MIKROBIOLOGI

dr. Nataniel Tandirogang, M.Si

FAKULTAS KEDOKTERAN
UNIVERSITAS MULAWARMAN

NATANIEL TANDIROGANG
Pengertian Mikrobiologi
Mikro Bio Logi
Micro Bio Logos
Mikros Bios Word
Small Life

Secara Harfiah : Ilmu pengetahuan yang mempelajari
mikroorganisme

Definisi : Salah satu cabang ilmu dari kedokteran yang
mempelajari tentang mikroorganisme dan aktivitasnya
NATANIEL TANDIROGANG
MIKROORGANISME
MAHLUK HIDUP KECIL YANG TAK DAPAT DILIHAT DENGAN MATA
TELANJANG NORMAL ATAU MAHLUK HIDUP KECIL YANG HANYA
DAPAT DILIHAT DENGAN MENGGUNAKAN ALAT OPTIK
TERTENTU

BAKTERI
VIRUS
JAMUR
RICKETTSIA
PROTOZOA
PHAGE (FAGA)
ALGAE
NATANIEL TANDIROGANG
YANG DIPELAJARI TENTANG
MIKROORGANISME :
FORM
STRUCTURE
REPRODUCTION
PHYSIOLOGY
METABOLISM
GENETICS
CLASSIFICATION
IDENTIFICATION
NATANIEL TANDIROGANG
AKTIVITAS MIKROORGANISME
BENEFICIAL EFFECT
DETRIMENTAL EFFECT

BENEFICIAL EFFECT :
UMUM
KHUSUS

DETRIMENTAL EFFECT
- MENYEBABKAN PENYAKIT
- PERUBAHAN FISIKA & KIMIA PADA BERBAGAI
SUBSTANSI
NATANIEL TANDIROGANG
SUBDIVISI MIKROBIOLOGI
KRITERIA :
BERDASARKAN JENIS MIKROORGANISME YANG
DIPELAJARI

BAKTERI --- BAKTERIOLOGY
VIRUS --- VIROLOGY
JAMUR --- MYCOLOGY
RICKETTSIA --- RICKETTSIOLOGY
ALGAE --- PHYCOLOGY
PHAGE --- PHAGOLOGY
PROTOZOA --- PROTOZOLOGY
BERDASARKAN HABITAT MIKROORGANISME YANG
DIPELAJARI
BERDASARKAN APLIKASINYA
NATANIEL TANDIROGANG
SEJARAH MIKROBIOLOGI
NATANIEL TANDIROGANG
PROBLEM BIOLOGIK

Awal Mula Kehidupan
Pembusukan Material Organik Yang
Mati
Perubahan-perubahan yang dapat
menular pada Manusia dan Hewan yang
Hidup
NATANIEL TANDIROGANG
SPONTANEOUS GENERATION

ABIOGENESIS
Benda hidup berasal dari benda Mati
ARISTOTELES (384-322)
Binatang dapat berasal dari tanah


SAMSON DAN KEMUDIAN VIRGIL (40 B.C) : RESEP UNTUK LEBAH DARI MADU

SELAMA BER ABAD-ABAD BANYAK PERCAYA BAHWA ULAT-ULAT
DAPAT DIPRODUKSI DENGAN JALAN MENDADAR DAGING DALAM
SUASANA HANGAT DIUDARA
NATANIEL TANDIROGANG
INFEKSI DAN KEBERJANGKITAN

Penyakit : Hal Gaib dan Kutukan akibat dosa manusia
Penyembuhannya : Menghukum Penderita

KONSEP KERBERJANGKITAN DAN PRAKTEK HIGIENIS
OLD TESTAMENT : Kusta dapat menular
VARRO ABAD II B.C :
Prinsip Penjangkitan oleh : INVISIEBLE CREATURES
ROGER BACON DI ABAD XIII :
Mempostulasikan bahwa : INVISIABLE CREATURES
Menyebabkan Infeksi
TAHUN 1546 FRACASTORIUS
Berdasarkan pengetahuannya tentang SYPHYLIS
Bahwa PENYAKIT MENULAR (communicable disease) DITRANSMISIKAN OLEH
SEMINARIA MORBID MELALUI KONTAK LANGSUNG ATAU TIDAK LANGSUNG
LIVING GERMS (bibit penyakit),
GERM THEORY OF DISEASE (Louis Pasteur)
PENDAPAT FRACASTORIUS ITU MENYATAKAN BAHWA BENIH-BENIH PENYAKIT YANG BERLALU DARI INDIVIDU YANG
TERINFEKSI KE INDIVIDU LAIN, MEYEBABKAN PENYAKIT YANG SAMA PADA RESIPIEN DAN DONOR.
NATANIEL TANDIROGANG
OBSERVASI PERTAMA DARI BAKTERIA
Mata Manusia tidak dapat melihat benda yang diameternya
<30 uM
Observasi Langsung MIKROORGANISME MENANTIKAN
PERKEMBANGAN PEMBUATAN MIKROSKOP
ANTON van LEEWENHOOK (1632-1723)
Mikroskop Animalcules
- Bakteri : coccus, basil, spiral
- Menemukan PROTOZOA

ROBERT HOOKE (1678) COMPOUND MIKROSKOP
Penelitian berhenti :Tidak ada kemajuan bidang Mikrobiologi
NATANIEL TANDIROGANG
Leeuwenhoek (microscope)
NATANIEL TANDIROGANG
Teori Biogenesis
Mahluk hidup berasal dari mahluk hidup
Dipelopori oleh :
NATANIEL TANDIROGANG
FRANCESCO REDI (1626-1697)
PERCOBAAN Memudarkan teori GS
SEKERAT DAGING
Kontainer
Kain kasa
Tidak mengandung ulat
NATANIEL TANDIROGANG
JOHN NEEDHAM (1749)
MENGAMATI TIMBULNYA MIKROORGANISME PADA DAGING
YANG MEMBUSUK DAN MENGINTERPRETASIKAN HAL INI
SEBAGAI G.S.
NATANIEL TANDIROGANG
SPALLANZANI (1749)
PERCOBAAN
Kaldu daging Ayam
Ditutup Rapat
OBSERVASI BEBERAPA HARI TAK
ADA MIKROBA
NATANIEL TANDIROGANG
Fouchet (1859)
Pendukung GS
MENGATAKAN BAHWA UNTUK G.S. DARI MAHLUK HIDUP
MIKROSKOPIK DIPERLUKAN UDARA BERLEBIHAN.
UNTUK MEMBUKTIKAN KETIDAKBENARAN PENDAPAT INI,
BERMUNCULAN KEMBALI PERCOBAAN-PERCOBAAN YANG
DILAKUKAN OLEH :

NATANIEL TANDIROGANG
STERIL
BROTH
FLAME
AIR
Kesimpulannya : Mikroorganisme berada dalam Udara
Tidak ada pertumbuhan Mikroorganisme
Theodor Schwan (1810 1882)
NATANIEL TANDIROGANG
OUTFLOW
STERIL
BROTH
AIR
FILTER OF
COTTON FIBERS
SCHROEDER DAN VON DUSCH (1850)
EXPERIMENT
Awal Kejatuhan GS
NATANIEL TANDIROGANG
OPEN
TO AIR
POTENTIAL
CONTAMINANTS
TRAPPED HERE
STERIL
BROTH
REMAINS
STERILE
LOUIS PASTEUR (1861)
EXPERIMENT

NATANIEL TANDIROGANG
Pasteurs flasks
(disprove
spontaneous
generation)
NATANIEL TANDIROGANG
STERI
L
BROT
H
LIHGT BEAM
(TYNDALL) TO
OBSERVE DUST
TUBE FOR
INTRODUCTION
OF DUST
CONVOLUTED
TUBES
OPEN TO AIR
JOHN TYNDALL (1820-1893)
Membuktikan : - partikel debu membawa bibit/benih
- Spora bakteri dapat dibunuh dengan
pemanasan berturut-turut dengan interval waktu
tertentu
NATANIEL TANDIROGANG
TEORI BENIH PENYAKIT

THE GERM TEORY DISEASE
MIKROORGANISME MENYEBABKAN PENYAKIT DAN DAPAT
DITRANSMISIKAN DARI HOSPES KE HOSPES LAIN SEHINGGA
TERJADI PENYEBARAN PENYAKIT.

OBSERVASI EMPIRIS :
AGOSTINO BASSI
MENEMUKAN JAMUR (BOTRYTIS BASSIANA) MENYEBABKAN
PENYAKIT ULAT SUTRA (SILKWORM) YANG DISEBUT MUSCARDINE
ATAU MAL SEGNO DI AWAL THN. 1800.

SCHOENLEIN MENEMUKAN JAMUR PENYEBAB FAVUS (HONEYCOMB)
DI THN. 1839.

ECMSTEDT MENEMUKAN JAMUR PADA KEROKAN-KERIKAN KULIT
PENDERITA PITYRIASIS VERSICOLOR DI THN. 1846.
NATANIEL TANDIROGANG
OLIVER WENDELL HOLMES 91940-AN) MENULIS TENTANG THE
CONTAGIOUSNESS OF PUERPERAL FEVER
IGNAZ SEMMELWEIS (1861) MEMPUBLIKASIKAN PENGALAMAM
PRAKTEKNYA DALAM KEBIDANAN DENGAN JUDUL THE CAUSE,
CONCEPT AND PROPHYLAXIS OF CHILDREN FEVER
JOSEPH LISTER (1870-AN) MENDEMOSTRAKSIKAN NILAI
PENYEMPROTAN KAMAR-KAMAR BEDAH DENGAN LARUTAN
FENOL

FENOMENA FERMENTASI
LOUIS PASTEUR (1850-AN 1880-AN)
DALAM STUDI MENGENAI PENYAKIT ANGGUR PASTEUR
MENDEMONSTRASIKAN BAHWA FERMENTASI ALKOHOLIK DARI
ANGGUR, BUAH-BUAHAN ADALAH DISEBABKAN OLEH MIKROBA,
YANG DISEBUTNYA FERMENT
NATANIEL TANDIROGANG
RAYER DAN DAVAINE (1850)
MENGAMATI MIKROORGANISME BERBENTUK BACILLUS PADA
DARAH HEWAN-HEWAN YANG MATI KARENA PENYAKIT
ANTHRAX.
PADA THN. 1863 DAVAINE MENTRASMISIKAN ANTHRAX
SECARA EKSPERIMENTAL DENGAN MENGGUNAKAN DARAH
YANG MENGANDUNG BASIL-BASIL ANTHRAX, NAMUN
ANTHRAX TIDAK TERJADI DENGAN DARAH NORMAL.

OBERMEIER (1872)
MENEMUKAN HUBUNGAN SPIRILLUM DENGAN RELAPSING FEVER DAN
MENDEMONSTRASIKAN UNTUK PERTAMA KALINYA ADANYA
MIKROORGANISME YANG PATOGENIK DALAM DARAH MANUSIA.


OBSERVASI DAN EKSPERIMEN DENGAN HEWAN PERCOBAAN
NATANIEL TANDIROGANG
J OSEPH LISTER (1878)
PERTAMA KALI MENGEMBANGKAN TEKNIK KULTUR MURNI
DENGAN MENGGUNAKAN SEMPRIT UNTUK MEMBUAT
PENGENCERAN-PENGENCERAN SERIAL DI DALAM MEDIUM
CAIR GUNA MEMPEROLEH KULTUR MURNI.

ROBERT KOCH
MENGEMBANGKAN DAN MENYEMPURNAKAN TEKNIK-TEKNIK
UNTUK PEMBUATAN KULTUR MURNI
TEKNIK BIAKAN MURNI
- Golden Age of Bacteriology
- Bukti etiologi agen infeksius

NATANIEL TANDIROGANG
POSTULAT KOCH :
1. ORGANISME HARUS SELALU DITEMUKAN PADA
TUBUH HEWAN YANG SAKIT TETAPI TIDAK PADA
TUBUH HEWAN YANG SEHAT
2. ORGANISME TERSEBUT HARUS DAPAT DIISOLASI
DARI HEWAN YANG SAKIT DAN DIKULTUR DALAM
BIAKAN MURNI
3. ORGANISME YANG DIISOLASI DALAM BIAKAN MURNI ITU HARUS
BISA MENIMBULKAN PENYAKIT BILA DIINOKULASI KEMBALI
PADA TUBUH HEWAN YANG SUPSEPTIBEL
4. ORGANISME TERSEBUT HENDAKNYA BISA DIISOLASI LAGI DARI
HEWAN YANG DIINFEKSI SECARA EKSPERIMENTAL

NATANIEL TANDIROGANG
Penemuan Virus
IVANOWSKI : Menemukan agent dari tabacco
mosaic disease dalam filtrat bebas bakteri (Filtrat
air perahan daun tembakau yang berpenyakit) di
tahun 1892
BEIJERINCK (1899) : Mengkonfirmasikan
penemuan tersebut dan menandai permulaan
penelitian-penelitian terhadap Filtrable agents
LOFFLOR & FROSCH (1898) : Menemukan FA
dari Foot and Month Disease
WALTER REED : Menemukan virus Yellow fever
NATANIEL TANDIROGANG
Tak dapat disangkal lagi bahwa mikrobiologi telah
mengubah pandangan manusia mengenai timbulnya
penyakit dan menyingkirkan pendapat /kepercayaan
terhadap generatio spontanea serta menempatkan
proses pembususkan atau fenomena-fenomena lain
yang serupa pada tempat yang sebenarnya dalam siklus
benda, baik yang hidup ataupun yang mati.
NATANIEL TANDIROGANG
IMUNITAS
Zaman dahulu kala : bisa/racun melalui luka
goresan-goresan pada kulit
Orang cina : menggunakan material kering dari
lesi kulit
Edward Jenner (1749-1823) : mengembangkan
konsep Vaksinasi Cacar sapi (Cowpox)
Perlindungan terhadap Penyakit cacar (Variola)
Louis Pasteur : 1877 : Vaksin kholera ayam
Vakswinasi
1881 : Vaksin Antrax
1886 : Vaksin Rabies

NATANIEL TANDIROGANG
Imunitas
Salmon & Smith : 1884 1886
Heat-Killed Kultures : Kholera babi
1880 : Dua aliran teori tentang imunitas
yang meningkat setelah Vaksinasi
I. Konsep Seluler : Metchnikof
II. Konsep Antibody : Bordet
NATANIEL TANDIROGANG
Perkembangan Biologi Molekuler
Hershey dan Chase
1952, bahwa asam nukleat, virus sendiri mengandung
semua informasi yang perlu bagi multiplikasi virus
James D, Watson (1928) dan HC Crick (1916)
1952-1953 : Model DNA
Nirenberg
Tahun 60-an : Setiap Triple RNA (kodon)
berpadanan dengan setiap Asam Amino
1998 : Human Genome Project
Memetakan seluruh genom manusia

NATANIEL TANDIROGANG
KLASIFIKASI
Pengelompokkan Miorganisme
berdasarkan ciri tertentu
Cabang ilmu biologi yg mempelajari cara
pengelompokkan organisme : taksonomi
Manfaat Klasifikasi
Mempermudah pengidentifikasian suatu
jenis
Pengidentifikasian jenis mjd lbh mudah
dan akurat
Dpt digunakan utk mengetahui hubungan
antar jenis
Aristoteles s/d Linnaeus mengelompokkan
organisme dlm 2 kelompok besar yaitu Tanaman
dan Hewan
Linnaeus mengembangkan konsep binomial
nomenclature.
Robert Whittaker in 1969 menambahkan Fungi
sbg kingdom ke-5, sehingga ada 5 kingdom: Plantae,
Animalia, Fungi, Protista, and Monera.
1990, Carl Woese) membagi baktri mjd
eubacteria dan archaebacteria (kingdom ke-6), dan
mengusulkan 3 domain yaitu: Archaea, Bacteria, and
Eukarya.
Sistim klasifikasi
Taksonomi adalah ilmu klasifikasi biologis
Klasifikasi adalah penataan organisme ke dalam kelompok-kelompok
(taksa)
Nomenklatur adalah pemberian nama untuk kelompok-kelompok
taksonomi
Identifikasi adalah penentuan isolat tertentu pada takson tertentu
Peranan taksonomi mikroba:
Memungkinkan ilmuwan mengorganisasikan sejumlah besar
pengetahuaannya
Memungkinkan ilmuwan membuat prediksi dan kerangka hipotesis
tentang organisme
Menempatkan organisme dalam kelompok-kelompok bermakna
dengan memberi nama secara tepat, jadi akan mempermudah
komunikasi ilmiah.
Penting untuk identifikasi mikroorganisme secara tepat.

Sistematik adalah kajian ilmiah organisme dengan tujuan akhir untuk
mengkarakterisasi dan menempatkan organisme dengan cara yang
teratur
Taksonomi mikroba saat ini sedang memasuki perode perubahan besar
yang disebabkan oleh penggunaan teknik molekuler
EVOLUSI DAN KERAGAMAN MIKROBA
Bumi berumur kira-kira 4,6 milyar tahun dan sisa-sisa fosil sel
prokariotik berumur 3,5-3,8 milyar tahun terdapat dalam stromatolit dan
batuan sedimen
Stromatolit adalah batuan berlapis yang dibentuk dari
penggabungan sedimen mineral menjadi hamparan mikroba
(microbial mats)
Prokariot pertama mungkin bersifat anaerob.
Sianobakteri aerobik mungkin muncul 2,5-3,0 milyar tahun yang
lalu.
Hasil penelitan Carl Woese dan kawan-kawan menyarankan bahwa
organisme dibagi dalam tiga domain:
1. Eukaria-meliputi seluruh organisme eukariotik
2. Bakteria-terdiri dari organisme prokariotik yang mempunyai rRNA
bakterial and lipid membran terutama berupa diasil gliserol eter
3. Archaea-terdiri dari organisme prokariotik yang mempunyai rRNA
archaeal dan lipid membran terutama berupada isoprenoid gliseral dieter
atau turunan diglesrol tetraeter.
The Three-Domain System
Sel eukariotik modern yang muncul kurang lebih 1,4 milyar tahun
yang lalu berasal dari prokariot
Hipotesis I: perkembangan kloroplast dan mitokondria merupakan pelipatan
(invaginasi) membran plasma dan kemudian membentuk ruang- ruang
(compartmentalization) dengan fungsi tertentu
Hipotesis II (hipotesis endosimbiotik) menyarankan sebagai berikut:
Proses pertama pembentukan sel eukariot adalah pembentuk nukleus
(mungkin fusi bakteri dan archaea purba)
Kloroplast dibentuk ketika bakteri fotosintetik yang hidup bebas
bersimbiosis dengan sel eukariotik primitif (sianobakteria dan proklron
disarankan sebagai kandidat yang paling kuat)
Mitokondria mungkin terbentuk melalui proses yang sama (tetua
Agrobacterium, Rhizobium, dan riketsia menjadi kandidatnya)
Hopotesis endosimbiotik mendapat dukungan kuat dari penemuan
sianobakterium yang berendosimbiotik dengan protista biflagelata
(Cyanophora paradoxa); sianobakterium berfungsi sebagai chloroplast
Cyanophora paradoxa; endosimbiotik ini dikenal sebagai sianel (cyanelle)
TINGKATAN TAKSONOMI
Tingkatan taksonomi (dari bawah ke atas) adalah:
spesies,
genus,
famili,
ordo,
klas,
kerajaan (kingdom);
Namun, ahli mikrobiologi seringkali menggunakan nama seksi (suatu
pengelompokan yang kurang formal) yang bersifat deskriptif untuk
kelompok-kelompok organisme tertentu, seperti metanogen, purple bacteria,
bakteri asam laktat, dan lain-lain.
Galur adalah populasi organisme yang dapat dibedakan dari sekurang-
kurang beberapa pupulasi lain dalam suatu kategori taksonomik, galur
dianggap berasal dari organisme tunggal atau isolat kultur tunggal.
Biovar berbeda secara biokimiawi atau fisiologis
Morfovar berbeda secara morfologi
Serovar berbeda sifat antigenik
Galur tipe (Type strain) adalah galur suatu spesies yang dikaji pertama
kali (yang paling rinci dikarakterisasi), galur ini tidak harus anggota
yang paling mewakili.
Genus adalah kelompok spesies (satu atau lebih) yang telah ditentukan
dengan sangat baik yang secara jelas terpisah (berbeda) dari genera lain
Dalam sistem nomenklatur binomial yang diajukan oleh Carl von
Linne (Carolus Linnaeus), huruf pertama nama genus ditulis dengan
huruf besar dan epitet spesifik ditulis dengan huruf kecil pada huruf
pertamanya (e.g., Escherichia coli); dalam artikel ilmiah, huruf
pertama genus dapat disingkat setelah ditulis lengkap pada
penulisan sebelumnya, contoh, E. coli
SISTEM KLASIFIKASI
Klasifikasi Alami (Natural classification)
penataan organisme ke dalam kelompok-kelompok yang anggota-
anggotanya mempunyai banyak kesamaan sifat dan mencerminkan
sebanyak mungkin sifat biologis organisme.
Sistem (Phenetic systems) adalah mengelompokkan organisme
didasarkan atas kesamaan secara keseluruhan
Seringkali berupa suatu sistem alami yang didasarkan atas kesamaan
karakter
Tidak tergantung pada analisis filogenetik
Menggunakan unweighted traits
Sistem terbaik jika membandingkan sebanyak mungkin sifat (attributes)

Taksomi Numerik (Numerical taxonomy)
Informasi sifat suatu organisme dikonversikan ke bentuk yang sesuai
untuk analisis numerk dan dibandingkan menggunakan komputer.
Ada atau tidaknya sekuran-kurangnya 50 (sebaiknya beberapa ratus)
karakater dibandingkan; karakter tersebut di antaranya karakter
morfologi, biokimiawi, dan fisiologi)
Koefisien asosiasi ditentukan di antara karakter-karakter yang dimiliki
oleh dua organisme

Koefisien kesesuaian sederhana (Simple matching coefficient)
proporsi yang sesuai (match) baik untuk karakter yang ada maupun
tidak ada
Koefisien Jaccard (Jaccard coefficient) mengabaikan karakter-
karakter yang tidak ada pada kedua organisme
Nilai-nilai tersebut diatur untuk membentuk matriks kesamaan
(similarity matrix); organisme dengan kesamaan tinggi dikelompokkan
bersama dalam fenon (phenons)
Perbedaan (significance) fenon tidak selalu jelas terlihat tetapi fenon
dengan kesamaan 80% seringkali dianggap satu spesies (bakteri)
Sistem (Phenetic systems) adalah mengelompokkan organisme
didasarkan atas kesamaan secara keseluruhan
Seringkali berupa suatu sistem alami yang didasarkan atas kesamaan
karakter
Tidak tergantung pada analisis filogenetik
Menggunakan unweighted traits
Sistem terbaik jika membandingkan sebanyak mungkin sifat (attributes)
Sistem filogenetik (filetik) {Phylogenetic (phyletic) -pengelompokan
organisme didasarkan pada hubungan evolusioner
1. Untuk prokariot adalah sulit untuk mengetahui hubungan evolusi
karena kekurangan catatan fosil yang baik
2. Pembandingan langsung materi genetik dan produk gen seperti rRNA
dan protein dapat digunakan untuk mengatasi kesulitan tersebut di atas