02/01/2021

Protein
Biologi Molekuler
• Protein dapat diartikan sebagai rangkaian polipeptida yang terdiri dari asam
amino. Terdapat 20 asam amino yang Menyusun protein manusia.
Protein • Asam amino merupakan molekul organic kecil yang memiliki gugus asam
karboksilat dan gugus amino. Tiap asam amino memiliki rantai samping yang
membedakan antara satu asam amino dengan asam amino yang lain.
• Asam amino esensial merupakan asam amino yang tidak dapat diproduksi
(disintesis) dalam tubuh  tubuh mendapatkan dari asupan makanan.
• Asam amino non esensial  asam amino yang dapat disintesis di dalam tubuh
Paula M. Kustiawan, M.Sc., Ph.D. • Di dalam sel, protein disintesis atau dikode oleh suatu materi/informasi genetic
yaitu DNA (gen fungsional) yang ditranskripsi menjadi RNA dan ditranslasi
menjadi protein.

Asam Amino
Protein
Asam amino bersifat basa

• Asam amino penyusun protein, berdasarkan rantai

sampingnya dapat dikelompokkan menjadi:
- Asam
- Basa
- Asam amino polar tidak bermuatan
- Asam amino Non polar
Pada protein, asam-asam amino dihubungkan satu
sama lain melalui ikatan peptida.
Dalam biologi, asam amino memiliki kode dengan tiga Atom nitrogen yang
huruf dan juga satu huruf bermuatan positif
Struktur asam amino distabilkan oleh adanya
resonansi electron 
relative sangat basa
 02/01/2021

Asam amino Asam amino

Asam amino
bersifat asam
Bersifat polar, namun
tidak bermuatan

Gugus asam
karboksilat

Asam amino Ikatan peptida

• Ikatan peptida merupakan ikatan yang terjadi antara dua asam amino
yang membentuk suatu peptida. Protein merupakan polimer dari
asam amino.

Rantai samping bersifat non polar Ikatan peptida

 02/01/2021

Protein

• Di dalam sel, protein memiliki fungsi yang sangat penting. Enzim, makromolekul,
reseptor dan banyak penyusun-penyusun sel merupakan protein.
• Macam-macam protein:
• Protein globular: yang memiliki bentuk spheric dan memiliki rasio Panjang dan
lebar kurang dari 3
• Protein fibrous: memiliki bentuk relative memanjang (rasio sisi terpanjang dengan
terpendeknya 10 atau lebih)
Asam amino • Lipoprotein: protein yang berikatan dengan molekul lipid
• Glikoprotein: protein yang berikatan dengan molekul karbohidrat
• Metalloprotein: protein yang memiliki ikatan dengan ion logam. Misalnya
hemoglobin

Struktur protein: α-helix

Struktur protein

• Secara umum struktur protein dapat dilihat dari empat macam dimensi:

1. Struktur primer: merupakan struktur protein yang menggambarkan sekuen asam amino penyusun protein yang Rantai
samping
bersangkutan. Sekuen asam amino berdasarkan hasil translasi RNA.

2. Struktur sekunder: struktur protein yang terdiri dari lipatan-lipatan polipeptida pendek yang menyusun protein.

3. Struktur/motif ini terbentuk akibat adanya ikatan hydrogen dalam peptida. Terdiri dari dua jenis struktur yaitu alfa helix dan
beta sheet.

4. Struktur tersier: merupakan gabungan dari struktur sekunder yang membentuk struktur tiga dimensi dari protein.

5. Struktur kuarterner: merupakan struktur protein yang lebih kompleks yang terdiri dari beberapa polipeptida dari suatu protein
oligomer.

Fungsi dari suatu protein selain dilihat dari sekuen penyusunnya, juga sangat dipengaruhi oleh bentuk tiga dimensinya. Pada Seperti spiral
struktur tiga dimensi protein, terdapat suatu domain atau active site yang menentukan aktivitas spesifik dari suatu protein.
 02/01/2021

Struktur protein: β-sheet

Struktur Tersier
protein
• Struktur tersier dari
protein (tiga dimensi)
Beberapa polipeptida yang yang terdiri dari
membentuk struktur dua beberapa struktur alfa-
dimensi yang berbentuk pipih helix dan beta sheet.

Struktur tersier protein Fungsi Protein

• Struktur tersier dari protein sangat menentukan fungsi spesifik

dari protein tersebut. • Fungsi katalitik
• Adanya proses post-translasi yang benar akan membuat protein
tersebut berfungsi dengan baik. Adapun jika terjadi kesalahan
lipatan (proses post-translasi) maka dapat menyebabkan fungsi Protein memiliki fungsi yang sangat luas di dalam sel. Salah satu fungsi dari
protein tidak maksimal. protein adalah fungsi katalisis. Protein dalam bentuk enzim memiliki aktivitas
• Pada struktur tiga dimensi protein terdapat domain tempat untuk mengkatalisis reaksi biologis yang terjadi di dalam sel.
dimana protein tersebut memiliki tempat fungsional
• Pada gambar: terdapat domain yang dapat berikatan dengan
substrat (warna biru) Enzim memiliki fungsi yang sangat spesifik dimana enzim dapat mengkatalisis
reaksi biologis dari suatu substrat tertentu (spesifik) menjadi suatu produk.
• Jika lipatan yang terbentuk tidak tepat maka subtract (warna
biru) tidak dapat berikatan pada domainnya sehingga protein
tidak bekerja secara optimal.
• Struktur tersier/ tiga dimensi dari suatu protein dapat ditentukan
dengan metode x-ray crystallography ataupun dengan NMR
 02/01/2021

Enzim Enzim
Berdasarkan reaksi yang dikatalisis, enzim dapat dikategorikan menjadi:
1. Oxidoreductase: mengkatalisis reaksi oksidasi dan reduksi
2. Transferase: mengkatalisis transfer suatu gugus dari molekul pendonor ke molekul • Dalam kefarmasian enzim merupakan salah satu target dari obat.
akseptor • Adanya penghambatan kerja dari enzim dapat menyebabkan perubahan fungsi
3. Hidrolase: mengkatalisis reaksi hidrolisis biologis dalam tubuh.
4. Lyase: mengkatalisis reaksi pemecahan ikatan C-C; C-O; C-N, menghasilkan ikatan
ganda (double bond). Atau juga dapat berfungsi menambahkan gugus tertentu ke
dalam suatu ikatan ganda
5. Isomerase: mengkatalisis perubahan geometri suatu molekul
6. Ligase: mengkatalisis penggabungan dua molekul menjadi satu

Protein
Quiz:
Sebutkan beberapa obat yang menjadikan enzim sebagai targetnya dan
sebutkan nama enzimnya! • Selain enzim, hormone dan reseptor juga merupakan contoh dari bentuk
protein. Dapat dikatakan bahwa protein memiliki fungsi yang sangat luas
dalam system biologi, hampir semua reaksi biologis yang terjadi di dalam
tubuh melibatkan protein.
• Sebagai contoh dalam biologi molekuler, reseptor merupakan suatu
molekul yang bila berikatan dengan ligannya, akan dapat memberikan
sinyal ke dalam sel dan mempengaruhi fungsi biologis dalam tubuh.
• Hormon juga memiliki peran penting dalam dunia kefarmasian, beberapa
terapi farmakologis menggunakan hormone, misalnya insulin.
 02/01/2021

Fungsi Protein Fungsi Protein

• Protein motoric
• Protein transport:
Yaitu protein yang berfungsi sebagai piranti motoric.
Di dalam darah terdapat beberapa protein transport sebagai contoh:
Myosin dan actin merupakan penyusun dalam kerja motoric otot.
1. Hemoglobin yang membawa suplai oksigen
Kinesin berinteraksi dengan microtubule untuk menggerakkan organel di
2. Transferin yang membawa zat besi
dalam sel
3. Serum albumin membawa lipid
Dynein yang berfingsi dalam pergerakan cilia dan flagella

Fungsi protein Protein

• Peran penting protein dalam kefarmasian:

• Protein merupakan target aksi dari obat:
• Signal Protein
1. Reseptor
Protein yang membawa signal ekstraseluler menuju intraseluler
2. Enzim
Misalnya hormone dan factor pertumbuhan yang merupakan sinyal yang
diberikan oleh tubuh kepada sel untuk melakukan serangkaian reaksi 3. Kanal ion
biologis. • Beberapa protein digunakan dalam terapi farmakologis: hormone (insulin,
glucagon, eritropoietin)