LINDA TIMORITA HAMZAH / 1810305014

Pertemuan 3: Topik 2. DNA Replication Prokaryotes

RESUME
Sintesis DNA pada replikasi DNA terjadi pada 2 untai DNA di masing-masing garpu
replikasi. Untaian komplementer a heliks ganda memiliki polaritas yang belawanan. Sintesis
terjadi pada ujung 5’ ke ujung untai 3’ lainnya. dan berdasar hasil eksperimen menunjukkan
bahwa semua sintesis DNA terjadi di arah 5’-3’. Model replikasi tersebut dikemukakan oleh
Watson dan Crick berdasarkan perpasangan komplementer antara dua untai double helix DNA

(semikonservatif). Replikasi DNA terjadi secara semikonservatif, dimulai dari titik permulaan
yang khas, dan biasanya terjadi dalam dua arah dari setiap titik permulaan (origin). Dalam hal
ini didasarkan pada perpasangan komplementer dobel helix DNA. Untaian DNA guanin
dengan sitosin; timin dengan adenin.
Enzim yang mengkatalisis replikasi DNA adalah DNA polimerase dengan membentuk
primer DNA untuk memulai untai baru. DNA Polimerase mengkatalisis penambahan dTMP
(prekusor dTTP) ke ujung 3 rantai DNA dengan melepas satu molekul satu molekul pirofosfat
(P2O7). Pada ujung 3 memiliki rantai hidroksil bebas untuk menghubungkan dengan basa
nitrogen yang baru.
 Replikasi prokariotik dapat dicontohkan pada E.coli yang memiliki molekul DNA
memutar yang dimulai dari titik ori yang berlangsung 2 arah. Sintesis DNA pada untai pertama
bersifat kontinyu sedangkan di untai yang lain secara fisik berlawanan akan tetapi berjalan dari
untai arah 5’ ke 3’ secara terputus-terputus. Sintesis yang kontinyu membentuk leading strand
dan sintesis membentuk lagging strand yang terputus-putus ini disebut dengan fragmen
okazaki.

Mode replikasi DNA terputus berasal dari studi dimana sintesis dna diberi label
radioaktif dengan menumbuhkan E.coli yang terinfeksi bakteriofag T4 dalam waktu yang
sangat singkat. Ditermpatkan pada medium yang mengandung 3H-timin sebagai label
kemudian diisolasi, didenaturasi, dan dikarakterisasi dengan megukur kecepatan sedimentasi
tinggi melalui gradien sukrosa. Ketika sel E.coli diberi label denyut nadi selama 5, 10, atau 30
detik, label tersebut dapat ditemukan dalam fragmen kecil DNA yang panjangnya 1000-2000
nukleotida. Fragmen tersebut dinamai fragmen Okazaki.hasil eksperimen ini penting karena
menujukkan fragmen okazaki adalah perantara sejati dalam replikasi DNA dan bukan jenis
produk sampingan.
Jika lagging strand DNA disintesis secara terputus putus, maka diperlukan mekanisme untuk
menghubungkan fragmen okazaki yaitu dengan enzim DNA ligase untuk menghubungkan
bagian yang terputus. DNA ligase E.coli menggunakan NAD sebagai kofaktor tapi ada juga
yang menggunakan ATP sebagai kofaktor. AMP dari perantara ligase-AMP membentuk
huungan fosforester dengan 5-fosfat dan kemudian nukleofilik dirusak oleh 3-OH pada DNA-
proksimal menghasilkan hubungan fosfodiester antara nukleotida yang berdekatan dengan
loksi torehan. Celah diisi dan ditutup hanya dengan aksi gabungan DNA polimerase dan DNA
ligase.
Replikasi DNA pada prokariotik terdapat beberapa perbedaan seperti DNA polimerase tipe 1
untuk mengisi celah dan sintesis lagging strand. Tipe 2 untuk cetakan dan perbaikan dan tipe
3 untuk sintesis leading strand. Pada prokariotik sintesis DNA terjadi langsung dalam sel
karena tidak memiliki nukleus.