BIOTEKNOLOGI
TERPADU
NAMA
: Annisa Arlisyah
NIM
: 115100500111022
KELAS
:A
KELOMPOK
:7
2014
Nama
NIM
Kelas
Kelompok
ISOLASI MIKROORGANISME
1 PENGHASIL ENZIM
(AMILASE, PROTEASE, LIPASE)
PRE-LAB
Tangg
al
Nilai
Paraf
Asisten
LAPORAN PRAKTIKUM
Praktikum 1.Isolasi Mikroorganisme Penghasil Enzim (Amilase,
Protease, Lipase)
A. Isolasi Mikroorganisme Penghasil Enzim Amilase
No
.
Jenis
Sampel
Hasil
Pengamata
n Warna
yang
Terbentuk
Kelompok
A (kontrol
+)
Putih
Putih
Kelompok
B (kontrol
+)
Kelompok
C (kontrol
+)
Putih
putih
Kelompok
D (kontrol
+)
Luas
Koloni
(mm2)
Luas
Zona
Hidroliti
k
(mm2)
Keterangan
283
332
3215
2255
82
306
491
829
No
.
Jenis
Sampel
Kelompok
A (kontrol
+)
Putih
Kelompok
B (kontrol
-)
Putih
Kelompok
C (kontrol
+)
Putih
Kelompok
D (kontrol
-)
Luas
Koloni
(mm2)
Luas
Zona
Hidroliti
k
(mm2)
262
Putih
215,6
28339
82
158
60668
-
Keterangan
No
.
Jenis
Sampel
Hasil
Pengamata
n Warna
yang
Terbentuk
Kelompok
A (kontrol
-)
Putih
Putih
Kelompok
B (kontrol
-)
Kelompok
C (kontrol
-)
Putih
Putih
Kelompok
D (kontrol
-)
Luas
Koloni
(mm2)
Luas
Zona
Hidroliti
k
(mm2)
1662
6079
207
346
Keterangan
Pertanyaan:
1. Jelaskan prinsip kerja isolasi mikroorganisme penghasil enzim!
Prinsip kerja isolasi mikroorganisme penghasil enzim adalah
mengencerkan mikroorganisme sehingga diperoleh individu spesies
yang dapat dipisahkan dari organisme lainnya. Setiap koloni yang
terpisah yang tampak pada cawan tersebut setelah inkubasi berasal
dari satu sel tunggal. Sedangka untuk isolasi bakteri penghasil
selullose menggunakan metode isolasi pada medium cair. Metode
isolasi pada medium cair dilakukan bila mikroorganisme tidak dapat
tumbuh pada agar cawan (medium padat), tetapi hanya dapat
tumbuh pada kultur cair. Metode ini juga perlu dilakukan
pengenceran dengan beberapa serial pengenceran. Semakin tinggi
pengenceran peluang untuk mendapatkan satu sel semakin besar
(Winarni, 1997).
2. Mengapa isolat yang dapat menghasilkan enzim amylase, protease,
dan lipase mampu membentuk zona hidrolitik pada media agar?
Jelaskan!
glukosa sebagai unit terkecil. Tiap isolat bakteri yang tumbuh pada media
pati ditetesi dengan larutan iodin untuk melihat kemampuan daya
amilolitiknya. Isolat yang menghasilkan enzim amilase menghasilkan zona
bening pada agar di sekitar koloninya jika ditetesi dengan larutan iodin.
Aktivitas enzim amilase dideterminasi lewat metode DNS dengan
menggunakan pati sebagai substrat. . Supernatan dari kultur enzim
amilase kasar digunakan sebagai sampel enzim. Aktivitas enzim amilase
dihitung berdasarkan data kadar glukosa relatif sebagai mg glukosa yang
dihasilkan oleh 1 ml filtrat kasar amilase. Satu Unit aktifitas enzim
didefenisikan
sebagai banyaknya mol glukosa yang dihasilkan dari hidrolisa pati oleh 1
ml
ekstrak kasar enzim amilase selama masa inkubasi.
Kesimpulan
Prinsip kerja isolasi mikroorganisme penghasil enzim adalah
mengencerkan mikroorganisme sehingga diperoleh individu spesies yang
dapat dipisahkan dari organisme lainnya. Setiap koloni yang terpisah
yang tampak pada cawan tersebut setelah inkubasi berasal dari satu sel
tunggal. Sedangka untuk isolasi bakteri penghasil selullose menggunakan
metode isolasi pada medium cair. Metode isolasi pada medium cair
dilakukan bila mikroorganisme tidak dapat tumbuh pada agar cawan
(medium padat), tetapi hanya dapat tumbuh pada kultur cair. Metode ini
juga perlu dilakukan pengenceran dengan beberapa serial pengenceran.
Semakin tinggi pengenceran peluang untuk mendapatkan satu sel
semakin besar
Daftar Pustaka
Tang
Lembar Kerja Praktikum Bioteknologi Terpadu 2014
Nilai
8
Paraf
gal
Asisten
Nama
NIM
Kelas
Kelom
pok
PRE-LAB
Tangg
al
Nilai
10
Paraf
Asisten
LAPORAN PRAKTIKUM
Praktikum 2. Imobilisasi sel dan enzim
A. Imobilisasi L.Lactis
Jumlah sel terimobilisasi :.(sel/g bead)
= (sel/mL)
1. Apa fungsi Na-Alginat pada percobaan ini?
11
B. Analisa pH
1. Tuliskan data pengamatan Anda pada tabel berikut ini :
Paramete
r
pH
Sel terimobilisasi
pH awal :
Setel Setel Setel Setel
ah
ah
ah
ah
5 jam
10
15
20
jam
jam
jam
Kadar
gula
Sel terimobilisasi
Kadar gula reduksi awal :
..
Setel Setel Setel Setel
ah
ah
ah
ah
5 jam
10
15
20
12
reduksi
jam
jam
jam
jam
jam
jam
Kadar
asam
laktat
Sel terimobilisasi
Kadar asam laktat awal :
..
Setel Setel Setel Setel
ah
ah
ah
ah
5 jam
10
15
20
jam
jam
jam
13
Kesimpulan
Daftar Pustaka
Tangg
al
Nilai
14
Paraf
Asisten
Nama
NIM
Kelas
Kelom
pok
PRODUKSI ETANOL
PRE-LAB
15
Tangg
Lembar Kerja Praktikum Bioteknologi Terpadu 2014
Nilai
16
Paraf
al
Asisten
17
LAPORAN PRAKTIKUM
Praktikum 3. Produksi Etanol
1. Lengkapi tabel hasil pengamatan fermentasi etanol berikut ini!
Perlakuan berbagai konsentrasi gula
Hasil Pengamatan
Konsent
Waktu
Total
rasi gula pengamat
Kadar
OD
pH
gula
(v/v)
an (jam)
etanol
reduksi
0
10%
24
48
72
0
15%
24
48
72
0
20%
24
48
72
Pembahasan :
18
Konsent
rasi
inokulu
m
Waktu
pengamat
an (jam)
Hasil Pengamatan
OD
pH
Total
gula
reduksi
Kadar
etanol
0
5%
24
48
72
0
10%
24
48
72
0
15%
24
48
72
Pembahasan :
19
Yield sel
(YX/S)
yield sel
(YP/S)
0
10%
24
48
72
0
15%
24
48
72
0
20%
24
48
72
Pembahasan :
20
yield sel
(YP/S)
0
5%
24
48
72
0
10%
24
48
72
0
15%
24
48
72
Pembahasan :
Kesimpulan
21
Daftar Pustaka
Tang
gal
Nilai
Nama
NIM
Kelas
Kelom
pok
22
Paraf
Asisten
PRE-LAB
23
Tangg
al
Nilai
Paraf
Asisten
LAPORAN PRAKTIKUM
Praktikum 4. Isolasi DNA Kromosom dan Plasmid
1. Tulislah data hasil absorbansi dari larutan standar DNA (calf
thymus)!
Absorbansi pada panjang
Konsentrasi
gelombang
DNA standar
(g/ml)
280 nm
260 nm
1,0
5,0
Lembar Kerja Praktikum Bioteknologi Terpadu 2014
24
10,0
20,0
30,0
40,0
50,0
60,0
Keterangan :
Nilai absorbansi 1,0 pada panjang gelombang 260 nm setara dengan konsentrasi
50 g DNA per ml.
25
26
1 : 10
1 : 20
6. Jelaskan definisi dari nilai rasio A260/A280 ? Bahaslah nilai rasio tiap
sampel DNA kromosom dan plasmid!
27
28
14.
Apa peranan RNAse pada teknik isolasi DNA plasmid?
Peran dari RNase pada teknik isolasi DNA plasmid adalah untuk
mendegradasi RNA sehingga yang tinggal adalah DNA.
Kesimpulan
Prinsipnya dari teknik isolasi DNA kromosom adalah memisahkan DNA kromosom atau
DNA genom dari komponen-komponen sel lain. Sumber DNA bisa dari tanaman, kultur
mikroorganise, atau sel manusia. Membran sel dilisis dengan menambahkan detergen untuk
membebaskan isinya, kemudian pada ekstrak sel tersebut ditambahkan protease (yang
berfungsi mendegradasi protein) dan RNase (yang berfungsi untuk mendegradasi RNA),
sehingga yang tinggal adalah DNA. Selanjutnya ekstrak tersebut dipanaskan sampai suhu 90
oC untuk menginaktifasi enzim yang mendegradasi DNA (DNase). Larutan DNA kemudian
di presipitasi dengan etanol dan bisa dilarutkan lagi dengan air.
Prinsip dari teknik isolasi DNA plasmid adalah mengekstrak plasmid dan memisahkannya
dari berbagai komponen selular bakteri lainnya seperti protein, lemak, RNA dan DNA
kromosomal. Prinsip isolasi DNA plasmid ada 3 tahap, yaitu :
1.Solution I : mengkondisikan DNA
2.Solution II : denaturasi dan lisis
3.Solution III : Renaturasi
Daftar Pustaka
Tang
gal
Nilai
29
Paraf
Asisten
Nama
NIM
Kelas
Kelom
pok
30
Tangg
al
Nilai
31
Paraf
Asisten
LAPORAN PRAKTIKUM
Praktikum 5. Amplifikasi DNA Metode PCR
1. Tempelkan gambar elektroforesis DNA hasil amplifikasi! Jelaskan
pula hasil praktikum anda!
2. Apa peranan dari sampel DNA pada proses amplifikasi DNA metode
PCR ?
32
33
seperti yang harus dilakukan kalau enzim yang dig unakan adalah
fragmen Klenow DNA polymerase I (Gelfand dan White, 1990).
Kelebihan lain enzim Taq DNA polymerase adalah laju polimerasinya
yang sangat tinggi serta prosesivitasnya yang juga lebih tinggi
disbanding dengan fragmen Klenow.
8. Jelaskan peranan dari tiap tahapan PCR (denaturasi, primer
annealing, elongasi)!
1. Denaturasi merupakan proses memisahkan DNA menjadi utas
tunggal. Tahap denaturasi DNA biasanya dilakukan pada kisaran
suhu 92 95 oC. Denaturasi awal dilakukan selama 1 3 menit
diperlukan untuk meyakinkan bahwa DNA telah terdenaturasi
menjadi untai tunggal. Denaturasi yang tidak berlangsung secara
sempurna dapat menyebabkan utas DNA terputus. Tahap denaturasi
yang terlalu lama dapat mengakibatkan hilangnya aktivitas enzim
polimerase.
2. Annealing merupakan proses penempelan primer. Tahap
annealing primer merupakan tahap terpenting dalam PCR, karena
jika ada sedikit saja kesalahan pada tahap ini maka akan
mempengaruhi kemurnian dan hasil akhir produk DNA yang
diinginkan. Faktor yang mempengaruhi tahap ini antara lain suhu
annealing dan primer. Suhu annealing yang terlalu rendah dapat
mengakibatkan timbulnya pita elektroforesis yang tidak spesifik,
sedangkan suhu yang tinggi dapat meningkatkan kespesifikan
amplifikasi. Kenaikan suhu setelah tahap annealing hingga
mencapai 70740C bertujuan untuk mengaktifkan enzim TaqDNA
polimerase. Proses pemanjangan primer (tahap extension) biasanya
dilakukan pada suhu 72 oC, yaitu suhu optimal untuk TaqDNA
polimerase. Selain itu, pada masa peralihan suhu dari suhu
annealing ke suhu extension sampai 70 oC juga menyebabkan
terputusnya ikatan-ikatan tidak spesifik antara DNA cetakan dengan
primer karena ikatan ini bersifat lemah. Selain suhu, semakin lama
waktu extension maka jumlah DNA yang tidak spesifik semakin
banyak.
3. Extension merupakan proses pemanjangan DNA. Dalam tahap
extension atau sintesis DNA, enzim polimerase bergabung bersama
dengan nukleotida dan pemanjangan primer lengkap untuk sintesis
sebuah DNA utas ganda. Reaksi ini akan berubah dari satu siklus ke
siklus selanjutnya mengikuti perubahan konsentrasi DNA.
Hasil sintesa DNA dalam satu siklus dapat berperan sebagai cetakan
(template) pada siklus berikutnya sehingga jumlah DNA target
menjadi berlipat dua pada setiap akhir siklus. Dengan kata lain DNA
target meningkat secara eksponensial, sehingga setelah 30 siklus
akan menjadi milyaran amplifikasi DNA target.
9. Mengapa diakhir proses amplifikasi dilakukan teknik elektroforesis?
Untuk melihat hasil dari proses amplifikasi DNA. Elektroforesis
Lembar Kerja Praktikum Bioteknologi Terpadu 2014
34
Tang
gal
Nilai
35
Paraf
Asisten
Nama
NIM
Kelas
Kelom
pok
CITRA ANGGRAENI
115100500111024
A
7
TRANSFORMASI PLASMID
PRE-LAB
36
Tangg
al
Nilai
37
Paraf
Asisten
LAPORAN PRAKTIKUM
Praktikum 6. Transformasi Plasmid
1. Mengapa pada LB agar ditambahkan ampisilin konsentrasi 100
g/ml?
Ampisilin berperan sebagai marka seleksi,yaitu gen yang member
kharakteristik baru pada sel transforman yang tidak dimiliki oleh sel
bukan transforman. Jadi biakan yang sudah mengandung DNA
rekombinan berupa suatu gen yang menyandi ampisilin tersebut
akan tetap hidup dalam media LB yang sudah ditambah ampisilin,
sedangkan biakan yang tidak mengandung ampisilin maka akan
mati. Ampisilin merupakan senyawa antibiotic yang bersifat toksik.
Biakan akan mati karena ketoksikan ampisilin jika dalam DNA nya
tidak mengandung suatu gen untuk mendegradasi ampisilin. Fungsi
ini membuat ampisilin sering digunakan untuk menyeleksi DNA
plasmid karena ampisilin dapat bersifat selektif
2. Apa peranan dari sel Escherichia coli DH5?
Strain DH5a adalah salah satu jenis yang paling umum digunakan untuk teknonolgi
DNA rekombinan. Berikut adalah mutasi dari strain DH5a yang berguna untuk teknik
DNA rekombinan: endA1, recA1, deoR, gyrA96 dan lacZM15
3. Apa yang dimaksud dengan sel kompeten?
Sel kompeten merupakan sel yang memiliki kemampuan untuk disisipi DNA dari
luar. Praktikum ini menggunakan sel E. coli sebagai sel kompeten. Sel tersebut
kemudian digunakan untuk transformasi yaitu disisipkannya plasmid ke dalam sel
tersebut. Sel yang telah ditransformasi disebut transforman (Lodish et al.) sehingga
dapat diperoleh koloni E. coli dalam cawan
4. Apakah sel Escherichia coli DH5 dapat diganti dengan sel
mikroorganisme yang lain? Jelaskan alasan anda!
38
39
Kesimpulan
Prinsip transformasi adalah penyisipan gen asing ke dalam gen mahluk
hidup melalui suatu proses khusus, salah satunya adalah heat shock
yaitu perubahan permeabilitas dinding sel secara cepat untuk memaksa
plasmid masuk ke dalam sel baru dan terekspresikan.
Daftar Pustaka
Tang
gal
Nilai
40
Paraf
Asisten
41
Nama
NIM
Kelas
Kelom
pok
PRE-LAB
42
Tangg
al
Nilai
43
Paraf
Asisten
LAPORAN PRAKTIKUM
Praktikum 7. Analisis Restriksi dan Elektroforesis DNA
1. Tempelkan gambar gel agarosa hasil elektroforesis DNA kromosom
dan plasmid!
44
45
Kesimpulan
Elektroforesis adalah teknik pemisahan komponen atau molekul bermuatan berdasarkan
perbedaan tingkat migrasinya dalam sebuah medan listrik. Medan listrik dialirkan pada
suatu medium yang mengandung sampel yang akan dipisahkan. Teknik ini dapat digunakan
dengan memanfaatkan muatan listrik yang ada pada makromolekul, misalnya DNA yang
bermuatan negatif. Jika molekul yang bermuatan negatif dilewatkan melalui suatu medium,
kemudian dialiri arus listrik dari suatu kutub ke kutub yang berlawanan muatannya maka
molekul tersebut akan bergerak dari kutub negatif ke kutub positif. Kecepatan gerak molekul
tersebut tergantung pada nisbah muatan terhadap massanya serta tergantung pula pada
bentuk molekulnya
Daftar Pustaka
46
Tang
gal
Nilai
47
Paraf
Asisten