Kompeni menginginkan bagian terbesar dalam perdagangan rempah –
rempah dimaluku, padahal waktu perdagangan ini berada di tangan orang orang makassar , maka dengan sendirinya menimbulkan permusuhan. Belanda berencana melumpuhkan kerajaan Gowa. Pada tahun 1634 diadakan pemblokiran terhadap kerajaan Gowa. Dengan bantuan dari kapal yang datang dari Batavia, Belanda memblokir sambaopu. Kapal ini ditugaskan agar tidak membuang waktu. Tetapi langsung merusak, merongrong, merebut kapal portugis dan India yang berdagang di sombaopu, tidak terkecuali juga kapal-kapal makassar. Selain itu desa – desa kerajaan Gowa juga dimusnahkan. Akan tetapi hal ini tidak tepat sasaran karena Gowa telah mengetahui berita tentang VOC dari jepara. Dan tiga minggu sebelumnya kapal portugis telah berangkat menuju kakao. Pada tahun 1635 Belanda melakukan lagi pemblokiran. Tetapi orang – orang makassar menyebrang melalui darat, sehingga dapat terus melakukan perdagangan. Bahkan dari buton, banyak terjadi penyerbuan dan pembunuhan terhadap orang belanda. Dua kali perang diistirahatkan (1635 – 1655 dan 1660). Tetapi dalam masa ini sering timbul permasalahan yang membawa ke jurang permusuhan. Maetsuycker bahwa perang melawan makasar akan menelan belanja yang sangat besar karena melengkapi persiapan perang yang banyak. Dunia juga sadar bahwa pengarah-pengarah di Amsterdam(belanda) benci membelanjakan uang untuk menawan. Tambah pula dalam tahun 1651 kompeni belanda sedang berperang dengan orang-orang portugis yang menghabiskan banyak biaya. pada awal tahun 1654 terjadi engperang, Gowa telah menyiapkan suatu armada perang dan kekuatan 5.000 orang bersenjata untuk berlayar ke maluku. Pertempuran ini bermula karena belanda merampas suatu angkutan kayu cendana yang telah dijual rakyat makassar kepada orang portugis. Dan akhirnya belanda dipaksa membayar ganti rugi, dan membuat pecahnya perang. Pertempuran terjadi di buton dan maluku. Bagi belanda sendiri sangat kewalahan dengan perang ini karena dijalankan di beberapa tempat yang saling berjauhan sehingga merepotkan. Akhirnya pada tanggal 27 februari 1656 membuat perjanjian yang menguntunkan makassar. Akan tetapi, tahun 1660 VOC menyiapkan diri untuk berperang, armada yang terdiri dari 31 buah kapal dan 2600 awak dikirim ke sulawesi di depan sombaopu, dan menyebar ke kerajaan Gowa. Belanda berhail merebut benteng pananukang. Akhir Perlawanan Goa Goa (makassar) bertahan mati-matian, tetapi akhirnya tidak mampu menghadapi serangan golongan VOC dengan Aru Palapa, sehingga makassar jatuh ketangan VOC yang berakhir dengan\ perjanjian Bongaya.