NO HASIL KETERANGAN

1
Mikropipet
Digunakan untuk memindahkan
cairan dengan jumlah kecil secara
akurat di praktikum
elektroforesis digunakan untuk
mengambil sampel DNA.

Tip Mikropipet
Digunakan untuk menampung
sementara cairan dengan ukuran
micron yang akan dipindahkan

3
Cetakan Gel dan Sisir Pembuat
Sumur
Untuk mencetak gel dan
membuat lubang sumur pada gel

4
5 Seperangkat Alat Elektroforesis
Sebagai alat untuk elektroforesis
DNA dengan 70 V selama 35
menit.

7
 Fungsi dari masing-masing alat dan bahan yang digunakan pada praktikum elektroforesis adalah:

1. Sarung tangan, digunakan untuk mencegah keringat dari tangan pada medium karena
keringat mengandung DNAase dan melindungi toksik dari EtBr. Selama pengerjaan harus
mengenakan sarung tangan dan berbicara sesedikit mungkin (Faatih, 2009).
2. Transiluminator, digunakan untuk mengvisualisasi DNA yang sudah dirunning.
3. Kertas parafilm, digunakan untuk mencampur atau menghomogenkan sampel DNA dengan
loading dye.
4. Sisir elektroda, digunakan untuk membuat sumur untuk melekatkan DNA.
5. EtBr, digunakan sebagai pewarna yang menyisip pada pasang basa yang akan menunjukan
posisi fragmen-fragmen dengan ukuran berbeda.
6. Loading dye, digunakan sebagai pemberat (Bromophenol blue sebagai penanda jalannya
elektroforesis, xylene cyalol sebagai penanda awal jalannya elektroforesis.
7. Larutan buffer TAE 1X (tris-base sebagai penyeimbang pH, asam asetat glasial sebagai
elektrolit dan EDTA, digunakan untuk menginaktifkan enzim perusak DNA yaitu DNAase).
8. Agarosa, digunakan untuk memadatkan dan mengvisualisasi DNA.
9. Seperangkat elektroforesis, sebagai alat untuk elektroforesis DNA dengan 70 V selama 35
menit.
Fachiyah (2006) pun mengemukakan beberapa faktor yang mempengaruhi Elektroforesis
migration rate selama DNA bergerak menembus gel agarosa, sebagai berikut:

1. Ukuran molekul DNA

Molekul yang lebih besar akan bergerak lebih lambat, missal DNA linier lebih cepat dibanding
DNA sirkuler. Jarak migrasi molekul DNA pada gel adalah laju terbalik proporsional log-10 dari jumlah
pasangan basa.

2. Konsentrasi gel agarosa

Fragmen DNA yang bervariasi ukuran molekulnya akan berberak sesuai dengan konsentrasi dari
gel agarosa yang digunakan. Rumusnya adalah: log=log-KrT dimana  adalah free electrophoresis
mobility, Kr adalah retardation coefficient, dan T adalah gel konsentrasi serta  adalah electrophoretic
mobility DNA.

3. Konformasi DNA
 Laju migrasi juga tergantung pada bentuk/konformasi DNA, kita tahu bahwa ada 3 macam
bentuk DNA yaitu super-helix circular (I), circular-opened (II), dan linier (III). Meskipun ketiga bentuk itu
mempunyai berat yang sama tetapi laju migrasi pada gel elektroforesis berbeda. Perbedaan laju migrasi
ini karena:
 Konsentrasi gel agarosa
 Kekuatan arus listrik dan ionik buffer yang digunakan
 Densitas kembaran superheliks pada bentuk I
 Pada beberapa kondisi bentuk I lebih cepat dibanding bentuk III
 Tergantung juga kenaikan kuantitas EtBr: konsentrasi EtBr meningkat, pengikatan DNA meningkat
pula sehingga mobilitas meningkat tajam, contoh untuk bentuk I
 Konsentrasi EtBr kritis antara 0.1g/ml-0.5l/mg.
Semakin padat gel agarosanya maka akan semakin lambat laju migrasinya dan semakin
basar berat molekul DNA maka laju migrasinya pun semakin lambat. Berdasarkan ukuran,
semakin berat molekul DNA maka semakin lambat laju migrasinya, begitu juga sebaliknya.
Menurut Pramono (2011), berdasarkan struktur molekulnya, DNA yang paling cepat lajunya
adalah DNA bentuk covalently closed circular (CCC) disusul oleh bentuk linier, dan yang paling
lambat adalah bentuk open circular (OC).
4. Penggunaan Voltage dan arah dari bidang elektris
Voltage rendah menyebabkan laju migrasi DNA linier proporsional. Idealnya untuk DNA  2kb
pada gel agarosa bergerak  5v/cm. Arah dari bidang elektris konstans untuk DNA 50-100kb bergerak
dengan laju yang sama, akan berubah secara periodik sesuai kecepatan pergerakan DNA akan berubah
juga.
5. Komposisi basa DNA atau temperature
Baik komposisi basa maupun temperature tidak begitu berpengaruh, mobilitas DNA stabil pada
temp. 4-30C dan elektroforesis gel agarosa dilakukan pada suhu kamar
6. Keberadaan pewarna DNA
Iintercalating agent Ethidium bromide (EtBr) adalah pewarna fluoresen untuk deteksi asam
nukleat, EtBr ini akan mengikat pada sela-sela pasangan basa DNA. EtBr dapat mengurangi mobilitas
DNA linier sampai 15%. Hanya sedikit DNA  1ng dapat dideteksi secara langsung dengan cara gel
diletakkan pada media UV-transilluminator. EtBr dapat digunakan untuk mendeteksi single- atau double-
stranded asam nukleat (DNA atau RNA). Meskipun, affinity dari EtBr-dye ini untuk single-stranded asam
nukleat relative rendah dan pendaran fluorensen minimum.
 A. Kesimpulan

Berdasarkan hasil dan pembahasan, dapat diambil kesimpulan sebagai berikut:

1. Prinsip kerja elektroforesis adalah memisahkan molekul-molekul bermuatan listrik
berdasarkan atas ukuran (berat molekul) dan muatan listriknya.
2. DNA bermuatan negatif sehingga DNA akan bergerak menuju kutub positif (anode),
sedangkan partikel-partikel bermuatan positif (kation) akan bergerak menuju kutub negatif
(anode).
3. Semakin padat gel agarosa dan berat molekul DNA maka akan semakin lambat laju
migrasinya.