Detektor fluoresensi mungkin yang paling sensitif di antara yang ada detektor HPLC modern.

Hal ini dimungkinkan untuk mendeteksi bahkan kehadiran molekul analit tunggal dalam aliran sel.Biasanya, sensitivitas fluoresensi adalah 10 -1000 kali lebih tinggi dibandingkan dengan detektor UV untuk UV yang kuat menyerap bahan. Detektor fluoresensi sangat spesifik dan selektif antara detektor optik lain. Hal ini biasanya digunakan sebagai keuntungan dalam pengukuran spesies neon tertentu dalam sampel. Ketika senyawa yang memiliki gugus fungsional spesifik sangat antusias oleh energi panjang gelombang lebih pendek dan memancarkan radiasi panjang gelombang yang lebih tinggi yang disebut fluoresensi. Biasanya, emisi diukur di sudut kanan ke eksitasi.

Kira-kira sekitar 15% dari semua senyawa memiliki fluoresensi alam. Kehadiran terkonjugasi pi-elektron terutama di komponen aromatik memberikan aktivitas neon paling intens. Juga, alifatik dan alisiklik senyawa dengan gugus karbonil dan senyawa dengan ikatan ganda terkonjugasi yang sangat berpendar, tetapi biasanya untuk tingkat yang lebih rendah. Hidrokarbon aromatik yang paling tersubstitusi berpendar dengan yeld kuantum meningkat dengan jumlah cincin, derajat mereka kondensasi dan kekakuan struktural mereka.

Intensitas fluoresensi bergantung pada eksitasi dan panjang gelombang emisi, sehingga selektif mendeteksi beberapa komponen sementara menekan emisi lain. Deteksi setiap komponen secara signifikan tergantung pada panjang gelombang yang dipilih dan jika salah satu komponen dapat dideteksi pada 280 mantan dan 340 em., Yang lain bisa terjawab.Sebagian besar detektor modern yang memungkinkan cepat beralih dari eksitasi dan emisi panjang gelombang, yang menawarkan kemungkinan untuk mendeteksi semua komponen dalam campuran .. Misalnya, dalam sangat penting kromatogram aromatik polynuclear eksitasi dan emisi panjang gelombang yang 280 dan 340 nm, masing-masing, untuk pertama 6 komponen, dan kemudian berubah menjadi nilai-nilai masing-masing 305 dan 430 nm, nilai-nilai yang terakhir merupakan kompromi terbaik untuk memungkinkan deteksi sensitif senyawa. Detektor fluoresensi Gambar dibawah menunjukkan skema optik detektor fluoresensi khas untuk kromatografi cair.Detektor tersedia di pasar berbeda dalam metode di mana panjang gelombang dikendalikan.Instrumen lebih murah menggunakan filter, unit media harga menawarkan kontrol monokromator minimal emisi panjang gelombang, dan kemampuan instrumen penelitian kelas penuh memberikan kontrol monokromator kedua eksitasi dan panjang gelombang emisi.