Biomol transkripsi

Transkripsi

Seperti biasa sebelum kita mulai bahas dkk, pertama kita harus kenalan dulu
ama materi yg akan dibahas. Lalu siapa atau apa sih transkripsi itu?

Transkripsi adalah proses penyalinan kode2 genetik yang ada pada urutan DNA
menjadi molekul RNA

Nah masih inget kan dogma sentral pada biomol? Kan jg nyebutin tentang
pembentukan mRNA dari DNA. dimana nantinya akan ada proses lebih lanjut.
Trus ntr dimana sih transkripsi itu terjadi? Kan DNA ada 2 untai. yg bisa
ditranskripsiin cuma antisense

Mekanisme dasar

baik transkripsi di eukariot maupun prokariot sama2 melalui tahapan berikut:

1. Penempelan faktor2 pengendali transkripsi di promotor, misalnya RNA

polimerase (Inisiasi)

2. Pembentukan kompleks promotor terbuka (open promotor complex). G

seperti replikasi dmn DNA bener2 dibuka pada transkripsi pilinan DNA
dibuka namun masih tetep di dalam RNA polimerase

3. RNA polimerase membaca DNA template dan melakukan pengikatan

nukleotida yg komplementer (Elongasi)
 4. Setelah pemanjangan untaian RNA, diikuti dengan terminasi yang ditandai
dengan lepasnya RNA polimerase dari DNA yang ditranskripsi
(Terminasi)

Prinsip pada Transkripsi

Selain mekanisme dasar yg hampir sama, pada eukariot dan prokariot keduanya
memiliki prinsip sama pada proses transkripsinya:

1. Prekursor untuk sintesis RNA ada 4 macam: 5-trifosfat ATP, GTP, CTP, dan
UTP ( g ada thymine pada RNA)

2. Reaksi polimerisasi atau pemanjangan RNA sama ama replikasi DNA yaitu
dengan arah 5 -> 3

3. Urutan nukleotida RNA hasil sintesis ditentukan oleh urutan DNA template

4. Untai DNA yang berperan sebagai cetakan hanya salah satu untai

5. Hasil transkripsi berupa RNA untai tunggal

Transkripsi pada Prokariot

Salah satu ciri dari prokariot adalah adanya struktur operon. Operon adalah
organisasi dari beberapa gen yang ekspresinya dikendalikan oleh satu promotor.
Misal operon lac, pada metabolisme laktosa pada bakteri E.coli. Pada waktu
ditranskripsi operon lac akan menghasilkan satu mRNA yang membawa kode2
genetik untuk polipeptida berbeda yang disebut dengan mRNA polisistronik.

Sesuai gambar di atas, pada operon lac punya 3 gen struktural yaitu lac Z, lac Y
dan lac A. Masing2 dr gen itu punya start codon dan stop codon sendiri2 namun
ekspresinya tetep dikendaliin ama operon yg sama. Trus waktu ditranskripsi
hasilnya 1 mRNA yg bawa kodon2 untuk 3 macam polipeptida yg beda. Trus
translasinya? nanti akan jd 3 polipeptida yang independen :D

Struktur Gen Prokariot

Pada prokariot gennya secara umum tersusun atas promotor, bagian struktural,
dan terminator

Promotor

Promotor adalah urutan DNA spesifik yang berperan dalam mengendalaikan

transkripsi gen struktural dan terletak di daerah upstream (hulu) dari bagian
struktural gen.

Fungsi promotor? Sebagai tempat awal pelekatan enzim RNA polimerase

yang nantinya melakukan transkripsi pada bagian struktural

Pada prokariot bagian penting promotornya disebut sebagai Pribnow box pada
urutan nukleotida -10 dan -35. Biasanya berupa TATA box.

Apa fungsi dari pribnow box? Pribnow box merupakan daerah tempat
pembukaan heliks DNA untuk membentuk kompleks promotor terbuka.
Jadi di TATA box itulah DNA dipisahkan dan kalo di luar TATA box helix
DNAnya tetep berikatan (beda ama replikasi kan?)

Operator
Operator merupakan urutan nukelotida yang terletak di antara promotor dan
bagian struktural dan merupakan tempat pelekatan protein represor (penekan
atau penghambat ekspresi gen). Jika ada represor yang melekat di operator
maka RNA polimerase g bisa jalan trus ekspresi gen tidak bisa berlangsung.

Kalo di gambar di atas operator disimbolkan dengan warna ungu yg berada di

antara promotor (merah) dan structural gene (hijau).

Selain adanya supresor ada juga yg namanya enhancer. kalo supresor untuk
menghambat nah enhancer kebalikannya, dia malah meningkatkan transkripsi
dengan meningkatkan jumlah RNA polimerase. Namun letaknya tidak pada
lokasi yg spesifik spt operator, ada yg jauh di upstream atau bahkan
downstream dari titik awal transkripsi.

Coding Region

Gen struktural merupakan bagian yang mengkode urutan nukleotida RNA.

Transkripsi dimulai dari sekuens inisiasi transkripsi (ATG) sampai kodon stop
(TAA / TGA / TAG).

Pada prokariot tidak ada sekuens intron (yg tidak dapat diekspresikan) sehingga
semuanya berupa ekson. Namun kadang pada archaebacteria dan bakteriofag
ada yg memiliki intron.

Terminator

Dicirkan dengan struktur jepit rambut / hairpin dan lengkungan yang kaya yang
akan urutan GC yang terbentuk pada molekul RNA hasil transkripsi.

RNA Polimerase

RNA polimerase merupakan enzim yang mengkatalisis proses transkripsi. Kalo

susunannya lengkap 2 disebut holoenzim. Kalo g ada cuma 2 disebut
core-enzyme.

Fungsi subuni2 itu:

= diduga berfungsi dalam penyusunan enzim

= berfungsi dalam pengikatan nukleotida

= berfungsi dalam penempelan DNA

 = berfungsi untuk mengarahkan agar RNA polimerase menempel pada
promotor.

Mekanisme Transkripsi

Inisiasi

Pembentukan kompleks promoter tertutup

RNA polimerase menuju ke promoter atas bantuan faktor . Lalu kalo kata pak
kus sih diibaratkan pesawat, sigma itu antenanya. Trus promotor itu
bandaranya. Kan pesawat selalu mendarat di bandara, dibantu ama signal.

Pembentukan kompleks promoter terbuka

Bagian DNA yang berikatan dengan RNA polimerase membentuk struktur

gelembung transkripsi (transcription bubble) yang stabil.

Penggabungan beberapa nukleotida awal

Dalam transkripsi nukleotida RNA digabung hingga membentuk transkrip RNA.

Pada walanya basa2 RNA yang digabung membentuk ikatan hidrogen dengan
basa DNA cetakan

Pelepasan subunit dan perubahan konformasi holoenzim jadi core

enzyme

Setelah inisiasi terjadi, subunit terlepas dari enzim inti dan dapat digunakan
oleh enzim inti RNA polimerase lain.

Elongasi

Dalam elongasi, nukleotida ditambahkan secara kovalen pada ujung 3 molekul

RNA yg baru terbentuk (RNA baru terbentuk dgn arah 5 -> 3) pake ikatan
fosfodiester. Nukleotida RNA yg ditambahkan bersifat komplementer dgn
nukleotida untai DNA cetakan.
Terminasi

Penghentian transkripsi atau terminator ada 2:

1. Rho-independent yaitu terminasi ditentukan urutan nukleotida. DIcirikan

struktur jepit rambut / hairpin yang kaya akan basa GC. Mekanisme
pemisahan? Akibat struktur itu, RNA polimerase ntr berhenti dan meruka
bagian dari sambungan (hibrid) DNA-RNA. lalu sisa hibridnya merupakan
urutan oligo U (rU) yg tidak cukup stabil berpasangan dengan A (dA) ->
ikatan hidrogen cuma 2. Akibatnya Lepasnya ikatan lemah tersebut dan
RNA hasil transkripsi lepas :)

2. Rho-dependent yaitu terminasi memerlukan protein rho. Faktor rho terikat

pada RNA transkrip kemudian ngikut RNA polimerase sampe ke daerah
terminator. Nah baru si faktor rho bikin destabilisasi ikatan RNA-DNA
hingga RNA terlepas

Transkripsi pada Eukariot

Struktur gen

Secara umum hampir sama ama prokariot ada promotor, bagian struktural dan
terminator. Yg beda pada bagian strukturalnya

Bagian struktural pada eukariot

Nah kenapa bagian struktural/coding region nya beda? karena kalo di eukariot
ada bagian intron dan ekson.

Intro (intervening sequences) merupakan sekuens yg tidak mengkode

asam amino. Kalo di gambar yg warnanya biru muda agak ijo. Ntr bagian
ini akan dibuang saat pematangan RNA

Ekson sekuens yg nantinya dikode jd asam amino. kalo di gambar

warnanya merah

Mekanisme Transkripsi

Kalo di eukariot RNA polimerasenya beda2 ada RNA polimerase I, II dan III. Ntr
penggunaannya dalam sintesis molekul beda.

Sebelum RNA polimerase nempel di promotor, ada faktor transkripsi yang bantu
ng-guide si RNA polimerase. Kalo RNA polimerase I guidenya SL1 dan UBF, RNA
polimerase II dibantu ama TFIIA, TFIIB, TFIID, TFIIE, TFIIF, TFIIH dan TFIIJ
(banyak banget ==). kalo RNA polimerase III dipandu ama TFIIIA, TFIIIB,
TFIIIC ama protein TBP.

Nah fyi aja faktor TBP merupakan protein yg diperlukan kalo gen2 g punya TATA
box.

Trus setelah si RNA polimerase dibantu ama faktor transkripsi (TF) ke TATA box
baru terjadi proses elongasi dan berhenti sampe ketemu terminator.

Proses pasca-transkripsi

Yep karena adanya intron pada eukariot, makanya mRNA yg dihasilkan g bisa
langsung dikeluarin ke sitosol untuk ditranslasi namun harus diolah dulu.
Caranya?

1. Splicing

Merupakan proses pembuangan intron dan penyambungan ekson. Awalnya RNA

hasil transkripsi pd eukariot disebut pre-mRNA karena masih ada intronnya. Trus
intron akan dipotong dan ekson2 disambung menjadi mRNA matang (mature
mRNA). Untuk lebih jelasnya:

Intron dipotong pake spliceosome. lalu penyambungan ekson2 pake enzil ligase.

2. Poliadenilasi

Merupakan proses penambahan poliA (rantai AMP) pada ujung 3 nukleotida

mRNA. Fungsinya? untuk meningkatkan stabilitas mRNA dan meningkatkan
efisiensi translasinya.

3. Capping

Penambahan tudung mRNA berupa molekul 7-metilguanosin. Fungsinya ada 4:

Melindungi mRNA dari degradasi

Meningkatkan efisiensi translasi mRNA

Meningkatkan pengangkutan mRNA dari nukelus ke sitoplasma

Meningkatkan efisiensi proses splicing

Sekian dulu ya yg transkripsi. mohon koreksi kalo ada yg salah ^^b

Ditulis dalam Biologi Molekuler

6 Komentar

Tag: Biologi molekuler

Biomol Replikasi DNA

Okt 28

Posted by denikrisna

Sambungan dari posting sebelumnya. Kali ini tentang replikasi DNA, tp secara
overview jadi maaf kalo g lengkap. kalo ada salah mohon dikoreksi ya ^^

Replikasi DNA?

Ya penggandaan rantai DNA

Model Replikasi

Setelah dibuktikan secara eksperimental oleh Matthew Meselson dan Franklin

Stahl hipotesis mengenai model replikasi DNA yang dipakai adalah
semikonservatif.

Gimana semikonservatif itu? Menurut meodel replikasi ini setiap molekul untaian
ganda DNA hasil replikasi akan terdiri dari 1 untai DNA induk dan 1 untai DNA
baru. Untuk lebih jelasnya liat digambar ini:

Jadi DNA awalnya yang warnanya merah. Trus dibentuk untaian DNA baru yang
warnanya biru. Jadi hasil transkripsi akhirnya selang-seling merah dan biru.

Komponen yang harus ada

Pada proses replikasi ada beberapa komponen vital yang harus ada:

1. DNA template : molekul DNA yang akan direplikasi

2. Molekul nukleotida : komponen basa purin/pirimidin + deoksiribosa +

fosfat = dATP, dTTP, dCTP, dan dGTP

3. DNA polimerase : enzim utama yang mengkatalisis polimerisasi

nukleotida menjadi untaian DNA
 4. Enzim primase : mengkatalisis sintesis primer untuk memulai
replikasi DNA. Kalo di E.coli namanya primosom. Primer digunakan untuk
menempelkan nukleotida pertama pada untaian DNA baru.

5. Enzim Girase : enzim topoisomerase yang memutar untaian DNA

sehingga ketegangan pilinan menurun

6. Enzim helikase : untuk membuka untai DNA

7. SSB : single stranded binding protein molekul

protein yang menstabilkan untaian DNA yang udah kebuka biar g nutup
lagi

8. enzim DNA ligase : untuk menyambung fragmen2 DNA

Proses Replikasi DNA

1. Pemisahan untaian DNA

Ada 3 enzim yang berperan : Helikase, girase (topoisomerase) dan SSB

Pemisahan untai DNA dimulai dengan enzim helikase yang memutus ikatan2
hidrogen yang nyatuin 2 untai DNA. Trus kalo pilinannya pertamanya terlalu
kenceng ada enzim DNA girase yang motong sementara ikatan hidrogen pada
salah satu / kedua untaian DNA trus diputer hingga ketegangan pilinannya
berkurang.

Trus kalo SSB? Sesuai namanya SSB berperan untuk menjaga agar bagian DNA
yang sekarang jomblo (single binded) supaya g berikatan lagi.

2. Pembentukan garpu replikasi

Setelah kedua untai DNA kepisah dan ditahan oleh SSB, maka terbentuk
struktur garpu replikasi.
ntr masing2 untai diberi nama : leading strand (arah replikasi searah ama
pembukaan untai DNA) dan lagging strand (arah replikasi berlawanan arah ama
pembukaan untai DNA)

3. Polimerisasi DNA

Replikasi DNA hanya dapat dimulai jika terdapat molekul primer. Molekul primer
ini pada E.coli merupakan suatu kompleks protein yang disebut primosom yang
terdiri atas enzim primase dan protein2 lain. Fungsi primer sendiri adalah untuk
menempelkan nukelotida pertama pada untaian DNA baru. Nah kalo di lagging
strand dia butuh primer lebih dari 1. Kenapa?

Seperti yg udah dijelasin sebelumnya kalo ntr pada replikasi ada 2 macam untai
DNA:

1. Leading strand : sintesis untaian DNA baru searah dengan pembukaan

garpu replikasi , dilakukan tanpa terputus atau kontinu

2. Lagging strand: sintesis untaian DNA berlawanan dengan pembukaan

garpu replikasi, dilakukan secara tahap demi tahap (diskontinu) dan
karenanya membentuk fragmen yang disebut okazaki fragmen

Kalo lagging strand kan arahanya berlawanan ama pembukaan garpu replikasi,
sehingga polimerisasi untaian DNA baru bisa dilakuin kalo DNA cetakannya
membuka seiring dgn membukanya garpu replikasi. Akibatnya si lagging strand
akan disintesis secara diskontinu dan karenanya butuh primer lebih dari 1 untuk
tiap fragmennya.

Proses polimerisasi DNA dikatalisis oleh enzim DNA polimerase III. Dimana DNA
Polimerase III ini nanti beraksi di leading strand sekalian untuk ngoreksi kalo
ada salah2/proof reading. trus kalo DNA polimerase III nyampe ke primer dia
digantiin ama DNA polimerase I. Nah tugas DNA polimerase I ini lebih berat.
Kenapa? Karena dia tugasnya selain untuk membentuk DNA baru, dia juga
motong primer dan diganti dengan DNA trus jg ngelakuin proofreading. Kalo
bahasnya pak Kus sih DNA polimerase I ini kaya ibu karena tugasnya lebih
banyak dari ayah (DNA polimerase III) hehe

nih kalo lebih jelasnya pake gambar:

atau lebih jelas lagi video ini ^^

4. Penyambungan DNA pada lagging strand

Kan tadi pada lagging strand dia bentuknya fragmen2. nah walau RNA disana
udah diubah ama DNA polimerase I jadi DNA, fragmen2 disana masih belum
nyambung satu sama lain. Trus karenanya ada enzim DNA ligase yang kemudian
merekatkan fragmen2 tersebut.

5. Terminasi Replikasi

Proofreading

Proofreading merpakan sistem koreksi pembacaan yang dilakukan oleh DNA

polimerase III dan DNA polimerase I. DNA polimerase III akan memotong
nukleotida yang salha tersebut dengan aktivitas eksonuklease 3 -> 5

Ditulis dalam Biologi Molekuler

2 Komentar

Tag: Biologi molekuler

Biomol introduction

Okt 28

Posted by denikrisna
Sebenernya aku g jarang merhatiin kalo lg kuliah biomol dan jg masih dalam
tahap mencoba menyukai wkwk. Tp nyoba menuangkan apa yg sudah dipelajari
aja ya. Kalo ada yang salah mohon dikoreksi ya ^^

Dogma Sentral Biologi Molekuler

Rasanya kurang afdhol kalo kita mau bahas ttg biomol tp g ngerti apa dogma
sentralnya.

Jadi nanti yg bakal dibahas di biomol sendiri itu mulai mulai replikasi DNA,
Transkripsi dan Translasi jadi protein yg tersusun dari asam2 amino.

Rakyat Biomol

Gen

Gen adalah unit molekul DNA atau RNA yang membawa informasi mengenai
urutan asam amino lengkap suatu protein. Terlibat dalam mengkode protein dan
mewariskan keturunan
Karenanya jika ada sepotong molekul DNA yang tidak membawa informasi
genetik yang lengkap, berarti tidak bisa disebut gen. Tapi hanya sebuah fragmen
DNA.

Struktur Gen

Secara umum gen pada prokariot dan eukariot terdiri dari 3 bagian:

1. Promoter : Bagian gen yang berfungsi sebagai pengatur

proses ekspresi genetik. Bagian yg pertama kali dikenalioleh RNA
polimerase dan protein regulator sebelum transkripsi

2. Coding sequence : Bagien gen yang membawa kode-kode genetik, yang

ditranskripsi menjadi mRNA

3. Terminator : Berperan dalam penghentian transkripsi

Perbedaan gen prokariot dan eukariot

Di coding sequence dari eukariot

ada bagian intron dan ekson. Intron adalah sekuens nukleotida yang tidak ada
terjemahan proteinnya sedangkan ekson sekuens yang akan diterjemahkan. Jadi
kalo di eukariot setelah di transkripsi, bagian intron akan dipotong baru jadi
mRNA. Nah kalo di prokariot smuanya langsung ekson.
Selain itu di prokariot ada satu ciri khas yang namanya Operon. Operon
merupakan sekelompok gen struktural yang letaknya berdekatan dan
dikendalikan oleh satu promoter yang sama. Dengan adanya operon maka
mRNA hasil transkripsi gen prokariot bersifat polisistronik karena satu molekul
mRNA mengkode lebih dari satu protein.

Genom

Genom adalah satu kesatuan gen yang secara alami dimiliki oleh satu sel atau
virus

Errr agaknya kalimatnya agak bingungin ya. Langsung ke contoh konkritnya:

Jadi yang disebut genom pada eukariot adalah semua unit gen yang ada pada
kromosom, termauk gen yang ada pada bahan genetik ekstra di mitokondria
maupun kloroplas
Kalo pada prokariot selain pada DNAnya kadang kala ada bada juga bahan
genetik tambahan atau plasmid. Jika plasmidnya merupakan plasmid alami
(bukan dimasukkan secara sengaja di dalam lab) dan sifat genetisnya vital,
maka juga dianggap merupakan bagian genom.

DNA

Pasti udah tau yg namanya DNA kan. DNA / deoxyribonucleic acid merupakan
materi genetik yang terdapat pada semua organisme hidup. Terdiri dari 3
macam komponen yaitu gugus fosfat, gula deoksiribosa dan basa nitrogen
(adenine, guanine, cytosine dan thymine) yang semuanya disebut nukleotida.
Antara satu nukleotida dengan nukleotida lain dihubungan dengan ikatan
fosfodiester antara fosfat dengan deoksiribosa (arah 5 -> 3)

Antara kedua helix tersebut dihubungkan oleh ikatan hidrogen dimana ikatan
hidrogen A-T cuma 2 sementara ikatan C-G ada 3. Jadi semakin banyak C-G
pada DNA itu maka DNA nya semakin kuat.

Bentuk

Bentuknya double helix dan kebanyakan putar-kanan. Namun ada juga DNA
yang putar kiri (left handed helix) yaitu DNA tipe-Z.
Right handed double helix DNA sendiri ada tipe untaian A, B, dan C yang
perbedaannya terletak pada jumlah pasangan basa/putaran dan rotasi/pasangan
basa. Kalo DNA tipe Z yg putar kiri dia dapat stabil secara in vivo jika basa
cytosine mengalami metilasi jadi 5-methylcytosine

Denaturasi DNA

Untai ganda DNA dapat dipisahkan dengan pake suhu maupun alkali sehingga
konformasinya berubah dan terdenaturasi. Ikatan hidrogen yang membentuk
struktur untai ganda akan rusak sehingga DNA akan berubah menjadi molekul
untai tunggal / single-stranded. S

Senyawa yang menstabilkan DNA yang terdenaturasi: Urea & Formamid

Renaturasi DNA

DNA yang terdenaturasi dapat dikembaliin dengan proses renaturasi. proses ini
berlangsung 2 tahap:

1. Untai tunggal DNA bertemu dengan untai tunggal lainnya (sense ketemu anti
sense) secara acak. Karenanya kadang hasil renaturasi bukan pasangan awal,
asal pasangan basanya klop. Nah di tahap ini nih yg susah & menentukan waktu
renaturasi

2. Jika urutan nukleotidanya komlementer, maka terjadi ikatan Hidrogen pada

satu bagian diikuti pada bagian lain secara cepat.

Cara mengepak DNA dalam inti sel

ukuran DNA yang menyusun kromosom sebenernya lebih panjang dibanding

selnya. Karenanya DNA pada sel eukariot dikemas dengan menggunakan protein
histon. satu kompleks DNA dan histon disebut sebagai nukleosom.
Pada 1 nukleosom, DNA digulung kurang lebih 2 kali dan karenanya pengemasan
DNA menjadi lebih padat. Nah kalo ada yg digulung kan brarti ada juga bagian
yg g digulung / penghubungnya, DNA yang tidak berikatan dengan histon ini
disebut sebagai DNA penghubung / linker DNA. Rangkaian nukleosom jika
terpilin dalam jumlah banyak, dia akan menyusun solenoid yang kemudian
terkondensasi membentuk kromosom.

Kromosom
Pada metafase struktur kromosom baru dapat diamati dengan jelas setelah dicat
pake cat Giemsa. Strukturnya terdiri dari

1. Lengan : ada 2 macam yaitu p-arm (petite arm) atau lengan

pendek dan q-arm (long arm) atau lengan panjang. di dalam lengan inilah
terdapat rangkaian gen. namun yang berupa gen biasanya cuma 10%.
Sisanya? Bisa repeat sequence yang tidak berpengaruh terhadap sifat2,
penyakit dsb

2. Sentromer : adalah bagian tengah kromosom yang berfungsi dalam

proses distribusi kromosom waktu pembelahan sel

3. Telomer : bagian ujung kromosom. Fungsinya untuk mencegah

pemendekan kromosom. Namun pada sel yang normal, semakin tua maka
telomer akan memendek -> akhirnya terdegradasi -> sel mati

4. Origin replikasi : tempat awal replikasi

RNA

senyawa genetik yang perannya di ekspresi gen (pembentukan protein). struktur

hampir sama seperti DNA tp untainya cuma 1 (single stranded) & basa Thymin
diganti urasil.

ada 3 macam:

1. mRNA= messenger RNA . RNA hasil transkripsi yg bawa kodon, dibentuk

di inti sel lalu keluar ke sitosol

2. tRNA = RNA yang ada sisi antikodon dan bawa asam amino. Nanti dia
berperan dalam translasi untuk nyocokin kodon yg dibawa mRNA ama
asam amino yg dikode

3. rRNA = RNA ribosomal