Anda di halaman 1dari 48

LEMBAR KERJA PRAKTIKUM

BIOTEKNOLOGI
TERPADU

NAMA
: Annisa Arlisyah
NIM
: 115100500111022
KELAS
:A
KELOMPOK
:7

JURUSAN TEKNOLOGI HASIL PERTANIAN


FAKULTAS TEKNOLOGI PERTANIAN
UNIVERSITAS BRAWIJAYA
MALANG
Lembar Kerja Praktikum Bioteknologi Terpadu 2014

2014
Nama
NIM
Kelas
Kelompok

ISOLASI MIKROORGANISME
1 PENGHASIL ENZIM
(AMILASE, PROTEASE, LIPASE)
PRE-LAB

1. Apa yang anda ketahui tentang enzim? Jelaskan jenis-jenis enzim


berdasarkan tipe reaksi yang dikatalisis!

2. Apa perbedaan enzim dengan protein yang lain? Jelaskan!

3. Mikroorganisme apa saja yang dapat menghasilkan amilase?

Lembar Kerja Praktikum Bioteknologi Terpadu 2014

4. Mikroorganisme apa saja yang dapat menghasilkan protease?

5. Mikroorganisme apa saja yang dapat menghasilkan lipase?

Tangg
al

Nilai

Paraf
Asisten

LAPORAN PRAKTIKUM
Praktikum 1.Isolasi Mikroorganisme Penghasil Enzim (Amilase,
Protease, Lipase)
A. Isolasi Mikroorganisme Penghasil Enzim Amilase

Lembar Kerja Praktikum Bioteknologi Terpadu 2014

No
.

Jenis
Sampel

Hasil
Pengamata
n Warna
yang
Terbentuk

Kelompok
A (kontrol
+)

Putih
Putih

Kelompok
B (kontrol
+)
Kelompok
C (kontrol
+)

Putih

putih

Kelompok
D (kontrol
+)

Luas
Koloni
(mm2)

Luas
Zona
Hidroliti
k
(mm2)

Keterangan

283
332
3215
2255
82
306
491
829

B. Isolasi Mikroorganisme Penghasil Enzim Protease


Hasil
Pengamata
n Warna
yang
Terbentuk

No
.

Jenis
Sampel

Kelompok
A (kontrol
+)

Putih

Kelompok
B (kontrol
-)

Putih

Kelompok
C (kontrol
+)

Putih

Kelompok
D (kontrol
-)

Luas
Koloni
(mm2)

Luas
Zona
Hidroliti
k
(mm2)

262
Putih

215,6
28339
82
158
60668
-

C. Isolasi Mikroorganisme Penghasil Enzim Lipase

Lembar Kerja Praktikum Bioteknologi Terpadu 2014

Keterangan

No
.

Jenis
Sampel

Hasil
Pengamata
n Warna
yang
Terbentuk

Kelompok
A (kontrol
-)

Putih
Putih

Kelompok
B (kontrol
-)
Kelompok
C (kontrol
-)

Putih

Putih

Kelompok
D (kontrol
-)

Luas
Koloni
(mm2)

Luas
Zona
Hidroliti
k
(mm2)

1662
6079
207
346

Lembar Kerja Praktikum Bioteknologi Terpadu 2014

Keterangan

Pertanyaan:
1. Jelaskan prinsip kerja isolasi mikroorganisme penghasil enzim!
Prinsip kerja isolasi mikroorganisme penghasil enzim adalah
mengencerkan mikroorganisme sehingga diperoleh individu spesies
yang dapat dipisahkan dari organisme lainnya. Setiap koloni yang
terpisah yang tampak pada cawan tersebut setelah inkubasi berasal
dari satu sel tunggal. Sedangka untuk isolasi bakteri penghasil
selullose menggunakan metode isolasi pada medium cair. Metode
isolasi pada medium cair dilakukan bila mikroorganisme tidak dapat
tumbuh pada agar cawan (medium padat), tetapi hanya dapat
tumbuh pada kultur cair. Metode ini juga perlu dilakukan
pengenceran dengan beberapa serial pengenceran. Semakin tinggi
pengenceran peluang untuk mendapatkan satu sel semakin besar
(Winarni, 1997).
2. Mengapa isolat yang dapat menghasilkan enzim amylase, protease,
dan lipase mampu membentuk zona hidrolitik pada media agar?
Jelaskan!

3. Bagaimana mekanisme kerja enzim amilase hasil praktikum Anda?


Jelaskan!

Lembar Kerja Praktikum Bioteknologi Terpadu 2014

Amilase adalah kelompok enzim yang memiliki kemampuan untuk

memutuskan ikatan glikosida yang terdapat pada molekul amilum.


Hasil hidrolisis atau pemecahan molekul amilum ini adalah molekulmolekul yang lebih kecil seperti maltosa, dekstrin dan terutama molekul

glukosa sebagai unit terkecil. Tiap isolat bakteri yang tumbuh pada media
pati ditetesi dengan larutan iodin untuk melihat kemampuan daya
amilolitiknya. Isolat yang menghasilkan enzim amilase menghasilkan zona
bening pada agar di sekitar koloninya jika ditetesi dengan larutan iodin.
Aktivitas enzim amilase dideterminasi lewat metode DNS dengan
menggunakan pati sebagai substrat. . Supernatan dari kultur enzim
amilase kasar digunakan sebagai sampel enzim. Aktivitas enzim amilase
dihitung berdasarkan data kadar glukosa relatif sebagai mg glukosa yang
dihasilkan oleh 1 ml filtrat kasar amilase. Satu Unit aktifitas enzim
didefenisikan
sebagai banyaknya mol glukosa yang dihasilkan dari hidrolisa pati oleh 1
ml
ekstrak kasar enzim amilase selama masa inkubasi.

4. Bagaimana mekanisme kerja enzim protease hasil praktikum Anda?


Jelaskan!
Protease, disebut juga peptidase atau proteinase, merupakan enzim
golongan hidrolase yang akan memecah protein menjadi molekul yang
lebih sederhana, seperti menjadi oligopeptida pendek atau asam amino,
dengan reaksi hidrolisis pada ikatan peptida. Enzim ini diperlukan oleh
semua makhluk hidup karena bersifat esensial dalam metabolisme
protein. Peranannya dalam tubuh antara lain membantu pencernaan
protein dalam makanan, menggunakan kembali protein-protein
intraseluler, koagulasi sel darah, dan akivasi berbagai jenis protein,
enzim, hormon, serta neurotransmiter.
Enzim proteolitik yaitu enzim yang dapat mengurai atau memecah
protein. Enzim proteolitik digolongkan menjadi dua kelompok besar yaitu
golongan eksopeptidase dan endopeptidase. Golongan eksopeptidase
dibagi menjadi karboksi peptidase dan amino peptidase yang berturutturut memotong peptide dari arah gugus karboksil terminal dan gugus
amino terminal. Endopeptidase memecah protein atau ikatan peptide dari
dalam.

5. Bagaimana mekanisme kerja enzim lipase hasil praktikum Anda?


Jelaskan!
Enzim lipase berfungsi mengkatalisis trigliserida menjadi digliserida
dan asam lemak. Kerja lipase mempunyai spesifitas terhadap lokasi
atau posisi ester. Keaktifan lipase dapat diketahui dengan mengikuti
habisnya substrat atau timbulnya produk hidrolisis asam lemak
bebas.

Lembar Kerja Praktikum Bioteknologi Terpadu 2014

6. Bandingkan luasan zona hidrolitik dari tiap isolat hasil praktikum


Anda! Jelaskan mengapa demikian!
Pada isolasi mikroorganisme penghasil enzim amylase, semua
kelompok memiliki jenis sampel dengan kontrol positif. Luas zona
hidrolitik yang terbentuk pada kelompok A,B,C dan D secara
berurutan yaitu 332 mm, 2255 mm, 306 mm dan 829 mm. pada
isolasi mikroorganisme penghasil enzim amylase yang zona
hidrolitiknya paling luas adalah pada kelompok B yaitu 2255 mm.
Setiap kelompok memiliki hasil luas zona hidrolitik yang berbedabeda karena.
Pada isolasi mikroorganisme penghasil enzim protease, hanya
kelompok yang jenis sampel nya kontrol positif yang dapat
menghasilkan luasan zona hidrolitik. Sedangkan pada kelompok
yang jenis sampel nya control negative tidak memiliki luasan zona
hidrolitik. Pada kelompok A dengan control positif dihasilkan luasan
zona hidrolitik 215,6 mm dan pada kelompok C dengan control
positif dihasilkan luasan zona hidrolitik 158 mm.
Pada isolasi mikroorganisme penghasil enzim lipase dari semua
kelompok tidak ada yang memiliki luasan zona hidrolitik.
7. Jelaskan aplikasi dari enzim yang dihasilkan oleh mikroorganisme
dalam bidang pangan!
Dalam industri pangan, enzim protease dimanfaatkan untuk
pengolahan susu, roti,
biskuit, proses pematangan keju, pengempukan daging, dan
pembuatan produk
dari kedelai. Selain itu, enzim protease juga digunakan pada
beberapa aplikasi
industri seperti deterjen, farmasi, produk-produk kulit, produkproduk makanan,
dan proses pengolahan limbah industri.
Enzim amilase dapat digunakan untuk menghilangkan kanji dalam
buah-buahan dan cocoa semasa pemprosesan jus buah-buahan dan
coklat, dan sebagai bahan tambahan dalam proses pencairan kanji
sebelum penambahan malt dalam industri alkohol.
Enzim lipase dapat digunakan untuk menghasilkan emulsifier,
surfaktant, mentega, coklat tiruan, protease untuk membantu
pengempukan daging, mencegah kekeruhan bir, naringinase untuk
menghilangkan rasa pahit pada juice jeruk, glukosa oksidase untuk
mencegah reaksi pencoklatan pada produk tepung telur dan lainlain.
Enzim selulase dapat digunakan untuk melembutkan sayur-sayuran
dengan mencernakan sebahagian selulosa sayur itu, mengeluarkan
kulit dari biji-bijian seperti gandum, mengasingkan agar-agar
daripada rumput laut dengan menguraikan dinding sel daun rumput
Lembar Kerja Praktikum Bioteknologi Terpadu 2014

dan membebaskan agar-agar yang terkandung dalamnya.

Kesimpulan
Prinsip kerja isolasi mikroorganisme penghasil enzim adalah
mengencerkan mikroorganisme sehingga diperoleh individu spesies yang
dapat dipisahkan dari organisme lainnya. Setiap koloni yang terpisah
yang tampak pada cawan tersebut setelah inkubasi berasal dari satu sel
tunggal. Sedangka untuk isolasi bakteri penghasil selullose menggunakan
metode isolasi pada medium cair. Metode isolasi pada medium cair
dilakukan bila mikroorganisme tidak dapat tumbuh pada agar cawan
(medium padat), tetapi hanya dapat tumbuh pada kultur cair. Metode ini
juga perlu dilakukan pengenceran dengan beberapa serial pengenceran.
Semakin tinggi pengenceran peluang untuk mendapatkan satu sel
semakin besar

Daftar Pustaka

Tang
Lembar Kerja Praktikum Bioteknologi Terpadu 2014

Nilai
8

Paraf

gal

Asisten

Nama
NIM
Kelas
Kelom
pok

IMOBILISASI SEL DAN ENZIM

PRE-LAB

1. Jelaskan prinsip dari teknik imobilisasi sel dan enzim !

2. Jelaskan metode-metode imobilisasi sel dan enzim yang Anda


ketahui!
1.Adsorbsi
Metode ini didasarkan pada adsorbsi sel ke permukaan matriks. Adsorbsi didasarkan
pada kekuatan non kovalen, interaksi bersifat ionic.
2.Ikatan Kovalen
Mekanisme metode ini didasarkan pada formasi ikatan kovalen antara sel dan
pendukung. Modifikasi kimia pada permukaan sangat penting untuk metode ikatan
kovalen.
3.Ikatan Silang
Sel mikroba dapat diimobilisasi dengan ikatan silang satu sama lain dengan bahan
reaksi bi atau multifungsi seperti glutaraldehide dan tolunedilsosianat.
4.Penjebakan
Metode penjebakan didasarkan pada pemasukan sel di dalam suatu jaringan kaku
untuk mencegah sel menghambur ke dalam medium untuk membiarkan penetrasi
substrat. Matriks yang biasa digunakan adalah agar, alginate, dan karagenan.
3. Apa perbedaan antara imobilisasi sel dan enzim?
Imobilisasi enzim : Enzim yang secara fisik ditempatkan di dalam suatu daerah/ruang
tertentu, sehingga dapat menahan aktivitas katalitiknya serta dapat digunakan secara
Lembar Kerja Praktikum Bioteknologi Terpadu 2014

berulang-ulang dan kontinyu.


Imobilisasi sel : suatu proses untuk menghentikan pergerakan dari molekul sel dengan
menahannya pada suatu matriks.

4. Jelaskan tujuan dan keuntungan dilakukannya imobilisasi enzim dan


sel!
Tujuan : untuk memproduksi asam laktat karena imobilisasi sel
dapat mempertahankan konsentrasi sel tetap tinggi di dalam
bioreactor dan untuk melindungi sel dari gangguan lingkungan.
Keuntungan dari teknik imobilisasi :
a.Proses dapat dioperasikan
b.produk mudah dipisahkan
c.meminimalisir masalah dan penanganan bahan
d.menyediakan kemurnian dan yield produk dalam jumlah tinggi
e.stabilitas umumnya lebih baik
f.lebih murah
g.efisiensi proses, yaitu dengan sel imobilisasi proses fermentasi
dapat berlangsung optimal, dengan arti sel dapat tumbuh secara
optimal sehingga diperoleh hasil yang diinginkan secara maksimal.

Tangg
al

Lembar Kerja Praktikum Bioteknologi Terpadu 2014

Nilai

10

Paraf
Asisten

LAPORAN PRAKTIKUM
Praktikum 2. Imobilisasi sel dan enzim
A. Imobilisasi L.Lactis
Jumlah sel terimobilisasi :.(sel/g bead)
= (sel/mL)
1. Apa fungsi Na-Alginat pada percobaan ini?

2. Mengapa pada teknik imobilisasi diperlukan larutan CaCl2 dingin?

3. Sebut dan jelaskan faktor-faktor yang mempengaruhi keberhasilan


imobilisasi sel pada percobaan ini!

Lembar Kerja Praktikum Bioteknologi Terpadu 2014

11

B. Analisa pH
1. Tuliskan data pengamatan Anda pada tabel berikut ini :
Paramete
r
pH

Sel Bebas (tanpa imobilisasi)


pH awal :
Setela Setela Setela Setela
h
h
h
h
5 jam
10
15
20
jam
jam
jam

Sel terimobilisasi
pH awal :
Setel Setel Setel Setel
ah
ah
ah
ah
5 jam
10
15
20
jam
jam
jam

2. Apa yang menyebabkan terjadinya perubahan pH selama


fermentasi?

3. Bandingkan perubahan pH selama fermentasi oleh sel L.Lactis


bebas dan sel L.Lactis terimobilisasi! Jelaskan apa yang
menyebabkan perbedaan tersebut!

C. Analisis Total Gula Reduksi


1. Tuliskan data pengamatan Anda pada tabel berikut ini :
Paramete
r

Kadar
gula

Sel Bebas (tanpa


imobilisasi)
Kadar gula reduksi awal :
..
Setela Setela Setela Setela
h
h
h
h
5 jam
10
15
20

Lembar Kerja Praktikum Bioteknologi Terpadu 2014

Sel terimobilisasi
Kadar gula reduksi awal :
..
Setel Setel Setel Setel
ah
ah
ah
ah
5 jam
10
15
20
12

reduksi

jam

jam

jam

jam

jam

jam

2. Apa yang menyebabkan terjadinya perubahan kadar gula reduksi


selama fermentasi?

3. Bandingkan perubahan kadar gula reduksi selama fermentasi oleh


aktivitas sel L.Lactis bebas dan sel L.Lactis terimobilisasi! Jelaskan
apa yang menyebabkan perbedaan tersebut!

D. Penentuan kadar L-Asam Laktat


1. Tuliskan data pengamatan Anda pada tabel berikut ini :
Paramete
r

Kadar
asam
laktat

Sel Bebas (tanpa


imobilisasi)
Kadar asam laktat awal :
..
Setela Setela Setela Setela
h
h
h
h
5 jam
10
15
20
jam
jam
jam

Sel terimobilisasi
Kadar asam laktat awal :
..
Setel Setel Setel Setel
ah
ah
ah
ah
5 jam
10
15
20
jam
jam
jam

2. Apa yang menyebabkan terjadinya perubahan kadar asam laktat


selama fermentasi?

Lembar Kerja Praktikum Bioteknologi Terpadu 2014

13

3. Bandingkan perubahan kadar asam laktat selama fermentasi oleh


karena aktivitas sel L.Lactis bebas dan sel L.Lactis terimobilisasi!
Jelaskan apa yang menyebabkan perbedaan tersebut!

Kesimpulan

Daftar Pustaka
Tangg
al

Lembar Kerja Praktikum Bioteknologi Terpadu 2014

Nilai

14

Paraf
Asisten

Nama
NIM
Kelas
Kelom
pok

PRODUKSI ETANOL

PRE-LAB

1. Sebutkan beberapa bahan baku yang dapat dipergunakan dalam


produksi etanol!

2. Sebutkan kelebihan Saccharomyces cerevisiae dalam memproduksi


etanol!

Lembar Kerja Praktikum Bioteknologi Terpadu 2014

15

3. Jelaskan pada fase pertumbuhan apakah mikroba mulai


menghasilkan etanol!

4. Sebutkan dan jelaskan faktor-faktor yang mempengaruhi hasil


fermentasi etanol!

Tangg
Lembar Kerja Praktikum Bioteknologi Terpadu 2014

Nilai
16

Paraf

al

Lembar Kerja Praktikum Bioteknologi Terpadu 2014

Asisten

17

LAPORAN PRAKTIKUM
Praktikum 3. Produksi Etanol
1. Lengkapi tabel hasil pengamatan fermentasi etanol berikut ini!
Perlakuan berbagai konsentrasi gula
Hasil Pengamatan
Konsent
Waktu
Total
rasi gula pengamat
Kadar
OD
pH
gula
(v/v)
an (jam)
etanol
reduksi
0
10%

24
48
72
0

15%

24
48
72
0

20%

24
48
72

Pembahasan :

Perlakuan berbagai konsentrasi inokulum


Lembar Kerja Praktikum Bioteknologi Terpadu 2014

18

Konsent
rasi
inokulu
m

Waktu
pengamat
an (jam)

Hasil Pengamatan
OD

pH

Total
gula
reduksi

Kadar
etanol

0
5%

24
48
72
0

10%

24
48
72
0

15%

24
48
72

Pembahasan :

2. Merujuk pada data di atas, tentukan kondisi optimal fermentasi


etanol berdasarkan kinetika fermentasi dengan menghitung specific
growth rate (), yield sel (YX/S) dan yield produk (YP/S)!
Lembar Kerja Praktikum Bioteknologi Terpadu 2014

19

Perlakuan berbagai konsentrasi gula


Konsent
Waktu
Specific
rasi gula pengamat
growth
(v/v)
an (jam)
rate ()

Yield sel
(YX/S)

yield sel
(YP/S)

0
10%

24
48
72
0

15%

24
48
72
0

20%

24
48
72

Pembahasan :

Perlakuan berbagai konentrasi inokulum


Konsent
Waktu
Specific
rasi
Yield sel
pengamat
growth
inokulu
(YX/S)
an (jam)
rate ()
m
Lembar Kerja Praktikum Bioteknologi Terpadu 2014

20

yield sel
(YP/S)

0
5%

24
48
72
0

10%

24
48
72
0

15%

24
48
72

Pembahasan :

Kesimpulan

Lembar Kerja Praktikum Bioteknologi Terpadu 2014

21

Daftar Pustaka

Tang
gal

Nilai

Nama
NIM
Kelas
Kelom
pok

ISOLASI DNA KROMOSOM &


PLASMID

Lembar Kerja Praktikum Bioteknologi Terpadu 2014

22

Paraf
Asisten

PRE-LAB

1. Jelaskan apa yang anda ketahui tentang DNA kromosom!

2. Jelaskan prinsip dari teknik isolasi DNA kromosom!

3. Jelaskan perbedaan antara DNA plasmid dengan DNA kromosom!

4. Jelaskan prinsip isolasi DNA plasmid!

Lembar Kerja Praktikum Bioteknologi Terpadu 2014

23

Tangg
al

Nilai

Paraf
Asisten

LAPORAN PRAKTIKUM
Praktikum 4. Isolasi DNA Kromosom dan Plasmid
1. Tulislah data hasil absorbansi dari larutan standar DNA (calf
thymus)!
Absorbansi pada panjang
Konsentrasi
gelombang
DNA standar
(g/ml)
280 nm
260 nm
1,0
5,0
Lembar Kerja Praktikum Bioteknologi Terpadu 2014

24

10,0
20,0
30,0
40,0
50,0
60,0
Keterangan :
Nilai absorbansi 1,0 pada panjang gelombang 260 nm setara dengan konsentrasi
50 g DNA per ml.

2. Buatlah kurva standar, nilai regresi, slope, dan intercept untuk


menentukan konsentrasi DNA kromosom dan plasmid!

3. Tulilslah data hasil absorbansi sampel DNA kromosom dan plasmid


dengan metode spektrofotometri!
Absorbansi DNA
Absorbansi DNA
Pengenceran
Kromosom
Plasmid
(DNA :
A (280
A (260
A (280
A (260
ddH2O)
nm)
nm)
nm)
nm)
Konsentrasi
awal
1:2
1:5
1 : 10
1 : 20
4. Tentukan konsentrasi sampel DNA kromosom dan plasmid pada tiap
pengenceran dengan menggunakan ekstrapolasi dari kurva standar
DNA!
Konsentrasi DNA Kromosom :

Lembar Kerja Praktikum Bioteknologi Terpadu 2014

25

Konsentrasi DNA Plasmid :

5. Tentukan berapa rasio A260/A280 untuk tiap sampel hasil


pengenceran!
Rasio A260/A280
Pengenceran
DNA
(DNA : ddH2O)
DNA Plasmid
Kromosom
Konsentrasi awal
1:2
1:5
Lembar Kerja Praktikum Bioteknologi Terpadu 2014

26

1 : 10
1 : 20
6. Jelaskan definisi dari nilai rasio A260/A280 ? Bahaslah nilai rasio tiap
sampel DNA kromosom dan plasmid!

7. Jelaskan peranan dari penambahan lisosim pada teknik isolasi DNA


kromosom!
Fungsi lisosim adalah melisiskan sel bakteri sebagai pertahanan
konstitutif melawan bakteri pathogen. Beberapa bakteri gram positif
sangat sensitive terhadap lisosim meskipun dalam konsentrasi yang
sangat rendah. Bakteri gram negative kurang rentan untuk diserang
lisozim karena peptidoglikannya dilindungi oleh membrane luar.

Lembar Kerja Praktikum Bioteknologi Terpadu 2014

27

8. Jelaskan peranan proteinase-K pada isolasi DNA kromosom!


Fungsi dari penambahan proteinase K ini adalah untuk memotongmotong atau memutus ikatan peptida dari protein-protein sel bakteri
tersebut, lalu campuran tersebut dikocok menggunakan vortex agar
pemutusan ikatan-ikatan peptida tersebut lebih cepat terjadi.
9. Apa peranan etanol absolut pada teknik isolasi DNA kromosom?
Fungsi pemberian etanol absolut dingin adalah agar DNA terpisah
dari zat lainnya dan tidak menghancurkan DNA.
10.
Mengapa pada tahapan isolasi DNA kromosom ditambahkan
larutan chloroform-isoamil alkohol?
Fungsi dari penambahan larutan chloroform isoamil alcohol adalah
untuk membuang protein yang masih terkandung dalam sampel.
Klorofrom dan isoamilalkohol (CIAA) berfungsi untuk mengekstrak
dan dan mengendapkan komponen polisakarida di dalam buffer
ektraksi yang mengkontaminasi larutan DNA (Ningrum, 2008).
Pemberian isopropanol dan etanol dilakukan agar terjadi dehidrasi
DNA sehingga terjadi presipitasi
11.
Jelaskan peranan ampisilin pada isolasi DNA plasmid!
Ampisilin berperan sebagai marka seleksi,yaitu gen yang member
kharakteristik baru pada sel transforman yang tidak dimiliki oleh sel
bukan transforman. Jadi biakan yang sudah mengandung DNA
rekombinan berupa suatu gen yang menyandi ampisilin tersebut
akan tetap hidup dalam media LB yang sudah ditambah ampisilin,
sedangkan biakan yang tidak mengandung ampisilin maka akan
mati. Ampisilin merupakan senyawa antibiotic yang bersifat toksik.
Biakan akan mati karena ketoksikan ampisilin jika dalam DNA nya
tidak mengandung suatu gen untuk mendegradasi ampisilin. Fungsi
ini membuat ampisilin sering digunakan untuk menyeleksi DNA
plasmid karena ampisilin dapat bersifat selektif
12.
Apa fungsi dari larutan II (NaOH dan SDS) pada teknik isolasi
DNA plasmid?
Fungsi dari larutan II (SDS dan NaOH) berfungsi sebagai larutan
pelisis pada teknik isolasi DNA plasmd. NaOH sendiri dapat
mendenaturasi protein.
13.
Jelaskan fungsi dari alkohol 95% dan 70% dingin!
Alkohol 70% yang digunakan dalam proses isolasi berfungsi untuk
mengeluarkan endapan garam karena Na+ bermuatan positif dan
DNA bermuatan negatif.
Alkohol 95% dingin dalam proses isolasi berfungsi sebagai
campuran untuk menghomogenkan larutan.
Lembar Kerja Praktikum Bioteknologi Terpadu 2014

28

14.
Apa peranan RNAse pada teknik isolasi DNA plasmid?
Peran dari RNase pada teknik isolasi DNA plasmid adalah untuk
mendegradasi RNA sehingga yang tinggal adalah DNA.
Kesimpulan
Prinsipnya dari teknik isolasi DNA kromosom adalah memisahkan DNA kromosom atau
DNA genom dari komponen-komponen sel lain. Sumber DNA bisa dari tanaman, kultur
mikroorganise, atau sel manusia. Membran sel dilisis dengan menambahkan detergen untuk
membebaskan isinya, kemudian pada ekstrak sel tersebut ditambahkan protease (yang
berfungsi mendegradasi protein) dan RNase (yang berfungsi untuk mendegradasi RNA),
sehingga yang tinggal adalah DNA. Selanjutnya ekstrak tersebut dipanaskan sampai suhu 90
oC untuk menginaktifasi enzim yang mendegradasi DNA (DNase). Larutan DNA kemudian
di presipitasi dengan etanol dan bisa dilarutkan lagi dengan air.
Prinsip dari teknik isolasi DNA plasmid adalah mengekstrak plasmid dan memisahkannya
dari berbagai komponen selular bakteri lainnya seperti protein, lemak, RNA dan DNA
kromosomal. Prinsip isolasi DNA plasmid ada 3 tahap, yaitu :
1.Solution I : mengkondisikan DNA
2.Solution II : denaturasi dan lisis
3.Solution III : Renaturasi
Daftar Pustaka

Tang
gal

Lembar Kerja Praktikum Bioteknologi Terpadu 2014

Nilai

29

Paraf
Asisten

Nama
NIM
Kelas
Kelom
pok

AMPLIFIKASI DNA METODE


POLYMERASE CHAIN REACTION
PRE-LAB (PCR)

1. Jelaskan apa yang anda ketahui tentang PCR!

2. Jelaskan prinsip dari teknik amplifikasi DNA menggunakan PCR!

3. Jelaskan perbedaan antara PCR dengan real time PCR!


Lembar Kerja Praktikum Bioteknologi Terpadu 2014

30

4. Faktor-faktor apa saja yang mempengaruhi hasil amplifikasi DNA


metode PCR!

Tangg
al

Lembar Kerja Praktikum Bioteknologi Terpadu 2014

Nilai

31

Paraf
Asisten

LAPORAN PRAKTIKUM
Praktikum 5. Amplifikasi DNA Metode PCR
1. Tempelkan gambar elektroforesis DNA hasil amplifikasi! Jelaskan
pula hasil praktikum anda!

2. Apa peranan dari sampel DNA pada proses amplifikasi DNA metode
PCR ?

3. Apa peranan primer pada proses amplifikasi PCR ?


Keberhasilan suatu proses PCR sangat tergantung dari primer yang
digunakan. Di dalam proses PCR, primer berfungsi sebagai
pembatas fragmen DNA target yang akan diamplifikasi dan
sekaligus menyediakan gugus hidroksi (-OH) pada ujung 3 yang
diperlukan untuk proses eksistensi DNA. Perancangan primer dapat
dilakukan berdasarkan urutan DNA yang telah diketahui ataupun
dari urutan protein yang dituju. Data urutan DNA atau protein bisa
didapatkan dari database GenBank. Apabila urutan DNA maupun
urutan protein yang dituju belum diketahui maka perancangan
primer dapat didasarkan pada hasil analisis homologi dari urutan
DNA atau protein yang telah diketahui mempunyai hubungan
kekerabatan yang terdekat.
4. Mengapa pada proses amplifikasi digunakan primer forward dan
reverse ?
Lembar Kerja Praktikum Bioteknologi Terpadu 2014

32

5. Apa peranan buffer mix pada proses amplifikasi PCR ?


Peranan buffer mix adalah menjaga agar pH tetap stabil pada proses
amplifikasi PCR.
6. Sebut dan jelaskan masing-masing komponen yang terkandung
pada buffer mix PCR!
1. ddHO : fungsi dari ddHO adalah sebagai pelarut DNA
2. buffer PCR : fungsi buffer PCR adalah menjamin agar pH medium.
Umumnya buffer PCR sudah mengandung senyawa MgCl yang
diperlukan. Tetapi disarankan sebaiknya antara MgCl dan buffer
PCR dipisahkan supaya dapat dengan mudah dilakukan variasi
konsentrasi MgCl sesuai yang diperlukan.
3. MgCl : sebagai kofaktor, untuk menstimulasi aktivitas DNA
polymerase. Dengan adanya MgCl ini akan meningkatkan interaksi
primer dengan template yang membentuk komplek larut dengan
dNTP (senyawa antara). Dalam proses PCR konsentrasi MgCl
berpengaruh pada spesifisitas dan perolehan proses.
4. dNTPs : dNTPs merupakan suatu campuran yang terdiri atas dATP
(deoksiadenosin trifosfat), dTTP (deoksitimidin trifosfat) , dCTP
(deoksisitidin trifosfat) dan dGTP (deoksiguanosin trifosfat). Dalam
proses PCR dNTPs bertindak sebagai building block DNA yang
diperlukan dalam proses ekstensi DNA. dNTP akan menempel pada
gugus OH pada ujung 3 dari primer membentuk untai baru yang
komplementer dengan untai DNA templat. Konsentrasi optimal
dNTPs untuk proses PCR harus ditentukan
5. Taq polymerase : Taq polimerase (disingkat Taq pol) merupakan
enzim DNA polimerase (EC 2.7.7.7) stabil suhu pertama yang
berhasil dipurifikasi dari bakteri termofil ekstrem Thermus aquaticus
yang hidup pada dinding geyser vulkanik
7. Mengapa pada proses amplifikasi ditambahkan Taq polimerase ?
Taq polimerase (disingkat Taq pol) merupakan enzim DNA
polimerase (EC 2.7.7.7) stabil suhu pertama yang berhasil
dipurifikasi dari bakteri termofil ekstrem Thermus aquaticus yang
hidup pada dinding geyser vulkanik. Enzim ini mempunyai
kemampuan polimerasi DNA yang sangat tinggi, tetapi tidak
mempunyai aktivitas eksonuklease 3 5.
Enzim ini tahan terhadap suhu tinggi yang diperlukan untuk
memisahkan rantai DNA cetakan. Dengan kelebihan semacam ini
maka tidak diperlukan penambahan enzim pada tiap-tiap siklus PCR
Lembar Kerja Praktikum Bioteknologi Terpadu 2014

33

seperti yang harus dilakukan kalau enzim yang dig unakan adalah
fragmen Klenow DNA polymerase I (Gelfand dan White, 1990).
Kelebihan lain enzim Taq DNA polymerase adalah laju polimerasinya
yang sangat tinggi serta prosesivitasnya yang juga lebih tinggi
disbanding dengan fragmen Klenow.
8. Jelaskan peranan dari tiap tahapan PCR (denaturasi, primer
annealing, elongasi)!
1. Denaturasi merupakan proses memisahkan DNA menjadi utas
tunggal. Tahap denaturasi DNA biasanya dilakukan pada kisaran
suhu 92 95 oC. Denaturasi awal dilakukan selama 1 3 menit
diperlukan untuk meyakinkan bahwa DNA telah terdenaturasi
menjadi untai tunggal. Denaturasi yang tidak berlangsung secara
sempurna dapat menyebabkan utas DNA terputus. Tahap denaturasi
yang terlalu lama dapat mengakibatkan hilangnya aktivitas enzim
polimerase.
2. Annealing merupakan proses penempelan primer. Tahap
annealing primer merupakan tahap terpenting dalam PCR, karena
jika ada sedikit saja kesalahan pada tahap ini maka akan
mempengaruhi kemurnian dan hasil akhir produk DNA yang
diinginkan. Faktor yang mempengaruhi tahap ini antara lain suhu
annealing dan primer. Suhu annealing yang terlalu rendah dapat
mengakibatkan timbulnya pita elektroforesis yang tidak spesifik,
sedangkan suhu yang tinggi dapat meningkatkan kespesifikan
amplifikasi. Kenaikan suhu setelah tahap annealing hingga
mencapai 70740C bertujuan untuk mengaktifkan enzim TaqDNA
polimerase. Proses pemanjangan primer (tahap extension) biasanya
dilakukan pada suhu 72 oC, yaitu suhu optimal untuk TaqDNA
polimerase. Selain itu, pada masa peralihan suhu dari suhu
annealing ke suhu extension sampai 70 oC juga menyebabkan
terputusnya ikatan-ikatan tidak spesifik antara DNA cetakan dengan
primer karena ikatan ini bersifat lemah. Selain suhu, semakin lama
waktu extension maka jumlah DNA yang tidak spesifik semakin
banyak.
3. Extension merupakan proses pemanjangan DNA. Dalam tahap
extension atau sintesis DNA, enzim polimerase bergabung bersama
dengan nukleotida dan pemanjangan primer lengkap untuk sintesis
sebuah DNA utas ganda. Reaksi ini akan berubah dari satu siklus ke
siklus selanjutnya mengikuti perubahan konsentrasi DNA.
Hasil sintesa DNA dalam satu siklus dapat berperan sebagai cetakan
(template) pada siklus berikutnya sehingga jumlah DNA target
menjadi berlipat dua pada setiap akhir siklus. Dengan kata lain DNA
target meningkat secara eksponensial, sehingga setelah 30 siklus
akan menjadi milyaran amplifikasi DNA target.
9. Mengapa diakhir proses amplifikasi dilakukan teknik elektroforesis?
Untuk melihat hasil dari proses amplifikasi DNA. Elektroforesis
Lembar Kerja Praktikum Bioteknologi Terpadu 2014

34

merupakan teknik pemisahan komponen/molekul bermuatan


berdasarkan perbedaan tingkat migrasinya dalam sebuah medan
listrik. Tujuan elektroforesis yaitu untuk identifikasi, pemisahan, dan
purifikasi DNA.
Kesimpulan
Prinsip PCR adalah suatu teknik yang melibatkan beberapa tahap yang berulang (siklus) dan
pada setiap siklus terjadi duplikasi jumlah target DNA untai ganda. Untai ganda DNA
templat (unamplified DNA) dipisahkan dengan denaturasi termal dan kemudian didinginkan
hingga mencapai suatu suhu tertentu untuk memberi waktu pada primer menempel (anneal
primers) pada daerah tertentu dari target DNA. Polimerase DNA digunakan untuk
memperpanjang primer (extend primers) dengan adanya dNTPs (dATP, dCTP, dGTP dan
dTTP) dan buffer yang sesuai. Umumnya keadaan ini dilakukan antara 20 40 siklus. Target
DNA yang diinginkan (short target product) akan meningkat secara eksponensial setelah
siklus keempat dan DNA non-target (long product) akan meningkat secara linier (Handoyo,
2000).
Proses PCR melibatkan beberapa tahap yaitu: (1) pra-denaturasi DNA templat; (2)
denaturasi DNA templat; (3) penempelan primer pada templat (annealing); (4) pemanjangan
primer (extension) dan (5) pemantapan (postextension). Tahap (2) sampai dengan (4)
merupakan tahapan berulang (siklus), di mana pada setiap siklus terjadi duplikasi jumlah
DNA (Handoyo, 2000).
Daftar Pustaka

Tang
gal

Lembar Kerja Praktikum Bioteknologi Terpadu 2014

Nilai

35

Paraf
Asisten

Nama
NIM
Kelas
Kelom
pok

CITRA ANGGRAENI
115100500111024
A
7

TRANSFORMASI PLASMID

PRE-LAB

1. Jelaskan prinsip transformasi plasmid!


Prinsip transformasi adalah penyisipan gen asing ke dalam gen
mahluk hidup melalui suatu proses khusus, salah satunya adalah
heat shock yaitu perubahan permeabilitas dinding sel secara cepat
untuk memaksa plasmid masuk ke dalam sel baru dan
terekspresikan.
2. Ada berapa jenis metode transformasi plasmid? Sebutkan dan
Jelaskan!
Ada 5 jenis metode transformasi plasmid.
1.Kejutan panas (heatshock)
Teknik ini dilakukan dengan cara pemberian CaCl pada sel bakteri
sehingga sel bakteri menjadi kompeten. Sel bakteri yang kompeten
akan mudah dimasukkan ke dalam DNA rekombinan setelah diberi
kejutan panas.
2.Elektroporasi
Elektroporasi merupakan salah satu cara melakukan transformasi
dengan menggunakan aliran listrik. Elektroporasi berperan untuk
meningkatkan efisiensi integrasi DNA pada sel inang.
3.Polyethylen glycol (PEG)
Teknik transfer gen yang termasuk dalam transfer gen secara
langsung diantaranya adalah transformasi protoplas. Teknik ini
disebut teknik transfer gen secara langsung karena proses
introduksi DNA dilakukan tanpa melalui perantara. Keberhasilan
teknik PEG masih rendah karena regenerasi protoplas sangat
bergantung pada jenis genotype yang dipakai.
4.Particle Bombardment (Biolistic)
Merupakan metode transfer gen yang digunakan untuk melakukan
transformasi pada sel secara in situ. DNA target akan diletakkan di
atas permukaan emas sekitar 0.5-1.5 m. kemudian akan dilakukan
penembakan dengan menggunakan alat gene gun yang akan
menembak dengan tekanan yang tinggi.
5.Agrobacterium tumefaciens
Merupakan bakteri gram positif yang bersifat fitopatogen pada
tanaman dikotil. Bakteri tersebut secara alami memiliki kemampuan
untuk mentransfer potongan DNA yang kemudian dikenal dengan

Lembar Kerja Praktikum Bioteknologi Terpadu 2014

36

nama T-DNA ke dalam genom tanaman dan akan menyebabkan


tumor (crown gall).

Tangg
al

Lembar Kerja Praktikum Bioteknologi Terpadu 2014

Nilai

37

Paraf
Asisten

LAPORAN PRAKTIKUM
Praktikum 6. Transformasi Plasmid
1. Mengapa pada LB agar ditambahkan ampisilin konsentrasi 100
g/ml?
Ampisilin berperan sebagai marka seleksi,yaitu gen yang member
kharakteristik baru pada sel transforman yang tidak dimiliki oleh sel
bukan transforman. Jadi biakan yang sudah mengandung DNA
rekombinan berupa suatu gen yang menyandi ampisilin tersebut
akan tetap hidup dalam media LB yang sudah ditambah ampisilin,
sedangkan biakan yang tidak mengandung ampisilin maka akan
mati. Ampisilin merupakan senyawa antibiotic yang bersifat toksik.
Biakan akan mati karena ketoksikan ampisilin jika dalam DNA nya
tidak mengandung suatu gen untuk mendegradasi ampisilin. Fungsi
ini membuat ampisilin sering digunakan untuk menyeleksi DNA
plasmid karena ampisilin dapat bersifat selektif
2. Apa peranan dari sel Escherichia coli DH5?
Strain DH5a adalah salah satu jenis yang paling umum digunakan untuk teknonolgi
DNA rekombinan. Berikut adalah mutasi dari strain DH5a yang berguna untuk teknik
DNA rekombinan: endA1, recA1, deoR, gyrA96 dan lacZM15
3. Apa yang dimaksud dengan sel kompeten?
Sel kompeten merupakan sel yang memiliki kemampuan untuk disisipi DNA dari
luar. Praktikum ini menggunakan sel E. coli sebagai sel kompeten. Sel tersebut
kemudian digunakan untuk transformasi yaitu disisipkannya plasmid ke dalam sel
tersebut. Sel yang telah ditransformasi disebut transforman (Lodish et al.) sehingga
dapat diperoleh koloni E. coli dalam cawan
4. Apakah sel Escherichia coli DH5 dapat diganti dengan sel
mikroorganisme yang lain? Jelaskan alasan anda!

5. Pada metode transformasi heat shock, mengapa dilakukan


penambahan larutan CaCl2? Jelaskan!
Fungsi penambahan CaCl2 pada transformasi heat shock
mempengaruhi dinding sel dan mungkin berperan dalam pengikatan
DNA pada permukaan sel. Perlakukan dengan CaCl2 menyebabkan
Lembar Kerja Praktikum Bioteknologi Terpadu 2014

38

dinding sel menjadi lebih permeabel dan bermuatan positif,


sehingga dapat menarik DNA yang bermuatan negatif.
6. Apa peranan dari inkubasi pada suhu 4oC dan dilanjutkan dengan
inkubasi pada suhu 42oC?
Peran dari inkubasi pada suhu 4oC dan dilanjutkan dengan inkubasi
pada suhu 42oC adalah untuk kejut panas, yaitu dikenal dengan
metode Heat Shock.
Prinsip dari proses tersebut adalah terjadi lonjakan suhu dari 0C ke
42C terhadap sel yang telah diberi perlakuan CaCl2. Perlakuan
CaCl2 ini dilakukan dalam pembuatan sel kompeten. Garam CaCl2
akan mempengaruhi porositas membran sel sehingga pada saat
terjadi lonjakan suhu membran menjadi tidak selektif terhadap
molekul asing dan produk ligasi dapat masuk ke dalam sel. Sel
kemudian dikultur dalam media tumbuh LB dengan penambahan
glukosa selama 1.5 jam untuk memperbanyak jumlah sel dan
memberi kesempatan kepada sel untuk mengekspresikan marka
seleksi dari plasmid yang dibawanya.
7. Jelaskan faktor yang mempengaruhi keberhasilan proses
transformasi plasmid!

8. Bagaimana cara membedakan koloni transforman dengan koloni


satelit setelah proses transformasi?

Lembar Kerja Praktikum Bioteknologi Terpadu 2014

39

9. Apa yang dimaksud dengan efisiensi transformasi?


Nilai efisiensi transformasi ditentukan dengan menghitung jumlah
koloni transforman yang tumbuh dan konsentrasi plasmid yang
ditransformasi, kemudian dimasukkan dalam rumus efisiensi
trasnformasi.
10.

Bagaimana cara menghitung efisiensi transformasi?


Jumlah koloni x pengenceran x volume kultur total
Volume kultur yang disebar x jumlah vector yang ditransformasi

Kesimpulan
Prinsip transformasi adalah penyisipan gen asing ke dalam gen mahluk
hidup melalui suatu proses khusus, salah satunya adalah heat shock
yaitu perubahan permeabilitas dinding sel secara cepat untuk memaksa
plasmid masuk ke dalam sel baru dan terekspresikan.
Daftar Pustaka

Tang
gal

Lembar Kerja Praktikum Bioteknologi Terpadu 2014

Nilai

40

Paraf
Asisten

Lembar Kerja Praktikum Bioteknologi Terpadu 2014

41

Nama
NIM
Kelas
Kelom
pok

ANALISIS RESTRIKSI &


ELEKTROFORESIS DNA

PRE-LAB

1. Apa yang dimaksud dengan elektroforesis?

2. Jelaskan perbedaan elektroforesis DNA dengan elektroforesis


protein?

3. Apa tujuan analisis DNA dengan metode elektroforesis?

4. Jelaskan fungsi dari agarosa?

Lembar Kerja Praktikum Bioteknologi Terpadu 2014

42

5. Bagaimana cara mengatur ukuran pori gel agarosa?

Tangg
al

Lembar Kerja Praktikum Bioteknologi Terpadu 2014

Nilai

43

Paraf
Asisten

LAPORAN PRAKTIKUM
Praktikum 7. Analisis Restriksi dan Elektroforesis DNA
1. Tempelkan gambar gel agarosa hasil elektroforesis DNA kromosom
dan plasmid!

2. Jelaskan tahapan pembuatan gel agarosa!


Tentukan konsentrasi atau presentase agarose yang dibutuhkan dan
hal ini tergantung dari ukuran fragmen DNA yang dianalisis.
Presentase gel agarose yang direkomendasikan, adalah sebagai
berikut:
a. 0,5% agarose untuk fragmen DNA berukuran 1000-30.000pb
b. 0,7% agarose untuk fragmen DNA berukuran 800-12.000pb
c. 1,5% agarose untuk fragmen DNA berukuran 200-3.000pb
d. 2,0% agarose untik fragmen DNA berukuran 50-20.000pb
e. Pilih tipe agarose yang digunakan. Kebanyakan tipe yang
digunakan adalah standart agarose. Misalnya telah ditentukan akan
dibuat 2% gel agarose dalam volume 200 ml 1x buffer TAE, maka
jumlah agarose yang akan ditimbang yaitu: 2 gram/100ml x
200ml=4 gram.
f. Tempatkan 4 gram agarose ke dalam labu erlenmeyer dan isi
dengan larutan 1X Buffer TAE sampai volume 200ml, kemudian
kocok sampai merata.
Lembar Kerja Praktikum Bioteknologi Terpadu 2014

44

g. Panaskan dalam microwave sampai mendidih sampai larutan


menjadi jernih.
h. Didinginkan agarose kira-kira sampai 600C dan tambahkan 5l
ethidium bromide (10mg/ml) dan campur hingga merata.
i. Setelah itu larutan dituang ke dalam tray dan pasang well-forming
combs, tunggu kurang lebih 30 menit atau sampai gel mengeras.
Lepaskan well-forming combs secara perlahan-lahan dan gel
agarose siap digunakan untuk elektroforesis.
3. Jelaskan fungsi larutan tris acetic EDTA (TAE) atau tris boric EDTA
(TBE) pada pembuatan gel agarosa!

2. Jelaskan fungsi etidium bromida dalam elektroforesis DNA!


Etidium bromide akan menginterkalasi (menyisip ke dalam) DNA.
Penggunaan etidium bromide dimaksudkan untuk membantu visualisasi
karena etidium bromide akan memendarkan sinar ultraviolet. Jika gel
disinari dengan ultraviolet dari bawah, maka akan tampak citra berupa
pita-pita pada gel. Pita-pita tersebut adalah molekul-molekul DNA yang
bergerak sepanjang gel setelah dielektroforesis.

3. Ada berapa pita / band yang terbentuk pada elektroforesis DNA


kromosom dan DNA plasmid? Hitunglah ukuran DNA hasil isolasi
anda dengan metode ekstrapolasi?

Lembar Kerja Praktikum Bioteknologi Terpadu 2014

45

4. Apakah ketebalan pita / band berkaitan dengan konsentrasi DNA


hasil isolasi? Jelaskan alasan anda!

5. Faktor apa saja yang mempengaruhi pergerakan DNA dalam


elektroforesis DNA menggunakan gel agarosa? Jelaskan!

Kesimpulan
Elektroforesis adalah teknik pemisahan komponen atau molekul bermuatan berdasarkan
perbedaan tingkat migrasinya dalam sebuah medan listrik. Medan listrik dialirkan pada
suatu medium yang mengandung sampel yang akan dipisahkan. Teknik ini dapat digunakan
dengan memanfaatkan muatan listrik yang ada pada makromolekul, misalnya DNA yang
bermuatan negatif. Jika molekul yang bermuatan negatif dilewatkan melalui suatu medium,
kemudian dialiri arus listrik dari suatu kutub ke kutub yang berlawanan muatannya maka
molekul tersebut akan bergerak dari kutub negatif ke kutub positif. Kecepatan gerak molekul
tersebut tergantung pada nisbah muatan terhadap massanya serta tergantung pula pada
bentuk molekulnya
Daftar Pustaka

Lembar Kerja Praktikum Bioteknologi Terpadu 2014

46

Tang
gal

Lembar Kerja Praktikum Bioteknologi Terpadu 2014

Nilai

47

Paraf
Asisten

Anda mungkin juga menyukai