasi sinar UV, mutagen
kimiawi tingkatkan frekuensi mutasi.
Mutasi nohtah (Point mutations) atau
substitusi basa tunggal (single base
substitution) sebabkan substitusi satu
nukleotida; tipe mutasi yang paling umum.
Delesi ataupun insersi satu nukleotida...
Mutasi yang jarang terjadi
Efek aditif dari point mutations yang terjadi
selama beberapa generasi timbulkan variasi
fenotipe yang dipengaruhi oleh proses seleksi
JENIS-JENIS MUTASI
MUTAGEN KIMIAWI HNO2
RECOMBINATION
Rekombinasi viral
Pertukaran atau pemindahan materi genetik
antara virus yang berbeda (namun berhubungan
erat) dan menginfeksi sel yang sama disebut
rekombinasi genetik
Jenis pertukaran ini dapat pula terjadi antara
virus dan sel-sel hospes. Genom dari rekombinan
tsb memiliki informasi genetik baru.
Perubahan informasi genetik tsb dapat terjadi
melalui: rekombinasi intramolekular,
rekombinasi copy-choice, reassortment atau
reaktivasi genetik.
 Rekombinasi intramokelur biasanya terjadi
pada virus2 DNA dilakukan dengan cara
pelepasan dan penggabungan kembali ikatan-
ikatan kovalen pada asam nukleat.

Rekombinasi copy-choice terjadi pada virus-2

RNAss+ melalui mekanisme template
switching. Enzim polimerase RNA melompat
pada untaian templat saat sintesis untaian
sense negatif komplementer.
 Reassortment dapat terjadi pada virus-virus
RNA yang genom-nya bersegmen, seperti
orthomyxoviruses, reoviruses & bunyaviruses.
Pertukaran 2 atau lebih segmen genom dari
virus-virus yang berkekerabatan dekat yang
menginfeksi sel yang sama
Sebabkan variabilitas genetik, adapatasi cepat
virus pada host baru, karakteristik antigenik
baru, perubahan virulensi.
PERTUKARAN GEN ANTAR VIRUS PADA BERAGAM HOST
 Rekombinasi virus-sel hospes adalah
rekombinasi materi genetik antara virus dan sel
hospes
Penting untuk evolusi virus dan virulensi.
Beberapa retrovirus merupakan Oncogenic
potensial karena dapat menggabungkan onkogen
seluler pada genom-nya.
Integrasi DNA seluler ke dalam genom viral
kadang sebabkan hilangnya materi genetik yang
penting untuk replikasi virus pada progeni-nya.
(membutuhkan virus helper untuk bantuan
replikasi)
RETRO VIRUS & CANCER
VIRAL GENOMIC SEQUENCE
ANALYSIS
Teknik Kultur Sel (Cell culture) tidak lagi
diperlukan untuk hasilkan sejumlah partikel virus
untuk studi genomnya.
Saat ini dimungkinkan untuk hasilkan sejumlah
besar as nukleat virus gunakan teknik kloning
molekuler ataupun dengan reaksi berantai
polimerisasi (PCR) terhadap ekstraksi as nukeat
virus dari sampel klinis
Asam nukleat bovine papillomavirus dan rabbit
haemorrhagic disease virus telah dianalisis dan
disekuen tanpa harus menumbuhkan virus-virus
tersebut in vitro.
 Informasi yang sangat berguna bagi diagnosis dan
vaksinasi
Kemajuan teknologi telah hasilkan metode
sekuensing secara otomatis yang murah dan
praktis terhadap genom virus
Sekuen, baik parsial maupun komplit (utuh) gen
dari berbagai mikroorganisme telah tersedia
dalam bank data internasional, seperti: GenBank
(http:/www. ncbi.nlm.nih.gov/GenBank).
 Dua metode tersedia. Metode Sanger, gunakan
rekasi enzymatik dan Metode Maxam and
Gilbert yg terapkan prinsip degradasi kimia
Metode Sanger lebih banyak digunakan karena
sederhana
Didasarkan atas sintesis suatu untai tunggal DNA
yg komplementer terhadap DNA sampel, yg
digunakan sebagai template atau cetakan
RESTRICTION FRAGMENT LENGTH POLYMORPHISM

Enzim restriksi endonuklease adalah enzim pemotong

DNA yang bersifat sangat spesifik terhadap sekuen DNA
tertentu (biasanya 4 9 pasang nukleotida)
Restriction fragment length polymorphism, atau DNA
fingerprinting, merupakan teknik pemotongan DNA
yang menghasilkan banyak fragmen
Fragmen-fragmen terpotong tsb diseparasi dengan
elektroforesis, dan pola/motif yang terbentuk
dianalisis.
Jumlah dan ukuran fragmen akibat aksi enzim restriksi
pada molekul DNA ttu bersifat sangat karakterisitik
Dapat digunakan untuk membedakan species dan strain
virus
ENZIM-ENZIM RESTRIKSI
HASIL ELEKTROFORESIS RFLP
EVOLUSI VIRUS
Perubahan geneteik, akibat mutasi dan
rekombinasi, terjadi dalam kecepatan yg
berbeda pada berbagai famili virus
Secara periodik, perubahan genom dapat
menyebabkan munculnya outbreak (wabah)
penyakit baru
Suatu mutasi titik (point mutation) pada
genom virus feline panleukopenia diduga
bertanggungjawab dengan munculnya canine
parvovirus, yg menyebabkan penyakit serius
pada anjing
 Perubahan genom juga dikaitkan dengan
infeksi kuda dengan virus Hendra dan infeksi
babi dengan virus Nipah.
Kedua paramyxoviruses ini memiliki resorvoar
hewan liar, diduga kelelawar pemakan buah
Influenza A virus dan mxoma virus
memberikan contoh yang jelas tentang
evolusi virus
Influenza A virus dapat menginfeksi sejumlah
besar species hewan
 Isolate virus asal burung dan manusia dapat
menginfeksi babi dan, pada species ini, dapat
melakukan reassortment sehingga memunculkan
subtipe virus baru
Perubahan virus dengan metode ini, yg berlangsung
dalam periode waktu lebih 10 tahun, sangat
mungkin berlangsung di Asia Tenggara karena
memiliki populasi penduduk yang padat dan
memiliki kontak yang dekat dengan babi dan itik.
Varian virus yang dihasilkan dengan cara ini dapat
menghindari netralisasi antibodi, dan menjadi
strain dominan yang bersirkulasi, dan menyebabkan
pandemik.
 Thank you

Proud to be a Vet