Laut Seram dan laut Halmahera bersatu melalui pintu antara Pulau Tobalai dengan pulau Misol sedang posisi barat laut berhubungan dengan alur laut Banda dibagian selatan pulau-pulau Sula dari ujung barat laut Pulau Buru. Titik terdalam laut Seram terletak di tengah-tengah·Pulau Buano dan Pulau Obi Mayor dengan kedalaman lebih dari 4000 m. Laut Maluku yang berhubungan dengan lautan Pasiflk pada pintu gerbang diantara Pulau Morotai dan Pulau-pulau Talaud diposisi barat laut. Titik terdalam pada posisi barat daya pulau Mandjoli sekitar 20 mil. Alur perhubungan dengan laut Seram terletak antara pulau Lifmatola dan Pulau Obi Besar titik terdalam 1400 m. Laut Halmahera terletak dibagian timur daerah Maluku utara. Laut ini pada ujung alur utara berhubungan dengan samudra Pasifik dan pada alur selatan dengan laut Seram. Iklim di Maluku Utara rata-rata 1000 -3000 mm (Leirissa et al., 1999). Pulau Halmahera dengan luas sekitar 18.000 km 2 merupakan pulau terbesar di Provinsi Maluku Utara. Keempat semenanjung masih berhutan dan mempunyai permukaan yang khas, sehingga Halmahera memiliki keragaman hábitat yang kompleks. Pulau ini juga memiliki nilai biologis yang sangat penting . Secara biologis, Halmahera merupakan pulau terkaya di Maluku bagian utara dan masih terdapat penutupan hutan yang cukup luas. Flora dan fauna yang terdapat di pulau ini masih sedikit diketahui. (Poulsen et al.,1999)