TUGAS FARMAKOGENOMIK

REFLEKSI

Disusun oleh :

Maria Cyrilla Iglesia Adi Nugrahanti

218122107

PROGRAM STUDI MAGISTER FARMASI

FAKULTAS FARMASI
UNIVERSITAS SANATA DHARMA
YOGYAKARTA
2021
Refleksi
Setelah saya mengikuti tiga kali pertemuan mata kuliah farmakogenomik,
saya merasa tingkat pemahaman saya saat ini terkait tiga materi tersebut adalah
sebesar 75%. Pada saat awal masuk kelas pertama, saya hanya membawa 10%
pemahaman saya terkait materi yang ditugaskan. Namun pada akhir pertemuan
pertama saya menjadi lebih paham, dan pemahaman saya bertambah dan meningkat
menjadi 20% setelah Bu Christine menjelaskan terkait perkembangan dan manfaat
dari ilmu farmakogenomik. Pada pertemuan kedua, saya menjadi mulai paham
terkait dasar dasar farmakogenomik, karena pada saat pertemuan kedua tersebut,
Bu Christine menjelaskan sangat rinci terkait struktur nukleotida beserta fungsinya,
struktur gen, fungsi gen dan lain sebagainya, sehingga pemahaman saya meningkat
menjadi 45%. Kemudian, pada saat mengerjakan tugas ke-3 saya tidak merasa asing
dengan materi tugas yang diberikan, karena mengingat dahulu saat SMA pernah
mendapatkan, namun hanya sebatas insersi dan deletasi, kemudian saya mencoba
mencari proses polimorfisme yang lainnya dan menemukan polimorfisme yang lain
seperti Variabel Number Tandem Repeat dan copy number polymorphism
kemudian pemahan saya bertambah kembali menjadi 60%, namun setelah
mengikuti perkuliahan ke-3 saya menjadi lebih lebih paham lagi karena mendengar
penjelasan dari teman teman yang lainya sehingga pemahaman bertambah sampai
75%. Berikut ini ringkasan pemahaman saya pribadi terkait tiga materi yang sudah
dipelajari, mohon maaf apabila terdapat banyak gambar karena saya mudah
memahami dengan gambar.
 Genetika merupakan ilmu yang mempelajari terkait penurunan sifat, hal
ini yang mendasari adanya perbedaan dan persaamaan sifat antar individu. Ilmu
genetika ini mucul karena adanya temuan dari Mendel tentang pola pewaris sifat.
Semakin berkembangnya jaman ilmu genetika semakin berkembang hingga ke arah
molekuler (mempelajari gen). Hingga pada akhirnya muncul cabang ilmu
farmakologi yakni farmakogenomik pada tahun 1997. Farmakogenomik
merupakan ilmu yang mempelajari bagaimana gen mempengaruhi repon individu
terhadap obat, tujuan utamanya untuk mencapai pengobatan yang optimal pada
setiap individu.

Struktur dasar dari nukleotida Gugus hidroksil Gugus hidrogen pada

pada RNA DNA
DNA

RNA

DNA adalah suatu asam nukleat yang terdiri dari untaian nukleotida.
Setiap nukleotida terdiri atas basa nitrogen, fosfat, dan gula. Terdapat dua macam
asam nukleat, yakni RNA dan DNA. RNA dan DNA dapat dibedakan secara
struktural, pada RNA hanya terdiri dari untaian tunggal nukleotida, sedangkan pada
DNA terdapat untaian ganda nukleotida. Selain itu, gula pada RNA adalah suatu
ribosa, sedangkan pada DNA adalah deoksiribosa, hal ini dapat dilihat dari gugus
hidroksil pada karbon dua, pada gula RNA terdapat gugus hidroksil sedangkan pada
gula DNA terdapat gugus hidrogen. Perbedaan lainnya adalah pada basa
nitrogennya, RNA terdapat adinine, guanine, cytosine, dan uracil, sedangkan pada
DNA tidak terdapat urasil namun diganti dengan thymin.
 Basa nitrogen cytosine
membentuk 3 ikatan
hidrogen dengan basa
nitrogen guanine
Bagian fosfat pada
nukleotida berfungsi untuk
menghubungkan antara satu
nukleotida dengan yang
lainya dengan ikatan
fosfodiester.

Dengan bantuan enzim

ligase, fosfat
menghubungkan karbon 3
pada nukleotida satu dengan
karbon 5 pada nukleotida
yang lainnya.
Basa nitrogen adenin
membentuk 2 ikatan
hidrogen dengan basa
nitrogen thymin
Gen merupakan bagian dari DNA yang dapat menentukan ciri genetik setiap
individu. Gen tersimpan didalam lokus gen pada kromosom, karena di dalam sel
tubuh kromosom berpasangan, maka gen juga berpasangan yang disebut dengan
alel. Satu pasang gen menentukan satu sifat. Gen ada yang bersifat dominan dan
ada yang bersifat resesif. Gen dominan adalah gen yang sifatnya selalu tampak
(disimbolkan dengan huruf besar (B)). Sedangkan gen resesif adalah gen yang
sifatnya tertutup oleh gen yang dominan (disimbolkan dengan huruf kecil (b)). Bila
kedua alel memiliki karakter yang sama dominannya, maka kedua lalel ditulis
dengan huruf yang sama (BB dan bb) hal ini disebut dengan homozigot. Apabila
kedua alel menimbulkan suatu karakter yang berbeda, maka kedua alel tersebut
ditulis dengan huruf besar dan huruf kecil (Bb) dan disebut dengan heterozigot.
 Gen terdiri dari bagian regulatory region dan transcribed region. Regulatory
region berada pada awal sebuah gen yang berperan dalam pola aktivasi suatu gen
dan tempat pengikatan RNA polimerasi, pada bagian regulatory region terdapat
promoter yang merupakan titik awal transkripsi dilakukan. Transcribed region
merupakan bagian dari gen yang akan di transkripsikan menjadi RNA, bagian ini
dimulai dari titik awal transkripsi (start) dan diakhiri pada titik akhir transkripsi
(stop). Bagian Transcribed region terdiri dari bagian exon dan intron. Exon adalah
bagian gen yang akan diekspresikan penjadi protein, sedangkan intron adalah
bagian gen yang tidak diekspresikan menjadi protein, nantinya bagian intron ini
akan dihapus setelah prosesn transkripsi. Pada bagian akhir transcribed region
terdapat terminator yang menandai akhir dari gen tersebut.

Gen memiliki beberapa fungsi sebagai berikut

1. Menyimpan dan menyampaikan informasi genetik dari generasi ke generasi

2. Mempengaruhi diferensiasi organisme mulai dari zigot hingga individu dewasa.
3. Gen sewaktu-waktu harus dapat mengalami perubahan sehingga organisme yang
bersangkutan akan mampu beradaptasi dengan kondisi lingkungan yang
berubah.

Salah satu gen yang ada pada manusia adalah gen CYP2C9. Gen CYP2C9
diidentifikasikan sebagai salah satu dari beberapa gen CYP2C yang berkerumun di
wilayah 500kb pada kromosom 10q24. Fungsi gen CYP2C9 ini pada manusia adalah
men-kode-kan protein anggota superfamili enzim sitokrom P450. Gen CYP2C9
sangat polimorfik dan mempunyai banyak variasi dengan Single Nukleotide
Polymorphism (SNP). Varian pada gen CYP2C9 biasanya dikaitkan dengan
penurunan aktivitas enzim, dengan adanya CYP2C9 * 2 dan CYP2C9 * 3 menjadi
penyebab adanya defisiensi enzim di Eropa sehingga memungkinkan terjadi reaksi
obat yang merugikan seperti overdosis obat, sehingga pengurangan dosis dibutuhkan
dalam kondisi seperti ini. Berikut ini adalah beberapa informasi terkait dengan gen
CYP2C9 berserta urutan basa nukleotida penyusun :

Family 2 Sub Family

C member 9

Pasangan
Basa Terakhir
Lokasi
diperbaharui

Bentuk

Hasil
translasi
(asam

Urutan
Basa
 Terdapat variasi pada urutan DNA manusia, variasi tersebut digambarkan
sebagai sebuah mutasi dan sebuah polimorfisme. Mutasi merupakan perubahan
dalam urutan DNA yang jauh dari normal atau jarang terjadi, yakni frekuensi
terjadinya <1% di populasi. Sebaliknya, polimorfisme adalah variasi urutan DNA
yang umum terjadi dalam populasi, yakni frekuensi terjadinya >1% dalam populasi.
Varian-varian ini adalah dasar molekuler dari individualitas genetik setiap
individu.. Variabilitas ini menyebabkan adanya perbedaan antara individu satu
dengan yang lainnya.
Ada beberapa jenis polimorfisme yang terjadi pada suatu gen, adalah
sebagai berikut:

1. SNPs (Single Nukleotide Polymorphism)

Jenis variasi yang paling umum dalam genom manusia adalah polimorfisme
nukleotida tunggal (SNP atau "snip"), di mana terjadi perbedaan satu basa antara
individu.

2. VNTR (Variabel Number Tandem Repeat)

VNTR merupakan pengulangan sekuensi nukleotid dalam gen. Jika dua
nukleotida berulang maka disebut dinukleotida repeat. Jika tida nukleotida
berulang maka disebut trinukleotida repeat.

Contoh VNTR dinukleotida

3. Insersi dan Delesi
Insersi merupakan penambahan pasangan nukleotida dalam suatu sel sedangkan
delesi adalah penghapusan satu pasangan nukleotida dalam suatu sel. Delesi dan
insersi dapat menyebabkan pembentukan protein yang di sandikan berubah.

Delesi pada pasangan

nukleotidak ke--3

Insersi pada pasangan

nukleotidak ke—2

4. Copy Number Variants (CNV)

Copy Number Variants (CNV) merupakan salah satu polimorfisme dimana
terdapat bagian-bagian dari gen yang diulang dan jumlah pengulangannya
bervariasi pada setiap individu.