TUGAS MATA KULIAH KIMIA KOMPUTASI

Makalah Aplikasi JMol

HASRILIA BESJARA

1713441008

ICP OF CHEMISTRY EDUCATION

JURUSAN KIMIA

PROGRAM STUDI PENDIDIKAN KIMIA

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM

UNIVERSITAS NEGERI MAKASSAR

2020
 BAB I
PENDAHULUAN
A. Latar Belakang

Di alam ini terdapat bermacam-macam senyawa kimia. Senyawa kimia yang

terdapat di alam ini mempunyai beragam bentuk yang sangat unik, bahkan
terkadang senyawa kimia mempunyai bentuk molekul yang cukup rumit untuk
digambarkan. Teknologi kini memiliki perkembangan yang sangat pesat yang
terjadi di dunia termasuk perkembangan dalam ilmu pengetahuan, di mana semua
orang berlomba-lomba membuat alat yang dapat memudahkan melakukan sesuatu.
Teknologi yang ada saat ini memungkinkan manusia tidak perlu lagi datang
kehadapan dosen untuk mengumpulkan tugas, cukup dengan mengupload atau
mengirim tugas melalui e-mail atau lainnya menggunakan koneksi internet.
Kemajuan tersebut juga mengharuskan manusia untuk mengikuti
perkembangannya, termasuk juga di kimia. Membuat struktur senyawa kini tidak
harus dilakukan dengan cara menulis di kertas secara manual. Struktur kimia dapat
dibuat menggunakan software yang menyediakan layanan untuk menggambar
struktur sehingga kemudian dapat dikirim melalui internet. Salah satu software
yang dapat diunduh secara gratis atau freeware adalah JMol.
JMol adalah software visualisasi struktur molekul dalam bentuk tiga dimensi
yang ditulis dengan program Java. Fitur yang dimiliki software ini adalah membaca
berbagai jenis file input dan output dari program-program kimia kuantum seperti
VASP, serta animasi file multi-frame dan modus normal yang dihitung dari
program kuantum.
JMol merupakan aplikasi yang gartis, merupakan penampil strukutur molekul
tiga dimensi (molecule viewer) yang dapat digukan secara bebas oleh siapapun
yang menekuni bidang kimia dan biokimia. Aplikasi ini merupakan cross-platform,
yakni dapat berjalan di sistem operasi Windows, Mac OS X, dan Linux / Unix. Fitur
yang dimilikinya di antaranya membaca berbagai jenis file dan output dari program
kimia kuantum, dan animasi file multi-frame.
B. Rumusan Masalah
1. Apa itu aplikasi JMol?
2. Apa kegunaan dari aplikasi JMol?
3. Fitur-fitru apa yang terdapat pada aplikasi JMol?
4. Bagaimana cara menggunakan aplikasi JMol?
5. Apa kelebihan dan kekurangan aplikasi JMol?

C. Tujuan Masalah
1. Untuk mengetahui pengertian aplikasi JMol
2. Untuk mengetahui kegunaan dari program aplikasi JMol
3. Untuk mengetahui bagaimana menggunakan aplikasi JMol
4. Untuk mengetahui kelebihan dan kekurangan aplikasi JMol
 BAB II
PEMBAHASAN
1. Pengertian aplikasi JMol
JMol adalah perangkat lunak komputer bagi pemodelan molekul struktur
kimia dalam 3-dimensi. JMol menampilkan representasi 3D dari molekul yang
dapat digunakan sebagai alat pengajaran, atau untuk penelitian seperti, dalam
kimia dan biokimia. Perangkat lunak ini ditulis dalam bahasa pemrograman
Java, sehingga dapat beroperasi pada sistem operasi Windows, macOS, Linux,
serta Unix, jika Java telah terpasang. Perangkat ini bersifat bebas dan bersumber-
terbuka yang dirilis di bawah GNU Lesser General Public License (LGPL) versi
2.0. Terdapat aplikasi mandiri dan perangkat lunak pengembangan (SDK) yang
dapat diintegrasikan ke dalam aplikasi Java lainnya, seperti Bioclipse dan
Taverna (Wikipedia, 2020).
JMol adalah software visualisasi struktur molekul dalam bentuk tiga
dimensi yang ditulis dengan program Java. Fitur yang dimiliki software ini
adalah membaca berbagai jenis file input dan output dari program-program
kimia kuantum seperti VASP, serta animasi file multi-frame dan modus normal
yang dihitung dari program kuantum.
JMol merupakan aplikasi yang gartis, merupakan penampil strukutur
molekul tiga dimensi (molecule viewer) yang dapat digukan secara bebas oleh
siapapun yang menekuni bidang kimia dan biokimia. Aplikasi ini merupakan
cross-platform, yakni dapat berjalan di sistem operasi Windows, Mac OS X, dan
Linux / Unix. Fitur yang dimilikinya di antaranya membaca berbagai jenis file
dan output dari program kimia kuantum, dan animasi file multi-frame
(Kharisma, 2020)
2. Kegunaan aplikasi JMol.
Kegunaan JMol ialah sebagai sumber terbuka untuk struktur kimia tiga
dimensi, dengan fitur untuk bahan kimia, kristal, material, dan biomolekul. J
Smol adalah implementasi JMol yang berfungsi penuh yang tidak memerlukan
Java dan berjalan di browser web modern (HTML5). Itu termasuk Firefox,
Chrome, Opera, MSIE (9+), dan Safari di Apple MacOS dan iOS (iPad dan
 iPhone). Performa mungkin sedikit lebih lambat daripada Java, tetapi sangat
cepat untuk JavaScript (JMol Jsmol, 2018).

3. Fitur-fitur JMol

Fitur JMol:

• Komponen Integrasi Applet, Aplikasi, dan Sistem:

➢ JMolApplet adalah applet browser web yang dapat diintegrasikan ke

dalam halaman web. Ini sangat ideal untuk pengembangan
courseware berbasis web dan database kimia yang dapat diakses
web. JMolApplet menyediakan jalur peningkatan untuk pengguna
plug-in Chime.

➢ Aplikasi JMol adalah aplikasi Java mandiri yang berjalan di desktop.

➢ JMolViewer dapat diintegrasikan sebagai komponen ke dalam

aplikasi Java lainnya.

• Rendering 3D kinerja tinggi tanpa persyaratan perangkat keras.

• Mendukung berbagai format file molekuler:

➢ MOD – MDL / Elsevier / struktur Symyx (versi klasik V2000).

➢ V3000 – struktur MDL / Elsevier / Symyx (versi baru V3000).

➢ Struktur SDF – MDL / Elsevier / Symyx (beberapa model).

➢ CTFile – MDL / Elsevier / tabel kimia Symyx (generik).

➢ CIF – File Informasi Kristalografi – standar dari International Union of

Crystallography.

➢ mmCIF – File Informasi Kristalografi Macromolecular – standar dari

International Union of Crystallography.

➢ CML – Bahasa Markup Kimia.

➢ PDB – Bank Data Protein – Kolaborasi Penelitian untuk Bioinformatika

Struktural.

➢ XYZ – format XYZ, file XMol – Minnesota Supercomputer Institute.

➢ XYZ + vib – Format XYZ dengan tambahan informasi vektor getaran.

➢ XYZ-FAH – format XYZ untuk Lipat @ home.

➢ MOL2 – Sybyl, Tripos.

➢ Alkimia – Tripos.

➢ CSF – Fujitsu CAC, struktur kimia, sekarang Fujitsu Sygress.

➢ GAMES – Umum Atom dan Molekul Sistem Output Struktur

Elektronik (baik varian AS dan Inggris) – Gordon Research Group,
Iowa State University.

➢ Gaussian – Gaussian 94/98/03 output – Gaussian, Inc.

➢ Cube – Gaussian, Inc.

➢ Ghemical – Paket kimia komputasi Ghimia.

➢ MM1GP – File mekanika molekul yang bersifat kimiawi.

➢ File HIN – IN / HIV dari HyperChem – Hypercube, Inc.

➢ Jaguar – Schrodinger, LLC.

➢ MOLPRO – Output Molpro.

➢ Output MOPAC – MOPAC 93/97/2002 (domain publik).

➢ MGF – MOPAC 2007 (v.7.101) output graphf (domain publik).

➢ NWCHEM – Output NWChem – Laboratorium Nasional Barat Laut

Pasifik.

➢ odydata – Data Odyssey – WaveFunction, Inc.

➢ xodydata – Odyssey data XML – WaveFunction, Inc.

➢ QOUT – Q-Chem, Inc.

➢ SHELX – Departemen Kimia Struktural, Universitas Göttingen

(Jerman).

➢ SMOL – data Spartan – Wavefunction, Inc.

➢ spinput – Data Spartan – Wavefunction, Inc.

 ➢ Format GRO – Gromos87 dari GROMACS.

➢ PQR – Format pdb yang dimodifikasi termasuk biaya dan radius.

➢ Kuning – Paket Amber dari program simulasi molekuler.

➢ JME – Editor Molekuler Java – Peter Ertl.

➢ CASTEP – Paket perangkat lunak CASTEP, menggunakan teori

fungsional kerapatan.

➢ FHI-bertujuan – Teori struktur elektronik penuh potensi / semua

elektron dengan orbital lokal – Fritz-Haber-Institut der Max-Planck-
Gesellschaft.

➢ Paket simulasi VASP – VASP / VAMP / Vienna ab-initio.

➢ DGrid – Miroslav Kohout, Max-Planck Institute.

➢ ADF – output ADF – Amsterdam Density Functional.

➢ XSD – Accelrys Material Studio.

➢ AGL – ArgusLab.

➢ DFT – Wien2k.

➢ AMPAC – Output AMPAC – Semichem, Inc.

➢ WebMO – Antarmuka WebMO untuk paket kimia komputasi.

➢ Molden – Kerapatan elektron / orbital molekul.

➢ PSI3 – Output file dari paket PSI3 program kimia kuantum.

➢ CRYSTAL – Keluaran file dari CRYSTAL, alat komputasi untuk kimia

dan fisika keadaan padat. Grup Kimia Teoritis, Univ. Torino, Italia.

• Animasi.

• Getaran.

• Permukaan.

• Orbit.

• Dukungan untuk unit sel dan operasi simetri.

 • Bentuk skematis untuk struktur sekunder dalam biomolekul.

• Pengukuran:

➢ Jarak.

➢ Sudut.

➢ Sudut puntir.

• Dukungan untuk bahasa scripting RasMol / Chime.

• Pustaka dukungan JavaScript (JMol.js).

• Ekspor ke jpg, png, gif, ppm, pdf, POV-Ray, Gaussian, Maya, vrml, x3d,
idtf, halaman web.

• Sepenuhnya internasional – Multi-bahasa:

➢ Diterjemahkan ke dalam banyak bahasa: Catalan (ca), Cina (baik

zh_CN dan zh_TW) Ceko (cs), Belanda (nl), Prancis (fr), Jerman (de),
Hongaria (hu), Italia (it), Korea (ko) ), Portugis – Brasil (pt_BR),
Spanyol (es), Turki (tr), (selain bahasa Inggris Amerika asli, en-AS,
dan Inggris Inggris, en-GB).

➢ Secara otomatis mengadopsi bahasa sistem operasi pengguna, jika itu

adalah salah satu terjemahan yang tersedia.

(Blogchem, 2019).

4. Menggunakan aplikasi JMol

Untuk memulai menggunakan JMol pertama-tama tentu kita buka aplikasi
JMol, diaman tampilan awal aplikasi ini adalah sebagai berikut :
Pada tulisan kali ini, untuk memudahkan penjelasan tentang JMol, saya akan
memberikan contoh dengan membuat model struktur isobutanol.

Untuk pertama kali klik ikon ‘open the model kit’ pada toolbar. pertama-tama
buatlah struktur molekul isobutana yang terdiri dari 4 atom C, 3 rantai induk
dan 1 cabang.

Buat gugus OH untuk membuat isobutanol dengan cara klik kanan rantai atom
C induk terakhir, gantilah atom C dengan atom O. klik pada atom C tersebut
dan tarik hingga muncul aatom H berwarna merah.
Kita juga dapat merubah warna background sesuai dengan warna yang kita
sukai dengan cara klik pada ikon Rotate Molecule, klik kanan pada
background, klik color, kemudian klik background dan pilih warna yang anda
inginkan.

Selain itu dengan aplikasi JMol kita juga dapat melihat molekul yang kita buat
dengan tampilan tertentu seperti tampilan Dot, tampilan Van Der Waals dan
tampilan lainnya dengan cara klik kanan, klik surface dan sesuaikan tampilan
dengan yang dikehendaki.
 Anda juga dapat memberi nama pada gambar yang dibuat dengan cara klik
display-label dan pilih Name untuk menamai unsur tersebut. selain itu kita juga
dapat menamainya dengan nomer. Pada aplikasi ini juga dapat menghitung
jarak antar atom.

Anda juga dapat memutar gambar untuk mendapatkan sudut pengamatan

tertentu dengan cara klik kanan pada background lalu klik spin.

5. Kelebihan dan Kekurangan JMol

a) Kelebihan
1) Gratis
2) Kompatibel dengan OS windows, mac OS X danlinux/unix.
3) Aplikasi mudah didapat atau diperoleh, situsresminya yaitu
http://JMol.sourceforge.net/download/
4) Dapat melihat, memodifikasi senyawa dalam tigadimensi
5) Dapat membaca berbagai jenis file dan output dariprogram kimia
kuantum dan animasi file multi-frame
6) Senyawa yang dibutuhkan mudah karena sudahtersedia di pubchem.
7) Dapat digunakan di Android Tablet
b) Kekurangan
1) Untuk senyawa yang lebih rumitdibutuhkan bahasa pemograman
yang rumit juga
2) Dibutuhkan komputer dengan support java yang kemampuannya
java 1.4 keatas
3) Dibutuhkan koneksi internet untuksenyawa yg belum tersimpan di
database
 DAFTAR PUSTAKA

Blogchem. 2019. https://blogchem.com/2019/12/17/JMol-editor-dan-viewer-

struktur-molekul-kimia/. Diakses pada 9 Oktober 2020.

JMol JsMol. 2020. http://wiki.JMol.org/index.php/Main_Page. Diakses pada 9

Oktober 2020.

Kharisma, Rifda. 2020. http://rifdakimia.blogspot.com/2014/11/tutorial-

JMol.html. Diakses pada 9 Oktober 2020.

Wikipedia. 2020. https://id.wikipedia.org/wiki/JMol. Diakses pada 9 Oktober

2020.