Amuk Massa di Kupang terjadi pada tanggal 30 November 1998. Amuk massa tersebut bermula dari aksi perkabungan dan aksi solidaritas warga Kristen NTT atas peristiwa Ketapang, yaiti bentrok antara warga Muslim dan Kristen dengan disertai perusakan berbagai tempat ibadah. Aksi perkabungan dan solidaritas itu sendiri diprakarsai oleh organisasi-organisasi kemahasiswaan dan kepemudaan Kristen, seperti GMKI, PMKRI, Pemuda Katholik NTT, dan mahasiswa di Kupang. Karena isu pembakaran gereja, massa tersebut kemudian bergerak menuju masjid di perkampungan muslim kelurahan Bonipoi dan Solor, setelah sebelumnya melakukan perusakan masjid di Kupang. Amuk massa tanggal 30 November tersebut mengakibatkan setidaknya 11 masjid, 1 mushola, dan beberapa rumah serta pertokoan milik warga muslim rusak. Amuk massa tersebut tidak hanya berhetnti pada tanggal 30 November itu saja. Dua hari setelahnya, yaitu tanggal 1 dan 2 Desember 1998 kerusuhan masih terjadi dan mengakibatkan beberapa kerusakan. Sasaran amuk massa tersebut mencakup rumah milik ketua Partai Persatuan Pembangunan (PPP), masjid dan toko-toko milik orang Bugis. Kerusuhan Kupang tersebut berakar dari persaingan kelompok masyarakat, yaitu antara penganut Kristen yang umumnya warga asli dan warga muslim, yang sebagia adalah pendatang. Kecepatan pertumbuhan masjid dan perkembangan ekonomi umat Islam yang baik, karena mereka sulit menjadi Pegawai Negeri Sipil (PNS), menimbulkan kecemburuan sosial. Amuk massa tanggal 30 November 1998 adalah momentum di mana kecemburuan tersebut mendapatkan ekspresinya lewat idiom agama 2. Bom Bali I Bom Bali 2002 atau bisa disebut Bom Bali I adalah rangkaian tiga peristiwa pengeboman yang terjadi pada malam hari tanggal 12 Okteber 2012. Dua ledakan pertama terjadi di Paddy's Pub dan Sari Club (SC) di Jalan Legian, Kuta,Bali. Sedangkan ledakan terakhir terjadi di dekat Kantor Konsulat Amerika Serikat, walaupun jaraknya cukup berjauhan. Rangkaian pengeboman ini merupakan pengeboman pertama yang kemudian disusul oleh pengeboman dalam skala yang jauh lebih kecil yang juga bertempat di Bali pada tahun 2005. Tercatat 202 korban jiwa dan 209 orang luka-luka atau cedera, kebanyakan korban merupakan wisatawan asing yang sedang berkunjung ke lokasi yang merupakan tempat wisata tersebut. Peristiwa ini dianggap sebagai peristiwa terorisme terparah dalam sejarah Indonesia. 3. Konflik Poso Serangkaian kerusuhan yang terjadi di Poso, Sulawesi Tengah yang melibatkan kelompok Muslim dan Kristen. Kerusuhan ini dibagi menjadi tiga bagian . Kerusuhan Poso I (25 - 29 Desember 1998), Poso II ( 17-21 April 2000), dan Poso III (16 Mei - 15 Juni 2000). Pada 20 Desember 2001 Keputusan Malino ditandatangani antara kedua belah pihak yang bertikai dan diinisiasi oleh Jusuf Kalla dan Susilo Bambang Yudhoyono. 4. 3 Gereja dibakar di Awal Ramadhan “Ritual” bakar gereja kembali terjadi Kabupaten Kuantan Singingi, provinsi Riau. Di hari pertama umat Muslim menjalankan ibadah puasa, tiga gereja di kabupaten tersebut di bakar. Yaitu, gereja Pentakosta di Indonesia (GPdI), Gereja Batak Karo Protestan (GBKP), dan Gereja Methodist Indonesia (GMI). Motifnya relatif sama, ratusan massa mendatangi gereja, menyiramnya dengan bensin lalu membakarnya. Berdasarkan informasi, pembakaran yang dilakukan tersebut diduga karena bangunan belum mengantongi izin, dan aktivitasnya menganggu ibadah puasa. Pembakaran gerena mengatasnamakan rakyat bukan pertama kalinya di kabupaten ini. Lagi-lagi perizinan menjadi alasan pembenar mereka menghalangi orang untuk berbakti kepada Tuhannya. Surat Keputusan Bersama Meneri Agama dan Menteri Dalam Negri yang mengatur cara mendirian rumah ibadah lebih berperan sebagai alat pemaksa disbanding memberi jalan untuk umat agama tersebut mendekatkan diri kepada Tuhannya. Hal ini sangat ironis, mengingat hubungan manusia dengan Tuhannya itu sangat penting, seperti dasar Negara di awal sila yaitu, Ketuhan Yang Maha Esa. Seolah-olah, peraturan yang dibuat manusia itu mempunyai kuasa yang lebih penting daripada hubungan umat dengan Tuhannya. Bahkan seakan dipandang melebihi kuasa dari Sang Khalik itu sendiri. Sangat amat menyedihkan sekali bangsa ini, dimana bangsa yang hebat adalah bangsa yang menghargai segala perbedaan yang ada. Dan ini adalah sebuah renungan atau pukulan berat bagi setiap insan yang ada di bumi Pertiwi ini. Jelas, hukum sangat disalahgunakan dalam kasus ini. Pancasila dalam sila pertama tidak lagi menjadi pedoman utuh bagi pengikutnya, yaitu warga Indonesia. Seharusnya, dalam Negara yang luas dan besar ini, harus memiliki hati yang besar juga dalam menghargai segala jenis perbedaan. Setiap warga berhak beribadah dengan agama dan kepercayaan masing-masing. Toleransi beragama sangat diperlukan dlam jiwa masing-masing individu. Tidak bergerak atas nama kelompok golongan, namun atas bangsa dan Negara Indonesia. 5. Munculnya agama baru munculnya berbagai aliran agama baru (Lia Eden) sangatlah meresahkan masyarakat, karena kebanyakan agama baru memiliki ajaran yang sesat dan merugikan orang lain, hal ini terjadi karena faktor modernisasi dan globalisasi, kurang matangnya iman seseorang, pengaruh lingkungan, serta paham yang salah. Walau pun negara Indonesia adalah negara yang memiliki keanekaragaman agama namun aliran agama baru tidak bisa diterima karena aliran-aliran itu menyalahi ajaran agama yang sudah ada. Untuk mencegah hal ini hal yang telah dilakukan adalah menangkap pelaku penyebar agama dan juga melakukan rehab kepada para pengikutnya agar tetap mengimani Tuhan YME.
6. Lurah Susan Ditolak
Masalah intoleransi di Indonesia masih terus terjadi, bahkan ketika negara ini baru saja merayakan ulang tahunnya yang ke-68 pada Sabtu (17/8) lalu. Dirilis The Jakarta Post, Senin (19/8) kemarin, beberapa warga Lenteng Agung Jakarta Selatan menuntut pemerintah Jakarta untuk mengganti lurah mereka yang baru. Alasan warga adalah karena lurah baru itu non-Muslim, sedangkan kecamatan yang dipimpinnya mayoritas adalah umat Muslim. Jadi adalah sebuah keanehan jika lurah non- Muslim akan menghadiri berbagai aktivitas keagamaan. Lurah yang baru terpilih dan dilantik pada Juni lalu itu sendiri adalah Susan Jasmine Zulkifli dan beragama Kristen Protestan. “Kami tidak mengevalusi soal kerjanya, karena ini bukan tentang hal itu. Kami berharap bahwa dia dipindahkan saja ke kecamatan lain yang lebih heterogen. Bahkan memiliki pemimpin perempuan sudah aneh bagi kami, karena dia tidak akan dapat bergabung dengan berbagai acara yang digelar di masjid-masjid,” kata salah satu warga, Naser Nasrullah. Menurut juru bicara Pemprov DKI Jakarta, Eko Haryadi, pihaknya akan menampung semua aspirasi warga Jakarta. “Kalau memang ada keluhan nanti dicek oleh pimpinan, dianggap memang seharusnya dipindah, ya akan dipindah. Tapi, nanti akan dikroscek lagi,” katanya kepada KBR68H, Selasa (20/8). Dalam tuntutan itu sendiri warga setempat mengklaim telah membuat petisi dengan mengumpulkan 2300 nama dan 1500-an KTP sebagai tanda bukti dukungan untuk penggantian lurah baru tersebut. (sumber: Jawaban.com) 7. Penistaan Agama Bekasi (ANTARA) – Kasus penistaan agama Islam melalui situs internet Bellarminus- Bekasi.blogspot.com yang diduga milik Yayasan Pendidikan Bellarminus diproses aparat dan MUI Kota Bekasi terus memantau perkembangannya. Sekretaris Umum MUI Kota Bekasi KH Iskandar Ghazali di Bekasi, Selasa, mengatakan, kasus tersebut telah ditangani bagian kejahatan teknologi informasi Polda Metro Jaya, sementara dua orang yang dicurigai, F dan J telah telah ditangani aparat Polres Metro Bekasi. Penistaan yang dilakukan oleh oknum tersebut berupa pelecehan terhadap kitab suci Al Quran dan Nabi Muhammad SAW, katanya.