Pemetaan gen merupakan suatu cara untuk menentukan urutan gen gen dalam

kromosom (Suryo,2013). Pada dasarnya pemetaan genetik didasarkan pada prinsip bahwa
gen (marka atau lokus) bersegregasi melalui rekombinasi kromosom selama proses meiosis
sehingga memungkinkan para pemulia melakukan analisis segregasi gen tersebut pada
individu-individu turunannya. Peta genetik (linkage maps) bertujuan untuk menunjukkan
posisi dan jarak genetik relatif antara marka-marka DNA di sepanjang kromosom suatu
spesies (reflinur dan lestari 2015). Memetakan sifat-sifat tidak hanya membantu kita dalam
memahami genetika, tetapi juga dapat berkontribusi dalam membantu penanda seleksi dan
memberikan garis dasar untuk klon gen (Yu et al 2014). Ketersediaan peta genetik dengan
tingkat resolusi tinggi akan mempermudah penentuan lokus suatu gen dalam kromosom,
jumlah gen, dan kekuatan gen yang bertanggung jawab terhadap karakter tertentu. Peta
genetik juga dapat memfasilitasi pemulia tanaman dalam mengintrogresikan gen dan
membantu para peneliti dalam studi komparatif kemiripan susunan dan fungsi suatu gen
dalam mengekspresikan fenotipe dari spesies-spesies yang berbeda (reflinur dan lestari
2015).
Gen gen yang terangkai pada satu kromosom biasanya letaknya tidak berdekatan satu
sama lainnya sehingga gen gen itu dapat mengalami perubahan letak yang disebabkan karena
ada pertukaran segmen dari kromatid kromatid pada sepasang kromosom homolog, peristiwa
tersebut disebut pindah silang atau crossing over (Suryo,2013). Kromosom homolog mampu
membuat chiasmata dan bertukar untaian satu sama lain dan menunjukkan bahwa gen dapat
bergabung kembali meskipun terletak pada kromosom yang sama yang disebut crossing over.
(Crossing over) dapat terjadi di banyak tempat dalam satu gen, dan memungkinkan untuk
menemukan struktur molekul gen yang halus, gen yang diberikan dapat dipengaruhi oleh
peristiwa mutasi (Gayon,2016).
Gen gen dan kromosom secara fisik berhubungan dengan lebih dari satu gen tiap
kromosom, peristiwa bahwa beberapa gen bukan alel terdapat pada satu kromosom yang
sama dinamakan berangkai (linkage) (Suryo,2013).Terjadinya pindah silang antara segmen
segmen dari kromosom tertentu kebanyakan merupakan fenomena secara kebetulan saja
tetapi distribusinya tidaak acak acakan.Berdasarkan hukum kemungkinan maka terjadinya
dua pindah silang secara simultan sama dengan hasil perkalian dari besarnya kemungkinan
untuk tiap pindah silang yg berlangsung secara terpisah di dua tempat itu.Suatu pindah silang
yg terjadi pada suatu tempat tentu menghambat terjadinya pindah silang lainnya yg
berdekatan inilah yg dinamakan interferensi. Untuk mncari besarnya interferensi terlebih
dahulu dicari koefisien koinsidens (KK) yaitu perbandingan antara banyaknya pindah silang
ganda yg sesungguhnya dgn bnyknya pindah silang yg diharapkan. Singkatnya (Suryo,2013)
:
KK : bnykny pindh silg gnda yg sesungguhnya/diharapkan
Koefisien interferensi (KI ) = 1- KK
Suryo.2013.Genetika.UGM Press,Yogyakarta.
Reflinur., dan P.Lestari.2015. Penentuan lokus gen dalam kromosom tanaman dengan
bantuan marka dna. Jurnal Litbang Pertanian 34(4) :177-186
Gayon,J.2016. From Mendel to epigenetic: History of genetics. C.R.Biologies : 225-230
Yu,H.,Z.Deng., C.Xiang., dan J.Tian. 2014. Analysis of diversity and linkage disequilibrium
mapping of agronomic traits on b-genome of wheat.Journal of Genomics 2 : 20-30