Dasar Pemodelan dalam Ilmu Komputasi Material: A Practical Approach of Solid State Modeling

Muhammad Haris Mahyuddin 1 Desember 2008

1. Pendahuluan
Semua sistem yang mengupas hal mengenai atom, molekul, dan kristal dapat dijelaskan secara eksak dengan
menggunakan persamaan mekanika kuantum yang diberikan oleh Schrdinger. Schrdinger telah mampu memberikan
solusi mekanika kuantum dari atom Hidrogen dengan sangat gemilang. Hal ini membuat para fisikawan dan kimiawan
tertarik untuk melakukan hal yang sama pada atom-atom lainnya. Namun hal itu tidaklah mungkin diselesaikan secara
eksak menggunakan mekanika kuantum. Diperlukan suatu metoda lainnya untuk menghitung interaksi elektron-elektron,
nuklei-nuklei, dan nuklei-elektron, yaitu suatu aproksimasi (non-eksak).
Pada awalnya, teorema Bloch hadir untuk memecahkan permasalahan pada persamaan Schrdinger. Teorema Bloch
menggunakan translasi simetri untuk menghasilkan fungsi gelombang bidang kristal periodik yang terdiri atas orbital-
orbital kristal yang disebut pita elektronik sehingga persoalan yang banyak bisa diwakilkan pada satu unit sel saja.
Kemudian semakin lengkap dengan hadirnya teori pertukaran dan korelasi yang menjelaskan bagaimana seharusnya
elektron-elektron berinteraksi dalam orbital yang kemudian disusul pula oleh postulat Pauli yang melarang terjadinya dua
buah elektron dalam satu orbital dengan arah spin yang sama.
Hadirnya teori pertukaran dan korelasi bukanlah tanpa masalah. Hal ini membuat para ilmuwan semakin yakin bahwa
persoalan elektron ini tidaklah mampu diselesaikan secara eksak. Hadirlah kemudian Hartree dan Fock (HF) yang untuk
pertama kalinya mengajukan suatu pendekatan (aproksimasi) yang disebut self consistent field untuk menghitung
keberadaan interaksi elektron. Walaupun demikian, formulasi HF ini belumlah cukup karena tidak memasukan perhitungan
korelasi di dalamnya.
Density Functional Theory (DFT) merupakan teori berbasiskan kerapatan yang saat ini banyak dipakai karena
kemampuannya dalam menjelaskan interaksi elektron dengan baik. Teori berbasiskan kerapatan dikemukakan pertama kali
oleh Thomas dan Fermi, namun saat itu teori mereka belumlah akurat. DFT hadir berdasarkan dua teorema Hohenberg dan
Kohn yang diformulasikan sebagai the excact theory of many-body system.[1] Mereka menyatakan bahwa potensial
ekternal Vext(r) ditentukan secara unik oleh ground state particle density n0(r) dan bahwa ground state energy dari sebuah
sistem adalah nilai terminimum dari fungsi energi E[n] dan kerapatan n(r) yang meminimisasi fungsi ini adalah the excact
ground state density n0(r). Dengan mendapatkan nilai kerapatan pada keadaan terendah (ground state), maka akan dapat
pula ditentukan fungsi gelombang pada keadaan terbawah 0 yang secara teoritis akan dapat menentukan semua
properties sebuah sistem. Kohn dan Sham kemudian mengemukakan suatu trik yang sangat jenius dalam memformulasikan
DFT menjadi mungkin untuk dihitung pada sistem riil dengan banyak elektron.
Saat ini seiring dengan kemajuan teknologi komputer sudah banyak tersedia program-program perangkat lunak
berbasiskan DFT untuk memecahkan permasalahan elektron. Sebagai contoh, diantaranya tersedia perangkat lunak VASP,
Ab Init, Quantum Espresso, ADF, dan Machikaneyama2000 untuk menghitung struktur material periodik serta tersedia pula
Gaussian03 dan Mopack untuk menghitung struktur material cluster. Di Indonesia khususnya, bidang keahlian komputasi
ini masih sangat kurang diminati mahasiswa karena berbagai alasan. Salah satu kendalanya adalah kerumitan dalam
formulasi matematis. Walaupun sebenarnya saat ini untuk melakukan suatu perhitungan berbasiskan DFT hanya
memerlukan kemampuan penggunaan perangkat lunak, wawasan dasar teori kuantum dan fisika material tetap diperlukan
untuk bisa memodelkan struktur material dan menganalisis hasil perhitungan. Oleh karena itu, dalam manuskrip ini
dijelaskan secara singkat mengenai dasar dalam pemodelan struktur material, khususnya padatan, sebagai tahap awal
dalam menggunakan perangkat lunak berbasiskan DFT. Sedangkan penjelasan mengenai bagaimana menganalisis hasil
suatu perhitungan akan disampaikan di manuskrip lain .
2. Apa saja yang bisa dilakukan dengan komputasi
Dalam dunia komputasi material dikenal istilah perhitungan ab initio atau first principle dan istilah semiempirik. Suatu
perhitungan dikatakan ab initio atau first principle jika dalam seluruh perhitungannya hanya digunakan hukum-
hukum/teorema/postulat matematika dan ilmu pengetahuan (dalam hal ini DFT). Sedangkan suatu perhitungan dikatakan
semiempirik apabila dalam perhitungannya disertakan pula data-data empirik seperti hasil eksperimen, dll.
Pada dasarnya suatu hasil perhitungan komputasi material menghasilkan suatu penjelasan terhadap sifat dan proses
material yang sudah diketahui dan juga memberikan prediksi sifat dan proses fundamental dari suatu hypothetical material
dalam skala atomik, yang justru kebanyakan tidak bisa dilakukan di laboratorium. Sifat-sifat dan proses fundamental yang
bisa diamati menggunakan DFT diantaranya adalah sifat magnetik, sifat elektrik, proses adsorpsi, proses dekomposisi, dll.

3. Trend perhitungan
Terdapat dua trend utama dalam komputasi material, khususnya padatan, yaitu bulk calculation dan surface calculation.
Bulk calculation adalah perhitungan sebuah model material padatan dalam 3D. Bulk calculation dengan posisi atom-atom
freeze sangat bermanfaat untuk optimisasi nilai konstanta lattice, energi cutoff, dan k-points dari suatu model. Sedangkan
surface calculation adalah perhitungan sebuah model 2D berbentuk layer yang kemudian dapat pula disusun menjadi bulk
3D berupa susunan layer-layer dan sebuah ruang vakum di atasnya agar tidak berinteraksi dengan surface lain hasil
periodiknya (dikenal sebagai slab model). Kini di berbagai lembaga penelitian material, termasuk di Tohoku University
(Kawazoe group), Osaka University (Kasai group), dan The University of Wisconsin (Mavrikakis group), perhatian lebih
dipusatkan pada surface calculation. Salah satu alasan dari banyak keistimewaan surface calculation adalah karena
material katalis, yang kini banyak diperlukan di berbagai proses industri dan energy source, dapat dihitung menggunakan
slab model dan mampu menghasilkan prediksi yang baik.

4. Sel dan vektor lattice primitif

Gambar 4.1 Contoh sel primitif [2]

Sel dan vektor lattice dikatakan primitif (1x1 unit sel) apabila sel dan vektor lattice tersebut adalah yang terkecil dari yang
bisa diamati. Cara yang paling mudah untuk menentukan sel primitif adalah dengan melihat keberulangan minimum
(kemiripan) atom-atom yang dibentuk seperti yang ditunjukkan Gambar4.1 di atas. Sama halnya dalam menentukan vektor
lattice primitif adalah dengan menarik tiga buah garis dari titik acuan ke tiga buah atom terdekat. Sudah barang tentu,
dalam kasus perhitungan sebenarnya jarang ditemukan model dengan menggunakan sel primitif karena semakin besar unit
sel yang digunakan, hasil perhitungan akan semakin baik. Namun untuk skala belajar, penggunaan sel primitif tentu akan
sangat bermanfaat. Selain lebih mudah dalam menentukan posisi atom-atom, juga meringankan beban kerja komputer.
Vektor lattice diberikan dalam tiga buah vektor; A(1), A(2), dan A(3) dan sangat bermanfaat untuk memudahkan peneliti
dalam menentukan posisi atom-atom (vektor basis) yang kemudian dapat diterjemahkan dalam koordinat kartesian.
Sebagai contoh, kristal ZnO memiliki tipe kristal hexagonal wurtzite (lihat Gambar 7.9) dengan a dan c adalah konstanta
lattice, u adalah parameter internal, dan vektor lattice dan vektor basisnya adalah sebagai berikut:
#Vektor lattice:
1/2
A(1) = aX-3 aY
1/2
A(2) = aX+3 aY
A(3) = cZ
# Basis Vectors:
-1/2
B(1) = 1/3 A1 + 2/3 A2 = aX+3 aY (Zn)
-1/2
B(2) = 2/3 A1 + 1/3 A2 + A3 = aX-3 Y+cZ (Zn)
-1/2
B(3) = 1/3 A1 + 2/3 A2 + u A3 = aX+3 aY+ucZ (O)
-1/2
B(4) = 2/3 A1 + 1/3 A2 + ( + u) A3 = aX-3 a Y + ( + u) c Z (O)
Dalam contoh di atas tampak bahwa vektor basis dalam koordinat kartesian diterjemahkan sebagai perkalian antara suatu
konstanta dengan lattice vektor. Secara praktis bagaimana nilai lattice vektor A(1), A(2), A(3) dan konstanta-konstanta pada
vektor basis tersebut bisa didapat, dijelaskan pada Bagian 7.

5. Translasi lattice vektor

Jika seseorang melakukan penelitian terhadap suatu molekul yang didekatkan pada suatu surface tertentu (slab model)
yang memiliki lattice vektor berbeda, umumnya peneliti tersebut akan menemui kesulitan pada saat memindahkan
molekul tersebut ke dalam vakum pada slab model karena adanya perbedaan lattice vektor. Sehingga diperlukan proses
translasi lattice vektor untuk mengatasinya. Sebagai contoh, vektor basis B(1) pada kristal ZnO di atas hendak
ditranslasikan ke dalam lattice vektor berikut:
C(1) = o.d X + p.d Y + q.d Z
C(2) = r.d X + s.d Y + t.d Z
C(3) = u.d X + v.d Y + x.d Z
Dimana d adalah konstanta lattice baru yang sudah diketahui dan a adalah konstanta lattice yang lama, sehingga dengan
memecahkan tiga buah persamaan di bawah ini menggunakan metode eliminasi standar atau eliminasi gaussian [3]
ataupun substitusi, akan didapatkan hasil translasi vektor B(1) = b1 C1 + b2 C2 + b3 C3.
o.d.b1 + r.d.b2 + u.d.b3 = a
-1/2
p.d.b1 + s.d.b2 + v.d.b3 = 3 a
q.d.b1 + t.d.b2 + x.d.b3 = 0

6. Struktur periodik dan cluster

Sangatlah penting menentukan apakah model yang hendak dikalkulasi berstruktur periodik atau berstruktur cluster karena
akan menentukan perangkat lunak apa yang cocok untuk digunakan. Seperti yang sudah disampaikan pada Bagian 1,
perangkat lunak DFT saat ini terdapat dua macam, yaitu periodik dan cluster. Pada umumnya, struktur periodik terdapat
pada bahan padatan yang memiliki struktur kristal (long range order), sedangkan struktur cluster umumnya terdapat pada
bahan molekular seperti metanol, air, hidrogen sulfida, protein, rantai hidrokarbon, dll.
Penggunaan perangkat lunak yang tidak tepat pada model yang hendak dikalkulasi akan menghasilkan perhitungan yang
sama sekali salah. Sebagai contoh, jika dilakukan kalkulasi terhadap kristal Montmorilonit menggunakan perangkat lunak
Gaussian03, maka hasil perhitungan (optimasi geometri) akan memperlihatkan struktur yang rusak (pecah/ mengembang).
Hal ini dikarenakan pada perhitungan cluster, unit sel-unit sel tetangga digantikan oleh ruang vakum. Sehingga unit sel
model yang seharusnya mendapatkan pengaruh dari unit sel-unit sel tetangga (hasil periodiknya) tidak terjadi dan unit sel
model menjadi mengembang dan pecah. Namun sebaliknya, suatu model cluster umumnya bisa dikalkulasi dengan cukup
baik menggunakan perangkat lunak periodik dengan cara membuat vakum antar unit sel menjadi cukup besar.
7. Beberapa model kristal
7.1 Body Centered Cubic (BCC)
Tipe kristal BCC memiliki sejumlah dua atom dalam satu unit sel (dengan sembilan bola atom), namun hanya terdapat satu
buah atom dalam satu sel primitifnya yakni pada posisi 0,0,0 seperti yang ditunjukkan pada Gambar 7.1 (b). Karena posisi
atom terdekat dengan titik acuan adalah berada di tengah-tengah unit sel, sehingga ketiga buah vektor lattice primitifnya
mengarah ke tengah-tengah unit selnya sendiri dan ke dua unit sel tetangga sebagai berikut (lihat juga Gambar 7.1 (a)):
A(1) = - a X + a Y + a Z
A(2) = + a X - a Y + a Z
A(3) = + a X + a Y - a Z

a). b).

Gambar 7.1 Struktur kristal BCC

Gambar 7.2 menunjukkan proses mendapatkan bidang (surface) bcc(110). Dimulai dengan menarik garis (110) dari titik
acuan (garis berwarna oranye), kemudian bidang (110) didapatkan dengan menggambarkan bidang-bidang yang tegak
lurus dengan garis (110). Pada Gambar 7.2 (a), bidang bergaris hitam adalah bidang (110) pertama dan bidang bergaris
hijau adalah bidang (110) kedua, yang keduanya dipisahkan jarak 1/2. Pada Gambar 7.2 (b) ditunjukkan penglihatan yang
tegak lurus terhadap bidang (110) pertama, sedangkan pada Gambar 7.2 (c) ditunjukkan bidang (110) untuk unit sel
primitif. Karena permukaan bersifat 2D, maka lattice vektor yang bisa ditentukan melalui gambar hanya ada dua lattice
vektor, sedangkan lattice vektor ketiga ditentukan bebas sesuai dengan jumlah layer (N) dan panjang vakum pada slab
model (misalnya 8 vakum). Ketiga buah lattice vektor primitif tersebut diperlihatkan pada Gambar 7.2 (c) dengan lattice
vektor ketiga mengarah keluar bidang kertas. Sehingga lattice vektor untuk bidang BCC(110) adalah sebagai berikut:
A(1) = 2 a X + a Y
A(2) = 2 a X - a Y
A(3) = ((8/a) + (N-1)/2) a Z
Posisi layer kedua dimulai dari posisi atom (atom berwarna biru pada Gambar 7.2 (c)) 2/3A1, 2/3A2, 2A3 (atau -2A3
jika dinginkan layer kedua ditempatkan di bawah layer pertama). Sedangkan posisi atom untuk layer ketiga dst. berulang
dari 0,0,z (seperti dari layer pertama kembali hanya berbeda posisi z). Posisi atom-atom tersebut adalah dalam satuan
lattice vektor sehingga ketiga lattice vektor A(1), A(2), dan A(3) yang sudah didefinisikan di atas merupakan sumbu baru
bagi semua posisi atom-atom.

a). b). c).

2/3
a
2/3

2a

Gambar 7.2 Proses mendapatkan bidang BCC(110)

 Gambar 7.3 Contoh slab model Fe(100) dengan adsorban H2S [4]

7.2 Face Centered Cubic (FCC)

b).
a).

Gambar 7.4 Struktur kristal FCC

Tipe kristal FCC memiliki sejumlah empat atom dalam satu unit sel (dengan 14 bola atom), namun hanya terdapat satu
buah atom dalam satu sel primitifnya yakni pada posisi 0,0,0 seperti yang ditunjukkan pada Gambar 7.4 (b). Posisi atom-
atom terdekat dengan titik acuan ditunjukkan pada Gambar 7.4 (a), sehingga lattice vektor primitif untuk FCC adalah:
A(1) = a Y + a Z
A(2) = a X + a Z
A(3) = a X + a Y

a). b).

Gambar 7.5 Proses mendapatkan bidang FCC(111)

Gambar 7.5 menunjukkan proses mendapatkan bidang FCC(111). Proses yang sama seperti BCC(110) dilakukan, sehingga
didapatkan bidang (111) pertama (berwarna hitam) dan kedua (hijau) seperti yang ditunjukan Gambar 7.5 (a). Kedua
bidang dipisahkan jarak (1/3)a. Gambar 7.5 (b) menunjukkan penglihatan yang tegak lurus terhadap bidang (111)
pertama. Atom biru dan kuning pada Gambar 7.5 (b) menunjukkan posisi atom pada layer berikutnya. Jika dimisalkan
vakum pada slab model adalah 8 dan banyaknya layer adalah N, maka lattice vektor primitif untuk bidang fcc(111) adalah
sebagai berikut: (lihat juga Gambar 7.6 (a) dan 7.6 (b))
A(1) = 2 a X
A(2) = (-1/8) a X + (3/8) a Y
A(3) = ((8/a) + (N-1)/3) a Z
Atom B dan C pada Gambar 7.6 (b) adalah posisi atom untuk 2 buah layer di bawah layer pertama secara berurutan, yaitu
pada posisi 1/3A1, 2/3A2, 0 dan 2/3A1, 1/3A2, 0. Sedangkan posisi atom untuk layer keempat dst. berulang dari 0,0,z
(seperti dari layer pertama kembali hanya berbeda posisi z). Atau secara umum, dapat diformulasikan sebagai [(2n%3)/3,
(n%3)/3, -nd/h] dengan d = 1/33 a, yakni jarak antar bidang dan n adalah nomor layer yang dimulai dari nol.
Karena posisi atom-atom adalah dalam satuan lattice vektor, maka lattice vektor A(1), A(2), dan A(3) menjadi sumbu baru
bagi semua atom. Hal ini terlihat pada Gambar 7.6 (b), sumbu y berubah menjadi miring mengikuti arah vektor A(2).

a). b).

2/3

1/3
a(3/8)
a/8 a/2 1/3 2/3

Gambar 7.6 Proses menentukan lattice vektor dari bidang FCC(111)

7.3 Diamond
Contoh unsur yang memiliki tipe kristal (bravais) diamond adalah karbon (C), silikon (Si), germaniun (Ge), dan timah (Sn-)
Bravais diamond memiliki 18 bola atom per satu unit sel (Gambar 7.7 (a)) dan dua atom per satu sel primitif, yaitu pada
1 1 1
posisi 0,0,0 dan /4, /4, /4 (lihat Gambar 7.7 (b)). Sedangkan ketiga lattice vektor primitifnya adalah sebagai berikut:
A(1) = a X + a Y
A(2) = a Y + a Z
A(3) = a X + a Z
a). b).

Gambar 7.7 Struktur kristal diamond

7.4 Hexagonal
Bravais hexagonal memiliki beragam bentuk sebagaimana bravais kubus yang memiliki sc, bcc, dan fcc. Pada pembahasan
ini, diambil contoh material graphite yang memiliki bravais hexagonal hp4 (artinya hexagonal dengan 4 buah atom per satu
sel primitif). Namun uniknya, hp4 pun memiliki aneka ragam bentuk yang mengakibatkan lattice vektornya pun berbeda-
beda. Graphite contohnya, memiliki lattice vektor sebagai berikut:
 1/2
A1 = a X - 3 aY
1/2
A2 = a X + 3 aY
A3 = c Z
dengan posisi keempat atomnya adalah sebagai berikut:
B1 = A3 = cZ (C)
B2 = A3 = cZ (C)
-
B3 = 1/3 A1 + 2/3 A2 + A3 = a X + 3 a Y + c Z (C)
-
B4 = 2/3 A1 + 1/3 A2 + A3 = a X - 3 a Y + c Z (C)

Gambar 7.8 Struktur kristal heksagonal

Contoh lain dari bravais hp4 adalah wurtzite sebagaimana yang sudah dijelaskan pada Bagian 4. Contoh material yang
memiliki struktur wurtzite antara lain ZnS dan ZnO seperti yang ditunjukkan Gambar 7.9 di bawah ini.

Gambar 7.9 Struktur kristal wurtzite

* beberapa data dan gambar didapatkan dari referensi [5-7]

8. Aplikasi dalam beberapa perangkat lunak

8.1 Vienna Ab-initio Simulation Package (VASP) [8]
VASP adalah perangkat lunak shareware berbasiskan DFT yang menggunakan baik Vanderbilt pseudopotentials, Projector
Augmented Wave Method (PAW), ataupun himpunan basis gelombang bidang dan menerapkan perhitungan periodik.
Metode dalam menghitung exchange-correlation mencakup baik Local Density Approximation (LDA) ataupun Generalized
Gradient Approximation (GGA). VASP sangat lazim digunakan oleh para peneliti karena kemudahannya, keakuratannya,
dan komunitasnya yang aktif. Selain itu, VASP juga sangat nyaman digunakan untuk menganalisis pergerakan atom-atom
dalam model dan untuk membuat model dalam jumlah sangat banyak.
Studi kasus:
Gunakan VASP untuk mendapatkan nilai optimized dari konstanta lattice Palladium (Pd), kemudian bandingkan hasilnya
dengan hasil eksperimen! Buatlah slab model Pd(111) pada unit sel 3x3 dengan ketebalan 2 layer dan lebar vakum 10 !
Solusi:
Untuk mendapatkan nilai konstanta lattice dari hasil perhitungan digunakan bulk calculation berulang-ulang dengan
konstanta lattice tebakan yang berbeda-beda (divariasikan di sekitar nilai hasil eksperimen, yaitu disekitar 3.9 ). Dengan
menvariasikan nilai konstanta lattice dari 3.7 hingga 4.4 ke dalam file input POSCAR berikut: (detail tutorial menggunakan
VASP dapat dibaca referensi [8])
Pd fcc bulk
3.7
0.0 0.5 0.5
0.5 0.0 0.5
0.5 0.5 0.0
1
Direct
0.00 0.00 0.00
akan didapatkan hasil berupa kurva energi total terhadap konstanta lattice sebagai berikut:

-4.6
Nilai konstanta lattice sebenarnya adalah konstanta
3.6 3.8 4 4.2 4.4 4.6 lattice dengan energi terrendah. Dari kurva di samping,
-4.7
konstanta lattice dengan energi terendah dapat
-4.8
ditemukan dengan cara mencari nilai akar-akar positif
-4.9
dari persamaan y(x), yaitu 3.923 . Persamaan y(x)
-5
didapatkan melalui proses fitting (regresi) orde empat.
-5.1
Untuk memodelkan struktur fcc(111) dengan 3x3 unit
-5.2
y= 3.0944x4 - 54.522x3 + 361.23x2 - 1064.6x + 1170.6 sel dapat dilakukan secara mudah dengan cara saling
-5.3
menempelkan struktur fcc(111) primitif sebanyak 9
buah di sampingnya. Pada gambar di samping diper-
16 17 18 lihatkan hasil model fcc(111) 3x3 unit sel dimana atom-

7 8 9 atom berwarna hijau adalah layer pertama dan atom-

atom berwarna putih adalah layer kedua yang dipi-
13 14 15
sahkan jarak sejauh (1/3)a. Karena unit sel bertam-
3a.(3/8)1/2 4 5 6
bah besar, maka lattice vektor berubah menjadi 3kali
10 11 12 lipat lebih besar daripada sel prmitif. Dengan meng-

3a/8 1 2 3 kalikan masing-masing lattice vektor primitf dengan 3

3a/2 didapatkan lattice vektor baru sebagai berikut:

A(1) = (3/2)a X + 0a Y + 0a Z
1/2 (10+a*(N-1)/3)/a. Dengan konstanta
A(2) = (-3/8)a X + 3.(3/8) aY+ 0a Z
lattice a=3.887, N adalah banyaknya
A(3) = 0a X + 0a Y + 3,12642a Z - layer dan lebar vakum 10 -1/(3,12642.3)

dengan posisi atom-atomnya adalah sebagai berikut:

1. 0.000000A1 + 0.000000A2 + 0.000000000A3 10. 0.222222A1 + 0.111111A2 + -0.184668172A3
2. 0.333333A1 + 0.000000A2 + 0.000000000A3 11. 0.555555A1 + 0.111111A2 + -0.184668172A3
3. 0.666666A1 + 0.000000A2 + 0.000000000A3 12. 0.888888A1 + 0.111111A2 + -0.184668172A3
4. 0.000000A1 + 0.333333A2 + 0.000000000A3 13. 0.222222A1 + 0.444444A2 + -0.184668172A3
5. 0.333333A1 + 0.333333A2 + 0.000000000A3 14. 0.555555A1 + 0.444444A2 + -0.184668172A3
6. 0.666666A1 + 0.333333A2 + 0.000000000A3 15. 0.888888A1 + 0.444444A2 + -0.184668172A3
7. 0.000000A1 + 0.666666A2 + 0.000000000A3 16. 0.222222A1 + 0.777777A2 + -0.184668172A3
8. 0.333333A1 + 0.666666A2 + 0.000000000A3 17. 0.555555A1 + 0.777777A2 + -0.184668172A3
9. 0.666666A1 + 0.666666A2 + 0.000000000A3 18. 0.888888A1 + 0.777777A2 + -0.184668172A3
Jika ditulis dalam VASP, file input POSCAR menjadi:
Pd(111) vacuum 10A 2layers
3.923
2.1213203440 0.000000000 0.00
-1.060660172 1.837117307 0.00
0.0000000000 0.000000000 3.15
18
Direct
0.000000 0.000000 0.000000000
0.333333 0.000000 0.000000000
0.666666 0.000000 0.000000000
0.000000 0.333333 0.000000000
0.333333 0.333333 0.000000000
0.666666 0.333333 0.000000000
0.000000 0.666666 0.000000000
0.333333 0.666666 0.000000000
0.666666 0.666666 0.000000000
0.222222 0.111111 -0.184668172
0.555555 0.111111 -0.184668172
0.888888 0.111111 -0.184668172
0.222222 0.444444 -0.184668172
0.555555 0.444444 -0.184668172
0.888888 0.444444 -0.184668172
0.222222 0.777777 -0.184668172
0.555555 0.777777 -0.184668172
0.888888 0.777777 -0.184668172

8.2 Machikaneyama2000 (Akai-KKR) [9-10]

Machikaneyama2000 adalah perangkat lunak yang menggunakan himpunan basis gelombang bidang (periodik) dan
menggunakan metoda Korringa-Kohn-Rostoker (KKR) yang dikombinasikan dengan Coherent Potential Approximation (CPA)
serta pendekatan muffin-tin untuk menghitung energi kinetik dari sistem tak berinteraksi. Metode dalam menghitung
exchange-correlation pun mencakup baik LDA ataupun GGA. Machikaneyama2000 sangatlah cocok diaplikasikan pada
disordered alloy model dan spintronics model. Akan tetapi, karena dia menggunakan metode CPA yang membuat model
selalu dalam keadaan freeze/still selama perhitungan, maka pergerakan atom-atom dalam model tidak bisa diamati, tetapi
waktu perhitungan bisa semakin cepat. Walaupun begitu, perangkat lunak ini gratis, persyaratan perangkat keras minim,
tidak memerlukan banyak perangkat lunak tambahan, relatif mudah digunakan, dan hasil perhitungannya cukup baik.
Studi kasus: [11]
Tentukan keadaan yang paling stabil (apakah keadaan ferromagnetik atau anti-ferromganetik) dari model disordered alloy
antara kristal ZnO dengan ketidakmunian logam-logam transisi (TM)!
Solusi:
Untuk memudahkan kalkulasi, dimodelkan kristal ZnO pada sel primitifnya (1x1 unit sel) dan logam-logam transisi yang
dipakai sebagai ketidakmurnian hanya mencakup V, Cr, Mn, Fe, Co, dan Ni yang divariasikan konsentrasinya. Sehingga,
model dapat dirumuskan sebagai (Zn1 x , TM x )O untuk sistem dengan momen magnet antar TM paralel (ferromagnetik)

dan (Zn1 x , TM x/ 2 , TM x/ 2 )O untuk sistem dengan momen magnet antar TM anti-paralel (anti-ferromagnetik).
Dari hasil eksperimen (akan lebih baik jika dari hasil perhitungan sendiri menggunakan perangkat lunak yang sama)
diketahui konstanta lattice a = b = 3.2495 , c = 5.2069 dan u = 0.345. Lattice vaktor menggunakan lattice vektor primitif
yang sudah dijelaskan di atas, sehingga posisi atom-atom adalah sebagai berikut:
B(1) = 1/3 A1 + 2/3 A2
B(2) = 2/3 A1 + 1/3 A2 + A3
B(3) = 1/3 A1 + 2/3 A2 + u A3
B(4) = 2/3 A1 + 1/3 A2 + ( + u) A3
Atau dalam koordinat kartesian (dalam satuan konstanta lattice a dan c) adalah sebagai berikut:
B(1) = 0.00000000a 0.00000000a 0.00000000c
B(2) = 0.50000000a 0.28867513a 0.50000000c
B(3) = 0.00000000a 0.00000000a 0.34500000c
B(4) = 0.50000000a 0.28867513a 0.84500000c
Dengan file input specx sebagai berikut: (detail tutorial menggunakan Machikaneyama2000 dapat dibaca referensi [10])

#--------------(Zn,Mn)O 25% Anti-ferromagnetik ----------------# (comment line diawali dengan #)

#- calctyp file ----------------------------------------------#
go data/Mn25 (beri 1 atau 2 spasi untuk mengawali perintah)
#- brvtyp a c/a b/a alpha beta gamma -------------#
hex 6.1404 1.60237 1.0 90.0 90.0 120.0
#- edelt ewidth reltyp sdftyp magtyp ------------------------#
0.0001 1.7 sra mjw mag
#- record outtyp bzqlty maxiter pmix -------------------------#
init update 3 100 0.018
#- number of sites --------------------------------------------#
2
#- type ncmp rmt field lmax z conc -------------------------#
ZnMn 3 1 0 2 30 75
25 12.5
25 12.5
O 1 1 0 2 8 100
#- banyak atom per unit sel (dalam kasus ini primitif sel)-----#
4
#- coordinates cartesian-------tipe atom ------------atau dlm satuan lattice vektor(direct)--#
0.00000 0.00000 0.00000 ZnMn 0.333333a 0.666666b 0.00000c ZnMn
0.50000 0.28867 0.50000 ZnMn atau 0.666666a 0.333333b 0.50000c ZnMn
0.00000 0.00000 0.34500 O 0.333333a 0.666666b 0.34500c O
0.50000 0.28867 0.84500 O 0.666666a 0.333333b 0.84500c O
#----------------------- end input data -----------------------#

dan file input fmg sebagai berikut (untuk membalikan arah spin atom Mn yang kedua):

../data/namafile 1 2 3 4
../data/namafile 12 -3 4

serta dilakukan kalkulasi untuk setiap keadaan, setiap ketidakmurnian, dan setiap konsentrasi, didapatkan hasil berikut:
 Dengan menerapkan rumus E = EAF - EF dan nilai positif
menunjukkan kestabilan alloy pada keadaan ferromagnetik,
maka dari gambar di samping didapatkan kesimpulan bahwa
ZnO dengan ketidakmurnian V, Cr, Fe, Co, atau Ni
merupakan kandidat untuk menghasilkan alloy dengan sifat
ferromagnetik.
Cat.: sistem dengan energi total lebih rendah adalah sistem
yang lebih stabil.

*Pada Machikaneyama2000, lattice vektor primitif diberikan secara otomatis sesuai tipe bravais yang dipilih dalam file
input specx. Untuk dapat mendefinisikan lattice vektor yang lebih besar dapat dibaca referensi [10] bagian 3.2 halaman 5.

9. Referensi
[1] Martin, Richard, Electronic Structure Basic Theory and Practical Methods, Cambridge University Press, 2004.
[2] Dronskowski, Richard, Computational Chemistry of Solid State Materials, Weinheim: WILLEY-VCH Verlag GmbH & Co.,
2005.
[3] http://mathworld.wolfram.com/GaussianElimination.html
[4] M.J.S. Spencer, N. Todorova, I. Yarovsky, H2S dissociation on the Fe(100) surface: An ab initio molecular dynamics
study, Surf. Sci. 602 (2008) 1547.
[5] http://www.vlab.msi.umn.edu/events/download/tutorial_wyckoff.pdf
[6] Center for Computational Material Science, Naval Research Laboratory Washington DC, Crystal Lattice Structures,
November 2008, http://cst-www.nrl.navy.mil/lattice/
[7] http://dcwww.camd.dtu.dk/campos/Dacapo/tut/exercise2/exercise2.html
[8] http://cms.mpi.univie.ac.at/vasp/
[9] http://sham.phys.sci.osaka-u.ac.jp/~kkr
[10] http://www.ghfecher.de/Run_AKAI-KKR.pdf

When you decide something based on what you wanna be in the future, you will never find the meaning of your efforts, but when you
understand what people and the world need in the future and you are there for them, your life will be meaningful