Lembar Notulensi Pertemuan ke 3

“REKAYASA GENETIK” (PART 1)

Defender (Kel.6)

1. Aisyah Khoirunnisa'

2. Desvita Risa

3. Narisa Ika K.

Moderator : Hamdan Fatah Ali (180342618070) (Kel 1)

Notulen : Aziza Fadhilah (180342618018) (Kel. 1)

Hamdan Fatah (Moderator)

Asalamualaikum teman teman perkenalkan saya hamdan fatah ali Perwakilan dari kelompok
satu. Saya ingin memberitahukan untuk diskusi tanya jawabnya dimulai pukul 13.15 ya, untuk
kelompok defender barangkali bisa memberikan rangkuman dari pptnya terlebih dahulu, Terima
kasih 

Aisyah Khoirunnisa' (Presenter)

Assalamualaikum wr  wb

Selamat siang Pak Indra dan Bu Dwi, kami dari kelompok 4 sebagai kelompok defender untuk
materi hari ini, yg beranggotakan

1. Aisyah Khoirunnisa'

2. Desvita Risa

3. Narisa Ika K.

Berikut rangkuman hasil diskusi kelompok kami tentang materi hari ini mengenai
Teknologi DNA Rekombinan

Setiap sel di dalam intinya terdapat materi genetik berupa kromosom terdiri dari untaian-untaian
DNA panjang yang terdiri dari sekuen-sekuen gen. Genom manusia berukuran sebesar 3,234 gbp
(giga base pair) dengan gen yang diperkirakan sebanyak 10-15 kbp. Dan gen anemia sel sabit
sebanyak 1 bp.

DNA Rekombinan adalah proses klon DNA dengan memotong dan menyalin DNA dari sumber
yang berbeda yg bertindak sebagai pengkombinasi DNA atau teknologi yang digunakan untuk
memotong sekuen DNA yang diketahui dari satu organisme dan mengenalkannya ke organisme
lain.

Langkah Dasar Genetic Engineering

DNA yang diisolasi dari sel eukariot atau prokariot dipotong secara kimia oleh enzim retriksi
atau fragmennya disintesis menggunakan PCR. 

cDNA, atau fragmen gen dimasukkan ke dalam sel vektor, selanjutnya proses transformasi sel
inang dengan DNA asing dan optimalisasi ekspresi gen asing lalu sel inang transgenik
memproduksi produk gen asing tsb. 

Isolasi DNA dan Purifikasi

Isolasi DNA diawali dengan tahap penghancuran sel, utamanya dinding sel dan membran sel
(grinding atau secara kimiawi dengan larutan SDS yang ada dalam deterjen) 

Selanjutnya tahap deproteinasi (pembuangan protein) menggunakan larutan fenol. Tahap

selanjutnya pemisahan RNA dengan bantuan RNase. 

Sebagai contoh dlm slide disajikan gambar tahap isolasi DNA pada bakteri lebih tepatnya
plasmid. Protein, fragmen, dan DNA kromosomal didenaturasi menggunakan metode lisis alkali
shg plasmid DNA akan terpisah dari fragmen2 lainnya. Kemudian dilakukan pengendapan
plasmid DNA menggunakan ethanol. Selanjutnya yaitu DNA diikat oleh silika lalu dielusi.
Teknik pemurnian protein yaitu dengan menggunakan larutan EDTA-Lisozim, dapat digunakan 
untuk melarutkan dinding sel bakteri gram negatif, dan juga dengan prinsip density gradient
CsCl menggunakan etbr. DNA plasmid akan terpisah, protein terpisah ke ujung tabung, RNA
terpisah ke dasar tabung, lalu plasmid DNA diambil menggunakan syringe

Prosedur untuk persiapan DNA total dari kultur sel bakteri dapat dibagi menjadi empat
tahap:

1. Kultur bakteri ditanam, yang kemudian akan dipanen.

2. Sel-sel tersebut akan dibuka untuk mengeluarkan isinya, Sel dilisiskan dengan metode fisik.
(penghancuran) dan kimia (menggunakan lisozim, EDTA, SDS, atau CTAB) 

3. Ekstrak sel ini selanjutnya akan diolah untuk menghilangkan semua komponen kecuali
DNA( dg fenol, kloroform, enzim digesti, dsn RNase) 

4. Larutan DNA yang dihasilkan terkonsentrasi. Pemisahan DNA dari RNA dilakukan dengan
metode ion-exchange chromatography DNA diikat ke silika dengan bantuan perubahan
konsentrasi garam, lalu dielusi untuk memperoleh DNA

Ethanol Precipitation

Endapan DNA yang dihasilkan pekat, pengukuran konsentrasi DNA menggunakan UV

spektrofotometri (DNA 260 nm dan protein 280 nm)

• Ekstraksi dan pemurnian plasmid melibatkan strategi umum yang sama seperti persiapan DNA
sel total. Namun perbedaannya hanya dalam pada proses pemisahan DNA cutting

• Enzim restriksi mengikat pada situs pengenalan spesifik pada DNA dan memotong untaian
DNA. 

Restriction enzyme

Perbedaan situs pembelahan / pemisahan fragmen menentukan tipe enzim restriksi

Tipe 1: memotong untai DNA pada 1000 atau lebih pasangan basa dari sekuen pengenalan

Tipe 2: memotong DNA di tengah sekuen pengenal  (blunt end dan sticky end)
Ligasi DNA

Fragmen sekuen yang akan dimasukkan ke sel inang, ditempel ke DNA sel inang dengan
bantuan enzim DNA ligase.

Hamdan Fatah (Moderator)

Terimakasih atas rangkumannya kelompok defender, dipersilahkan para audiens untuk bertanya
kepada kelompok defender, untuk mekanismenya , audiens yang ingin bertanya menyebutkan
nama, nim, dan nama kelompoknya, kemudian langsung bertanya kepada tim defender, untuk
sesi pertama dipilih 3 penanya pertama yang bertanya yang paling cepat di sipejar. setelah cukup
3 penanya, mohon agar tidak bertanya lagi dan menunggu sesi selanjutnya terima kasih

Pertanyaan

1. Fika Cahya (Penanya 1): Saya Fika Cahya Lovely ijin bertanya, apakah ada perbedaan
tahapan maupun buffer yang digunakan dalam purifikasi DNA sel tumbuhan dan hewan,
mengingat karakter fisik dan kimiawi jaringan tumbuhan berbeda dengan jaringan hewan,
yaitu adanya dinding sel dan metabolit sekunder? Terima kasih.
Jawaban :
a. Aisyah Khoirunnisa (Defender) : akan menjawab pertsnyaan sdri Fika, Ada
perbedaan teknik isolasi jaringan tumbuhan dan hewan. Terkait peebedaan
struktur sel pada sel tumbuhan dan hewan terutama pada ada tidaknya dinding sel.
Pada isolasi DNA tumbuhan, teknik penghancuran selnya dilakukan dalam
kondisi beku yaitu dengan menggunakan nitrogen cair untuk menjaga jaringan
tetap beku selama proses penumbukan atau grinding. Sekanjutnya digunakan juga
teknik spin down  atau penyaringan utuk mengendapkan serpihan dinding sel.
Sehingga floethrough nya akan bersih dari dinding sel kemudian untuk jaringan
hewan teknik penghancuran selnya bisa dilakukan dengan pencacahan saja tidak
perlu nitrogen cair, karena struktur selnya mudah hancur dibanding sel tumbuhan
dan penambahan larutan enzimatik untuk melisiskan selnya, terimakasih

Fika Cahya (feedback) : Baik terima kasih atas jawabannya, saya ijin memberikan
feed back. Bagaimana dengan buffer yang digunakan dari kedua jenis purifikasi DNA
tersebut. Apakah dalam purifikasi DNA pada sel tumbuhan perlu menggunakan
buffer khusus untuk mengeliminasi metabolit sekunder yang ada pada sel tumbuhan.
Sehingga DNA yang dihasilkan nantinya tidak terkontaminasi atau dalam artian lebih
(pure)

b. Thania Ayu Pramesty : (180342618029), izin menanggapi terkait pertanyaan

saudari Fika. Saya akan menyebutkan larutan yang digunakan ketika tahap
purifikasi DNA dalam proses isolasi DNA jaringan hewan dan tumbuhan dimana
terdapat perbedaan. Mereview kembali praktikum Isolasi DNA pada MK TABM
semester 4. Larutan Isolasi DNA Jaringan Hewan, diantaranya ada: Lysis Buffer,
Washing Buffer, dan Nuclease Free Water. Untuk larutan Isolasi DNA Jaringan
Tumbuhan, diantaranya ada: Buffer PL3, Buffer PC, Buffer PW1, Buffer PW2,
Buffer PE. Larutan tersebut yang digunakan dalam tahap pemurnian. Untuk
larutan Digestion Solution masuk ke tahap Preparasi.
c. Yunita Rosiana Delvi : (180342618005) dari kelompok 1. Ingin mnembahkan
jawaban untuk Sdri Fika. Proses ekstraksi protein dari sel atau jaringan hewan
cenderung lebih sederhana dan mudah karena struktur dari membran sel yang
tidak terlalu sulit untuk dihancurkan sedangkan untuk melakukan ekstraksi
protein yang berasal dari tanaman lebih sulit, karena tanaman mengandung
banyak protease dan senyawa pengganggu seperti polisakarida, lipid, polifenol,
dan metabolit sekunder yang lainnya (Lledías, et al. 2017 & Rodrigues, et al.
2012). Jadi untuk jaringan hewan tidak perlu diberi nitrogen cair yang mudah
menguap itu, sedangkan jaringan tumbuhan harus dihancurkan menggunakan
nitrogen cair di dalam mortar. Untuk langkah dari purifikasi DNA-nya sama.
Namun berdasarkan literaratur yang saya baca bahwa DNA yang diisolasi dari
tanaman sering kali terkontaminasi oleh polisakarida dan metabolit sekunder
seperti tanin, pigmen, alkaloid dan flavonoid, sehingga diperlukan cara untuk
menghindari hal di atas. Teknik yang digunakan dalam percobaan kali ini adalah
kombinasi penambahan antioksidan polivinilpolipirolidon (PVPP) dan
mercaptoethanol pada buffer ekstraksinya. Dengan kombinasi ini dihasilkan
kualitas DNA yang baik. PVP dan mercaptoethanol akan mereduksi senyawa-
senyawa fenolik yang keberadaannya dapat merusak kualitas DNA. Penggerusan
 secara langsung sampel segar tanpa penyimpanan selama semalam dan tanpa
penggunaan nitrogen cair (yang diketahui sangat membantu untuk
menghancurkan jaringan dan melindungi DNA dari degradasi oleh enzim DNase)
tetapi hasil yang diperoleh sangat memuaskan yang ditandai dengan kualitas DNA
yang utuh dan murni. Jadi pengganti dari nitrogen cair pada saat penggerusan
jaringan tumbuhan ialah cukup ditambahkan 0,5 ml buffer ekstraksi CTAB yang
mempunyai fungsi untuk melisiskan membran sel dan membran fosfolipid
bilayer.

2. Aziza Fadhilah (Penanya ke 2) : (180342618018) izin bertanya, moderator. Pada

powerpoint dijelaskan mengenai teknologi DNA rekombinan pada bakteri yang memiliki
5 step utama yang salah satunya adalah isolasi dan pemurnian DNA. Seperti yang kita
ketahui bahwa sel bakteri berbeda karakteristiknya dengan sel tumbuhan dan sel hewan,
pertanyaan saya apakah terdapat perbedaan langkah kerja atau larutan yang digunakan
saat melakukan isolasi dan pemurnian DNA antara sel bakteri dan sel tumbuhan/hewan
dan jika ada apa perbedaannya? Terima kasih

Jawaban

a. Aisyah khoirunnisa (Defender) : izin menjawab pertanyaan sdri Azizah, Jadi ada

perbedaan antara teknik isolasi DNA bakteri dengan tumbuhan dan hewan. Pada bakteri,
ada tahapan ekstraksi sel dari kultur bakteri, sementara pada tumbuhan dan hewan
tidak ada. DNA yang diambil adalah plasmid DNA, jadi ada tahapan denaturasi DNA
kromosomal menggunakan metode lisis alkali, sementara pada isolasi DNA tumbuhan
dan hewan, teknik penghancuran dilakukan dengan metode grinding, atau kalau pada
tumbuhan itu teknik pelisisannya digunakan CTAB untuk melisiskan selnya. Terima
kasih.
Aziza Fadhilah (feed back) : Untuk lisis alkali itu berarti menggunakan larutan alkali ya?
b. Aisyah khoirunnisa (Defender) : Betul sdri Azizah, metode lisis alkali menggunakan
larutan alkali kuat seperti SDS (natrium dodesil sulfat) dan basa kuat seperti misalnya
NaOH
c. Arining Rizky Handayani : (180342618035) akan menambahkan jawaban dari
pertanyaan Aziza. Terdapat perbedaan pelarut yang digunakan pada tahap lisis sel atau
 saat sel-sel dibuka untuk melepaskan isinya menggunakan metode kimia. Deterjen yang
biasanya digunakan sebagai pelarut lisis sel hewan adalah deterjen yang bersifat anionik
seperti SDS (Sodium Deodesil Sulfat) atau sarkosil (sodium deodesil sarkosinat).
Sedangkan EDTA digunakan untuk sel bakteri, dan CTAB digunakan untuk sel
tumbuhan. Terima kasih. Semoga bermanfaat.

3. Thania Ayu Pramesty (Penanya 3) : (180342618029), izin bertanya moderator. Ketika

vektor yang dipilih materi genetiknya RNA, apakah bisa dilakukan rekayasa genetika
dengan menyisipkan gen DNA? Jika bisa tolong jelaskan, jika tidak bisa mengapa?
Terimakasih
Jawaban :

a. Aisyah Khoirunnisa' (Defender) : akan mencoba menjawab pertanyaan dari sdri

Tania, Menurut pendapat kelompok kami, penyisipan DNA ke vektor yang materi gennya
adalah RNA tidak bisa dilakukan, karena struktur materi gen yang berbeda. Yang kami
tahu adalah bahwa sebaliknya, penyisipan RNA ke DNA bisa dilakukan. Yaitu dengan
metode reverse transcription menggunakan alat RT-PCR yang bisa mensintesis RNA
menjadi copy-DNA atau cDNA artinya RNA diubah dulu menjadi struktur DNA dalam
bentuk cDNA untuk dapat disisipkan ke DNA target Menurut kami begitu, kurang
lebihnya mohon maaf apa bila ada konsep yg salah, mungkin audiens bisa mengoreksi
dan menambahkan
b. Nadila Sekar Zahida : (180342618074) ingin menambahkan jawaban untuk sdri Thania

Menurut saya tidak bisa karena karena struktur untai dna dengan rna berbeda, sehingga
tidak dapat direkombinasikan

Namun, jika vektornya DNA bisa karena terdapat enzim reverse transcriptases yang
berfungsi membentuk blue-print dari molekul RNA membentuk cDNA (DNA
komplementer). Enzim ini dibuat dari virus RNA yang mengubah genom RNA mereka
menjadi DNA ketika mereka menginfeksi inangnya. Enzim ini biasa dipakai ketika
bertemu dengan gen eukariotik yang biasanya terpisah-pisah menjadi potongan kecil dan
dipisahkan oleh introns dalam kromosom.
 c. Aziza Fadhilah : Saya ingin menambahkan jawaban dari pertanyaan Thania, menurut
saya bisa jika RNA  diubah dahulu menjadi double strain sehingga menjadi cDNA.
Dalam genetika , DNA pelengkap ( cDNA ) adalah DNA yang disintesis dari RNA untai
tunggal (misalnya  mRNA  atau mikroRNA (miRNA)) dalam reaksi yang dikatalisis oleh
enzim reverse transcriptase. cDNA sering digunakan untuk
mengkloning gen eukariotik pada prokariota .

 Ketika ilmuwan ingin mengekspresikan protein tertentu dalam sel yang biasanya tidak

mengekspresikan protein tersebut (yaitu ekspresi heterolog ), mereka akan mentransfer
cDNA yang mengkode protein tersebut ke sel penerima atau vektor. Jika hanya 1 untai
saja tidak bisa menurut yang saya tau karena seperti yang telah dijelaskan oleh defender

4. Nur Hamid Fuadi (Penanya 4) : (180342618054) ingin bertanya, apakah dimungkinkan

proses DNA-cutting menggunakan enzim restriksi terjadi dalam satu lingkungan yang sama
dengan proses pelekatan DNA menggunakan enzim ligase?

Jawaban :

a. Desvita (Defender) Baik terimaksih atas pertanyaan. Saya Desvita dari kelompok
defender ingin mencoba menjawab pertanyaan dari sdra. Fuadi. DNA ligase merupakan
enzim yang mengkatalisis pembentukan ikatan fosfodiester antara ujung 5’-fosfat dan 3’-
hidroksil pada DNA yang mengalami nick. Nick pada DNA dapat terjadi pada saat
replikasi DNA, rekombinasi dan kerusakan. Secara biologis, DNA ligase diperlukan
untuk menggabungkan fragmen Okazaki saat proses replikasi, menyambung potongan-
potongan DNA yang baru disintesis, serta berperan dalam proses reparasi DNA. Oleh
karena itu pentingnya peranan DNA ligase, sekarang ini telah dikembangkan obat
antibakterial yang menginhibisi DNA ligase. Dengan diinhibisinya DNA ligase,
diharapkan kromosom menjadi terdegradasi dan sel akan mati. DNA ligase merupakan
enzim yang sangat berguna baik di dalam sel, maupun di luar sel. Untuk penggunaan di
luar sel, penggabungan dengan enzim restriksi telah membuat terobosan baru di bidang
teknologi DNA rekombinan. Enzim restriksi diibaratkan seperti gunting yang
memungkinkan kita untuk memotong DNA di tempat yang spesifik. Kemudian DNA
 ligase berperan sebagai lem yang menyambung DNA yang telah terpotong sehingga
menjadi DNA yang fungsional. Terimakasih

5. Nadya Nur Oktaviani (Penanya 6) : ingin bertanya. Dalam kehidupan kita sehari-hari,
secara langsung maupun tidak langsung, sebagian dari kita pernah berhubungan dengan hasil
penggunaan teknologi DNA Rekombinan. Salah satu contohnya yaitu penggunaan insulin
untuk mengobati penyakit diabetes. Pertanyaan saya bagaimana kita mengetahui manfaat dari
teknologi DNA rekombinan?

Jawaban

a. Yunita Rosiana Delvi : (180342618005) dari kelompok 1. Ingin mnembahkan jawaban

untuk Sdri  Nadya Nur. Dengan adanya DNA sebagai bahan gen, manusipun berupaya
untuk mendapatkan kombinasi sifat-sifat baru pada makhluk hidup dengan cara
melakukan perubahan secara langsung pada DNA genomnya. Usaha untuk mengubah
DNA genom secara langsung ini disebut dengan Rekayasa Genetika. Dalam upaya
melakukan rekayasa genetika, manusia menggunakan teknologi DNA rekombinan.
Kumpulan berbagai teknik dari teknologi DNA rekombinan seperti teknik untuk
mengisolasi, memotong, menggabung dan memasukkan DNA ke dalam sel hidup. nah,
bagaimana kita mengetahui manfaatnya misalnya kita akan mengisolasi DNA dari
berbagai organisme, menggabungkan DNA dari organisme berbeda sehingga terbentuk
kombinasi DNA (DNA rekombinan). Tentu dari situ kita mengetahui manfaatnya dalam
kehidupan sehari-hari.

b. Aziza Fadhilah izin menambahkan jawaban dari pertanyaan Nadya. Menurut saya cara
kita mengetahui manfaat teknologi DNA rekombinan dengan membaca jurnal
terakreditasi yang terbaru mengenai penemuan teknologi DNA rekombinan terbaru.
Karena dengan teknologi DNA rekombinan kita tidak saja mampu melakukan perbaikan
galur dengan tepat dan dapat diprediksi. tetapi juga dapat merancang bangun galur
baru dengan bahan genetika tambahan yang tidak pemah ada pada galur asalnya. Dalam
kasus produksi asam sitrat, misalnya kita dapat memindahkan gen-gen kunci untuk
biosintesis asam sitrat dari Aspergillus niger ke dalam kapang lain atau bakteri sehingga
lebih memudahkan penanganan pada proses hilirnya atau menghindari masalah adanya
spora. Dengan adanya teknologi DNA rekombinan, maka optimasi biotransformasi dalam
 suatu proses bioteknologi dapat diperoleh dengan lebih terarah dan langsung. Teknologi
DNA rekombinan atau rekayasa genetika memungkinkan kita merancang bangun, bukan
hanya mengisolasi suatu galur yang sangat produktif. Menurut pendapat saya seperti itu,
kurang lebihnya mohon maaf.

c. Aisyah Khoirunnisa (Defender) : Teknologi DNA Rekombinan telah memberikan

banyak manfaat bagi perkembangan ilmu pengetahuan maupun bagi kehidupam manusia
sehari-hari. Beberapa jenis obat-obatan, vaksin, bahan pangan, bahan pakaian dan lainnya
telah diproduksi dengan memanfaatkan teknologi DNA Rekombinan. Salah satu
contohnya seperti yang disebutkan oleh sdri nadya yaitu insulin, 

Saat ini insulin manusia telah berhasil diproduksi secara masal dengan menggunakan
bakteri. Kemampuan bakteri untuk memproduksi insulin manusia ini adalah karena
manusia telah berhasil memasukkan dan mengintegrasikan gen yang menyandikan
insulin manusia kedalam genom bakteri.

Contoh lainnya adalah kapas transgenik, pernah ramai dibicarakan di media masa kita
pada awal abad 21 ini. Salah satu kapas transgenik adalah kapas-bt. Tanaman kapas-bt
telah mengandung gen penyandi toksin yang berasal dari bakteri Bacillus
turingiensis (Bt). Toksin tersebut dapat membunuh hama kapas sehingga kapas-bt
tersebut tahan terhadap serangan hama. Dengan adanya kapas trnasgenik ini tentu sangat
bermanfaat bagi para petani untuk dapat menghasilkan produk kapas berkualitas 

Bakteri penghasil insulin dan tanaman kapas-bt tersebut merupakan sebagian dari hasil
rekayasa dengan menggunakan teknologi DNA rekombinan yang dilakukan manusia
untuk kebermanfaatan hidup manusia sendiri. 

d. Fika Cahya Lovely ijin memberikan tambahan jawaban untuk pertanyaan Sdri. Nadya.
Kita ketahui bahwa teknologi DNA rekombinan telah memberikan banyak manfaat bagi
perkembangan ilmu pengetahuan maupun bagi kehidupam manusia sehari-hari. Memang
benar bahwa, beberapa jenis obat-obatan, vaksin, bahan pangan, bahan pakaian dan
lainnya telah diproduksi dengan memanfaatkan teknologi DNA Rekombinan. Cara kita
mengetahui manfaat dai teknologi rekombinan salah satunya adalah dengan rajin
membaca beberapa literatur baik itu dalam bentuk buku, jurnal, makalah, sehingga kita
 akan lebih memahami apa itu teknologi DNA rekombinan, bagiamana mekanismenya,
mengetahui perangkat atau hal penting yang terlibat dalam proses pengaplikasian
teknologi rekombinan, dan lain-lain. Perlu diketahui bahwa terdapat beberapa perangkat
penting dalam teknologi DNA rekombinan itu, diantaranya adalah

Enzim restriksi, digunakan untuk memotong untai DNA

Enzim DNA ligase digunakan untuk menyambung DNA

Plasmid digunakan sebagai vektor untuk mengklonkan gen atau mengklonkan fragmen DNA
ataupun mengubah sifat bakteri

Transposon digunakan sebagai alat untuk melakukan mutagenesis dan menyisipkan penanda

Enzim transkripsi balik digunakan untuk membuat DNA berdasarkan RNA

Pelacak DNA/ RNA digunakan untuk mendeteksi gen atau fragmen DNA yang diinginkan
atau mendeteksi klon yang benar

Dengan kita mengetahui secara jelas mengenai teknologi DNA rekombinan, maka secara
pasti kita akan mengetahui manfaat dari teknologi DNA rekombinan tersebut, atau
bahkan juga bisa ikut berkontribusi dalam menciptakan penemuan baru terkait DNA
rekombinan

f. Ahvina Dwi Okta : (180342618064) ingin menambahkan jawaban mengenai pertanyaan

dari saudari nadya. Dengan adanya teknik-teknik yang sudah dikembangkan oleh para
ilmuwan dapat memungkinkan kita untuk mengisolasi DNA, menggabungkan DNA,
yang berasal dari organisme berbeda sehingga nantinya akan diperoleh DNA
rekombinan. Teknologi DNA rekombinan ini sudah banyak dimanfaatkan bagi kehidupan
sehari-hari, misalnya untuk pembuatan jenis obat-obatan, vaksin, bahan pangan, dll.
Misalnya ditemukan cara pengobatan penyakit diabetes dengan menggunakan insulin,
saat ini insulin manusia telah berhasil diproduksi secara masal dengan menggunakan
bakteri. Kemampuan bakteri untuk memproduksi insulin manusia ini adalah karena
manusia telah berhasil memasukkan dan mengintegrasikan gen yang menyandikan
insulin manusia kedalam genom bakteri. Sehingga dengan adanya teknologi yang lebih
 maju ini diharapkan dapat membantu para peneliti untuk menemukan inovasi baru
terutama di dunia kesehatan.

7. Ade Wahyu P (Penanya 7) :, saya ingin bertanya mengenai perbedaan tujuan penggunaan
blunt end dan sticky end untuk tujuan pada pemotongan DNA? (manfaatnya)

Jawaban :
 Aziza Fadhilah
Manfaat yang saya dapatkan dari literatur bahwa akhiran single strand yang tidak
rata ini dapat berpasangan secara spontan dengan basa pasangannya sehingga
disebut sticky (mudah lengket) atau kohesif daripada yang ujungnya tumpul.
Blunt end dan sticky end adalah Hasil pemotongan enzim restriksi.  Hasil
pemotongan yang menghasilkan ujung tumpul atau “Blunt end” dan hasil
pemotongan yang menghasilkan ujung lancip/ lengket atau “sticky end”.
Enzim restriksi memotong DNA double strands dengan memutus ikatan kovalen
di antara fospat dari satu deoksiribonukleotida dengan gula dari
deoksiribonukleotida yang berbatasan dengannya. Ujung rata/tumpul (blunt
end) dihasilkan ketika dua utas molekul dipotong pada posisi yang sama, bagian
akhirnya rata dan tidak ada nukleotida yang tidak berpasangan. Ujung lancip/
kohesif (sticky end) dihasilkan ketika setiap molekul DNA dipotong pada posisi
yang tidak sama sehingga salah satu untai (5’ atau 3’) menggantung dengan
beberapa nukleotida.
 Hamdan Fatah (Moderator)
perkenalkan saya hamdan fatah ali ingin menambahkan, sticky end dan blue end
adalah bentuk potongan dari DNA yang ingin dipotong oleh enzim restriksi
apabila ingin memotong lurus maka digunakan enzim restriksi bluend (Ecori
RV) namun bila ingin memotong seperti huruf s digunakan enzim restriksi
sticky end (Ecori RI).
8. Dinatul Islamiyah (Penanya 8) dari kelompok 6 ingin bertanya, mengenai enzim restriksi.
dalam kondisi yang bagaimana, enzim restriksi menggunakan situs pembelahan tipe 1 maupun
tipe 2.? 

Jawaban:

 Aghits Laily (180342618021)

Enzim restriksi tipe I digunakan dalam kondisi pemotongan DNA untuk

memotong DNA secara acak dan jauh dari sekuens pengenalannya. Enzim
restriksi tipe I memiliki pengaruh besar dalam biokimia, tetapi mempunyai nilai
ekonomis yang rendah karena tidak dapat menghasilkan potongan fragmen DNA
yang diinginkan sehingga tidak diproduksi. Sedangkan Enzim restriksi tipe II
digunakan dalam kondisi pemotongan DNA untuk memotong DNA dekat atau
pada situs pengenalan. Enzim ini menghasilkan fragmen-fragmen sesuai dengan
yang diinginkan sehingga biasa digunakan untuk analisis DNA dan kloning gen.
Enzim tipe II yang umum digunakan adalah HhaI, HindIII, EcoRI, dan NotI, dan
enzim-enzim tersebut tersedia secara komersial. Enzim ini tergolong kecil dengan
subunit yang memiliki 200-350 asam amino dan memerlukan Mg2+ sebagi
kofaktor.

 Narisa (Defender)

ingin mencoba menjawab pertanyaan dinatul, Penentuan sticky ends dan blunt
ends ditentukan oleh enzim retriksi dan sekuen pengenalan yang berperan
 dalam organisme tertentu. Enzim retriksi yang berbeda dapat memiliki situs
pengenalan sama, sehingga bisa keduanya berakhir sticky ends. Namun bila
enzim retriksi nya berbeda dan sekuen pengenalannya berbeda, maka keduanya
dapat berakhir sticky ends dan blunt ends.

 Thania Ayu Pramesty (180342618029),

izin menambah jawaban terkait pertanyaan saudari Dinatul. Ada dua jenis utama
dari enzim restriksi: enzim restriksi tipe I, yang mengenali sekuen tertentu namun
memotong di tempat lain, dan enzim restriksi tipe II, dapat memotong hanya
dalam situs pengenalan.  Enzim restriksi di semua kelas ini membuat dua
potongan untai tunggal, satu potong di masing-masing untai. Ada dua pengaturan
pemotongan: (1) potongan di pusat simetri (menghasilkan ujung tumpul) atau (2)
potongan yang simetris, ditempatkan di sekitar garis simetri (menghasilkan ujung-
ujung kohesif atau ujung lengket) (Freifelder, 1987). Pada proses kloning gen,
enzim restriksi endonuklease yang digunakan umumnya adalah tipe II karena
dapat memotong DNA pada sisi spesifik, sehingga dihasilkan pola potongan
spesifik. Sisi pengenalan enzim restriksi endonuklease tipe II
berupa inverted repeats, yaitu sekuen dapat dibaca sama dari arah manapun, atau
disebut palindrome  (Brown, 2010).

9. Nano Rizki (penanya 9) : Terdapat dua jenis ujung 3-end yaitu blunt (tumpul) dan sticky
(lengket) jika diterjemahkan ke dalam bahasa indonesia. Bagaimana mekanisme pengikatan dan
karakteristik sebenarnya yang dimaksud oleh kedua tipe tersebut?.

Jawaban :

 Narisa Ika (Defender)

DNA dengan ujung sticky : Ujung overhang ini harus saling komplemen agar
dapat menempel dengan baik.  Ujung overhang pada utas sense akan berpasangan
dengan ujung overhang utas antisense.  Lalu DNA Ligase tinggal membentuk
ikatan phosphodie ster sehingga kedua utas kini sudah menjadi satu dengan ikatan
yang sangat kuat.  Mekanisme ini cenderung lebih mudah karena kedua ujung
overhang dapat menempel lebih dulu. DNA dengan ujung blunt: Menyambungkan
 DNA utas-ulas yang samaa-Sarima emiliki ujung blanhasil pemotongan enzim
restriksi atau hasil bliH PCR DNAdengan ujung tumpul lebih sulit untuk 'dilema
dengan enzim DNA Ligase karena tidak ada ujung overkang yang membantu
kedua utas untuk saling menempel terlebih dulu sebelum dilem.

 Fika Cahya Lovely

Jadi setelah enzim restriksi mengenali situs restriksi, maka akan menghasilkan

salah satu ujung lengket (mis., EcoRI, BamHI, HindIII, dan lain-lain) atau ujung
tumpul (misalnya, SmaI, EcoRV, dan lain-lain), intinya tergantung pada jenis
batasan enzim. Enzim ini biasanya dinamai sesuai bakteri tempat mereka pertama
kali diisolasi. Misalnya, EcoRI dan EcoRV keduanya merupakan enzim dari E.
coli. EcoRI memotong DNA untai ganda pada urutan GAATTC, tetapi
perhatikan bahwa enzim ini, seperti banyak enzim lainnya, tidak memotong
persis di tengah urutan restriksi. Ujung molekul yang dipotong oleh EcoRI
memiliki daerah yang menjorok dari DNA untai tunggal, dan terkadang
disebut ujung lengket. Di sisi lain, EcoRV adalah contoh enzim yang memotong
kedua untai tepat di tengah urutan pengenalannya, menghasilkan apa yang
disebut ujung tumpul, yang tidak memiliki overhang.

 Arining Rizky Handayani (180342618035)

Hasil pemotongan enzim endonuklease restriksi ada dua rnacam yaitu

menghasilkan ujung tumpul (blunt end) dan ujung menggantung (sticky end) atau
kohesif. Tipe pemotongan Enzim restriksi Dua fragmen DNA dengan ujung yang
runcing akan mudah disambungkan satu sama lain sehingga ujung runcing disebut
sebagai ujung lengket (sticky end) atau ujung kohesif. Hal itu berbeda dengan
enzim restriksi seperti Hae III, yang mempunyai tempat pemotongan DNA pada
posisi yang sama. Kedua fragmen hasil pemotongannya akan mempunyai ujung 5'
yang tumpul karena masing-masing untai tunggalnya sama panjangnya. Fragmen-
fragmen DNA dengan ujung tumpul (blunt end) akan sulit untuk disambungkan.
Biasanya diperlukan perlakuan tambahan untuk menyatukan dua fragmen DNA
dengan ujung tumpul, misalnya pemberian molekul linker, molekul adaptor, atau
penarnbahan enzim deoksinukleotidil transferase untuk mengsintesis untai
 tunggal homopolimerik 3'. Ujung tumpul (blunt end) dihasilkan ketika dua utas
molekul dipotong pada posisi yang sama, bagian akhirnya rata dan tidak ada
nukleotida yang tidak berpasangan. Ujung kohesif (sticky end) dihasilkan ketika
setiap molekul DNA dipotong pada posisi yang tidak sama sehingga salah satu
utas (5 atau 3') menggantung dengan beberapa nukleotida. Akhiran single strand
yang tidak rata ini dapat berpasangan secara spontan dengan basa 3 pasangannya
sehingga disebut "sticky. (mudah lengket) atau kohesif.

10. Mita Berliana (Penanya 10)

apakah ada perbedaan antara merekeyasa genetik hewan dan tumbuhan? dan bagaimana
cara merekayasan genetik tumbuhan?

Jawaban :
 Yunita Rosiana Delvi (180342618005)
Salah satu cara merekayasa tanaman ialah sebagai berikut. suatu tanaman disebut
transgenic artinya bahwa tanaman transgenik adalah suatu produk rekayasa
genetika melalui transformasi gen dari makhluk hidup lain ke dalam tanaman
yang tujuannya untuk menghasilkan tanaman baru yang memiliki sifat unggul
yang lebih baik dari tanaman sebelumnya. Pembuatan tanaman transgenik adalah
dengan cara gen yang telah diidentikfikasi diisolasi dan kemudian dimasukkan ke
dalam sel tanaman. Melalui suatu sistem tertentu, sel tanaman yang membawa
gen tersebut dapat dipisahkan dari sel tanaman yang tidak membawa gen.
Tanaman pembawa gen ini kemudian ditumbuhkan secara normal. Tanaman
inilah yang disebut sebagai tanaman transgenik karena ada gen asing yang telah
dipindahkan dari makhluk hidup lain ke tanaman tersebut (Muladno, 2002).
Tanaman transgenik merupakan hasil rekayasa gen dengan cara disisipi satu atau
sejumlah gen. Gen yang dimasukkan itu - disebut transgene - bisa diisolasi dari
tanaman tidak sekerabat atau spesies yang lain sama sekali.
 Ika Nanda Febriana : (180342618007) ingin menambahkan jawaban atas
pertanyaan saudari Mita berliana, mengenai cara merekayasa genetik pada 
tanaman, yaitu dengan menggunakan metode transformasi genetik tanaman.
 Metode transformasi genetik tanaman merupakan metode alternatif untuk
menghasilkan tanaman pangan hasil rekayasa genetik yang memiliki sifat-sifat
unggul, diantaranya ketahanan terhadap hama dan penyakit, ketahanan terhadap
herbisida, perubahan kandungan nutrisi dan peningkatan daya simpan.
Transformasi genetik adalah suatu perpindahan gen asing yang diisolasi dari
tanaman, virus, bakteri atau hewan ke dalam suatu genom baru. Pada tanaman,
keberhasilan transformasi genetik ditunjukkan oleh keberhasilan pertumbuhan
tanaman baru yang normal, fertil dan dapat mengekspresikan gen baru hasil
insersi.

Dalam memproduksi tanaman pangan hasil rekayasa genetik melibatkan beberapa

langkah dalam teknik biologi molekuler dan seluler. Suatu sifat yang diinginkan
harus dipilih dan gen yang mengatur sifat tersebut harus dididentifikasi. Apabila
gen yang diinginkan belum tersedia, maka harus diisolasi dari organisme donor.
Gen yang sudah diisolasi harus dikontruksi dalam suatu vektor plasmid untuk
ditransfer ke tanaman.

Dalam pembuatan tanaman hasil rekayasa genetika terdapat tiga komponen

penting yaitu: 
a.       Isolasi gen target
b.      Proses transfer gen ke tanaman target
c.       Expresi gen pada tanaman transgenik.

Sejumlah gen yang dapat dimanfaatkan untuk perbaikan tanaman melalui

rekayasa genetik adalah gen yang tahan  terhadap cekaman lingkungan biotik
maupun abiotik, dan gen untuk modifikasi kualitas produk tanaman.
semoga dapat dipahami. Terimakasih

 Fika Cahya : ijin menambahkan jawaban untuk pertanyaan Sdri. Mita.

Transgenik adalah tanaman yang telah direkayasa bentuk maupun kualitasnya
melalui penyisipan gen atau DNA binatang, bakteri, mikroba, atau virus untuk
tujuan tertentu. Pembuatan tanaman transgenik adalah dengan cara gen yang telah
 diidentikfikasi diisolasi dan kemudian dimasukkan ke dalam sel tanaman. Melalui
suatu sistem tertentu, sel tanaman yang membawa gen tersebut dapat dipisahkan
dari sel tanaman yang tidak membawa gen. Tanaman pembawa gen ini kemudian
ditumbuhkan secara normal. Tanaman inilah yang disebut sebagai tanaman
transgenik karena ada gen asing yang telah dipindahkan dari makhluk hidup lain
ke tanaman tersebut.
Teknik bioteknologi tanaman khusunya rekayasa genetik telah dimanfaatkan
terutama untuk memberikan karakter baru pada berbagai jenis tanaman.
Teknologi rekayasa genetika tanaman memungkinkan pengintegrasian gen-gen
yang berasal dari organisme lain untuk perbaikan sifat tanaman. Salah satu contoh
aplikasi bioteknologi di bidang pertanian adalah mengembangkan tanaman
transgenik yang memiliki sifat (1) toleran terhadap zat kimia tertentu (tahan
herbisida), (2) tahan terhadap hama dan penyakit tertentu, (3) mempunyai sifat-
sifat khusus (misalnya: tomat yang matangnya lama, padi yang memproduksi
beta- caroten dan vitamin A, kedelai dengan lemak tak jenuh rendah, strawberry
yang rasanya manis, kentang dan pisang yang berkhasiat obat), (4) dapat
mengambil nitrogen sendiri dari udara (gen dari bakteri pemfiksasi nitrogen
disisipkan ke tanaman sehingga tanaman dapat memfiksasi nitrogen udara
sendiri), dan (5) dapat menyesuaikan diri terhadap lingkungan buruk (kekeringan,
cuaca dingin, dan tanah bergaram tinggi). 
Terima kasih, semoga tambahan dari saya bermanfaat.

11. Rozi Ibadallah : assalamualaikum, selamat sore, saya Rozi Ibaddallah (180342618093).
Anu... saya penasaran apabila gen yang hendak kita isolasikan berasal dari DNA mitokondria,
apakah metode isolasinya tetap sama? bagaimana cara membedakan isolat DNA mitokondria
dengan DNA yang berasal dari nukleus? 

terimakasih :)

Jawaban :

Aisyah Khairunnisa’ : Ada perbedaan terkait pengambilan sampel jaringan, Template

mtDNA yg diambil berasal daria hasil lisis sel epitel rongga mulut manusia.Sel epitel
rongga mulut diperoleh dengan cara berkumur selama 1 menit dengan 15 ml aquades steril
dan diperoleh suspensia Hasil kumur yang disimpan dalam botol

steril. Suspensi tersebut dipekatkan dengan

cara sentrifugasi dan disimpan. Untuk teknik pellisisan selnya kurang lebih sama dengan
teknik isolasi DNA pada umumnya, hasil pelisisan sel kemudian disentrifugasi dengan
kecepatan maksimal

selama 30 detik, dan supernatannya

digunakan sebagai templat PCR.

Terimakasih, mohon koreksi dan tambahannya mungkin dr audiens apabila ada konsep yg
salah
 TAMBAHAN dari Bpk. Indra

Ada beberapa hal yang akan sy tekankan:

1. Ketika anda akan melakukan rekayasa genetika, yang perlu anda ketahui adalah kenali organisme yang
akan anda isolasi DNAnya, sel tanaman, sel hewan, atau sel mikroba. Karena setiap sel memiliki
komponen sel yang berbeda-beda, karena tujuan kita adalah untuk mengeluarkan DNA, ketika DNA
berhasil dikluarkan dalam maka metodenya relatif sama pada semua sel

2. Ketika sudah mendapatkan DNA total, lalu kita potong sesuai dengan posisi gen yang kita harapkan..
karena seperti yang di slide bahwa posisi gen diantara promoter dan terminator. Urutan DNA pada gen
yang akan potong disesuaikan dgn urutan DNA yang dikenali pada enzim restriksi

3. Gene sdah berhasil didapatkan maka anda akan memindahkannya ke dalam vektor. Vektor adalah
plasmid, yang di dalamnya sdah terdapat situs enzim restriksi, jadi ketika gene dipotong menhasilkan
sticky end maka di vektor jga harus sticky end, karean akan memudahkan terjadinya penempelan kembali

PERTANYAAN

1.  Bagaimana jika pemotongannya menghasilkan blunt end pak? apakah harus dipotong ulang atau pada
vektor harus blunt end juga?

2. Di ppt ada 2 tahap membersihkan komponen sel kecuali DNA yaitu menggunakan enzim disgesti dan
ion exchange chromatography, apakah ada perbedaan dari kedua tahap tersebut ataukah keduanya adalah
rangkaian proses yang harus dilaksanakan keduanya ketika ingin membersihkan DNA dari komponen
sel?

Jawaban :
1. ketika gen anda ternyata dipotong hasilnya blunt end, dilisde sya sdah penjelasannya kita bisa
menambhkan linker.. klo misalnya kita ibaratkn DNA itu seperti potongan kertas persegi panjang yang
ujungnya rata (blunt end), maka kita tambahkan sedikit kertas diujungnya lalu di gunting sesuai dengan
ujung yang kita inginkan (sticky end), maka kita bisa sesuaikan pelekatannya dengan vektor

2. Enzim digesti ini salah satu contoh yang ada dislide saya aadalah lisozim. enzim ini berfungsi untuk
merusak peptidoglikan pada membran,, masih ingat komponen membran kan? bahwa ada peptidoglikan
di dalamnya.. yang menjadi dasar pada pewarnaan Gram di mikroba.. sendagkn ion exchange itu teknik
pemisahan berdasarkan pertukaran ion.. di slide sya digambrkan dengan penambahan garam (salt/ NaCl)..
garam ini akan terionisasi menjadi NA+ dan Cl-.. ion-ion yang bermuatan ini nntinya akan menggantikan
DNA yang memiliki ion positif dan diteruskan menuju tabung reaksi (ada baiknya azizh baca dlu terkait
kromatografi ini)...
Jadi jika ditanya metode ini suatu rangkaian jawabannya bisa iya bisa tidak, karena pemisahan DNA bisa
dilkukan dengan metode lain selain menggunakan ion exchange chromatography,, tetapi yang pasti kita
akan selalu menggunakan enzim digest untuk merusak membran sel

Terkait pemotongan DNA oleh enzim restriksi pada E-Coli. Dalampemotongan DNA oleh enzim restriksi
pada E-Coli, terdapat istilah situs palindrome yang mana situs ini tidak akan terpotong oleh enzim
restriksi pada proses DNA recombinan. Di salah satu literatur yang saya baca, hal tersebut dapat terjadi
karena situs palindrome dilindungi oleh metilasi (CH3). Pertanyaan saya, bagaimanakah mekanisme
perlindungan situs palindrome oleh metilasi (CH3) di dalam proses pemotongan DNA E-Coli dengan
bantuan enzim restriksi tersebut. Dan apakah hal ini ada kaitannya dengan jenis ujung untai DNA yang
akan dihasilkan? 

Jawaban:

Ketika fika mengetahui ttg metilasi pada DNA, berarti fika sdah mengetahui mengapa DNA pada sel
yang memiliki enzim restriksi tdak dipotong oleh enzim restriksi yang dimiliki oleh sel tersebut, secara
normal yang terjadi di alam...

Palindrom berarti urutan DNA yang dibaca dari depan maupun belakang tetap sama. Contoh dalam
bahasa seperti Katak, Kodok, kapak, malam dll. jadi enzim restriksi akan memiliki situs secara spesifik
berdasrkan kepalindroman situsnya..

Jika pada situs yang dikenali oleh enzim restriksi tersebut mengandung metil, maka gunakan enzim
restriksi lainnya yang dekat dengan gen yang fika tuju untuk diekpresikan.. untuk mekanisme
perlindungannya, DNA yang mengandung enzim restriksi non E.coli misalnya virus, akan dirusak terlebih
dahulu oleh enzim restriksi yang dimiliki oleh E.coli.. perlu diketahui jga kalau adanya metilasi di DNA
itu tujuanya untuk meng off kan dan meng "on" kan DNA