Pada tahun awal tahun 1654 terjadi perang, Gowa telah menyiapakan
suatu armada prang dengan kekuatan 5.000 orang bersenjata untuk berlayar
ke maluku. Pertempuran ini bermula karena belanda merampas suatu
angkutan kayu cendana yang telah dijual rakyat makassar kepada orang
portugis. Dan ahrinya belanda dipaksa membayar ganti rugi, Dan membuat
pecahnya perang. Pertempuran terjadi di buton dan maluku, terutama di
Ambon. Orang-orang makassar mendapat bantuan dari Gowa maupun dari
Majira, seorang pemimpin maluku. Bagi belanda sendiri sangat kewalahan
dengan perang ini karena dijalankan di beberapa tempat yang saling
berjauhan sehingga merepotkan. Ahirnya pada tanggal 27 februari 1656
membuat perjanjian yang menguntungkan makassar. Akan tetapi tahun 1660
VOC menyiapakan diri untuk berperang, armada yang terdiri dari 31 buah
kapal dan 2.600 awak dikirim ke sulawesi. Perang dimulai ketika armada ini
sampai di depan sombaopu,dan menyebar ke kerajaan Gowa. Belanda
berhasil merebut benteng Penanukang.
Akhir Perlawanan Kerajaan Gowa
Peperangan berlangsung seru dan cukup lama, tetapi pada saat itu Kota
Makassar masih dapat dipertahankan oleh Sultan Hasanudin. Pada akhir
kesempatan itu, Sultan Hasanudin terdesak dan dipaksa untuk menandatangani
perjanjian perdamaian di Desa Bongaya pada tahun 1667. Sultan Hasanuddin
dipaksa menandatangani perjanjian Bongaya pada tahun 1667 yang isinya sangat
merugikan pihak Makassar yang isinya sebagai berikut :