Angelia Indriani

Hebrianti
Kurniawati
Point penting pembahasan :

1. Perbandingankarakter 3 domain kehidupan

2. Sejarah terbentunya domain
3. Struktursel archaebacteria
4. Perandingan filum pada domain archaebacteria
5. Peran archaebacteria

Latar belakang
Pada tahun 1990 peneliti dari Universitas Illinois,  Dr. Carl Woese dan membuktikan bahwa
Archaea memiliki perbedaan yang mendasar dengan bakteri dan eukaria. Sehingga memisahkan
Archaea ke dalam domain tersendiri yaitu Archaea. (Yuwono T. 2005. ) walau Pada awalnya
Archaea merupakan salah anggota dari dunia prokariota yang mempunyai ciri belum mempunyai
pembagian ruang (kompartemensasi) yang jelas diantara komponen-komponen selnya. Sehingga
semua komponen selnya, termasuk bahan genetiknya terletak di dalam membran sitoplasma .
jika di amati archea tidak begitu berbeda dengan sel bakteri secra visual tampaknya hamper sama
, namun perkembangan penelitian mengetahui bhawa organism ini memilki sifat molekuler yang
lebih mirip dengan eukariot.

POINT PEMBAHASAN
1. Perbandingankarakter 3 domain kehidupan
Domain dalam klasifikasi ilmiah biologi adalah tingkatan tertinggi dalam takson yang berada di
atas kerajaan. Menurutsistemtiga domain yang diperkenalkan oleh Carl Woese (1928-2012),
terdiri dari tiga domain yaitu:

Arkea

Gambar 1 sumber( www.google.com)

(Archaea) merupakan satu domain atau kerajaan mikroorganisme bersel satu. Mikroba-
mikrobini adalah prokariota, yang mampu hidup di habitat ekstrim, arkea sendiri mikroba
prokarotik berartiarti tidak memiliki inti sel atau organel yang dibatasi membran lainnya di
dalam selnya. (Campbell, Reece. 2008)
Karakteristik arkea
 Hidup pada lingkungan keras atau ekstrem
 Tidak ada selubung nucleus
  Tidak ada organel yang terbungkus membran
 Tidak memilki peptidoglikean di dinding sel
 Beberapa hidrokarbon bercabang pada lipid nmembran
 Asam amino insiator untuk permulaan sintesis protein adalah metionin

Bakteri

Gambar 2 sumber ( www.google.com)

(bacteria) adalah kelompok organisme berbentuk haya dapat di lihat dengan mikroskopis dan
organisme yang tidak memiliki membran inti sel. Organisme ini termasuk kedalam domain
prokariota dan berukuran sangat kecil mikroskopik, sertamemiliki peran besar dalam kehidupan
di bumi.

Karakteristtik bakteri

 Terdiri dari satu sel

 Ukuran tubuhnya 4-8 mikron (1 mikron =mm)
 Bentuk ada yang bulat, batang dan spiral.
 Bakteri berdasarkan cara hidupnya di bedakan menjadi 2 yaitu;
 bakteri autotrof adalah bakteri yang mampu berfotosintesis contohnya bakteri hijau
 dan bakteri heterotrof. Adalah bakteri yang mengambil bahan organik dari lingkungan
nya , adapun bakteri hetrototrof di bagi menjadi 2 yaitu yang bersifat parasit dan sporofit.
 Baketri berkembang biak dengan 2 cara yaitu aseksual dan seksual. Aseksual dengan cara
membelah diri dan secara seksual yaiitu berkonjungasi.

Eukariota
Gambar 3 ( sumber google.com )

(EukaryaatauEukaryota) Eukariota adalah organisme dengan sel yang memiliki nucleus dan
organel bermembran lainnya sel yang merupakan penyusun dari mahluk hidup khususnya
pada hewan, tumbuhan dan fungi adalah sel eukariotik. Eukariotik yaitu organisme dengan sel
yang kompleks,didalamnya terdapat bahan-bahan genetika yang kemudian disusun menjadi inti
yangterikat oleh membran. Eukariotik sendiri berasal daribahasa yunani, eu dan karyon
yangmemiliki arti sebenarnya dan inti (sel yang memiliki membrane inti sejati), sehingga Sel
inimemiliki membran plasma yang dapat diakses antara daerah inti sel dengan
daerahlainya. struktur tubuh terbentuk secara kompleks dan lebih besar dari pada sel prokariotik
(Mitchell, Reece. 2003. )

Perbedaan karakkteristik 3 domain

No Karakteristik Domain
Bakteri Arkhaea Eukarya
1. Struktur sel Iya Iya Tidak
prokariotik
2. Membran Tidak Tidak Iya
( mengikat
organel)
3. Dinging sel Iya Iya Bervariasi
(tanpa (tanpa tanaman dari
peptidoglikan) peptidoglikan) fungi
memliki
dinding sel.
Sel hewan
tidak
4. Nukleus Tidak Tidak Iya
5. Metanogenesis Tidak Iya Tidak
Table1. perbedaan 3 domain
Pada arkaea dan bakteri struktur sel termasuk struktur sel prokariotik sedangkan pada eukarya
struktursel bukan termasuk struktur sel prokariotik.
Pada bakteri dan arkea tidakmemiliki membrane sedangkan pada eukarya memiliki membran
Nucleus pada bakteri dan archaea tidakmemiliki nucleus sedangkan pada eukaryamemiliki
nucleus

Metanogenesismerupakan proses pembentukanmetana oleh mikroba, pada domain

arkeamampumenghasilkanmetanasedangkan pada bakteri dan eukaryatidak.

Sejarah terbentuknya domain Archaebacteria

Arkea dipisahkan menjadi domain ketiga karena perbedaan yang besar dalam struktur RNA
ribosom. Pada tahun 1977, Carl Woese, seorang ahli mikrobiologi, mempelajari urutan genetik
organisme dan mengembangkan metode sekuensing baru yang melibatkan pemotongan RNA
menjadi fragmen-fragmen yang bisa diurutkan dan dibandingkan dengan fragmen lain dari
organisme lain. (Yuwono T. 2005. ) Semakin mirip pola fragmen antar spesies, maka semakin
dekat relasi antar organisme. Woese menggunakan metode perbandingan rRNA baru untuk
mengkategorikan dan membedakan organisme-organisme. Dia mengurutkan berbagai spesies
yang berbeda dan menemukan sekelompok metanogen memiliki pola yang sangat berbeda dari
Prokariota atau Eukariota yang telah dikenal. Metanogen ini jauh lebih mirip satu sama lain
daripada dengan organisme lain yang diurutkan, yang membuat Woese mengusulkan domain
baru Archaea. Salah satu hasil eksperimen yang menarik adalah Arkea ternyata lebih mirip
dengan Eukariota daripada dengan Prokariota (walaupun Arkea lebih mirip dengan Prokariota
pada struktur). Ini mengarahkan pada kesimpulan bahwa Arkea dan Eukarya berbagi lebih
banyak nenek moyang bersama yang terakhir (recent common ancestor) daripada Arkea dan
Bakteri secara umum. Perkembangan nukleus terjadi setelah percabangan antara Bakteri dengan
leluhur bersama ini. Meskipun Arkea adalah prokariotik, mereka memiliki hubungan yang lebih
dekat dengan Eukarya, sehingga tidak dapat dimasukkan ke dalam domain Bacteria ataupun
Eukarya. Salah satu fitur yang unik pada Arkea adalah penggunakan lipid ikatan eter pada
membran sel. Ikatan eter lebih stabil secara kimia daripada ikatan ester yang ditemukan pada
Bakteri dan Eukarya, yang mungkin merupakan faktor yang berkontribusi pada kemampuan
Arkea untuk bertahan hidup pada lingkungan ekstrem, seperti panas dan kadar garam ekstrem.
Salah satu fitur yang unik pada Arkea yang tidak ditemukan pada organisme lain adalah
kemampuan metanogenesis, yaitu proses metabolisme untuk memproduksi metana.

Struktur sel archeabacteria

Gambar 4 sel archea sumber www.google .com

Archea bacteria tidak memilki nucleus dan tidak memilki organel terkait membrane contoh
tarkea tidak memilki mitokondria, badan golgi, namun archea memili materi genetic dan
sitoplasma

Struktur dasar dari memebran sel archea tersusun dari fosolipid. Struktur initersusun dari
molekul gliserol yang berkaitan dengan posfat pada ujung pertama (kepala) dan berikatan dengan
rantai samping yang berupa isoprenoid pada ujung lainnya (ekor).

 
Gambar 5. Membran sel Archaea.

Karena sifatnya yang hidrofilik maka ketika membran berada pada lingkungan cair,
ujungmolekul yang mengandung gugus fosfat akan berada pada permukaan luar membran yang
Hubungan langsun g dengan lingkungan lu ar sel, dan sisi lain ya yang bersifat
hidrofobi kakanberada dibagian dalam. Pelapisan seperti ini menciptakan penghalang kimia yang
sangat efektifdisekitar sel dan membantu dalam menciptakan keseimbangan kimiawi. Secara
komposisi,(onig H. 2001) membrane sel Archaea memiliki perbedaan dengan membran sel
bakteri dan eukaria. Perbedaan tersebutantara lain adalah perbedaan kiralitas gliserol yang
menjadi penyusun membran sel, ikatan antara Gliserol dan rantai samping isoprenoid berupa
ikatan eter, rantai samping berupa isoprenoid bukanasam lemak seperti pada bakteri dan eukaria,
dan memiliki rantai samping yang bercabang.
 
Kiralitas dari gliserolGliserol yang digunakan Archaea untuk membentuk fosfolipid merupakan
stereoisomer dari gliserolyang digunakan untuk membentuk membran sel pada bakteri dan
eukaria. Dua molekul yang stereoisomer adalah cerminan satu sama lain. Pada membran sel
bakteri dan eukaria, gliserol yang menyusun membran selnya berupa D-gliserol, sedangkan pada
arkaea berupa L-gliserol.
Gambar 6. Struktur penyusun membran sel Archaea dan bakteri / eukaria.
 
Pada kebanyakan organisme, gliserol yang terdapat pada membran selnya akan berikatan
denganrantai samping menggunakan ikatan ester. Namun tidak demikian halnya pada membran
sel Archaea. Ikatan yang terbentuk antara gliserol dan rantai samping pada membran sel
Archaeaadalah ikatan eter. Hal ini memberikan fosfolipid yang dihasilkan memiliki sifat
mekanik kimia yang berbeda dari membran lipid organisme lain.

 
Gambar 7 . Ikatan yang terbentuk pada membran sel bakteri / eukaria dan Archaea.

Rantai IsoprenoidArchaea memiliki rantai samping penyusun fosfolipid yang berbeda dengan
bakteri dan eukaria.Rantai samping penyusun fosfolipid pada bakteri dan eukaria adalah asam
lemak, sedangkan pada Archaea chain samping yang dimilikinya adalah isoprenoid. Isoprenoid
merupakan hidrokarbon yangmemiliki 20 atom C dan merupakan anggota yang sederhana dari
kelas bahan kimia yang disebutterpene. Menurut definisi, terpene adalah molekul yang
menghubungkan molekul isoprenoid bersama-sama.

Struktur bagian sel archea

No Bagian sel Fungsi

1 Flagella Flagella archea secara umum terlihat mirip dengan
flagella pada bakteri. Namun perbedaan yang terlihat
anatara flagella archea dan bakteri yaiu ukurannya di
mana flagella archea berkuran sangat kecil hanya
setengah dari bakteri adapun fungsi flagella adalah alatb
untuk bergerak dan memutar pada sel archea
2 kapsul Kapsul berfungsi sebagai alat pertahan, perlindungan

3 Dinding cell
dan mencegah kekeringan memilki lendir yang kental
dan tebal. Kapsul memengelilingi sel archea ini terbuat
dari polisakarida dan air. Kapsul juga membantu archea
menempel pada objek
Fungsinya memberi membentuk sel, penyeleksi
molekul sel, komposisi berbeda dengan 2 domain
lainnya

4 Membrane plasma Berperan dalam mengatur pertukaran zat Membran

plasma selektif permeabel, yaitu hanya molekul atau zat
tertentu yang dapat ditransfer. Terdiri dari lapisan
fosfolipid dan protein. Membran plasma mengatur
pertukaran zat antara sel dan lingkungannya serta
pembentukan mesosom.
5 Ribosom Ribosom dibentuk dalam bentuk RNA halus dan butiran
protein yang berkontribusi terhadap kelangsungan hidup
bakteri selama sintesis protein.
6 Vili Fungsi vili memfailitasi pertukaran gen diantara sel
pada prosese konjungasi. Vili juga memungkinkan
bakteri menempel namun ukurannya lebih panjang
Table 2. struktur bagian sel beserta fungsi.

Perandingan filum pada domain archaebacteria

Gambar 8 pohon filogenik pada arcea

jIka kita melihat pohon filogenik, awalnya archea di klasifikasikan di domain bakteri namun,
karena archea memilki sifat sel unik akhirnya di ketahuai bahwa achea seharusnya di pisahkan
pada domain berbeda. Walaupun arkea ini umunya berbentuk mirip dengan dengan bakteri
ternyata arkea memilki gen dan jalur metabolism lebih mirip dengan aukariota. ARCHEA
sendiri memlki 4 filum yang berbeda di mana ada 2 filum utama adapun 4 filum ini yaitu :

Flum archea terbagi menjadi 4 filum

1. Crenarchaeota : dengan karakter memiliki kemampuan mentolerir kondisi suhu dan keasaman
yang ekstrim, habitat marine dan suhu rendah , merupakan jenis archea yang usdah dapat di
kultur yang bersifat hiperthermofil, yaitu resisten atau tahan terhadap suhu sangat extreme.

2. Euryarchaeota : termasuk kelompok bakteri metanogen, pereduksi sulfat, halofil ekstrim,

termofil ekstrim dengan metabolisme sulfur

3. Korarchaeota :, ciri fisiologis belum banyak dikenali dan sulit dikultur. Merupakan filum baru

4. Nanoarchaeota : Nanoaechaeota merupakan cabang paling dalam pada pohon filogeni arkea

Dalam ke empat tipe tersebut, masing-masing dibedakan dalam 3 subtipe :

1. Methanogen : Di Namakan Metanogen Karena Sesuai Dengan metabolism energinya

yang khas, di maan H2 di gunakan untuk mereduksi CO2 menjadi metana CH4
Metanogen ergolong anerob yang paling strict ( tidak mentolerir keberadaan okisgen) dan
akan mati karena teracuni oleh adanya oksigen.
Metanogen hidup di lumpur dan rawa tempat mikroba menghabiskan oksigen.
Metanogen akan mengeluarkan metana yang keluar sebagai gelembung dari tempat
tersebut yang di kenal sebagai gas rawa.
Metanogen berperan penting dalam penguraian kotoran, bhkan metanogen telah di
gunakan oleh petani untuk menghasilkan mengubah smapah dan kotoran hewan menjadi
metana.
Selain hidup di rawa metanogen, juga menempati lingkungan anaerobic di dalam ope
perut hewan dan berperan penting dalam proses nutrisi sapi, rayap dan hewan herbivore
lainnya yang mngendalikan makanan berdselulosa

2. Halofil ekstream : halofil ektrem berasal dari bahasa yunani “halo” artinya garam dan
halofil artinya pecinta. archeea yang hidup di tempat yang asin seperti great salt lake dan
lautan mati yang kadar garam nya sangat tinggi atau 10x lipat lebih asin dari air
lautbahkan, beberapa spesies sekedar memilki tolerensi terhadap[p salinitas, halofil
ekstrem membentuk koloni yang berbentuk seperti buih hewan berwarna merah ungu
yang di hasilkan oleh pigmen peangkap cahaya bakterioriorhodopsin
3. Thermofilik extream : archaea yang hidup pada suhu yang ekstrim Yang sangat panas
sampai 60 derajat Celsius sampai 80 derajat celcius. Arkea termofil ektrem menempati
mata air panas. Sulfur di yellowstome national park, dan mendapatkan energy dengan
 cara mengoksidasi sulfur.spesies termofil lainnya mampu hidup pada air bersuhu 105
derajat celcius dekat dengan lubang hidrotermal di laut dalam.
CONTOH SPESIES FILUM YANG MENGHUNI LINGKUNGAN EKSTREM

Spesies Dan Filum Lingkungan Habitat GAMBAR

Ektrem
Filum:Crenarchaeota Temperature Habitat Daerah Mata Air
Speseies:sulfobus Dan PH Panas Dan Asam,
acidocaidarius vulkanik dengan suhu
diatas 1000C cocok
untuk arkea termofil.
Sulfolobus.tumbuh pada
sumber air panas kaya
sulfur
dengan suhu diatas 900C
dan pH 1-5

Filum: Euryarchaeota Kadar garam organismeyang

Speseies: menghuni lingkungan
Halobacterium, bergaram tinggi sepserti
Haloferaxdan kolam pembuatan garam,
Natronobacterium. laut mati biasa di
temukan di great
salt.dengan kadar garam
5,2M NaCL
Filum: Korarchaeota) Air panas Anggota dari kelompok
Speseies: ini ditemukan di
lingkungan mata air
panas, tetapi belum ada
strain yang hingga saat
ini dapat diisolasi dalam
kultur murni, jadi sedikit
yang diketahui dari
sifat-sifat fenotiknya.
Filum: Nanoarchaeota Termofil suhu Bersifat termofil dan
Speseies: N.equitans tinggi tumbuh optimum pada
suhu 900C. Isolat berasal
dari palung hidrothermal
submarine, sumberair
panas belerang. Baru 1
spesies yang diketahui
yaitu N.equitans
Nanoarkeota merupakan
cabang paling dalam
pada pohon filogeni
arkea.
Table 3 spesies dan habitat archea (sumber : Tedja Imas Sunatmo, 2009)

PERAN ARCHEA

Peran Menguntungkan
a. Berperan dalam proses pembusukan sampah dan kotoran hewan sehingga menghasilkan energi
alternatif metana berupa biogas. Contohnya Methanobacterium.
b. Enzim archaebacterial ditambahkan ke deterjen untuk meningkatkan kemampuannya menahan
suhu tinggi dan pH tinggi
c.Beberapa enzim archaebacterial juga digunakan dalam industri makanan untuk mengubah
kekuatan jantung menjadi dekstrin (sejenis karbohidrat).
d.Berbagai jenis archaebacteria digunakan untuk mengobati pencemaran lingkungan, mis.
Seperti tumpahan minyak
e. Menghasilkan biogas untuk bahan bakar alternatif.
Peran merugikan
Archaebacteria dapat merusak makanan yang diawetkan dengan garam dan dapat
menyebabkan cepatnya pembusukan pada ikan laut

HASIL DISKUSI :

Dari materi yang di sampaikan dan diskusi yang telah di laksanakan ada beberapa poertanyaan
yang muncul yatu :

Pertanyaan ke 1 6/11 08.40] Fitra Diani : Pada archae jenis crenarchaeota, kalian menyebutkan
bahwa ada beberapa yang dapat hidup disuhu ekstrim contohnya air mendidih san air beku,
dimana saja kita dapat menemukan jenis ini maksudnya lingkungan yg dapat dia tempati ?.
Terima kasih

Jawab :

[6/11 08.54] Hebrianti : baik saya akan menjawab pertanyaan dari fitra diani jadi arkea jenis
crenarchaeota ini bis hidup pada suhu yang sangat ekstrum karena dia ini memang bersifat
hipertermofil, di mana arkea jenis ini itu bisa bertahan diatas 80 derajat celcius dan ada yg
sampai diatas suhu menndidih yaitu di atas 100 derajat celcius lalu di mana crenarcheata ini dpt
hidup yaitu biasa di temukan pada lumpur mendidih atau pun aliran yg keluar pada industri di
mana dalam hal ini, hasil industri yg sangat panas contoh pada crenarcheata sulfobus . nah
contohnya terdapat di italia, selandia baru dan yellow park di mana ada seperti danau.
selanjutya yg crenarcheota yg hidup di habitat dingin, yg bisaasa di temukan di air laut yg sangat
dibgin seperti yg ada di antartika di mana ia dpt hidup di suhu yg sangat dingin yaitu 2-4 derajat
celcius saja bahkan ada yg kurang dari 1 derajat celcius

YEELOW PARK NATIONAL

pertanyaan ke 2 [6/11 08.40] Asallamualaikum wr.wb

Perkenalkan saya Siti Nurohmah (1840603075),saya ingin bertanya terkait proses konjugasi pada
Arcahaeea apakah proses konjugasi pada Arcahaeea sama dengan bakteri atau tidak? mungkin
bisa lebih di perjelas. Terimakasih.

JAWABAN

Angelia Indriani :

Baiksayaakanmenjawabpertanyaandarisitinurohmahdarirefrensi yang sayabacaproses konjugasi

pada archaeaItusamadenganbakteri,hinggasaatiniblmditemukanbhwaadanyaperbedaankonjugasi
pada archeadnbakteria

[6/11 09.27] Hebrianti : saya bu mebaca, kalau prosesnya itu tidak di jelaskan secara terperinci
apakah yg jadi pembeda bu, namun hanya di jelaskan bahwa pembeda nya hanya yg
memfasilitasi pertukaran gen antar sel (konjungasi ) bu yaktu pili nya yg berbeda sedikit

DOSEN IBU FIWI: Oy untuk proses konjugasi baik archea dan bakteri , sy blm menemukn
bhwa adanya perbedaan konjugasi pada archea dn bakteria, ttp jika klian menmukan refernsi yg
valid dan mengatakn bhwa ada perbedaan proses konjugasi diantara kedua domain tersebut bisa
d share,,,

PERTANYAAN KE 3[6/11 08.40] Dewi ANJANI: Assalamualaikum saya dewi anjani ingin
bertanya kepada kelompok 3. Di PPT hebrianti mengatakan pada pohon filogenek archea bahwa
dulu archea ini diklasifikasikan sebagai bakteri namun karena sel ini memiliki sel sel yang unik
maka kedua domain ini dipisahkan. Jdi yg ingin saya tanyakan sel unik seperti apa yg mereka
miliki bisa dijelaskan sedikit. Terimakasih

[6/11 09.32] Hebrianti Bio: oiyah maksud unik adalah, dri 3 domain ini penyusun dinding sel yg
berbeda itu adalah archea karena dari komposisi penyusun selnya yg ibu jelaskan tadi, yg bisa
membuat archea ini dpt hidup di lingkungan ektrem
 DAFTAR PUSTAKA

Campbell, Reece. 2008.Biolog i. Jakarta: Erlangga

Konig H. 2001. Dinding sel archaea. Di dalam: Ensiklopedia ilmu kehidupan. Chichester: 1486-
1493

Mitchell, Reece. 2003. Biologi.Jakarta: Erlangga

Yuwono T. 2005. Biologi molekular. Safitri a, editor. Jakarta: Erlangga.

Yuwono, 2010, Pandemi Resistensi Antimikroba: Belajar dari MRSA, Jurnal Kedokteran dan
Kesehatan, 1 (42), 2837–2850