Universitas Sahid Jakarta

Fakultas Teknologi Pangan dan Kesehatan

Program Studi Gizi

PRAKTIKUM EPIDEMIOLOGI GIZI

Review Jurnal
Dosen Pengampu:
Annisa Yuri Ekaningrum, S.K.M, M.Si BY :
KELOMPOK 6
 OUR TEAM

• Alyfia Rahma Putri (2020350058)

• Annisa Nurkhaliza (2020350048)
• Dzikra Zalfa Juwairiyyah (2020350039)
• Lubna Zakiyyah Firdausy Assegaff (2020350047)
• Olifia Febriyanti (2020350027)
ABOUT JOURNAL

Judul : Systematic review with meta-

analysis of the accuracy of diagnostic tests
for COVID-19

Penulis : Beatriz Boger Msc, Mariana M.

Fachi Msc, Raquel O. Vilhena PhD,
Alexandre F. Cobre MSc, Fernanda S.
Tonin PhD, Roberto Pontarolo PhD

Tahun : 2021
 Alyfia Rahmah Putri (2020350058)
Introduction
31 Desember 2019
sindrom pernapasan akut Gejala (etiologi) :
• Demam
• batuk
• sebagian besar mengalami ketidaknyamanan dada
• kesulitan bernapas atau pneumonia
Teridentifikasi virus corona baru
Wuhan, provinsi Hubei (SARS CoV-2)

Diagnosisi: computed tomography (CT) Gold standar

uji molekuler dari reaksi rantai polimerase transkripsi balik (RT-PCR)

Tujuan :
mendeteksi RNA virus dalam
sampel pernapasan
Kekurangan
• Dapat berubah seiring perkembangan penyakit
• manifestasi ini mungkin juga kompatibel dengan Metode lain:
pneumonia virus lainnya. Pengujian serologis produksi IgM dan IgG sebagai respons terhadap infeksi virus
 METODE Alyfia Rahmah Putri (2020350058)

Studi :
• Preferred Reporting Items for a Systematic Review
• Meta-analysis of Diagnostic Test Accuracy Studies (PRISMA-DTA)
• rekomendasi Cochrane Collaboration

1. Strategi pencarian 2. Kriteria kelayakan

literatur abu-abu
Pubmed dan Scopus Studi dimasukkan jika memenuhi semua kriteria
Co: google cindekia kelayakan berikut:

tanpa batasan waktu atau bahasa • Evaluasi metode diagnostik apa pun;
• Ditujukan untuk diagnosis SARS-CoV-2 (COVID-19)
Deskriptor: • Menggunakan sampel biologis manusia
• "diagnostik," • Melaporkan data tentang keakuratan tes (misalnya,
• "test," sensitivitas dan/atau spesifisitas).
• "assay,"
• "covid-19,"
• "sars-cov-2" Pengecualian
• istilah lain ( Boolean AND dan OR) studi yang diterbitkan dalam karakter non-Romawi.
3. Ekstraksi data dan penilaian bias 4. Analisis statistic Meta-analisis

Teknik dan jenis sampel

2 peneliti mengambil Data secara independen Sensitivitas, spesifisitas, PLR dan NLR
dari setiap studi :

1. Rincian studi umum (penulis, tahun publikasi, negara asal, desain

1. Sensitivitas = Probabilitas bahwa hasil tes akan positif ketika
studi, dan ukuran sampel),
penyakit itu ada (tingkat positif sejati).
Rumus = VP/(VP + FN).
2. Metode, karakteristik, dan hasil tes diagnostik (positif benar, TP;
negatif benar, TN ; positif palsu, FP; negatif palsu, FN, sensitivitas,
spesifisitas, dan akurasi).
2. Spesifisitas = Probabilitas bahwa hasil tes akan negatif ketika
penyakit tidak ada (tingkat negatif benar)

Rumus = VN/(VN + VP).

2 pengulas mengevaluasi secara independen
3. PLR = Perbandingan antara probabilitas hasil tes positif dengan
adanya penyakit dan probabilitas hasil tes positif jika tidak ada
Risiko bias : Alat Penilaian Kualitas Studi Presisi
penyakit.
Diagnostik (QUADAS-2)
Rumus = true positive rate/false positive rate, atau
direkomendasikan Cochrane Collaboration
Sensitivitas/ (1-spesifisitas).

Penilaian :
4. NLR = Rasio antara probabilitas hasil tes negatif dengan adanya
Software Review Manager versi penyakit dan probabilitas hasil tes negatif jika tidak ada penyakit.
5.3
Rumus = false negative rate/true negative rate.
Alyfia Rahmah Putri (2020350058)
 Alyfia Rahmah Putri (2020350058)

Lanjutan...

Kurva ROC Berdasarkan tingkat TP dan FP

Heterogenitas studi didirikan olehx2analisis, dengan nilai inkonsistensi:

1. (I2) lebih besar dari 50% dianggap sebagai heterogenitas sedang
2. I2lebih besar dari 75% didefinisikan sebagai heterogenitas tinggi.

Hasil dengan I2 nilai lebih besar dari 50% diajukan ke analisis sensitivitas
(yaitu, penghapusan hipotetis studi)

Area di bawah kurva (AUC) mendekati 1 menunjukkan kinerja diagnostik yang baik dari tes. Semua analisis
dilakukan dengan menggunakan Meta-Disc- versi 1.4.7.
 Annisa Nurkhaliza (2020350048)
HASIL
• Parameter Analitis

menilai beberapa urutan genom virus terkait SARS

Chan untuk merancang primer dan set probe terbaik

Gen E
Mendeteksi virus COVID-19 dengan sensitivitas analitis tinggi (batas teknis deteksi
RdRp masing-masing 3,2 dan 3,6 eksemplar per reaksi)

Probe yang digunakan oleh penelitian diindikasikan

untuk infeksi SARS-CoV, termasuk SARS-CoV-2

Proses menggunakan
saluran terbuka sistem
Cobas 6800 secara
signifikan meningkatkan
batas deteksi
 HASIL Akurasi Diagnosis Test

Tujuh studi membahas tes diagnostik

dengan PCR.20,26-28,30-32 Meta-analisis
dilakukan sesuai dengan jenis sampel

kurang sensitif untuk urin (0,0%, 95% CI

mendeteksi COVID-19 0,0%-3,7%

Feses/swab rektal (24,1%, 95%

Plasma (7,3%, 95% CI
CI 16,7%-33,0%)
4,1%-11,7%)

lebih sensitif untuk saliva (62,3%,95% CI

mendeteksi virus 54,5%-69,6%)
Meta-analisis mengevaluasi parameter akurasi Tes imunologi (IgM dan IgG) dievaluasi dalam 5
hasilnya ditunjukkan pada Tabel 3. percobaan sebagai aspirasi/swab
Sputum (97,2%, 95%
metode diagnostik untuk COVID-19. (73,3%, 95% CI 68,1%-78,0%)
(sensitivitas,spesifisitas, PLR dan NLR) CI 90,3%-99,7%)

Data CT data dilaporkan oleh 6 percobaan.

18,19,23,28,29,31 Meta-analisis menunjukkan
metode ini sensitif (91,9%, 95% CI 89,8%-93,7%)
Heterogenitas antara uji coba I2 = 92,9%,
namun denganspesifisitas rendah (25,1%,
95% CI 21,0%-29,5%, I2 = 32,8%.
Secara keseluruhan, sensitivitas dan spesifisitas
adalah lebih tinggi ketika kombinasi antibodi IgM
dan IgG dievaluasimencapai 84,5% (95% CI
82,2%-86,6%, I2 = 93,2%) dan 91,6% (95% CI
86,0%-95,4%, I2 = 0%) masing-masing.
HASIL Penilaian Kualitas

Studi oleh Chan dkk.

dan Pfefferle dkk

tidak dievaluasi karena adanya

kekurangan pada aplikasi
klinis dari tes

hanya kinerja analitis dari metode

yang dinilai).

80% dari studi melaporkan tes

Sekitar seperempat dari percobaan (26%) tidak
menjelaskan metode pemilihan pasien, dan hampir
setengah (46%) termasuk sebelumnya pasien yang
didiagnosis, yang dapat meningkatkan risiko bias.
Mayoritas pasien yang disertakan
cocok dengan pertanyaan ulasan dan
cenderung didiagnosis dengan tes
yang dievaluasi.
Tidak ada kekhawatiran
untuk domain penerapan)
standar indeks dan referensi
dengan benar dan bagaimana
mereka dilakukan
Hanya 3 studi (20%) yang benar melaporkan
interval antara tes, apakah pasien menerima indeks
yang berbeda atau tes standar, dan analisis statistik
lengkap dilakukan, sehingga dinilai memiliki
risiko bias yang rendah untuk aliran dan domain
waktu
Dzikra Zalfa Juwairiyyah (2020350039)

DISKUSI
Parameter akurasi dari metode diagnostik yang berbeda (klinis,
molekuler, dan serologis) untuk deteksi SARS-CoV-2 dalam
sampel yang berbeda termasuk darah, usap nasofaring, dahak,
air liur, urin, dan feses
Perkembangan teknik molekuler tentang
komposisi proteomik dan genomik virus atau
perubahan ekspresi protein inang selama dan
setelah infeksi.

Virus SARS-CoV-2
memiliki untai tunggal
RNA virus ditranskripsi balik menjadi
untai DNA komplementer (cDNA), yang
daerah spesifiknya diperkuat.
Genom RNA positif dengan panjang sekitar RdRP dan 4 protein
30.000 nukleotida yang mengkode 27 protein struktural: glikoprotein
permukaan (S), protein
amplop (E), protein
matriks (M) dan protein
nukleokapsid
Melibatkan 2 langkah utama:
penyelarasan urutan dan desain primer,
serta optimasi dan pengujian assay
Dzikra Zalfa Juwairiyyah (2020350039)
DISKUSI
Uji coba yang mengevaluasi gen RdRp/Hel, tidak ada reaksi
silang dengan virus corona patogen lain dengan patogen
pernapasan manusia dalam kultur sel atau sampel klinis.
Penggunaan reagen yang berbeda, konsentrasi primer/probe dan
kondisi siklus dapat membatasi sensitivitas tes.
Teknik PCR menggunakan sampel dahak adalah metode yang
paling sensitif untuk mendiagnosis COVID-19
Sebaliknya, teknik yang sama yang diterapkan pada sampel lain
(misalnya, urin, darah, feses, feses, dan usap dubur) menunjukkan
hasil sensitivitas yang paling buruk
Gen spesifik SARS-CoV-2 (RdRp) bereaksi
dengan SARS-CoV di budaya sel.
Perbandingan hasil meta-analisis dari
spesimen klinis yang berbeda dengan jelas
menunjukkan bahwa sampel pernapasan
adalah yang paling cocok untuk mencapai
tingkat sensitivitas yang lebih tinggi.
Hasil ini sesuai dengan rekomendasi CDC,
yang menyatakan bahwa tes awal untuk
diagnosis SARS-CoV-2 harus
memprioritaskan pengumpulan sampel
pernapasan.
 DISKUSI Peradangan

Kerusakan interstisial
Paling sensitif dan sangat
Menghambat
penting strategi manifestasi
penggunaan
untuk diagnosis tambahan Perubahan parenkim
dalam praktik
tetapi spesifisitas dan PLR
klinis
rendah Kematian sel

Memiliki penyelesaian cepat dan biaya Akan lebih baik diperoleh ketika
rendah sekitar USD$ 8-10 per tes antibodi total dievaluasi

Diteliti mengacu pada protein

astigonik SARS-CoV-2 Sensitivitas lebih tinggi
Spesifisitas dan NLR lebih baik
Protein spike (S) Nukleokapsid (N)
Tes imunologi
KESIMPULAN

Paling cepat dalam sensitivitas

dan spesifisitas menggunakan uji
kombinasi

KLINIS SEROLOGIS

MOLEKULER
 Selesai sudah presentasi
kelompok kami hari ini, seperti
kamu dan dia yang selesai tanpa
pernah dimulai
CREDITS: This presentation template was created by
Slidesgo, including icons by Flaticon, and infographics &
images by Freepik.
SEKIAN
TERIMAKASIH