NAMA : RIRIN GUSTI PRIANI

NIM : 2016.01.00.01.006
PRODI : ILMU GIZI Universitas Mohammad Natsir Bukittinggi

Nutrigenomik dan Nutrigenetik

DD Farhud, M Zarif Yeganeh, M Zarif Yeganeh
Pendahuluan
Area genomik Nutrisi mencakup dua bagian: Nutrigenomik pertama yang mempelajari
interaksi antara komponen makanan dan genom, dan pengaturan perubahan protein dan
metabolisme lainnya; Nutrigenetik kedua yang mengidentifikasi respons terhadap komponen
makanan sehubungan dengan perbedaan genetik. Nutrisi adalah sebagai faktor lingkungan yang
dapat berinteraksi dengan materi genetik. Ditunjukkan bahwa metabolisme dan perbaikan DNA
tergantung pada berbagai faktor makanan yang bertindak sebagai kofaktor atau substrat dalam
jalur metabolisme, tetapi lebih sedikit yang diketahui tentang dampak kofaktor dan/atau
kekurangan atau kelebihan mikronutrien pada kesetiaan DNA replikasi dan perbaikan. Meskipun
nutrisi dapat mempengaruhi perkembangan fenotipe tertentu, respons terhadap nutrisi spesifik
yang ditentukan oleh genotipe individu juga harus dipertimbangkan.
SNP (polimorfisme nukleotida tunggal) adalah variasi genetik yang paling umum, terjadi
pada sekitar 500-2000 bp di seluruh genom manusia, dan biasanya ditemukan pada setidaknya
1% dari populasi. Banyak penelitian pada manusia telah menunjukkan bukti interaksi antara SNP
di berbagai gen dan respons metabolik terhadap makanan. Selain itu, analisis SNP menyediakan
potensial alat molekuler untuk menyelidiki peran nutrisi dalam kesehatan manusia, penyakit dan
identifikasi diet optimal.
Nutrisi dan genom berinteraksi pada dua tingkat:
1) Nutrisi dapat menginduksi atau menekan ekspresi gen sehingga mengubah fenotip
individu.
2) Sebaliknya, polimorfisme nukleotida tunggal dapat mengubah bioaktivitas jalur
metabolisme penting dan mediator dan memengaruhi kemampuan nutrisi untuk
berinteraksi dengannya.
 Gambar.1: Nutrigenomik dan Nutrigenetik dihasilkan dari interaksi gen dan nutrisi.
Respons genetik melibatkan: efek pada evolusi genom, mutasi, seleksi, pemrograman, viabilitas,
ekspresi gen, stabilitas kromosom, transduksi sinyal dan jalur metabolisme, sintesis dan struktur protein,
peristiwa epigenetik, penyakit kronis.
Respons nutrisi meliputi: efek pada penyerapan nutrisi, pemanfaatan dan kebutuhan nutrisi,
toleransi makanan / nutrisi, dan atopi makanan.
Genomik Gizi
Interaksi antara nutrisi dan proses seluler/genetik sedang disebut sebagai "Genomik
nutrisi". Istilah ini menggambarkan antarmuka genomik biokimia, nutrisi manusia, pemahaman
reaksi dan interaksi pada tingkat genomik molekuler. Dasar konseptual untuk penelitian genomik
ini dapat diringkas dengan lima prinsip berikut:
1) Bahan kimia diet umum bertindak pada genom manusia, baik secara langsung
maupun tidak langsung, untuk mengubah ekspresi gen dan/atau struktur.
2) Dalam keadaan tertentu dan pada beberapa individu, diet dapat menjadi faktor risiko
serius untuk sejumlah penyakit.
3) Beberapa gen yang diatur pola makan (dan varian mereka yang normal dan umum)
cenderung berperan dalam timbulnya, insidensi, perkembangan, dan/atau keparahan
penyakit kronis.
4) Sejauh mana diet mempengaruhi keseimbangan antara keadaan sehat dan penyakit
mungkin tergantung pada latar belakang genetik individu.
5) Intervensi diet berdasarkan pengetahuan dari kebutuhan individu gizi, status gizi, dan
genotipe (yaitu, “individual gizi") dapat digunakan untuk mencegah, mengurangi,
atau menyembuhkan penyakit kronis.
Nutrigenetik
Istilah nutrigenetik digunakan pertama kali oleh Dr RO Brennan di 1975 dalam bukunya
Nutrigenetics. Nutrigenetics menunjuk pada pemahaman bagaimana latar belakang genetik dari
dampak individu terhadap diet. Pelajari interaksi gen-nutrisi adalah area pengembangan ilmu
pengetahuan. Gagasan ini yang merugikan diet / interaksi genom dapat menyebabkan penyakit
bukanlah hal baru dan diet yang tidak sesuai untuk setiap genotipe individu dapat menjadi faktor
risiko untuk penyakit monogenetik dan poligenetik. Polimorfisme genetik dapat memengaruhi
respons terhadap unsur-unsur lingkungan, seperti perubahan aktivitas enzimatik yang
memengaruhi konsentrasi sirkulasi dan pada akhirnya efektivitas bahan kimia dan metabolitnya.
Selanjutnya, gangguan metabolisme adalah contoh lain dari pengaruh genetik v ariations untuk
diet seperti PKU, cacat yang terkait dengan oksidasi asam lemak rantai panjang, penyerapan zat
besi (hemochromatosis), yang dapat dikelolacukup baik dengan pembatasan diet.

Nutrigenomik
Nutrigenomik bertujuan untuk mengidentifikasi efek beberapa nutrisi, termasuk
makronutrien dan mikronutrien pada genom dan mengeksplorasi interaksi antara gen dan nutrisi
atau bioaktif makanan dan pengaruhnya terhadap kesehatan manusia. Pengaruh nutrisi pada
aktivitas transkripsi, ekspresi gen, dan respons varian gen yang heterogen juga disebut sebagai
"Nutrigenomik".
Nutrigenomik juga menjelaskan penggunaan alat genom fungsional untuk mempelajari
sistem biologis untuk memahami bagaimana molekul nutrisi mempengaruhi jalur metabolisme
dan kontrol homeostatis. Cabang ilmu ini akan mengungkapkan bentuk diet optimal dalam
serangkaian perubahan nutrisi, sedangkan Nutrigenetics akan menghasilkan informasi penting
yang membantu dokter dalam mengidentifikasi diet optimal untuk individu tertentu, yaitu nutrisi
yang dipersonalisasi. Transkriptomik, proteomik, dan metabolomik juga merupakan teknologi
yang berlaku dalam penelitian Nutrigenomik.
Menurut banyak penelitian, nutrisi dapat mengubah ekspresi gen pada tingkat regulasi
gen, transduksi sinyal, struktur kromatin dan fungsi protein.
Studi epidemiologis menunjukkan hubungan antara asupan makanan dan kejadian serta
keparahan penyakit kronis. Sejumlah besar patologi terkait gizi (obesitas, sindrom metabolik,
diabetes tipe 2, CVD, dan beberapa jenis kanker) bersifat poligenik dan multifaktorial dan onset
dan perkembangannya terkait dengan beberapa gen dan variannya serta beberapa faktor
lingkungan, terutama diet.
Bahan kimia diet dapat memengaruhi ekspresi gen secara langsung atau tidak langsung.
Pada tingkat sel, nutrisi dapat bertindak sebagai ligan untuk reseptor faktor transkripsi atau
dimetabolisme oleh jalur metabolisme primer atau sekunder, sehingga mengubah konsentrasi
substrat atau zat antara, dan akhirnya secara positif atau negatif mempengaruhi jalur sinyal.
Faktor-faktor transkripsi (TF) adalah salah satu molekul kunci yang melalui nutrisi dapat
mengubah ekspresi gen. Salah satu kelompok paling penting dari sensor nutrisi adalah PPAR TF
dengan 48 anggota dalam genom manusia. Mayoritas reseptor dalam ikatan superfamili ini
mengikat, metabolitnya, dan memengaruhi ekspresi gen spesifik yang terlibat dalam berbagai
proses metabolisme di hati, termasuk oksidasi asam lemak, ketogenesis, glukoneogenesis,
metabolisme asam amino, proliferasi sel, dan respons fase akut.
Epigenetika Nutrisi
Istilah " epigenetics" digunakan untuk ekspresi gen yang terjadi tanpa perubahan dalam
urutan DNA. Regulasi epigenetik memainkan peran penting dalam perkembangan dan
diperlukan untuk mendapatkan ekspresi atau represi gen yang stabil dalam tipe sel spesifik atau
pada tahap perkembangan yang ditentukan. Perubahan epigenetik dapat memengaruhi kontrol
siklus sel, kerusakan DNA, apoptosis, invasi, percetakan, dan penuaan.
Kesehatan Genom dan Pencegahan Penyakit
Jelas bahwa bahkan kerusakan kecil di genom dapat menyebabkan efek penting dalam
seluruh kehidupan manusia. Metabolisme dan perbaikan DNA tergantung pada berbagai faktor
makanan yang bertindak sebagai kofaktor atau substrat. Persyaratan gizi penting untuk
pencegahan oksidasi DNA (yaitu antioksidan seperti karotenoid, Vit E dan C), pencegahan
penggabungan urasil ke dalam DNA (yaitu folat), pemeliharaan metilasi CpG dalam DNA
(metionin, kolin, folat, dan vitamin B12) , sebagai kofaktor atau sebagai komponen enzim re-
pairing DNA (Zn, Mg), pemeliharaan panjang telomer (niasin, folat).
Banyak penyakit kronis bersifat poligenik dan hasil dari interaksi antara gen dan faktor
lingkungan. Intervensi diet berdasarkan kebutuhan nutrisi, status gizi, dan genotipe (yaitu,
"nutrisi individual"), dapat digunakan untuk mencegah, mengontrol atau mengobati penyakit
kronis seperti penyakit kardiovaskular (CVD), sindrom metabolik, dan kanker. Gangguan ini
sebagian dimediasi oleh paparan kronis pada komponen makanan tertentu. Contohnya, hubungan
antara jumlah kalori, tingkat dan jenis vitamin, lemak, dan karbohidrat dengan aterosklerosis,
diabetes, obesitas, kanker, hipertensi, dan penyakit kronis lainnya mengalami dem-onstrated.
Kerusakan Genom dan Defisiensi Nutrisi
Seperti yang disebutkan sebelumnya, status gizi mempengaruhi stabilitas genom dan
defisiensi mikro-ronutrien tertentu dapat mengakibatkan kerusakan kritis pada tubuh. Penelitian
telah menunjukkan bahwa setidaknya sembilan mikronutrien (Vit E, Ca, folat, retinol, asam
nikotinat, β-karoten, riboflavin, asam pantotenat, dan biotin) memengaruhi stabilitas genom pada
manusia in vivo. dan vitamin B12 diperlukan untuk replikasi DNA, perbaikan dan pemeliharaan
pola metilasi DNA. Baik penelitian in vivo dan in vitro dengan sel manusia dengan jelas
menunjukkan bahwa defisiensi folat dan vitamin B12 dan peningkatan homocysteine plasma
berhubungan dengan ekspresi situs rapuh kromosom, rehat kromo-somal, urasil yang berlebihan
dalam DNA dan hipometilasi DNA. Asam nikotinat (niasin) juga memainkan peran mendasar
dalam integritas kromosom dan pengurangan risiko kanker.
Spesies oksigen reaktif (ROS) seperti radikal hidroksil yang sangat reaktif dan radikal
superoksida berkontribusi terhadap kerusakan DNA. Antioksidan (Vit C dan E) dan enzim
seperti mengeluarkan superoxid, katalase dan glutathionperoxidase dapat mengendalikan lipid
dan oksidasi protein yang diinduksi oleh ROS. Karena perkembangan, penyakit degeneratif dan
penuaan sebagian disebabkan oleh kerusakan DNA, mendefinisikan persyaratan optimal mineral
dan vitamin utama untuk mencegah kerusakan DNA nuklear dan mitokon adalah penting.
Infertilitas adalah konsekuensi lain dari kerusakan genome pada kesehatan manusia.
Kerusakan genom disebabkan oleh defisiensi mikronutrien spesifik dapat menyebabkan kelainan
perkembangan pada janin atau peningkatan risiko kanker pada anak. Misalnya, asupan Vit C
yang tidak memadai menghasilkan peningkatan oksidasi DNA sperma; defisiensi folat
meningkatkan risiko NTD dan kerusakan genom. Peningkatan risiko leukemia pada anak-anak
dengan ibu-ibu yang tidak mengonsumsi cukup suplementasi asam folat selama kehamilan telah
menunjukkan. Selain itu, defisiensi seng menginduksi kerusakan oksidatif pada DNA dan
merusak perbaikan DNA, yang memiliki efek teratogenik.
Telomer dan Status Gizi
Telomer adalah struktur nukleoprotein yang menutup ujung kromosom, dan menjaga
stabilitas kromo. Degenerasi telomer menyebabkan seluruh ketidakstabilan kromosom, dan fusi
kromosom dan karenanya amplifikasi gen, merupakan faktor risiko penting untuk kanker.
Kekurangan folat dan asam nikotinat meningkatkan stres oksidatif dan disfungsi telomer. Di
bawah defisiensi folat, urasil dimasukkan ke dalam DNA sebagai pengganti timidin, yang
menyebabkan kerusakan kromosom. Demikian pula, stres oksidatif menyebabkan pemendekan
telomer. Folat dan donor metil lainnya seperti Vit B12, cholin, dan methionin memiliki peran
penting dalam pemeliharaan metilasi sitosin. Cacat dalam metilasi DNA dapat menyebabkan
perpanjangan telomer yang berlebihan dan rekombinasi homolog antara telomer dan fusi
telomer. Hipometilasi atau hipermetilasi pulau-pulau CpG yang ada dalam promotor telomerase
dapat menyebabkan ekspresi telomerase yang berlebihan atau membungkam gen masing-masing.
Pemendekan telomer telah diamati dalam sejumlah kondisi termasuk obesitas, stres
psikologis, disfungsi kekebalan tubuh, kanker, dan CVD. Studi in vitro pengobatan antioksidan
telah ditemukan untuk mencegah kerusakan telomer.
Kesimpulan
Genomik nutrisi menjelaskan interaksi antara nutrisi, zat antara metabolisme, dan genom
mam-malian. Respons terhadap komponen makanan bioaktif tergantung pada latar belakang
genetik (efek Nutrigenetik) yang dapat memengaruhi penyerapan dan target metabolisme atau
tempat kerja. Demikian juga, respons terhadap komponen makanan bergantung pada metilasi
DNA dan kejadian epigenetik lainnya. Kemampuan komponen makanan bioaktif untuk
mempengaruhi pola ekspresi gen (efek nutrigenomik) juga merupakan faktor dalam menentukan
respon keseluruhan. Akhirnya, komponen makanan bioaktif dapat mempengaruhi sintesis
protein, degradasi, dan modifikasi posttranslasional. Memahami hubungan timbal balik antara
keragaman ge-netika manusia, fungsi genom, dan komponen makanan akan memungkinkan
manipulasi fungsi genom dan stabilitas sepanjang siklus kehidupan untuk kesehatan manusia dan
pencegahan penyakit yang optimal.
Dengan wawasan yang lebih luas dalam aksi-aksi gen-nutrisi, perubahan dalam diet dan
inter-nutrisi tunggal dapat membantu kita untuk lebih melindungi terhadap kanker, mengurangi
terjadinya penyakit kardiovaskular dan penyakit kronis lainnya, dan mungkin meningkatkan
umur panjang manusia.
 Nutrigenomik: Dari Nutrisi Molekul hingga Pencegahan Penyakit
LYDIA AFMAN, PhD; MICHAEL MÜLLER, PhD
Tujuan penting dari penelitian nutrigenomik adalah untuk mempelajari pengaruh nutrisi
genome-wide, dengan fokus spesifik pada peran stres metabolik dalam genesis sindroma
metabolis, pengumpulan fenotipe yang menggabungkan peradangan, stres metabolik, resistensi
insulin, dan diabetes.

Gambar 1. Perkembangan penyakit poligenik kompleks, multifaktorial, seperti sindrom metabolik. Nutrisi
terutama difokuskan pada kesehatan dan pada fase paling awal patologi penyakit. Untuk menerapkan
strategi diet secara efektif untuk mencegah penyakit atau memulihkan homeostasis, diperlukan biomarker
awal dari keadaan penyakit. Nutrisi dan pharma (farmakologi) adalah pendekatan pelengkap untuk
diterapkan pada stres metabolik atau sindrom metabolik. Menariknya, ada tumpang tindih yang cukup
besar antara target seluler untuk intervensi nutrisi dan farmakologis, seperti reseptor aktivator proliferator
peroksisom-a atau reseptor aktivator aktivator peroksisom, yang mengikat asam lemak dan serat atau
asam lemak dan thiazolidinediones, masing-masing.
Untuk mendekati kondisi yang kompleks ini, penelitian nutrisi molekuler pada pola
respons diet spesifik organ menggunakan model tikus transgenik dan knock-out dikombinasi
dengan teknologi genom. Dari sudut pandang molekuler, nutrisi dianggap sebagai "pensinyalan
mol ecules" yang, melalui mekanisme penginderaan seluler yang tepat, menghasilkan terjemahan
dari sinyal makanan ini menjadi perubahan dalam gen, protein, dan ekspresi metabolit.
Pendekatan semacam itu memungkinkan wawasan tentang mekanisme nutrisi pada tingkat
molekuler (yaitu, apa yang terjadi dalam sel dan organ kita ketika kita makan, ketika kita tidak
makan, atau ketika kita makan terlalu banyak). Pada tingkat genomik, perubahan molekuler ini
berfungsi sebagai "tanda tangan" diet atau sidik jari yang dapat secara tepat menjelaskan
fenotipe, terutama dalam kondisi stres metabolik dan fase awal resistensi insulin spesifik organ.
Pada akhirnya, tujuannya adalah untuk mengekstrapolasi temuan dari studi dengan tikus dan sel
untuk manusia, di mana dampak genotipe harus diperhitungkan untuk memperkirakan risiko
penyakit yang terkait dengan stres makanan, kelebihan berat badan, dan obesitas.

Gambar 2. Dua strategi penelitian nutrigenomik. Strategi pertama akan memberikan data
molekuler terperinci tentang interaksi antara nutrisi dan genom, sedangkan strategi kedua mungkin
penting untuk nutrisi manusia, mengingat sulitnya mengumpulkan sampel jaringan dari individu yang
sehat. Strategi pertama, biasanya diterapkan oleh kelompok penelitian yang lebih kecil, akan
mengungkapkan identifikasi faktor transkripsi yang berfungsi sebagai sensor nutrisi dan gen yang mereka
targetkan; penjelasan dari jalur pensinyalan yang terlibat, dan karakterisasi dari sinyal makanan utama;
pengukuran dan validasi tanda-tanda ekspresi gen spesifik sel dan organ dari konsekuensi metabolisme
dari mikronutrien dan makronutrien tertentu; Penjelasan interaksi antara jalur regulasi terkait nutrisi dan
jalur stres proinflamasi, untuk memahami proses disregulasi metabolik yang mengarah ke penyakit terkait
diet; dan identifikasi genotipe yang merupakan faktor risiko untuk pengembangan penyakit manusia yang
berhubungan dengan makanan (seperti diabetes, hipertensi, atau aterosklerosis) dan kuantifikasi
dampaknya. Strategi kedua adalah penerapan biologi sistem nutrisi untuk mengembangkan biomarker
disregulasi metabolik awal dan kerentanan (tanda-tanda stres) yang dipengaruhi oleh diet. Strategi ini
membutuhkan konsorsium besar, dana penelitian yang besar, dan kolaborasi multidisiplin (dan mungkin
multinasional) yang sangat baik.
Nutrigenomics: How To Get Simple Answers For A Complex Science
Tantangan penting dalam penelitian nutrisi adalah kompleksitas dan variabilitas nutrisi
dan makanan. Tubuh harus menangani sejumlah besar nutrisi yang berbeda dan komponen
makanan lainnya dan konsentrasi nutrisi dapat tinggi (mikromolar hingga milimolar) tanpa
mencapai tingkat toksik. Setiap nutrisi juga dapat memiliki banyak target dengan afinitas dan
spesifisitas yang berbeda. Situasi ini sangat kontras dengan farmakologi, di mana agen tunggal
digunakan pada konsentrasi rendah dan bertindak dengan afinitas dan selektivitas yang relatif
tinggi untuk sejumlah target biologis yang sangat terbatas. Tantangan pencarian ulang
nutrigenomik adalah memecah masalah pencarian ulang yang penting namun kompleks menjadi
proyek-proyek kecil yang layak yang dapat ditangani oleh kelompok-kelompok penelitian
berukuran normal (Gambar 2). Satu kemungkinan adalah beralih dari sistem yang paling
kompleks, manusia, ke organ-isme yang lebih sederhana atau lebih mudah diakses, seperti ragi
dan Caenorhabditis elegans, yang dapat berfungsi sebagai model sistem. Organisme ini memiliki
genetika begitu canggih serta genom berurutan, dan para peneliti telah membuat penemuan
penting dalam genomik gizi menggunakan sistem model ini. Bahkan lalat buah Drosophila
adalah model organisme yang menarik untuk melakukan penelitian nutrigenomik karena
memiliki jaringan seperti adiposa dan sistem pengangkutan lipid, yang membuatnya menjadi
model yang lebih dekat dengan manusia sehubungan dengan obesitas dan penyakit yang
berhubungan dengan penyakit daripada banyak organisme model lainnya. Strategi lain yang
mungkin adalah menggunakan metode yang sudah mapan dalam penelitian medis atau
farmakologis tetapi agak baru dalam penelitian nutrisi. Sebagai contoh, anal-ogous untuk
farmakologi, nutrisi atau metabolit diet dapat dipandang sebagai molekul pensinyalan yang
dikenali oleh mekanisme penginderaan seluler khusus.
Sinyal Dieter Dan Sensor Nutrien
Agen utama di mana nutrisi mempengaruhi ekspresi gen adalah faktor transkripsi. Di
antara kelompok sensor nutrisi yang paling penting adalah superfamili reseptor nuklir dari faktor
transkripsi, dengan 48 anggota dalam genom manusia. Banyak reseptor dalam ikatan keluarga
super ini dan metabolitnya. Misalnya, reseptor nuklir, seperti reseptor aktivator-aktivator
peroxisome prolifera-tor (PPARa) (mengikat asam lemak) atau reseptor X hati (mengikat
metabolit kolesterol), mengikat sebagai heterodimer bersama dengan reseptor X retinoid bersama
dengan sekuens nukleotida spesifik ( elemen respons) di daerah pro-moter dari sejumlah besar
gen. Selama pengikatan ligan, reseptor nuklir mengalami perubahan konformasi yang
menghasilkan disosiasi terkoordinasi dari core-pressors dan rekrutmen protein coactivator untuk
memungkinkan aktivasi transkripsi. Dalam organ-organ yang aktif secara metabolik, seperti hati,
usus, dan jaringan adiposa, faktor-faktor transkripsi ini bertindak sebagai sensor nutrisi dengan
mengubah tingkat transkripsi DNA gen-gen tertentu dalam mensponsori kembali perubahan
nutrisi. Reseptor nuklir memiliki peran penting dalam regulasi berbagai proses, termasuk
metabolisme nutrisi, perkembangan embrionik, proliferasi sel, dan diferensiasi sel.
 Tidak mengherankan, nutrisi, dengan mengaktifkan reseptor ini, mampu memengaruhi
beragam fungsi seluler. Sebagai contoh, kelompok PPAR dari reseptor nuklir bertindak sebagai
sensor nutrisi untuk asam lemak dan mempengaruhi ekspresi gen tertentu. Salah satu dari tiga
bentuk iso PPAR, PPARa, hadir terutama di hati. Lebih dari 3.000 hingga 4.000 gen target
PPARa terlibat dalam berbagai proses metabolisme dalam hati, termasuk oksidasi asam lemak,
ketogenesis, glukoneogenesis, metabolisme asam amino, proliferasi sel, proliferasi sel, dan
respons fase akut. PPARa hati sangat penting selama puasa, ketika asam lemak bebas dilepaskan
dari jaringan adiposa. Asam lemak ini kemudian melakukan perjalanan ke hati, di mana mereka
mengalami oksidasi parsial atau lengkap. Namun, asam lemak ini juga mengikat PPARa, yang
kemudian meningkatkan ekspresi sekumpulan gen melalui pengikatan pada sekuens spesifik di
daerah pro-moter mereka. Tikus PPARa nol puasa puasa (tikus yang tidak memiliki PPARa
fungsional) menderita berbagai cacat metabolisme, yang meliputi hipoketonemia, hipotermia,
kadar asam lemak bebas plasma yang sudah lama, dan hipoglikemia. Baru-baru ini, telah
ditunjukkan bahwa PPARa secara langsung mengatur ekspresi gen yang terlibat dalam
glukoneogenesis hati dan metabolisme gliserol. Karena asam lemak adalah ligan untuk PPARa,
mekanisme anekologi yang terakhir dapat menjelaskan efek stimulasi dari asam lemak bebas
plasma yang meningkat pada glukoneogenesis hepatik dan keluaran glukosa. Selain fungsi
penting dalam respon fisiologis terhadap kekurangan makanan atau kelaparan, peran PPARa
dalam obesitas kurang jelas, tetapi kemungkinan besar relevan dengan pemahaman kita tentang
patofisiologi terkait-obesitas dari diabetes tipe 2. Obesitas visceral dikaitkan dengan peningkatan
kadar asam lemak bebas dan, yang menarik, molekul-molekul ini dapat dikenali oleh hati sebagai
sinyal "lapar" atau "membutuhkan glukosa", yang menghasilkan peningkatan glukoneogenesis
dengan cara yang bergantung pada PPARa, khususnya dalam kondisi resistensi insulin hati.
Selain kelompok faktor transkripsi penginderaan yang secara langsung berinteraksi
dengan DNA dengan mengikat elemen respons spesifik, pentingnya protein corepressor dan
coactivator menjadi lebih jelas karena besar komponen dari kontrol gen diarahkan pada
penekanan koaktivator. Koaktivator ada di kompleks multiprotein yang berlabuh pada faktor
transkripsi dan memodifikasi kromatin, memungkinkan transkripsi berlangsung. Data terkini
tentang dua koaktivator PPARg, yang disebut perox-isome proliferator-activated reseptor-
gamma coactiva-tor-1 (PGC-1a dan PGC-1b), sangat menarik. PGC-1a telah dikaitkan dengan
homeostasis energi, diabetes, dan regulasi umur. Polimorfisme dalam gen yang mengkode PGC-
1a dan PGC-1b telah dikaitkan dengan perkembangan diabetes tipe 2. Baru-baru ini, pemberian
makanan berlemak tinggi dalam model tikus telah terbukti menginduksi hiperlipidemia dan
aterogenesis dan untuk menstimulasi penekanan PGC-1b di hati. Melalui studi molekuler,
penulis mengaitkan mekanisme ini dengan peningkatan ekskresi lipogen-esis dan lipoprotein
dengan kepadatan sangat rendah karena efek penambah PGC-1b pada transkripsi gen yang diatur
oleh faktor transkripsi sterol elemen pengikat elemen pengikat protein 1 dan reseptor X hati.
Sebuah. Dari hasil ini, sebuah mekanisme telah diusulkan dimana diet asam jenuh dan transat
lemak dapat menstimulasi hiperlipidemia dan aterogenesis. Penelitian ini menunjukkan
sensitivitas analisis microarray yang canggih dan merupakan contoh penelitian nutrigenomik
karena memungkinkan deteksi langsung perubahan mendalam dalam pola ekspresi gen hepatik
karena respons adaptif oleh organisme terhadap perubahan dalam komposisi makronutrien
makanan.
Tanda Tangan Kesehatan Dan Penyakit
Fokus utama penelitian nutrisi adalah pencegahan penyakit kronis, seperti penyakit
kardiovaskular, sindroma meta-bolik, dan kanker. Gangguan ini sebagian dimediasi oleh paparan
kronis komponen makanan tertentu dan, oleh karena itu, bagian penting dari strategi pencegahan
menyangkut perubahan kebiasaan makanan. Hubungan kausal antara komponen-komponen
makanan bioaktif dan pencegahan atau hasil suatu penyakit hanya dapat dinilai dengan uji
intervensi jangka panjang, yang memakan waktu dan mahal. Studi intervensi gizi konvensional
lainnya menggunakan penanda biomarker seperti profil lipid yang terganggu (misalnya,
kolesterol, trigliserida), peningkatan tekanan darah, atau berkurangnya sensitivitas insulin
sebagai prediktor penyakit, seperti penyakit kardiovaskular atau sindrom metabolik. Biomarker
ini terutama protein tunggal atau metabolit atau fungsi tubuh tertentu yang dapat digunakan
sebagai indikator untuk perubahan patofisiologis yang pada akhirnya dapat menyebabkan
berbagai penyakit kronis, tergantung pada genotipe individu. Profil biomarker lengkap akan
lebih khas untuk status kesehatan seseorang daripada penanda tunggal. Kemampuan untuk
menilai apa yang disebut sebagai “tanda tangan” kesehatan dan penyakit ini menjanjikan
penjiplakan manusia yang lebih lengkap dan kemampuan untuk memantau status kesehatan
menggunakan alat non-invasif. Profil Biomarker dapat ditentukan pada tingkat genomic
transkriptome, proteom, dan metabolisme, semua memiliki keunggulan spesifik mereka sendiri
sebagai penanda status kesehatan tubuh.
 Metabolomics adalah studi tentang jumlah total metabolit endogen dan eksogen dalam
sel, organ, atau cairan tubuh dan merupakan alat yang berguna untuk menghasilkan profil
metabolit individu, seperti lipid plasma lengkap (yaitu, kolesterol, trigliserida) dan profil
vitamin. Teknik ini cukup inovatif, dan validasi keakuratan dan kepekaan, terutama dalam
keadaan predisease, belum diselidiki. Demikian pula, penelitian tentang proteomik, mempelajari
proteome (semua protein dalam sel atau jaringan pada waktu tertentu), sedang dikembangkan.
Alat nutrigenomik yang sensitif dan divalidasi dengan baik adalah transkriptomik, yang
menggunakan analisis microarray untuk mempelajari jumlah salinan RNA messenger per gen
untuk hampir semua gen yang ditranskripsi secara aktif. Teknik ini memungkinkan penentuan
tingkat ekspresi ribuan gen pada saat yang sama dan dalam satu studi. Namun, jenis-jenis studi
ini membutuhkan sejumlah besar bahan jaringan untuk isolasi RNA yang dibutuhkan.
Aksesibilitas jaringan manusia terbatas dan telah menjadi kelemahan utama untuk jenis analisis
ini. Akan tetapi, sampel biopsi dari jaringan adiposa dan otot dapat diambil dengan risiko yang
relatif rendah dan dapat menawarkan satu solusi, dengan batasan bahwa ekspresi gen dapat
mencerminkan efek spesifik jaringan dari fenotip patofisiologis. Sebagai contoh, respon
proinflamasi yang diamati pada jaringan adiposa penderita obesitas tercermin dengan
meningkatnya ekspresi gen proinflamasi pada jaringan ini. Kemungkinan lain yang kurang
invasif adalah mengisolasi RNA dari sel darah putih, yang menyebar ke seluruh tubuh dan
merespons ancaman internal dan eksternal terhadap hoostostasis tubuh. Pola ekspresi gen dalam
sel darah perifer telah terbukti spesifik untuk keadaan penyakit. Pola ekspresi gen spesifik
penyakit dalam sel darah telah diidentifikasi untuk tumor payudara dan leukemia, dan pola-pola
itu sekarang berfungsi sebagai biomarker untuk penyakit dan sebagai dasar untuk alat diagnostik
yang berguna.
Variasi antar individu dalam ekspresi gen adalah penting di antara individu yang sehat,
tetapi kurang berbeda dari variabilitas yang diamati dalam keadaan penyakit. Pola ekspresi
dalam orang yang sehat selama periode 24 jam dan pada interval yang berbeda selama periode 6
bulan sangat sesuai, tetapi variasi dalam ekspresi gen antara orang bervariasi secara signifikan.
Variasi antar individu yang besar ini membuatnya sulit untuk membedakan ciri-ciri ekspresi gen
dari subjek yang sehat dari subjek yang telah ditentukan sebelumnya. Setelah tanda-tanda
predisease didefinisikan dan divalidasi, intervensi nutrisi yang fokus pada biomarker predisease
tersebut dapat dikembangkan, dengan tujuan untuk mendapatkan kembali pola ekspresi yang
sehat dan selanjutnya meningkatkan kondisi fisik.
Faktor pembatas sekarang untuk penerapan analisis tanda tangan ekspresi gen adalah
jumlah darah manusia atau bahan jaringan yang tersedia. Secara umum, pendekatan ini
membutuhkan prosedur amplifikasi RNA sebelum analisis ekspresi seluruh genom microarray
dapat dilakukan. Faktor pembatas lainnya adalah heterogenitas populasi sel darah dalam hal
respons metabolik spesifik dan profil ekspresi gen. Kehadiran proporsional dari subpopulasi sel
menjadi sasaran pemicu internal dan eksternal seperti infeksi atau aktivitas fisik, sehingga
memengaruhi pola ekspresi gen total. Akhirnya, metode isolasi sel darah dan pemilihan tipe sel
selanjutnya lebih lanjut mempengaruhi hasil akhir signifikan. Namun demikian, terlepas dari
semua masalah teknologi yang pertama-tama harus diatasi, analisis tanda tangan berbasis
nutrigenomik merupakan strategi yang menjanjikan untuk mempelajari lebih lanjut tentang
respons fenotipik terhadap intervensi gizi.
Dari Genotype Ke Phenotype
Sebagian besar penyakit kronis, seperti penyakit kardiovaskular, sindrom metabolik, dan
kanker adalah gangguan multifaktorial yang disebabkan oleh berbagai faktor genetik dan
lingkungan. Penyakit multigenik atau poligenik disebabkan oleh kombinasi variasi genetik pada
beberapa gen yang rentan. Kombinasi berbeda dari varian gen dapat menyebabkan fenotipe
penyakit yang sama, yang semakin memperumit gambaran. Selain itu, beberapa efek modulator
komponen dieter pada fenotipe oleh variasi genetik telah dijelaskan dan disebut sebagai efek
gen-nutrisi. Investigasi kombinasi varian genetik dan efek nutrisi dalam kaitannya dengan
penyakit memerlukan populasi penelitian yang besar dari pasien dan kontrol. Kebanyakan variasi
genetik, seperti single-nucleotide polymorphisms (SNP), insersi, atau pengulangan telah
ditemukan dengan mengurutkan gen yang mengkode enzim atau trans-porter yang terkait dengan
penyakit yang diminati. Dengan pengurutan seluruh genom manusia, pengetahuan tentang variasi
genetik telah meningkat, dan microarray yang mengandung sekitar 500.000 SNP (500 K-array)
sudah tersedia.
Can A Bioinformatician Make Sense Of Your Microarray Experiment?
Keterbatasan lain dalam penelitian nutrisi adalah efek yang relatif kecil dari intervensi
diet pada parameter fisiologis. Demikian pula, efek nutrisi pada pola ekspresi gen juga sulit
dideteksi. Konsekuensinya, diperlukan pendekatan studi yang sesuai dengan kebutuhan untuk
mengembangkan sistem analisis microarray yang sensitif. Meskipun merupakan kemajuan
teknologi utama, teknologi microarray memiliki kekuatan dan keterbatasan yang harus
diperhitungkan dalam desain penelitian. Hipotesa penelitian dan desain penelitian yang kuat akan
membantu untuk memastikan pertanyaan penelitian ditangani secara memadai oleh desain
eksperimental (menghindari apa yang disebut "experiments memancing").
Faktor-faktor penting yang dapat mempengaruhi ekspresi gen pada manusia maupun pada
hewan adalah usia, jenis kelamin, status gizi, dan parameter fisiologis lainnya yang mungkin
tidak diketahui (patho). Selain itu, metode ini bekerja paling baik ketika variasi genotip minimal,
yang layak dalam studi hewan dengan strain bawaan tetapi tidak dengan manusia. Informasi
yang paling mudah diperoleh dalam uji intervensi manusia adalah ras dan sejarah keluarga.
Setelah studi transkriptomik dilakukan, kualitas dan kuantitas RNA harus diverifikasi dan
pelabelan serta hibridisasi RNA selanjutnya sebaiknya dilakukan oleh teknisi yang sama dan
dalam eksperimen microarray yang sama. Untuk meningkatkan akurasi, pengumpulan sampel
tidak diinginkan, tetapi meningkatkan jumlah ulangan biologis akan mengurangi tingkat false-
positive dan menghasilkan data yang dapat diandalkan.
Future Of Nutrigenomics: Transcriptomics, Proteomics, Metabolomics, Or Systems
Biology?
Teknologi genom yang berbeda, yaitu transkriptomik, proteomik, dan metabolomik,
saling melengkapi dalam jenis informasi yang mereka hasilkan, tetapi berada pada titik berbeda
dalam perkembangannya saat ini. Pada akhirnya, penggunaan paralel dari metode ini akan
memungkinkan kita untuk menggambarkan fenotip sistem biologis, seperti manusia, dalam
semua kompleksitasnya, yang merupakan tujuan utama biologi sistem nutrisi. Mengingat
banyaknya aktivitas kompleks hati manusia, analisis transkriptome dan proteom akan diinginkan,
tetapi sampel jaringan hati manusia dari individu sehat tidak tersedia.
Transkriptomik adalah teknologi yang relatif matang dibandingkan dengan teknologi "-
omics" lainnya. Pada titik ini, adalah mungkin untuk mendapatkan gambaran umum ekspresi
hampir semua gen dalam satu percobaan microarray, tetapi masih belum memungkinkan untuk
mengukur seluruh proteome atau metabolom. Namun, penelitian dalam proteomik mengalami
kemajuan pesat. Studi tentang struktur protein, tingkat ekspresi, lokalisasi seluler, aktivitas
biokimia, interaksi protein protein, dan peran seluler sedang berlangsung dan banyak kemajuan
dalam instrumentasi baru, strategi eksperimental, dan metode bioinformatika telah dicapai.
Kemajuan penelitian dalam proteomik plasma sangat menarik bagi penelitian nutrisi dan
nutrigenomik karena, jika berhasil, banyak informasi dapat dihasilkan tentang protein penting,
seperti berbagai sitokin atau kadar hormon, dari sampel plasma kecil. Untuk mencapai hal ini,
protein plasma utama harus dipisahkan dan protein plasma yang tersisa harus ditutup kembali
secara kuantitatif untuk analisis lebih lanjut. Kemajuan terbaru dalam bidang ini cukup
menjanjikan dan menunjukkan bahwa biomarker turunan proteome yang berguna dalam
menentukan status gizi dapat diidentifikasi sebelum terlalu lama.
Metabolomik juga dalam tahap awal pengembangan. Tidak diketahui berapa banyak
metabolit endogen yang ada atau berapa banyak metabolit yang berasal dari makanan eksogen
dapat diukur dalam sampel manusia (urin, plasma). Para ilmuwan pertama-tama harus mengatasi
sejumlah rintangan, seperti pemulihan penuh semua metabolit dari cairan tubuh atau sampel
jaringan dan kebutuhan untuk mengembangkan basis data yang luas dengan informasi yang
diperlukan tentang metabolom yang relevan secara nutrisi. Metabolomik menghasilkan sejumlah
besar data yang membutuhkan instrumentasi dan perangkat lunak canggih untuk memungkinkan
peneliti mengekstraksi informasi yang bermakna dari data. Instrumentasi yang ada cukup
canggih; keterbatasan saat ini tampaknya berkaitan dengan perangkat lunak yang diperlukan
untuk menangani data metabolisme. Potensi aplikasi nutrisi dari metabolomik cukup besar, dan
sejumlah tim peneliti mengatasi keterbatasan ini.
 DAFTAR PUSTAKA
Afman, Lydia,. Michael Müller. 2006. Nutrigenomics: From Molecular Nutrition to Prevention
of Disease. Journal Of The American Dietetic Association. Volume 106 Number 4.
Farhud, DD., M Zarif Yeganeh., M Zarif Yeganeh. 2010. Nutrigenomics and Nutrigenetics.
Iranian J Publ Health, Vol. 39, No.4.