BUDIDAYA BERBASIS MIKROBA

UNTUK AKUAKULTUR BERKELANJUTAN

Widanarni
Departemen Budidaya Perairan
Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan
Institut Pertanian Bogor
 WORLD CAPTURE FISHERIES AND AQUACULTURE PRODUCTION
(FAO 2020)

Produksi perikanan 178,5 juta ton

Akuakultur 82,1 juta ton (46%)
Perikanan tangkap 96,4 juta ton (54%)
Akuakultur
Juta Ton

Perikanan tangkap

Beberapa tahun kedepan produksi akuakultur dunia yang

terus tumbuh secara eksponensial, diperkirakan akan
mendominasi produksi perikanan dunia.
 AKUAKULTUR
BERKELANJUTAN
Teknik Produksi Pemanfaatan
yang Efisien dan dan Pelestarian
Efektif Sumberdaya

Perlindungan
terhadap limbah
eksternal & internal

Tidak merusak lingkungan, sesuai secara teknologi,

layak secara ekonomi, dan diterima secara sosial.
 Peran mikroba dalam
akuakultur dahulu, sekarang,
dan masa depan
 Akuakultur Masa Lalu
Berbasis Pakan Alami
Produksi Konsumsi
Fitoplankton Zooplankton Ikan

Dekomposisi Bahan
Unsur
Organik
hara
Mikroba Pengurai

Proses produksi, konsumsi &

dekomposisi seimbang

Produktivitas rendah, 1 ton/ha

per tahun (Edwards 1993)
 Akuakultur Sekarang: Intensifikasi
Pakan Desinfektan,
Oksigen buatan Antibiotik

Stress, Kepadatan ikan

Penyakit tinggi

Feses dan
sisa pakan
Limbah Organik
Dekomposisi Mikroba
Unsur hara
Beban limbah ke
lingkungan

Produktivitas tahunan dapat mencapai 50-100 ton/ha (Edwards 2009)

Proses produksi, konsumsi & Mengancam keberlanjutan

dekomposisi tidak seimbang usaha akuakultur
 Akuakultur Masa Depan:
Produktivitas tinggi, efisien & dampak lingkungan minim
Integrated Multi Trophic Aquaculture
Teknologi Bioflok (IMTA)
Pakan Scallops/mussels
Karbon
Organik (Filter feeder)

Ikan

Teripang/bulu babi Rumput laut (Menyerap

(bottom feeder) sisa N dan P pakan)

Pakan sisa Dimodifikasi dari Nationalgeographic.com

Resirkulasi dengan bioflter

Feses, TAN, NO2, NO3 dan akuaponik

Microbial floc

Widanarni & Suhardiyanto (1998)

 Dukungan Mikroba untuk Akuakultur
Berkelanjutan Dapat Dicapai dengan:

1 Memanfaatkan mikroba sebagai biokontrol

patogen dan stimulan sistem imunitas

2 Memanfaatkan mikroba sebagai promotor

pertumbuhan

3 Memanfaatkan mikroba untuk

memperbaiki kualitas lingkungan budidaya
 Pemanfaatan mikroba sebagai probiotik
Commensal
bacteria Growth
media

Selection

Isolation

Fish/Shrimp Gut

Sesuai
kebutuhan inang
Probiotik
Produksi
massal
Aplikasi mudah
 Definisi Probiotik
Mikroba hidup yang ditambahkan dan
memberikan pengaruh menguntungkan bagi
inangnya:
1. Memodifikasi komunitas mikroba
2. Menghambat pertumbuhan bakteri
patogen
3. Memperbaiki nilai nutrisi pakan
4. Memperbaiki kualitas lingkungan
5. Meningkatkan respons imun
Verschuere et al. 2000 ; Nayak 2010
 Kriteria Probiotik
Wajib
✓Bersifat non-pathogen
✓Bebas dari plasmid yang mengodekan gen
resistan antibiotik
✓Tahan terhadap suasana asam dan cairan empedu

Dianjurkan
➢ Memiliki kemampuan tumbuh dalam saluran pencernaan
➢ Memiliki kemampuan kolonisasi pada permukaan epithelial
saluran pencernaan inang
➢ Memiliki karakteristik pertumbuhan yang menguntungkan
➢ Memiliki kemampuan antagonistik terhadap beberapa bakteri
patogen
Merrifield et al. 2010
 Mikroba yang dapat ditumbuhkan sedikit

Hanya <0.1% yang dapat dikultur

Fish gut (Wang et al. 2017)

Viabilitas probiotik rendah

Probiotik

Probiotik & Pelleting & Penyimpanan, distribusi

raw material processing dan penanganan

Prebiotik untuk meningkatkan

Solusi peran probiotik
 Definisi Prebiotik
Bahan pangan yang tidak dapat dicerna inang tetapi memberikan efek
menguntungkan bagi inangnya dengan cara merangsang
pertumbuhan dan aktivitas sejumlah bakteri tertentu di usus
sehingga meningkatkan kesehatan inang (Cerezuela et al. 2011)
Gibson et al. 2004 ❑ Fructooligosaccarides (FOS)
Resistan terhadap asam ❑ Mannanoligosaccharides (MOS)
1
lambung, enzim-enzim ❑ Galactooligosaccharides (GOS)
pencernaan inang dan ❑ Arabino-xylooligosaccharides
penyerapan gastrointestinal (XOS)
❑ Isomaltooligosaccharides (ISO)
2 Mampu difermentasi oleh ❑ Short-chain
mikrobiota usus fructooligosaccharides (scFOS)
❑ Inulin
3 Secara selektif memodulasi
pertumbuhan dan atau
aktivitas bakteri
Probiotik + Prebiotik
menguntungkan

Memberikan manfaat pada

4
inang Sinbiotik
 Peran Probiotik dan
Prebiotik dalam
Pengendalian Penyakit
 Kehilangan produksi akuakultur global akibat
serangan penyakit US$ 6 milyar per tahun

Kehilangan 40% dari

Penyakit infeksi total produksi akuakultur
global

(Stentiford et al. 2017)

 Aplikasi probiotik untuk pengendalian infeksi
patogen pada berbagai komoditas akuakultur
Meningkatkan Ikan lele
kelangsungan hidup Clarias gariepinus
31,7-36,7% pasca
infeksi V. harveyi
Meningkatkan kelangsungan
Widanarni et al. (2008) hidup 25-52,3% pasca infeksi
Udang windu
Peneaus monodon Aeromonas hydrophila
Ulkhaq et al. (2014) dan
Meningkatkan Lusiastuti et al. (2016)
kelangsungan hidup
3,3-30% pasca infeksi Meningkatkan
Vibrio kelangsungan hidup
Ilmiah et al. (2013) 13,3-36,7% pasca
Kerapu macan infeksi IMNV
Epinephelus fuscoguttatus (Widanarni et al. 2014)

Udang vaname
Litopeneaus vanamei
Meningkatkan kelangsungan
hidup 12,5-37,5% pasca infeksi
Streptococcus agalactiae
Ikan Nila (Utami et al. 2015)
Oreochromis niloticus
 Mekanisme Aksi Bakteri Probiotik
pada Ikan dan Udang
Probiotics candidate
In vitro characterization

Incorporated in feed Incorporated in feed

➢ Serum immune
factors o Haemolyph
➢ Phagocytosis and immune
respiratory burst factors
➢ Haematology Lazado et al. 2015; o Respiratory
Diilustrasikan ulang
➢ Immune and burst
oxidative stress o Hemocytes
gene o Gut Structure
Immunomodulation for improved
health and welfare
Prebiotik untuk meningkatkan peran probiotik

Prebiotik dari ekstrak ubi jalar

Resistansi terhadap infeksi

Inulin FOS GOS Aeromonas hydrophila meningkat

Zubaidah et al. 2015 Aplikasi Mikrokapsul

Infeksi bakteri Sinbiotik
V. harveyi
• Kelimpahan bakteri di usus
• Kinerja pertumbuhan
• Respons imun (total
haemocyte count, respiratory
burst, phenoloxidase,
Infeksi virus differential haemocyte)
WSSV • Resistansi yang lebih baik
Febrianti et al. 2016
Aplikasi sinbiotik untuk pengendalian ko-infeksi
V. harveyi & IMNV
Infeksi bakteri • Kinerja pertumbuhan
V. harveyi lebih baik (Konversi
pakan turun dari 1,7
menjadi 1,1 - 1,4)
• Respons imun lebih baik
Infeksi virus
• Resistansi lebih baik
Udang vaname IMNV
(Kelangsungan hidup
meningkat 36 - 53%)

Paten No
IDP000040882
tahun 2016
 Aplikasi probiotik, prebiotik & sinbiotik untuk
pengendalian vibriosis pada larva udang
Probiotik 1Ub, Total Haemocyte Count
Prebiotik MOS
Sinbiotik 1Ub + MOS

Bioenkapsulasi
Artemia sp.
+

Aplikasi Aktivitas Phenoloxidase & Respiratory Burst

Uji tantang

Larva udang V. harveyi

+
Hamsah et al. 2019
Probiotik, prebiotik & sinbiotik meningkatkan ekspresi gen
terkait imunitas larva udang
Gen Serine protein
* Gen Peroxinectin
*
Mean folds

Mean folds
+ +
Gen Lippopolysaccharida and β-1,3-
glucan-binding protein

*
Mean folds

Hamsah et al. 2019 +

 Kontrol - Kontrol + Hamsah et al. 2019

Sinus Lumen

Tubulus
Tubulus Tubulus
bulat utuh 100 µL
rusak parah
100 µL

Probiotik Prebiotik Sinbiotik

Sebagian
struktur tubulus
masih utuh
100 µL
100 µL
100 µL

Kerusakan jaringan hepatopankreas larva udang pada perlakuan probiotik,

prebiotik & sinbiotik tidak separah pada perlakuan kontrol positif
Kelangsungan hidup

98,3% Meningkatkan kelangsungan

90,0%
hidup 13,4 - 21,7 %
pascainfeksi
84,9%
V. harveyi
81,7%
68.3%

Kontrol (-) Kontrol (+) Probiotik Prebiotik Sinbiotik

 Probiotic effects of Bacillus spp. from Pacific white shrimp (Litopenaeus
vannamei) on water quality and shrimp growth, immune responses, and
resistance to Vibrio parahaemolyticus (AHPND strains)

Werasan Kewcharoen, Prapansak Srisapoome
Fish and Shellfish Immunology (2019)
KESIMPULAN
Isolat kandidat probiotik B. subtilis AQAHBS001
yang diisolasi dari usus udang menunjukkan
kemampuan untuk bertahan di rentang kondisi
lingkungan yang luas. Isolat ini juga efektif
menghambat Vibrio spp. (VPAHPND) secara in
vitro. B. subtilis AQAHBS001 yang
disuplementasikan ke pakan dapat
berproliferasi dan kolonisasi pada saluran
pencernaan udang dan menunjukkan
peningkatan pertumbuhan, parameter imun,
meliputi ekspresi gen imun, serta menunjukkan
resistansi terhadap VPAHPND.

Shrimp School BDP IPB

 Peran Probiotik dan Prebiotik sebagai
Promotor Pertumbuhan

Orasi Ilmiah Guru Besar IPB widanarni@yahoo.com C-FPIK

 Isolasi ❖ RM3 (Ewingella americana)
❖ RM4 (Vibrio alginolyticus)
❖ RM5 (Sphingomonas paucimobilis)
❖ RM7 (Pseudomonas flourescens)

Probiotik + Prebiotik dari ubi jalar

Kerapu bebek

Marlida et al. (2014a,b)

Sinbiotik
Perlakuan
Parameter
RM3 RM4 RM5 RM7 Kontrol
BWG (g) 44.55±4.18c 54.51±1.73ab 49.12±5.06bc 55.95±3.96a 36.78±2.36d
SGR (% hari-1) 1.97±0.18bc 2.22±0.03a 2.01±0.14b 2.32±0.02a 1.79±0.10c
FCR 1.28±0.24a 0.99±0.01b 1.13±0.08ab 0.99±0.04b 1.27±0.07a
PR (%) 40.56±6.13bc 55.76±3.13a 43.38±1.84bc 44.83±4.94b 36.81±3.04c

Suplementasi RM4 & RM7 meningkatkan

kinerja pertumbuhan
 Bacillus sp. NP5
(amilolitik)

❖ Aktivitas amilase, kecernaan

Isolasi probiotik karbohidrat, dan
dari ikan nila pertumbuhan meningkat

Putra dan Widanarni (2015)

Djauhari et al. (2016)

Ikan mas
Bacillus sp. NP5 Prebiotik

Parameter Kontrol 106 CFU mL-1 108 CFU mL-1 1010 CFU mL-1
SR (%) 86.50±7.51a 90.00±3.46ab 96.50±4.04bc 100.00±0.00c
DGR (% hari -1) 1.40±0.04a 1.52±0.30a 2.33±0.85b 2.91±0.19b
FCR 2.55±0.11a 1.72±0.13b 1.66±0.24b 1.54±0.01b

Pertumbuhan, kelangsungan hidup & rasio konversi pakan lebih

baik dibanding kontrol & perlakuan lain.
Suplementasi pakan mengandung probiotik sebagai
promotor pertumbuhan pada berbagai jenis ikan

Ikan uji Isolat Probiotik Peningkatan kinerja Artikel

K9 (protease), Z3
Aktivitas enzim,
Udang (lipase), M2 (amilase) Widanarni
kecernaan nutrien,
vaname S3 (protease, amilase, et al. 2015
pertumbuhan
lipase)
Aktivitas enzim,
Bacillus megaterium Afrilasari
Lele kecernaan nutrien,
PTB 1.4 et al. 2016
pertumbuhan
Aktivitas enzim,
Bacillus clausii UG3 Mulyasari
Gurami kecernaan nutrien,
(selulase) et al. 2016
pertumbuhan
Pemanfaatan bakteri probiotik untuk predigest
bahan baku pakan
Pre-Digest

B. Clausii UG3

Daun Singkong
Kualitas nutrien & kecernaan tepung
daun singkong meningkat

Pemanfaatan tepung daun singkong hasil predigest

hingga level 30% tidak mengurangi pertumbuhan &
status kesehatan ikan nila. (Mulyasari 2017)
 Aplikasi probiotik, prebiotik & sinbiotik pada
larva udang melalui bioenkapsulasi Artemia sp.
Probiotik 1Ub, Meningkatkan :
Prebiotik MOS Asam lemak butirat
Sinbiotik 1Ub + MOS Artemia sp. Asam lemak linoleat
Asam lemak linolenat
Hamsah et al. 2017a
EPA, DHA

Hamsah et al. 2017b

Pertumbuhan Kelangsungan hidup

* * * * * *

a b b c a b b c
Pemberian Artemia sp. hasil bioenkapsulasi meningkatkan
aktivitas enzim pencernaan larva udang
Aktivitas Enzim (U/mL/menit)
Perlakuan
Protease Lipase Amilase Mananase
Kontrol 0.011±0.0004a 0.037±0.0015a 0.576±0.004a 0.070±0.001a
Probiotik 0.022±0.0044b 0.041±0.0005c 0.788±0.006c 0.119±0.052ab
Prebiotik 0.013±0.0016a 0.044±0.0005b 0.613±0.008b 0.109±0.004ab
Sinbiotik 0.033±0.0007c 0.047±0.0010d 0.853±0.008d 0.148±0.004b

RNA/DNA ratio

Pemberian Artemia sp.

hasil bioenkapsulasi
meningkatkan rasio
a b a c RNA/DNA larva udang

Hamsah et al. 2017b

 Peran Mikroba dalam Memperbaiki
Kualitas Lingkungan Budidaya

Orasi Ilmiah Guru Besar IPB widanarni@yahoo.com C-FPIK

 Pakan Tiga cara membuang amonia-
nitrogen dari sistem budidaya
20-30% protein pakan
yang dimanfaatkan
N2

1 Bakteri
Kepadatan tinggi
denitrifikasi
Fitoplankton
2
70% protein pakan Bakteri autotrof/
diekskresikan ke air TAN NO2 nitrifikasi NO3
3
Konversi langsung
menjadi biomassa

Pakan tak Feses

termakan Biomassa Mikroba
(Diilustrasikan dari: Montoya & Velosco 2000; Stickney 2005; Ebeling et al. 2006; Crab et al. 2007
Tambak Udang Kawasan Mangrove

Isolasi bakteri nitrifikasi Isolasi bakteri

(isolat S12) denitrifikasi (isolat DS7)

Uji In vitro Reduksi 80.54% ammonia dan

85.41% nitrat dibandingkan
dengan kontrol
Uji In vivo

Pemeliharaan udang 28 Kelangsungan hidup: 90%

hari dengan zero water
exchange Laju pertumbuhan: 2.1%
Kontrol nitrogen anorganik melalui penambahan
sumber karbon: Teknologi Bioflok
Pakan N2
Dimanfaatkan Cahaya Karbon
organik Aerasi/
sebagai pakan
sumber O2

Biomassa mikroba/flok

TAN NO2 NO3

Pakan tak Feses Teknologi Bioflok

termakan (Diilustrasikan dari: Avnimelech 2007; Crab et al. 2007)
Penambahan probiotik pada sistem
budidaya ikan lele berbasis bioflok
Ikan lele
Probiotik

Bioflok

➢ Kinerja budidaya lebih

baik (kelangsungan hidup
90%; konversi pakan 0,9)
➢ Ukuran lele lebih seragam
➢ Tingkat kanibalisme
rendah
 Manajemen mikroba dalam
akuakultur masa depan

Orasi Ilmiah Guru Besar IPB widanarni@yahoo.com C-FPIK

Pemetaan Komunitas Mikroba

Penemuan
Identifikasi dengan
probiotik
Next Generation Sequencing baru

Struktur komunitas,
keragaman dan
Desain prebiotik sesuai faktor yang terkait
target mikrobiota dengan modulasinya
menguntungkan
Aplikasi probiotik pada manusia sebagai role model bagi
pengembangan probiotik dalam akuakultur
Viscero-soematosensory
Fermented milk product with 5 cortex
probiotic strains Limbic system
Prefrontal cortex
Emotive
Midbrain
stress
• Altered connectivity
test in brain regions

Human •

•
Reduced emotion
evoked responses
Attenueted
Neural or
Collins & Berick (2013); humoral
response to
emotional task
Nature Reviews pathways
Gastroenterology

Fish Altered activity

in gut
microbiome
Budidaya Recovery,
Intensif: managed
Tumbuh
➢ Lingkungan Probiotik & Sehat
➢ Stres
Kesimpulan:
 Aplikasi probiotik Bacillus sp. NP5, prebiotik
madu dan sinbiotik melalui pakan dapat
meningkatkan kinerja pertumbuhan dan
komposisi mikrobiota saluran pencernaan udang
vaname

Perlakuan
Parameter
Kontrol Probiotik Prebiotik Sinbiotik
LPS (% hari-1) 2.68±0.02a 3.03±0.02b 3.09±0.02c 3.04±0.03bc

TKH (%) 100.00±0.00a 100.00±0.00a 100.00±0.00a 100.00±0.00a

RKP 2.15±0.03c 1.49±0.01b 1.45±0.00a 1.47±0.01ab

Aktivitas enzim
amilase (IU mg-1 0.941±0.0587a 1.336±0.1192b 1.388±0.0211b 1.241±0.1657b
protein)
Aktivitas enzim
protease (IU mg-1 0.009±0.0006a 0.014±0.0026b 0.055±0.0004d 0.024±0.0016c
protein)
Aktivitas enzim Hasyimi et al. 2020)
lipase (IU mg-1 0.117±0.0025a 0.127±0.0037b 0.152±0.0025c 0.145±0.0025c
protein)
 Orasi Ilmiah Guru Besar IPB
Bogor, 24 Februari 2018

TERIMA KASIH