Klasifikasi (bakteri)

kuman dan taksonomi

(bakteri) kuman
 Kuman

organisme kecil seperti virus, bakteri,

jamur, protozoa mikroskopik jahat yang
dapat menyebabkan suatu penyakit atau
gangguan kesehatan
• Taksonomi berasal dari kata taxis dan nomos.
Taxis artinya aturan, penjelasan. Sedangkan,
nomos artinya hukum atau aturan.

• Tahun 1872 timbul pendapat lain. Cohn,

seorang sarjana botani bangsa Jerman
condong untuk menggolongkan bakteri
kepada tumbuhan
• Klasifikasi mengenai bakteri disusun olehnya
secara agak lengkap tahun 1875, sejak itu
dilakukan penyempurnaan, secara berangsur-
angsur. Secara praktis istilah klasifikasi sama
dengan sistematik, taksonomi
• KLASIFIKASI
Classis : Suatu Class = Division
Suatu pengaturan yang sistematis
kedalam class dan group
• Klasifikasi dan determinasi kuman dipakai
buku Bergey’s Manual of Determinative
Bacteriology yang menggambarkan sifat-sifat
kuman secara terperinci.
• Bakteri dan bakteri hijau diklasifikasikan
sebagai tanaman primitif karena :
• 1. Mempunyai dinding sel seperti tanaman
• 2. Beberapa jenis bakteri dan semua bakteri
hijau bersifat fotosintetik
Klasifikasi bakteri patogen
Bergey’s Manual yang terakhir membagi
prokariota dalam 4 divisi utama :
I. Gracilicutes : bakteri gram negatif
II. Firmicutes : bakteri gram positif
III. Tenericutes : bakteri tanpa dinding sel
IV. Archaebacteria
I , II dan III termasuk dalam Eubacteria.
• Dalam Bergey, bakteri dan bakteri hijau dimasukkan dalam
satu golongan tersendiri yang disebut procaryotae
(prokariota).
• Prokariota mempunyai inti primitif dan berkembangbiak
secara amitosis menjadi dua bagian. Inti terdiri dari DNA
yang terbuka dan tidak terbungkus dalam suatu selaput
atau membrane. Eubacteria (bakteri sejati) dan
Archaebacteria (bakteri purba) termasuk procariota. Yang
patogen terhadap manusia termasuk dalam Eubacteria,
sedangkan eukariota mempunyai inti yang sebenarnya dan
mengalami mitosis.
• Prokariota bersel tunggal (uniselular) dan klasifikasinya
adalah sebagai berikut:
• Kingdom : Procaryoatae
• Divisio : Cyanobacteria
• Divisio II : Bacteria
Bacteria dibagi dalam tiga kelas dan selanjutnya
adalah
1. Ordo yang berakhiran –ales
2. Familia yang berakhiran –aceae
3. Tribus yang berakhiran –eiae
4. Genus
5. Spesies
Contoh :
•Ordo : Actinomycetales
•Familia : Mycobacteriaceae
•Genus : Mycobacterium
•Spesies : Mycobacterium tubercolosis
Nomenklatur ( pemberian nama)
•Seperti halnya tanaman, kuman juga
menggunakan 2 nama, yaitu nama binomial
(binomial name), yang diajukan oleh Linnaeus
tahun 1753.
•Jadi nama kuman selalu terdiri dari nama genus
dan epitheton specificum. Nama genus dimulai
dengan huruf besar dan epitheton specificum
ditulis dengan huruf kecil. Misalnya Staphylococcus
aureus.
•Nama genus sedapatnya memberikan keterangan
mengenai genus tersebut.
•Nama kuman dapat berasal dari kata baru yang
disesuaikan dalam bahasa latin atau nama seorang
penyelidik yang dilatinkan.
Contoh:
•Bacillus : Batang
•Clostridium : Spindle, pintalan
•Micrococcus : Butir kecil
•Erwinia : Dari nama Erwin
•Pasteurella : Dari nama Pasteur
•Salmonella : Dari nama salmon
•Salmonella typhi : Typhi merupakan
penyebab tipoid
• Salmonella pullorum : Di temukan pada ayam
• Brucella abortus : Penyebab abortus pada ternak
• Hemophilus influenza : Pertama kali di asingkan dari
penderita influenza dan
sebagai penyebab influenza
• Clostridium welchii : Ditemukan oleh Welch
Nama-nama diatas adalah nama ilmiah. Sedangkan
sehari-hari yang lebih banyak dipakai adalah :
• Gonococcus-go : Neisseria gonorrhoeae
• Sifilis : Treponema pallidum
• Hansen : Mycobacterium leprae
• Koch, tbc : Mycobacterium tuberculosis
• Pneumococcus : Stretococcus pneumonia
Keuntungan penggunaan nama umum antara lain
memudahkan/efektif dalam komunikasi antara
dokter dengan pasien
Spesies adalah suatu jenis mikroorganisme yang
sudah tertentu. Spesies bakteri ditentukan oleh :
a.   Sifat structural : yang terdiri dari bentuk, besar,
cara pergerakan, reaksi terhadap pewarnaan gram,
pertumbuhan makroskopik
b.   Sifat biokimia dan kebutuhan akan nutrisi,
produk-produk akhir metabolisme, susunan
biokimiawi komponen sel dan metabolit-
metabolitnya.
c.   Sifat fisiologisnya terhadap O2, temperatur, pH
dan respon terhadap zat-zat antibakteri.
d.   Sifat ekologi.
e.   Komposisi basa DNA, homologi dan sifat
genetik.
• Strain adalah biakan murni kuman yang tersusun
dari kelompok kuman yang merupakan
keturunan kuman dari satu isolate. Misalnya
Staphylococcus aureus strain Oxford, merupakan
kuman standar untuk macam-macam keperluan
di laboratorium.
• Spesies bakteri mengandung strain-strain (galur-
galur) mikroorganisme yang sifatnya secara garis
besar sama tetapi memiliki perbedaan. Biovar
(biotip) tidak dapat memperlihatkan semua
strain-strain dalam suatu spesies, sehingga untuk
menentukan bentuk-bentuk tertentu pada variasi
strain digunakan penggunaan subspecies seperti
serotip (serovar), pathotip (pathovar), morphotip
(morphovar), fagatip (phagovar).
KLASIFIKASI BAKTERI MENURUT BERGEY (EDISI ke-7)
Dunia tumbuhan dibagi atas 5 divisi (phylum), yaitu :
•Divisi I – Protophyta (tumbuhan primitif)
•Divisi II – Thallophyta (tumbuhan thalus)
•Divisi III – Bryophyta (tumbuhan lumut)
•Divisi IV – Pteridophyta (tumbuhan paku)
•Divisi V – Spermatophyta (tumbuhan berbiji)
•Divisi I Protophyta dibagi atas 3 klas, yaitu :
•Klas I – Schizophyceae (ganggang biru)
•Klas II – Schizomycetes ( bakteri dan bentuk-bentuk
yang serupa)
•Klas III – Microtatobiotes (rickettsia dan virus)
Selanjutnya klas Schizomycetes dibagi ats 10 ordo,
yaitu :
•Ordo I – Pseudomonadales
•Ordo II – Chlamydobacteriales
•Ordo III – Hypomicrobiales
•Ordo IV – Eubacteriales
•Ordo V – Actinomycetales
•Ordo VI – Caryophanales
•Ordo VII – Beggiatoales
•Ordo VIII – Myxobacteriales
•Ordo IX – Spirochaetales
•Ordo X – Mycoplasmatales
Klas Microtatobiotes dibagi atas 2 ordo, yaitu :
•Ordo I – Rickettsiales
•Ordo II – Virales
Ordo-ordo tersebut dibagi-bagi kagi atas sub-ordo dan famili sebagai
berikut :
•Ordo I. Pseudomonadales
•Sub-ordo I. Rhodobacteriineae
•Famili I – Thiorhodaceae 13 genus 34 spesies
•Family II – Athiorhodaceae 2 genus 8 spesies
•Family III – Chlorobacteriaceae 6 genus 9 spesies
•Sub-ordo II. Pseudomonadineae
•Famili I – Nitrobacteriaceae 7 genus 13 spesies
•Family II – Methanomonadaceae 3 genus 6 spesies
•Family III – Thiobacteriaceae 5 genus 17 spesies
•Family IV – Pseudomonadaceae 12 genus 258 spesies
•Family V – Caulobacteraceae 4 genus 8 spesies
•Family VI – Siderocapsaceae 10 genus 28 spesies
•Family VII – Spirillaceae 10 genus 30 spesies
Ordo II. Chlamydobacteriales
Family I – Chlamydobacteriaceae 3 genus 17 spesies
Family II – Peloplocaceae 2 genus 6 spesies
Family III – Crenotrichaceae 3 genus 3 spesies
Ordo III. Hyphomicrobiales
Family I – Hyphomicrobiaceae 2 genus 2 spesies
Family II – Pasteuriceae 2 genus 2 spesies
Ordo IV. Eubacteriales
Family I – Azotobacteraceae 1 genus 3 spesies
Family II – Rhizobiaceae 3 genus 17 spesies
Famili III – Achromobacteriaceae 5 genus 65 spesies
Family IV – Enterobacteriaceae 10 genus 59 spesies
Family V – Brucellaceae 8 genus 42 spesies
Family VI – Bacteroidaceae 5 genus 56 spesies
Family VII – Micrococcaceae 6 genus 43 spesies
Family VIII – Neisseriaceae 2 genus 16 spesies
Family IX – Brevibacteriaceae 2 genus 26 spesies
Family X – Lactobacillaceae 10 genus 92 spesies
Family XI – Propionibacteriaceae 3 genus 13 spesies
Family XII – Corynebacteriaceae 2 genus 55 spesies
Ordo V. Actinomycetales
•Family I – Mycobacteriaceae 2 genus 20 spesies
•Family II – Actinomycetaceae 2 genus 48 spesies
•Family III – Streptomycetaceae 3 genus 158 spesies
•Family IV – Actinoplanaceae 2 genus 2 spesies
Ordo VI. Caryophanales
•Family I – Caryophanaceae 3 genus 7 spesies
•Family II – Oscillosporaceae 1 genus 1 spesies
•Family III – Arthromitaceae 2 genus 5 spesies
Ordo VII. Beggiatoales
•Family I – Beggiatoaceae 4 genus 18 spesies
•Family II – Vitreoscillaceae 3 genus 13 spesies
•Family III – Leucotrichaceae 1 genus 1 spesies
•Family IV – Achromatiaceae 1 genus 1 spesies
Ordo VII. Myxobacteriales
•Family I – Cytophagaceae 1 genus 11 spesies
•Family II – Archangiaceae 2 genus 6 spesies
•Family III – Sorangiaceae 1 genus 8 spesies
•Family IV – Polyangiaceae 4 genus 28 spesies
•Family V – Myxococcaceae 4 genus 18 spesies
Ordo IX. Spirochaetales
•Family I – Spirochaetaceae 3 genus 11 spesies
•Family II – Treponemataceae 3 genus 38 spesies
Ordo X. Mycoplasmatales
•Family I – Plasmataceae 1 genus 15 spesies
Klasifikasi Bakteri dilihat Dari Beberapa
Penggolongan
• Klasifikasi bakteri Berdasarkan bentuk tubuh
• Klasifikasi bakteri berdasarkan kedudukan alat
gerak
• Klasifikasi bakteri berdasarkan pewarnaan Gram
• Klasifikasi bakteri berdasarkan cara memperoleh
makanan (bahan organik)
• Klasifikasi atas dasar kemampuan menimbulkan
penyakit
• Klasifikasi atas dasar kebutuhan terhadap oksigen
• Klasifikasi atas dasar kemampuan untuk tumbuh
dalam jaringan hidup
Klasifikasi bakteri patogen
•Berbeda dengan nomenklatur, tidak ada
klasifikasi bakteri yang resmi. Bergey’s
Systematic Bacteriology edisi ke-8 tidak
menggunakan lagi taksa yang lebih tinggi karena
ketidakjelasan hubungan genetika.
Klasifikasi berdasarkan genetika
•Perkembangan-perkembangan dalam biologi
molekuler memungkinkan diperolehnya
informasi mengenai kekerabatan organisme-
organisme pada tingkat genetic berdasarkan
Klasifikasi berdasarkan ekspresi fenotipe :
1. Morfologi sel
2. Morfologi koloni
3. Sifat terhadap pewarnaan
4. Reaksi kimia
5. Sifat pertumbuhan
Klasifikasi terhadap sifat pewarnaan:
1. Pewarnaan sederhana
2. Pewarnaan differential
3. Pewarnaan khusus
Klasifikasi berdasarkan sifat pertumbuhan :
•1. Aerob
•2. Anaerob
•3. Mikroaerofilic
Klasifikasi berdasarkan metabolisme :
•1. Autotrophic kuman
•2. Heterotrophic kuman
Kongres-kongres internasional antara ilmuwan
mikrobiologi membuat ketentuan bersama
mengenai taksonomi bakteri dan metode
penamaan (nomenklatur), untuk memberi nama
suatu kelompok organisme tertentu. Penamaan
bertujuan untuk :
•Membedakan antara satu kelompok dengan
kelompok yang lain,
•Menyusun hubungan kekerabatan antara
kelompok,
•Memudahkan dalam mengenal ciri-ciri kelompok,
•Menujukkan tingkatan takson dalam taksonomi
 Seluruh kegiatan pengklasifikasian, penamaan, dan
pengidentifikasian kuman disebut “Sistematika Mikroba” yang
meliputi :
• Taksonomi/klasifikasi
penataan sistematik organisme ke dalam
kelompok atau kategori taksa (takson:tunggal).
• Nomenklatur
penamaan satuan-satuan berdasarkan ciri
khasnya
• Identifikasi
penggunaan kriteria yang ditetapkan untuk
menentukan klasifikasi dengan pencirian dan
deskripsi yang sudah dikenal.
• Kategori taksonomi
1. Kingdom/dunia : seluruh organisme
didalam hierarki ini.
2. Filum/divisi : sekelompok kelas yang
• Contoh klasifikasi prokariota
berkerabat
uniseluler
3. Kelas : sekelompok ordo yang serupa Kingdom : Procaryotae
4. Ordo : sekelompok famili yang serupa Phylum : Bacteria
5. Famili : sekelompok genus yang Class : Schizomycetes
serupa Order : Actinomycetales
6. Genus : sekelompok spesies yang Family : Mycobacteriaceae
serupa Genus : Mycobacterium
Species : Mycobacterium
7. Spesies : sekelompok organisme
tuberculosis
berkerabat dekat yang individu-
individunya didalam kelompok
tersebut sebagian besar ciri-cirinya
serupa.
Taksonomi numerik, menggambarkan persamaan,
kemiripan, dan perbedaan karakteristik kuman.
• menentukan derajat hubungan antara jenis-jenis
kuman menggunakan koefisien statistik
• sifat-sifat yang sama atau berbeda menyumbangkan
data yang sama pentingnya
• derajat kesamaan strain A dibandingkan dengan strain
B dinyatakan dengan indeks kesamaan.
• Menggambarkan persamaan , kemiripan, dan
perbedaan karakteristik bakteri. Jaccard similarity
coefficient (SJ) menyatakan sifat-sifat positif dan
negative. Koefisien-koefisien tersebut menggambarkan
presentase sifat-sifat yang sama diantara organisme-
organisme.
• Keuntungan taksonomi numerik
obyektif, prasangka bias/ subyektif taksonomiwan
tidak terbawa dalam prosedur, serta hasil
penemuan dapat diulang dengan prosedur dan
data yang sama akan diperoleh hasil yang sama
pula.

• Taksonomi genetik :
untuk memperoleh informasi hubungan
kekerabatan organisme satu dengan yang lain
pada tingkat genetik, berdasarkan :
- komposisi basa DNA
- homologi sekuens DNA, rRNA (RNA ribosomal)
- pola metabolisme stabil yang dikontrol gen
- polimer-polimer pada sel
- struktur organel dan pola regulasinya
Spesies adalah suatu jenis mikroorganisme tertentu dan
sudah ditentukan berdasarkan :
•Sifat struktural
bentuk, ukuran, pergerakan, reaksi terhadap pewarnaan,
pertumbuhan koloni (disebut klasifikasi morfologis)
contoh : kokus, basil, vibrio, spirillum, spiroketa
•Sifat fisiologi
terhadap oksigen, suhu, pH, respon terhadap obat
antibakteri, sifat imunologi, sifat ekologi ( klasifikasi
biologis )
•Sifat biokimia
kebutuhan nutrien, produk metabolisme, komponen sel
(klasifikasi biokimiawi )
•Sifat genetik
komponen basa DNA (klasifikasi genetik)