PERBEDAAN KUANTITAS DNA YANG DIEKSTRAKSI DARI BUCCAL

SWAB DENGAN JUMLAH USAPAN YANG BERBEDA

HASIL PENELITIAN
KARYA TULIS ILMIAH

Diajukan sebagai syarat untuk mengikuti Ujian Hasil Karya Tulis Ilmiah
Mahasiswa Program Strata-1 Kedokteran Umum

DEVINA DEA EMANUELA

2201011213120062

PROGRAM PENDIDIKAN SARJANA KEDOKTERAN

FAKULTAS KEDOKTERAN
UNIVERSITAS DIPONEGORO
2016

i
 LEMBAR PENGESAHAN PROPOSAL KTI
PERBEDAAN KUANTITAS DNA YANG DIEKSTRAKSI DARI BUCCAL

SWAB DENGAN JUMLAH USAPAN YANG BERBEDA

Disusun Oleh :

Devina Dea Emanuela

22010113120062

Telah disetujui
Semarang, 25 Juli 2016

Pembimbing 1 Pembimbing 2

( dr. Tuntas Dhanardhono, M.si.Med ) ( Sebani SKM, Mkes )

NIP.198312022020121007 NIP.197506131999031003

Penguji 1 Penguji 2

( Dr. dr. Hadi, M.Si.Med ) (dr. RR Mahayu Dewi Ariani, M.Si.Med)

NIP. 197106071998021001 NIP. 198104212007122002

Mengetahui,
Sekretaris Program Studi Pendidikan Dokter

(dr. Farah Hendara Ningrum, Sp. Rad.(K))

NIP 19780627 20091220 01

ii
 PERNYATAAN KEASLIAN PENELITIAN

Yang bertanda tangan dibawah ini,

Nama mahasiswa : Devina Dea Emanuela
NIM : 2201013120062
Program studi : Program Pendidikan Sarjana Program Studi Pendidikan
Dokter Fakultas Kedokteran Universitas Diponegoro
Judul KTI : PERBEDAAN KUANTITAS DNA YANG
DIEKSTRAKSI DARI BUCCAL SWAB DENGAN
JUMLAH USAPAN YANG BERBEDA

Dengan ini menyatakan bahwa :

1) KTI ini ditulis sendiri tulisan asli saya sendiri tanpa bantuan orang lain selain
pembimbing dan narasumber yang diketahui oleh pembimbing
2) KTI ini sebagian atau seluruhnya belum pernah dipublikasi dalam bentuk artikel
ataupun tugas ilmiah lain di Universitas Diponegoro maupun di perguruan tinggi
lain
3) Dalam KTI ini tidak terdapat karya atau pendapat yang telah ditulis orang lain
kecuali secara tertulis dicantumkan sebagai rujukan dalam naskah dan tercantum
pada daftar kepustakaan

Semarang, 1 Februari 2016

Yang membuat pernyataan,

Devina Dea Emanuela

iii
 KATA PENGANTAR

Puji syukur saya panjatkan ke hadirat Tuhan Yang Maha Esa, yang telah
melimpahkan berkat dan rahmat-Nya sehingga proposal Karya Tulis Ilmiah ini dapat
diselesaikan oleh penulis. Penulisan proposal Karya Tulis Ilmiah ini ditujukan untuk
memenuhi salah satu syarat pencapaian gelar Sarjana Kedokteran di Fakultas Kedokteran
Universitas Diponegoro. Kami menyadari sangatlah sulit bagi kami untuk menyelesaikan
proposal Karya Tulis Ilmiah ini tanpa bantuan dan bimbingan dari berbagai pihak.
Bersamaan dengan penulisan proposal ini, penulis menyampaikan terima kasih yang
sebesar-besarnya kepada :

1 Rektor Universitas Diponegoro Semarang yang telah memberi kesempatan kepada

penulis untuk menimba ilmu di Universitas Diponegoro
2 Dekan Fakultas Kedokteran Universitas Diponegoro yang telah memberikan sarana
dan prasarana kepada penulis sehingga penulis dapat menyelesaikan penulisan
proposal ini dengan baik dan lancar
3 dr. Tuntas Dhanardhono, M.si.Med selaku dosen pembimbing 1 yang telah
menyediakan waktu, tenaga, dan pikiran untuk membimbing penulis dalam
penyusunan proposal Karya Tulis Ilmiah ini
4 Bapak Saebani, S. KM., M. Kes. selaku dosen pembimbing 2 yang telah menyediakan
waktu, tenaga, dan pikiran untuk mebimbing penulis dalam penyusunan proposal
Karya Tulis Ilmiah ini
5 Mas Handung selaku laboran di Lab UPT Universitas Diponegoro yang telah
membantu dalam pelaksanaan penelitian.
6 Orang tua beserta keluarga yang senantiasa memberikan dukungan moral dan material
7 Kak Valensa partner dalam penelitian yang senantiasa memberikan dukungan dan
bantuan dalam penyusunan Karya Tulis Ilmiah ini
8 Para sahabat yang selalu memberi dukungan dalam menyelesaikan Karya Tulis Ilmiah
ini
9 Kak Prianka yang senantiasa memberi dukungan dan semangat dalam penyelesaian
Karya Tulis Ilmiah ini
10 Serta pihak lain yang tidak mungkin kami sebutkan satu-persatu atas bantuannya secara
langsung maupun tidak langsung sehingga proposal Karya Tulis Ilmiah ini dapat
terselesaikan dengan baik.

iv
 Akhir kata, penulis berharap Tuhan Yang Maha Esa berkenan membalas segala
kebaikan semua pihak yang telah membantu. Penulis menyadari bahwa proposal Karya
Tulis Ilmiah ini masih jauh dari kesempurnaan, oleh karena itu dengan penuh kerendahan
hati, penulis akan menerima kritik dan saran dari pembaca laporan ini. Harapan penulis
semoga laporan ini dapat memberi manfaat dalam ilmu pengetahuan.

Semarang, 23 Juli 2016

Devina Dea Emanuela

v
 DAFTAR ISI

HALAMAN JUDUL................................................................................................ i
LEMBAR PENGESAHAN .................................................................................... ii
PERNYATAAN KEASLIAN PENELITIAN ....................................................... iii
KATA PENGANTAR ........................................................................................... iv
DAFTAR ISI .......................................................................................................... vi
DAFTAR TABEL ................................................................................................ viii
DAFTAR GAMBAR ............................................................................................. ix
DAFTAR SINGKATAN ........................................................................................ x
DAFTAR LAMPIRAN .......................................................................................... xi
ABSTRAK ............................................................................................................ xii
ABSTRACT ......................................................................................................... xiii
PENDAHULUAN .................................................................................................. 1
1.1 Latar Belakang ......................................................................................... 1
1.3 Tujuan Penelitian ...................................................................................... 4
1.4 Manfaat Penelitian .................................................................................... 5
1.5 Keaslian Penelitian ................................................................................... 5
TINJAUAN PUSTAKA ......................................................................................... 7
2.1 DNA .............................................................................................................. 7
2.2 Pemeriksaan DNA ....................................................................................... 14
2.2 Buccal Swab ........................................................................................... 20
2.4 KERANGKA TEORI .................................................................................. 22
2.5 KERANGKA KONSEP .............................................................................. 23
2.6 HIPOTESIS ................................................................................................. 24
METODE PENELITIAN ...................................................................................... 25
3.1 Ruang Lingkup Penelitian ...................................................................... 25
3.2 Rancangan Penelitian ............................................................................. 25
3.3 Variabel Penelitian ................................................................................. 25
3.4 Definisi Operasional variable ................................................................. 26
3.5 Populasi dan Sampel .............................................................................. 26

vi
 3.6 Alat dan Bahan Penelitian ...................................................................... 28
3.7 Alur penelitian ........................................................................................ 29
3.8 Analisa Data ........................................................................................... 33
3.9 Etika Penelitian....................................................................................... 33
3.10 Jadwal ........................................................................................................ 34
BAB IV ................................................................................................................. 35
HASIL PENELITIAN ........................................................................................... 35
4.1 Karakteristik Sampel .............................................................................. 35
1.2 Pengukuran Kuantitas DNA ................................................................... 35
1.3 Perbedaan Kuantitas DNA pada Usapan yang Berbeda ......................... 36
BAB V................................................................................................................... 39
PEMBAHASAN ................................................................................................... 39
5.1 Karakteristik Sampel .............................................................................. 39
5.2 Perbedaan Kuantitas DNA pada Setiap Kelompok Usapan ................... 39
BAB VI ................................................................................................................. 46
SIMPULAN DAN SARAN .................................................................................. 46
6.1 Simpulan ...................................................................................................... 46
6.2 Saran ............................................................................................................ 46
DAFTAR PUSTAKA ........................................................................................... 48
DIAGRAM NANODROP ..................................................................................... 52
TABEL HASIL KUANTIFIKASI DNA PADA SETIAP KELOMPOK USAPAN
............................................................................................................................... 75
HASIL ANALISIS STATISTIK PERBEDAAN KUANTITAS DNA ................ 81
DOKUMENTASI PENELITIAN ......................................................................... 85
BIODATA MAHASISWA ................................................................................... 86
ETHICAL CLEARANCE…………………......................................................... 87

vii
 DAFTAR TABEL

Tabel 1. Keaslian Penelitian.............................................................................. 5

Tabel 2. Perbedaan DNA Inti Dengan DNA Mitokondria …………………... 7

Tabel 3. Jumlah DNA yang Diekstraksi dari Berbagai Sampel………………18

Tabel 4. Definisi Operasional………………………………………………....27

Tabel 5. Deskripsi Variabel Jumlah Usapan………………………………….36

Tabel 6. Uji Normalitas Data…………………………………………………37
Tabel 7. Hasil Kuantifikasi DNA pada Setiap Kelompok Usapan…………...38
Tabel 8. Perbandingan Kuantitas DNA pada Setiap Kelompok Usapan……..44
Tabel 9. Analisa Post- Hoc………………………………...………………....44

viii
 DAFTAR GAMBAR

Gambar 1. Struktur DNA ................................................................................... 8

Gambar 2. Double Helix .................................................................................... 9

Gambar 3. Genom Manusia ............................................................................... 10

Gambar 4. Lokus DNA ...................................................................................... 11

Gambar 5. Polimorfisme DNA .......................................................................... 12

Gambar 6. Langkah Pemeriksaan DNA ............................................................. 14

Gambar 7. Metode Ekstraksi .............................................................................. 16

Gambar 8. Kuantitas DNA Untuk PCR ............................................................. 19

Gambar 9. Mukosa Bukal .................................................................................. 20

Gambar 10. Kerangka Teori ............................................................................... 23

Gambar 11. Kerangka Konsep ........................................................................... 24

Gambar 12. Cytoswab ....................................................................................... 29

Gambar 13. Alur Penelitian ............................................................................... 33

Gambar 14. Perbandingan kuantitas DNA…………………………………….37

ix
 DAFTAR SINGKATAN

TKP : Tempat Kejadian Perkara

DNA : Deoxyribonucleic Acid

Mt DNA : Mitochondrial Deoxyribonucleic Acid

FBI : Federal Beurau of Investigation

PCR : Polymerase Chain Reaction

RFLP : Restricted Fragment Length Polymorphism

FTA : Fast Technology for Analysis of nucleic acids

DD : Double Distilled

x
 DAFTAR LAMPIRAN

Diagram Nanodrop ........................................................................................................... 53

Tabel Hasil Kuantifikasi DNA pada Setiap Kelompok Usapan .............................. 76

Hasil Analisis Statistik Perbedaan Kuantitas DNA .......................................................... 82

Dokumentasi Penelitian .................................................................................................... 85

Biodata Mahasiswa ........................................................................................................... 86

Ethical Clearance ............................................................................................................. 87

xi
 ABSTRAK

Latar Belakang Sampel yang digunakan pada analisis DNA untuk individu hidup adalah
darah dan buccal swab, namun pengambilan darah membutuhkan metode yang invasif yang
dapat menyebabkan rasa tidak nyaman pada dapat menjadi pilihan yang baik dan nyaman
dalam pengambilan sampel untuk pemeriksaan DNA, namun belum ada standar Buccal
swab yang mengatur tentang jumlah usapan yang diperlukan dalam pengambilan buccal
swab yang optimal.
Tujuan Mengetahui perbedaan kuantitas DNA yang diekstraksi dari buccal swab dengan
jumlah usapan yang berbeda
Metode Penelitian menggunakan 44 sampel buccal swab diambil dari 11 individu laki- laki
sehat dan diambil secara serial sebanyak 4x dengan selang waktu selama 1 minggu. Pada
pengusapan pertama diambil sampel dengan 5x usapan, selanjutnya diambil sampel dengan
10x usapan, lalu diambil sampel dengan 20x usapan dan kemudian diambil sampel dengan
30x usapan. Setelah setiap pengambilan sampel dilanjutkan dengan ekstraksi DNA dengan
metode chelex pada hari yang sama dengan pengambilan sampel kemudian dilakukan
pengukuran kuantitas DNA menggunakan Nanodrop Spectrofotometer yang dibaca pada
gelombang 260.
Hasil Didapatkan perbedaan yang bermakna pada setiap kelompok usapan (p <0.05)
dengan kelompok usapan 5x, 10x, dan 20x mengalami peningkatan kuantitas yang searah
dengan penambahan pengusapan sedangkan kelompok 20x dan 30x usapan mengalami
penurunan kuantitas yang berbanding terbalik dengan penambahan pengusapan hal ini
dapat disebabkan karena bertambahnya saliva dan kontaminan dalam sampel yag
mempengaruhi kuantitas DNA.
Kesimpulan Terdapat perbedaan kuantitas DNA dari buccal swab dengan jumlah usapan
yang berbeda dengan kuantitas tertinggi didapatkan dari kelompok 20x usapan.
Kata Kunci buccal swab, kuantitas DNA, Nanodrop

xii
 ABSTRACT

Background Samples which usually used in DNA analysis from living subject are blood
and buccal swabs. However, to acquire blood specimens, it needs an invasive method that
can cause discomfort for the subject and also more expensive, therefore buccal swab can
be a very good option to take samples for DNA analysis. Ironically, there has not been any
standards that specified about the amount of swabs required to obtain the optimal DNA in
buccal swab
Aim To know the difference of DNA quantity extracted from buccal swab with different
amount of swabs
Method This experiment uses 44 buccal swabs samples acquired from 11 healthy male
subjects. The samples are obtained in 4 sessions periodically with one week apart from
each session. For the first session the buccal swabs are obtain with 5 times swabbing,
continued with 10 times swabbing, followed with with 20 times and finally with 30 times
swabbing. After each swabbing the buccal swabs are taken to the laboratory for the DNA
extraction using the chelex method and then quantified using the nanodrop
spectrophotometer 2000 in the 260 wave length.
Result From the statistical analysis on each group of swabs it is found that every group
has a meaningful statistical difference (p<0.05) with the 5x, 10x and 20x swabs groups has
an increase of DNA quantity along with the increase of swabbing however with the 20x and
30x swabs groups show a decrease in DNA quantity with the increase of swabbing, this
phenomenon can be caused by the increase of saliva and contaminant in the 30x swabs
group which effect the DNA quantity.
Conclusion There is a difference in the quantity of DNA extracted from buccal swabs with
different amount of swabs with the optimum quantity of DNA obtained from the 20x swabs
group.
Key Word Buccal swab, DNA quantity, Nanodrop

xiii
 1

BAB 1

PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Pihak kepolisian sering dihadapkan pada kesulitan dalam memeriksa materi

biologis yang ditemukan di tempat kejadian perkara (TKP) karena jumlahnya

sangat sedikit atau telah mengalami degradasi. 1Berbagai kasus sengketa

paternitas sulit diatasi karena parameter yang digunakan, misalnya golongan

darah, kurang tajam dalam membedakan karateristik tiap individu. 1

Pemeriksaan DNA yang dikenal sebagai DNA profiling atau DNA

fingerprinting yaitu pemeriksaan pada sampel jaringan atau cairan tubuh untuk

mengidentifikasi individu, telah terbukti sebagai metode yang baik dan sangat

tajam dalam membedakan individu karena dapat mengidentifikasi karakter

dari satu atau lebih fitur unik pada genom individu.1 Selama dua setengah

dekade terakhir penggunaan DNA telah berkembang pesat dalam penyidikan.

Kini sekitar 200 laboratorium forensik mampu mengerjakan ratusan ribu tes

DNA per tahun di Amerika Utara. Selain itu, mayoritas negara Eropa, Amerika

Selatan, Asia, serta Australia, Selandia Baru, dan beberapa negara di Afrika,

telah memiliki program DNA forensik. Jumlah laboratorium di seluruh dunia

yang dapat melakukan tes DNA akan terus bertambah seiring pengakuan

komunitas hukum terhadap teknik pemeriksaan DNA.2

Setiap makhluk hidup memiliki fenotipe unik yang berbeda satu sama lain,

dan merupakan faktor yang sangat dipengaruhi oleh fitur genomik individu

tersebut. Pengecualian hanya terjadi pada kembar identik karena memiliki

 2

komposisi genomik yang identik, namun akibat mekanisme lingkungan yang

kompleks dapat menunjukkan fenotipe yang agak berlainan. Pemeriksaan

DNA juga sensitif untuk pemeriksaan berbagai macam materi biologis yang

biasa ditemukan di TKP atau diambil dari individu yang diperiksa.1

Pada dasarnya semua sel yang terdapat pada tubuh yang mempunyai inti sel

dapat digunakan sebagai spesimen pemeriksaan nuclear DNA (nDNA) dan sel

yang tidak mengandung inti sel dapat digunakan untuk pemeriksaan

mitochondrial DNA (mtDNA), namun DNA yang paling akurat untuk tes

adalah DNA inti sel karena DNA inti sel tidak bisa berubah sedangkan DNA

dalam mitokondria dapat berubah karena berasal dari garis keturunan ibu, yang

dapat berubah seiring dengan perkawinan keturunannya.3

Secara umum pilihan utama yang digunakan untuk pemeriksaan DNA

adalah darah. Spesimen darah dapat diperoleh dari darah vena, arteri atau

kapiler namun prosedur ini membutuhkan tindakan yang invasif yang dapat

menyebabkan rasa tidak nyaman bagi individu yang diperiksa, harga yang

relatif mahal dan tidak praktis jika digunakan untuk pengambilan sampel dalam

jumlah yang banyak. 4

Pemeriksaan buccal swab dapat menjadi pilihan yang baik dan nyaman

untuk individu yang diperiksa terutama pada balita atau anak-anak.5 Disamping

itu sampel dari buccal swab lebih ekonomis, praktis dan lebih mudah untuk

dilakukan pengiriman karena terhindar dari resiko pecahnya tabung yang dapat
6
terjadi pada pengiriman dengan spesimen darah, namun belum ada standar

yang mengatur secara spesifik mengenai jumlah usapan yang dibutuhkan untuk
 3

mengambil sampel buccal swab yang baik untuk pemeriksaan DNA, berbagai

penelitian hanya menggunakan ukuran waktu seperti pada penelitian oleh Claire

Mulot dan kawan-kawan yang melakukan prosedur dengan menggoreskan swab

pada permukaan mukosa dinding mulut selama 15 detik7, dan pada penelitian

oleh Amy H. Walker, dan kawan-kawan menggunakan acuan waktu usapan

selama 15-30 detik.8 Sedangkan pada Handbook of Forensic Services FBI

laboratory division 2013 pada prosedur buccal swab hanya dicantumkan untuk

melakukan usapan secara baik dan menyeluruh tanpa mencantumkan jumlah

usapan yang dibutuhkan.

Oleh karena belum adanya panduan yang pasti serta penelitian yang

dilakukan untuk mengetahui hal tersebut, peneliti tertarik untuk meneliti

tentang pengaruh jumlah usapan yang dilakukan terhadap kuantitas DNA.

1.2 Rumusan Masalah

Dengan memperhatikan latar belakang masalah diatas, dapat dirumuskan

masalah penelitian sebagai berikut:

1.2.1 Masalah umum

“Apakah terdapat perbedaan antara kuantitas DNA yang diekstraksi dari

sampel buccal swab dengan jumlah usapan yang berbeda?”

 4

1.2.2 Masalah Khusus

“Usapan berapakah yang paling optimal untuk mengambil sampel buccal

swab?”

“Bagaimana perbedaan kuantitas DNA dari kelompok 5x, 10x, 20x dan

30x?”

1.3 Tujuan Penelitian

1.3.1 Tujuan Umum :

Untuk mengetahui perbedaan antara kuantitas DNA yang diekstraksi dari

sampel buccal swab dengan jumlah usapan yang berbeda.

1.3.2 Tujuan Khusus :

1. Mengetahui jumlah usapan yang paling optimal untuk memperoleh

kuantitas DNA yang dibutuhkan untuk pemeriksaan DNA.

2. Mengetahui perbedaan kuantitas DNA antara kelompok dengan 5x

usapan dan 10x usapan.

3. Mengetahui perbedaan kuantitas DNA antara kelompok dengan 5x

usapan dan 20x usapan.

4. Mengetahui perbedaan kuantitas DNA antara kelompok dengan 5x

usapan dan 30x usapan.

5. Mengetahui perbedaan kuantitas DNA antara kelompok dengan 10x

usapan dan 20x usapan.

6. Mengetahui perbedaan kuantitas DNA antara kelompok dengan 10x

usapan dan 30x usapan.

7. Mengetahui perbedaan kuantitas DNA antara kelompok dengan 20x

usapan dan 30x usapan.

 5

1.4 Manfaat Penelitian

Penelitian ini diharapkan dapat memberikan manfaat sebagai berikut:

1. Memberikan informasi tentang perbedaan jumlah usapan dan

pengaruhnya terhadap pemeriksaan DNA.

2. Sebagai bahan pertimbangan dalam prosedur buccal swab untuk

pemeriksaan DNA.

3. Sebagai informasi bagi penelitian selanjutnya.

1.5 Keaslian Penelitian

Tabel 1. Keaslian penelitian

Penelitian Desain Sampel Variabel Hasil

Collection of Observasional Total sampel Variable bebas: Semua sampel

Human analitik yang sampel buccal dapat
Genomic DNA dengan digunakan swab yang digunakan
metode
From Buccal adalah 111 diambil untuk
sampling
Cells for simple random sampel, menggunakan pemeriksaan
Genetics sampling diambil dari cytobrush, DNA, namun
Studies: 37 individu mouthwash, dan pengambilan
Comparison yang treated card dengan
Between masing- menggunakan
Cytobrush, masing Variabel Cytobrush
Mouthwash, diambil 3 tergantung: terbukti
and Treated sampel Kualitas dan menghasilkan
Card. kuantitas DNA kualitas dan
yang diekstraksi kuantitas DNA
Claire Mulot, dan diukur yang lebih
Journal of menggunakan baik serta
Biomedicine spektrofotometer lebih praktis
and digunakan
Biotechnology pada segala
(2005) 291– usia.
2967
 6

A Simple Observasional Total sampel Variabel bebas: Sampel darah

Method of analitik yang berbagai macam dan sampel
Genomic DNA dengan digunakan sampel yaitu rambut
Extraction metode diambil dari buccal swab, merupkan
from Human sampling 5 individu, urin, darah, dan sampel yang
Samples for simple random yaitu: 15 rambut yang lebih baik
PCR-RFLP sampling sampel diekstraksi dibandingkan
Analysis. rambut, 5 dengan metode urin dan
sampel fenol-kloroform buccal swab
Ghatak S, darah, 5 karena
Journal of sampel urin, Variabel terikat: kuantitas dan
Biomolecular dan 5 sampel kualitas dan kualitas DNA
Techniques. buccal swab. kuantitas DNA yang diekstrak
2013;224–31.9 yang diekstraksi lebih baik
diukur secara serta
spektrofotometri kebutuhan
dan durasi dalam handling
amplifikasi DNA sample yang
lebih mudah.

Keaslian usulan penelitian yang penulis ajukan didasarkan atas perbedaan

pada beberapa aspek berikut:

1) Subjek: buccal swab yang diambil dari laki-laki, tidak merokok, tanpa riwayat

radioterapi, tidak menderita diabetes, tidak menderita anemia, tidak mengkonsumsi

alkohol, tidak menderita infeksi di sekitar mulut.

2) Variabel bebas: jumlah usapan buccal swab

3) Variabel terikat: kuantitas DNA yang diekstrak dari sampel buccal swab

dengan metode ekstraksi chelex dan dikuantifikasi dengan teknik nanodrop

 7

BAB 2

TINJAUAN PUSTAKA

2.1 DNA

Unit kehidupan terkecil dari manusia adalah sel, rata-rata manusia terdiri

dari 100 triliun sel. Setiap sel berfungsi menghasilkan enzim, protein, dan

memproses energi. Setiap sel mempunyai kode program yang mengatur setiap

kegiatan sel yaitu senyawa kimia di dalam inti sel yang disebut DNA yang berisi

kode perintah untuk sel membelah diri dan menghasilkan enzim. Letak DNA

yang didalam inti sel disebut nuclear DNA, sedangkan DNA yang terdapat

diluar nukleus disebut extranuclear DNA yang terletak di mitokondria tempat

pembentukan energi dari sel.10 DNA yang terletak pada inti sel dan DNA pada

mitokondria mempunyai beberapa perbedaan antara lain11:

DNA Inti DNA Mitokondria

Ukuran genom 3 juta bp 16.569 bp

Kopi per sel 2 (1 dari tiap induk) Bisa lebih dari 1000

Struktur Linier, terbungkus kromosom Sirkuler

Diturunkan dari Ayah dan Ibu (kecuali Y) Ibu

Keunikan Unik untuk tiap individu Tidak sepenuhnya

(kecuali saudara kembar unik/khas
identik)

Tingkat mutasi Rendah 5-10 kali DNA inti

Tabel 2: Perbedaan DNA Inti dengan DNA Mitokondria (Robert schleif, 2005)12
 8

Gambar 1 : Struktur DNA2 ( John Butler, 2009)

DNA terdiri dari nukleotida yang terdiri dari 3 bagian yaitu : basa

nukleotida, gula dan fosfat. Basa nukleotida membentuk variasi uruan dari

DNA, sedangkan gula dan fosfat membentuk tulang belakang dari struktur

DNA itu sendiri. Huruf pada DNA mewakili 4 basa nukleotida yaitu : A

(adenin), T (Timin), C (citosin), G (guanin.). Variasi dari urutan keempat basa

ini yang menyebabkan perbedaan ciri fisik diantara manusia, karena setiap 3

urutan basa nukleotida mengandung perintah untuk memproduksi asam amino

tertentu yang dapat mempengarui ekspresi sel12

Pada keadaan normal di dalam sel, DNA terdiri dari rantai ganda yang

disebut dengan double helix, struktur ini terbentuk karena ikatan hidrogen antar

basa nukleotida. Aturan ikatan antar basa nukleotida tersebut adalah adenin

hanya dapat berpasangan dengan timin, sedangkan guanin hanya dapat

berpasangan dengan citosin. Adenin dan timin diikat oleh 2 ikatan hydrogen
 9

sedangkan guanin dan sitosin diikat oleh 3 ikatan hidrogen, sehingga ikatan

antara guanin dan sitosin bertahan lebih lama dibandingkan ikatan adenin dan

timin.2

Gambar 2 : Struktur double helix DNA2 ( John Butler, 2009)

Arah dari suatu DNA diidentifikasikan dengan ‘5’-end dan ‘3’-end, angka

ini mengacu pada letak atom karbon pada cincin gula DNA. Sekuen DNA biasa

ditulis dari 5’-3’ seperti urutan enzim DNA polymerase membaca DNA. Kedua

untai DNA yang membentuk struktur double helix bersifat ‘anti parallel’ yang

berarti jika salah satu untai DNA mempunyai urutan 5’-3’ maka untai yang lain

akan mempunyai urutan 3’-5’. 2

Dalam tubuh manusia DNA bergabung dan dilindungi oleh protein histon

sehingga membentuk kromosom. Genom manusia terdiri dari 22 pasang

kromosom autosom dan 1 pasang kromosom sex yang terdiri dari kromosom X

dan kromosom Y. Wanita mempunyai 2 kromosom X sehingga disebut XX,

sedangkan pria mempunyai 1 kromosom X dan 1 kromosom Y sehingga disebut

XY. Kebanyakan tes identitas menggunakan kromosom autosom dan

pemeriksaan gender menggunakan kromosom sex. 2

 10

Gambar 3: Genom Manusia2 (John Butler, 2009)

Semua kromosom dalam tubuh manusia adalah dalam bentuk diploid

berarti terdapat 2 set dari 1 kromosom yang sama, kecuali sel gamet yaitu

sperma dan ovum ada dalam bentuk haploid yaitu hanya terdapat 1 set dari

kromosom yang sama sehingga pada proses pembuahan terjadi penggabungan

dari kromosom ovum dari ibu dan kromsom sperma dari ayah yang

menghasilkan sel diploid kembali. Mitosis adalah proses pembelahan sel

autosom yang menghasilkan 2 sel anak dengan komponen genetik diploid yang

mirip dengan sel induknya, sedangkan meiosis adalah proes pembelahan dari

sel gamet yang menghasilkan 4 sel anak dengan komponen genetik haploid.10

Komponen DNA dalam kromosom terdiri dari DNA coding dan non-

coding. Coding DNA disebut juga dengan gen yang terdiri dari protein-coding

regions disebut exons dan intervening sequence disebut intron. Gen hanya

menyusun 5% dari genom DNA manusia yang sisanya terdiri dari non-coding

DNA karena tidak mengkode pembentukan protein, non-coding DNA sering

 11

disebut dengan ‘junk’ DNA, namun marker yang biasanya digunakan untuk

pemeriksaan DNA ditemukan di dalam non-coding DNA dan di dalam intron.2

Posisi dari sebuah DNA marker dalam non-coding DNA disebut sebagai

lokus. Sebuah kromosom dikatakan homolog apabila copy DNA yang sama

terletak pada lokus yang sama, namun urutan DNA dalam lokus yang sama

belum tentu sama karena terjadinya mutasi . Versi alternatif gen disebut dengan

alel. Jika 2 alel pada lokus yang sama pada kromosom homolog sama maka

disebut sebagai homozygous, sedangkan apabila 2 alel pada 1 lokus berbeda

maka disebut heterozygous. 2

Gambar 4 : lokus DNA 2 ( John Butler, 2009)

Genotip adalah karakteristik alel pada suatu lokus. Jika terdapat 2 alel dalam

suatu lokus, A dan a, maka genotip yang menungkinkan adalah AA Aa dan aa.

AA dan aa adalah genotip homozygous sedangkan Aa adalah genotip

heterozygous. DNA profiling adalah kombinasi genotip dari berbagai lokus.2

 12

Variasi DNA disebut dengan DNA polymorphism yang diakibatkan karena

perbedaan alel yang terdapat pada tiap lokus. Variasi yang mungkin terjadi pada

level DNA adalah sequence polymorphism dan length polymorphism.2

Gambar 5: polimorfisme DNA2 ( John Butler, 2009)

2.1.1 DNA Dalam Forensik

Pemeriksaan identifikasi forensik merupakan pemeriksaan yang pertama

kali dilakukan, terutama pada kasus tindak kejahatan yang korbannya tidak

dikenal walaupun identifikasi juga bisa dilakukan pada kasus non kriminal

seperti kecelakaan, korban bencana alam dan perang, serta kasus paternitas

(menentukan orang tua). Secara biologis, pemeriksaan identifikasi korban bisa

dilakukan dengan odontologi (gigi-geligi), anthropologi (ciri tubuh), golongan

darah serta sidik DNA. Sidik DNA merupakan gambaran pola potongan DNA

dari setiap individu. 3

Seperti halnya sidik jari (fingerprint) yang telah lama digunakan oleh

detektif dan laboratorium kepolisian sejak tahun 1930. Pada tahun 1980, Alec

Jeffreys dengan teknologi DNA berhasil mendemonstrasikan bahwa DNA

 13

memiliki bagian-bagian pengulangan (sekuen) yang bervariasi. Hal ini

dinamakan polimorfisme, yang dapat digunakan sebagai sarana identifikasi

spesifik (individual) dari seseorang. Perbedaan sidik DNA setiap orang atau

individu layaknya sidik jari, sidik DNA ini juga bisa dibaca. Tidak seperti sidik

jari pada ujung jari seseorang yang dapat diubah dengan operasi, sidik DNA

tidak dapat dirubah.13

Beberapa kelebihan tes DNA dibandingkan dengan pemeriksaan konvensional

lainnya adalah sebagai berikut: 14

1. Ketepatan yang tinggi

Dalam pemeriksaan DNA dapat memberikan hasil yang membedakan

seorang individu dari individu yang lain secara spesifik

2. Kestabilan yang tinggi

DNA bersifat tahan pembusukan dibandingkan dengan protein.

3. Pemilihan sampel yang luas

DNA terdapat pada seluruh sel tubuh yang bernukleus

4. Dapat mengungkap kasus-kasus seperti penentuan keayahan, kasus incest,

kasus paternitas dengan bayi dalam kandungan, kasus paternitas dengan

bayi yang sudah meninggal, dan kasus paternitas untuk menentukan orang

tua bayi secara biologis.

5. Dapat mengungkap kasus perkosaan dengan banyak pelaku; pemeriksaan

DNA dapat memastikan berapa orang pelaku dan siapa saja pelakunya

6. Sensitivitas yang amat tinggi

Dapat dilakukan pemeriksaan dengan sampel yang sangat sedikit.

 14

2.2 Pemeriksaan DNA

Tahap pemeriksaan DNA meliputi lima langkah :

I. Identifikasi sampel

II. Ekstraksi DNA

III. Memperbanyak DNA yang telah diekstraksi

menggunakan PCR

IV. Pemisahan dan visualisasi profil DNA

V. Membandingkan dan Interpretasi

profil DNA

Gambar 6 : langkah pemeriksaan DNA(B.Alberts,Molecular Biology of Cell, 2002)

 15

2.1.2 Perolehan dan Penyimpanan Sampel

Perolehan sampel DNA untuk pemeriksaan DNA forensik sangat

beragam tergantung banyak sampel yang diperoleh dari sisa-sisa tempat

kejadian perkara (TKP) atau sengaja diambil dari individu yang akan

diperiksa seperti keluarga korban, atau tersangka, dan untuk uji paternitas.2

Contoh spesimen yang dapat digunakan untuk pemeriksaan DNA adalah14

darah, urine, semen, buccal swab, swab vagina, rambut, gigi, tulang ,

jaringan dan spesimen biologis pada tempat kejadian perkara: pada baju

/tubuh korban, pada benda yang digunakan, di lokasi kejadian.

Penanganan barang dengan spesimen DNA harus dilakukan dengan

hati-hati supaya menghindari kontaminasi, penanganan harus dilakukan

tanpa menyentuh benda dengan tangan kosong, tidak batuk atau bersin di

depan benda, setiap barang harus dibungkus secara terpisah, penyimpanan

spesimen harus dalam keadaan kering, dan setiap benda harus diberi label

dengan jelas mengenai identitas (bila diketahui) dan waktu pengambilan

sampel.15

2.1.3 Ekstraksi dan kuantifikasi DNA

2.1.3.1 Ekstraksi DNA

Sampel biologis yang didapat dari TKP dalam bentuk darah, semen, atau

jaringan mengandung beberapa substansi selain DNA. Molekul DNA harus

dipisahkan dari materi seluler lainnya sebelum dapat diperiksa karena dapat

mengurangi kemampuan analisis DNA. Langkah-langkah dasar pada

 16

ekstraksi DNA adalah, pertama pelisisan sel untuk melepas molekul DNA,

kedua memisahkan molekul DNA dari materi seluler lainnya, ketiga

pengisolasian DNA sehingga memungkinkan untuk dilakukan analisa untuk

melihat profil DNA.

Gambar 7: Metode ekstraksi2 ( John Butler, 2009)

1. Ekstraksi Organik

Ekstraksi organik, juga disebut ekstraksi fenol-kloroform, telah

digunakan paling lama dan dapat digunakan untuk situasi di mana RFLP

dan atau PCR digunakan. DNA dengan berat molekul tinggi yang

penting untuk metode RFLP dapat diperoleh paling efektif melalui cara
 17

ini namun metode ini memakan waktu lama, melibatkan bahan kimia

berbahaya dan memerlukan pemindahan bahan melalui beberapa tabung

sehingga menaikkan risiko kontaminasi.2

2. Metode Chelex

Metode ini dapat mengekstraksi DNA lebih cepat dari metode

organik. Selain itu, ekstraksi Chelex melibatkan lebih sedikit langkah

sehingga kontaminasi bisa diminimalisisasi. Tes ini juga menghilangkan

inhibitor PCR sehingga dapat menjadi suatu keuntungan untuk PCR.16

3. FTA paper

FTA paper adalah kertas serap berbasis selulosa. Metode ini

memiliki keuntungan karena menghasilkan data konsisten dan dapat

diautomatisasi.2

4. Ekstrasi fase-solid

Merupakan ekstraksi di mana DNA diikat secara selektif pada

sebuah substrat seperti silica dan dilepaskan pada pencucian yang

memisahkan DNA dari protein dan komponen seluler lainnya.2

5. Differential extraction

Modifikasi ekstraksi organik yang memisahkan sel epitel dan

sel sperma. Metode ini umum digunakan untuk mengisolasi DNA pria
 18

dan wanita pada barang bukti kasus-kasus perkosaan yang

mengandung campuran kedua jenis DNA tersebut.2

Jumlah dan kualitas DNA harus diukur lagi setelah proses ekstraksi

untuk memastikan hasil yang optimal dan juga apakah DNA tersebut berasal

dari manusia, serta telah terdegradasi atau belum.17 Jumlah DNA yang

mungkin diekstrakasi dari berbagai sampel adalah sebagai berikut:

Tipe Sampel Jumlah DNA

Darah cair 20.000 – 40.000 ng/ml

Noda darah 250 – 500 ng/cm2

Air mani 150.000 – 300.000 ng/ml

Swab vagina postcoital 10 – 3000 ng/swab

Rambut dicabut (dengan akar) 1 – 750 ng/akar

Rambut rontok (dengan akar) 1 – 10 ng/akar

Air liur 1000 – 10.000 ng/ml

Buccal swab 100 – 1500 ng/swab

Urin 1 – 20 ng/ml

Tulang 1 gr 3 – 10 ng/mg

Tabel 2 : jumlah DNA yang diekstraksi dari berbagai sampel4 (Milne E, 2006)
 19

2.1.3.2 Kuantifikasi DNA

Dalam pemeriksaan DNA tidak diharapkan jumlah DNA yang terlalu kecil

atau jumlah DNA yang terlalu banyak. DNA yang terlalu banyak dapat

menyebabkan kesulitan saat interpretasi dan memakan waktu yang lebih lama,

sedangkan DNA yang terlalu sedikit dapat mengakibatkan hilangnya alel-alel yang

diperlukan untuk identifikasi DNA. Jumlah DNA yang dikehendaki untuk PCR

adalah antara 0.5 ng – 2.0 ng.2

Gambar 8 : Kuantitas DNA untuk PCR2 (john Butler, 2006)

Kuantitas DNA dapat diukur dengan berbagai metode antara lain :

 20

2.2 Buccal Swab

Gambar 9: mukosa bukal18 (Victor P, Atlas Histologi DiFiore, 2010)

Pengambilan sampel dari mukosa mulut bisa menggunakan teknik buccal

swab. Targetnya adalah sel epitel pipih berlapis (squamous epithelial cells) yang

bisa diperoleh dari mukosa di bukal, namun biasanya ada sejumlah saliva yang

juga terambil.

Hal ini dikarenakan mukosa mulut yang selalu mengalami perombakan

(turn over) dengan turn over rate 14 hari sehingga secara alamiah memang

mengalami pengelupasan (exfoliation) dengan exfoliation rate 2-4 jam.19

Faktor – faktor yang mempengaruhi mukosa mulut antara lain:

1. Life style : merokok, minuman beralkohol

dapat menyebabkan meningkatnya apoptosis dan perubahan DNA pada

sel epitel karena tingginya radikal bebas dan menyebabkan keringnya

mukosa buccall yang dapat mempengaruhi kuantitas DNA20

2. Penyakit sistemik : anemia, diabetes mellitus

dapat mengakibatkan pucatnya mukosa dan menyebabkan

berkurangnya polifeasi sel epitel .19

 21

3. Radioterapi

menyebabkan kerusakan pada sel dengan tingkat regenerasi yang tinggi

seperti lapisan mukosa yang terus menerus mengalami perombakan21

4. Infeksi

Infeksi pada area mulut dapat menyebabkan terambilnya bakteri yang

dapat menjadi sumber kontaminasi dalam pemeriksaan DNA. 20

5. Jenis kelamin

pada wanita terjadi perubahan mukosa karena pengaruh hormonal

akibat menstruasi, kehamilan dan menopause.22

Faktor- faktor di atas perlu menjadi pertimbangan untuk melakukan buccal

swab karena dapat mempengaruhi hasilnya. Pada pengambilan buccal swab dapat

terjadi beberapa keadaan yang dapat menyebabkan hasil swab yang kurang optimal

untuk pemeriksaan selanjutnya yaitu pemeriksaan DNA. Antara lain yang dapat

terjadi adalah :

a. Kontaminasi : tercampurnya DNA pasien dengan DNA lain yang dapat

terjadi karena pemeriksa tidak menggunakan masker atau sarung tangan

b. Degradasi : berkurangnya atau terjadinya kerusakan DNA pada sampel

akibat panas, sinar matahari, air dan bahan kimia lain.

c. Insufficient yield : DNA yang tidak mencapai threshold untuk

pemeriksaaan DNA.
 22

2.4 KERANGKA TEORI

Mukosa
Bukal

Kuantitas dan Jenis Kelamin

Kualitas DNA dalam
sel mukosa Kebiasaan hidup (merokok,
alkohol)
Penyakit sistemik (anemia,
diabetes mellitus)
Infeksi
Riwayat radioterapi

Pengambilan
spesimen
Tekhnik
Kuantitas dan
pengambilan
Kualitas DNA Hasil
Alat pengambilan Ekstraksi

Jumlah usapan
Metode Ekstraksi
Metode Kuantifikasi

Gambar 9: Kerangka Teori

 23

2.5 KERANGKA KONSEP

Jumlah Usapan

Kuantitas
DNA

Gambar 10: Kerangka Konsep

Pada penelitian yang akan dilakukan akan dilakukan juga pengontrolan

terhadap beberapa variabel sehingga tidak semua variabel yang terdapat pada

kerangka teori akan diteliti pada penelitian ini. Oleh karena itu, akan dilakukan

elaborasi pada variable sebagai berikut:

1. Merokok, radioterapi, diabetes, anemia, alkohol, jenis kelamin, infeksi

Pada penelitian ini akan dipilih subjek laki-laki tanpa riwayat merokok ,konsumsi

alkohol, diabetes, anemia, infeksi pada area mulut dan radioterapi pada area mulut

sehingga tidak sehingga tidak menyebabkan kondisi mukosa bukal yang berbeda-

beda.

2. Alat pengambilan

Pada penelitian akan dilakukan penyeragaman alat pengambilan pada semua

sampel yaitu menggunakan cytoswab termasuk cara sterilisasi alat, dan cara

penyimpanan sampel.
 24

3. Tekhnik pengambilan

Untuk menghilangkan perbedaan cara pengambilan maka pengambilan sampel

akan dilakukan oleh peneliti sendiri pada semua individu. Dengan swab pada

mukosa sebelah kanan pipi dalam semua subjek.

4. Ekstraksi dan kuantifikasi DNA

Akan digunakan metode yang sama pada semua spesimen untuk ektraksi dan

kuantifikasi DNA.

2.6 HIPOTESIS

a. Mayor

Perbedaan kuantitas DNA yang diekstraksi dari sampel buccal swab dengan

jumlah usapan yang lebih banyak berbeda bermakna dengan jumlah usapan yang

lebih sedikit.

b. Minor

1. Jumlah usapan yang paling optimal untuk memperoleh kuantitas DNA yang

dibutuhkan untuk pemeriksaan DNA adalah 30 kali usapan.

2. Kuantitas DNA lebih banyak pada swab dengan 30x usapan daripada swab

dengan 20x usapan.

3. Kuantitas DNA lebih banyak pada swab dengan 20x usapan daripada swab

dengan 10x usapan

4. Kuantitas DNA lebih banyak pada swab dengan 10x usapan daripada swab

dengan 5x usapan.
 25

BAB 3

METODE PENELITIAN

3.1 Ruang Lingkup Penelitian

3.1.1 Lingkup Tempat

Penelitian ini akan dilakukan di Laboratorium terpadu Universitas

Diponegoro

3.1.2 Lingkup Waktu

Penelitian ini akan dilakukan pada bulan Februari - Juni 2016

3.1.3 Lingkup Ilmu

Penelitian ini mencangkup bidang Ilmu Kedokteran Forensik dan Ilmu

Kedokteran Biomolekuler.

3.2 Rancangan Penelitian

Berdasarkan tujuan yang hendak dicapai dalam penelitian ini, maka

jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian observasional dengan

rancangan cross sectional. Menggunakan 4 (empat) kelompok

perlakuan dan 1 (satu) kontrol negatif, dengan 11 (sebelas) sampel tiap

kelompok perlakuan, dan 1 (satu) sampel kelompok kontrol negatif.

3.3 Variabel Penelitian

3.3.1 Variabel Bebas

Jumlah usapan mukosa bukal

 26

3.3.2 Variabel tergantung

Kuantitas DNA

3.4 Definisi Operasional variable

No Variabel Definisi Operasional dan Skala Nilai

Cara Pengukuran

1. Jumlah Jumlah usapan adalah Numerik jumlah

Usapan berapa kali usapan yang swab yang

mengenai mukosa dalam digunakan

pipi kanan individu adalah 5x,

dilakukan secara 10x, 20x,

menyeluruh oleh peneliti dan 30x.

menggunakan cytoswab.

2. Kuantitas Jumlah DNA yang diukur Numerik Nanogram

DNA dari hasil ekstraksi (ng)

menggunakan metode nano

drop.

Tabel 4: Definisi Operasional

3.5 Populasi dan Sampel

3.5.1 Populasi Penelitian

a. Populasi Target

Buccal swab dengan jumlah usapan yang berbeda yang dilakukan

pada Laki- laki yang telah memenuhi kriteria

 27

b. Populasi Terjangkau

Buccal swab dengan Jumlah usapan yang berbeda yang dilakukan

pada Mahasiswa laki-laki Fakultas Kedokteran Universitas

Diponegoro angkatan 2013 yang telah memenuhi kriteria

3.5.2 Sampel penelitian

3.5.2.1 Kriteria Inklusi

Buccal swab dengan jumlah usapan 5x, 10x, 20x dan 30x yang

dilakukan pada Mahasiswa laki-laki Fakultas Kedokteran Universitas

Diponegoro angkatan 2013 yang tidak merokok tidak minum alkohol,

tidak mempunyai riwayat diabetes, anemia dan radioterapi di sekitar

mulut.

3.5.2.2 Kriteria Eksklusi

1. Menolak untuk mengikuti seluruh proses pengusapan dari 5x

10x 20x dan 30x

2. Mengalami penyakit pada mukosa mulut yang dapat

mempengruhi kuantitas DNA di tengah rangkaian penelitian

3. Mengalami perlukaan pada mukosa bukal akibat pengusapan

3.5.3 Besar Sampel

Besar sampel dihitung dengan rumus besar sampel untuk

analitis numerik tidak berpasangan.

2 ( Z α + Z β )2 S2

( x1 - X2 )2
 28

Keterangan :

α = kesalahan tipe 1

β = kesalahan tipe 2

S = variasi data variabel yang diteliti

X1 – X2 = perbedaan rerata yang dianggap bermakna

Nilai α, β, dan X1 – X2 ditetapkan oleh peneliti sesuai dengan

kebutuhan penelitian, sedangkan nilai S didapatkan dari

kepustakaan.

Jumlah sampel = 2 ( 2,236 + 1,96 )2 1,42

( 2,5)2

= 11 = 11 sampel tiap kelompok perlakuan

Total sampel = 44

3.5.4 Cara Pegambilan Sampel

Metode pengambilan sampel adalah dengan menggunakan

purposive random sampling berdasarkan kriteria inklusi dan

eksklusi sampai didapat jumlah sampel yang dibutuhkan.

3.6 Alat dan Bahan Penelitian

3.6.1 Alat dan bahan untuk pengambilan swab

1. Cytoswab

Gambar 12 : Cytoswab

2. Masker
 29

3. Handscoon

4. Air Mineral

3.6.2 Alat dan bahan untuk ekstraksi

1. Waterbath

2. vortex

3. Sentrifuse

4. tabung mikrocentrifuge

5. Larutan Chelex 10%

6. Mikropipet

7. ddH2O

8. Saponin

3.6.3 Alat dan bahan untuk kuantifikasi

1. Nanodrop spectrophotometer

2. Micropipet

3. Deionized water

4. Kain steril

3.7 Alur penelitian

Sejumlah subjek akan diambil buccal swab dengan menggunakan

cytoswab oleh peneliti pada pipi sebelah kanan, sebelum dilakukan swab

subjek diinstruksikan untuk tidak mengkonsumsi makanan apapun

selama 2 jam dan berkumur dengan air mineral. Pada minggu pertama

akan diambil sampel dengan 5x usapan pada tiap subjek, lalu pada

minggu kedua akan dilakukan pengambilan sampel dengan 10x usapan,

 30

pada minggu yang ketiga akan diambil sampel dengan 20x usapan dan

pada minggu ke 4 akan diambil sampel dengan 30x usapan .

Akan disertakan juga kontrol negatif yaitu pemeriksaan DNA pada

alat swab yang tidak digunakan untuk melakukan pengusapan pada

subjek.

Setelah dilakukan usapan cytoswab diberi label dan dikeringkan

pada suhu ruangan dengan tidak terkena sinar matahari langsung lalu

dikirim ke Laboratorium Terpadu Universitas Diponegoro untuk

dilakukan ekstraksi menggunakan metode chelex dengan langkah-

langkah sebagai berikut23:

1. Cytoswab dipotong menggunakan cutter steril (+ 0,2 mm)

2. Ditambahkan 100 µl ddH2O dan 1000 µl 0.05% Saponin

3. Sampel disentrifuse 12000 rpm 10 menit 4 derajat

4. Supernatant dibuang tambahkan 1000 µl ddH2O

5. Sampel + ddH2O disentrifuse12000 rpm 10 menit 4 derajat.

6. Supernatant dibuang, tambahkan 100 µl ddH2O dan 50 µl Chelex

7. Sampel dan Chelex 10 % diinkubasi pada suhu 95 °C selama 20

menit.

8. Sampel dan Chelex 10 % divortex kembali selama 10 – 15 menit.

9. Sampel dan Chelex 10 % disentrifuge menggunakan

microcentrifuge dengan kecepatan tinggi.

10. Supernatan yang mengandung genom DNA diambil dan

dipindahkan ke microtube yang baru, sampel siap dianalisa.

 31

Setelah didapatkan hasil ekstraksi dilakukan kuantifikasi dengan

nanodrop spectrophotometer dengan langkah-langkah23 :

1. Permukaan nanodrop dibersihkan dengan meneteskan 1-2 µ

deionized water pada permukaan optik bawah lalu ditutup kemudian

di keringkan menggunakan kain steril.

2. Program nanodrop dibuka dan dipilih model asam nukleat.

3. Spectrophotometer dimulai dengan diteteskan 1µ air bersih ke

permukan optik bawah lalu ditutup dan dipilih “initialize” pada

program nanodrop setelah 10 detik permukaan optik dibersihkan

kembali menggunakan kain steril.

4. Pengukuran blanko menggunakan deionized water sebanyak 1µ dan

memilih “blank” pada program nanodrop lalu dibersihkan kembali

menggunakan kain steril.

5. Sampel hasil ektraksi diteteskan ke permukaan optik sebanyak 1µ

lalu dipilih “measure” pada program nanodrop dan dibersihkan

kembali menggunakan kain steril.

 32

Pemilihan 11 Individu

Individu 1-11

5x
Minggu usapan
1

Ekstraksi dan Kuantifikasi

10x
Minggu usapan
2

Ekstraksi dan Kuantifikasi

20x
Minggu
usapan
3

Ekstraksi dan Kuantifikasi

Minggu 30x
4 usapan

Ekstraksi dan Kuantifikasi

Kuantitas DNA dari jumlah

usapan yang berbeda

Gambar 13 : Alur Penelitian

 33

3.8 Analisa Data

Data yang diperoleh adalah data primer diolah dengan program

komputer SPSS 16.00 dan diuji normalitas dengan Saphiro Wilk karena

besar sampel kurang dari 50. Setelah didapatkan distribusi data normal dan

variasi data yang sama, uji hipotesis yang digunakan adalah uji parametrik

One Way Anova karena data yang diuji adalah data numeric dan lebih dari

2 kelompok, jika data tidak mempunyai distribusi yang normal atau variasi

yang homogeny maka akan digunakan uji Kruskal-wallis.24

3.9 Etika Penelitian

Etika penelitian telah disetujui oleh Komisi Etik Fakultas Kedokteran

UNDIP / RSUP Dr. Kariadi Semarang.

 34

3.10 Jadwal

Bulan
Program 1 2 3 4 5
1 2 3 4 1 2 3 4 1 2 3 4 1 2 3 4 1 2 3 4
1. Persiapan
a. Proposal
penelitian
b. Ethical
clearance
c. Persiapan
material
d. Diskusi
2. Operasional
a. Skrining
data
b.
Pengumpula
n sampel
c. Konsultasi
3. Eksperimen
b. Hasil
pemeriksaan
c. Konsultasi
4. Seminar
a. Progres
report
b. Feedback
5. Laporan
akhir
a. Konsultasi
b. Analisis
data
c. Presentasi
d. Revisi
e. Publikasi
 35

BAB IV

HASIL PENELITIAN

4.1 Karakteristik Sampel

Penelitian ini menggunakan total 44 sampel yang diambil dari 11 orang

subjek. Pengambilan sampel buccal swab dilakukan sebanyak 4 kali dengan rentang

waktu pengambilan 1 minggu antar kelompok. Deskripsi jumlah sampel setiap

kelompok ditampilkan pada tabel berikut:

Tabel 5. Deskripsi Variabel Jumlah Usapan

Jumlah Usapan 5x 11 (25%)

10x 11 (25%)

20x 11 (25%)

30x 11 (25%)

Total 44 (100%)

1.2 Pengukuran Kuantitas DNA

Kuantitas DNA dari buccal swab didapatkan dengan menggunakan metode

ekstraksi Chelex dan pengukuran kuantitas DNA dilakukan menggunakan

spektrofotometer Nanodrop 2000 .

Kuantitas DNA yang tertinggi adalah 170.0 ng/µl dan nilai kuantitas DNA

yang terendah adalah 17.8 ng/µl. Sebaran data kuantitas DNA yang bersifat
 36

numerik ditinjau dengan metode analisis Saphiro-Wilk karena jumlah sampel <50.

Hasil uji distribusi Saphiro-Wilk dapat dilihat di table berikut:

Tabel 6. Uji Normalitas Data

Kelompok Jumlah Usapan Uji Shapiiro-Wilk

5x 0.930*

10x 0.109*

20x 0.093*

30x 0.311*

P : nilai kebermaknaan, *: distribusi data normal, karena p>0.0524

Berdasarkan data pada table normalitas data, seluruh kelompok memiliki

data dengan distribusi normal (p>0.05). Dilakukan uji homogenitas dengan

menggunakan uji levene dan didapatkan hasil p : 0.064 (>0.05) sehingga dapat

disimpulkan varians data normal. Karena data yang diperoleh mempunyai distribusi

normal dan varians data normal maka selanjutnya dilakukan uji One-way Anova

dan uji Post Hoc.

1.3 Perbedaan Kuantitas DNA pada Usapan yang Berbeda

Uji hipotesis One-way Anova digunakan untuk mengetahui kebermaknaan

pada perbedaan kuantitas DNA dari setiap kelompok usapan. Berikut perbandingan

kuantitas DNA pada setiap kelompok usapan:

 37

Gambar 14. Perbandingan Kuantitas DNA

PERBANDINGAN
KUANTITAS
Kuantitas DNA
DNA

126.61

85.28
61.75
40.07

5X 10X 20X 30X

Tabel 7. Perbandingan Kuantitas DNA pada Setiap Kelompok Usapan

N Rerata ng/µl p

Jumlah 5x 11 40.07 P<0.001*

Usapan 10x 11 61.75

20x 11 126.61

30x 11 85.28

P : nilai kebermaknaan, *uji One-way Anova analisis post Hoc dapat dilihat pada

tabel 9.

Nilai p <0.001 didapatkan dari uji One-way Anova sehingga dapat disimpulkan

bahwa terdapat paling tidak 2 kelompok dengan perbedaan bermakna.24 Sehingga

 38

selanjutnya dilakukan analisis untuk mengetahui perbedaan pada tiap kelompok

usapan dengan uji lanjutan Post Hoc yang ditampilkan pada tabel berikut.

Tabel 8. Analisis Post Hoc Perbedaan Kuantitas DNA pada Setiap Kelompok

Usapan

Perbedaan Rerata Nilai P

5 vs 10 17.88 0.018

5 vs 20 66.49 0.000

5 vs 30 40.70 0.000

10 vs 20 48.60 0.000

10 vs 30 22.81 0.003

20 vs 30 25.79 0.001

P : nilai kebermaknaan, *uji Post Hoc

Tabel 10 menunjukkan adanya perbedaan bermakna antar setiap kelompok

5 vs 10 dengan nilai p : 0.018 (<0.05), 5 vs 20 dengan nilai p : 0.000 (<0.05), 5 vs

30 dengan nilai p : 0.000 (<0.05), 10 vs 20 dengan nilai p : 0.000 (,0.05), 10 vs 30

dengan nilai p :0.003 (<0.05), dan 20 vs 30 dengan nilai p : 0.001 (<0.05)

 39

BAB V

PEMBAHASAN

5.1 Karakteristik Sampel

Sampel yang digunakan dalam penelitian ini adalah buccal swab dari

individu sehat yang telah memenuhi kriteria inklusi dan tidak mempunyai riwayat

diabetes, merokok, anemia, radiasi di sekitar mulut dan tidak sedang mengalami

penyakit pada mulut yang dapat mempengaruhi kuantitas DNA yang dihitung.

Sebelum pengambilan sampel subjek juga tidak diperbolehkan untuk

mengkonsumsi makanan selama 2 jam lalu diinstruksikan untuk berkumur dengan

air putih sebelum pengambilan sampel. Pengambilan sampel juga dilakukan oleh

peneliti sendiri dengan interval 7 hari setiap pengambilan untuk memberikan

kesempatan mukosa mulut melakukan reepitelisasi.

5.2 Perbedaan Kuantitas DNA pada Setiap Kelompok Usapan

Pengukuran kuantitas DNA dilakukan menggunakan nanodrop

spektrofotometer 2000. Dari pengukuran didapatkan kelompok usapan 5x, 10x,dan

20x menunjukan peningkatan kuantitas DNA yang searah dengan peningkatan

jumlah usapan yaitu 5x usapan dengan rerata 52.88 ng/µl, 10x usapan dengan rerata

70.77 ng/µl dan 20x usapan dengan rerata 119.38 ng/µl. Pada setiap perbandingan

setiap kelompok usapan didapatkan juga hasil kebermakaan yang berbeda-beda

yaitu pada kelompok 5x vs 10x didapatkan nilai kebermaknaan 0.018 sedangkan

pada kelompok 5x vs 20x dan 10x vs 20x didapatkan nilai kebermaknaan 0.000 hal

ini menunjukan bahwa kelompok dengan selisih jumlah usapan yang lebih besar

menunjukan nilai kebermaknaan yang lebih. Hal ini dapat disebabkan karena
 40

semakin banyak epitel yang terambil dari setiap penambahan jumlah pengusapan.

Hal ini sesuai dengan pernyataan oleh Freeman B et al tahun 2003 dalam penelitian

DNA by Mail : an Inexpensive and Noninvasive Method for Collecting DNA

Samples from Widely Dispersed Population yang menyatakan bahwa lebih banyak

usapan meningkatkan kuantitas DNA yang diekstraksi6, dan pada penelitian oleh

Meulenbelt I et al tahun 2008 tentang High Yield Noninvasive Human Genomic

DNA Isolation Method for Genetic Studies in Geographically Dispersed Families

and Population yang menyatakan bahwa dari sampel yang diambil secara mandiri

oleh subjek didapatkan perbedaan kuantitas DNA yang signifikan secara statistik

dari subjek dewasa dan anak- anak yang dipengaruhi jumlah dan kekuatan usapan

yang lebih besar pada subjek dewasa.25

Pada pengusapan 20x dan 30x didapatkan penurunan kuantitas DNA yang

berbanding terbalik dengan jumlah usapan. Hal ini dapat disebabkan karena

efektifitas maksimal dari alat pengusap yang digunakan telah mencapai titik

maksimal pada 20x usapan sehingga penambahan usapan tidak meningkatkan

kuantitas DNA yang diekstraksi. Pada pengusapan berlebih, juga menyebabkan

meningkatnya produksi saliva yang dikatakan dalam jurnal oleh Audrey F. Saftlas

tentang Optimizing Buccal Cell DNA Yields in Mothers and Infants for Human

Leukocyte Antigen Genotyping bahwa produksi saliva yang berlebih dapat

meyebabkan rendahnya kuantitas DNA yang diekstraksi26, dan pada jurnal oleh

Fernanda NEDEL yang berjudul Comparison Between DNA Obtained From Buccal

Cells of the Upper and Lower Gutter Area mengatakan bahwa jumlah saliva yang

berlebih menyebabkan berkurangnya gesekan pada proses pengusapan dan

terlarutnya sel epitel yang terambil27.

 41

Selain peningkatan jumlah saliva penambahan pengusapan dapat menyebabkan

semakin tingginya kontaminan yang terkandung dalam sel seperti bakteri, protein

dan sisa makanan yang dapat menyebabkan degradasi DNA dalam sampel yang

menyebabkan rendahnya kuantitas DNA seperti yang dikatakan dalam jurnal oleh

Jessica G Woo, Guangyun Sun dan Mary Haverbusch tentang Quality assessment

of buccal versus blood genomic DNA using the Affymetrix 500 K GeneChip28.

Disamping itu dikatakan juga pada jurnal oleh Dárvi de Almeida ANDRÉ tentang

Buccal Cells Submitted to Three Different Storage Conditions Before dna

Extraction bahwa pengusapan yang terlalu banyak dan lama dapat menyebabkan

iritasi pada mukosa subjek27. Sehingga sangat perlu diperhatikan untuk

menggunakan jumlah usapan yang optimal dalam pengambilan sampel.

Kuantitas DNA pada nanodrop dihitung melalui absorbansi pada

gelombang 260 karena DNA mempunyai absorbansi tertinggi pada gelombang

tersebut. Untuk menentukan kuantitas DNA dari absorbansi tersebut digunakan

rumus beer lambert29 yaitu:

C= (A*E)/b

C : konsentrasi DNA ng/µl

A: Absorbansi pada gelombang 260

E: wavelength dependent coefficient in ng-cm/µl

dsDNA : 50

ssDNA : 33

RNA :40
 42

b: pathlength (cm) pada nanodrop spektrofotometer digunakan pathlength 10

mm30

kuantitas DNA tidak dihitung dengan absorbansi pada gelombang 280

walaupun kemurnian DNA ditentukan dengan menghitung absorbansi pada

gelombang 260 dan 280. Nanodrop spektrofotometer dapat melakukan

kuantifikasi sampel pada konsentrasi 0.4-15.000 ng/µl.31

Pada penelitian ini didapatkan kemurnian DNA yang kurang baik (260/280

pada tabel nanodrop) dengan rerata kemurnian 1.32 (n : 1.8 – 2.0) Hal ini dapat

disebabkan karena beberapa faktor yaitu:30

1. Terdapat kontaminan pada absorbansi dekat gelombang 280 seperti asam

amino aromatic ( triptofan, fenialanin, tirosin, histidin ). Setiap asam amino

mempunyai absorbansi yang berbeda-beda pada gelombang 280 sama

halnya seperti nukleotida DNA namun untuk mengukur konsentrasi protein

dalam sampel sering digunakan rule of thumb29:

1OD280 unit : 1 mg/ml protein

Kontaminasi protein dapat menyebabkan permasalahan pada tahap

selanjutnnya pemeriksaan DNA seperti jika dilakukan pemotongan DNA

menggunakan restriction endonuclease. Namun DNA mempunyai

absorbansi 2x lebih kuat pada gelombang 260 dibandingkan 280 sehingga

jika terdapat protein dalam sampel akan meningkatkan nilai absorbansi pada

280 dan menyebabkan nilai kemurnian 260/280 yang lebih rendah namun

tidak menyebabkan banyak perubahan pada absorbansi gelombang 260.29

 43

2. Terlalu banyak ddH2O yang terambil dibandingkan DNA pada sampel

(sampel tidak homogen)

3. Konsentrasi DNA yang terlalu rendah (<10 ng/µl)

4. Tidak bersihnya permukaan Nanodrop saat dilakukan pengukuran blank dan

sampel 31

5. Terdapat sisa Phenol (absorbansi paling tinggi pada gelombaang 270) atau

reagen lain yang digunakan dalam proses ekstraksi.31

6. Perubahan pada PH sampel : PH yang terlalu asam akan menurunkan

kemurnian DNA hingga 0.2 – 0.3 dan PH yang terlalu basa akan menaikkan

kemurnian hingga 0.2 - 0.3.32

7. Perubahan pada akurasi panjang gelombang nanodrop : perubahan akurasi

gelombang sebanyak 1 nm akan menyebabkan perubahan kemurnian

sebanyak 0.4.30

8. Komposisi nukleotida dalam sampel : setiap nukleotida apabila diukur pada

gelombang 260 dan 280 akan menghasilkan kemurnian masing- masing

sebagai berikut 32:

o Guanine : 1.15

o Adenine : 4.50

o Cytosine : 1.51

o Uracil : 4.00

o Thymine : 1.57

Hasil 260/280 pada suatu sampel adalah rata- rata dari 4 nukleotida yang

terkandung di dalamnya. RNA akan mempunyai kemurnian yang lebih

tinggi karena adanya basa nukleotida uracil.

 44

Untuk memperbaiki kemurnian DNA maka dilakukann centrifuge dan

vortex untuk lebih menghomogenkan hasil ekstraksi namun setelah dilakukan

pengukuran ulang tidak didapatkan hasil kemurnian yang sesuai dengan nilai

normal hanya didapatkan sedikit peningkatan kemurnian. Pada berbagai penelitian

tantang kuantitas DNA didapatkan juga kemurnian sampel yang rendah dari buccal

swab seperti pada penelitian oleh Alex Livy, dkk tahun 2012 tentang Evaluation of

Quality of DNA Extracted from Buccal Swabs for Microarray Based Genotyping

didapatkan pada sampel buccal swab yang diambil dari 16 subjek didapatkan

kemurnian DNA dengan rerata 1.3 yang disebabkan karena lebih tingginya

degradasi DNA pada sampel buccal swab akibat sel mukosa yang terambil

merupakkan lapisan paling luar yang lebih rentan untuk terjadinya apoptosis namun

dari seluruh sampel buccal swab hanya 4 sampel yang tidak berhasil dalam

dilakukan genotyping33. Kemurninan DNA 260/280 merupakan salah satu indikator

mengenai kualitas sampel namun indikator yang terbaik untuk kualitas DNA atau

RNA adalah fungsinya pada pemeriksaan selanjutnya. Perlu diperhatikan bahwa

dalam beberapa peristiwa walaupun kemurnian DNA berada dalam rentang yang

diinginkan namun tetap ada permasalahan dalam sampel32.

DNA yang diperoleh dari buccal swab dalam penelitian ini mempunyai

rentang variabilitas yang tinggi antar kelompok pengusapan maupun antar individu

dengan kuantitas DNA terendah 17.8 ng/µl dan kuantitas DNA tertinggi 170.0 ng/µl

hal ini dapat disebabkan karena perbedaan degradasi DNA pada setiap sampel,

perbedaan diet dan gaya hidup yang menyebabkan perbedaan dalam pengelupasan

mukosa bukal, perbedaan flora normal pada setiap individu yang sangat bervariasi

dan kebiasaan dalam kebersihan mulut setiap individu yang berbeda-beda. Variasi
 45

antar sampel lebih nyata ditemukan dalam sampel buccal swab dibandingkan

dengan sampel darah yang lebih stabil karena tidak mengandung flora normal, oleh

karena itu direkomendasikan dalam berbagai penelitian untuk memperhatikan

berbagai tekhnik dalam sampling untuk mengambil sampel dengan kuantitas yang

optimal dalam penelitian dengan buccal swab untuk mengatasi berbagai variasi dari

sampel tersebut.33
 46

BAB VI

SIMPULAN DAN SARAN

6.1 Simpulan

1. Pada penelitian ini jumlah usapan yang paling optimal dengan kuantitas

DNA terbanyak adalah 20x usapan

2. Kuantitas DNA pada 5x usapanberbeda bermakna dengan 10x usapan dan

pada kelompok 10x usapan mempunyai kuantitas DNA yang lebih banyak

3. Kuantitas DNA pada 5x usapan berbeda bermakna dengan 20x usapan dan

pada kelompok 20x usapan mempunyai kuantitas DNA yang lebih banyak

4. Kuantitas DNA pada 5x usapan berbeda bermakna dengan 30x usapan dan

pada kelompok 30x usapan didapatkan kuantitas DNA yang lebih banyak,

5. Kuantitas DNA pada 10x usapan berbeda bermakna dengan 20x usapan dan

pada kelompok 20x usapan didapatkan kuantitas DNA yang lebih banyak.

6. Kuantitas DNA pada 10x usapan berbeda bermakna dengan 30x usapan dan

pada 30x usapan didapatkan kuantitas DNA yang lebih banyak.

7. Kuantitas DNA pada 20x usapan berbeda bermakna dengan 30x usapan dan

pada 20x usapan didapatkan kuantitas DNA yang lebih banyak.

6.2 Saran

1. Perlu diadakan penelitian lanjutan dengan jumlah sampel yang lebih banyak

2. Perlu diadakan penelitian lanjutan dengan alat dan reagen yang lebih

spesifik human DNA

 47

3. Perlu diadakan penelitian yang mencangkup lebih banyak faktor yang

berpengaruh terhadap kuantitas DNA dengan buccal swab yang tidak diteliti

pada penelitian ini seperti merokok, jenis kelamin, penyakit metabolik dan

lain sebagainya.
 48

DAFTAR PUSTAKA

1. Yoni S. DNA FORENSIK. Bandung: Sagung Seto; 2012. 131 p.

2. Buttler J. Fundammentals of Forensic DNA Typing. Marryland USA:

elsevier; 2009. 519 p.

3. Pertiwi KR. Penerapan Teknologi DNA dalam Identifikasi Forensik. 2012;

4. Milne E, Milne E, Bockxmeer FM Van, Robertson L, Brisbane JM, Ashton

LJ, et al. Buccal DNA collection : Comparison of buccal swabs with FTA

cards Short Communication Buccal DNA Collection : Comparison of

Buccal Swabs with FTA Cards. 2006;(APRIL).

5. Cheng T, Chen S, Lu T, Chen W, Sher J, Shieh Y. Optimal DNA

Extraction from Buccal Swab Samples. 2010;30(4):149–54.

6. Freeman B, Smith N, Curtis C, Huckett L, Mill J, Craig IW. DNA from

Buccal Swabs Recruited by Mail : Evaluation of Storage Effects on Long-

term Stability and Suitability for Multiplex Polymerase Chain Reaction

Genotyping. 2003;33(1):67–72.

7. Mulot C, St I, Clavel J, Beaune P, Loriot M. Collection of Human Genomic

DNA From Buccal Cells for Genetics Studies : Comparison Between

Cytobrush , Mouthwash , and Treated Card. 2005;3:291–6.

8. Walker AH, Najarian D, White DL, Jaffe JM, Kanetsky PA, Rebbeck TR.

Collection of Genomic DNA by Buccal Swabs for Polymerase Chain

Reaction-Based Biomarker Assays. 1999;107(7):517–20.

9. Ghatak S, Muthukumaran RB, Nachimuthu SK. ARTICLE A Simple

 49

Method of Genomic DNA Extraction from Human Samples for PCR-RFLP

Analysis. 2013;224–31.

10. Alberts B. Molecular Biology of the Cell. 4th ed. new york: Garland

Science; 2002.

11. FKUI BF. Ilmu Kedokteran Forensik edisi I. 1997;(Jakarta).

12. Schleif R. Genetics and Molecular Biology. 2nd ed. Baltimore: John

Hopkins University; 2005.

13. Pendahuluan BAB. Studi komparasi..., Lia Sadita, FASILKOM UI, 2009.

:1–5.

14. Interpol. interpol Handbook of DNA Exchange and Practice:

Recommendation from the Interpol DNA Monitoring Expert Group 2nd

Edition. 2009;

15. Coleman J. FORENSIC Graphic Design. 2013;59.

16. Kreeger LR WD. Forensic DNA Funndamentals for the Prosecutor be Not

Afraid. Am Prosec Res Inst. 2003;

17. Inman K RN. DNA Based Identification Boca Raton. CRC Press Florida.

2002;

18. Victor P. Atlas Histologi diFiore dengan Korelasi Fungsiona. 11th ed.

Jkarta: EGC; 2010.

19. Hashemipour MA, Aghababaie M, Mirshekari TR, Asadi-Shekaari M,

Tahmasbi-Arashlow M, Tahmasbi-Arashlow F, et al. Exfoliative cytology

 50

of oral mucosa among smokers, opium addicts and non-smokers: a

cytomorphometric study. Arch Iran Med [Internet]. 2013;16(12):725–30.

Available from: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24329146

20. Göregen M, Akgül HM, Gündoğdu C. Th e cytomorphological analysis of

buccal mucosa cells in. 2011;41(2):205–10.

21. Otmani N. Oral and Maxillofacial Side Effects of Radiation Therapy on

Children. 2007;73(3):257–61.

22. Balan U, Gonsalves N, Jose M, Girish KL. Symptomatic Changes of Oral

Mucosa during Normal Hormonal Turnover in Healthy Young

Menstruating Women. :178–81.

23. Elkins KM. Forensik DNA Biology. Oxford: Elsevier; 2013. 189 p.

24. Sopiyudin D. Statistik untuk Kedokteran dan Kesehatan. 4th ed. Jakarta:

Salemba Medika; 2009. 231 p.

25. I Meulenbelt, S Droog, G J Trommelen, D I Boomsma PES. High Yield

Noninvasive Human Genomic DNA Isolation Method for Genetic Studies

in Geographically Dispersed Families and Population. 2008;1252–4.

26. Saftlas AF, Waldschmidt M, Logsden-sackett N, Triche E, Field E.

Optimizing Buccal Cell DNA Yields in Mothers and Infants for Human

Leukocyte Antigen Genotyping. 2004;160(1):77–84.

27. Nedel F, André DDA, Oliveira IO De. BUCCAL CELLS SUBMITTED

TO THREE DIFFERENT. 2009;17(2):113–5.

28. Woo JG, Sun G, Haverbusch M, Indugula S, Martin LJ, Broderick JP, et al.
 51

Quality assessment of buccal versus blood genomic DNA using the

Affymetrix 500 K GeneChip. 2007;5:1–5.

29. Although V, Uv A. Determination of DNA Concentration and Purity by

Ultraviolet Spectrophotometry. :2–5.

30. In C, Acidity S, Accuracy W, The OF, Mix N, Your IN. 260/280 and

260/230 Ratios. 1975;

31. Scientific T. NanoDrop 1000 Spectrophotometer V3 . 7 User ’ s Manual.

32. william W. Wilfinger, karol Mackey piotr C. Effect of PH and Ionic

Strength on the spectrophotometric Assessment of Nucleic Acid Purity.

Biotechnique.

33. Livy A, Lye S, Jagdish CK. Evaluation of Quality of DNA Extracted from

Buccal Swabs for Microarray Based Genotyping. 2012;27(3):28–33.

 52

DIAGRAM NANODROP
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
 75

TABEL HASIL KUANTIFIKASI DNA PADA SETIAP KELOMPOK

USAPAN

NO Nama Sampel Data 3 Pengukuran Purity

kuantitas Mean

1 J5 24.6 21.03 1.12

20.7 0.86

17.8 0.65

2 Yo5 30.4 35.2 1.10

36.9 1.10

38.4 1.12

3 Yog5 43.3 47.2 1.20

50.6 1.11

47.9 1.12

4 A5 47.1 51.8 1.10

57.9 1.22

50.4 1.11

5 K5 52.4 43.8 1.51

46.5 1.37

32.7 1.28

6 C5 32.7 41.4 1.20

44.2 1.42

47.5 1.52

7 R5 64.2 64.5 1.25

64.2 1.26
 76

65.1 1.25

8 Ag5 67.9 68.7 1.37

68.7 1.40

69.7 1.37

9 Ags5 58.8 58.6 1.38

58.6 1.37

58.6 1.36

10 E5 71.0 72.0 1.40

71.4 1.42

73.8 1.39

11 I5 77.9 77.5 1.48

77.8 1.48

77.0 1.45

12 J10 61.1 60.2 1.33

53.8 1.26

65.8 1.24

13 Yo10 65.6 66.8 1.25

69.0 1.25

66.0 1.45

14 Yog10 58.6 58.5 1.54

61.1 1.52

55.8 1.52

15 A10 50.9 58.9 1.02

52.9 0.90
 77

72.9 1.08

16 K10 39.4 61.3 1.24

71.8 1.45

72.7 1.17

17 C10 67.4 64.8 1.44

67.0 1.42

60.0 1.38

18 R10 77.5 78.5 1.19

79.3 1.15

78.9 1.18

19 Ag10 87.5 87.9 1.36

87.9 1.37

88.3 1.39

20 Ags10 77.0 77.7 1.60

76.9 1.59

79.3 1.62

21 E10 83.2 82.9 1.42

83.2 1.45

82.3 1.44

22 I10 86.1 86.0 1.46

87.2 1.48

84.8 1.48

23 J20 103.7 102.4 1.27

105.3 1.27
 78

98.2 1.22

24 Yo20 100.7 102.7 1.38

105.8 1.36

101.7 1.31

25 Yog20 139.7 149.3 1.44

149.5 1.42

158.8 1.46

26 A20 105.0 107.3 1.08

104.5 1.06

112.6 1.07

27 K20 165.7 166.9 1.52

170.0 1.54

165.0 1.52

28 C20 104.4 106.7 1.32

109.8 1.31

106.0 1.27

29 R20 131.9 130.0 1.42

130.9 1.43

127.2 1.42

30 Ag20 101.5 101.8 1.48

101.0 1.48

102.9 1.49

31 Ags20 93.1 93.7 1.50

94.7 1.49
 79

93.3 1.51

32 E20 136.9 137.6 1.29

137.8 1.28

138.2 1.28

33 120 115.2 114.8 1.54

115.1 1.54

114.1 1.53

34 J30 87.4 88.9 1.32

82.1 1.33

97.4 1.29

35 Yo30 99.6 97.9 1.19

97.7 1.19

96.3 1.21

36 Yog30 84.0 83.0 1.06

89.0 1.06

76.2 1.27

37 A30 80.2 78.1 1.22

75.7 1.15

78.5 1.18

38 K30 85.0 77.9 1.31

74.9 1.26

74.0 1.27

39 C30 87.1 85.9 1.15

887.5 1.13
 80

83.2 1.06

40 R30 112.5 112.1 1.41

111.7 1.42

112.3 1.39

41 Ag30 98.0 97.9 1.48

97.2 1.44

98.7 1.48

42 Ags30 83.7 83.8 1.47

84.9 1.44

82.9 1.41

43 E30 119.8 119.9 1.32

119.8 1.33

120.1 1.30

44 I30 104.9 104.1 1.35

103.7 1.36

103.8 1.39
 81

HASIL ANALISIS STATISTIK PERBEDAAN KUANTITAS DNA

Descriptives

Usapan Statistic Std. Error

kuanttas DNA 5x Mean 52.8845 5.19126

95% Confidence Interval for Lower Bound 41.3177

Mean Upper Bound 64.4514

5% Trimmed Mean 53.2867

Median 51.8000

Variance 296.440

Std. Deviation 17.21745

Minimum 21.03

Maximum 77.50

Range 56.47
Interquartile Range 27.30

Skewness -.304 .661

Kurtosis -.547 1.279

10x Mean 70.7727 3.41156

95% Confidence Interval for Lower Bound 63.1713

Mean Upper Bound 78.3742

5% Trimmed Mean 70.5030

Median 66.8000

Variance 128.026

Std. Deviation 11.31487

Minimum 58.50

Maximum 87.90

Range 29.40

Interquartile Range 22.70

Skewness .420 .661

Kurtosis -1.598 1.279

20x Mean 119.3818 7.04586

95% Confidence Interval for Lower Bound 103.6827

Mean Upper Bound 135.0810

5% Trimmed Mean 118.1687

Median 107.3000

Variance 546.086

Std. Deviation 23.36848

 82

Minimum 93.70

Maximum 166.90

Range 73.20

Interquartile Range 35.20

Skewness 1.011 .661

Kurtosis -.010 1.279

30x Mean 93.5909 4.21867

95% Confidence Interval for Lower Bound 84.1911

Mean Upper Bound 102.9907

5% Trimmed Mean 93.0010

Median 88.9000

Variance 195.769

Std. Deviation 13.99174

Minimum 77.90

Maximum 119.90

Range 42.00

Interquartile Range 21.10

Skewness .696 .661

Kurtosis -.563 1.279

Tests of Normality

Kolmogorov-Smirnova Shapiro-Wilk

Usapan Statistic df Sig. Statistic df Sig.

kuanttas DNA 5x .114 11 .200* .975 11 .930

10x .183 11 .200* .882 11 .109

20x .243 11 .069 .876 11 .093

30x .177 11 .200* .919 11 .311

*. This is a lower bound of the true significance.
a. Lilliefors Significance Correction

Test of Homogeneity of Variances

kuanttas DNA

Levene Statistic df1 df2 Sig.

2.613 3 40 .064
 83

ANOVA
kuanttas DNA

Sum of Squares df Mean Square F Sig.

Between Groups 27355.808 3 9118.603 31.273 .000

Within Groups 11663.212 40 291.580
Total 39019.019 43

Multiple Comparisons
Dependent Variable: kuanttas DNA
LSD

Mean 95% Confidence Interval

(I) Usapan (J) Usapan Difference (I-J) Std. Error Sig. Lower Bound Upper Bound
5x 10x -17.88818* 7.28111 .018 -32.6039 -3.1725

20x -66.49727* 7.28111 .000 -81.2129 -51.7816

30x -40.70636* 7.28111 .000 -55.4220 -25.9907

10x 5x 17.88818* 7.28111 .018 3.1725 32.6039
20x -48.60909* 7.28111 .000 -63.3248 -33.8934
30x -22.81818* 7.28111 .003 -37.5339 -8.1025
20x 5x 66.49727* 7.28111 .000 51.7816 81.2129
10x 48.60909* 7.28111 .000 33.8934 63.3248
30x 25.79091* 7.28111 .001 11.0752 40.5066
30x 5x 40.70636* 7.28111 .000 25.9907 55.4220

10x 22.81818* 7.28111 .003 8.1025 37.5339

20x -25.79091* 7.28111 .001 -40.5066 -11.0752

*. The mean difference is significant at the 0.05 level.

84
 85

DOKUMENTASI PENELITIAN
 86

BIODATA MAHASISWA

Identitas
Nama : Devina Dea Emanuela
NIM : 22010113120062
Tempat/tanggal lahir : Semarang, 8 Maret 2016
Jenis kelamin : Perempuan
Alamat : Jl. Fatmawati No.173 Semarang
Nomor Telepon : 024-6732077
Nomor HP : 082134624400
e-mail : dea_devina@yyahoo.com

Riwayat Pendidikan Formal

1. SD : SD Negri 2 Kuwu Lulus tahun : 2007
2. SMP : SMP Karangturi, Semarang Lulus tahun : 2010
3. SMA : SMA Karangturi, Semarang Lulus tahun : 2013
4. S1 : Fakultas Kedokteran Universitas Diponegoro Masuk tahun:2013
87
 88

JUDUL PENELITIAN : Perbedaan Kuantitas DNA yang Diekstraksi dari

Buccal Swab dengan Jumlah Usapan yang Berbeda.
INSTANSI PELAKSANA : SMF Forensik Fakultas Kedokteran Universitas
Diponegoro, Unit Pelayanan Terpadu (UPT) Laboratorium Bakteriologi
Universitas Diponegoro

PERSETUJUAN SETELAH PENJELASAN

(INFORMED CONSENT)

Yth:……
Perkenalkan nama saya Devina Dea Emanuela. Saya mahasiswa Program
Studi Pendidikan Dokter Fakultas Kedokteran UNDIP. Untuk mendapatkan gelar
Sarjana Kedokteran, salah satu syarat yang ditetapkan kepada saya adalah
menyusun sebuah penelitian. Penelitian yang saya lakukan berjudul “Perbedaan
Kuantitas DNA yang Diekstraksi dari Buccal Swab dengan Jumlah Usapan yang
Berbeda.”
Tujuan dari penelitian ini adalah menganalisis perbedaan kuantitas DNA
yang diekstraksi dari buccal swab dengan jumlah usapan yang berbeda. Dalam
penelitian ini saya akan memerlukan sampel buccal swab dari manusia.
Pengambilan sampel buccal swab dilakukan dengan mengusapkan cytobrush
(batang pengusap dengan ujung kapas) ke dalam pipi dalam sebelah kanan saudara
pengusapan akan dilakukan sebanyak 4 kali dengan jarak antar pengusapan selama
1 minggu pada pengusapan pertama akan dilakukan pengusapan sebanyak 5 kali,
pada pengusapan kedua akan dilakukan pengusapan sebanyak 10 kali, pada
pengusapan ketiga akan dilakukan pengusapan sebanyak 20 kali dan pada
pengusapan keempat akan dilakukan pengusapan sebanyak 30 kali. Saudara yang
bersedia akan diminta untuk tidak mengkonsumsi makanan selammam 2 jam
sebelum pengusapan dan melakukan kumur menggunakan air putih sebelum
dilakukan pengusapan. Pengusapan dilakukan dengan hati-hati dan dengan teknik
yang tepat untuk meminimalkan risiko tidak nyaman saat pengusapan. Saya
memohon dengan kerendahan hati kepada Saudara untuk meluangkan sedikit waktu
±30 menit untuk setiap pengusapan.
 89

Manfaat dari penelitian ini adalah dapat memberikan informasi mengenai

perbedaan kuantitas DNA yang diekstraksi dari buccal swab dengan jumlah usapan yang
berbeda dan informasi mengenai jumlah usapan yang paling optimal untuk
pemeriksaan buccal swab. Bagi laboratorium forensik, hasil penelitian dapat
digunakan sebagai pertimbangan apabila akan dilakukan pemeriksaan identifikasi
DNA dari sampel buccal swab dan sebagai landasan bagi penelitian selanjutnya
untuk lebih mendalami dan menyempurnakan pemahaman mengenai identifikasi
DNA dari sampel buccal swab.
Penelitian yang saya lakukan ini bersifat sukarela dan tidak terdapat unsur
paksaan. Partisipasi Saudara dalam penelitian ini juga tidak akan dipergunakan
dalam hal-hal yang dapat merugikan Saudara dalam bentuk apa pun. Sampel yang
saya dapatkan dan saya periksa akan saya jamin kerahasiaannya yaitu dengan tidak
mencantumkan identitas subjek. Data tersebut hanya saya gunakan untuk
kepentingan penelitian, pendidikan, dan ilmu pengetahun.
Apabila terdapat informasi yang belum jelas, Saudara dapat menghubungi
saya, Devina Dea Emanuela, Program Studi Pendidikan Dokter Fakultas
Kedokteran UNDIP dengan nomor hp. 082134624400. Demikian penjelasan dari
saya. Terima kasih atas perhatian dan kerja sama Saudara dalam penelitian ini.

Setelah mendengar dan memahami penjelasan penelitian, dengan ini saya

menyatakan
SETUJU / TIDAK SETUJU

untuk ikut sebagai subyek/sampel penelitian ini.

Semarang, …………………….2016

Saksi :

Nama Terang : Nama Terang :

Alamat : Alamat :
90