TAKSONOMI DAN KINETIKA

PERTUMBUHAN MIKROBA
BY: FITRIA DEWI SULISTIYONO, M. Si

UNIVERSITAS PAKUAN Program Studi Farmasi, Fakulatas MIPA

 TAKSONOMI MIKROBA

UNIVERSITAS PAKUAN Program Studi Farmasi, Fakulatas MIPA


7000 spesies bakteri dan arkhea telah dikenal
100.000 – 1.000.000 diperkirakan belum
teridentifikasi (Madigan, et al 2009).
Penting dalam mempelajari
keanekaragaman organisme.
Sistematika Mikroba
UNIVERSITAS PAKUAN
• Atlas dan Bartha, (1997) : studi
mengenai
keanekaragaman
mikrobia serta hubungan
antar mikrobia baik hubungan
similaritas (fenetik) maupun
hubungan kekerabatan
(filogenitik)
• Tujuan sistematika :membuat
suatu klasifikasi biologis yang
mencerminkan sejarah evolusi
atau filogeni (Bauman, 2010).
Program Studi Farmasi, Fakulatas MIPA
 Garis pembatas antara klasifikasi klasik, klasifikasi fenetik dan klasifikasi filogenetik yang dimulai dari
masa Linnaeus ‘Species Plantarum’(1753), Origin of Species by Means of Natural Selection oleh Darwin
(1859), penemuan kembali genetika mendel (1900), dan perkembangan taksonomi numerik (1957)
Nama ilmiah: Escherichia
coli
Order: Enterobacterales
Tingkatan takson: Spesies
Family: Enterobacteriaceae Dalam sistematika ada tiga bidang kajian yang dilakukan yaitu, klasifikasi, identifikasi dan
tatanama (nomenclature).
Domain: Bacteria
Phylum: Proteobacteria
Escherichia coli (Migula 189
5) Castellani and Chalmers
1919
: Escherichia coli; (Migula

• Sistem Klasifikasi
1895); Castellani and
Chalmers 1919

Dalam penggolongan mikroorganisme dikenal istilah atau terminologi, diantaranya:

Taksonomi : ilmu tentang klasifikasi biologis
Klasifikasi : penataan organisme dalam suatu kelompok (taksa)
Nomenklatur : penamaan kelompok taksonomi
Identifikasi : penentuan takson tertentu dalam kelompok taksonomi
Sistematik : kajian ilmiah organisme dengan maksud mengkarakterisasi dan
menatanya secara teratur

UNIVERSITAS PAKUAN Program Studi Farmasi, Fakulatas MIPA

 Nama ilmiah: Escherichia (unranked): Viridiplantae Kerajaan: Fungi
coli
Order: Enterobacterales (unranked): Diaphoreticke
Tingkatan takson: Spesies Phylum: Chlorophyta s Kelas: Homobasidio
mycetes
Family: Enterobacteriaceae Clade: TSAR
Domain: Bacteria
Phylum: Proteobacteria
Class: Trebouxiophyce Clade: SAR
ae
Escherichia coli (Migula 189 Infrakingdom: Alveolata Ordo: Agaricales
5) Castellani and Chalmers
1919 Phylum: Apicomplexa
: Escherichia coli; (Migula Order: Chlorellales Famili: Tricholomatac
Class: Aconoidasida
eae
1895); Castellani and
Chalmers 1919
Family: Chlorellaceae Order: Haemosporori
da Genus: Pleurotus
Genus: Chlorella Family: Plasmodiidae Spesies: P. ostreatus
M.Beijerinck,
1890 Genus: Plasmodium
Marchiafava &  Nama binomial
Celli, 1885 Pleurotus ostreatus
Champ. Jura. Vosg. 1: 112,
1872

UNIVERSITAS PAKUAN Program Studi Farmasi, Fakulatas MIPA

 Pendekatan Sistem Klasifikasi

Mikroba diatur dalam Kode Internasional Tatanama Bakteria atau

sistem klasifikasi fenetik dan sistem International Code Bacteriology Nomenclature (ICBN).
klasifikasi filogenetik.

• Sistem klasifikasi fenetik merupakan

suatu sistem klasifikasi dimana menaksir
hubungan berdasarkan kepemilikan
karakter yang sama dari anggota-
anggota suatu kelompok.
• Sedangkan sistem klasifikasi filogenetik
(kladistik) didasarkan pada sebuah
hubungan perjalanan evolusi karakter
dari setiap anggota suatu kelompok
yang sedang dipelajari.

UNIVERSITAS PAKUAN Program Studi Farmasi, Fakulatas MIPA

 Identifikasi Mikroba

• Metode identifikasi bakteri secara

garis besar dapat dibagi menjadi
teknik genotipik yang berdasarkan
pada profil materi genetik
suatu organisme (utamanya
DNA)
• teknik fenotipik yang berdasarkan
pada profil sifat metabolik
maupun beberapa aspek komposisi
kimianya.

UNIVERSITAS PAKUAN Program Studi Farmasi, Fakulatas MIPA

 Identifikasi Mikroba

Metode Fenotipik dan Genotipik

• Kelemahan metode fenotipik terkait tingkat • metode genotipik berbasis DNA

reprodusibilitasnya, dimana metode tersebut
memberikan hasil yang berbeda-beda apabila
diulang, sehingga dianggap kurang handal
(reliable).
• Selain itu, metode ini juga mengkarakterisasi
organisme berdasarkan produk ekspresi gen yang
sangat sensitif terhadap berbagai macam
kondisi lingkungan seperti suhu pertumbuhan,
fase pertumbuhan dan mutasi spontan.
• Kelemahan metode fenotipik ini menjadi dasar
pengembangan metode genotipik berbasis DNA.
menjadi lebih popular dan diterima secara
luas karena bersifat reprodusibel, praktis,
menunjukkan perbedaan antar spesies yang
lebih kontras serta dapat membantu
menghindari duplikasi strain
(Prakash et al., 2007).
• Metode genotipik ini dapat dibagi menjadi
dua kelompok, yaitu teknik berbasis sidik
jari atau pola dan teknik berbasis sekuen
atau urutan DNA (Prakash et al., 2012).

UNIVERSITAS PAKUAN Program Studi Farmasi, Fakulatas MIPA

 KARAKTERISTIK UTAMA YANG DIGUNAKAN DALAM TAKSONOMI

Karakter Klasik

1. Karakter morfologis
Mudah analisisnya, genetik stabil, dan variasi tidak dipengaruhi  Karakter morfologi Fusarium
oxysporum pada tanaman Pisang
lingkungan; seringkali mengindikasikan hubungan filogenetik
2. Karakter fisiologis dan metabolik
Secara langsung berkaitan dengan enzim dan protein transport (produk
gen) dan oleh karenanya memberikan perbandingan secara tidak langsung
genom mikroba
3. Karakter ekologis
Meliputi pola siklus hidup, hubungan simbiotik, kemampuan
menyebabkan penyakit, preferensi habitat, dan kebutuhan hidup
4. Analisis genetik
Meliputi studi pertukaran gen kromosomal melalui transformasi dan konjugasi; Jarang
terjadi antar genera Harus dihindari kesalahan yang disebabkan sifat yang berasal
plasmid

UNIVERSITAS PAKUAN Program Studi Farmasi, Fakulatas MIPA

 KARAKTERISTIK UTAMA YANG DIGUNAKAN DALAM TAKSONOMI
Karakter Molekuler

1. Komparasi protein – dapat memberikan informasi

genetik organisme
2. Komposisi basa asam nukleat
a. Kandungan G+C dapat ditentukan dari suhu leleh
(melting temperature, Tm). Tm adalah suhu di mana dua
untai molekul DNA memisah satu sama lain ketika suhu
dinaikkan perlahan- lahan.
b. Secara taksonomis berguna karena variasi di dalam
suatu genus biasanya kurang dari 10% tetapi variasi di
antara genera cukup besar, berkisar antara 25 – 80%.
3. Hibridisasi Asam Nukleat
4. Sekuensing Asam Nukleat

UNIVERSITAS PAKUAN Program Studi Farmasi, Fakulatas MIPA

 KINETIKA PERTUMBUHAN
MIKROBA

UNIVERSITAS PAKUAN Program Studi Farmasi, Fakulatas MIPA

 Kinetika pertumbuhan Mikroba
• Menunjukkan perbedaan pola pertumbuhan, periode
waktu yang dibutuhkan untuk tumbuh maupun
beradaptasi, dan metabolit yang dihasilkan
• Studi
mengenai kultur mikroba dapat digunakan untuk
menduga efisiensi biaya produksi dalam sekala besar.
• Pentingnya mengetahui kinetika fermentasi tampak pada
beberapa hasil penelitian misalnya pada kinetika
pertumbuhan Saccharomyces cerevisiae khamir pada
produksi anggur apel (Wang et al., 2004), kinetika
fermentasi yeast di bawah kondisi oksigen terbatas
(Winkelhausen et al., 2003), kinetika bakteri asam laktat
asal keju putih (Haddadin, 2005), kinetika produksi
biosurfaktan oleh Bacillus subtilis (Yuliana, 1997)
UNIVERSITAS PAKUAN Program Studi Farmasi, Fakulatas MIPA
UNIVERSITAS PAKUAN Program Studi Farmasi, Fakulatas MIPA
UNIVERSITAS PAKUAN Program Studi Farmasi, Fakulatas MIPA
UNIVERSITAS PAKUAN Program Studi Farmasi, Fakulatas MIPA
UNIVERSITAS PAKUAN Program Studi Farmasi, Fakulatas MIPA
UNIVERSITAS PAKUAN Program Studi Farmasi, Fakulatas MIPA
UNIVERSITAS PAKUAN Program Studi Farmasi, Fakulatas MIPA
UNIVERSITAS PAKUAN Program Studi Farmasi, Fakulatas MIPA
 Perhitungan Jumlah sel Mikroba

UNIVERSITAS PAKUAN Program Studi Farmasi, Fakulatas MIPA

 Perhitungan Jumlah sel Mikroba

UNIVERSITAS PAKUAN Program Studi Farmasi, Fakulatas MIPA

 Perhitungan Jumlah sel Mikroba

UNIVERSITAS PAKUAN Program Studi Farmasi, Fakulatas MIPA

 Perhitungan Jumlah sel Mikroba

UNIVERSITAS PAKUAN Program Studi Farmasi, Fakulatas MIPA

 Perhitungan Jumlah sel Mikroba

UNIVERSITAS PAKUAN Program Studi Farmasi, Fakulatas MIPA

 Perhitungan Jumlah sel Mikroba

UNIVERSITAS PAKUAN Program Studi Farmasi, Fakulatas MIPA

 Perhitungan Jumlah sel Mikroba

UNIVERSITAS PAKUAN Program Studi Farmasi, Fakulatas MIPA

 Perhitungan Jumlah sel Mikroba
4. Standar Mc. Farland
Standar McFarland yang digunakan untuk standarisasi perkiraan
jumlah bakteri dalam suspensi cair dengan membandingkan
kekeruhan suspensi uji dengan Standard McFarland

Standar McFarland adalah larutan kimia barium klorida dan asam sulfat, reaksi antara dua bahan kimia
ini menghasilkan endapan halus barium sulfat. Ketika dikocok pelan, kekeruhan Standar McFarland
visual sebanding dengan konsentrasi suspensi bakteri

Cocokan dan samakan

warnaanya..

Berarti jumlah bakterinya

sesuai tabel

UNIVERSITAS PAKUAN Program Studi Farmasi, Fakulatas MIPA

 Perhitungan Jumlah sel Mikroba
Bakteri Asam Laktat

UNIVERSITAS PAKUAN Program Studi Farmasi, Fakulatas MIPA

LINGKUNGAN YANG MEMPENGARUHI PERTUMBUHAN
MIKROORGANISME
1.Temperatur (Suhu)
Temperatur memiliki 2 efek berlawanan:
•Temperatur naik =>kecepatan reaksi enzimatis
meningkat dan pertumbuhan menjadi cepat.
•diatas temperatur yang tepat untuk pertumbuhan =>
protein atau komponen sel terdenaturasi atau terjadi
kerusakan permanen

Cardinal Temperature :
•minimum temperature=> tidak memungkinkan
pertumbuhan terjadi
•optimum temperature => pertumbuhan terjadi paling
cepat
•maximum temperature => Tidak memungkinkan terjadi
pertumbuhan
Pembagian kelompok mikroorganisme
berdasarkan temperatur
1.Psychrophiles dapat tumbuh baik pada 0°C,
memiliki pertumbuhan optimum pada 15°C atau
dibawahnya, dan biasanya tidak akan tumbuh
dibawah 20°C
2.Psychrotrophs (psychrotolerant) tumbuh pada
suhu f ,,0°C atau lebih dan biasanya memiliki
temperature maksimum 35°C
3.Mesophiles memiliki pertumbuhan optimum 20
hingga 45°C,minimum 15 hingga 20°C, dan
maksimum kira-kira 45°C atau lebih rendah
4.Thermophiles memiliki pertumbuhan optimum
55 hingga 65°C, dan minimum sekitar 45°C
5.Hyperthermophiles memiliki pertumbuhan
optimum 80 hingga 110°C dan minimum sekitar
55°C
2.Nilai pH
Sebagian besar lingkungan alami
memiliki pH antara 3 dan 9, dan
kebanyakan organisme memiliki pH
pertumbuhan optimal dalam kisaran
ini.
Ketika pH dilingkungan luar sel
rendah => konsentrasi H+ di luar sel
lebih tinggi dibandingkan di dalam
sel=> H+ akan berpindah ke dalam
sitoplasma sel.
Perubahan drastis pada nilai pH
sitoplasma akan membahayakan
mikroorganisme=> mengganggu
membran plasma atau menghambat
aktivitas enzim dan protein
transport pada membran
Berdasarkan nilai pH, mikroorganisme terbagi menjadi beberapa
kelompok yaitu :
1)Acidophiles optimal antara pH <5.5
2)Neutrophiles optimal antara pH>5.5 dan 8.0
3)Alkalophiles (Alkaliphile) optimal antara≥ pH8.5
3.Konsentrasi Oksigen (O2)
Berdasarkan konsentrasi oksigen, mikroorganisme dibedakan menjadi
beberapa kelompok, yaitu:
a. Obligate aerobes=> sangat tergantung pada O2 atmosfer untuk tumbuh=>
oksigen digunakan sebagai terminal aksesptor electron pada rantai transport
electron dimetabolisme respirasi aerob
b. Facultative anaerobes=> tidak membutuhkan O2 untuk tumbuh=> tumbuh
baik dengan adanya O2. Pada kondisi kultur dan nutrisi sesuai=> O2 digunakan
sebagai terminal akseptor electron selama respirasi aerob
c. Aerotolerant an aerobes=> tidak menggunakan O2, bisa tumbuh ketika ada
atau tidak ada O2 (Toleran terhadap O2)
d. Obligate (strict) anaerobes tidak tahan O2 dan mati jika ada O2
e. Microaerophiles membutuhkan level O2 lebih rendah (2 to 10%) untuk
tumbuh karena tingkat normal atmosphere O2 (20%) merusak sel
4. Osmolaritas dan Aktivitas air
Ketersediaan air (Water availability)=> faktor penting
dalam pertumbuhan mikroorganisme => bukan hanya
lingkungan kering atau lembab => kelarutan zat terlarut
(Gula, garam, dan zat lainnya) yang larut dalam air

 Ketersediaan air digambarkan dalam istilah Water activity

(aw)/aktivitas air => jumlah air yang tersedia untuk
mikroorganisme; nilai aw berkisar pada rentang 0 and
1;

Jika mikroorganisme ditempatkan pada larutan

hipotonik (konsentrasi zat terlarut pada larutan rendah)
=>air akan memasuki sel dan menyebabkan sel pecah

Jika mikroorganisme ditempatkan pada larutan

hipertonik (konsentrasi zat terlarut pada larutan
tinggi)=> air akan meninggalkan sel menyebabkan
dehidrasi
5.Pressure
 Organisme yang menghabiskan hidup didarat atau permukaan air=> selalu
mengalami tekanan 1 atmosphere (atm;1atm=0.1 megapascal (MPa))=> tidak pernah
terpengaruh secara signifikan oleh tekanan.
Banyak Bakteri dan archaea=> hidup dilaut dalam (Kedalaman≥ 1000m =>Tekanan
hidrostatik mencapai 600 hingga 1, 100atm=> berpengaruh pada fluiditas membrane
dan fungsi
Banyak mikroba pada laut dalam=> BAROTOLERANT: peningkatan tekanan
mempengaruhi mereka tapi tidak sebanyak mikroba yang non-toleran
Piezophilic (barophilic)=> organisme yang memiliki kecepatan maksimal untuk
tumbuh pada tekanan lebih dari 1 atm (tekanan hidrostatik tinggi)
ADAPTASI PENTING=> Mikroba tersebut mengubah lipid membrane sebagai respon
terhadap peningkatan tekanan=> meningkatkan jumlah asam lemak tak jenuh pada
membrane sel pada saat tekanan naik=> juga memperpendek asam lemak
6.Radiasi
Berbagai bentuk radiasi electro magnetik=> berbahaya untuk
mikroorganisme
Radiasi ionisasi (salah satu yang paling berbahaya)=> Panjang
gelombang sangat pendek dan energy tinggi=> atom kehilangan
electron (terionisasi)
2 bentuk utama rasdiasi ionisasi=>
1)SinarX, (diproduksi secara artificial);
2)Sinar gamma, (dipancarkan selama peluruhanRadio isotop alami)

Radiasi ionisasi pada level rendah=> menyebabkan mutase secara

tidak langsung menyebabkan kematian=> pada level tinggi
menyebabkan kematian langsung
Radiasi ionisasi=> menyebabkan banyak perubahan pada sel:
menghancurkan ikatan hidrogen, mengoksidasi ikatan ganda,
menghancurkan strukrtur cincin dan mempolimerisasi beberapa
molekul
Radiasi Ultraviolet (UV) (salah satu bentuk
radiasi yang merusak) => bisa membunuh
mikroorganisme dengan Panjang gelombang
pendek (kira-kira10-400 nm) dan memiliki
energy yang tinggi
Rasia UV paling mematikan=> Panjang
gelombang260 nm Panjang gelombang yang
paling efektif diserap dan merusak DNA.
Panjang gelombang lebih Panjang 325-400
nm=> juga berbahaya microorganisms =>
menghancurkan asamamino triptofan
menjaditoxic photoproducts.
 TERIMA KASIH

TIDAK MASALAH JIKA KITA BERTINDAK

KEMUDIAN MELAKUKAN KESALAHAN
YANG SALAH ADALAH JIKA KAMU HANYA
MAMPU BERPIKIR TANPA TINDAKAN APAPUN

UNIVERSITAS PAKUAN Program Studi Farmasi, Fakulatas MIPA