Pengertian DNA

DNA, Deoxyribose Nucleic Acid adalah asam nukleotida, biasanya dalam bentuk heliks ganda yang
mengandung instruksi genetik yang menentukan perkembangan biologis dari seluruh bentuk
kehidupan sel. DNA berbentuk polimer panjang nukleotida, mengkode barisan residu asam amino
dalam protein dengan menggunakan kode genetik, sebuah kode nukleotida triplet.

DNA seringkali dirujuk sebagai molekul hereditas karena ia bertanggung jawab untuk penurunan sifat
genetika dari kebanyakan ciri yang diwariskan. Pada manusia, ciri-ciri ini misalnya dari warna
rambut hingga kerentanan terhadap penyakit. Selama pembelahan sel, DNA direplikasi dan dapat
diteruskan ke keturunan selama reproduksi.

DNA bukanlah suatu molekul tunggal, nampaknya ia adalah sepasang molekul yang digandeng oleh
ikatan hidrogen: DNA tersusun sebagai untai komplementer dengan ikatan hidrogen di antara
mereka. Masing-masing untai DNA adalah rantai kimia batu bata penyusun, yakni nukleotida, yang
terdiri dari empat tipe: Adenine (A), Cytosine (C), Guanine (G) dan Thymine (T). DNA mengandung
informasi genetika yang diwariskan oleh keturunan dari suatu organisme; informasi ini ditentukan
oleh barisan pasangan basa. Sebuah untai DNA mengandung gen, sebagai ?cetak biru? organisme.
DNA membuat genom organisme.

Struktur DNA
DNA adalah polimer, lebih tepatnya, suatu himpunan dua polimer yang terbelit. Tiap-tiap monomer
yang menyusun polimer ini adalah nukleotida yang terdiri dari tiga elemen: fosfat, gula dan basa.
Gula dan fosfat dari seluruh nukleotida seluruhnya sama, tetapi nukleotida dapat dibedakan dengan
meninjau komponen basanya menjadi empat tipe, termasuk dua kategori, purin: Adenine (A) dan
Guanine (G) yang memiliki dua siklus organik dan pirimidin: Cytosine (C) dan Thymine (T), yang
memiliki satu siklus organik. Satu pengamatan penting yang menuntun Watson dan Crick ke
penemuan terkenal dari struktur heliks ganda DNA adalah, basa cenderung berpasangan melalui
ikatan hidrogen, dan pasangan yang terbentuk oleh purin dan pirimidin memiliki ukuran yang
hampir sama, sehingga pasangan-pasangan demikian membentuk struktur dua rantai nukleotida
berikatan hidrogen yang sangat teratur. Untuk memahami mengapa dua rantai nukleotida terkait
membentuk heliks ganda, maka harus ditinjau interaksi antara grup penyusun nukleotida.

Gambar Struktur DNA

Terdapat dua kelas interaksi dasar yang menstabilkan struktur heliks ganda :

Ikatan hidrogen antara basa-basa komplementer;

Interaksi tumpukan (stacking interaction) dari plateu pasangan basa. Barisan pasangan basa
dalam DNA mengkode informasi untuk mensintesa protein, adalah polimer yang terdiri dari
20 asam amino berbeda. Dalam kaitan dengan gen, DNA mengandung daerah tak terkode
yang peranannya belum sepenuhnya dipahami. Selama replikasi DNA, yang terjadi selama
pembelahan sel, misalnya, molekul dikopi dengan cara membukanya seperti ritsleting.
Transkripsi DNA adalah pembacaan gen tunggal untuk mensintesa protein.

Model DNA
DNA adalah entitas yang sangat dinamis dan srtukturnya tidak beku. Pernapasan (breathing), DNA
terkandung dalam pembukaan temporer pasangan-pasangan basa [2]. Dalam pemodelan gerak
fungsional DNA, dianalogikan dengan gerak mekanis. Terdapat banyak variasi model yang
mendeskripsikan gerak DNA: kontinyu dan diskrit, spiral dan tak spiral, gerak tiruan dari setiap atau
hampir setiap atom, model homogen dan model-model yang memasukkan keberadaan barisan basa.

Gambar Model DNA

Model batang elastis dicirikan oleh tiga tipe gerak internal: gerak longitudinal, gerak rotasi atau
berpilin, dan gerak transversal. Model DNA tingkat kedua memasukkan perhitungan bahwa molekul
DNA terdiri dari dua rantai polinukleotida, dapat dimodelkan dengan dua batang elastis yang
berinteraksi lemah di antara mereka serta tergulung ke dalam spiral ganda. Analogi diskrit dari model
demikian mewakili dua rantai dari cakram yang terkait oleh pegas longitudinal dan transversal serta
kekakuan pegas longitudinal yang jauh lebih kuat ketimbang pegas transversal.

Model DNA tingkat ketiga memperhitungkan tiap-tiap rantai terdiri dari tiga subunit: gula, fosfat dan
basa. Model DNA tingkat keempat diwakili oleh model kisi DNA dan mendeskripsikan gerak atom
yang menyusun sel kisi. Solusi tipe model DNA tingkat keempat ini dapat diselesaikan dengan
aproksimasi (harmonik) linier. Model DNA tingkat kelima mensimulasi struktur dan gerak DNA
dengan akurasi maksimum dalam model dinamika molekuler.

Untuk mendeskripsikan gerak internal DNA, digunakan model aproksimasi berbeda. Model yang
paling sederhana dari DNA, katakanlah, model batang elastis dan versi diskritnya. Untuk
mendeskripsikan dinamika internal dari batang elastis, cukup dengan menuliskan tiga pasang
persamaan diferensial: satu persamaan untuk gerak longitudinal, satu persamaan untuk gerak

puntiran (torsional) dan satu persamaan untuk gerak transversal. Untuk mendeskripsikan versi
diskrit diperlukan 3N persamaan.

Model yang lebih kompleks, dengan meninjau molekul DNA yang terdiri dari dua rantai
polinukleotida. Model pertama terdiri dari dua batang elastis yang secara lemah berinteraksi dan
melilit satu sama lain untuk menghasilkan heliks ganda. Model kedua adalah versi diskritnya. Untuk
mendeskripsikan model yang terdiri dari dua batang elastis yang berinteraksi lemah (dengan
mengabaikan helisitas struktur DNA), diperlukan enam persamaan diferensial tergandeng: dua
persamaan untuk gerak longitudinal, dua persamaan untuk gerak torsional dan dua persamaan untuk
gerak transversal dalam kedua batang. Deskripsi model untuk versi diskritnya terdiri dari 6N
persamaan tergandeng

Model berikutnya dengan memasukkan dalam perhitungan bahwa masing-masing rantai

polinukleotida terdiri dari tiga tipe grup atom (basa, gula dan fosfat). Dalam model-model DNA
tersebut di atas, grup berbeda ditunjukkan dengan bentuk geometri yang berbeda, dan untuk
penyederhanaan helisitas struktur DNA diabaikan.

Pembentukan keadaan terbuka DNA dihubungkan dengan deviasi sudut basa dari keadaan
kesetimbangan. Proses ini dideskripsikan dengan menggunakan formalisme Hamiltonian.

Dalam skema penguraian DNA, dua rantai gula-fosfat digambarkan oleh dua garis panjang,
sementara basa ditandai dengan banyak garis pendek. Kusutan (kink) berhubungan dengan daerah
lokal dengan pasangan basa yang terbuka. Solusi tipe kink mendeskripsikan deformasi lokal
(pembukaan pasangan-pasangan basa) bergerak sepanjang molekul DNA.

Replikasi

Replikasi : proses perbanyakan bahan genetik (genom : DNA dan RNA)

Proses yg mengawali pertumbuhan sel
Replikasi akan diikuti oleh pembentukan sel-sel anakan yg membawa duplikat bhn genetik
hasil replikasi.

Komposisi bahan genetik sel anakan sangat identik dengan komposisi genetik sel induk.

Fungsi replikasi ini merupakan fungsi genotipik.

Kesalahan dlm replikasi bhn genetik dpt mengakibatkan perubahan pd sifat sel-sel anakan
Perbedaan struktural molekul bahan genetik (DNA) menyebabkan perbedaan mekanisme

replikasi pada prokariot dan eukariot

Replikasi pd prokariot dimulai dari satu situs awal replikasi (ORI) dan berlangsung ke dua
arah menuju daerah terminasi Replikasi pd eukariot dimulai dari banyak ORI, bergerak ke
dua arah

Gambar Replikasi DNA

Ada 3 hipotesis mengenai replikasi DNA yaitu semikonservatif, konservatif dan dispersif
1.

Hipotesis semikonservatif : setiap molekul untai ganda DNA anakan terdiri atas satu

untai-tunggal DNA induk dan satu untai tunggal DNA hasil sintesis baru.
2. Konservatif : DNA untai ganda induk tetap bergabung sedangkan kedua untaian DNA
anakan terdiri atas molekul hasil sintesis baru.
3. Dispersif : molekul DNA induk mengalami fragmentasi sehingga DNA anakan terdiri
atas campuran molekul lama (induk) dan molekul hasil sintesis baru

Diantara ketiga cara replikasi DNA yang diusulkan tersebut, hanya cara semikonservatif yang dapat
dibuktikan kebenarannya melalui percobaan yang dikenal dengan nama sentrifugasi seimbang dalam
tingkat kerapatan atau equilibrium density-gradient centrifugation.

Model replikasi semikonservatif memberikan gambaran bahwa untaian DNA induk berperan sbg
cetakan (template) bagi pembentukan untaian DNA baru . Dengan demikian, salah satu bagian yg
sangat penting dlm proses replikasi DNA adalah denaturasi awal untaian DNA yg mrpk proses
enzimatis. Denaturasi awal terjadi pd bagian DNA yg disebut ORI. Untaian DNA membuka
membentuk struktur yg disebut garpu replikasi (replication fork).

Garpu replikasi akan bergerak sehingga molekul DNA induk membuka secara bertahap . Masingmasing untaian DNA yang sudah terpisah, berfungsi sebagai cetakan untuk penempelan nukleotidanukleotida yg akan menyusun molekul DNA baru. Sekuens basa nitrogen DNA baru sesuai dengan
sekuens basa cetakan DNA komplementernya.

Replikasi DNA berlangsung dlm tahapan : 1) denaturasi (pemisahan) untaian DNA induk; 2).
pengawalan (inisiasi) sintesis DNA; 3). Pemanjangan untaian DNA; 4). Ligasi fragmen DNA; 5)
pengakhiran (terminasi) sintesis DNA.

Sintesis untaian DNA yg baru akan dimulai segera setelah ke dua untaian DNA induk terpisah
membentuk garpu replikasi.

Pemisahan dilakukan oleh enzim DNA helikase.

Kedua untaian DNA induk menjadi cetakan dlm orientasi 5-P ke arah 3-OH
Jadi, ada dua untaian DNA cetakan yg orientasinya berlawanan
Garpu replikasi akan membuka secara bertahap
Sintesis untaian DNA baru yang searah dg pembukaan garpu replikasi akan dpt dilakukan

dilakukan tanpa terputus (kontinyu) : untaian DNA awal (leading strand)

Sebaliknya, tahap demi tahap (diskontinyu) : untaian DNA lambat (lagging strand)
Mekanisme replikasi DNA berlangsung secara semidiskontinyu karena ada perbedaan

mekanisme dlm proses sintesis kedua untaian DNA

Fragmen-fragmen DNA hasil replikasi diskontinyu (fragmen Okazaki) akan disambung
(ligasi) dengan enzim DNA ligase

Polimerisasi DNA hanya dpt dimulai jika tersedia molekul primer : molekul yg digunakan untuk
mengawali proses polimerisasi untai DNA

Primer : molekul DNA, RNA atau protein spesifik

Pada transkripsi : tidak diperlukan primer.
Dlm replikasi DNA in vivo, primer berupa molekul RNA berukuran 10-12 nukleotida
In vitro, misal pada Polymerase Chain Reaction (PCR) : diperlukan DNA sebagai molekul

primer
Fungsi primer : menyediakan ujung 3-OH yg akan digunakan untuk menempelkan molekul

DNA pertama dlm proses polimerisasi

Sintesis RNA primer dilakukan oleh kompleks protein yg disebut primosom (primase+bbrp

protein lain)
Diperlukan lebih dari 1 primer untuk proses sintesis pada untaian DNA lambat (lagging

strand)
Pd. prokariot, polimerisasi dikatalisis DNA polimerase III
Dissosiasi enzim ini dari DNA cetakan terjadi saat bertemu dengan ujung 5-P RNA primer yg
menempel pd bagian lain

RNA primer pd fragmen Okazaki, didegradasi oleh aktivitas eksonuklease yg ada pd enzim DNA
polimerase I.

Bagian RNA yg terdegradasi, diisi oleh molekul DNA, meskipun antar fragmen masih ada

celah (takik = nick)

Celah terbentuk karena belum ada ikatan fosfodiester antara ujung 3-OH pd nukleotida
terakhir yg disintesis oleh DNA polimerase I dengan ujung 5-P fragmen DNA yg ada

didekatnya
Takik ini akan disambung oleh DNA ligase dengan menggunakan NAD atau ATP sebagai

sumber energi
Pada untai DNA awal (leading strand) : hanya diperlukan satu molekul primer pd titik awal

replikasi
Untaian DNA baru disintesis dengan aktivitas DNA polimerase III secara kontinyu.
Replikasi dapat berlangsung ke dua arah yg berlawanan : replikasi dua arah (bidirectional

replication)
Replikasi 2 arah terjadi pada prokariot maupun eukariot
Replikasi pada plasmid colE1 : satu arah
Proses pemisahan untaian DNA dilakukan oleh enzim DNA helikase
Selain helikase, enzim lain yg berperan dlm pemisahan untaian DNA adalah enzim DNA

girase.
DNA girase adalah salah satu enzim topoisomerase : suatu enzim yg dpt mengubah topologi

molekul DNA yakni dengan memutus ikatan hidrogen

Protein SSb menjaga agar bagian DNA yg sudah terpisah tidak berikatan lagi sehingga dpt

digunakan sebagai cetakan

Protein ini mempunyai sifat kooperatif, artinya pengikatan satu molekul protein pd untai
tunggal DNA akan meningkatkan kekuatan ikat (affinity) molekul yg lain beberapa ribu kali.

Transkripsi
Transkripsi : proses penyalinan kode-kode genetik yang ada pada urutan DNA menjadi molekul RNA.
Merupakan proses yan mengawali ekspresi sifat-sifat genetik yang nantinya muncul sebagai fenotip.

RNA: selalu single stranded . Pada proses transkripsi hanya 1 untai DNA yang disalin
DNA

RNA. Sintesis RNA : 5 3.

Gambar Transkripsi DNA

Inisiasi Transkripsi
Pembentukan

kompleks

promoter

tertutup.

Pembentukan

kompleks

promoter

terbuka.

Penggabungan beberapa nukleotida awal (sekitar 10 nukeotida). Perubahan konformasi RNA

polimerase karena subunit/faktor dilepaskan dari kompleks holoenzim.

Mekanisme transkripsi pada eukariot pada dasarnya menyerupai mekanisme pada prokariot
Proses transkripsi diawali (diinisiasi) oleh proses penempelan faktor-faktor transkripsi dan

kompleks enzim RNA polimerase pd daerah promoter

Berbeda dg prokariot, RNA polimerase eukariot tidak menempel secara langsung pada DNA
di daerah promoter, melainkan melalui perantaraan protein-protein lain, yg disebut faktor

transkripsi (transcription factor = TF) .

TF dibedakan 2, yaitu : 1) TF umum dan 2) TF yg khusus untuk suatu gen n TF umum dlm
mengarahkan RNA polimerase II ke promoter adalah TFIIA, TFIIB, TFIID, TFIIE, TFIIF,
TFIIH, TFIIJ

Produk Transkripsi
mRNA (messenger RNA) : salinan kode genetik pada DNA yang pada proses translasi akan
diterjemahkan menjadi urutan asam amino yang menyusun suatu polipeptida atau protein tertentu.

tRNA (transfer RNA) : berperanan membawa asam amino spesifik yang akan digabung pada proses
translasi (sintesis protein). rRNA (ribosomal RNA) : digunakan untuk menyusun ribosom sebagai
tempat sintesis protein .

Faktor transkripsi

Diperlukan untuk sintesis semua mRNA

Mengenali urutan promoter basal spesifik
Menentukan situs inisiasi transkripsi
Menginstruksikan RNA polimerase II ke tempat tersebut
Bersama-sama dengan RNA polimerase dan promoter basal membentuk Kompleks inisiasi

Transkripsi
Pada prokariot, proses transkripsi dan translasi berlangsung hampir secara serentak, artinya

sebelum transkripsi selesai dilakukan, translasi sudah dpt dimulai

Pada eukariot, transkripsi berlangsung di dlm nukleus , sedangkan translasi berlangsung di

dlm sitoplasma (ribosom)

Dengan demikian, ada jeda waktu antara transkripsi dengan translasi, yg disebut sebagai fase

pasca-transkripsi
Pd fase ini, terjadi proses : 1). Pemotongan dan penyambungan RNA (RNA-splicing); 2).
Poliadenilasi (penambahan gugus poli-A pada ujung 3mRNA); 3). Penambahan tudung (cap)
pada ujung 5 mRNA dan 4). Penyuntingan mRNA

Translasi
Translasi adalah proses penerjemahan kode genetik oleh tRNA ke dalam urutan asam amino.
Translasi menjadi tiga tahap (sama seperti pada transkripsi) yaitu inisiasi, elongasi, dan terminasi.
Semua tahapan ini memerlukan faktor-faktor protein yang membantu mRNA, tRNA, dan ribosom
selama proses translasi. Inisiasi dan elongasi rantai polipeptida juga membutuhkan sejumlah energi.
Energi ini disediakan oleh GTP (guanosin triphosphat), suatu molekul yang mirip dengan ATP.

Gambar Langkah-langkahTranslasi

Inisiasi
Tahap inisiasi terjadi karena adanya tiga komponen yaitu mRNA, sebuah tRNA yang memuat asam
amino pertama dari polipeptida, dan dua sub unit ribosom.

mRNA yang keluar dari nukleus menuju sitoplasma didatangi oleh ribosom, kemudian mRNA masuk
ke dalam celah ribosom. Ketika mRNA masuk ke ribosom, ribosom membaca kodon yang masuk.
Pembacaan dilakukan untuk setiap 3 urutan basa hingga selesai seluruhnya. Sebagai catatan ribosom
yang datang untuk mebaca kodon biasanya tidak hanya satu, melainkan beberapa ribosom yang
dikenal sebagai polisom membentuk rangkaian mirip tusuk satu, di mana tusuknya adalah mRNA
dan daging adalah ribosomnya. Dengan demikian, proses pembacaan kodon dapat berlangsung
secara berurutan. Ketika kodon I terbaca ribosom (misal kodonnya AUG), tRNA yang membawa
antikodon UAC dan asam amino metionin datang. tRNA masuk ke celah ribosom.

Ribosom di sini berfungsi untuk memudahkan perlekatan yang spesifik antara antikodon tRNA
dengan kodon mRNA selama sintesis protein. Sub unit ribosom dibangun oleh protein-protein dan
molekul-molekul RNA ribosomal.

Elongasi
Pada tahap elongasi dari translasi, asam amino-asam amino ditambahkan satu per satu pada asam
amino pertama (metionin). Ribosom terus bergeser agar mRNA lebih masuk, guna membaca kodon
II. Misalnya kodon II UCA, yang segera diterjemahkan oleh tRNA berarti kodon AGU sambil
membawa asam amino serine. Di dalam ribosom, metionin yang pertama kali masuk dirangkaikan
dengan serine membentuk dipeptida.

Ribosom terus bergeser, membaca kodon III. Misalkan kodon III GAG, segera diterjemahkan oleh
antikodon CUC sambil membawa asam amino glisin. tRNA tersebut masuk ke ribosom. Asam amino
glisin dirangkaikan dengan dipeptida yang telah terbentuk sehingga membentuk tripeptida. Demikian
seterusnya proses pembacaan kode genetika itu berlangsung di dalam ribobom, yang diterjemahkan
ke dalam bentuk asam amino guna dirangkai menjadi polipeptida.

Kodon mRNA pada ribosom membentuk ikatan hidrogen dengan antikodon molekul tRNA yang baru
masuk yang membawa asam amino yang tepat. Molekul mRNA yang telah melepaskan asam amino
akan kembali ke sitoplasma untuk mengulangi kembali pengangkutan asam amino. Molekul rRNA
dari sub unit ribosom besar berfungsi sebagai enzim, yaitu mengkatalisis pembentukan ikatan peptida
yang menggabungkan polipeptida yang memanjang ke asam amino yang baru tiba.

Terminasi
Tahap akhir translasi adalah terminasi. Elongasi berlanjut hingga kodon stop mencapai ribosom.
Triplet basa kodon stop adalah UAA, UAG, dan UGA. Kodon stop tidak mengkode suatu asam amino
melainkan bertindak sinyal untuk menghentikan translasi. Polipeptida yang dibentuk kemudian
diproses menjadi protein.