Enzim Dan Kinetika Enzim

ENZIM I
Enzim, Mekanisme Kerja dan

Kinetika
Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

TUJUAN INSTRUKSIONAL UMUM
Setelah mempelajari mata kuliah ini mahasiswa

dapat menjelaskan struktur dan fungsi
biomolekul-biomolekul (meliputi asam nukleat,
protein, lipid dan karbohidrat), enzim, mekanisme
dan kinetika enzim, serta komunikasi selular.

TUJUAN INSTRUKSIONAL KHUSUS
Setelah mempelajari mata kuliah ini mahasiswa

dapat menjelaskan struktur enzim, mekanisme kerja
dan kinetika enzim.

MATERI BAHASAN
Enzim sebagai katalis biologi

Klasifikasi enzim
Mekanisme kerja enzim
Kinetika enzim
Inhibisi enzim
Aplikasi enzim

ENZIM MERUPAKAN KATALIS BIOLOGI
Umumnya protein berukuran besar.

Sangat spesifik bereaksi hanya dengan satu atau
beberapa jenis molekul saja (substrat).
Dapat memproses jutaan molekul setiap detiknya.
Enzim berfungsi untuk meningkatkan kecepatan
reaksi, pada kondisi fisiologis, tanpa ikut bereaksi.
Enzim mengubah laju namun tidak mengubah
kesetimbangan reaksi.
Ini berarti enzim, tidak memperbanyak jumlah produk
tetapi hanya mempercepat pembentukan produk.

Bagaimana katalis bekerja?

Reaksi katalisis

ENZIM MERUPAKAN KATALIS BIOLOGI
Contoh:
Reaksi di atas secara termodinamik dapat berlangsung

namun sangat lambat.
Rendahnya kecepatan reaksi disebabkan oleh tingginya
energi aktifasi.
Hanya sebagian kecil molekul yang mampu melewati
energi aktifasi yang cukup untuk membentuk produk.
Di lab, kita dapat meningkatkan energi sistem dengan
penambahan suhu dan perubahan kondisi lingkingan
lainya, namun hal ini tidak dapat diterapkan dalam sistem
biologi.
Diagram Energi Reaksi Kimia

REAKSI ENZIMATIS
Reaksi yang dikatalisis enzim menggunakan reaktan,

menghasilkan produk dan memiliki ekuilibrium yang
sama dengan reaksi yang tidak dikatalisis enzim.
Enzim meningkatkan laju reaksi dengan cara
menurunkan energi aktifasi.
Beberapa enzim membutuhkan molekul-molekul
tambahan sehingga dapat berfungsi cofactor.
Cofactor merupakan senyawa organik, anorganik
maupun ion-ion logam Cu2+, Zn2+ atau Mg2+.

PENAMAAN ENZIM
Penamaan berdasarkan:
Susbtrat
Bagaimana bereaksi
Penambahan akhiran ase
Contoh:
Lactase enzim yang bereaksi dengan laktosa
Pyruvate decarboxylase menghilangkan gugus
karbonil dari pyruvate.
Setiap enzim memiliki enzyme classification (EC)
number 4 digit.

KLASIFIKASI ENZIM
1.Oxidoreductase, mengkatalisa reaksi-reaksi redoks

(dehidrogenase, oxidase)
2. Transferase, mengkatalisa transfer gugus fungsional dari satu

molekul ke molekul lain (kinase, transaminase)

KLASIFIKASI ENZIM
3. Hidrolase, mengkatalisa reaksi hidrolisis (Lipase, peptidase,
amilase)
4. Lyase, mengkatalisa penghilangan atau penambahan gugus,

atau pemecahan molekul lainnya yang melibtkan pengaturan
kembali elektron

KLASIFIKASI ENZIM
5. Isomerase, mengkatalisa pengaturan intra molekuler
(pembentukan isomer, isomerase, mutase)
6. Ligase, mengkatalisa reaksi penggabungan dua molekul

(synthetase).

MEKANISME KERJA ENZIM
Lock and Key Model

Model ini menyebutkan bahwa substrat dengan bentuk
yang benar saja yang dapat berikatan dengan enzim
(Emil Fischer, 1890).

MEKANISME KERJA ENZIM
Induced Fit Model

Model ini menyebutkan bahwa active site enzim akan
menyesuaikan dengan setelah substrat berikatan
(Daniel Koshland, 1958).

Active Site
Enzim adalah protein dengan molekul sangat besar.

Namun, hanya bagian kecil saja dari struktur enzim yang
terlibat dalam reaksi active site.
Active site terdiri dari 2

komponen:
Catalytic site
Binding site

Karakteristik Active Site
Catalytic site
Tempat terjadinya reaksi.
Binding site
Area yang berikatan dengan substrat.
Enzim berinteraksi dengan gugus rantai samping
asam amino di protein melalui ikatan non kovalen
yang lemah.
Bentuk binding site komplementer dengan bentuk
substrat dan menentukan kespesifikan enzim.

KELAS ENZIM
Absolutely specific
Hanya bekerja terhadap satu substrat
Group specific
Bekerja terhadap molekul-molekul yang memiliki
gugus fungsional yang sama.
Linkage specific
Bekerja mengkombinasikan ikatan-ikatan.
Stereochemically specific
Hanya bekerja terhadap substrat dengan bentuk D-
atau L.

TAHAP DALAM REAKSI ENZIMATIS
Secara umum enzim bekerja dengan cara:

1. Berikatan dengan substrat
2. Menurunkan energi aktifasi
3. Mempromosikan aktifitas katalitik.
Reaksi total sebuah enzim (E) yang mengkatalisis konversi
substrat (S) menjadi produk (P) dapat dituliskan dalam empat
tahap:
1. S + E ES
2. ES ES*
3. ES* EP
4. EP E + P
Semua tahap berada dalam kesetimbangan. Reaksi 1,2,3
reversible dan reaksi 4 irreversible.
Tahap 1

Tahap 1

Tahap 2

Tahap 3

Tahap 4

KINETIKA MICHAELIS-MENTEN
Diformulasikan oleh Michaelis dan Menten.

Reaksi enzimatis melibatkan substrat [S] dan enzim
[E] yang membentuk kompleks enzim-substrat [ES].
[ES] selanjutnya terdekomposisi dan dapat
menghasilkan:
produk [P] dan enzim [E].
substrat [S] dan enzim [E].

KINETIKA MICHAELIS-MENTEN

Asumsi : reaksi E + P ES diabaikan
Maka : laju reaksi pembentukan produk hanya
ditentukan oleh konsentrasi ES dan k2.
Laju reaksi dapat dituliskan sebagai:
v = k2[ES]
[ES] tidak dapat ditentukan, namun [S], [P] dan [E]t
dapat diukur.
[E]t = [E] + [ES]
dimana: [E]t adalah konsentrasi enzim total,
[E] konsentrasi enzim bebas, dan
[ES] adalah konsentrasi enzim kompleks.

Briggs dan Haldanes assumptions
Semakin besar konsentrasi ES

maka semakin cepat ES
terdisosiasi menjadi produk
atau kembali membentuk
reaktan.
Jika reaksi dimulai dengan
mencampurkan enzim dan
substrat maka ES akan
terbentuk dengan cepat dan
kesetimbangan akan segera
tercapai.
Keadaan steady state akan
terus berlangsung sampai
semua substrat dikonsumsi.

Dalam keadaan steady state, laju pembentukan dan
penguraian ES sama, sehingga:
k1[E][S] = k-1[ES] + k2[ES]

Persamaan di atas dapat dituliskan:
Ketiga konstanta laju reaksi dapat digabungkan

menjadi satu konstanta, KM.
KM = (k-1 + k2)/k1

Maka persamaan dapat dituliskan sebagai:
KM[ES] = [E][S]
Karena [E] = [E]t - [ES], maka:

KM[ES] = [E]t [S] - [ES][S]
[ES] dapat diekspresikan sebagai:

[ES] = [E]t[S]/(KM+[S])
Sehingga persamaan kecepatan reaksi dapat dituliskan sebagai,

v = k2[E]t[S]/(KM+[S])
Persamaan ini disebut dengan persamaan Michaelis-Menten,
dan KM disebut dengan konstanta Michaelis (unit = konsentrasi,
M).
Setiap enzim yang bekerja pada substrat tertentu pada kondisi
tertentu akan memiliki nilai KM yang merupakan karakteristik
reaksi tersebut.
Bila [S] >> KM, maka [S] + KM [S]. Jadi, persamaan
kecepatan reaksi dapat disederhanakan menjadi:
Vmax = k2[E]t
Jika disubtitusikan ke persamaan asal akan

memberikan:
V = Vmax[S]/(KM + [S])

Jika reaksi melibatkan reaksi lebih dari satu tahap, maka
persamaan Michaelis-Menten harus dimodifikasi.
Untuk reaksi ini maka k2 di persamaan Michaelis-Menten
digantikan dengan konstanta yang lebih umum, disebut
dengan kcat, memberikan persamaan,
v = kcat[E]t[S]/(KM + [S])
kcat menggabungkan konstanta-konstanta laju reaksi semua

reaksi antara ES dan E + P.
Untuk reaksi 2 tahap seperti contoh di atas, kcat = k2.
Untuk reaksi yang lebih kompleks, kcat sangat bergantung
pada tahap reaksi di dalam proses yang merupakan rate-
limiting.
ANALISIS DATA KINETIK
Untuk menguji apakah suatu reaksi enzimatis mengikuti

hukum Michaelis-Menten, kita biasanya menentukan laju
reaksi mula-mula dari beberapa seri reaksi,
menggunakan konsentrasi enzim yang sama tetapi
dengan konsentrasi substrat yang bervariasi.
Karena [S] mula-mula diketahui dengan tepat dan
perubahan [S] terhadap t hampir linier pada tahap awal
reaksi, maka data v sebagai fungsi [S] dapat diketahui.

PERSAMAAN MICHAELIS-MENTEN
plot v VS [S]
Bila [S] >> KM, v akan mendekati maksimum yang disebut dengan
Vmax, molekul enzim tersaturasi oleh substrat.
v = vmax/2 menunjukkan nilai KM.

PERSAMAAN LINEWEAVER-BURK
Persamaan Michaelis-Menten sulit menentukan Vmax

dari data eksperimen.
Pendekatan lain yang dapat digunakan adalah
menggunakan plot Lineweaver-Burk.

PERSAMAAN LINEWEAVER-BURK
plot 1/vo VS 1/[S]

PERSAMAAN EADIE-HOFSTEE
Plot V VS V/[S]

SOAL 1
Laju reaksi mula-mula dari reaksi yang dikatalisis enzim ditentukan pada beberapa
konsentrasi substrat, seperti terlihat pada table di bawah ini:
[S] (mmol/L) V (mmol/L.menit)
5 22 a.Perkirakan Vmax dan Km dari plot

langsung V vs [S].
10 39
b.Tentukan Vmax dan Km menggunakan
20 65 plot Lineweaver-Burk
50 102 c.Tentukan Vmax dan Km menggunakan
100 120
plot Eadie-Hofstee
200 135

KM, kcat dan kcat /KM
KM digunakan untuk menjelaskan afinitas enzim terhadap

substrat. Suatu enzim dengan KM yang besar
membutuhkan konsentrasi substrat yang lebih besar untuk
mencapai kecepatan reaksi tertentu dibandingkan enzim
dengan KM yang kecil.
kcat - ukuran jumlah molekul substrat yang diubah oleh
satu molekul enzim per detik. kcat kadang-kadang disebut
dengan turnover number.
kcat/KM adalah rasio yang digunakan untuk mengukur
efisiensi enzim. kcat >>> atau KM <<< (afinitas enzim
terhadap substrat tinggi) akan menyebabkan kcat/KM besar.

TURNOVER NUMBER
Turnover number mengukur seberapa cepat enzim dapat

memproses substrat.
Contoh: Suatu larutan katalase 10-9 M menyebabkan

dekomposisi 0,4M H2O2 per detik.

KM, kcat dan kcat /KM

SOAL 2
1. Jika konsentrasi enzim total Et pada soal diatas

adalah 1 nmol/L, berapa banyak molekul substrat
yang dapat diubah oleh satu molekul enzim per
menit?
2. Hitung kcat/KM untuk reaksi enzim tersebut. Apakah
enzim tersebut efisien?
Suatu enzim dikatakan efisien bila memiliki nilai kcat/KM

antara 108 109 mol/L-1.dt-1

FAKTOR YANG MEMPENGARUHI
AKTIFITAS ENZIM
Faktor lingkungan
Konsentrasi substrat, suhu, pH.
Effector
Spesies yang mempengaruhi aktifitas enzim (inhibitor
dan aktifator).
Cofactors
Molekul-molekul organik, anorganik dan ion-ion
logam.

Faktor yang Mempengaruhi Aktifitas
Enzim: Konsentrasi Substrat
Reaksi yang dikatalisis enzim

Laju reaksi meningkat dengan bertambahnya
konsentrasi.
Reaksi yang tidak dikatalisis enzim
Laju reaksi juga meningkat dengan bertambahnya
konsentrasi, namun hanya sampai batas tertentu.
Vmax kecepatan reaksi maksimum

Enzim: Konsentrasi substrat

Enzim: pH

Contoh pH optimum enzim

Enzim: Suhu
Reaksi pada suhu diatas normal akan mengurangi

kecepatan reaksi enzim.

INHIBISI ENZIM
Inhibitor: senyawa-senyawa yang dapat menghambat

kerja enzim. Contoh: substrat analog, racun, obat-
obatan, kompleks logam.
Reversible inhibition
Competitive inhibition
Nonproductive binding (Uncompetitive binding)
Noncompetitive inhibition
Irreversible Inhibition

INHIBISI ENZIM
Reversible
Membentuk ikatan non kovalen lemah yang mudah
terdisosiasi. Enzim tidak aktif hanya jika ada
inhibitor.
Irreversible
Membentuk ikatan kovalen atau ikatan non-kovalen
yang kuat.

Reversible Inhibition
Molekul inhibitor memiliki struktur yang mirip dengan
substrat untuk suatu enzim. Ketika berikatan, molekul
inhibitor menghambat molekul enzim sehingga tidak
dapat mengkatalisis reaksi.

Nonproductive binding
terjadi bila sebuah molekul substrat mengisi binding
site di enzim namun reaksi katalitik tidak dapat
berlangsung.

terjadi bila sebuah molekul atau ion berikatan dengan
enzim namun bukan di active site.

Inhibitor
Noncompetitive inhibitor
Inhibitor yang berikatan dibagian selain active site dan
binding site enzim. Inhibitor akan mempengaruhi kerja
enzim.

Irreversible inhibition terjadi

ketika suatu senyawa
berikatan secara kovalen
dengan enzim,
menyebabkan enzim tidak
dapat bekerja.
Hampir semua inhibitor
irreversible adalah senyawa
beracun, baik alami
maupun sintesis. Contoh:
cyanide dan penicillin.

Acetylcholinesterase
Acetylcholinesterase dibutuhkan untuk meneruskan

sinyal di sistem syaraf.
Sinyal syaraf akan menyebabkan level Ca2+
meningkat
Acetylcholin akan memindahkan ke sel syaraf
berikutnya.
Acetylholine kemudian akan berdifusi untuk
menyampaikan sinyal ke otot.
Acetylcholinesterase selanjutnya merusak
Acetylcholine untuk menghentikan sinyal.

Keberadaan
acetylcholine di reseptor
akan menyebabkan aliran
ion Na dan K, yang
menyebabkan kontraksi
otot.
akan merusak
kelebihan acetylcholine


Tanpa acetylcholinesterase, otot akan terus

berkontraksi kram, tremor.
Inhibitor acetylcholinesterase digunakan sebagai
obat-obatan dan racun.
Organo fluorophosphate
Berikatan dengan enzim dan dapat menyebabkan
kematian.
Succinylcholine
Bereaksi seperti acetilcholine dan berikatan
dengan otot. Digunakan sebagai muscle relaxant.

METODE ANALITIK PENGUKURAN
SUBSTRAT
Ada 2 pendekatan:
Penambahan enzim dalam jumlah besar dan
mengukur produk setelah semua substrat telah
bereaksi. Metode ini tidak efisien karena enzim mahal.
Penambahan enzim dalam jumlah kecil dan
menentukan laju reaksi mula-mula.

METODE ANALITIK PENGUKURAN
SUBSTRAT
Faktor-faktor yang harus dipertimbangkan:

Suhu, pH dan kondisi reaksi harus konstan.
Senyawa lain dapat berkompetisi dengan enzim atau
substrat. Karena itu harus sisi-sisi aktif harus
dilindungi, dihilangkan atau dibuat konstan.
Produk yang hilang atau interaksi produk dengan
material lain harus dipertimbangkan.

Contoh: Penentuan Urea
Didasarkan atas reaksi hidrolisis urea oleh urease.

Spesies yang dapat ditentukan (semuanya
dipengaruhi pH):
H+
NH4+
HCO3-

Contoh: Penentuan Urea
Cara yang paling mudah adalah dengan mengukur pH

menggunakan pH meter.
Namun, ketika H+ berekasi maka laju reaksi berubah
pH stat alat yang digunakan untuk memonitor suatu
larutan dan menambahkan asam atau basa untuk
mempertahankan pH.
Plot asam yang ditambahkan pada waktu tetap vs [S]
akan menghasilkan garis lurus.

Contoh: Penentuan Glukosa
Dua pendekatan dapat digunakan:

Mengukur O2
Mengukur H2O2

Mengukur H2O2
Peroksida tidak dapat diukur secara langsung.
Membutuhkan coupled reaction, sehingga menghasilkan spesies
yang dapat diukur.
Zat warna teroksidasi dapat diukur dengan spektrofotometer.

Peningkatan absorban dapat diukur dan proporsional terhadap
konsentrasi glukosa.

Metoda Polarographic
Konsentrasi O2 diukur secara langsung menggunakan elektroda
berdasarkan reaksi:
Hanya sedikit O2 yang digunakan dan reaksi berlangsung sangat

cepat (kira-kira 10 detik), jadi kondisi tidak banyak berubah.
Sampel tidak boleh berada pada kondisi ekuilibrium yang cepat
dengan udara agar mendapatkan hasil yang tepat.

RINGKASAN
Enzim merupakan katalis biologi yang bekerja dengan cara

menurunkan energi aktifasi suatu reaksi biokimia.
Klasifikasi enzim adalah Oxidoreductase, Transferase, Hidrolase,
Lyase, Isomerase, Ligase
Model kerja enzim:
Lock and Key Model
Induced Fit Model
Tahap reaksi enzimatis:
Berikatan dengan substrat
Menurunkan energi aktifasi
Mempromosikan aktifitas katalitik.
Persamaan Michaelis Menten merupakan persamaan yang
digunakan untuk mengevaluasi kinetika enzim:
v = k2[E]t[S]/(KM+[S])

RINGKASAN
Data kinetik dapat dievaluasi dengan:

Plot Michaelis-Menten
Plot Lineweaver-Burk
Plot Eadie Hofstee
Faktor-faktor yang mempengaruhi kinetika enzim:
Faktor lingkungan
Effector
Cofactors
Jenis-jenis inhibisi enzim:
Reversible inhibition
Nonproductive binding (Uncompetitive binding)

Enzim Dan Kinetika Enzim

Diunggah oleh

Informasi Dokumen

Hak Cipta

Format Tersedia

Bagikan dokumen Ini

Bagikan atau Tanam Dokumen

Opsi Berbagi

Apakah menurut Anda dokumen ini bermanfaat?

Apakah konten ini tidak pantas?

Hak Cipta:

Format Tersedia

Enzim Dan Kinetika Enzim

Diunggah oleh

Hak Cipta:

Format Tersedia

ENZIM I

Enzim, Mekanisme Kerja dan

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

Setelah mempelajari mata kuliah ini mahasiswa

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

Setelah mempelajari mata kuliah ini mahasiswa

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

Enzim sebagai katalis biologi

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

Umumnya protein berukuran besar.

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

Reaksi di atas secara termodinamik dapat berlangsung

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

Reaksi yang dikatalisis enzim menggunakan reaktan,

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

1.Oxidoreductase, mengkatalisa reaksi-reaksi redoks

2. Transferase, mengkatalisa transfer gugus fungsional dari satu

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

4. Lyase, mengkatalisa penghilangan atau penambahan gugus,

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

6. Ligase, mengkatalisa reaksi penggabungan dua molekul

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

Lock and Key Model

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

Induced Fit Model

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

Enzim adalah protein dengan molekul sangat besar.

Active site terdiri dari 2

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

Secara umum enzim bekerja dengan cara:

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

Diformulasikan oleh Michaelis dan Menten.

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

Semakin besar konsentrasi ES

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

k1[E][S] = k-1[ES] + k2[ES]

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

Ketiga konstanta laju reaksi dapat digabungkan

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

Karena [E] = [E]t - [ES], maka:

[ES] dapat diekspresikan sebagai:

Sehingga persamaan kecepatan reaksi dapat dituliskan sebagai,

Jika disubtitusikan ke persamaan asal akan

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

kcat menggabungkan konstanta-konstanta laju reaksi semua

Untuk menguji apakah suatu reaksi enzimatis mengikuti

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

v = vmax/2 menunjukkan nilai KM.

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

Persamaan Michaelis-Menten sulit menentukan Vmax

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

plot 1/vo VS 1/[S]

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala