LAPORAN PRAKTIKUM

BIOINFORMATIKA

Disusun Oleh:

Habibah Zam Zamia G34189501

DEPARTEMEN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
2020
Diketahui urutan asam amino dari suatu protein dari FASTA sebagai berikut:
MGHHHHHHSHMSWYHRDLSRAAAEELLARAGRDGSFLVRDSESVAGAFALCVLY
QKHVHTYRILPDGEDFLAVQTSQGVPVRRFQTLGELIGLYAQPNQGLVCALLLPV
Jumlah Sequence = 109
Bagaimana cara menghitung persentase dalam setiap satuan asam aminonya?
1. Menghitung persentase setiap urutan asam aminonya. Misalkan jumlah alanin (A)
Contoh rumus dalam codingannya:
A= seq.count("A")
print("jumlah A (alanin): ",A)
print( 'Persentase: ', round( A / len(seq) * 100, 5) , '%' )

2. Bagaimana cara kerja perhitungannya?

Dengan cara dibagi dengan jumlah seluruh asam aminonya.
print( 'Persentase: ', round( A / len(seq) * 100, 5) , '%' )

3. Berapa persentase dalam setiap asam aminonya?

- Alanine : 11%
- Methionine : 2%
- Histidine : 10%
- Glycine : 9%
- Serine : 7%
- Tryptophan : 1%
- Tyrosine : 4%
- Arginine : 8%
- Leucine : 15%
- Aspartic acid : 5%
- Glutamic acid : 5%
- Phenylalanine : 4%
- Valine : 9%
- Cysteine : 2%
- Glutamine : 6%
- Lysine : 1%
- Threonine : 3%
- Asparagine : 1%
- Isoleucine : 1%

4. Bagaimana cara membaca File FASTA?

Diawali dengan mendownload filenya di website https://www.rcsb.org/ lalu file
tersebut disimpan bersamaan file praktikum pada aplikasi Phycharm project.
Selanjutnya memasukan codingan sesuai tujuan.