Staff Pengajar
Dasar-Dasar Bioteknologi
Laboratorium Biologi dan Bioteknologi Tanah
Jurusan Ilmu Tanah Fakultas Pertanian
Universitas Padjadjaran
2010
APA PUPUK HAYATI (BIOFERTILIZER)
ITU?
• Biofertilizer is a substance which contains living
microorganisms which, when applied to seed, plant
surfaces, or soil, colonizes the rhizosphere or the interior
of the plant and promotes growth by increasing the
supply or availability of primary nutrients to the host plant
(Vessey, 2003).
SECARA ALAMI ADA PGPR. APA ITU
PGPR?
Pupuk organik adalah nama kolektif untuk semua jenis bahan organik
asal tanaman dan hewan yang dapat dirombak menjadi hara tersedia
bagi tanaman.
• Secara tradisionil sudah dikenal sejak > 5000 tahun yang lalu (Mesir,
China)
• Rhizobia
– Pupuk hayati Rhizobia di dunia yg dikenal dan dimanfaatkan untuk
menginokulasi kacang-kacangan (Riegel & Wilfarth, 1908; Jerman)
dikomersialkan dan dipatenkan dengan nama “nitragin”.
• Azotobacter
– Diformulasikan berbentuk inokulan dan disebut “Azotobacterin”.
– Tahun 1930-an dan 1940-an berjuta-juta lahan di Uni Sovyet diinokulasi
dengan bakteri ini.
• Di Indonesia untuk komersial (Lab. Mikrobiologi UGM, 1981) untuk
petani transmigran dalam bentuk inokulan bintil akar untuk
menginokulasi kedelai dalam skala besar.
MEKANISME KERJA PUPUK HAYATI
(HOW BIOFERTILIZERS WORK?)
Enzim nitrogenase
Untuk memproduksi 2 NH3
dan H2 dibutuhkan setara
8 pereduksi. Untuk
transfer dari setiap
elektron ke inti Mo-Fe
memerlukan satu siklus
dissosiasi ikatan oleh sub
unit reduktase, dengan
hidrolisis 2 molekul ATP
setiap siklus. Secara
keseluruhan proses
reduksi molekul N2
memerlukan hidrolisis 16
molekul ATP, dan 8 siklus
dissosiasi reductase dari
nitrogenase
N 2 8H 8e energy
2NH 3 H 2
ENZIM NITROGENASE
• Terdiri dua komponen
– The Fe protein
– The MoFe protein
• Ferredoxin mereduksi Fe protein
– Mengikat dan menghidrolisis ATP pada Fe protein menyebabkan perubahan
protein Fe yang memberikan fasilitas terjadinya reaksi
• Fe protein mereduksi MoFe protein dan MoFe protein mereduksi N 2
(Kanan) Akar dengan nodula dibentuk oleh bakteri (Rhizobium). (Kiri) Nodula
Akar berkembang sebagai hasil dari simbiosis antara bakteri Rhizobium dengan
rambut akar pada tanaman. (A) Bakteria mengenal rambut akar dan mulai
membelah, (B) Masuknya rhizobia ke akar melalui infeksi sehingga bakteria
masuk ke dalam sel akar (C) membelah/membagi menjadi bentuk nodula.
TEKNIK KULTUR RHIZOBIUM Indentifikasi
Lokasi
Mengumpulkan Indentifikasi
ISOLASI STRAINS dan menyiapkan tanaman
RHIZOBIA nodula akar di inang
lapangan
ISOLASI DARI NODULA Identifikasi
SEGAR Tanah
Akar legum segar dari lapangan dibersihkan dengan air untuk membuang semua
tanah dan partikel organik. Akar yang terinfeksi nodula dipotong hingga 2-3 mm
setiap bagian dari nodula, utuh dan tidak rusak. Celupkan selama 10 detik ke
dalam etanol 95% atau isopropanol dipindahkan ke larutan sodium hypoklorit 2,5 –
3% (v/v) atau clorox 1 : 1 (v/v) dan rendam selama 4-5 menit.
Nodula dihancurkan dalam pipa steril dengan tangkai gelas steril (+) kan air dan
piring berisi lapisan pada permukaan YMA (Yeast Manitol Agar) berisi congo red.
Cawan petri yang berisi inokulan diinkubasi pada suhu 25-28 C selama 3 -10 hari,
bergantung pada strain dan penampakan koloni yang spesifik. Koloni rhizobia
adalah mucoid, bundar/bulat dan menunjukkan sedikit atau tidak ada absorpsi
congo red. Isolat dari koloni rhizobia tunggal kemudian dimurnikan dan disebut
sebagai Rhizobium.
Anabaena azollae
• Bersimbiosis dengan paku air Azolla pinnata.
• Anabaena menempati pori ventral dalam lobus
dorsal daun Azolla.
• Sebagai pupuk hijau untuk budidaya padi karena
tumbuhnya cepat, menghasilkan 200-300 t
ha/tahun.
• Lingkungan: media air, pH 7-8.
Heterocyst
Akinet
Inokulan Anabaena azollae
• Tumbuhkan 0,1 – 0,4 kg/m3 pada media (air 5-10 cm) +
superfosfat 4 - 8 kg P2O5/ha selama 2 - 3 minggu.
• Aplikasikan di sawah 10 - 20 t/ha dengan cara dibenamkan.
• Tanam padi umur 7 hari.
• Azolla dapat dibudidayakan bersamaan tanaman padi.
• Setelah terbentuk lapisan Anabaena, dibajak untuk
dibenamkan.
• Proses pembajakan bisa berulang-ulang.
• Manfaat: sumber N pada tanah tergenang (anaerob) --- 10
t/ha Azolla setara 25 – 30 kg N/ha.
BAKTERI PELARUT FOSFAT
• Reaksi:
– Ca10 (PO4)6 (OH)2 + 14 H+ 10 Ca2+ + 6 H2O + 6 H2PO4-
– M-H2PO4 + R– C – M- O– C – R+ H2PO4
O- O
O
Endomycorhiza
• Hypae dari jamur menembus ke dalam sel2 akar tanaman.
• Unsur hara dari mycorhiza yang mati diserap dan digunakan tanaman
induk.
• Contoh tanaman: jagung, bawang, strawberry, apel, anggrek dll.
• Pertumbuhan lebih baik:
– Perlindungan akar dari
penyakit tanaman
– Perluasan area
Kiri: Tanpa mikoriza penyerapan akar
Kanan: Dengan mikoriza
BIOTRANSFORMASI N
BIOTRANSFORMASI N
NITRIFIKASI
NH4+ NO2- NO3-
Nitrosomonas Nitrobacter
Nitrosomonas
Bakteri nitrifikasi berkembang dengan
baik bila:
• Terdapat bahan organik yang melapuk
menjadi amonia
• Aerasi baik
• Lembab tapi tidak basah
NItrobacter
• Cukup Ca (tidak masam)
• Suhu optimum 37oC (min 5oC, mak 55oC)
BIOTRANSFORMASI N
DENITRIFIKASI
Bioremediasi
Air Asam Tambang (AAT)
Acid Rock Drainage (ARD)
BIOTRANSFORMASI S
Oxygen
Sulfuric
Pyrite Bacteria Acid
BIOTRANSFORMASI S
6.5
pH
3.5
0 30
Hari
Organisme Ototrof
Memiliki mekanisme untuk
Tanaman mengabsorpsi CO2 ke dalam sel dan
tinggi
secara kimia mengubahnya menjadi
molekul gula melalui fotosintesis.
Molekul gula secara kimia dimodifikasi
oleh organisme tersebut melalui
metabolisme menjadi bahan yang lebih
kompleks seperti protein, selulosa,
lemak dan asam amino.
Alga Sebagian bahan organik yang dihasilkan
tanaman didekomposisi kembali oleh
mikroba heterotrof melalui konsumsi dan
Bakteri terjadi pelepaskan CO2.
ototrof
BIOTRANSFORMASI C
Daur K
BIOTRANSFORMASI K
Peran Unsur K
• Kalium diserap tanaman dalam bentuk
K+.
• Konsentrasi K dalam tanaman 1,66 –
2,75%.
• Peranan K sebagai katalisator.
• Gejala defisiensi K dalam tanaman:
– Muncul pada daun jaringan yang tua
Gejala defisiensi K pada jagung karena mobilitas K dalam tanaman cukup
tinggi.
– Terjadinya klorosis yang kemudian tepi
daun berubah menjadi coklat. Defisiensi
lanjut tanaman menjadi kerdil dan buku-
bukunya menjadi pendek.
– Akibat defisiensi K: mempengaruhi
sintesis pati dan sintesis asam lemak dari
asetat yang berasal dari glikolisis,
berkurangnya toleransi tanaman
terhadap stress air karena berperanan
Gejala defisiensi K pada kedelai penting dalam mengatur stomata.
BIOTRANSFORMASI K
Daur Fe
• Kerak bumi mengandung Fe cukup tinggi ± 50
000 ppm.
• Tanah bereaksi asam:
– Fe tersedia cukup terutama tanah-tanah merah (red
soil. Kadar Fe pada tanah pasang surut dan gambut
bervariasi sedang sampai tinggi sehingga sering
menampakkan gejala meracun.
• Tanah bereaksi alkali:
– Tanah berkapur (kalkareous) kadar Fe total cukup
Tanah berkapur – kahat Fe
tinggi (20 000 – 40 000 ppm) tetapi tidak dalam
bentuk tersedia bagi tanaman. Setiap kenaikan 1 unit
pH maka aktivitas Fe dalam larutan tanah akan turun
1000 kali dan kelarutan Fe akan mencapai nilai
minimum pada pH 6,5 – 8,0.
BIOTRANSFORMASI Fe
Peran Unsur Fe
• Fe berperan dalam sintesis protein, komponen
enzim redoks seperti peroksidase, katalase dan
sitokrom oksidase.
• Tanaman menyerap Fe dalam bentuk Fe2+, Fe3+
atau Fe-khelat senyawa organik.
• Defisiensi Fe pada tanaman menyebabkan
klorosis (ditandai dengan menguningnya
tulang daun) yang banyak ditemukan pada
tanah alkalis atau pH tinggi dan banyak
mengandung Ca dan Mg karbonat. Sedangkan
gejala keracunan Fe ditunjukkan oleh adanya
bercak ungu kecoklatan pada daun dan pada
daun tanaman padi menunjukkan warna coklat
kemerahan (bronzing).
Eksplorasi Isolat
Uji Coba
Isolasi Media
Seleksi
Pemurnian Produksi
Inokulan
BIOTRANSFORMASI Mn
Daur Mn
• Mangan (Mn) di dalam tanah dijumpai pada mineral,
batuan induk dan terdapat dalam bentuk oksida,
silikat dan karbonat (bentuk dominan Mn2+).
• Kandungan di dalam tanah 20-400 ppm.
• Bentuk tersedia Mn2+ (bivalen, mangano)
– Tanah dengan pH < 5,5 dalam kondisi aerobik atau pada
pH yang lebih tinggi pada kondisi anaerobik kelarutan
Mn sangat tinggi.
• Bentuk tidak tersedia Mn4+ (trivalen atau tetravalen;
mangani)
– Tanah bereaksi alkali (pH > 8) pada kondisi aerobik, Mn 2+
teroksidasi menjadi Mn4+ yang tidak tersedia karena
tidak larut dalam air (terendapkan sebagai mangani
oksida, MnO2).
Manganese nodule – Jika terjadi kenaikan 1 unit pH maka kelarutan kation
Mn2+ akan menurun sebanyak 100 kali. Pada lingkungan
marin endapan MnO2 dikenal sebagai nodul Mn
(manganese nodule).
BIOTRANSFORMASI Mn
Peran Unsur Mn
• Mangan berperan dalam mengaktivasi
sejumlah enzim dalam proses
fotosintesis, metabolisme dan
asimilasi N serta sebagai aktivator
enzim-enzim (oksidase, peroksidase,
dehidrogenase, dekarboksilase dan
Gejala defisiensi Mn pada tanaman
Garden Bean (Phaseolus vulgaris kinase).
L.)
• Defisiensi Mn pada tanaman
menyebabkan:
– Terganggunya (inaktivasi) proses
fotosintesis.
– Perubahan proses metabolik di dalam
tanaman.