ASAM NUKLEAT dan REPLIKASI

Febriyanti, S.Pd., M.Sc

 Asam nukleat

 Merupakan bagian organisme hidup yg sangat

penting
 Membawa informasi genetika yang akan
diturunkan / ditransfer dr generasi ke generasi.
Semua informasi yg ada dlm sel  DNA
 Ada 2 macam:
 Asam deoksiribonukleat : AND / DNA
 Asam ribonukleat : ARN / RNA

 Asam nukleat mrpk polimer nukleotida yg

dihubungkan dgn ikatan fosfodiester
DNA (DeoxyriboNucleic Acid )

 Dikenal sebagai materi genetik

 Merupakan komponen kromosom
 Merupakan polimer deoksiribonukleotida yg dihubungkan dengan ikatan
fosfodiester
 Backbone (rangka) terdiri dr: gugus fosfat dan gula yg saling berseling
 Memiliki orientasi 5’  3’ jk gugus fosfat dr C5 berikatan dgn OH C3
 Didalam sel  dalam
jalin ganda (double helix)
 Dimana gugus fosfat
berada di luar dan basa
nitrogennya di dalam
 Jalin ganda yg terbentuk
bersifat anti parallel  ?
Susunan basa nitrogen pada
jalin ganda DNA  tidak random

Guanin (G) – Sitosin (C)

Adenin (A) - Timin (T)

Antara basa nitrogen satu

dengan yang lain dihubungkan
dengan ikatan hidrogen

Watson and Crick : replikasi 

sangat mungkin untuk suatu DNA
diperbanyak dg informasi yg
sama
 DNA di dalam sel
ditemukan  3 bntk
utama
 Bentuk B
 Bentuk A
 Bentuk Z

Perbedaanya ?
Bentuk Heliks Ganda DNA
Bentuk heliks ganda DNA yang memutar ke kanan ada
2 macam:
DNA bentuk B = B-DNA
 Panjang satu putaran heliks penuh 3,4 nm, 10 nukleotida, diameter
heliks 2,0 nm, jarak tumpukan basa 0,34 nm
 Merupakan struktur Watson-Crick
 Bentuk ini biasa dijumpai pada sel hidup

DNA bentuk A = A-DNA

 Bentuk ini lebih gemuk disbanding bentuk B terdapat 11 basa pada
setiap putaran, jarak antara dua basa 0,24 nm
 Terdapat pada larutan sedikit air (dehidrasi), bentuk ini juga
terdapat pada waktu transkripsi, heliks ganda DNA-RNA
 Bentuk Heliks Ganda DNA (lanjt.)
Struktur ganda DNA yang memutar ke kiri disebut
bentuk Z = Z-DNA
 Bentuk ini lebih langsing dibandingkan dengan bentuk A maupun
bentuk B-DNA, jarak antara dua basa yang tertumpuk 0,38 nm dan
terdapat 12 basa setiap putaran
 Fungsinya belum diketahui
 Bentuk ini dijumpai baik pada sel prokariotik maupun eukariotik
 Protein Kromosomal
 Protein kromosomal:
 Histon
 Protein Non-Histon

 Histon:
molekul kecil dengan kandungan asam amino
bermuatan positif yang tinggi yaitu lysine dan
arginin yang mengikat DNA sangat erat
 Histon
Ada 5 macam histon yang dibagi menjadi 2 group:

Histon nukleosomal:
 Protein kecil terdiri atas 102-135 asam amino
 Bertanggung jawab mengikat DNA menjadi Nucleosom
 Histon ini terdiri atas: H2A, H2B, H3 dan H4 (H3 dan H4: “Highly
Conserved”)

Histon H1:
 Lebih besar berisi 220 asam amino dibanding Histon Nukleosom
“less conserved”
 Urutan asam amino bervariasi dari organism yang satu dengan yang
lain
 Pada sel darah merah burung, histon H1 ini diganti dengan histon
spesial yang disebut sebagai H5
 seperti halnya protein, asam nukleat juga
mempunyai struktur primer, sekunder dan
tersier
 asam nukleat mempunyai arah sense
- Mempunyai individualitas  ditentukan dari urutan
basa nitrogennya  disebut sebagai struktur primer
- Informasi genetik ada pada struktur primer

A C G T C

3’ 3’ 3’ 3’ ACGTC
3’
P P
P P P P OH
5’ 5’ 5’ 5’ 5’
 Struktur sekunder

 Double helix
 Watson n Crick  menjawab struktur 3D DNA dgn X-
ray diffraction pattern : hsl penelitian Rosalind
Franklin
 Mampu menyimpulkan bahwa :
 mempunyai struktur double helix
 dengan 10 basa setiap putaran
 putaran 360,
 basa Nitrogen A-T , G – C
 cekukan mayor and minor
 double helix memutar ke kanan
 self replication
 Fungsi biologis

 DNA sebagai
pembawa informasi
genetik
 DNA  komponen dr
kromosom
 Fungsi yang lain:
 Nukleotida sbg
pembawa energi
 Nukleotida sbg
koensim
 enzim
 RNA

Macam RNA

 Hn RNA
 mRNA
 rRNA
 tRNA
 snRNA
 hnRNA  heterogeonous nuclear RNA  merupakan
hasil transkripsi langsung dr DNA
 mRNA 
 telah mengalami proses posttranskripsi  menghilangkan
intron
 informasi genetik  dlm btk kodon
(urutan 3 nukleotida)
 rRNA 
 Komponen ribosom dimana translasi berlangsung
 tRNA 
 Menerjemahkan kode genetik
 Menghubungkan antara asam nukleat dengan asam amino 
protein
 snRNA 
 Small nuclear RNA  membantu proses splicing dalam post
transkripsi proses
 What are small RNAs

 Small RNAs are a pool of 21 to 24 nt

RNAs that generally function in gene
silencing
 Small RNAs contribute to post-
transcriptional gene silencing by
AAAAA
affecting mRNA translation or stability
 Small RNAs contribute to transcriptional
gene silencing through epigenetic
modifications to chromatin

RNA Pol

Histone modification, DNA methylation

 RNA silencing - overview

siRNA-mediated AGO
silencing via post-
transcriptional and AGO

transcriptional gene
silencing
RNA Pol

MicroRNA - MIR gene

mediated slicing of
RNA Pol
mRNA and AGO
AAAn
translational
repression
AGO AAAn AAAn
AGO RNA Pol
mRNA

23
siRNAs – Genomic Defenders

 siRNAs protect the genome by

Suppressing invading viruses
 Silencing sources of aberrant
transcripts
 Silencing transposons and repetitive
elements

 siRNAs also maintain some genes in an

epigenetically silent state

Reprinted by permission from Macmillan Publishers, Ltd: Nature. Lam, E., Kato, N., and Lawton, M. (2001)
24response. Nature 411: 848-853. Copyright 2001.
Programmed cell death, mitochondria and the plant hypersensitive
Transfer RNA (tRNA)

composed of
a nucleic acid and
a specific amino acid

provide the link between

the nucleic acid sequence
of mRNA and the amino
acid sequence it codes
for.

An anticodon a sequence
of 3 nucleotides in a tRNA
that is complementary to
a codon of mRNA
25

Structure of tRNAs
 METABOLISME ASAM NUKLEAT

Metabolisme DNA

DNA mempunyai struktur yang stabil sebagai tempat penyimpanan informasi genetik.
Selain itu, DNA juga merupakan senyawa yang aktif melakukan proses biokimiawi yang
meliputi replikasi (sintesis DNA) dan transkripsi (sintesis RNA). Salah satu keunikan dari
DNA yakni merupakan satu-satunya molekul yang mempunyai sistem untuk memperbaiki
diri dan mempunyai diversitas dan kompleksitas yang tinggi.

DNA dalam proses pelestarian informasi genetik mampu melakukan penataan

(pengaturan kembali) secara kolektif dengan materi DNA lainnya melalui proses
rekombinasi (penggabungan). Penataan tersebut dalam rangka memelihara tingkat
diversitas sifat menurun (genetik) dengan memfasilitasi kombinasi allel (bentuk alternatif
suatu gen) yang baru.
 ORGANISASI MATERI GENETIK

Pengertian Istilah dalam Mahami Materi Genetik

Materi Genetik: DNA sebagai senyawa pembawa informasi yang dapat diturunkan

Gen : Unit terkecil pembawa sifat yang dapat diturunkan

Allel : struktur lain dari gen (gen yang sama tetapi urutan nukleotidanya
bisa berbeda)

Genom : Total gen (DNA) yang ada dalam sel

Kromosom: Struktur kemasan DNA yang bergabung dengan protein histon dan
nampak jelas pada saat sel akan membelah (eukariotik)

Kromatid: 2 set struktur kemasan DNA yang menyusun kromosom (1 kromosom

terdiri dari 2 kromatid)

Kromatin: kenampakan DNA pada saat sel sedang dalam kondisi interfase
(pada fase ini terjadi proses transkripsi atau replikasi)
Semikonservatif pd Replikasi DNA

Mekanisme pengkopian DNA 

melibatkan pembukaan
double helix
Setiap rantai menjadi pola /
template untuk pita baru
 X-ray diffraction : ada 2 macam
 Yg telah diterjemahkan struktur 3 D nya : B form
 Bentuk yang umum adalah B form
 A form  RNA double helix
 Gugus OH pd RNA  tidak memungkinkan melipat lebih dekat  membentuk A
form yang lebih lebar
Dalam kondisi normal (kondisi fisiologis)  DNA relatif stabil
Kadang menjadi tidak stabil  krn proses2 replikasi,
transkripsi
 Disosiasi double helix DNA  denaturasi
 apabila DNA dipanaskan diatas melting temperaturnya (Tm) maka double helix
akan terbuka
 Tm  tergantung pada rasio (G+C)/(A+T)
 G/C content dapat dihitung dengan (G+C) / (Total Basa N) x 100%
“Kromosom” E. coli yang sudah selesai dipetakan
 Inti sel eukariotik sebagai tempat
penyimpanan dan metabolisme materi
genetik DNA dan RNA (asam nukleat)
Replikasi DNA

Proses replikasi DNA merupakan salah satu sistem hayati yang menggunakan template
(cetakan) molekul untuk membantu sintesis senyawa makromolekul. Struktur DNA
merupakan jalin ganda dimana salah satu jalin merupakan pasangan yang komplemen
dari jalin yang lainnya. Kondisi ini memungkinkan peranannya sebagai cetakan untuk
proses replikasi dan transmisi (perpindahan) informasi genetik.
 Beberapa pemahaman umum dalam replikasi DNA:
 Replikasi semi konservatif untuk menjelaskan bahwa sintesis DNA menghasilkan
jalin DNA anakan yang terdiri dari jalin DNA lama dan DNA baru
Replikasi DNA terjadi
secara dua arah yang
dimulai pada daerah
tempat dimulainya
replikasi (origin).

Mekanisme ini dapat

diamati pada
bakteria (E. coli)
 Beberapa visualisasi mekanisme replikasi DNA plasmid yang telah dilabel
dengan unsur radioisotop H3 (tritium)
Proses replikasi
berjalan dengan
dua mekanisme
pemanjangan
rantai: leading
dan lagging.

Hal ini terjadi karena

arah sintesis DNA
dimulai dari
ujung 5’ DNA baru
atau ujung 3’ DNA
template
DNA Polimerase

Enzim DNA polimerase berperan dalam mengkatalisasi sintesis DNA terutama pada
proses replikasi DNA. DNA polimerase yang pertama kali ditemukan adalah DNA
polimerase I yang diisolasi dari E. coli. Proses sintesis DNA dengan cara penambahan
nukleotida pada gugus hidroksil 3’, sehingga jalin yang bertambah adalah arah 5’  3’.
Untuk memulai sintesis, DNA polimerase I, memerlukan adanya DNA cetakan (template)
dan primer.

Primer adalah segmen pendek (oligonukleotida) RNA (sintesis secara in vivo)

atau DNA (sintesis secara in vitro) yang merupakan awal jalin baru yang
komplemen dengan gugus 3’ hidroksil tempat nukleotida baru ditambahkan.
 Karateristik DNA polimerase

DNA polimerase bekerja sangat akurat (teliti). Sebagai materi penyimpan informasi
genetik, replikasi harus berlangsung dengan ketelitian yang sangat tinggi. Pada E. coli
hanya terjadi sekali setiap 109 – 1010 penambahan nukleotida, sedangkan kromosom E.
coli hanya 4,7 x 106 pasang basa (base pair atau bp), sehingga kesalahan yang terjadi
adalah sekali dalam 1.000 - 10.000 kali replikasi. Berdasarkan percobaan in vitro,
kesalahan terjadi selama sintesis DNA adalah sekali setiap 104 – 105 bp yang disebabkan
perubahan spontan dari basa nukleotidanya.

Perbedaan yang terjadi selama sintesis DNA in vitro dan in vivo menunjukkan bahwa
enzim DNA polimerase mempunyai fungsi lainnya yakni sebagai proof reading (koreksi
pembacaan). Mekanisme pengoreksian kembali tersebut dilakukan oleh kerja enzim 3’ 
5’ eksonuklease yang akan memotong nukleotida baru yang tidak komplemen/cocok
dengan cetakannya.
Jenis DNA polimerase

Ada tiga macam DNA polimerase yang

ditemukan pada E. coli. Ketiga jenis
tersebut yakni:
-DNA plimerase I yang berfungsi sebagai
tempat untuk membersihkan (clean-up)
dari primer RNA.

-DNA polimerase II berfungsi dalam

memperbaiki DNA yang urutannya keliru
Struktur DNA polimeras III pada
- DNA polimerase III berfungsi dalam bakteri
proses replikasi
Biosintesis DNA
Bahan dasar:
 Deoxyribonucleosida 5’biphosphate
 Enzim-enzim: Polymerase DNA I, II, III; Ligase DNA

Reaksi: (DNA)n residues + dNTP  (DNA)n+1 + PPi

Syarat terjadi pemanjangan rantai:

 Ada semua 4 macam deoxyribonucleosida 5’biphosphate (dATP,
dGTP, dTTP, dCTP) dan ion Mg
 Harus ada rantai DNA pemula (‘primer’) dengan ujung 3’-OH bebas
 “DNA template”

Note:
 Tidak terjadi reaksi kalau yang ditambahkan nucleoside
diphosphat
 Pemanjangan rantai berlangsung dengan arah 5’  3’
 Polimerase DNA
Polimerase DNA adalah “template-directed
enzyme”
Karena polimerase DNA mengatalisis ikatan
phosphodiester hanya kalau basa pada
nucleotide yang datang adalah pasangan
basa pada pita template-nya
 A

Pol-DNA I Pol-DNA II Pol-DNA III

Subunit 1 >> 4 >> 10
Mr 103 000 88 000 900 000
3’-5’
Ada Ada Ada
eksonuklease
5’-3’
Ada Tidak ada Tidak ada
eksonuklease
Kec. Polimerisasi 16-20/det 7/det 250-1000/det
Jml mol per sel 400 ? 10-20
 A
3’ – 5’ exonuklease
Menghidrolisa DNA dari ujung
3’ –OH
Nukleotida yang diambil harus
mempunyai gugus 3’-OH
bebas
Tidak/ bukan bagian ‘double
helix’
‘Proof reading action’
5’ – 3’ exonuklease
MenghidrolisaDNA dari ujung
5’-fosfat
Pemotong pada ujung 5’ atau
beberapa residu dari ujung 5’
DNA ada dalam DNA ‘duoble
helix’
Pembetulan baik salah
pasangan basa pada replikasi
DNA maupun kesalahan
‘thymine dimer’
DNA polimerase pada eukariotik:

DNA polimerase , terdiri dari empat subunit yang mempunyai aktivitas

polimerase dan primase.

DNA polimerase , terdiri dari dua subunit yang mempunyai aktivitas

eksonuklease untuk pembacaan ulang nukleotida.

DNA polimerase , kemungkinan mempunyai aktivitas yang sama dengan

DNA polimerase terutama pada saat memperbaiki urutan DNA yang salah
(DNA repair)

Pada prinsipnya kerja DNA polimerase eukariotik mirip dengan prokayotik

Sekuen DNA pada lokasi daerah origin of replication (ORI) yakni tempat awal
dimulainya replikasi DNA
 Pemanjangan rantai DNA dengan cara menggabungkan ujung 3’ dari rantai yang
sedang terbentuk dengan ujung 5’ dari nukleotida dan terjadi pelepasan gugus
fosfat anorganik.
 Pada rantai lagging,
sintesis fragmen
Okazaki pada
jalin DNA dari
ujung 3’ ke 5’,
sedang arah
sintesis dari 5’
ke 3’.

 Beberapa jenis
protein terlibat
dalam proses
replikasi, al.:
topoisomerase,
primase, helikase
DNA.
Primosom merupakan kompleks yang terdiri dari DNA helicase dan DNA primase.
DNA helicase berfungsi membuka jalin ganda, sedang primase memberikan tempat
dimulainya sintesis fragmen Okazaki
DNA primase akan bergabung dengan DNA polimerase untuk menunjukan tempat
diawalinya sintesis DNA baru dari fragmen Okazaki.
DNA primase akan bergabung kembali dengan DNA helicase untuk membentuk
fragmen Okazaki baru
 Fragmen Okazaki
 Potongan/ fragment DNA terdiri atas 1000 – 2000
nukleotida (prokariot), pada eukariot terdiri atas
100-200 nukleotida untuk membentuk ‘lagging
strand ’ pada replikasi DNA
 Untuk sintesis perlu primer = RNA
 Pembentukan primer butuh Enzim Primase
 Primer/ RNA ini dibuat dengan arah 5’ – 3’ sampai
10 nukleotida
 Pada ujung 3’ ditambahkan nukleotida oleh
enzim DNA Polymerase III
 Setelah selesai primer  RNA dihilangkan oleh
aktifitas eksonuklease 5’ – 3’
Mekanisme sintesis DNA yang terjadi pada jalin leading dan lagging.
Primer RNA yang digunakan untuk mengawali sintesis DNA pada rantai lagging
akan didegradasi oleh aktivitas eksonuklease 5’ 3’ dari DNA polimerase I dan
diganti dengan DNA dengan menggunakan enzim yang sama. Celah yang masih
ada akan disambung oleh enzim ligase.
Mekanisme kerja enzim ligase.
 Enzim Ligase
 Menyambung rantai DNA
 Memerlukan gugus OH pada ujung 3’ bebas
gugus Fosfat pada ujung 5’ bebas
 Membutuhkan tenaga :
 Bacteri berupa NAD+
 Mammalia & bacteriophage T4 berupa ATP
 Terminasi pada replikasi
kromosom E. coli.

 Urutan terminus (Ter)

pada kromosom
memiliki posisi yang
terdiri dari dua kluster
yang orientasinya
berlawanan.
Pada akhir proses replikasi
kedua DNA kromosom yang
baru saja secara komplit
disintesis akan membentuk
daerah yang masih bertautan.
Daerah tsb DNA saling bertautan
sebagai lilitan dua DNA baru.

Dengan enzim topoisomerase IV

maka kedua jalin tsb dapat
dipisahkan dan terpisah menjadi
dua kromosom.
Rekombinasi DNA
Integrasi dan penyisipan DNA lamda (λ) bakteriofag pada kromosom pada sisi
targetnya.