JAWABAN BACEMAN DASAR-DASAR BIOPROSES

“Dr. Dyah Hesti Wardhani, ST, MT”

1. Sebutkan sumber-sumber karbon untuk substrat dan beri contoh masing-masing !

Jawab :
Sumber-sumber karbon untuk substrat bisa didapat dari :
 Karbohidrat  C, O, H, dan energi dan kadarnya bisa memenuhi 0.2 – 2.5% media.
Contohnya ialah glukosa, fruktosa, sukrosa untuk skala laboratorium. Untuk skala
industri bisa menggunakan pati atau molase
 Minyak atau lemak  Minyak sayur mengadung asam linoleat dan asam lemak yang
mengandung karbon. Selain itu minyak juga dapat berfungsi sebagai penghilang busa
 Hidrokarbon dan turunan-turunannya  bisa diambil dari n-alkana yang mengandung
asam organik, asam amino, dan vitamin. Menghasilkan energi dua kali dari karbon biasa
dan tiga kali dari gula
2. Sebutkan faktor-faktor yang mempengaruhi efektivitas sterilisasi !
Jawab :
Faktor-faktor yang mempengaruhi efektivitas/treatment mikroba dengan sterilisasi ialah :
 Besar populasi
 Komposisi populasi
 Metode treatment yang digunakan
 Langkah-langkah/protokol dari metode yang dipakai (preparasi, proses, akhir)
 Kondisi treatment (konsentrasi agen anti-mikroba, intesitas treatment, lama waktu
kontak dengan agen sterilisasi, suhu operasi)
 Kondisi lingkungan
3. Jelaskan mengapa pada SSF, proses kontrol, dan scale up sulit dilakukan !
Jawab :
Karena pada proses SSF (solid state fermentation), media yang digunakan merupakan
media padatan yang mempunyai ciri-ciri keadaan tetap sebelum digunakan untuk
penanaman mikroba. Kontrol di tengah-tengah proses sangat sulit, karena langkahnya
hampir sama dengan mengganti media padatannya kembali sehingga pertumbuhan
 mikroba dapat terganggu. Scale-up juga sulit dilakukan karena terdapat faktor aerasi yang
mempengaruhi pertumbuhan mikroba pada media.
4. Jelaskan perbedaan metode spread plate dan pour plate !
Jawab :
 Spread plate  volume cairan mikroba tidak lebih dari 0.1 ml disebar di permukaan
agar biakan, lalu diinkubasi, dan setelahnya dihitung jumlah koloninya
 Pour plate  cairan mikroba dan cairan agar dicampur dan kemudian dituang di
petridish, lalu diinkubasi, dan setelahnya dihitung jumlah koloninya
5. Apa yang ada ketahui tentang fase lag ? Bagaimana mengontrol agar periodennya minim ?
Jawab :
Fase lag merupakan tahapan pertama dalam pertumbuhan mikroba. Dimana mikroba
melakukan adaptasi dengan kondisi lingkungan media biakan sebelum mulai bertumbuh
dan memasuki fase eksponensial. Cara mengontrol perioda fase lag agar minim ialah,
dengan menempatkan mikroba pada media biakan skala kecil, sebelum ditaruh di media
biakan yang sesungguhnya. Hal ini dilakukan agar mikroba dapat langsung memasuki fase
eskponensial di media biakan sesungguhnya setelah beradaptasi sebelumnya.
6. Jelaskan mengapa tidak semua mikroorganisme cocok diamati pertumbuhannya
menggunakan mikroskop ?
Jawab :
Karena penggunaan mikrosop terbatas pada cairan mikroba yang sangat-sangat encer agar
jarak antar satu sel dengan yang lain berjauhan/terlihat dan bisa dihitung. Mikroskop tidak
cocok untuk menghitung sel berjenis miselium yang sulit dilihat batas masing-masing
selnya dalam suatu koloni
7. Apa yang ada ketahui tentang tropophase dan idiophase ? Sebutkan contoh produknya !
Jawab :
Tropophase terjadi pada fase log atau eksponensial dari suatu kultur. Pada fase ini, mikroba
selain memperbanyak diri juga melakukan metabolisme dan memproduksi zat-zat
metabolit primer seperti asam amino, karbohidrat, lipid, dan asam nuclei. Idiophase terjadi
saat keadaan biakan sel sudah tidak optimum, atau ketika nutrisi pertumbuhan sel mulai
berkurang. Pada fase ini, mikroba melakukan metabolisme dan memproduksi metabolit
sekunder yang merupakan sintesa dari intermediet atau produk akhir metabolit primer.
8. Jelaskan keuntungan dan kerugian reaksi enzimatis !
Jawab :
Keuntungan reaksi enzimatis adalah :
 Reaksi spesifik dan jarang menghasilkan reaksi samping
 Laju reaksi lebih cepat
 Efektivitas enzim dapat diatur berdasarkan kondisi inkubasi
 Hanya membutuhkan sejumlah kecil, dan unit pendukung yang simpel
 Mempertahankan kondisi sistem
Kerugian reaksi enzimatis adalah :
 Molekul enzim sensitif terhadap perubahan, sehingga membutuhkan perhatian khusus
 Biaya pembelian mahal
 Pada suatu produk akhir, enzim harus dibersihkan sehingga menambah harga jual
produk
 Enzim dapat menstimulasi alergi
 Biasanya disimpan dan diisolasi ketika dipindah-pindah untuk mengurangi efek inhalasi
9. Jelaskan apa yang dimaksud dengan apoenzyme, haloenzyme, dan cofactor ! Gambarkan
bagian-bagiannya !
Jawab :

 Apoenzyme  enzim yang inaktif tanpa substrat untuk diolah

 Haloenzyme  enzim aktif yang lengkap dengan substrat untuk diolah
 Cofactor  substrat non-protein yang akan menempel pada bagian aktif enzim
10. Jelaskan 6 kelompok enzim yang anda ketahui beserta fungsinya !
Jawab :
 Oksireduktase  mengkatalisis reaksi reduksi-oksidasi dimana terjadi perpindahan ion
hidrogen dan oksigen antar molekul
 Transferase  mengkatalisis transfer atom atau grup atom dari suatu molekul ke
molekul lain
 Hidrolase  mengkatalisis reaksi hidrolisa atau degradasi air menjadi produk H+ atau
OH-
 Liase  mengkatalisis reaksi eliminasi, dimana suatu grup atom dilepas dari substrat
 Isomerase  mengkatalisis reaksi isomerasisi molekuler
 Ligase  mengkatalisis reaksi kondensasi dari dua molekul dengan keberadaan energi
ATP atau ikatan fosfor
11. Mengapa sterilisasi menggunakan gas tidak direkomendasikan untuk mensterilkan media
yang akan digunakan untuk fermentasi ?
Jawab :
Sebab dalam sterilisasi gas, yang biasa dipakai ialah gas yang mempunyai potensi racun
(formaldehid, etil asetat). Sehingga tidak direkomendasikan mensterilkan media fermentasi
menggunakan gas agar kemungkinan mikroba mati karena racun dapat dihindari.
12. Jelaskan pembagian macam-macam sterilisasi yang menggunakan metode “moist heat” !
Jawab :
Sterilisasi moist heat, ialah sterilisasi panas basah menggunakan uap untuk mengkoagulasi
protein yang terdapat pada mikroba kontaminan. Uap panas dipastikan menyentuh
permukaan alat secara merata. Metode sterilisasi ini sangat cocok untuk alat-alat logam
atau kaca, tapi tidak untuk karet, plasik, atau jenis lain yang dapat rusak di suhu tinggi.
Sterilisasi panas basah dilakukan dalam autoclave.
13. Jelaskan mengapa pada penggunaan media alami :
a. Peningkatan yield yang kecil sulit terdeteksi
Jawab :
Karena pada media alami, pertumbuhan biomassa dan hasil produksi mikroba tidak
dapat diprediksi. Peningkatan yield kecil dapat disalahartikan sebagai pengaruh dari
perubahan keadaan media, sehingga perlu dipastikan dulu menggunakan analisa lanjut.
 b. Down stream process lebih kompleks
Jawab :
Karena pada media alami, kandungan media yang dipakai sulit ditebak dan dapat
berubah-rubah seiring waktu fermentasi. Sehingga proses down stream lebih kompleks
karena harus melakukan pre-treatment berupa analisa media.
14. Jelaskan mengapa pada fermentasi padat, mikoorganisme jenis filamen lebih sesuai
dibandingkan mikroorganisme yang lain !
Jawab :
Karena mikroorganisme filamen, terkhususnya jamur mempunyai toleransi yang bagus
dengan ketiadaan air, serta mempunyai hyphal yang mampu mempenetrasi media padat
sehingga akses pengambilan nutrisi lebih merata pada substrat
15. Jelaskan penggolongan bakteri berdasarkan responnya terhadap oksigen !
Jawab :
 Bakteri aerobik  tumbuh dengan keberadaan oksigen bebas
 Bakteri anaerobik  tumbuh dengan ketiadaan oksigen bebas
 Bakteri anaerobic fakultatif  tumbuh dengan keberadaan atau ketiadaan oksigen bebas
 Bakteri mikroaerofil  tumbuh dengan sangat sedikit keberadaan oksigen bebas
16. Jelaskan dan gambarkan bagaimana inhibitor non-kompetitif berpengaruh terhadap reaksi
enzimatik !
Jawab :

Inhibitor non-kompetitif merupakan gabungan dari inhibitor kompetitif dan inkompetitif.

Dimana inhibitor tersebut dapat menggantikan substrat enzim atau menyerang sisi inaktif
enzim, jika enzim tersebut telah mengikat substrat. Pengaruhnya pada reaksi enzimatik,
ialah membuat produk yang dihasilkan menjadi tidak sesuai sekaligus memperlambat kerja
enzim.
17. Jelaskan mengapa sebaiknya tidak memilih nutrisi turunan senyawa karbon jika akan
mengamati pertumbuhan mikroorganisme ?
Jawab :
Karena salah satu cara menghitung pertumbuhan mikroorganisme ialah dengan metode
tidak langsung, yaitu didapat dari stoikiometri kesuluruhan produk biomassa dengan
sumber nutrisi mikroba di awal. Hasil karbon menggunakan salah satu ukuran dalam
perhitungan metode tidak langsung. Jika menggunakan senyawa turunan karbon,
dikhawatirkan nutrisi yang masih tersisa akan membuat hasil pengamatan pertumbuhan
mikroorganisme tidak akurat.
18. Jelaskan bagaimana variabilitas menjadi salah satu kekurangan dalam bioproses !
Jawab :
Variabilitas yang dimaksud ialah perubahan-perubahan yang terjadi dalam proses produksi
dari mikroba. Sel cenderung bermutasi dikarenakaan keadaan lingkungan yang berganti.
Juga enzim merupakan molekul yang sensitif dan tidak stabil terhadap perubahan, sehingga
membutuhkan perhatian khusus dalam penggunaannya.
19. Terangkan kelebihan dan kekurangan metode perhitungan sel menggunakan perhitungan
mikroskopik !
Jawab :
Kelebihan metode perhitungan sel dengan mikroskop ialah :
 Alat yang dibutuhkan simpel
 Hasil didapat secara cepat
 Mampu mengamati langsung keadaan morfologi sel
Kekurangan metode perhitungan sel dengan mikroskop ialah :
 Tidak dapat membedakan sel yang sudah mati
 Tidak efektif menghitung larutan sel yang encer
 Sel-sel kecil bisa jadi terlewat dari perhitungan
 Prosedur perhitungan dapat menyebabkan kelelahan mata
 Tidak cocok untuk mikroba jenis miselium
20. Jelaskan pendekatan tidak langsung dalam perhitungan pertumbuhan dan pembentukan
produk !
Jawab :
Pendekatan tidak langsung dalam perhitungan pertumbuhan sel dilihat dari stoikiometri
keseluruhan pembetukan produk :

Perubahan massa sel bisa dimonitor secara langsung dengan mengukur konsumsi nutrisi,
formasi produk, komponen sel, perubahan panas, atau sifat fisik lain dari larutan media.
21. Jelaskan 5 metode uptake nutrisi oleh sel !
Jawab :
 Difusi sederhana  Difusi sederhana adalah perpindahan solute atau molekul yang
menggunakan energi dari gradien elektrokimia, untuk dapat memasuki sel melalui
membran
 Difusi dipermudah  Difusi yang dipermudah merupakan perpindahan molekul atau
solute yang menggunakan energi dari gradien elektrokimia serta memerlukan protein
pembawa untuk lintasannya
 Translokasi kelompok  Pada translokasi kelompok, substansi yang akan diangkut
harus dimodifikasi secara kimiawi sebelum diangkut kedalam sel oleh penghantar.
Proses yang menuju pada modifikasi kimiawi membutuhkan energi metabolik. Contoh
yang baik mengenai translokasi kelompok ialah pengangkutan senyawa gula tertentu
 Transpor pasif  Transport nutrisi yang dilakukan sel tanpa menghasilkan energi
tambahan, atau menggunakan media lain dalam membawanya seperti ikatan protein atau
hidrogen
 Transpor aktif  Pada transport aktif, cairan diangkut oleh suatu penghantar osmotik
atau elektrokimiawi dengan menggunakan energi metabolik
22. Jelaskan permasalahan yang mungkin timbul dalam proses sterilisasi media menggunakan
panas !
Jawab :
Permasalahan yang mungkin timbul ialah bahwa pemakaian panas mempunyai resiko yang
sama dengan pemakaian zat kimia yang tergantikan oleh oksigen air. Panas dapat
 menyebabkan denaturasi enzim, atau konsituen sel yang penting. Selain itu sterilisasi panas
lebih cocok digunakan untuk sistem yang basah agar lebih efektif. Pula alat-alat yang dapat
disterilisasi hanya boleh dari logam atau gelas saja. Selain dari itu dapat menyebabkan
kerusakan.
23. Jelaskan kelebihan sterilisasi batch dibandingkan sterilisasi kontinyu !
Jawab :
Kelebihan sterilisasi batch dibandingkan sterilisasi kontinyu ialah :
 Perlakuan manual yang mudah  tahap yang dilakukan ternilai mudah karena sekedar
memasukkan alat yang mau disterilisasi, dikeluarkan, lalu memasukkan alat lain dan
mengulangi sterilisasi kembali. Sedangkan pada sistem kontinyu, maka langkahnya
akan diperpanjang lagi agar alat-alat disterilisasi secara terus-menerus tanpa berhenti
 Biaya rendah  kebutuhan alat sterilisasi yang simpel, sehingga tidak membutuhkan
biaya kontruksi tambahan. Sedangkan pada sistem kontinyu, karena langkahnya lebih
panjang sehingga perlu alat tambahan agar proses dapat berjalan secara otomatis
 Resiko kontaminasi kecil  kontaminasi pada alat berkurang karena dilakukan secara
bergiliran dan ada jeda. Sedangkan pada sterilisasi kontinyu resiko kontaminan lebih
besar karena dilakukan secara otomatis dan terus-menerus.
24. Jelaskan bagaimana membedakan suatu produk merupakan hasil metabolisme primer atau
sekunder !
Jawab :

Secara umum, membedakan produk metabolitsme primer dan sekunder cukup sulit
dikarenakan produksi kedua jenis metabolit tersebut sangat bergantung pada kinetika
produksi sel serta keadaan lingkunga pertumbuhannya. Namun, pembedaan ini tetap dapat
dilakukan dengan melihat kurva pertumbuhan bakteri. Memasuki fase eksponensial, maka
sel turut masuk pada tropophase dimana sel melakukan metabolisme dan memperoduksi
 metabolit primer. Keadaan nutrisi di biakan pada fase ini masih sangat baik. Seiring waktu,
maka jumlah nutrisi akan berkurang sehingga sel mulai masuk ke fase stasioner hingga
fase kematian. Karena ketiadaan nutrisi, maka sel masuk pada idiophase dimana sel
melakukan metabolisme dan memproduksi metabolit sekunder yang disintesa dari hasil
metabolisme primer.
25. Apa yang dimaksud dengan kofaktor ? Jelaskan pembagian kofaktor !
Jawab :
Pengertian kofaktor adalah substrat non-protein yang akan menempel pada bagian aktif
enzim. Fungsinya ialah untuk mengaktivasi sifat enzim dengan mengubah bentuk
geometrinya. Umumnya kofaktor dibagi menjadi dua, yaitu :
 Koenzim  zat organik dengan berat molekul rendah yang mengikat secara longgar
pada enzim
 Grup prostetik  zat organik kecil yang mengikat secara kuat pada enzim
26. Jelaskan dan gambarkan pengaruh konsentrasi substrat terhadap kecepatan reaksi
enzimatis !
Jawab :

Ketika kadar substrat dalam sistem masih rendah, reaksi yang terjadi merupakan reaksi
orde satu yang kecepatannya semakin bertambah seiring substrat bertambah. Pada kondisi
ini substrat merupakan pereaktan pembatas. Tetapi ketika substrat ditambahkan, maka
lajunya akan berkurang hingga stabil dan reaksi berubah menjadi orde nol. Hal ini
menandakan jika enzim telah mencapai batas jenuhnya sehingga laju reaksinya maksimum.
27. Jelaskan dan gambarkan 2 kemungkinan inhibitor kompetitif !
Jawab :

Kemungkinan pertama ialah inhibitor merupakan kompetitif murni. Yakni inhibitor

mengikat dengan enzim sehingga substrat sama sekali tidak dapat bereaksi dengan enzim.
Kemungkinan kedua ialah inhibitor merupakan mixed kompetitif. Yakni inhibitor mengikat
dengan enzim yang telah berikatan dengan substrat. Hal ini menyebabkan reaksi berjalan
lambat, atau terbentuk produk yang tidak diinginkan.