Essay of Marine Biotechnology

This essay was structured to meet the task of marine biotechnology that fostered
by Bapak Ade Yamindago, S. Kel, M.Sc

oleh:
Kelompok 2

Restu Yulfierisa
M Ramadhani Marfatah
Fajrina Sita Dewi
Yusrina Rizqi Amalia
Septian Bagaskara
Annisa Fardaniyah
Rine Sri Arini
Desi Mahmudah
Dio Aditya Murtianto
Ririn Hindaning K

125080600111050
125080600111060
125080600111061
125080600111063
125080600111065
125080600111094
125080601111007
125080601111010
125080601111013
125080601111017

Program Studi Ilmu Kelautan

Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan
Universitas Brawijaya
Malang
2014

1. PENDAHULUAN
1.1

Latar Belakang
Pycnogonida adalah laba-laba laut yang termasuk kelompok dari arthropoda

laut yang terdiri lebih dari 1100 spesies, terdapat di daerah tropis sampai laut kutub,
dari pesisir sampai perairan dalam. Hewan ini berukuran sekitar 2mm samai 700mm.
Pycnhogonida sering disebut sebagai saudara setaksonomi dari arthropod.
Penelitian lain yang dilakukan menghasilkan kontroversi tentang status pycnogonida
sebagai hubungan dari chelicerata atau arthropod. Pycnogonids menampilkan
berbagai ciri khas seperti taksa dengan segmen tubuh ekstra (Hedgpeth, 1947),
keturunan melekat pada induk jantan (Arnaud dan Bamber, 1987) dan senyawa
kimia tidak hadir dalam setiap kelompok hewan lain (Tomaschko 1997). Kekurangan
dari fosil yang ada membuat ketidak yakinan atau ketidak akuratan tentang sejarah
evolusi dari pycnogonoid. Meskipun demikian, fosil devonian Palaeoisopus
problematicus Broili digunakan untuk menduga kondisi nenek moyang dari grup ini,
menemukan larva pycnogonoid dari orsten cambrian tingkat atas diintrepretasikan
sebagai bukti baru bahwa pycnogonoid berhubungan dengan chelicerata.
Adanya kurang pemahaman terhadap posisi dari laba-laba laut dari
hubungan filogenetik di kelompok ini. Penelitian ini menunjukan hubungan filogeni
dari pycnogonoid pada tingkat famili, dan tidak ada satupun yang secara jelas
menggunakan teknik analisis kladistik. Hedgpeth (1955) mengusulkan klasifikasi dari
8 famili dari pycnogonoid berdasarkan adanya dan kompleksitas dari chelifor atau
sungut dan oviger.
Sejauh ini, hipotesis dari kecenderungan evolusi pada penurunan secara
berturu-turut pada sejumlah bagian dari appendage belum diuji dalam teknik kladistik
dan kebenaran dari famili monophylet khususnya ammotheidae dan callipalenidae
harus direvisi. Pada penelitian ini mengasumsikan dari kecenderungan penurunan
pada pycnogonida dengan pengujian persamaan atau afinitas filogenetik diantara
garis keturunan menggunakan analisis kladistik kuantitatif.
Ketika berhadapan dengan filogenetik tingkat tinggi, sampling takson bisa
mempengaruhi hasil topologies. Pycnogonida dikarakteristikan dengan baik, di mana
secara morphological berbentuk seperti plastik atau kenyal. Pada analisis ini, banyak

1| Molecular Phylogeny

pendekatan yang dilakukan. Meskipun tidak dilakukan secara mendalam karena

luasnya perbedaan dalam beberapa taksa dan tidak tersedianya bahan.
1.2

Rumusan Masalah
1. Bagaimana cara identifikasi dan klasifikasi Pycnogonida ?
2. Bagaimana cara pengambilan sampel pada Pycnogonida ?
3. Bagaimana metode yang dilakukan dalam proses identifikasi dan klasifikasi
Pycnogonida ?
4. Apakah ditemukan hasil yang berbeda dari pengambilan sampel yang
berbeda pada Pycnogonida ?

1.3

Tujuan
1. Untuk mengetahui cara identifikasi dan klasifikasi Pycnogonida
2. Untuk mengetahui cara pengambilan sampel pada Pycnogonida
3. Untuk mengetahui metode yang dilakukan dalam proses identifikasi dan
klasifikasi Pycnogonida
4. Untuk mengetahui perbedaan hasil dari pengambilan sampel yang berbeda
pada Pycnogonida

Molecular Phylogeny

2. BAHAN DAN METODE

2.1

Bahan dan Metode (Jurnal 1)

Pada jurnal penelitian morphological phylogenetics of the sea spiders

(Anthropoda: Pycnogida) menggunakan karakter dari Pycnogonid. Total 38 spesies

yang termasuk ke dalam 21 genus dari pycnogonida yang masih ada dan 1 fosil
spesies yang masuk dalam analisis, Palaeoisopus problematicus. Ammuthoridae
dan Callipallenidae, famili terbanyak diversitasnya dalam morphologi dan jumlah
genus dengan 8 dan 5 genus secara berturut-turut. Beberapa karakter yang
mempengaruhi seleksi dari spesies dalam analisis. Genus yang memliki lebih dari 1
spesies termasuk ke dalam intragenerik polimorfis (ketika dua atau beberapa fenotip
yang berbeda ada dalam populasi suatu spesies - atau, dalam kata lain, kemunculan
lebih dari satu bentuk) contohnya adalah Achelia Hodge. Transitioanl atau taksa
yang masih diragukan seperti Endeis Philippi, yang statusnya masih diperdebatkan,
juga termasuk untuk melengkap tes seperti hipotesis taksonomi. Banyak dari
informasi karakter secara filogenetik dalam pycnogonida berasal dari tidakadanya
struktur di taksa arhtropod lainnya.
1. Karakter
Tiga puluh enam karakter morfologi dari sea spiders telah dinilaikan pada
38 spesies (Lampiran 1, Tabel 1). Dari total nomor karakter, 20 termasuk binary
dan 16 dikodekan sebagai multistate. Untuk karakter multistate itu mengacu
pada jumlah segmen anggota tubuh. Semua enam belas karakter multistate
awalnya diperlakukan sebagai unordered. Bahkan jika analisis unordered
dibenarkan karena transformasi karakter seharusnya tidak diasumsikan tetapi
diuji oleh analisis cladistic (Hauser & Presch 1991), asumsi berbeda dari
transformasi

karakter

(misalnya

'unordered'

dan

'ordered')

dibandingkan (Wilkinson 1992). Pertentangan diantara

seharusnya

alternatif perlakuan

menyiratkan bahwa filogenetik sensitif terhadap asumsi evolusi karakter

(Wilkinson 1992), dan pilihan kemudain harus dibuat. Karakter multistate untuk
hipotesis dari seri transformasi dapat diasumsikan (misalnya 10-segmen ke 9segment ke 7-segmen ke 6-segmen, dll) yang telah dikodekan keduanya
sebagai unordered dan ordered (karakter 1, 5, 7, 8, 10 pada Lampiran 1), dan
hasil dari Kedua Analisis dibandingkan.
Molecular Phylogeny

2. Evaluasi Karakter
Analisis dilakukan tanpa menetapkan sebuah polaritas priori ke karakter.
Hubungan outgroup dan polarisasi karakter Sulit merupakan kesulitan yang
muncul

dalam pycnogonids karena kurangnya taxa yang terpercaya. P.

Problematicushas tidak dibatasi sebagai outgroup untuk mempolarisasi

karakter. Itu diharapkan untuk menyediakan akar untuk pohon tetapi tidak
digunakan untuk perbandingan outgroup lengkap. Asumsi dapat dibuat
mengenai keadaan nenek moyang dari beberapa karakter, tapi tidak ada alasan
untuk menganggap bahwa Karena P. Problematicusis punah dan mungkin lebih
tua daripada bentuk-bentuk yang masih ada, karena itulah, semua karakter
adalah plesiomorphic.
3. Chelifore
Chelifores pada sea spider diyakini sama dengan chelicerae pada kelas
Arachnida. Kehadiran chelifores pada pycnogonida dewasa dianggap bagian
plesiomorphic

(primitif)

yang

berdasarkan

dari

perbandingan

outgroup

(membandingkannya dengan chelicerae) dan pada kriteria ontogenetik (proses

perkembangan organisme), karena semua larva dan juvenil pada pycnogonida
memiliki chelifores. Chelifores benar-benar berfungsi secara optimal pada labalaba dewasa dari semua anggota keluarga Nymphonidae, Phoxichilidiidae (tidak
termasuk
genus Endeis), dan sebagian besar pada spesies Callipallenidae.
Di sebagian besar spesies modern saat ini, beberapa chelifores sudah
mengalami reduksi dan sebagian memiliki chelifores primitif. Perbedaan
pengurangan chelifores ditemukan dalam Ammotheidae, beberapa spesies pada
famili ini sepenuhnya memiliki senyawa khelat hal ini dikarenakan spesies pada
famili ini tidak memiliki chelifores tapi hanya memiliki segmen tunggal yang
pendek pada bagian depan cephalon. Keadaan apomorphic dari tidak adanya
pelengkap inilah yang merupakan karakteristik dari Pycnogonidae. Pada spesies
dari famili Austrodecidae, Rhynchothoracidae, dan genus Endeis terdapat duri
pada chelifores dan gigi yang mengandung senyawa khelat dan kemungkinan
memiliki informasi filogenetik yang penting. Karakter-karakter ini telah dikodekan
di antara bentuk-bentuk chelifores pada ketiga famili tersebut. Yang pertama
Molecular Phylogeny

adalah tampak dari karakter chelifores dan gigi stabil pada beberapa genus
Ammotheidae (Nymphopsis Haswell, Ammothella,Achelia). Fosil P. roblematicus
tidak memiliki duri pada chelifores dan gigi.
Sea spider atau pycnogonida telah diklasifikasikan berdasarkan karakter
morfologi yang berdasar pada tidak adanya chelifores, dan hasilnya semua
pycnogonida dewasa tidak memiliki chelifores, tetapi ada ketidakmungkinan,
atau setidaknya belum terbukti, bahwa semua pycnogonida dewasa tidak
memiliki chelifores sesuai dengan filogenetik yang saling terkait
4. Palps
Palps pada pycnogonida dianggap sama dengan pedipalps pada achnida.
Sama halnya dengan chelifores, ketiadaan palps merupakan fitur yang
digunakan untuk mengklasifikasi genus ke dalam famili. Apabila palps itu ada
palps itu sangat kecil, bentuk segmen mereka menunjukkan variasi yang luas,
dari yang lebih dari sepuluh segmen menjadi satu segmen. Hal ini diasumsikan
palps pada pycnogonida merupakan palps primitif (Stock 1994, Munilla 1999).
Sepuluh segmen palps dikodekan pada beberapa famili Ammotheidae (seperti
Eurycyde schiodte dan Ascorhynchus) dan pada famili Colossendeidae,
walaupun terdapat perbedaan dalam beberapa literatur mengenai perhitungan
segmen pada palps, palps dengan jumlah sembilan, delapan atau enam segmen
yang ditemukan pada famili Ammotheidae, Austrodecidae, Rhynchothoracidae
dan beberapa Callipallenida, jumlah segmen pada palps tersebut berasal dari
proses polimorfik di dalam beberapa genus dari Ammotheidae (seperti
Tanystylum dan Aschorhynchus), dimana terdapat perbedaan bentuk yang
terjadi pada jenis organisme tertentu atau organisme dari spesies yang sama
terlepas dari variasi seksual.
5. Ovigers
Berbeda dengan chelifores dan palps, struktur ovigers pada pycnogonida
(sea spider) tidak memiliki kesamaan dengan ovigers pada pycnogonida dalam
kelompok arthropoda lainnya. Tidak atau adanya ovigers pada sea spider
menunjukkan derajat yang berbeda dari pengurangan anggota tubuh dan pola
segmentasi. Karakter ini bervariasi antara jantan dan betina. Ovigers yang
tersegmentasi sebanyak sebelas segmen di sini diasumsikan terjadi pada P.
Molecular Phylogeny

problematicus jantan dan betina,karena proses fertilisasi tidak dapat dibedakan

dalam radiografi dari fosil. Kehadiran ovigers dan jumlah segmen diberi kode
secara terpisah untuk jantan dan betina karena mereka merupakan dimorfik
seksual. Betina Pycnogonidae, Phoxichilidiidae dan Endeis tidak memiliki ovigers
sepenuhnya. Cakar terminal dari Nymphonidae dan beberapa Ammotheidae dan
Callipallenida bisa berasal dari segmen kesebelas dari oviger yang diamati pada
fosil. Namun, kondisi leluhur dalam kelompok bisa menjadi kehadiran
dari cakar terminal sebagai sisa dari cakar utama propodus (Arnaud & Bamber
1987). Dengan demikian, hilangnya cakar terminal dapat dilihat sebagai kondisi
apomorphic. Berbagai jenis duri ada terdapat pada segmen terminal ovigers,
atau Duri dapat benar-benar tidak ada, seperti dalam anggota Phoxichilidiidae
dan Pycnogonidae (Stock 1994). Nymphonidae, Callipallenidae, Colossendeidae
dan anggota dari Ammotheidae memiliki senyawa atau duri denticulate. Duri
denticulate umumnya diatur dalam satu baris di empat segmen terakhir.
6. Tungkai
Karakteristik propodus berguna untuk memisahkan antara genus dan
spesies dari pycnogonida. Kehadiran cakar tambahan atau 'ungues' telah
menjadi karakter penting untuk mengenali afinitas dari genus Ammotheid dan
Callipallenid, dan spesies pada Nymphonidae dan Phoxichilidiidae. Cakar
tambahan pada pycnogonida tidak jelas, dan kesamaan dengan morfologi
leluhur belum ditetapkan dengan struktur yang sama dengan subfilum
chelicerate seperti cakar tridactyl yang diyakini bentuk cakar tambahan pada
pycnogonida sama seperti leluhur (misalnya pada Nothrus sp. (Acari); van der
Hammen, 1986). Kehadiran duri pada propodus pycnogonida disertakan untuk
memeriksa informasi filogenetik.

Molecular Phylogeny

Pori-pori genital atau gonopores terletak bagian pada perut di coxa kedua
yang terdapat pada satu, dua, tiga, atau semua pasang kaki. Beberapa bukaan
gonad pada pycnogonida diasumsikan menjadi kondisi plesiomorphic bila
dibandingkan dengan subfilum chelicerata dan euarthropoda secara umum
(Boudreaux 1979). Sebagian besar laba-laba laut betina memiliki gonopores
pada semua pasangan kaki, tetapi pada Rhynchothorax Costa dan Pycnogonum
Brunnich betina, memiliki satu pasang gonopores. Pada Pycnogonida ini
merupakan karakter yang dapat dianggap sebagai kerugian sekunder yang
terjadi secara independen dalam garis keturunan yang berbeda. Dalam
beberapa anggota Ammotheidae dan Phoxichilidiidae, pori-pori genital jantan
terdapat pada bagian ventral yang menonjol pada coxa, yang muncul sebagai
spesialisasi independen dari saluran reproduksi.
7. Badan
Molecular Phylogeny

Segmentasi pada bagian badan pycnogonida dapat dengan jelas

dibedakan dengan tanda pada garis dorsal, yang merupakan bagian tubuh
spesies yang umum dan mungkin berasal dari nenek moyang, tapi banyak
spesies yang menunjukkan tidak adanya sebagian atau seluruh garis
segmentasi. Kurangnya segmentasi lebih sering terjadi dalam bentuk garis
dorsal yang terlalu rapat meskipun pada spesies Colossendeis, banyak terdapat
proses lateral yang terpisahkan, tidak menunjukkan tanda-tanda segmentasi
pada badan.
Posisi tuberkulum okular satu hubungan dengan segmen cephalic yang
dieksplorasi sebagai karakter filogenetik. Posisi posterior adalah synapomorphy
dari Nymphonidae dan Callipallenidae, diyakini menjadi bagian khusus tanpa
implikasi biologis yang ditemukan sejauh ini. Bentuk tuberkulum, meskipun
beragam dalam kelompok, bagian ini tidak berguna sebagai karakter filogenetik
karena tuberkulum sering memiliki sifat variasi intraspesifik sehingga tidak dapat
dibedakan antara tuberkulum individu satu dengan individu lainnya (contoh yang
ditunjukkan di King 1973). Sebuah anterior kap cephalic di mana proboscis yang
tertanam terjadi pada Cilunculus ammotheid dan telah dikodekan sebagai
autapomorphy untuk genus. Posisi perut pycnogonida agak konsisten dalam
kelasnya yaitu pycnogonida.
Posisi perut yang horizontal diasumsikan bersifat plesiomorphic (primitif)
bila dibandingkan dengan kelompok arthropoda lainnya, juga merupakan bagian
yang sering diamati dengan fosil P. problematicus. Karakteristik nenek moyang
hadir di beberapa taksa, tetapi signifikasi bentuk perut belum dijelaskan..
8. Proboscis
Proboscis dari pycnogonida telah dianggap sama dengan proboscis pada
polychaetes (Henry 1953 dikutip dalam 112 Arango Org. Diver. Evol. (2002) 2,
107-125 Hedgpeth 1954, Sharov 1966), mengatakan disarankan penempatan
dari laba-laba laut lebih dekat dengan arthropoda darat daripada arthropoda dari
subfilum Chelicerata (Sharov 1966). Fry & Hedgpeth (1969) mencoba untuk
mengkodekan bentuk yang berbeda dari proboscis menggunakan sistem bentuk
geometris dan koordinat. Pengkodean yang disajikan dalam penelitian ini
didasarkan pada lima jenis utama bentuk proboscis yang diusulkan oleh penulis
Molecular Phylogeny

dengan menggunakan kriteria geometris tetapi tidak menggunakan sistem

koordinat (lihat Electr. Suppl., Pt 2). Bentuk proboscis tertentu yang berukuran
panjang

biasanya

dapat

menentukan

keluarga

dan

marga.

Pada Colossendeidae dan Austrodecidae proboscis lebih panjang. Posisi ventral

proboscis dijelaskan dalam spesies fosil (Bergstrm et al. 1980). Posisi ini sama
seperti yang diamati pada karakteristik dasar pada genus ammotheid (misalnya
Eurycyde, Ascorhynchus dan Cilunculus) juga pada genus Callipallene dari
Pseudopallene. Fry (1965) menunjukkan relevansi filogenetik kemungkinan
karakteristik otot dan struktur internal dari proboscis. Terdapat hanya enam
informasi spesies dari lima genera yang berbeda, sehingga karakter ini tidak
dapat didefinisikan dalam analisis ini. Morfologi adaptasi terhadap mangsa,
seperti yang ditunjukkan pada Austrodecus,Rhynchothorax dan Pycnogonum
(Fry 1965), juga bisa lebih jauh diselidiki untuk implikasi evolusioner.
9. Analisis kladistik
Analisis kekurangan dari pendekatan kelebihan berat di bagian belakang
tubuh, menggunakan implikasi dari berat dari paket orang kecil (), yang
dilakukan untuk memproduksi phylogeny dari Pycnogonida berdasarkan
karakter morfologi. Sebagai pendahuluan dari eksplorasi dan untuk menentukan
perbandingan dengan analisis implikasi berat. Goloboff menyimpulkan terkait
metode yang dibuat menggunakan bukti dari homoplasy untuk memperkirakan
kehandalan dari individu itu. Itu tidak didasarkan pada estimasi dari berat dan
hasil maksimum, dimana mengimplikasikan karakter ke keadaan maksimumnya.
Kemampuan individu optimalnya dihitung dengan fi = k /(k + es),dimana k
adalah koefisien konstan yang merubah concavity dari fitting function ke
homoplastic karakter untuk dapat lebih terpengaruh, dan es adalah jumlah
stepnya.

2.2

Bahan dan Metode (Jurnal 2)

Pada jurnal penelitian Molecular approach to the phylogenetics of the Sea

menggunakan molekul sebagai identifikasi DNAnya. Bahan dan metode nya adalah
sebagai berikut.
Molecular Phylogeny

Sampling Data Molekuler

Data molekuler diperoleh untuk enam perwakilan gen dari delapan garis

keturunan atau keluarga pycnogonids. Sebagian besar spesimen dikumpulkan

selama studi taksonomi pycnogonids dari perairan dangkal Queensland Utara,
Australia (Arango, 2003). Pallenopsis schmitti dikumpulkan dari subtidal soft-minum
dari Kolombia Karibia (lihat Arango, 2000) Urutan parsial dari 18S diperoleh selama
sembilan pycnogonid taksa termasuk urutan yang tersedia di Gen-Bank (nomor
aksesi pada Tabel 1). Enam keluarga diwakili dan tiga gen dari Ammotheidae
dimasukkan. Beberapa chelicerate dan-arthropoda terkait taksa dimasukkan sebagai
luar kelompok berdasarkan hasil studi filogenetik arthropoda (Giribet dan Ribera,
2000). Urutan parsial 28S rDNA diperoleh dari 11 spesies yang mewakili semua
keluarga laba-laba laut kecuali Pycnogonidae dan Rhynchothoracidae. Fragmen D4D7 dari 28S rDNA tidak diurutkan untuk chelicerates atau erat kelompok terkait dan
tidak tersedia untuk taksa outgroup.

Persiapan Sampel Molekul

Sampel DNA diperoleh dari 90-95% etanol yang diawetkan, sedangkan

sampel yang sudah lama diawetkan dalam 70% etanol dan digunakan ketika
spesimen yang baru tidak tersedia. Keseluruhan individu atau sepotong jaringan dari
kaki yang digunakan untuk ekstraksi tergantung pada ukuran individu (Walsh et al.,
1991). V4 wilayah dari 18S rDNA PCRamplified menggunakan primer dirancang
untuk tungau prostigmatid (Black et al, 1997; Otto dan Wilson, 2001.)
Mite18S-F (50 ATATTGGAGGGCAAGTCTGG 30) dan mite18S-R (50
TGGCATCGTTTATGGTTAG 30). Amplifikasi dilakukan dalam 20 ll reaksi dengan
0.5U dari Taq Polymerase (Qiagen), 2 Lm dNTP, dan 10lMof setiap primer.
ThePCRamplification terdiri dari 2 menit langkah denaturasi pada 94 _Cfollowed
oleh 35 siklus pada 94 _C selama 30 s, 50 _C selama 30 s, 72 _C selama 1 menit
30 detik, dan ekstensi akhir pada 72 _C selama 10 menit. Pada beberapa
kesempatan yang '' touchdown '' Program PCR (51-49 _C) digunakan. The 28S
fragmen dari D4 ke wilayah D7 diamplifikasi menggunakan pasangan primer
28SD3N-50 TAGTA GCTGGTTCCTTCCG 30 [bentuk terbalik komplementer 28Sb
di Whiting et al. (1997)], dan 28SD7C-50 GACTTCCCTTACCTACAT 30, yang
Molecular Phylogeny

10

digunakan dalam studi filogeni tingkat tinggi Diptera (Friedrich dan Tautz, 1997).
Amplifikasi dilakukan dalam 20-25 ll reaksi dan kondisi yang sama dengan yang
digunakan untuk amplifikasi 18S urutan. Program dasar PCR termasuk 2 menit
langkah denaturasi pada 94 _Cand 40 siklus amplifikasi (92 _C selama 45 s, 50 _C
selama 1 menit, dan 72 _C selama 1 menit 30 detik) dan 72 _C selama 10 menit di
akhir. Sebagian besar produk PCR dimurnikan menggunakan Qiagen PCR
Pemurnian Kit (Qiagen). Atau, metode presipitasi isopropanol 70% dilakukan sesuai
dengan petunjuk manufacturer_s (ABI).
TABEL 1
Spesies yang termasuk dalam studi dan jenis data yang digunakan untuk masingmasing

Karakter Morphologi dari Arango (2002)

Molecular Phylogeny

11

Sebagai pembanding antara gen dan untuk analisis gabungan , urutan

28S dari Colossendeis megalonyx telah dipasangkan dengan urutan 18S
Colossendeis sp . Urutan 28S Callipallene novaezealandiae telah dipasangkan
dengan urutan 18S dari Callipallene sp . Urutan 28S Anoplodactylus proliferus
telah dipasangkan dengan urutan 18S dari Anoplodactylus tenuicorpus .
urutan 28S Achelia memiliki assimilis dipasangkan dengan urutan 18S dari
Achelia echinata . Urutan 28S Endeis biseriata telah dipasangkan dengan
urutan 18S dari Endeis laevis . sequence tersebut di dapat dari Giribet dan
Ribera ( 2000) .
Sampel sequencing tersebut langsung di letakkan

saling berhadapan

menggunakan otomatis ABI prisma 377 sequencer DNA menggunakan Dye

Terminator Urutan Kit ( Applied Biosystems ) . Setiap siklus Reaksi sequencing
dilakukan dalam reaksi 20
dan 1

mengandung 8

Mof primer dan dH2Oto20

BDTmix , 10 ng / ml produk PCR ,

. Produk ersebut diendapkan dengan 70 %

isopropanol , disentrifugasi selama 20 menit pada 13.000 rpm . Pelet dibilas dengan
500

dari 70 % isopropanol dan spin- kering pada 1300 rpm selama 5 menit.
Urutan DNA yang seimbang dengan menggunakan Clustal W ( Thompson

et al . , 1994) dengan parameter keselarasan kemudian diteliti dan disesuaikan

menggunakan MacClade ( Maddison dan Maddison , 1992 ) untuk sesuai dengan
model struktur sekunder (Black et al . , 1997) . Urutan primer dikeluarkan dari
analisis . Frekuensi dasar dan dikoreksi rata berpasangan urutan divergensi dihitung
antara taksa untuk setiap data diatur di bawah penghapusan lengkap kesenjangan
dalam PAUP * 4 V4.0b8 ( Swofford , 2000 ) dan MEGA 2.1( Kumar et al . , 2001) .
Keberpihakan dapat ditemukan sebagai pelengkap materi yang tersedia secara
online pada Molekuler Filogenetik dan Evolusi situs web : www.academicpress . com
/ mpe .

Sampling pada Morphological Data

Sampling data pada morphological diambil dari 13 gen dalam analisis

molekuler yang diambil dari penelitian sebelumnya ( Arango , 2002) untuk dianalisa
dalam analisis simultan dengan data molekuler . Rincian sampling takson ,koleksi
daerah , dan bahan disimpan untuk morfologi studi (Arango , 2002) . Taksa yang
digunakan dalam analisis gabungan ditunjukkan pada Tabel 1 .
Molecular Phylogeny

12

Analisis Filogenetik
Pada analysis phylogenetic pada jurnal ini menggunakan analisa maximum

parsimony (MP) dan maximum likelihood (ML). analisa kedua ini dilakukan dengan
menggunakan cabang dan pencarian terkait di PAUP. Pada analisis maximum
likelihood (ML) dilakukan dengan pengaturan parameter yang diidentifikasi sebagai
optimal untuk kumpulan data oleh Modeltest ( Posada dan Crandall, 1998), yang
membandingkan model kebaikan -of - fit dengan menggunakan hierarchical
likelihood ratio tests ( hLRTs ) dan Akaike Information Criterion ( AIC ) ( Posada dan
Crandall , 2001). Sedangkan untuk analisa maximum parsimony ( MP) tidak
dijelaskan dalam jurnal penelitian ini.

Molecular Phylogeny

13

3. HASIL PENELITIAN
3.1

Hasil Penelitian (Jurnal 1)

Pada hasil penelitian pertama pada jurnal Morphological phylogenetics of

the sea spiders (Arthropoda: Pycnogonida) diperoleh hasil bahwa penelitian filogeni
pada sea spider menggunakan metode pengkodean reduktif. Tujuan digunakannya
metode pengkodean reduktif adalah untuk mengidentifikasi bagian karakter yang
tidak berhubungan ketika karakter tertentu tidak ada dalam beberapa taksa. Dalam
pycnogonida, hal ini merupakan masalah besar ketika fitur pengkodean morfologi
eksternal, khususnya bagi anggota badan cephalic dan kelenjar semen ketika tidak
terdapat dalam beberapa taksa yang menunjukkan karakter yang tidak berhubungan
(misalnya jumlah segmen palp dalam beberapa taxa tidak memiliki palps).
Analisis dilakukan tanpa menetapkan sebuah polaritas priori ke karakter.
Hubungan outgroup dan polarisasi karakter merupakan kesulitan yang muncul
dalam identifikasi pycnogonida karena kurangnya taxa yang terpercaya. P.
Problematicus sebagai acuan identifikasi tidak dibatasi sebagai outgroup untuk
mempolarisasi karakter dari sea spider. Dan juga menggunakan arthropoda lain
untuk membandingkan karakter morfologi lainnya.
Penelitian ini dimulai dari bagian tubuh chelifores. Istilah 'chelifores'
mengacu ke pasangan pertama anggota badan bagian atas pada cephalon.
Chelifores pada pycnogonida (sea spider) diyakini homolog terhadap Chelicerae
pada Arachnida.
Kemudian untuk palps dianggap homolog untuk arachnida. Seperti dengan
chelifores, tidak adanya palps adalah fitur yang digunakan untuk mengklasifikasikan
genera ke dalam families. Jumlah palps diasumsikan sebagai kondisi plesiomorphic.
Jantan dan betina sebagian besar memiliki kesamaan dalam kaitannya dengan
palps, keberadaan / ketiadaan dan jumlah segmen yang telah dikodekan secara
terpisah pada setiap jenis kelamin.
Ovigers berbeda dengan chelifores dan palps, tidak ada pasangan atau
struktur homolog dengan ovigers dari pycnigonids dalam kelompok arthropoda
lainnya. Karakteristik ovigers antara jantan dan wanita bervariasi. Keberadan ovigers
dan jumlah segmen untuk jantan dan betina di kodekan secara terpisah karena
secara seksual mereka dimorfik. Ovigers mengalami modifikasi dari nenek moyang
Molecular Phylogeny

14

mereka sebelumnya yang dianggap sebagai sisa dari cakar utama propodus dan
pada akhirnya hal ini diasumsikan sebagai sebuah kaki termodifikasi dan hal ini juga
dapat dilihat sebagai apomorphic.
3.2

Hasil Penelitian (Jurnal 2)

Hubungan filogenetik antara garis keturunan evolusi utama dari laba-laba

laut (subphylum Pycnogonida) diselidiki menggunakan urutan parsial DNA nuklir,

18S, dan 28S gen ribosom. Hal ini bertujuan untuk mengidentifikasi perbedaan
topologi yang diperoleh dengan analisis terpisah dengan menggunakan 18S dan
28S ribosomal DNA, dan memperkirakan perbedaan filogeni secara signifikan antara
satu set data molekuler gabungan (18S dan 28S) dan subset dari matriks data
morfologi dianalisis di tempat lain. Colossendeidae memainkan peran utama dalam
identifikasi filogeni, hal ini terkait erat dengan famili

Callipallenidae atau

Nymphonidae dengan 18S atau 28S-nya masing-masing, namun Colossendeidae

saling terkait dengan Ammotheidae menurut karakter morfologinya. Austrodecidae
didefinisikan sebagai takson basal untuk Pycnogonida oleh data molekuler ini.
Urutan

18S

secara

mengejutkan

dilestarikan

antara

taksa

pycnogonida,

menunjukkan baik kasus yang tidak biasa seperti evolusi lambat sebuah gen, atau
kasus yang tak terduga seperti baru-baru ini yaitu divergensi garis keturunan
pycnogonida. Kesulitan yang dialami dalam identifikasi menggunakan 18S adalah
sampling takson yang tidak optimal, maka dari itu dilakukanlah rekonstruksi filogeni
pycnogonida berdasarkan DNA.
1. Analisis filogenetik DNA ribosom 18S
Sebanyak 487 daerah dari 18S yang sama ditunjukkan pada sembilan
pycnogonida dan lima outgroup taksa yaitu: Polyphemus limulus (Xiphosura),
Hypochilus pococki (Araneae), Androctonus australis (Scorpiones), Pseudocellus
pearsei (Ricinulei) dan Polyxenus lagurus (Myriapoda). Fragmen 18S yang dipilih
adalah yang dapat menyatu dengan daerah 561-1165 dari urutan 18S rDNA labalaba laut dan taksa arthropoda lainnya (Giribet dan Ribera,2000).
Pencarian maximum parsimony berdasarkan informatif karakter 18S,
menghasilkan tiga pohon paling ringkas. Berbeda pada hubungan internal antara
outgroup taksa dari subfilum Chelicerata (Limulus, Hypochilus, Androctonus, dan
Molecular Phylogeny

15

Pseudocellus).

Polyxenus

menunjukkan

perbedaan

urutan

tertinggi

secara

keseluruhan dibandingkan dengan chelicerata dan urutan pycnogonida yaitu

sebesar 14-15% dan ditempatkan sebagai akar pohon. Monophyly dari Pycnogonida
sepenuhnya didukung oleh 100% dukungan bootstrap. Nymphonidae muncul terkait
dengan Colossendeidae dan Callipallenidae. Phoxichilidiidae (termasuk Endeis)
bergabung dengan clade tersendiri, meskipun karakteristik pendukungnya lemah.
Pada clade Ammotheidae yaitu terdapat Ammothella dan Achelia adalah terdukung
baik (> 68% bootstrap) (Gambar. 1). Walaupun monophyly dari Ammotheidae tidak
jelas, Austrodecus ditunjukkan sebagai dasar filogeni untuk semua pycnogonida.

2. Analisa filogeny DNA ribosom 28S

Colossendeidae

Nymphonidae

menunjukkan

clade

yang

sangat

mendukung, clade ini merupakan clade yang paling berbeda dari taksa pycnogonida
lainnya. Berbeda dengan analisis 18S, Callipallenidae adalah adik takson dari
Anoplodactylus + Pallenopsis, karena kedua node didukung dengan baik. Tanpa
diduga, Endeis bergabung dengan clade Ammotheidae dan Achelia tidak muncul
sebagai adik takson Ammothella seperti yang ditunjukkan oleh analisis 18S.

Molecular Phylogeny

16

3. Kombinasi Analisis DNA ribosom 18S dan 28S

Topologi yang dihasilkan oleh kumpulan data 28S tidak sama seperti yang
diperoleh dengan urutan data 18S. Namun, dua perkiraan filogeni (Gambar. 2B dan
3B,masing-masing) tidak menunjukkan perbedaan secara signifikan melalui test
homogenitas.
Ketidaksesuaian antara topologi yang dihasilkan dari data 18S dan 28S
terkonsentrasi di posisi yang tak terduga, karena genus Endeis terkait dengan
ammotheids menurut 28S, dan afinitas yang kuat antara Callipallenidae dan
Colossendeidae ditunjukkan oleh 18S. Callipallenidae,merupakan adik-takson
Pallenopsis dan Anoplodactylus dalam analisis 28S, dalam beberapa persetujuan
dengan klasifikasi konvensional (see Child, 1992). Sayangnya, posisi Pallenopsis
tidak bisa dikonfirmasi melalui identifikasi menggunakan DNA ribosom 18S karena
urutannya tidak tersedia. Urutan 18S dan 28S dari 11 taksa digabungkan dalam
matriks

tunggal

dengan

menggunakan

Limulus

sebagai

outgroup

untuk

memperkenalkan nilai yang hilang untuk fragmen 28S. Nilai-nilai yang hilang juga
termasuk untuk 28S dari Ascorhynchus dan fragmen 18S dari Pallenopsis. Prosedur
ini tidak memiliki efek pada topologi dan lebih disukai daripada tidak termasuk
informasi yang tersedia (Wiens dan Reeder, 1995). Kumpulan data gabungan terdiri
Molecular Phylogeny

17

1.363 daerah, 486 daerah adalah DNA ribosom 18S dan 877 daerah adalah DNA
ribosom 28S.

4. Kombinasi Data Morfologi dan Molekular

Pohon filogeni itu itu tetap sama setelah tidak termasuknya daerah bervariasi
tinggi dari partisi DNA dan juga di bawah bobot diferensial dari morfologi yang
dimana karakternya berdasarkan jumlah karakter (1,3: 1). Clade terbaik yang
didukung adalah Anoplodactylus + Pallenopsis, Nymphonidae + Colossendeidae,
dan Achelia + Ammothella. Austrodecus tetap sebagai takson basal (Gambar. 4).

Molecular Phylogeny

18

Molecular Phylogeny

19

4. PENUTUP
4.1

Kesimpulan
1. Pycnogonida dianggap sebagai kelompok purba dari hewan dan baru-baru
ini disajikan sebagai dasar dari artropod
2. Klasifikasi Pycnogonida didasarkan pada ada dan tidaknya pelengkap
cephalic (chelifores, palps, dan ovigers) pada dewasa
3. Fosil mencatat bahwa Pycnogonida sudah ada sejak zaman Cambrian
4. Sulitnya menemukan bahan dari taksa Pycnogonida membuat penelitian sulit
untuk dilanjutkan

4.2

Saran
1. Sampel yang lebih banyak dibutuhkan untuk kesempurnaan analisis
molekular dari hubungan keturunan Pycnogonida
2. Penanda molekular dibutuhkan, untuk mengevaluasi kemungkin perbedaan
saat ini dari keturunan Pycnogonida yang masih ada

Molecular Phylogeny

20

DAFTAR PUSTAKA

Arango,Claudia P. 2002. Morphological phylogenetics of the sea spiders (Arthropoda

: Pynogonida). Org. Divers. Evol. (2002) 2, 107-125. Departement of Zoology
and Tropical Ecology, James Cook University, Townsville, Australia.
Arango,Claudia P. 2003. Molecular approach to the phylogenetics of sea spiders
(Arthropoda: Pycnogonida) using partial sequences of nuclear ribosomal
DNA.

Molecular

Phylogenetics

and

Evolution

28

(2003)

588-600.

Departement of Zoology and Tropical Ecology/Scool of Marine Biology and

Aquaculture, James Cook University, Townsville, Qld. 4811, Australia.

Molecular Phylogeny

21

Pembagian tugas:

Restu Yulfierisa
M Ramadhani Marfatah
Fajrina Sita Dewi
Yusrina Rizqi Amalia
Septian Bagaskara
Annisa Fardaniyah
Rine Sri Arini
Desi Mahmudah
Dio Aditya Murtianto
Ririn Hindaning K

Molecular Phylogeny

= Trasnlate jurnal 1 hal11-14 dan ppt

= Translate jurnal 1 hal 1-4 dan penyusunan
= Translate jurnal 2 hal 7-9 dan ppt
= Translate jurnal 2 hal 5-6 dan ppt
= Translate jurnal 1 hal 5-6
= Translate jurnal 2 hal 10-11
= Translate jurnal 2 hal 1-2 dan makalah
= Translate jurnal 1 hal 15-17 dan ppt
= Translate jurnal 1 hal 7-10
= Translate jurnal 2 hal 3-4 dan makalah

22