METABOLIT SEKUNDER
TEORI, KONSEP DAN TEKNIK PEMURNIAN
ii
UU No 19 Tahun 2002 Tentang Hak Cipta
iii
Azis Saifudin, Ph.D., Apt.
SENYAWA ALAM
METABOLIT SEKUNDER
TEORI, KONSEP DAN TEKNIK PEMURNIAN
iv
Jl. Elang 6, No 3, Drono, Sardonoharjo, Ngaglik, Sleman
Jl.Kaliurang Km.9,3 Yogyakarta 55581
Telp/Faks: (0274) 4533427
Hotline: 0838-2316-8088
Website: www.deepublish.co.id
E-mail: deepublish@ymail.com
SAIFUDIN, Azis
Senyawa Alam Metabolit Sekunder Teori, Konsep, dan Teknik
Pemurnian/oleh Azis Saifudin.--Ed.1, Cet. 1--Yogyakarta:
Deepublish, November 2014.
vii, 113 hlm.; 25 cm
ISBN 978-602-280-472-7
1. Senyawa I. Judul
546
PENERBIT DEEPUBLISH
(Grup Penerbitan CV BUDI UTAMA)
Anggota IKAPI (076/DIY/2012)
v
KATA PENGANTAR
Solo, 2014
Penulis
vi
DAFTAR ISI
vii
BAB I
PERAN BAHAN ALAM DALAM PENEMUAN MOLEKUL OBAT
HO O
O OH O
O
OH O
O
H
O O O
O O OH O O H H
H
O
OH
H2N O
N OH
O
O HO
O
N
O
OCH3 N NH O
O
O
H3CO HO
O O O
OH
N O OH
H
O OH O O
OCH3
Obat Makromolekul
Kebanyakan obat makromolekul berupa protein dan
polisakarida. Produk ini berbagai vaksin dan produk imunologi.
Berat molekul golongan ini mayoritas lebih dari 1000 Dalton dan
memiliki kelarutan dalam buffer air. Kebanyakan protein merupakan
produk bioteknologi yang dihasilkan dengan rekayasa genetika
dengan bantuan mikrobia. Demikian pula produk obat protein dan
vaksin ini disiapkan dan disimpan dalam buffer.
Makromolekul diperoleh dengan cara ekstraksi serum
binatang, fermentasi bakteri atau jamur. Sifat obat makromolekul
larut dalam air atau buffer.
Baik mikromolekul kebanyakan merupakan produk alam.
Sedangkan makromolekul dihasilkan dari proses fermentasi/
bioteknologi.
Sejak kehidupan manusia pertama Nabi Adam AS hingga detik
ini manusia memanfaatkan bahan alam untuk hidup. Untuk
mendukung kehidupan: kelahiran, pertumbuhan, makan, minum,
pakaian, papan, keindahan, seni, beragama, dan kematian manusia
tidak bisa terlepas dari bahan alam. Kesemua aspek kehidupan
tersebut manusia sangat tergantung dengan zat alami yang dihasilkan
oleh makhluk hidup lain. Dari sisi makhluk produsen, senyawa alami
ada yang digunakan sebagai zat esensial untuk hidup dan ada zat
yang sekedar untuk mendukung kehidupan. Zat esensial untuk hidup
Metabolit Primer
Memiliki ciri:
Esensial untuk hidup: pertumbuhan normal, perkembangan dan
reproduksi. Berupa enzim fisiologis, menghasilkan energi misalnya
karbohidrat.
Terlibat langsung dalam fungsi fisiologis normal: protein dan
enzim
Terdapat di dalam organisme atau sel.
Dikenal dengan istilah metabolit sentral.
Berat molekul (BM) dari kecil dalam bentuk monomer hingga
sangat besar polimer ( > 1500 Dalton).
Contoh: glukosa, asam organik sederhana, asam lemak,
protein, hormon, enzim adalah metabolit primer.
Gambar 1.2. Dari 1355 obat yang digunakan di klinik pada rentang
tahun 1981-2010, hanya 4.4% molekul alami langsung
sebagai obat dan 0.4% ekstrak, namun sekitar 48% obat-
obatan lain diperoleh dengan modifikasi molekul alami,
atau berupa vaksin. (Diadaptasi dari Newman et al, 2012
Journal of Natural Products).
Farmakognosi
Farmakognosi berasal dari kata Yunani Pharmakon (obat) dan
gnosis (pengetahuan), yakni pengetahuan tentang bahan obat. Secara
Pertanyaan
1. Apa keuntungan metabolit sekunder jika digunakan sebagai
bahan baku obat dibandingkan dengan molekul-molekul
besar?
2. Bandingkan sifat metabolit sekunder pula terhadap senyawa-
senyawa yang sangat mudah larut air? dapatkan Anda
memikirkan kelemahannya?
Kimia sintesis
Molekul semi
Standardisasi dan kontrol Farmakologi alami
kualitas (kimia analisis)
Molekul
Sintesis
Farmasetika
10 | M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n
Selain melakukan biosintesis sekunder, makhluk hidup
melakukan biosintesis primer sebagai proses kimiawi vital untuk
dasar untuk melakukan aktifitas hidup. Biosintesis ini dilakukan untuk
menghasilkan senyawa-senyawa esensial dan dasar reaksi-reaksi
kehidupan misalnya gula (karbohidrat) untuk menghasilkan energi,
asam amino untuk membangun jaringan dan biokatalis, asam lemak
untuk membangun dinding sel dan cadangan energi. Tanpa
metabolit primer ini dasar-dasar hayati tidak ada dan metabolit
sekunder juga tidak bisa diproduksi.
Metabolit primer terdiri dari 3 golongan utama yakni
karbohidrat, protein dan lemak. Glukosa esensial untuk
menghasilkan energi, asam amino vital untuk menghasilkan berbagai
hormon dan neuro transmitter, lemak untuk membangun jaringan.
Setiap metabolit primer ini akan bersenyawa membentuk polimer
atau ikatan yang lebih kompleks membentuk jaringan tubuh.
Jaringan otot tersusun dari pensenyawaan kompleks protein, dinding
sel tumbuhan atau cangkang binatang dibentuk dari persenyawaan
antar karbohidrat, jaringan lemak disusun oleh persenyawaan lemak.
Antar metabolit primer ini juga akan saling membentuk
persenyawaan dalam membangun sel-sel dan jaringan kemudian
organ.
Adapun sifat-sifat kimiawi metabolit primer, memiliki berat
molekul kecil mulai dari 80-300 Dalton/amu, larut dalam air (gula
dan asam amino) atau tidak larut air misalnya asam lemak, jika saling
berikatan membentuk senyawa dengan berat molekul sangat besar
(BM >1000-100.000 d). Secara farmakologis, senyawa metabolit
sekunder memiiliki berbagai aktifitas biologis: anti bakteri, anti
infeksi, anti kolesterol, anti kanker, anti diabetes dll.
Pertanyaan: apakah hubungan antara metabolit sekunder dengan
metabolit primer ?
M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n | 11
Karena metabolit sekunder berjumlah jutaan di alam dan akan
terus ditemukan ratusan senyawa baru setiap tahun maka tidak
mungkin seseorang bisa menghafalnya, walaupun setiap golongan
struktur. Diperlukan frame work dan metode berpikir yang mampu
mencakup garis besar metabolit sekunder. Untuk itu pemahaman
dasar-dasar biosintesis diperlukan.
Tujuan memahami biosintesis metabolit sekuder:
1. Senyawa di alam berjumlah jutaan dan tidak mungkin dihafal.
Setiap tahun ditemukan ratusan senyawa baru. Bahkan antar
senyawa satu sama lain membentuk senyawa yang lebih
kompleks. Biosintesis digunakan untuk membangun paradigma
berpikir dan meringkas keterhubungan antar senyawa.
2. Keteraturan pola struktur. Dengan memahami kerangka dan
jalur asal biosintesis suatu golongan senyawa bisa digunakan
untuk membantu menentukan struktur kimia. Inti kerangka
senyawa-senyawa metabolit sekunder memiliki keteraturan
pola dan memiliki bentuk yang seragam di dalam keragaman
sehingga penentuan struktur (elusidasi struktur) cukup terbantu
dengan pemahaman kerangka biosintesis.
3. Desain obat modern. Dengan memahami jalur biosintesis dan
mekanisme penyakit dimungkinkan desain obat (sintesis obat
dan QSAR (Quantitative-Structure Activity Relationship) atau
HKSA (Hubungan Kuantitatif Struktur-Aktivitas)) berdasarkan
pola interaksi penyakit dan target obat yang lebih selektif.
4. Aspek selektifitas. Terkait kondisi patologis (biokimiawi
penyakit), biosintesis terkait dengan berbagai mekanisme
penyakit dan pengobatan. Dengan memahami mekanisme dan
jalur biosintesis pembentukan senyawa penyebab penyakit
maka dimungkinkan memilih target, mengeblok atau
meminimalkan senyawa biologis penyebab penyakit. Misalnya
menurunkan jumlah kolesterol, merusakkan kapsul dari virus,
mengeblok protein penyebab diabetes, meminimalkan
pembentukan NO (nitrit) pada penyakit jantung atau
menyebabkan jejas kerusakan jaringan. Berbagai penyakit
masih menjadi misteri dan kini jalur biosintesis, pathway/ dan
jalur komunikasi sel menjadi topik penting di bidang
12 | M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n
kedokteran dan pengobatan karena biosintesis seringkali terkait
dengan pembentukan agen degeneratif di dalam tubuh.
5. Aplikasi bioteknologi untuk produksi. Dengan diketahuinya
jalur biosintesis senyawa tertentu, melalui bioteknologi
kuantitas produk senyawa bermanfaat seperti obat yang
dihasilkan bisa dinaikkan. Jika senyawa kimia hanya bisa
dihasilkan dalam jumlah amat kecil misal taksol atau vinkristin
maka produksinya bisa ditingkatkan melalui potensi rekayasa
genetika atau manipulasi media fermentasi.
Berbagai mekanisme penyakit dan target obat baru ditemukan
dengan biosintesis, misalnya target biosintesis kolesterol, target enzim
pengganggu insulin, target penggangu asetil kolin pada Alzhaemers .
Ilmu biosintesis bukanlah ilmu yang mati dan statis namun berbagai
misteri besar kehidupan ada di dalamnya dan akan terus
berkembang dan ditemukan terutama di dunia biologi/kedokteran.
Untuk memahami dasar biosintesis metabolit sekunder maka
terlebih dahulu diperlukan beberapa istilah kunci:
1. Starting material: adalah senyawa sederhana yang biasanya
cukup stabil secara kimiawi dan menjadi bahan baku biosintesis
misalnya asam laktat glukosa, fruktosa, dan senyawa gula lain.
2. Prekursor: adalah senyawa yang terbentuk dari starting
material namun bukan produk akhir, seringkali prekursor ini
ditambahkan dari luar untuk meningkatkan produk. Prekursor
kebanyakan merupakan asam amino.
3. Biokatalis: sebagaimana pengertian katalis pada umumnya
namun katalis di dalam biosintesis secara khusus adalah enzim-
enzim pembantu reaksi.
4. Jalur biosintesis atau pathway: adalah rangkaian tahapan reaksi
perubahan starting material menjadi metabolit.
5. Produk: senyawa terakhir yang dihasilkan, yakni senyawa
senyawa poliketida (C2), terpenoid (C5), senyawa fenil
propanoid (C9) sebagai kerangka utama, senyawa alkaloid,
dan senyawa campuran.
Metabolit sekunder berasal dari biosintesis primer. Umumnya
starting material paling awal adalah senyawa metabolit primer
sederhana dan stabil secara kimia dan fisika, yakni gula.
M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n | 13
Penelitian biosintesis di dalam laboratorium:
Media hidup yang digunakan adalah kultur sel tumbuhan, kultur
jamur, kultur bakteri atau tumbuhan utuh.
H2O +
CO2
O2 +
Eritrose 4-P
Glukosa
FOTOSINTESIS
L-fenilalanin,
tirosin, triptofan
(C9)
Asam
Sikimat
Benzoik dan
fenolik (C7)
Turunan asetat
Dioksiselulosa (C5)
Turunan poliketida
Asetil-CoA (C2)
Asam mevalonat (C5)
Gambar 2.3 Alur biosintesis metabolit sekunder. Starting mula-mula
adalah air dan CO2 (fotosintesis) yang menunjukkan bahwa
fotosintesis adalah proses biokimiawi dasar yang mendasari
kehidupan. Dari fakta ini tampak sekali bahwa air adalah
starting material mula-mula semua makhluk hidup.
14 | M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n
1. Golongan asetat (C2): poliketida dan asam lemak.
2. Golongan mevalonat dan deoksisilulosa (C5): terpenoid
3. Golongan sikimat: fenil matanoid (C7) dan fenil propanoid
(C9)
4. Golongan alkaloid
5. Golongan campuran: kombinasi antar metabolit sekunder atau
metabolit sekunder dengan metabolit primer.
M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n | 15
- Jika cincin benzen biasanya mengandung lebih dari satu gugus
hidroksil (-OH) atau alkoksi (-OR) maka gugu-gugus tersebut
akan berposisi meta satu sama lain.
Gambar 2.5 Posisi meta antara dua gugus alkoksi adalah salah
satu ciri khas dari senyawa golongan poliketida.
Ciri sekunder:
- Semakin panjang rantai karbon maka semakin larut dalam
pelarut non polar, namun semakin banyak gugus hidroksil
maka kelarutan makin tinggi pada pelarut polar seperti
metanol.
Catatan: jumlah karbon di dalam struktur bisa kurang satu atau
kelebihan 1 ditoleransi dan tidak strict rumus C2, C5, C9.
Karena proses di alam oleh reaksi enzimatis.
- Diproduksi oleh hampir semua makhluk hidup, dari makhluk
tingkat rendah bakteri, alga, jamur, tumbuhan dan mamalia
hingga manusia.
16 | M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n
Jalur biosintesis poliketida:
Gambar 2.6 Biosintesis golongan asam lemak dari starting material asam
asetat (C2)
M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n | 17
Identifikasi senyawa poliketida:
Secara kimiawi: dikarenakan beragam strukturnya, maka tidak ada
reagen khusus penciri golongan poliketida. Biasanya identifikasi
didasarkan pada reaksi gugus fungsional kemudian diidentifikasi
perubahan warna yang terjadi atau pergeseran pada panjang
gelombang tertentu. Contohnya jika bergugus fenolik maka potensial
dikopling dengan senyawa pengkelat sehingga larutan lebih gelap.
Sedangkan pencirian fisis dengan menggunakan lampu UV biasanya
akan memberikan pemadaman pada 254 nm dan warna tertentu
pada 366 nm. Jadi tidak terlalu spesifik. Walaupun reagen anilin bisa
mengidentifikasi cincin benzene namun akan bias dengan golongan
fenil propanoid. Untuk identifikasi modern penggunaan reagen
kimiawi destruktif era sekarang sudah dihindari
Untuk golongan asam lemak mudah dicirikan berdasarkan sifat fisis
yang meninggalkan noda semi transparan pada kertas. Di bawah
sinar UV asam lemak tidak memberikan pemadaman flouresensi.
Dengan spektra NMR: jika memiliki proton pada gugus aromatis
maka akan memberikan sinyal geseran kimia sekitar 6-8 ppm. Jika
mengadung proton rantai panjang karbon ikatan tunggal (-CH2-)
maka akan memberikan sinyal antara 1-2,8 ppm, beberapa
diantaranya overlap. Jika mengandung proton dengan ikatan ganda
maka akan menunjukkan peak sekitar 5-6,5 ppm.
Latihan:
Jelaskan mengapa senyawa-senyawa berikut disebut poliketida:
18 | M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n
Golongan Senyawa Terpenoid (C5)
Gambar 2.8 Artemisinin adalah obat anti malaria yang diekstraksi dari
jamur Artemisinia annua, merupakan senyawa terpenoid.
Artemisinin menghambat pertumbuhan Plamodium
falciparum.
Jalur Biosintesis
Isopentenil piropospat (IPP) atau dimetil alil piropospat
(DMAPP) adalah starting material paling awal dari terpenoid.
Jalur biosintesis terpenoid di mulai dari pembentukan
isopentenil piropospat (IPP) yakni isopren yang mengikat dua
buah pospat kemudian bergabung satu dengan yang lain dari
kepala-ekor membentuk monoterpen, seskuiterpen, diterpen,
triterpen dan seterusnya. Mengapa isoprene dalam reaksi ini
harus mengikat pospat ?.
M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n | 19
Terdapat dua jalur biosintesis pembentuk terpenoid: 1 jalur
mevalonat dan 2. deoksiselulosa. Jalur biosintesis
deoksiselulosa adalah jalur biosintesis yang baru ditemukan.
Jalur deoksiselulosa ditandai lazim ada di dalam tumbuhan
atau bakteri, namun jarang terdapat di dalam makhluk
vertebrata termasuk manusia.
Minyak atsiri monoterpen dan seskuiterpen, steroid, kolesterol
merupakan senyawa terpenoid.
Apakah yang bisa Anda ambil pelajaran ?.
Dengan ketiadaaan atau tidak samanya jalur biosintesis
makhluk hidup, memungkinkan intervensi suatu obat cukup
selektif pada makhluk vertebrata.
Mekanisme pembentukan senyawa terpenoid:
20 | M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n
pembangun terpenoid bukan merupkan starting material paling awal
dari terpenoid. Mengapa isoprene dalam reaksi ini harus mengikat
pospat? Meskipun DMAPP dan IPP memiliki ikatan ganda namun
electron namun tidak terlalu reaktif untuk bereaksi dengan molekul
sejenis.
M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n | 21
3. Kadang mengandung gugus metilen (=CH2) terminal atau -
CH2OH. Disebabkan suatu reaksi pada cabang metil pada poin
2 gugus metil tersebut kadang mengalami modifikasi menjadi
gugus metilen terminal atau metil yang mengikat hidroksi.
4. Seringkali membentuk cincin atau rantai siklik yang unik
Ciri sekunder:
5. Semakin panjang rantai karbon (jumlah karbon) kelarutan
makin larut pada pelarut non polar.
6. Jarang memiliki gugus aromatis.
7. Jika memiliki rantai ikatan ganda umumnya berjumlah
terbatas.
Keberadaan senyawa terpenoid berbobot molekul rendah
berlimpah distribusinya pada tumbuhan dan makhluk tingkat rendah
seperti jamur/fungi, bakteri dengan struktur sangat beragam. Pada
makhluk vertebrata dan manusia jenis senyawa terpenoid didominasi
turunan steroid.
Identifikasi Terpenoid
Secara kimia: Karena terpenoid sangat beraneka ragam strukturnya
dan tidak memiliki gugus yang uniform terkait reaktifitas kecuali
ikatan gandanya maka secara kimia terpenoid diidentifikasi dengan
penyemprotan pereaksi vanillin-asam sulfat atau anisaldehida-asam
sulfat yang akan menghasilkan warna-warna ungu, kuning coklat,
hitam pada sinar tampak. Vanillin dan anisaldehida memperpanjang
rantai terkonjugasi dari senyawa target. Atau kadang dilakukan
reaksi oksidasi, yang diperkirakan terlepasnya beberapa hidrogen
meningkatnya jumlah ikatan ganda sehingga terbentuk warna violet
pada cahaya tampak. dengan pereaksi umum serium(IV)sulfat yang
akan menghasilkan warna ungu, biru atau kuning.
Secara fisika: Karena ikatan gandanya terbatas maka identifikasi non
spesifik terpenoid adalah dengan melihat bercak kromatografi lapis
tipis silica gel254 nm di bawah sinar lampu UV 254 akan menghasilkan
bercak warna ungu pemadaman, dengan warna latar lempeng
fluoresensi hijau (lempeng berwarna hijau). Dan di bawah lampu UV
366 mm tidak menghasilkan fuoresensi. Semakin terbatas ikatan
22 | M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n
gandanya tentu intensitas akan lemah. Sehingga senyawa-senyawa
triterpen seperti asam ursolat, asam betulinat, kolesterol sulit tampak
dengan identifikasi fisis. Untuk memvisualkan bercak kromatografi
golongan terpenoid rantai panjang memerlukan derivatisasi dengan
penyemprotan vanillin, anisal dehida, serium sulfat kemudian
dipanaskan beberapa detik sehingga akan timbul warna dari kuning
hingga merah tua. Harap dicatat bahwa reaksi kimia seperti ini
terlalu umum.
O
OH
H
H H
Soal latihan:
a. Sebutkanlah mengapa senyawa-senyawa berikut ini adalah
termasuk terpenoid dan masuk pada golongan tepenoid yang
mana?
M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n | 23
O
O
H H HO OH
4. -kariofilen 5. Heyneanol
OH
CO2H
HO
6. Steviol 7. Amrin
24 | M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n
Andrografolid dalam herba sambiloto:
O O
HO
O
HO
O H O
O
H
O OCH3
O
H3CO OH
M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n | 25
struktur benzoik, berbagai polifenol (bukan jalur tunggal) terbentuk
dari struktur C7.
Golongan Fenil propanoid adalah adalah senyawa yang
memiliki aktifitas farmakologi luas seperti antikanker
(podofilotoksin), filantin berefek sebagai hepatoprotektor dan
stimulan kekebalan dalam tanaman meniran (Phyllanthus niruri),
antiaterosklerosis (stilebenoid, resveratrol), antidiabetes
(sinamaldehide, terkandung dalam kulit kayu manis (Cinnamomum
burmani), eugenol bahan antiseptik gigi diperoleh dari kuncup bunga
cengkeh (Syzygium aromaticum). Berbagai bahan parfum atau aroma
aromaterapi merupakan senyawa fenil propanoid. Jadi minyak atsiri
disusun oleh golongan monoterpen, seskuiterpen, dan
fenilpropanoid.
26 | M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n
Ciri-ciri senyawa fenil propanoid dan fenil metanoid:
1. Selalu memiliki kerangka inti fenil dan propanoid sehingga
disebut C9 dan kelipatannya misalnya 2 x C9, 3 x C9 dst. Jika
C7 maka memiliki kerangka benzil dan 1 rantai karbon
samping
2. Pada kerangka aromatik jika memiliki gugus hidroksil (-OH)
atau alkoksi (-OR) biasanya akan berada pada posisi para
terhadap rantai samping propanoidnya.
3. Jika terdapat lebih dari satu alkoksi (-OR) atau hidroksil (-OH)
maka akan berposisi orto.
Keberadaanya berlimpah pada tumbuhan namun terbatas pada
jamur dan belum ditemukan pada manusia atau vertebrata.
Golongan ini melewati starting material asam amino L-tirosin dan L-
fenilalalin yang merupakan asam amino esensial (manusia tidak
memiliki jalur biosintesis ini). Sehingga potensi toksisitas kecil pada
manusia.
M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n | 27
karbon NMR maka akan terdapat sinyal karbon sebanyak enam
buah pada geseran kimia di atas 100 ppm. Sedangkan rantai
samping tergantung gugus yang diikat, jika membuat proton fenil
maka akan memberikan sinyal pada geseran kimia antara 4,5- 6
ppm, jika berupa proton alifatik maka akan berada di antara 1-2
ppm, jika terikat pada karbon yang mengikat oksigen maka akan
berada di antara 3-4 ppm.
Golongan alkaloid
28 | M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n
Definisi alkaloid klasik menyatakan
H
H O bahwa semua senyawa metabolit sekunder
N C yang mengandung unsur nitrogen di dalam
kerangkanya. Alkaloid diklasifikasi-kan
H R OH berdasarkan asam amino prekursornya
dan di dalam kerangkanya masih memiliki
atom nitrogen.
Adapun senyawa dengan kerangka asetat, terpenoid, shikimat
yang mengalami aminasi (pemasukan atom N) bukanlah alkaloid
secara definisi khusus.
Senyawa alkaloid memiliki peran yang sangat besar di dalam
bidang kedokteran. Senyawa yang pertama kali diisolasi secara murni
adalah morfin. Berbagai obat penting terutama obat syaraf adalah
alkaloid. Berbagai doping, bahan obat narkotik, kopi dikonsumsi
sehari-hari oleh manusia mengandung alkaloid yakni kafein, coklat
adalah alkaloid teobromin.
Namun secara dominan alkaloid adalah senyawa metabolit
sekunder yang berasal dari prekursor asam amino. Sehingga untuk
mempelajari alkaloid bisa ditelusuri berdasarkan building block atau
kerangka asam amino asalnya.
Golongan utama alkaloid:
alkaloid turunan ornitin
alkaloid turunan lisin
alkaloid turunan asam nikotinat
alkaloid turunan tirosin
alkaloid triptopan dan asam antranilat
alkaloid turunan histidin
alkaloid karena reaksi aminasi
M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n | 29
Secara farmakologis bersifat bioaktif lemah hingga kuat. Alkaloid
yang bersifat lemah bermanfaat sebagai zat rekresional, misalnya
kafein dalam teh dan kopi. Alkaloid yang berefek kuat bersifat
blocker atau stimulant berbagai reseptor atau protein fungsional.
Alkaloid yang sangat poten bersifat racun misalnya beberapa
alkaloid dari katak.
Obat-obatan seringkali dibuat dengan memodifikasi alkaloid
endogen. Terdistribusi luas dari tumbuhan, jamur, bakteri hingga
mamalia. Neurotransmitter kebanyakan merupakan alkaloid:
adrenalin, atropin, asetilkolin,glutamat, adenosin, dll.
Soal latihan:
identifikasilah mengapa senyawa-senyawa berikut merupakan
alkaloid !
HO
O
N
NMe H Me
H H
N
HO
HO
HO NH
Dopamin (neurotransmitter
Salbutamol (anti asma sintetis)
emosi dan memori)
30 | M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n
- Semua golongan dengan metabolit primer (terutama
monosakarida glukosa, rhamnosa, fruktosa)
- Semua metabolit sekunder juga bisa melakukan reaksi
halogenasi, sulfurasi, dan aminasi.
M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n | 31
myeloid akut. Termasuk golongan apakah senyawa taxol dan
dounorubisin?
32 | M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n
merupakan saponin. Tersusun dari kerangka apa sajakah
senyawa saponin dengan struktur di bawah ini?
M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n | 33
Namun dengan kemajuan kimia organik selama 30 tahun ini,
pembagian golongan umum ini sudah tidak terlalu relevan. Seorang
peneliti akan cukup mudah menelusuri pustaka terakit golongan
metabolit sekunder yang dikandung oleh suatu tanaman dan
menegasikan golongan yang tidak perlu dianalisis. Jika ditelusuri
ketujuh metabolit sekunder tersebut sudah tercakup dari kerangka
molekul C2, C5, C7, C9, alkaloid, atau kombinasi.
Pertanyaan:
1. Termasuk golongan metabolit sekunder apakah senyawa
fenolik, flavonoid, dan golongan tannin?. Bagaimana
hubungan kekerabatan mereka?
2. Bagaimana hubungan kekerabatan antara saponin dengan
senyawa steroid?
3. Sebutkan komponen metabolit sekunder yang menyusun
golongan minyak atsiri?
4. Jelaskan kedudukan ketujuh golongan tersebut di dalam
khazanah metabolit sekunder?
34 | M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n
BAB III
KELARUTAN METABOLIT SEKUNDER DAN
PEMILIHAN PELARUT
M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n | 35
Untuk melakukan pemisahan awal senyawa alami dari matriks
nabati/hewani melibatkan pemisahan kasar dilanjutkan dengan
pemisahan halus. Pemisahan kasar melibatkan salah satu metode:
- ekstraksi
- fraksinasi partisi cair-cair
- atau fraksinasi cair-padat
Sedangkan pemisahan halus melibatkan salah satu:
- kromatografi kolom fase normal
- kromatografi kolom fase terbalik
- Kromatografi eksklusi/permeasi
36 | M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n
Solven Konstanta Penggunaan
dielektrik ()
Kloroform 4,81 Untuk partisi terhadap air. Dicampur
metanol kadar rendah (5-20 %) untuk
fase gerak KLT fase normal. Selalu larut
dengan metanol berapa pun kadarnya.
Cukup toksik. Direkomendasikan
diganti dengan diklorometan untuk
kromatografi kolom adapun KLT tidak
masalah. Dalam bentuk terdeutronasi
pelarut yang bersih untuk kebanyakan
senyawa semi polar-non polar.
Eter (dimetil 5,0 Toksik dan anestetik. Jika terpaksa
eter) digunakan dengan rasio 1-4 terhadap
heksana digunakan sebagai fase gerak
untuk pemurnian dan pemisahan
dengan KLT. Dilakukan di lemari asam.
Etil asetat 6,02 Untuk partisi cair-cair dengan air.
Dilakukan setelah heksana. Dicampur
dengan heksana (0-100%) untuk fase
gerak kromatografi kolom. Dicampur
dengan kloroform atau diklorometana
untuk kromatografi kolom senyawa-
senyawa non polar. Dilakukan sebelum
campuran heksana-etil asetat.
Asam asetat 6,15 Sedikit mengasamkan fase gerak pada
KLT pemisahan halus
Diklorometana 8,93 Untuk partisi cair-cair menggantikan
kloroform. Dicampur metanol kadar
rendah (5-20 %) untuk fase gerak KLT
fase normal.
n-butanol 17,8 Untuk partisi terhadap air setelah etil
asetat. Kadang dicampur sedikit asam
asetat atau asam lemah lain dan
dijenuhkan dengan air untuk analisis
KLT glikosida. Ditutup rapat. Bau
mengganggu pernapasan.
n-propanol 20,1 partisi cair-cair dengan air jika perlu
lebih halus ketika fraksi air setelah
dipartisi dengan n-butanol
Aseton 20,7 Ekstraksi senyawa semi polar. Kadang
dicoba dengan sedikit metanol untuk
KLT. Dalam bentuk terdeutronasi
sebagai pelarut semi polar NMR.
Etanol 25,3 Untuk ekstraksi awal simplisia baik
sendiri atau dicampur dengan air kadar
M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n | 37
Solven Konstanta Penggunaan
dielektrik ()
< 30%.
Metanol 33 Pelarut utama untuk ekstraksi simplisia.
Campuran dengan aseton atau
asetonitril untuk fase gerak fase terbalik.
Rasio sangat kecil terhadap klorofom
atau diklorometana untuk fase gerak
KLT fase normal.
Asetonitril 36,6 Dalam bentuk campuran dengan air
untuk fase gerak KLT fase terbalik dan
HPLC
DMSO 47,2 Pelarut untuk bioassay. Dalam bentuk
terdeutronasi sebagai pelarut NMR
Air 80 Pengekstraksi polar, membuat infusa,
membuat dekokta. Dalam bentuk
terdeutron sebagai pelarut NMR
38 | M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n
BAB IV
EKSTRAKSI, FRAKSINASI, DAN PURIFIKASI
Ekstraksi
Metode ekstraksi paling sederhana dan menjadi pilihan adalah
maserasi (perendaman). Yakni merendam material di dalam pelarut.
Maserasi (merendam dalam pelarut) adalah metode ekstraksi pilihan
pada tahap pendahuluan ataupun ekstraksi perbanyakan. Selain
karena simple juga tidak banyak gangguan fisis.
Adapun metode dasar yang lain seperti perkolasi, Shoxleat, gas
superkritikal, counter current chromatography, microwave dll
digunakan menyari bahan yang targetnya sudah jelas.
Tahapan ekstraksi melewati dua mekanisme dasar yakni:
Disolusi : proses terendamnya senyawa target oleh solven.
Difusi : proses terbawanya senyawa-senyawa oleh solven keluar
sel atau matriks alami.
Agar solven bisa menjangkau tempat senyawa di dalam sel
atau ruang antar sel maka penyerbukan harus dilakukan. Serbuk yang
terlalu halus menyebabkan larutan keruh atau terbentuk dispersi
yang mengganggu kedua proses itu. Pembatas proses difusi adalah
gradien difusi yang mendekati ~1. Artinya kadar senyawa di dalam
pelarut dan di dalam material alami sama. Biasanya setelah 1 malam
diganti pelarut baru.
Pada pekerjaan skrining seringkali hanya dibutuhkan 1-10 gram
serbuk bahan untuk diekstraksi. Barulah jika setelah bioassay
diketahui sampel yang paling poten maka yang diperbanyak.
Bioassay secara in vitro modern hanya membutuhkan bobot ekstrak
sekitar 1 mg. Untuk mempercepat ekstraksi seringkali dikombinasi
dengan sonikasi 1 jam, menaikkan suhu 30-400C. Tidak perlu dalam
jumlah besar.
M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n | 39
Polarisasi dan Depolarisasi
Konsep interaksi kimiawi pada ekstraksi, fraksinasi kasar, dan
sub fraksinasi berdasarkan derajat polaritas pelarut-pelarut. Di sisi
lain harus dimengerti bahwa tidaklah tepat mengandalkan konsep
kelarutan like dissolves like belaka. Seseorang harus memiliki
pemahaman yang cukup dengan prinsip ikatan kimia dan batas
kelarutan. Tidaklah benar bahwa senyawa polar hanya larut di
dalam pelarut polar atau sebaliknya. Pada batas tertentu sekelompok
metabolit sekunder dapat mengalami polarisasi atau depolarisasi
pada suatu kuantitas pelarut berlebih sehingga terjadi peristiwa like
dissolves unlike. Contohnya etanol dalam jumlah besar mampu
melarutkan glikosida (polarisasi). Heksana yang bersifat non polar
dalam jumlah besar juga mampu menarik polifenol karena fenomena
depolarisasi. Untuk itulah pekerjaan pengawalemakan ( defatting)
bukanlah pekerjaan yang dianjurkan karena menyebabkan cukup
banyak metabolit terlarut hilang. Contohnya senyawa xanton
(ksanton) kadar akan berkurang dari ekstrak jika heksana digunakan
untuk pengawalemakan ekstrak kulit manggis.
Interaksi Kimiawi
Konsep yang harus dikuasai adalah pada fase pemisahan halus
adalah interaksi antara fase diam, pelarut, dan analit. Pada fase diam
normal interaksi kimiawi yang paling penting adalah ikatan hidrogen
antara tiga komponen.
Untuk menghasilkan senyawa aktif secara farmakologis
diperlukan kerja yang sistematik dengan melakukan pendekatan
bioaktifitas. Untuk itu diperlukan target biologis yang sesuai sebagai
representai penyakit tertentu. Demikian pula pemilihan bahan hayati
dilakukan secara random (acak) dengan jumlah jenis sampel (spesies)
banyak. Semakin banyak spesies yang diuji semakin besar peluang
untuk memperoleh bahan aktif yakni jumlah spesiesnya Untuk
pemilihan sampel secara random, sampel tidak harus pernah
dilaporkan untuk penyakit yang ingin diteliti. Di industri, sampel
random ini dilakukan secara HTS (high throughput screening), yakni
penapisan dengan uji farmakologis secara cepat dengan jumlah stok
sampel sangat kecil (<0,5 mg). Pendekatan ini juga berdasarkan
40 | M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n
penggunaan tradisional untuk penyakit yang sesuai
(etnofarmakologi) dari pengamatan empiris, data empiris dari
record, daftar obat tradisional atau dari publikasi, dan laporan
ilmiah. Bahkan bisa dari buku resep tradisional atau pustaka lokal
yang bisa dipertanggung jawabkan artinya tidak hanya 1-2 buku
resep saja.
Untuk isolasi skala proyek penelitian uji aktifitas in vitro lebih
sesuai karena akan menyesuaian jumlah fraksi yang dihasilkan.
Namun demikian harus selalu dipikirkan penyesuaian bobot sampel
yang tersedia jika ingin dilakukan uji secara in vivo / in vitro.
Dengan setiap langkah ekstraksi, fraksinasi, dan purifikasi
semua material selalu dipantau dengan pengujian aktifitas
farmakologis. Paradigma kerja ini disebut bioassay-guided
fractionation. Pendekatan ini menjadi standard dalam penemuan
obat baik dari bahan alam maupun sintesis.
Secara kuantitas ada tiga macam metabolit sekunder yakni
yang ditemukan sebagai senyawa utama (major compound),
senyawa minor (minor compound), dan senyawa kelumit (trace
compound)*.
Adapun perinciannya adalah sebagai berikut:
- Senyawa utama jika ditemukan dalam prosentasi lebih besar
dari 0,01 % dari berat simplisia(>100 mg/kg simplisia.
- Senyawa minor jika ditemukan dalam prosentase kurang dari
0,01-0,0001 % (75-20** mg/kg simplisia)
- Senyawa kelumit jika ditemukan dalam prosentasi kurang dari
0,0001 % (5-0,5 mg/kg simplisia)
Pentingnya Dokumentasi
Pemastian spesies atau disebut otentikasi dengan
mengkonsultasikan kepada taksonomis jika merupakan spesies yang
bukan merupakan domain umum. Namun jika sudah jelas dan
merupakan public domain misalnya pohon jati (Tectona grandis),
M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n | 41
bawang merah (Alium cepa), melinjo (Gnetum gnemon) tentu
mudah menentukan spesiesnya. Voucher atau contoh bagian
tanaman atau tanaman utuh (herba) wajib disimpan untuk
dokumentasi jika sewaktu-waktu untuk konfirmasi atau penelusuran
kembali demikian deskripsi tempat pengambilan sampel. Teknologi
dokumentasi elektronik pribadi juga bisa digunakan, misalnya
menyimpan dalam bentuk fotonya. Tanpa dokumentasi dan
otentikasi yang baik bisa menimbulkan keraguan hasil atau kesulitan
untuk memperoleh hasil yang sama.
42 | M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n
Ekstraksi dan Uji Farmakologi Pendahuluan
Untuk melakukan isolasi dan pemurnian metabolit sekunder
terlebih dahulu perlu diketahui apakah suatu ekstrak memiliki
aktifitas biologis yang menjanjikan. Untuk itu perlu dilakukan
farmakologis pendahuluan. Hal itu tidak terlepas dari model
penyakit yang diteliti atau dijadikan sasaran pengobatan. Sebagai
ketentuan umum ekstrak dikatakan memiliki aktifitas farmakologi
yang menjanjikan jika memiliki kemampuan hambat atau dosis
efektif lebih dari 75% populasi pada kadar 25 g/mL terhadap
aktifitas molekul (enzim/protein) penyebab penyebab penyakit, sel
kanker, bakteri atau jamur dengan Semakin kecil dosis efektif maka
semakin poten dan promising. Biasanya jika dosis efektif terlalu besar
maka tidak dilanjutkan. Beberapa peneliti melakukan eksepsi tetap
melakukan pemurnian pada spesies-spesies yang belum diketahui
kandungan metabolit sekundernya.
M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n | 43
mendapatkan senyawa dikarenakan matriks nabati dan kompleksnya
jaringan. Material yang berupa ekstrak dari biji atau rimpang-
rimpangan tentu lebih sederhana dan jauh lebih mudah untuk
mendapatkan senyawa. Demikian bahan dari kayu memiliki jaringan
dan kerumitan kandungan metabolit yang lebih sederhana
dibandingkan organ daun. Sehingga beberapa peneliti ada yang
secara pragmatis menghindari penggunaan daun.
44 | M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n
Organ Keuntungan Kerugian
Kebanyakan berisi metabolit
primer (karbohidrat) bersi-
fat polar larut metanol atau
air. Kromatografi fase
normal atau terbalik tidak
terlalu kompatibel dan bisa
diaplikasikan.
Keberadaan asam lemak
kadang mengakibatkan po-
sitif palsu pada beberapa uji
farmakologi yang bertarget
protein/enzim
Kayu Jaringan lebih sederhana dari
daun
Mudah mendapatkan senya-
wa semipolar seperti senyawa
golongan fenil propanoid dan
modifikasinya yaknia lignan
dan juga terpenoid kompleks.
Tergantung spesies dan
familinya jaringan kayu
mengandung alkaloid.
Biasanya adsorben untuk
pemisahan dengan kolom
silika dengan sistem solven
kombinasi antara heksana
dengan etil asetat.
Kulit buah Jaringan lebih sederhana dari
daun.
Mudah mendapatkan senya-
wa semi polar seperti xanton,
polifenol dan terpenoid
Biji Jaringan termasuk paling
sederhana
Meskipun jaringan biji sering
mengandung karbohidrat dan
asam lemak. Dengan peng-
ekstraksi etanol atau etil
asetat atau diklorometana
(CH2Cl2) karbohidrat akan
minimal.
Mudah mendapatkan senya-
wa golongan terpenoid,
lignan
M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n | 45
Organ Keuntungan Kerugian
Bunga Mudah mendapatkan senya- Negatif palsu, hati-hati
wa golongan pilifenol, dengan senyawa berwarna
flavonoid dan modifikasinya yang menggangu uji
bioassay dengan metode
kolorimetri
Rimpang Matriks tidak kompleks
dengan karbohidrat rendah
Mudah mendapatkan senya-
wa golongan fenil propanoid,
terpenoid seperti seskuiterpen
atau diterpen dan polifenol
glikosida
Propolis, Matriks dan residu nabati Kandungan kimia bervariasi
sarang tidak kompleks tergantung geografi. Konse-
serangga, kuensinya bisa berbeda
bekatul, potensi aktifitas farma-
dan kologisnya.
metabolit
binatang
dll
Ekstraksi
Ekstrak/sari adalah material hasil penarikan oleh pelarut air
atau pelarut organik dari bahan kering (dikeringkan). Hasil penyarian
tersebut kemudian pelarutnya dihilangkan dengan cara penguapan
dengan alat evaporator sehingga diperoleh ekstrak kental jika
pelarutnya pelarut organik. Jika pelarutnya air, pada tahap akhir
dilakukan penghilangan total dengan cara liofilisasi menggunakan
alat freeze dryer. Hasil liofilisasi akan berupa serbuk. Akan tetapi
teknologi liofilisasi di Indonesia tergolong komersial dan sangat
mahal serta terbatas dimiliki institusi ilmiah di Indonesia. Untuk itu,
cara lain bisa ditempuh dengan pengentalan dengan waterbath
dengan temperature kurang dari 60 0C.
Metanol, etanol 70 %, dan etanol 96% adalah pelarut pilihan
utama untuk mengekstraksi metabolit sekunder yang belum diketahui
strukturnya dan untuk tujuan skrining. Ketiga pelarut ini memiliki
extracting power (daya ekstraksi) yang luas sehingga semua
metabolit sekunder tersari dalam tiga kali maserasi. Jika tujuannya
mengisolasi dan memurnikan senyawa target sudah jelas bisa
menggunakan pelarut organik lain (butanol, etil asetat, kloroform,
46 | M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n
aseton, atau heksana) yang memiliki sifat ekstraksi terbaik (melalui
trial and error dan dipantau dengan plat KLT atau HPLC atau
densitometer dengan detektor UV/Vis). Tujuan pemurnian tertarget
tersebut dinamakan dereplikasi.
Biasanya ekstraksi dilakukan dengan maserasi atau perendaman
bahan dengan pelarut terpilih karena maserasi merupakan cara
ekstraksi yang paling mudah dengan rendemen ekstraksi tinggi.
Seringkali maserasi dikombinasi dengan digesti dan refluk selama 1-2
jam dengan suhu 40-60 0C untuk untuk meningkatkan efisiensi
penyarian. Biasanya ekstraksi dilakukan 2-3 kali atau sampai material
tidak mengandung senyawa terlarut lagi (dicek dengan KLT dan
lampu UV 254/366 nm). Jika penggunaan tradisional, masyarakat
secara turun temurun menggunakan bahan dengan cara direbus atau
dekok maka pelarut yang digunakan adalah air dengan cara merebus
atau mendekoktasi. Namun jika uji pendahuluan dilakukan secara
skrining pada berbagai material maka ekstraksi menggunakan pelarut
metanol atau etanol 70 % atau etanol 96 % (dalam air). Bobot
simplisia yang digunakan untuk skrining farmakologis sebanyak 10-
100 gram. Berdasarkan penelitian, ketiga jenis solven itu memiliki
ekstraktabiliti terbaik. Hampir semua metabolit sekunder akan
terlarut sempurna oleh ketiga solven tersebut dengan maserasi tiga
kali. Metode ekstraksi lain seperti perkolasi, perkolasi
berkesinambungan, gas superkritis dll bukanlah metode terpilih
untuk ekstraksi pendahuluan. Metode-metode ekstraksi tersebut
lebih tepat menjadi topik pembahasan untuk aplikasi industri atau
perbanyakan rendeman atau scaling up.
Adapun pelarut organik etil asetat, butanol,
diklorometan/kloroform, dan heksana lazim digunakan untuk tahap
fraksinasi dengan metode partisi cair-cair atau enap tuang (padat-
cair). Penggunaan langsung salah satu jenis pelarut organik itu juga
tidak bisa disalahkan asal cukupnya pertimbangan pustaka.
Jika skrining telah dilakukan dan menunjukkan salah satu
sampel aktifitas poten maka dilakukan pekerjaan isolasi. Untuk
tujuan isolasi direkomendasikan bobot bahan simplisia awal
sebaiknya minimal 1 kg agar peluang mendapatkan senyawa aktif
farmakologis secara secara kualitatif maupun kuantitatif lebih tinggi.
M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n | 47
Seringkali (hampir selalu) tahap fraksinasi belum mendapatkan
senyawa tunggal. Fraksinasi tahap II biasanya dilakukan dengan cara
kromatografi kolom. Kromatografi kolom pilihan utama adalah fase
normal. Kemudian jika masih belum mencapai target dilakukan
fraksinasi tahap ke III dengan fase terbalik. Kromatografi permeasi
dengan fase diam polisakarida sering dilakukan setelah fraksinasi
tahap II.
Fraksinasi Kasar
Fraksinasi dengan Partisi
Ekstrak (metanol, etanol 70%, atau etanol 96%) yang
diperoleh masih kasar dan sangat kompeks isinya. Untuk itu perlu
dilakukan fraksinasi cair-cair atau partisi.
Lazimnya untuk ekstrak metanol atau etanol 70% dilarutkan
ke dalam air hingga tepat larut. Kemudian dipartisi bertingkat mulai
dari:
1. Butanol
2. Etilasetat
3. Kloroform/diklorometana
4. Heksan
Sebaiknya heksana digunakan terakhir untuk mencegah
pengambilan metabolit sekunder yang kurang selektif.
Untuk semua pelarut organik akan berada fase atas kecuali
kloroform akan berada di bawah air.
Masing-masing fraksi kental harus diperoleh setidaknya 10 gram agar
bisa dilakukan tahap fraksinasi lanjut. Selain itu semua fraksi partisi
tersebut juga harus segera diuji kembali aktifitasnya.
48 | M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n
Gambar 4.2 Diagram partisi cair-cair. Ekstrak kering dari metanol atau
etanol berair dilarutkan terlebih dahulu dalam air. Heksana,
kloroform, etil asetat, dan butanol adalah yang digunakan
untuk mempartisi. Selain kloroform pelarut organik selalu
di lapisan atas air.
M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n | 49
Kasus yang sama bisa dilakukan untuk ekstrak metanol dan
ekstrak etanol 70%. Partisi untuk ekstrak metanol sebaiknya
ditambahkan air 1-2% untuk meningkatkan efektifitas pemisahan.
Jika ekstraksi dilakukan secara langsung dengan menggunakan
kloroform atau diklorometana atau heksana biasanya tidak
dilakukan fraksinasi karena pelarut-pelarut ini biasa digunakan untuk
mengekstraksi kayu dan kulit buah. Pada sampel tersebut lemak
pengganggu atau sakarida tidak terlalu banyak. Sehingga setelah
kering bisa langsung dilakukan kromatografi kolom. Meskipun
metanol seringkali juga digunakan untuk mengekstraksi bahan-bahan
tersebut.
Mengapa fraksinasi pada ekstrak air penggunaan pelarut
diklorometan atau heksana jika perlu saja?.
Tidak semua fraksi yang diperoleh harus dilanjutkan untuk
purifikasi. Hanya fraksi yang prospektif saja yakni memiliki aktifitas
farmakologi cukup tinggi saja yang dilanjutkan. Misal jika kita telah
memperoleh berbagai fraksi metanol, fraksi etil asetat, fraksi
diklorometan, fraksi heksana dan residu, untuk itu wajib dipantau
aktifitas biologisnya. Untuk itu, uji farmakologi wajib dilakukan
untuk memandu/memilih bahan mana yang layak untuk dilanjutkan.
Selain itu juga harus memperhatikan bobot fraksi kering yang ada.
Pengentalan/Pengeringan:
Pada dasarnya pengeringan dilakukan setelah tiap tahap
ekstraksi, fraksinasi, dan pemurnian. Ada beberapa metode
pengeringan:
1. Diuapkan di atas water bath (penguapan): Baik sistem terbuka
maupun tertutup. Sistem tertutup mencegah solven meracuni
ke mana-mana
2. Diuapkan dengan rotaroy evaporator: Digunakan untuk semua
pelarut organik. Tidak cocok untuk bahan berair. Air
membutuhkan waktu penguapan yang sangat lama. Saat ini
beredar multirotaroty evaporator. Lebih efisien karena enam
sampel dikeringkan bersamaan.
3. Liofilisasi (freeze dryer): Digunakan untuk bahan yang berair
tidak untuk pelarut organik.
50 | M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n
4. Dialiri dengan gas N2: Untuk bahan yang termolabil, harga
mahal, jumlah rendemen kecil.
Pada tahap ekstraksi, fraksinasi, atau sub fraksinasi dengan
kromatografi kolom akan dihasilkan sekitar 50 botol dengan volume
sekitar 100 ml fraksi, kemudian dipekatkan dengan cara evaporasi.
Pekerjaan pada tahap ini sangat ribet karena jumlah sampel yang
sangat banyak. Untuk mempermudah pekerjaan beberapa peneliti
membiarkan sampel-sampel di dalam fume hood (lemari asam)
sampai beberapa hari, ada yang mengeringkan dengan suatu
rotatory evaporator berhari-hari. Alat terbaru untuk meringkas
pekerjaan adalah dengan multi evaporator misal buatan Buchi yang
mampu mengeringkan 6 botol sekaligus dengan volume masing-
masing 100 mL.
Untuk fraksi yang mengandung air (karena fase gerak
menggunakan kombinasi air) merupakan masalah tersendiri karena
cukup lama. Jika tidak tersedia multivaporator yang kuat,
pemekatan bisa dilakukan dengan rotatory evaporator dengan suhu
water bath 500C, dengan volume pengisian labu 1/3 bagian untuk
mencegah terjadinya buih yang mudah tersedot ke atas. Beberapa
peneliti menambahkan propanol pada labu untuk mempercepat
penguapan.
Perlu dihindari penguapan pelarut organik dengan waterbath
yang tidak tertutup materialnya untuk menghindari toksisitas. Anda
bisa melakukan modifikasi alat waterbath agar cairan pelarut tidak
menguap bebas.
Sebisa mungkin pengentalan material dengan cara penguapan
menggunakan suhu serendah mungkin. Air adalah solven yang paling
sulit dihilangkan. Penggunaan suhu yang terlalu tinggi beresiko
degradasi konsitutuen di dalamnya. Direkomendasikan suhu
pengentalan di bawah 600 C. Penggunaan freeze dryer hanya
ditujukkan untuk material berair. Tidak direkomendasikan untuk
material yang mengandung pelarut organik. Gas N 2 digunakan
dengan cara dialirkan pada material yang mengandung pelarut
organik. Cara ini hanya efisien untuk jumlah bahan yang tidak stabil
panas. Pengeringan dengan cara liofilisasi dan pengaliran N 2 akan
menghasilkan material dalam bentuk serbuk.
M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n | 51
Gambar 4.3 Rotaroy single evapotor (a), multivaporator (b) buatan
Buchi (Jerman)
52 | M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n
a. kromatografi adsorbsi: Pemisahan berdasarkan interaksi kimia
antara fase diam normal atau terbalik baik dengan lapis tipis
maupun kolom (fase normal dan terbalik).
b. kromatografi ekslusi: Pemisahan berdasarkan ukuran partikel
senyawa terhadap fase diameter pori antar fase diam (ekslusi),
hampir dikatakan tidak terjadi interaksi kimia antara fase diam
dengan analit. Fase diam umumnya terbuat dari polisakarida
misal selulosa (Sephadex LH)
Untuk orientasi dan pendahuluan, dimensi plat penjerap cukup
2x5 cm. Untuk melakukan KLT kita perlu memahami aspek:
1. Fase diam tipe normal: Fase diam/penjerap yang banyak
diandalkan digunakan adalah silika. Interaksi dasar yang terjadi
adalah ikatan hidrogen. Untuk fase diam silika maka fase gerak
harus dipilih antara kombinasi: 1 metanol-kloroform atau 2.
heksana-etilasetat. Jika digunakan metanol-kloroform maka
jumlah metanol antara 0-20% dalam kloroform. Jumlah
metanol > 30% membawa senyawa sangat polar dan sulit
diprofilkan dengan KLT fase normal. (kloroform memang agak
toksik sehingga bisa diganti dengan diklorometana karena sifat
polaritasnya hampir sama). Jika kombinasi metanol-kloroform
tidak bisa memberikan pemisahan yang baik atau jumlah
bercak tidak banyak maka fase gerak diganti dengan kombinasi
heksana-etilasetat. Heksana biasanya dibutuhkan dalam rasio
yang rendah, 95-50%. Disarankan rasio heksan dari kadar
tinggi ke rendah (etil asetatnya tinggi) tetap di coba misal
heksana berkadar antara 10-30%.
Tahap ini dilakukan untuk memilih pemisahan kasar dengan
kolom kromatografi kolom biasanya silika.
Catatan: Para ilmuwan telah sepakat secara umum memiliki
model fase gerak utama untuk profiling metabolit sekunder
yakni kombinasi antara kloroform-metanol atau heksana-etil
asetat. Kedua formula itu menjadi mainstream. Kedua fase
gerak ini juga diterapkan untuk fase gerak kromatografi kolom
fase normal.
2. Fase diam terbalik (RP = reversed phase). Kebanyak fase diam
yang digunakana dalah okta desil silika (ODS). Interaksi dasar
M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n | 53
yang terjadi antara fase diam dengan sampel adalah gaya
London dan van der Waals. Pada fase diam tipe ini dibutuhkan
fase gerak yang bersifat polar antara lain kombinasi air-
metanol, air-metanol-acetonitril, air-metanol-aseton dll.
Semakin tinggi jumlah air maka semakin lama rambatan fase
gerak. Maksimal rasio airnya adalah 50%. Jumlah air yang
terlalu tinggi akan mengelupas lapisan fase diam. Untuk
orientasi awal biasanya dibutuhkan solven-solven tersebut
dengan rasion 1:1 atau 1:1:1.
3. Pemisahan alkaloid: membutuhkan fase diam silika dengan fase
gerak dengan orientasi seperti poin 1 akan tetapi perlu
ditambahkan basa lemah: misalnya CHCl3 - metanol
ammonia (atau basa lemah lain)= 7: 3 : 0.1.
54 | M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n
mencampurkan dengan silika atau ODS. Untuk membuat serbuk
yang baik ekstrak dilarutkan dengan aseton karena mudah menguap
lalu dicampurkan fase diam. Jika bobot > 8 gram dicampur dengan
fase diam dan serbukkan dengan rotaroty evaporator. Kemudian
dan dikepak pada pre kolom.
Kromatografi kolom: digunakan untuk memisahkan/fraksinasi
ekstrak kasar maupun halus. Untuk pemisahan kasar, fase diam
umumnya terbuat dari serbuk silika yang dikepak/dimasukkan ke
dalam kolom dalam bentuk larutan dalam pelarut organik atau
serbuk kering. Sedangkan pemisahan halus biasanya melibatkan fase
diam non polar misal okta desil silika atau polikasakarida misal
Sephadex.
Ukuran Partikel:
Khusus untuk kromatografi kolom silika, Ukuran partikel silika
yang digunakan untuk tahap fraksinasi adalah:
40-63 m (230-400 Mesh). Luas penggunaan dan lazim
digunakan
63-200 m (70-230 Mesh) untuk kolom yang mengandalkan
gravitasi.
Ukuran lebih kecil dari 40 m digunakan untuk KLT
Sub Fraksinasi dengan Kromatografi
Pekerjaan pemurnian dan pemisahan molekul kecil di bidang
kimia farmasi, pemurnian hasil sintesis organik, ekstraksi campuran
sampel, pemurnian senyawa alami diawali dengan kromatografi
kolom silika menggunakan metode kromatografi kolom sebagai
golden standard.
Gambar 4.4 Struktur partikel silika dan gugus fungsional yang dimiliki.
Siloksan dan silanol adalah gugus penting dalam interaksi
adsorbsi.
Catatan: Isolasi senyawa yang sudah diketahui /known compound.
M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n | 55
Banyak sekali senyawa major compound yang sudah diketahui
strukturnya. Untuk mendapatkan senyawa yang sudah dikenal
terlebih merupakan major compound dengan cepat bisa dilakukan
dengan melakukan KLT ekstrak, mengacu angka Rf dengan senyawa
standard. Kemudian mengerok dan melarutkan kembali senyawa
dengan solven yang sesuai.]
56 | M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n
Gambar 4.5 Modifikasi adsorben silanol (polar) dengan cara reaksi
ksilaasi mengikat rantai karbon panjang (C-18) yang
berakibat adsorben mula-mula fase normal/polar berakibat
bersifat non polar. Interaksi induksi muatan lemah gaya
London atau van der Walls dominan atau gaya London
terjadi
Gambar 4.6 Permukaan fase diam normal dan terbalik. Pada fase diam
normal terdapat berbagai gugus polar yang bisa
menyumbangkan lone pair elektron untuk ikatan
hidrogren. Pada fase diam terbalik rantai karbon panjang
menyumbang interaksi van der Waals. Harap dipahami
perbedaannya.
M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n | 57
Setelah beberapa tahap pemisahan belum tentu setiap tahapan
langsung menghasilkan senyawa murni. Beberapa tahapan harus
dilalui. Demikian juga jika suatu laboratorium telah dilengkapi
dengan HPLC preparatif. Meskipun pemisahan lebih selektif
pemisahan harus dilakukan beberapa tahap. Tahap terakhir setelah
melewati fraksinasi kasar dan fraksinasi halus, pada tahap akhir jika
belum murni dan tunggal maka dilakukan kromatografi preparatif.
Yakni pemisahan pada sejumlah sampel dengan bobot yang cukup
dengan metode KLT fase normal atau terbalik atau dengan HPLC.
Catatan:
Perlu disadari bahwa pada tahap proses pemisahan kasar dengan tipe
kolom terbuka, VLC (vacuum liquid chromatography) dan MPLC
(medium pressured liquid chromatography) sangat jarang langsung
menghasilkan senyawa tunggal (senyawa murni) sehingga perlu
58 | M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n
dilakukan pemurnian lebih lanjut. Akan tetapi hal ini juga tergantung
dari kompleksitas ekstrak awalnya. Misalnya jika bahan kita dari
ekstrak heksana dari spesies Garcinia spp maka cukup mudah
memperoleh senyawa tunggul atau beberapa rimpang Zingiberaceae.
M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n | 59
Kromatografi cair bertekanan medium: Medium Pressured Liquid
Chromatography (MPLC). Peralatan ini hampir sama dengan tipe
VLC di atas akan tetapi disempurnakan dengan regulator tekanan
dan dilengkapi dengan regulator pengatur rasio fase gerak. Rasio
bahan yang ingin dipisah menyesuaikan ukuran kolom. Bahan
ditempatkan pada pre kolom yang disambung pada kolom.
Pemisahan dengan alat ini jauh lebih efisien dan dengan kapasitas
bisa maksimal. Terdapat beberapa supplier Buchi Jerman dan
Yamazen dari Jepang. Seringkali MPLC dilengkapi detektor UV.
HPLC preparative (p-High Performance Liquid Chromatography).
Beberapa peneliti menggunakan HPLC untuk melakukan pencarian
senyawa target dengan lebih cepat, efisien dan lebih aman secara
kesehatan. Solven organik yang digunakan di dalam pemisahan
sering kali terbawa udara di dalam ruangan sehingga sedikit banyak
akan terhirup oleh peneliti. Untuk itu, HPLC preparatif dipilih untuk
pertimbangan aspek kesehatan yang lebih baik. Dengan sistem ini
jumlah bahan yang digunkan cukup dalam bobot mg saja. HPLC
preparatif secara prinsip sama dengan HPLC secara umum akan
tetapi ukuran kolom lebih besar dengan kapasitas pompa lebih besar.
Kemudian senyawa yang dihasilkan akan diperoleh dalam level
mikro gram dan cukup terbaca dengan 150 kali scanning dengan
NMR 800 MHz. Sistem ini dimudahkan dengan detekor UV atau
FID.
Acuan antara rasio dimensi kolom versus bobot sampel
Dimensi kolom Bobot sampel Volume elusi fase gerak
Kolorm tradisional/open 1-5 % dari berat
column silika
VLC/MPLC (fase normal)
3 x volume adsorben
4 x 7 cm 1-5 g
4 x 15 cm 5-10 g
4 x 30 cm 15-20 g
VLC/MPLC (fase terbalik)
2 x 15 cm 0,25 g 3 x volume adsorben
3 X 15 cm 0.5-1 g
4 x 15 cm 2g
60 | M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n
Pengepakan adsorben:
Homogenitas dan kompaknya susunan fase gerak di dalam kolom
akan menentukan efektifitas pemisahan. Demikian juga panjang
kolom juga akan menentukan efektifitas pemisahan. Ada dua cara
pengepakan penjerap:
1. Pengepakan kering: serbuk adsorben dimasukkan ke dalam
kolom yang ujungnya sudah disumbat dengan kapas atau
glasswool. Cara ini hanya sesuai
2. pengepakan secara basah: fase diam dilarutkan dengan solven
paling awal kemudian dituang ke dalam kolom. Untuk selulosa
karbohidrat sebaiknya direndam terlebih dahulu semalam agar
cukup mengembang.
M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n | 61
Meski demikian hendaknya tidak memilih fase gerak isokratik
yakni fase gerak dengan rasio tetap. Sistem isokratik tidak bisa
digunakan untuk pemisahan ekstrak kasar atau sub fraksi.
Elusi fase gerak harus menggunakan sistem gradien yakni
dimulai dari pelarut non polar terlebih dahulu kemudian bertingkat
pada kombinasi yang paling polar jika penjerapnya silika. Sebaliknya
jika fase diamnya non polar dimulai dengan kombinasi yang paling
polar terlebih dahulu misalnya metanol-air (1:2). Contoh: untuk
kombinasi CHCl3-metanol atau CH2Cl2-metanol biasanya dimulai
dengan 100% CHCl3/CH2Cl2, kemudian 98%, 96%, 94%, 96%
sampai kadar 70%. bisa juga lebih rendah lagi misalnya 50% atau
20%. Untuk penjerap tipe terbalik eluent terakhir dipilih MeOH-
asetronitril dengan perbandingan 1:1 atau jika perlu dengan rasio 1:4.
Demikian juga untuk kombinasi yang lain. Terkait volume fase gerak,
setiap kombinasi dibuat dengan volume 3 x volume kolom, dan
minimal 2 x volume kolum.
Untuk setiap penampungan tetesan dikumpulkan sekitar 100
mL, biasanya jika dari fraksi kasar maka jumlah akhir sekitar 50-70
botol, dan 50 mL jika dari fraksi halus biasanya berjumlah antara 25-
40 buah botol.
Permasalahan dalam elusi:
1. Cracking: Pada kromatografi kolom klasik, seringkali setelah
beberapa waktu elusi dilakukan, susunan fase diam terlihat
pecah dan berpori (cracking): hal ini terjadi karena masuknya
udara ke dalam sistem atau elusi fase gerak tidak kontinyu
(kekeringan karena teledor). Walaupun cracking terjadi proses
kromatografi kolom tetap dilanjutkan sampai akhir.
2. Adsorben masih berwarna: Seringkali walau dieluasi dengan
solven terakhir yang paling polar, fase gerak masih berwarna
dan terkesan masih mengandung senyawa. Silika seringkali
menjerap senyawa polifenol atau ODS seringkali mengikat kuat
senyawa yang sangat tidak polar. Untuk itu tidak ada cara lain
membiarkan.
62 | M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n
Gambar 4.8 Untuk mempercepat pemisahan bisa dikombinasi dengan
tekanan (A). Namun perlu hati-hati jika kaca tidak tahan
tekanan!. Peralatan modern MPLC (medium pressured
Liquid Chromatography) telah diaplikasikan selama 20
tahun (B). Produk terbaru dari Buchi (Jerman) kolom
terbuat dari plastik. Kolom tersedia berbagai ukuran. Sangat
efisien dan aman. Selain itu terdapat produk Yamazen
(Jepang).
Purifikasi
Tahap purifikasi ini dilakukan setelah dihasilkan beberapa sub
fraksi dengan bobot antara 0.1-4 g pada tahap sub fraksinasi dengan
kromatografi kolom. Berikut ini adalah beberapa metode dasar
untuk pemurnian:
Kromatografi preparatif
Jika hanya memiliki sub fraksi dengan bobot 100-300 mg
sebaiknya langsung dimurnikan dengan KLT preparative. Sedangkan
kapasitas maksimal per plat KLT adalah 10-25 mg untuk fase terbalik.
10-50 mg untuk fase normal.
M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n | 63
- Untuk KLT preparatif dengan penjerap silika dengan ketebalan
0.5 mm kapasitas maksimal sampel adalah 50 mg, sedangkan
KLT RP kapasitas maksimal sampel adalah 25 mg. Biasanya
250 mg akan dibutuhkan 5 buah plate KLT.
- Jika lebih dari 0.8 gram biasanya dipurifikasi/pisahkan kembali
dengan kromatografi kolom dengan dimensi yang lebih kecil,
namun juga tergantung jumlah bercak yang ada, jika ternyata
sudah cukup sederhana cukup dengan KLT preparatif.
64 | M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n
kromatografi. Sejumlah gram ser-buk yang akan digunakan direndam
dalam pelarut yang digunakan sebagai fase ferak minimal 4 jam.
Lalu dituang ke dalam kolom yang bagian dalam bawahnya
sudah ditutup (jangan terlalu ketat) dengan kapas atau glass wool.
Pelarut harus selalu tersisa pada bagian atas kolom (tidak boleh
kehabisan pelarut!). Sisakan ujung atas 5-10 cm tidak terisi. Lalu
dibiarkan 2 jam sebelum memasukkan ekstrak. Alirkan kran di
bawah hingga pelarut berda tersisa tepat di permukaan. Ekstrak
dimasukkan dalam bentuk cairan (larutkan ekstrak tepat larut)
dengan pipet. Lalu alirkan perlahan sehingga ekstrak tepat masuk 1
mm di bawah permukaan atas. Tambahkan berlahan beberapa mL
fase gerak hingga 5-10 ruangan terisi. Penampungan tetesan setiap 50
mL. 200-300 mL tetesan pertama biasanya belum mengandung
analit.
Untuk pemurnian dengan Sephadex tetesan fraksi dikumpulkan
dengan volume kurang dari 50 mL. Kemudian dipekatkan dan
divisualkan kembali itu dengan KLT.
M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n | 65
Problem yang Sering Terjadi
Isolasi polifenol dan flavonoid: untuk pemisahan kasar sebisa
mungkin bobot ekstrak minimal 15 gram jika menggunakan kolom
silika. Untuk pemisahan halus sebaiknya tidak menggunakan KLT
preparatif silika. Karena silika akan menjerab dengan kuat senyawa
tipe polifenol.
Pemisahan glikosida: Jika menggunakan KLT preparatif bisa
ditempuh dengan fase gerak kloroform-metanol-air= 7: 3: 0.5.
Sistem fase gerak ini biasa digunakan juga untuk memisahkan tanin.
Rekristalisasi
Adalah upaya pemurnian dengan solven yang sedikit larut,
penurunan suhu pelarut, atau penguapan pelarut. Rekristalisasi
ditempuh jika hasil isolasi senyawa target lebih dari 50 mg. Jika
terlalu rendah beresiko senyawa target hilang. Kombinasi klorofom-
MeOH, heksana-klorofom, heksana-etilasetat, aseton-klorofom
seringkali dipilih untuk melakukan rekristalisasi. Rekristalisasi
dilakukan beberapa kali. Dengan cara menambahkan solven tepat
larut kemudian didinginkan pada suhu 4oC. Seringkali proses
rekristalisasi jarang dilakukan sebab rendeman senyawa target
ditemukan dalam jumlah yang kecil.
Uji Kemurnian
Meskipun pada pemantauan dengan KLT telah menunjukkan
bercak tunggal atau analisis HPLC menunjukkan puncak tunggal yang
simetris belum kita telah diperoleh senyawa murni. Uji purity atau
kemurnian adalah upaya untuk menunjukkan senyawa terisolasi
sudah tunggal atau belum. Kemurnian sangat penting untuk
meminimalkan gangguan pada uji farmakologis. Seringkali impurities
atau senyawa pencemar ikut memberikan aktifitas farmakologis.
Berikut ini adalah beberapa metode uji pemurnian:
1. Uji kemurnian dengan KLT kembali dengan berbagai fase gerak
dan adsorben yang berbeda. Metode ini adalah cara yang
paling klasik dan murah. Fase diam sebaiknya tidak hanya
tunggal atau satu tipe. Untuk golongan glikosida sebaiknya
66 | M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n
setelah dicek dengan plat silika kemudian dicek dengan fase
diam selulosa.
2. Uji kemurnian berdasarkan HPLC. HPLC sistem terbalik adalah
metode paling baik untuk mengecek kemurnian. Metode ini
untuk menunjukkan indikator kemurnian melihat berupa
puncak tunggal, tajam dan simetrisnya puncak dan keberadaan
impurities yang masih ada bersama senyawa target. Detektor
HPLC kebanyakan menggunakan UV dan sebagian kecil
menggunakan RI (refraktif index) untuk senyawa target yang
miskin/tidak memiliki kromofor. Untuk memastikan dilakukan
analisis berdasarkan sistem gradient fase gerak atau flow rate
fase gerak.
3. Uji kemurnian berdasarkan 1H NMR. Jika suatu lab memiliki
mesin NMR maka uji kemurnian 1 dan 2 di atas tidak perlu
dilakukan. Metode ini paling cepat dan otentik. Senyawa
dikeringkan dan langsung dimasukkan pada pelarut
terdeuteronasi (tidak mengandung proton) kemudian langsung
dibaca dengan mesin. Senyawa target dan kadar pencemar
akan langsung terlihat.
Analisis Kemometrik
Berbagai analisis kimiawi modern yang dilakukan untuk
menentukan sifat umum kimiawi terutama struktur. Analisis kimiawi
klasik yang bersifat merusak seperti penentuan gugus fungsional
dengan reaksi kimia menggunakan reagen harus dihindari. Metode
modern yang standard adalah sifat kimia pada HPLC, keberadaan
gugus fungsional pada IR (Infra Red) spektrometri, keberadaan
ikatan penyerab energi cahaya pada UV spektrometri.
M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n | 67
Penentuan struktur ada 2 cara:
1. Dengan metode spektroskopi: Langkah pertama sekali yang
dilakukan adalah analisis NMR (nuclear magnetic resonance),
IR, MS, UV, rotasi aktif. Adapun spektroskopi IR, MS dilakukan
pada tahap yang paling akhir. Penentuan UV atau rotasi aktif
dilakukan jika perlu, bilamana diperlukan spectra UV dan
rotasi aktif?
2. Dengan metode kristalografi: Difraksi sinar X bisa diterapkan
untuk memberikan gambaran molekul target tanpa merusak
atau mengkontaminasi kemurniannya.
68 | M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n
BAB V
BIOASSAY/UJI BIOAKTIFITAS/UJI FARMAKOLOGI
(BIOASSAY GUIDED FRACTIONATION)
M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n | 69
Tipe uji in vitro in situ in vivo
Signal Western blot hasil up regulasi protein pada jalur
transduksi patologi tertentu atau signal pathway tertentu
Kontrol positif Senyawa poten yang dilaporkan oleh peneliti lain atau
senyawa yang telah terbukti secara klinis
70 | M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n
Kontrol negatif : Sekelompok populasi yang tidak mendapatkan
treatment sampel uji akan tetapi semua kondisi
sama. Kelompok ini setelah eksperimen harus
memberikan nilai netral.
Kelompok koreksi : Kadang diperlukan kelompok uji yang hanya
mendapatkan perlakuan cairan pembawa saja
(vehicle) misalnya air, buffer, atau pelarut saja
(mis DMSO) dikarenakan bahan-bahan ini
turut mempengaruhi level hasil. Nilai koreksi
ini dikurangi blangko untuk memberikan nilai
basis.
M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n | 71
misalnya tingkat tanggapan biologis seiring dengan level dosis yang
dipilih.
Di dalam melakukan uji farmakologi seringkali terjadi suatu
penyimpangan atau kesalahan, yakni:
Kesalahan sistematis (systematic error): Kesalahan sistematik bisa
dipengaruhi oleh variable terkontrol atau tindakan si peneliti
misalnya karena pipet sudah tidak standard, tidak terkalibrasi,
masuknya suatu cemaran, rusaknya enzim uji. Kesalahan sistematis
sangat mudah diidentifikasi karena hasil yang sangat drastis, misalnya
nilai antara hasil kelompok perlakuan, blangko, control negative dan
control positif sama.
Kesalahan acak (random error): Terjadi karena tindakan atau kondisi
yang tidak bisa dihindarkan misalnya variabilitas tindakan karena
pemipetan, pengenceran dan bisa jadi penimbangan. Kesalahan acak
bisa terdeteksi dengan statistik sederhana misalnya antar replikasi
nilai standar deviasi yang sangat besar.
Untuk menjustifikasi suatu sampel poten atau tidak prospektif
maka mengacu pada hasil berikut:
ekstrak: nilai dosis acuan sebaiknya < 10x kontrol positif.
Artinya aktifitas farmakologi yang ditimbulkan ekstrak 10 x
dari aktifitas kontrol positif.
fraksi/sub fraksi: nilai dosis acuan sebaiknya < 5 X nilai kontrol
positif
senyawa murni (isolat): nilai dosis acuan 1 X nilai kontrol
positif
Beberapa sampel ekstrak menunjukkan efek yang sama dengan
kontrol posisif. Di sisi lain fraksi atau senyawa murni memperlihatkan
efek yang lebih rendah dari ekstrak utuhnya.
72 | M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n
100
75
% Efek
50
25
0
0,00 1,00 2,00
Dosis
M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n | 73
BAB VI
SKALING UP DAN DEREPLIKASI
Dereplikasi
Tatkala peneliti telah mengetahui material target atau senyawa
target atau ketika membutuhkan jumlah yang lebih banyak untuk uji
farmakologi misalnya maka ia harus memperbanyak senyawa target
dalam tempo cepat. Jika kita memahami sifat fisiko kimia (misalnya
Rt) dan berbagai metode pemurnian maka metode yang baru
ditempuh tidak perlu dilakukan lagi jika terlalu panjang. Untuk
permulaan, penggunaan metode partisi sangatlah menguntungkan.
Metode memperbanyak senyawa target dalam tempo cepat disebut
dereplikasi.
Skaling up
Untuk menemukan senyawa yang poten tidaklah mudah.
Pencarian senyawa aktif bukanlah proses yang murah dan ekonomis.
Setelah ribuan senyawa ditemukan, tidak semua akan menjadi obat.
Seringkali senyawa yang bersifat poten ditemukan dalam konsentrasi
rendah atau sangat rendah misalnya taxol dan vinkristin. Seringkali
pula senyawa poten tersebut ditemukan sebagai struktur baru. Jika
senyawa juga ditemukan pada spesies lain dalam konsentrasi tinggi
tentu tidaklah masalah. Untuk itu harus dipikirkan proses dan
metode yang mampu memperbanyak senyawa target secara
maksimal dan efisien. Skaling up adalah proses perbanyakan senyawa
target terutama untuk tujuan ekonomi. Proses skaling up bisa
dilakukan dengan cara:
- Perbaikan ekstraksi
- Sintetis total atau semi sintesis
Perbaikan ekstraksi dilakukan agar lebih efisiensi dan efektif
yakni diperoleh senyawa target dalam jumlah banyak dengan waktu
yang lebih singkat. Sebagaimana diketahui banyak senyawa alami
memiliki struktur yang rumit dan memiliki atom karbon kiral yang
banyak. Sintesis juga memerlukan beberapa step yang tidak mudah
74 | M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n
serta by product atau ruwahan yang tidak diharapkan atau tidak
poten. Proses ekstraksi dilakukan bila sintesis total sulit dilakukan.
Untuk produksi metabolit sekunder dalam jumlah yang banyak
lewat ekstraksi kecermatan menggunakan partisi cair-cair sangat
menentukan. Perbaikan proses ekstraksi bisa ditempuh dengan jalan:
1. Perbaikan cara pengeringan. Beberapa sampel yang
dikeringkan dengan mesin justeru memberikan kadar
kandungan senyawa yang rendah dibandingkan dengan
pengeringan di bawah sinar matahari. Contohnya turunan
kumarin pada sampel herbal Angelica dahurica (Jurnal CIna)
2. Pemilihan pelarut organik yang lebih tinggi daya ekstraksinya.
Jika metanol atau etanol memiliki keterbatasan bisa langsung
mencoba pelarut lain pada waktu ekstraksi sehingga
yield/rendemennnya lebih tinggi.
3. Pemilihan metode ekstraksi yang lebih tepat. Maserasi memang
merupakan metode utama pada tahap ekstraksi kasar karena
simpel dan jumlah bahan sangat fleksibel.
4. Pelibatan aspek fisis: digesti, panas, gelombang microwave.
Faktor-faktor fisis tersebut membantu disolusi dan difusi
senyawa target dari bahan ke larutan.
5. Melibatkan penggunaan arus listrik lemah pada counter current
kromatografi.
6. Pemilihan pelarut untuk partisi yang lebih selektif.
7. Manipulasi pH untuk mendapatkan selektifitas tinggi.
8. Penggunaan adsorben non konvensional: turunan
karbohindrat: siklodekstrin, berbagai sephadex, amilum dst.
M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n | 75
BAB VII
EFEK SINERGISME, KOMPLEMENTER, DAN EFEK PLAUSIBLE
76 | M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n
marker). Standardisasi untuk menjamin keamanan dan mutu ekstrak
merupakan salah satu topik penting di dalam farmasi pada tingkat
produksi dan aplikasi kedokteran herbal.
Namun demikian molekul alami tetap menjadi salah satu
model untuk pengembangan dan penemuan obat. Dengan
ditemukannya senyawa murni yang kurang aktif maka perlu
modifikasi semi sintesis atau modifikasi farmasetik. Dengan demikian
senyawa murni hanyalah salah satu dari target dan dasar keilmuan
farmasi yang butuh pengembangan dan bantuan disiplin ilmu lain
misalnya kimia medisinal, kimia sintesis, docking komputer, termasuk
ilmu klasik yakni analisis kuantitatif dan standardisasi kimiawi.
M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n | 77
BAB VIII
SENYAWA TARGET BERSIFAT POLAR
(SANGAT LARUT DALAM AIR ATAU METANOL)
Target belajar:
Pembaca mampu memahami bahwa metabolit sekunder bukanlah
bahan yang selalu aktif. Seringkali ampas (metabolit primer)
terutama karbohidrat adalah bahan yang lebih poten farmakologis.
Pembaca mampu memahami kelemahan proses ekstraksi dan
kromatografi main stream.
78 | M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n
Mungkin Kontroversial Mewujudkan Jamu Selain Ekstrak Air?
Masyarakat Industri dan peneliti di kebanyakan universitas
menggunakan pelarut organik karena pertimbangan pragmatis yakni
kemudahan penguapan dan penghilangan dari ekstrak dari pada
menggunakan pelarut air. Di laboratorium penguapan air dari
ekstrak membutuhkan waktu yang cukup lama serta peralatan
mahal. Penguapan bahan berair membutuhkan freeze dryer yang
berharga mahal dengan kapasitas terbatas.
Demikian pula untuk kondisi saat ini persyaratan CPOTB (cara
pembuatan obat tradisional yang baik) lebih mengakomodasi bahan
baku yang diekstraksi dan dipersiapkan dengan pelarut organik. Di
sisi lain sertifikat CPTOB merupakan persyaratan suatu produk layak
registrasi di Badan POM dan edar di masyarakat Indonesia.
M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n | 79
Ketiga, kebanyakan ilmuwan memiliki interes yang tinggi pada
mikromolekul (metabolit sekunder) karena relatif mudah
dimurnikan dan ditentukan strukturnya.
Dengan demikian tentu cukup kontroversial jika ingin
merepresentasikan obat tradisional dengan cara mengekstraksi
tanaman obat dengan menggunakan pelarut organik dan tidak
representatif menggambarkan obat tradisional yang notabene
digodog.
80 | M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n
(Subehan dkk, 2002). Walaupun kedua ekstrak berefek terkait anti
diabetes (Saifudin dkk, 2012). Dengan demikian metabolit primer
(polisakarida dan karbohidrat) juga penting untuk memberikan efek
farmakologis.
M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n | 81
- Filtrasi Gel Sepharose
- Sephadex LH-20
- Elektroforesis
82 | M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n
punah juga perlu dilakukan. Agar khazanah jamu rebusan tidak
hilang dari pustaka empiris pengobatan !
Lebih jauh lagi, jamu rebusan tetap memiliki masa depan dan
tetap memiliki khasiat baik ilmiah maupun empiris. Jamu tidak
representatif jika digambarkan dengan metabolit sekunder semata-
mata. Jamu tidak selalu harus diekstraksi. Obat tradisional tidak
selalu tepat jika harus diisolasi dan ingin diketahui zat yang
bertanggung jawab secara farmakologis. Mungkin biarlah
kebanyakan jamu ada dalam bentuk rebusan air karena:
Pertama, kenyataannya metode kromatografi dan metode
karakterisasi yang ada saat ini hanya kompatibel dengan
metabolit sekunder.
Kedua, karakterisasi dan metode elusidasi struktur termasuk NMR
dan kebanyakan spektroskopi yang ada saat ini hanya
mampu mengkarakterisasi mikromolekul.
Ketiga, sinergisme dan plausible effect seringkali teramati dan
terjadi pada obat tradisional untuk memberikan efek.
M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n | 83
BAB IX
PENENTUAN STRUKTUR/ELUSIDASI STRUKTUR
84 | M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n
spasial sendiri-sendiri atau 3 dimensi. Dengan demikian dari NMR
akan diperoleh informasi, 1. struktur datar (planar structure), 2.
Struktur dalam ruang tiga dimensi. Metode NMR bisa digunakan
untuk menentukan kiralitas adalah NOE (Nuclear Overhausser Effec),
NOESY, dan ROESY.
Untuk memperoleh spektra 13C NMR diperlukan waktu yang
lebih lama karena di alam raya abundance 13C hanya 1 % dari 12C.
Adapun 1H memiliki kelimpahan mayoritas dibanding 2H atau 3H
yakni 99%. Bobot minimal agar diperoleh spektra 1H NMR yang
adalah 1 mg. Namun untuk efisiensi dan kecepatan memperoleh
data, maka bobot yang diperlukan setidaknya 5 mg. Untuk
memperoleh data proton 1H NMR biasanya cukup waktu kurang
dari 5 menit. Sedangkan untuk memperoleh data karbon 13C NMR
diperlukan waktu lebih panjang, biasanya untuk bobot 10 mg
memerlukan waktu 1-3 jam.
Bobot minimal yang diperlukan untuk elusidasi struktur dengan
NMR sebaiknya tidak kurang dari 3 mg agar efisien. Meskipun bobot
0.6-1 mg masih tetap bisa menghasilkan spektrak yang cukup jelas
pada mesin NMR 400 MHz. Elusidasi struktur bukanlah pekerjaan
yang sulit, hanya masalah kebiasaan dan ketekunan. Sering bekerja
dengan sampel selama 6 bulan akan diperoleh intuisi dan mindset
suatu spektra.
Berdasarkan urutan bekerja, metode NMR ada 2 macam yakni:
1. satu dimensi (1D)
2. dua dimensi (2D)
1D NMR terdiri dari 1H NMR dan 13C NMR masing-masing
untuk menentukan jumlah proton dan karbon serta basis lingkungan
kimiawinya.
2D NMR digunakan untuk menentukan secara detail
lingkungan antara proton dan karbon dan atom lain. Untuk
menentukan struktu kimia tidak harus semua metode itu ditempuh.
Untuk senyawa yang sudah diketahui (known compound) cukup
hanya 1D NMR dengan cara membandingkan data 1H dan 13C NMR
dengan senyawa yang sama dan telah terpublikasi di pustaka
(terutama berbagai jurnal di internet). Mesin NMR dengan produsen
berbeda seringkali memberikan hasil data yang sedikit berbeda angka
M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n | 85
desimal atau bahkan 1-2 point namun hal ini masih merupakan data
yang sama. Hanya senyawa baru (novel compound) saja yang
membutuhkan semua data 2D secara detail. Biasanya di dalam
pekerjaan isolasi pada suatu spesies ditemukan 1-5 senyawa baru,
jadi tidak selalu harus mengambil data semua, terlebih lagi jika
memang tujuannya
Referensi Kemotaksonomi
Pemahaman dasar-dasar biosintesis metabolit sekunder secara
baik akan sangat membantu melakukan interpretasi data
spektroskopi NMR. Demikian pula untuk mempermudah dan
membantu menganalisis data NMR. Membaca publikasi ilmiah
(jurnal) yang membahas kandungan kimia suatu spesies, laporan
tentang konstituen kimiawi suatu genus seringkali ditempuh oleh
para peneliti bidang farmakognosi. Demikian juga melakukan cross
referensi tentang data-data NMR-nya.
86 | M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n
Splitting pattern 1: bentuk pemecahan spektra,
menginformasikan berapa jumlah proton pada karbon
tetangga.
Splitting pattern 2: dua hidrogen yang terikat pada satu karbon
(disebut proton germinal) kadang memiliki sifat magnetik yang
sama
Peranan pelarut
Secara umum pelarut yang handal untuk pengukuran NMR ada
dua, yakni kloroform dan metanol terdeutronasi. Kloroform handal
digunakan untuk senyawa yang cenderung semi polar. Ia memiliki
spektra yang bersih. Metanol melarutkan sampel yang cenderung
polar (kaya gugus hidroksi). Namun metanol cenderung melarutkan
berbagai impuritis. Spektra cenderung kotor. Seringkali pula metanol
juga mampu melarutkan senyawa yang larut dalam kloroform. Air
terdeutronasi (D2O) digunakan untuk senyawa yang sangat polar
misalnya glikosida bergula banyak atau golongan karbohidrat.
Seringkali aseton, piridin, dan DMSO terdeutronasi digunakan
untuk melarutkan senyawa semi polar. Mengganti pelarut seringkali
dilakukan dan perlu dilakukan untuk memunculkan puncak hidrogen
yang tersembunyi. DMSO sebaiknya digunakan jika tidak ada pelarut
M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n | 87
yang tidak bisa melarutkan. DMSO sulit diuapkan. Jika isolat
kadarnya kecil menyulitkan recovery. Pemunculan dan spektra yang
berbeda dari berbagai pelarut juga bermanfaat untuk
mengkarakterisasi berbagai isomer. Seringkali spektra proton saling
tersebunyi atau overlap. Bisa muncul dengan penggantian pelarut.
88 | M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n
MS: Massa Spektroskopi
Prinsip dasar dari metode ini adalah membuat suatu molekul
netral menjadi bermuatan sehingga bisa dideteksi. Secara prinsip
dasar asam atau basa lemah dijadikan sebagai sumber ion bersama
pelarut. Informasi yang diperoleh adalah berat ion, yakni massa
molekul isolate ditambah atau dikurangi sumber ion. Biasanya
disajikan dalam [M+H]+ atau [M-OH]- atau dalam bentuk radikal
[M]+ , dst. Jadi berat molekul sesungguhnya diperkirakan berkurang
satu, bertambah satu, atau angka yang mendekati. Adakalanya
ionisasi melalui penambahan berat molekul air. Untuk itu
kecermatan dalam mengesitimasi dan pengalaman sangat diperlukan.
Adapun, bobot isolat yang dibutuhkan untuk spektroskopi massa ini
sangat kecil. Lebih disukai sekitar 0,5 mg/mL.
Tujuan utama metode ini adalah untuk mengetahui berat
molekul. Ada beberapa metode dasar cara ionisasi spektroskopi yang
yakni APCI (atmospheric pressure chemical ionization), ESI (electro
spray spectroscopy), atau FAB (Fast atomic bombardment). APCI
digunakan untuk senyawa yang cenderung polar, ESI digunakan
senyawa yang kurang polar atau non polar, FAB digunakan untuk
molekul kecil namun memberikan fragmentasi tidak terkendali
namun informatif terhadap elemen penyusun molekul (analisis
elemental). Lebih jauh spektroskopi akan memberikan informasi pola
fragmentasi. Pola fragmentasi sangat penting untuk melihat
perbedaan senyawa-senyawa yang memiliki berat molekul sama.
Dengan pola fragmentasilah meraka akan bisa dibedakan. Seringkali
beberapa senyawa memiliki spektra NMR yang sama namun pada
hakekatnya mereka adalah stereoisomer. Selain besar angka rotasi
aktif, pola fragmentasi juga memberikan informasi perbedaan antar
stereoisomer. Peralatan modern hyphenated instrument yakni
mengintegrasikan kromatografi cair dengan massa spektroskopi (LC-
MS) lebih memberikan informasi lebih baik. Jika metode LC-MS
digunakan biasanya senyawa dilarutkan di dalam metanol. Adapun
metode MS tunggal bisa menggunakan beberapa matriks seperti
gliserol sebagai media untuk isolat.
M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n | 89
IR: Infra Red spektroscopy memberikan informasi gugus-gugus
fungsional yang dimiliki oleh suatu senyawa. Pada era sekarang
spektra IR bisa dianggap sebagai data sekunder dan bukan utama.
Metode ini dilakukan setelah diperoleh NMR dan MS. Spektra IR
akan memberikan informasi gugus fungsional. Maka media vehicle
untuk pengukuran metode ini adalah senyawa yang tidak memiliki
gugus fungsional. Kloroform atau diklorometana adalah pelarut
pilihan utama untuk pengukuran spektra IR. Jika tidak larut ke dalam
kedua jenis solven maka diserbukkan bersama KBr (kalium bromida).
Untuk menginterpretasikan kita cukup membandingkan dengan
berbagai tabel pada buku-buku standard misalnya yang ditulis
Silverstein (1998) atau Pavia dan Kriz (2004). Puncak-puncak yang
diberikan ibarat sidik jari dank has untuk gugus fungsional maka
cenderung mudah ditebak.
Pertanyaan:
Mengapa KBr digunakan sebagai matriks dalam pengukuran
IR?.
Mengapa metanol atau etanol yang merupakan pelarut
universal tidak direkomendasikan sebagai pelarut IR?.
90 | M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n
BAB X
ELUSIDASI STRUKTUR BEBERAPA SPEKTRA METABOLIT
SEKUNDER
M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n | 91
disebut dengan penentuan stereokimia relatif. Untuk menentukan
struktur mutlak digunakan CD cotton (tidak dibicarakan di sini).
Senyawa 1
1
H NMR C NMR
13
TM
TM
92 | M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n
terisolasi 6 ppm tersebut berkorelasi dengan karbon karbonil dan
proton terhidroksilasi. Posisi diperjelas dengan korelasi antara
proton triplet dengan karbon karbonil tersebut. Selain itu korelasi
tersebut juga mengkonfirmasi bahwa ujung CH2-CH2 merupakan
karboksilat. Terlihat dari korelasi proton metilen dengan karbon 208
ppm. Gugus metil berposisi meta terhadap proton terisolasi
dikonfirmasi dengan korelasi dengan dua sinyal karbon aromatis.
Spektra MS mengkonfirmasi berat molekul senyawa tersebut tepat
sesuai dengan simulasi struktur NMR. Sehingga struktur senyawa
tersebut seperti pada gambar.
HMQC DEPT
HMBC
2.5
2.0
1.5
1.0
0.5
0.0
50.0 75.0 100.0 125.0 150.0 175.0 200.0 225.0 250.0 275.0 300.0 325.0 350.0 375.0 400.0 425.0 450.0 475.0 m/z
M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n | 93
Senyawa 2
1
H NMR
13
C NMR
1 1 7
94 | M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n
terletak berdekatan dengan dua buah karbon vinilik. Sehingga
disimpulkan struktur sebagaimana pada gambar, yakni suatu
seskuiterpen guaian.
COSY HMQC
HMBC
Inten.(x100,000)
249.1481
5.0
4.0
231.1310
3.0
2.0
1.0
0.0
50.0 75.0 100.0 125.0 150.0 175.0 200.0 225.0 250.0 275.0 300.0 325.0 350.0 375.0 400.0 425.0 450.0 475.0 m/z
M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n | 95
Senyawa 3
Penentuan Stereokimia Relatif
Untuk menentukan struktur 2D (dua dimensi) atau disebut
dengan struktur planar tidaklah terlalu sulit. Seringkali Anda akan
menjumpai struktur yang memiliki 3D di dalam ruangan. Mengapa ?.
Anda telah mengenal istilah karbon kiral. Yakni karbon yang
mengikat empat gugus fungsional yang berbeda. Maka ia akan
memiliki struktur 3 dimensi. Ada dua cara penentuan struktur yakni
secara relatif atau secara mutlak. Secara relatif seringkali cukup
menggunakan model struktur kimia dibantu dengan data NOE
spektra, NOESY, dan ROESY. Data dari NOE lebih disukai karena
tidak ada unsur COSY. Jadi jika memiliki data NOESY atau ROESY
perlu diklarifikasi dengan data COSY.
Untuk menentukan stereokimia, struktur dua dimensi harus
final dan selesai terlebih dahulu. Contohnya di bawah ini.
1
H NMR
13
C NMR
96 | M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n
COSY HMQC
HMBC
M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n | 97
Gambar struktur senyawa berdasarkan data
NOE proton1 menunjukkan respon setelah
proton 2 diiradiasi namun tidak untuk
proton 3 (metil). Konfirmasi dengan iradiasi
proton 3 menunjukkan tiadanya respon
kenaikan sinyal pada proton 2. Data
tersebut menginformasikan bahwa 1 dan 2
memiliki orientasi yang sama. Namun 3
berlawanan.
Senyawa 4
98 | M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n
tersebut adalah flavonoid. Flavonoid memiliki 12 buah karbon
aromatis dan 3 jembatan propanoid.
HMBC mengkonfirmasi posisi metoksi 3,7 ppm berada pada
cincin A, berposisi meta terhadap hidroksi. Sedangkan metoksi 3,9
berposisi orto terhadap rantai propanoid pada cincin B. Struktur
senyawa tsb disimpulkan seperti pada gambar.
(mirisitrin)
M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n | 99
adalah daerah aromatis /benzen. Adapun puncak broaden dan tinggi
pada 4,9 ppm adalah kontaminan solven. Puncak sinyal hidrogen
antara 3,2-4,2 ppm menununjukkan puncak karbinil (karbon yang
teroksigenasi). Secara ringkas daerah tersebut adalah daerah gula.
Keberadaan puncak metil 1 ppm mengkonfirmasi metil gula. Adapun
dua puncak tinggi masing-masing pada daerah 2 dan 3 ppm
merupakan kontaminan solven metanol dan aseton.
Spektra C NMR menunjukkan keberadaan 20 karbon. 15
karbon berada di daerah vinilik dan 5 karbon berada di daerah
karbon teroksigenasi. Dari spektra tersebut karbon tersebut
menunjukkan gula tipe glukosa. Sedangkan 15 karbon sangat jelas
merupakan kerangka flavonoid. Tanpa menggunakan spektra 2D
(COSY, HMQC, HMBC) senyawa tersebut bisa disimulasi
strukturnya. Ia merupakan glikosida. Anda jangan terlalu
menggantungkan spektra lengkap. Para peneliti biasanya dengan
data H dan C NMR sudah bisa menentukan strukturnya kemudian
mengkonfirmasi dengan data 1D NMR senyawa terpublikasi. Khusus
untuk flavonoid, kerangkanya tidak terlalu rumit sehingga mudah
ditebak. Kemudian jika betul-betul senyawa baru saja dan tidak
sesuai dengan satu pun publikasi data 2 D diperlukan untuk diukur.
Senyawa 5
Cocokkanlah data 1 dan 2 D NMR berikut ini terhadap struktur yang
diberikan.
100 | M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n
Senyawa 6
Cocokkanlah data-data 1 dan 2 D NMR berikut ini terhadap struktur
yang diberikan !
M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n | 101
102 | M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n
REFERENSI
M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n | 103
Usia T, Iwata H, Hiratsuka A, Watabe T, Kadota S, Tezuka Y.
CYP3A4 and CYP2D6 inhibitory activities of Indonesian medi
cinal plants. Phytomedicine. 2006 Jan;13(1-2):67-73.
104 | M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n
GLOSARIUM
M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n | 105
Fenil : Adalah senyawa berkerangka cincin benzil (C6)dan
propanoid rantai samping propanoid (3).
Fraksinasi : pemecahan ekstrak menjadi sub ekstrak
berdasarkan derajat polaritas
Hit : Senyawa yang diuji pada tahap in vitro.
Hit expansion : pembuatan analog senyawa hit melewati sintesis.
HPLC : HPLC yang bertujuan untuk pemurnian. Dilakukan
preparatif setelah fraksinasi halus. Lebih ramah terhadap
kesehatan. Bentuk kolom lebih besar (cm) dari
HPLC konvensional dan kekuatan pompa lebih
besar.
Hyphenated : Sistem analisis yang secara bertahap dilakukan. Dua
Method atau tiga alat disambung menjadi satu. Biasanya
(instrument) sistem kromatografi terlebih dahulu yang pertama
setelah itu spektroskopi massa atau NMR.
IC50 : Inhibitory concentration 50. Adalah konsentrasi
sampel uji yang memberikan hambatan pada 50
subyek uji.
IPP : iso pentenyl pyrophosphate. Starting material
golongan terpenoid.
Kontrol positif : material yang digunakan sebagai referensi
pembanding. Senyawa yang sudah mafhum dan
diketahui memiliki efek tinggi. Bisa senyawa yang
digunakan di klinik atau senyawa penuntun.
Kromatografi : Adsorben atau fase diamnya bersifat inert.
eksklusi Selektifitas bahan yang dianalisis berdasarkan
ukuran partikel.
KLT preparatif : Kromatografi lapis tipis yang bertujuan untuk
pemurnian. Dilakukan setelah fraksinasi halus.
Kapasitas maksimal tiap plate adalah 50 mg untuk
fase normal, 25 mg untuk fase terbalik.
106 | M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n
Lead : Senyawa yang menunjukkan efek dan paling
optimum dari beberapa senyawa hasil skrining.
Lead : Senyawa yang menunjukkan paling poten
optimization dioptimasi dengan metode semi sintesis dan
sejenisnya. Agar efeknya maksimal dan efek
samping minimal.
Maserasi : proses ekstraksi dengan cara perendaman. Metode
pilihan untuk metabolit sekunder.
Metabolit : protein, karbohidrat, lemak
primer
Metabolit : Mikromolekul yang digunakan untuk mendukung
sekunder kehidupan.
NMR : Nuclear Magnetic Resonance
1D NMR : Nuclear Magnetic Resonance yang diukur secara
satu dimensi. 1H NMR, 13C NMR, dan NOE adalah
1 D NMR
1 H NMR : Hidrogen Nuclear Magnetic Resonance. Metode
pengukuran resonansi inti hidrogen 1. Memberikan
informasi hidrogen-hidrogen di dalam molekul.
13 C NMR : Carbon Nuclear Magnetic Resonance. Metode
pengukuran resonansi inti karbon 13. Memberikan
posisi karbon-karbon di dalam molekul.
Splitting : Bentuk pecahan puncak pada spektra H NMR. Bisa
disebabkan hidrogen germinal (dalam karbon yang
sama) atau visinal (bertetangga).
2D NMR : adalah NMR yang diukur secara dua dimensi.
Diukur berdasarkan data H dan C NMR. COSY,
HMQC, dan HMBC adalah 2D NMR
COSY : Correlated spectroscopy. Pengukuran untuk
memberikan data interaksi splitting antara dua
hidrogen yang berjarak 2 karbon (bertetangga).
M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n | 107
HMQC : Heteronuclear Multiple Quantum Coherence:
Memberikan data ikatan antara hidrogen dengan
karbon.
HMBC : Heteronuclear Magnetic Bond Correlation. Untuk
menentukan korelasi suatu atom hidrogen
terhadap atom karbon yang berjarak 2 dan 3 dari
karbon pengikatnya.
ABX system : Sistem interaksi antar hidrogen melewati ikatan
aromatis atau karbon ikatan ganda. Splitting
puncak memberikan angka coupling constant (J)
yang besarnya berbanding lurus dengan dekatnya
jarak. Orto kopling memberikan angka 8-10 Hz,
meta kopling memberikan angka 3-4 Hz, dan para
kopling memberikan nilai 1-1,8 Hz.
AMX system : interaksi antar hidrogen di dalam NMR melewati
ikatan. Terjadi interaksi antara proton germinal
karena nilai magnetis yang berbeda. Akibatnya
proton di dalam satu ikatan saling berinteraksi.
NOE : Nuclear Overhausser Effect. Interaksi antara
hidrogen di dalam ruangan (space). Jika salah satu
diiradiasi gugus hidrogen yang berdekatan akan
memberikan respon kenaikan intensitas puncak.
Normal : Sistem kromatografi yang bersistem fase diam polar
(normal phase) namun fase non polar hingga semi polar.
ODS : octa desil silika. Adsorben non polar. Fase terbalik.
Partisi : Pemisahan bahan berdasarkan polaritas yang
berbeda menggunakan media carian yang tidak
bercampur. Ekstrak dilarutkan ke pelarut polar
terlebih dulu terutama air. Butanol, etil asetat,
kloroform, dan heksana.
Poliketida : Adalah golongan senyawa yang berkerangka
turunan asam asetat (C2).
108 | M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n
Poten : Pernyataan bahwa suatu sampel memiliki aktifitas
yang tinggi. Sebanding atau lebih tinggi dari
kontrol positif
QSAR : Qualitative Structure-Activity Relationship. Efek
yang diprediksi berdasarkan struktur kimiawi/gugus
fungsional. HKSA: Hubungan Kuantitatif antara
Struktur dan Aktifitas.
Sephadex : Fase diam terbuat dari polisakarida dengan prinsip
pemisahan ekslusi. Sephadex LH-20 adalah pilihan
utama.
Spektroskopi : Spektroskopi yang digunakan untuk menentukan
Mass berat molekul dan elemen-elemen penyusun suatu
senyawa.
Terbalik : Sistem kromatografi yang berfase diam non polar
(reversed phase) namun fase gerak polar.
Terpenoid : Senyawa yang memiliki kerangkan karbon C5
dengan gugus samping metil (CH 3).
TMS : Tetra metil silan. Standard pengukuran spektra
NMR. Bernilai 0 ppm.
M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n | 109
INDEKS
A E
Adrenalin, 28 Ekstraksi, vii, 37, 39, 43, 46, 105
Alkaloid, 29, 30, 33, 105 Elusidasi, vii, 67, 85
Artemisinin, 19 Esensial, 3
Aseton, 37 Etanol, 37
Asetonitril, 38 Etil asetat, 37
Atropin, 6
F
B
Farmakognosi, 5
Bioassay, vii, 39, 105 Farmakologi, vii, 43
Biokatalis, 13 Fase terbalik, 108
Biosintesis, vii, 11, 12, 17, 19 Fenil propanoid, 26
Branching, 105 Fenolik, 33
Building block, 105 Flavonoid, 33, 99
Butanol, 48, 108 Fraksinasi, vii, 48, 49, 54, 55,
106
C Friedrich Sertuner, 6
Chemical shift, 23, 84, 86
G
Cinnamomum burmanii, 80
COSY, 87, 88, 91, 94, 96, 98, Geseran kimia, 86, 98
100, 107 Glukosa, 11
Crude drug, 6, 9, 42, 72 Glukosinolat, 10
Gnetum gnemon, 42
D
H
Dalton, 2, 3, 4, 10, 11
Daun, 44 Heksan, 48
Dereplikasi, vii, 74 Hit, 106
Digoksin, 32 HKSA, 12, 109
Diklorometana, 37 HMBC, 88, 91, 92, 93, 94, 96,
DMAPP, 19, 20 99, 100, 107, 108
DMSO, 38, 71, 87 HMQC, 88, 91, 92, 93, 96, 100,
107, 108
110 | M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n
HTS, 40 NOESY, 85, 88, 91, 96
Hyphenated, 106
O
I
ODS (Okta Desil Silika), 54
Infra merah, 84 Ornitin, 29
IPP, 19, 20, 106 Orto, 108
Isopren, 19, 20, 21, 94
P
K
Para, 52, 53, 100
Kapsisin, 33 Partisi, 48, 49, 50, 108
Kloroform, 37, 48, 87, 90 Pengentalan, 50
Kokain, 6 Pengeringan, 50, 51
Kromatografi, 36, 44, 48, 52, Polar, vii, 80, 81
54, 55, 56, 60, 63, 81, 106 Poliketida, 108
Kurkumin, 32 Prekursor, 13
Produk, 2, 13, 63
L Propolis, 46
Lead, 107
Q
Liofilisasi, 46, 50, 51, 52
Lovastatin, 1 QSAR, 12, 109
M R
Makromolekul, 2, 7 Rasemis, 8
Metabolit primer, 3, 11 Refraktive index, 82
Metabolit sekunder, 3, 13, 105 Replikasi, 42, 72
Mikromolekul, 2, 107
Resveratrol, 26
Minyak atsiri, 20, 33
Morfin, 6
S
MPLC, 58, 60, 63
Saponin, 32, 33
N Sephadex, 53, 55, 64, 65, 82,
Neurotransmitter, 30 109
Nikotin, 6 Silan, 92
NOE, 85, 87, 88, 91, 96, 97, Skualen, 19
107, 108 Starting material, 13, 105, 106
M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n | 111
Statin, 1
Steroid, 33
Struktur, vii, 12, 55, 75, 82, 85,
99, 109
Syzygium, 26, 103
T
Taksol, 4, 13
Tanin, 66
Terpenoid, 19, 20, 22, 109
Tetra metil silan, 109
Tetrahidrokanabinoid, 31
U
Ursolat, 19, 23
V
Vanilin, 23
Vinblastin, 1
X
Xantor, 40, 45
112 | M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n
BIODATA PENULIS
M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n | 113
114 | M e t a b o l i t S e k u n d e r / A z i s S a i f u d i n