LEARNING ISSUES (CASE 1) – RESPIRATORY SYSTEM

“Rhinotonsilopharyngitis e.c Bacterial Infection (Coccus Gram Positive)”

 VIRUS (Jawetz Microbiology 27th Ed., Page 397)

 Definisi
– Virus merupakan agen infeksius terkecil.
– Virus merupakan parasit pada tingkat generik, hanya bereplikasi dalam sel hidup.

 Diameter
 20 – 300 nm

 Genome
 DNA saja atau RNA saja

 Komponen:
(1) Capsid  Lapisan protein yang membungkus genom asam nukleat
(2) Capsomere  Ada pada Icosahedral virus, mewakili kelompok polipeptida.
(3) Defective Virus Partikel virus yang secara fungsional kurang dalam beberapa aspek replikasi.
(4) Envelope  Selaput yang mengandung lipid yang mengelilingi beberapa partikel virus. Diperoleh
selama pematangan virus dengan proses tunas melalui membrane seluler.
(5) Nucleocapsid  Kompleks protein asam nukleat mewakili bentuk genom virus.
(6) Structural Unit  Bahan pembangun lapisan.
(7) Subunit  Rantai polipeptida virus tunggal yang terlipat.
(8) Virion  Unit infeksius
  BAKTERI (Murray Medical Microbiology 7th Ed., Page 109)
 Definisi
– Bakteri merupakan sel terkecil yang dapat dilihat melalui mikroskop.
– Bakteri merupakan sel prokaryot.
 Macam-macam Bentuk

 Glossary
(1) Microbiota  Merupakan microbial flora nomal, yang ada dalam individual sehat.
(2) Virulence  Agent penyebab penyakit
3. Microbiota Upper Respiratory Tract

4. Airborne Disease

5. Infeksi Saluran Pernapasan Atas

Streptococcus diklasifikasikan berdasarkan :
1. Morfologi koloni dan reaksi hemolitik blood agar
 Beta-hemolitik  hemolysis lengkap
 Alfa-hemolitik  hemolysis parsial
 Gama-hemolitik  nonhemolysis
2. Spesifitas serologi dari substansi spesifik kelompok dinding sel, menggunakan zat khusus (lancefield
classification) : berdasarkan komposisi karbohidrat dari antigan bakteri yang ditemukan di dinding
sel bakteri.
 Grup A  rhamnose-N-acetylglucosamine
 Grup B  polisakarida rhamnose-glukosamine
 Grup C  rhamnose-N-acetylglucosamine
 Grup D  asam gliserol teichoic yang mengandung d-alanin dan glukosa
 Grup F  glukopiranosil-N-acetylgalaktosamine
3. Capsular polisakarida
4. Reaksi biokimia : tes meliputi reaksi fermentasi gula, tek untuk mengetahui keberadaan enzim dan
tekanan kerentanan atau resistensi terhadap agen kimia. Digunakan untuk spesies yang tidak bereaksi
dengan sediaan antibody untuk zat spesifik.

 Streptococcus pneumonia (Pneumococci)

– Class: Bacilli
Family: Streptococcaceae
Genus: Streptococcus
Species: Streptococcus pneumoniae
Filum: Firmicutes
– Streptococcus pneumonia (Pneumococci) adalah gram positif diplokokus.
– Berbentuk lancet atau tersusun dalam rantai.
– Memiliki kapsul polisakarida.
– Streptococcus pneumoniae (Pneumococci) adalah mikrobiota saluran pernapasan bagian
atas, 5-40% dari manusia dan dapat menyebabkan pneumonia, sinusitis, otitis, bronchitis,
bacteremia, meningitis, peritonitis, dan proses infeksi lainnya.
– Morfologi dan Identifikasi
– Dapat ditemukan cocci tunggal atau rantai didalam dahak (sputum)
Organisme Khas atau nanah (pus).
– Dapat lisis secara spontan.
– Membentuk koloni bundar kecil, yang pada awalnya berbentuk
kubah dan kemudian depress pada bagian tengahnya serta
Culture pinggirannya akan meninggi.
– Pada blood agar bersifat α-hemolitik.
– Pertumbuhannya ditingkatkan oleh 5 – 10% CO2.
– Energi diperoleh dari fermentasi glukosa.
Karakteristik
– Pertumbuhan terbatas dikarenakan produksi asam laktat yang
Pertumbuhan
cepat.

– Struktur Antigenik
Struktur
– Dinding selnya memiliki peptidoglikan dan asam teichoic.
Komponen

– Patogenesis
Jenis – Dewasa: tipe 1-8
Pneumococcus – Anak-anak: tipe 6, 14, 19, 23
Produksi
– Berkembangbiak dalam jaringan.
Penyakit
– Ada perlawanan alami dari tubuh supaya tidak terinfeksi
Pneumococcus.
– Namun, ada beberapa faktor yang mengakibatkan turunnya
Hilangnya
resistensi dari perlawanan alami tersebut, yaitu:
Perlawanan
(1) Infeksi virus menyebabkan rusaknya permukaan sel, sebagai
Alami
berikut:
Akumulasi abnormal dari mucus (ex. Alergi), yang
menyebabkan pneumococcus terhindar dari fagositosis.
 (2) Alkohol atau keracunan obat, yang menekan aktivitas phytocytic
(antibiotic alami), reflex batuk, dan memfasilitasi masuknya
benda asing.
(3) Sirkulasi abnormal (ex. kongesti Paru / udem paru  sesak,
gagal jantung).
(4) Mekanisme lain (ex. malnutrisi, anemia sickle cell, nefrosis).

– Temuan Klinis
*Onset: Tiba-tiba
*Gejala: Demam, kedinginan, nyeri pleura.
*Sputum: Berdarah, berwarna berkarat.
*Penyebaran infeksi: Sinus, middle ear, dan terkadang meluas dari mastoid ke meningen.
*Komplikasi: Meningitis, endocarditis, arthritis.

 Beta Group A (Pyogen streptococcus)

– Class: Bacilli
Family: Streptococcaceae
Genus: Streptococcus
Species: Streptococcus pyogen
Filum: Firmicutes
– Streptococcus pyogenes biasanya menghasilkan zona besar (diameter 1 cm) zona β-
hemolisis di sekitar koloni yang berdiameter lebih dari 0,5 mm. Mereka PYR-positif
(hidrolisis l-pyrrolidonyl-β-naphthylamide) dan biasanya rentan terhadap bacitracin.

– Morfologi dan Identifikasi

– Berbentuk kokus yang tersusun berantai.
– Sebagian besar group A, memproduksi kapsul yang terdiri dari
asam hialuronat (polisakarida alami yang menyusun jaringan ikat,
f(x) = menstabilkan struktur interseluler dan membentuk matriks
fluida untuk tempat pengikatan kolagen dan serat elastik).
Organisme Khas
– Kapsul tersebut menghambat fagositosis.
– Streptococci yang tumbuh dalam blood culture menunjukkan cocci
gram-positive dalam bentuk rantai.
– Dinding sel Streptococcus pyogenes mengandung protein (M, T,
antigen R), karbohidrat, dan peptidoglikan.
– Sebagian besar tumbuh di media padat sebagai koloni discoid,
Culture biasanya berdiameter 1-2 mm.
– Streptococcus pyogenes adalah β-hemolitik.
– Energi diperoleh dari glukosa dan asam laktat.
Karakteristik – Pertumbuhan pada media padat cenderung buruk, tapi jika
Pertumbuhan diperkaya dengan darah atau cairan jaringan akan lebih baik.
– Pertumbuhan dan hemolisi dibantu oleh inkubasi dalam 10% CO.

– Struktur Antigenik
– Merupakan faktor virulensi utama Streptococcus pyogenes.
– Strukturnya berfilamen, melingkar seperti batang yang memisahkan
M Protein
domain fungsional.
– Ada 2 kelas, yaitu kelas I dan II.
 (1) Protein M kelas I
 Bereaksi silang dengan otot jantung manusia.
(2) Protein M kelas II
 Penentu virulensi untuk demam rematik.

– Toxin dan Enzim

– Diproduksi oleh banyak strain Streptococcus β-hemolitik group
A.
Streptokinase
– Telah diberikan secara intravena untuk pengobatan emboli paru,
arteri coroner, dan thrombosis vena.
– Streptococcal deoxyribonucleases A, B, C, dan D menurunkan
DNases (enzim ekstraseluler yang dapat memotong DNA menjadi
nukleotida yang dapat larut dalam asam) dan mirip dengan
streptokinase yang memfasilitasi penyebaran streptokokus dalam
Deoxyribonucleic
jaringan dengan mencairkan nanah (pus). Campuran streptokinase
dan DNases dalam “debridement enzimatik” membantu
mencairkan eksudat dan memfasilitasi penghapusan nanah dan
jaringan nekrotik.
– Membagi asam hialuronat.
– Hyaluronidase membantu penyebaran mikroorganisme yang
menginfeksi.
Hyaluronidase – Hyaluronidase bersifat antigenik dan spesifik untuk setiap sumber
bakteri.
– Antibodi spesifik akan ditemukan didalam serum, setelah
hyaluronidase diproduksi oleh organisme.
– Menguraikan dua hemoglobin yang tidak hanya melisis
Hemolysins
membrane RBC, tetapi juga merusak berbagai jenis sel lainnya.

– Patogenesis dan Temuan Klinis

(1) Erysipelas
 Jika masuknya lewat kulit, eritema.
(2) Selulitis
 Infeksi akut yang menyebar dengan cepat pada kulit dan
jaringan subkutan. Bisa diakibatkan karena trauma
ringan, luka bakar, sayatan bedah.
(3) Necrotizingfasciitis (streptococcalgangrene)
Penyakit yang dapat
 Nekrosis yang luas dan sangat cepat menyebar pada
disebabkan oleh
kulit, jaringan, dan fasia.
Invasi Streptococcus
 Terkadang disebut bakteri pemakan daging.
pyogenes, β-hemolitik
(4) Demam Nifas
group A
 Jika masuk kedalam Rahim setelah melahirkan, demam
nifas berkembang.
 Merupakan septicemia yang berasal dari luka yang
terinfeksi (endometritis).
(5) Bacteremia atau Sepsis
 Infeksi luka traumatis atau bedah, dapat berakibat fatal.
 Dapat terjadi dengan infeksi kulit.
 (1) Radang Tenggorokan Streptococcus
 Bertahan sampai berminggu-minggu.
 Pada remaja dan dewasa, penyakit ini lebih akut dan
ditandai oleh nasofaringitis, tonsillitis, kemerahan dan
Penyakit yang
edema pada selaput lendir purulent (warnanya kuning
disebabkan Infeksi
kehijauan), dan biasanya demam tinggi.
lokal
(2) Pioderma Streptococcus
 Infeksi local pada lapisan kulit superfisial, terutama pada
anak-anak (disebut impetigo).
 Merupakan lepuhan kecil berisi nanah.
(1) Glomerulonefritis Akut
 Terjadi setelah infeksi Streptococcus pyogenes.
 Onsetnya selama 1-5 minggu setelah infeksi
Penyakit Streptococcus pyogenes (pyoderma, impetigo) atau
Poststreptococcus faringitis.
(Demam rematik, (2) Demam Rematik
Glomerulonefritis)  Terjadi setelah infeksi Streptococcus pyogenes.
 Paling parah dapat menyebabkan kerusakan otot jantung
dan katup.
 Onsetnya selama 1-5 minggu

 Aureus
– Class: Bacilli
Family: Streptococcaceae
Genus: Staphylococcus
Species: Staphylococcus aureus
Filum: Firmicutes

– Morfologi dan Struktur

– Gram-positive dan teratur dan tersusun seperti bola biliar.
– Dinding selnya terdiri dari peptidoglikan, serta molekul asam ribitol-teichoic.
– Dinding selnya dilapisi oleh protein A, yang berfungsi untuk berikatan dengan Fc dari
molekul IgG.

– Karakteristik untuk Identifikasi dan Subtyping

– Setelah diinkubasi selama 24 jam pada blood agar, terbentuk koloni putih yang
cenderung berubah warna menjadi keemasan.
– Tes yang paling penting untuk membedakan Staphylococcus aureus lainnya adalah
produksi koagulase  berikatan dengan prothrombin (tanpa bantuan enzim)  fibrin
(dalam beberapa jam).

– Toxin dan Aktivasi Aktif secara Biologis

– Protein yang melisiskan membrane sitoplasma dengan
Α-Toxin penyisipan langsung ke dalam bilayer lipid untuk membentuk
pori-pori transmembrane.
– Menyebabkan pemisahan epidermis antar sel pada stratum
Exfoliatin
spinosum dan stratum granulosum.
 Superantigen Toxin – Merangsang sel T dan makrofag untuk melepaskan sitokin yang
Pirogenik (PTSAg) banyak.
Enterotoksin – Merangsang gejala GI (terutama vomiting) pada manusia hewan
Stafilokokus dan manusia.
Toxic Shock
– Merangsang pelepasan sitokin.
Syndrome Toxin-1
– Memiliki efek langsung pada sel endotel.
(TSST-1)

– Epidemiologi
– Habitatnya adalah pada anterior nares.
– Dapat berkolonisasi ditempat lain, seperti perineum.
– Terjadi karena buruknya kebersihan.
– Terjadi karena infeksi kulit berulang akibat dari pemakaian pakaian yang
terkontaminasi oleh nanah (pus) pada infeksi sebelumnya.
– Paling umum terjadi pada pasien yang telah menjalani prosedur bedah.

– Patogenesis
– Tahap awal kolonisasi Staphylococcus aureus mediasi oleh
sejumlah protein permukaan.
Infeksi Primer
– Umumnya, memiliki infektivitasnya rendah, kecuali jika adanya
akses untuk memulai infeksi (ex. Trauma).
(15) Macam-macam transmisi penyakit (Sherris Microbiology 4th Ed., Page 188)

(17) Virus (5 terbanyak) yang paling sering menyerang saluran pernapasan atas (Transmisi, Struktur,
Komposisi, Klasifikasi, Replikasi, Virulensi faktor)
1. Adenovirus
 Struktur – Diameter: 70-90 nm
dan – Bentuk: Simetri icosa-hedral
Komposisi – Kapsidnya terdiri dari 252 kapsomer
– Tidak ada envelope
– Genom: DNA linier dan beruntai ganda
Klasifikasi – Terbagi menjadi 7 kelompok (A-G)
(Tabel 32-2)

Replikasi (1) Attachment Virus

 Virus menempel pada sel melalui struktur serat  Reseptor CAR
(coxsackie-adenovirus receptor)  …
(2) Penetrasi
 Virus diserap dan dibawa kedalam endosome ke sitosol (5 menit) yang
dipicu oleh pH asam endosome  Diangkut oleh microtubules dari
sitoplasma ke nucleus  …
(3) Uncoating
 Dimulai dalam sitoplasma dan diselesaikan dalam nucleus (dengan
pelepasan DNA virus)  memecah interaksi stabilisasi yang terbentuk
selama pematangan partikel virus
Transmisi – Epithelial cells of
(a) The Respiratory tract
(b) The Eye
(c) The GI tract
(d) The Urinary tract
Virulensi
Faktor

2. Rhinovirus
Struktur dan – Diameter: 28-30 nm
Komposisi – Bentuk: Icosahedral
– Protein kapsid: VP1 dan VP3
– Envelope: tidak ada
– Genom: RNA
Klasifikasi (1) Kelompok besar  Molekul adhesi interselular-1 (ICAM-1) reseptor
(2) Kelompok kecil  Reseptor lipoprotein densitas rendah
 Masa – Singkat (1-4 hari)
Inkubasi – Acute (7 hari)
Temuan – Batuk tidak produktif (tidak berdahak)
Klinis – Bersin
– Hidung tersumbat
– Keluar cairan dari hidung
– Sore throat
– Headache
– Malaise
– Menggigil
Transmisi (a) Kontak (tangan ke tangan ; tangan ke mata ; tangan ke objek)
(b) Inhalasi
Virulensi
Faktor

3. Picornavirus
Struktur dan – Diameter: 28-30 nm
Komposisi – Bentuk: Simetri icosahedral
– Kapsid: 60 subunit
– Tidak ada envelope
– Genom: RNA; 7,2 kb – 7,4 kb – 8,4 kb
Klasifikasi – Mengandung 12 genera, termasuk:
(a) Enterovirus (enterovirus dan rhinovirus)
(b) Hepatovirus (virus hepatitis A)
(c) Kobuvirus (virus Aichi)
(d) Parechovirus (parechoviruses)
(e) Cardiovirus (cardiovirus)
(f) Aphtho-virus (virus penyakit kaki dan mulut)
Replikasi

Transmisi
Virulensi
Faktor

4. Coronavirus
Struktur dan – Diameter: 120-160 nm
Komposisi – Kapsid: Nucleocapsid, 9-11 nm
– Envelope: Widely-space
– Genom: RNA
Klasifikasi – Arteriviridae
– 2 subfamili  Corona-virinae dan Torovirinae
– 6 genus  Alphacoronavirus, Betacoronavirus, Gammacoronavirus,
Deltacoronavirus, Bafinivirus, dan Torovirus.
– Ada enam coronavirus yang dapat menginfeksi manusia, alpha coronaviruses
229E dan NL63 dan beta coronaviruses OC43, HKU1, SARS-CoV, dan MERS-
CoV.
Replikasi Coronsvirus menempel pada reseptor di sel target  Ada 2 cara untuk memasuki
membrane, yaitu: (1) Endositosis dari Coronavirusnya dan (2) Fusi dari partikelnya
 Uncoating / translasi RNA  RNA Polimerase  Transkripsi dan Replikasi
RNA Komplementer  Molekul RNA baru disintesis di Sitoplasma  . . .

Transmisi – Oral (makanan)  Hewan, ex. Kelelawar, Musang

Virulensi
Faktor

5. Influenza virus
Struktur dan – Diameter: 80-120 nm
Komposisi – Bentuk: Spherical, Pleomorphic
– Kapsid: helical nucleocapsid, 9 nm
– Envelope: mengandung viral hemagglutinin dan Neuraminidase protein
– Genom: RNA
Klasifikasi – Influenza A  manusia dan hewan
– Influenza B  manusia
– Influenza C  manusia, kerang, dan babi
Replikasi Virus menempel pada membrane sel di asam sialat melalui reseptor di HA 
Internalisasi kedalam endosome secara endositosis  Envelope fusi ke membrane
dengan dipengaruhi oleh pH rendah  Uncoating, nukleocapsidnya lepas ke
sitoplasma  mRNA  replikasi di nucleus oleh bantuan protein polymerase 
RNA(-) tidak bisa langsung ditranskripsi, harus diubah menjadi RNA(+) 
Nucleocapsid migrasi ke sitoplasma  migrasi ke Retikulum Endoplasma kasar 
sistesis glikoprotein, HA, NA  terbentuk virus baru  eksositosis dengan bantuan
NA, supaya tidak terjadi agregasi
Transmisi – Airborne droplets
– Kontak dengan tangan yang terkontaminasi
Temuan – Menggigil
Klinis – Headache
– Dry cough
– Demam tinggi
– Nyeri otot
– Malaise
– Anorexia
– Pneumoniae
– Reye’s Syndrome
Virulensi
Faktor