1.
Letak
DNA mitokondria terletak di dalam mitokondria, mitokondria adalah organel sel. Sedangkan
DNA inti sel terletak di dalam inti sel. Mitokondria DNA terletak di matriks mitokondria
berdekatan dalam membran mitokondria, tempat berlangsungnya reaksi fosforilasi oksidatif yang
menghasilkan radikal oksigen sebagai produk samping.
2.
Laju mutasi DNA mitokondria lebih tinggi sekitar 10-17kali di bandingkan DNA inti. Karena
mitokondria DNA tidak memiliki mekanisme reparasi yang efisien. DNA polimerase yang tidak
mempunyai aktivitas proofreading (suatu proses perbaikan dan pengakuratan dalam replikasi
DNA). Tidak adanya aktivitas ini menyebabkan mitokondria DNA tidak memiliki sistem
perbaikan yang dapat menghilangkan kesalahan replikasi. Replikasi mtDNA yang tidak akurat
akan menyebabkan mutasi mudah terjadi.
3.
Pada DNA inti, disusun dalam bentuk yang khas, dengan adanya beberapa macam protein histon
sehingga bentuknya seperti berpilin-pilin.
4.
DNA mitokondria mempunyai jumlah lebih banyak jika dibandingkan DNA inti, karena jumlah
mitokondria banyak didalam sel. Dari segi ukuran genom, genom DNA mitikondria relatif lebih
kecil.
5.
DNA mitokondria diwariskan hanya dari ibu, sedangkan DNA inti dari kedua orang tua. Pada
saat pembuahan sel, sel sperma hanya berpusi materi DNA saja sedangkan bagian sel sperma
lain tidak sehingga DNA mitokondria pada anak hanya dari ibu.
6.
DNA mitokondria berbentuk lingkaran, berpilin ganda, sirkular dan tidak terlindungi membran
(prokariotik) sedangkan bentuk DNA inti panjang tidak sirkuler, double helik, pada saat akan
pembelahan sel berbentuk kromosom.
7.
DNA mitokondria tidak memiliki intron dan semua gen pengkode terletak berdampingan
sedangakan pada DNA inti terdapat akson dan intro pada saat sintesis protein terjadi pemotongan
intron yaitu pada pemrosesan mRNA.
8.
Haploid (2n)
Salah satu bentuk keunikan lainnya dari mitikondria adalah perbedaan kode genetik mitokondria
menunjukkan perbedaan dalam hal pengenalan kode universal. UGA tidak dibaca sebagai
berhenti melainkan sebagai tryptofan, AGA dan AGG tidak dibaca sebagai arginin melainkan
dibaca sebagai berhenti AUA di baca sebagai methionin.
10. DNA mitokondria mempunyai daerah yang tidak mengkode dari mtDNA. Daerah ini
mengandung daerah yang memiliki variasi tinggi yang disebut displacementloop ( D-loop ). Dloop merupakan daerah deruntai tiga ( tripple stranded ) untai ketiga lebih dikenal sebagai 7S
DNA. D-loop memiliki dua daerah dengan laju polymorphism yang tinggi sehingga urutannya
sangat bervariasi antar individu, yaitu Hypervariable (HVSI) dan Hypervariable II (HVSII).
Daerah non-coding juga mengandung daerah pengontrol karena mempunyai origin of replocation
untuk untaian H (OH) dan promoter transkrip untuk untaian H dan L (PL dan PH). Selain itu,
daerah non-conding juga mengandung tiga daerah lestari yang disebut dengan censerved
sequence block (CSB) I, II, III. Daeran ini diduga memiliki peranan penting dalam replikasi
mtDNA.