EVOLUSI MOLEKULER

Makalah

Untuk Memenuhi Tugas Matakuliah Evolusi

Yang Dibimbing Oleh Ibu Siti Imroatul Maslikah, M. Si

Oleh :

Kelompok 7 / Offering G-Kesehatan

Nur Raiyan Jannah (180342618004)

Oktavia Sutarinda (180342618052)

UNIVERSITAS NEGERI MALANG

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
JURUSAN BIOLOGI
Oktober 2021
 BAB I

PENDAHULUAN

A. Latar Belakang
Keturunan akan memiliki perbedaan dari neneng moyang, hal ini
dikarenakan adanya evolusi. Evolusi merupakan proses gradual, suatu
organisme yang memungkinkan spesies sederhana menjadi lebih komplek
melalui akumulasi perubahan dari beberapa generasi (Dharmayanti, 2011).
Semua bagian dari organisme akan berubah karena adanya evolusi. Evousi
molekuler disinonimkan dengan evolusi yang terjadi pada tingkat protein,
karena sebagian besar evolusi tingkat molekulul dipelajari secara
menyeluruh pada protein. Protein merupakan molekul yang paling umum
dan paling berdiversifikasi pada organisme.
Semenjak Charles Darwin mengemukakan gagasannya tentang
teori evolusi yang tertuang dalam bukunya “On the Origin of Species by
Means of Natural Selection or the Preservation of Favoured Races” telah
banyak menuai atau menimbulkan pro dan kontra di masyarakat. Terlepas
dari pro dan kontra tersebut, teori evolusi (evolusi biologi/organik) saat ini
terus mengalami perkembangan seiring dengan berkembangnya ilmu
pengetahuan dan teknologi pada era globalisasi ini. Mulai dari teori
evolusi masa Darwin hingga saat ini pada masa evolusi modern yang
memandang dan mengkaji teori evolusi dari berbagai aspek dan
pendekatan.
Pengkajian teori evolusi pada masa modern ini dilihat dari
beberapa pendekatan antara lain melalui pendekatan genetika populasi,
evolusi ekologi, evolusi molekuler, sistematik, dan paleontologi (Stearn &
Hoekstra, 2003). Dengan demikian dapat disimpulkan bahwa untuk
mengkaji proses evolusi biologi dapat dilakukan melalui berbagai
pendekatan, sehingga masalah evolusi dapat dikaji secara lebih
komprehensif dan proporsional.
Pendekatan evolusi molekuler (molecular evolution) sebagai salah
satu pendekatan yang digunakan dalam mengkaji evolusi biologi pada saat
ini (masa evolusi modern) sangat banyak digunakan (Waluyo, 2005).
 Pendekatan molekuler ini mengkaji dan memandang evolusi dari sejarah
rekaman urutan DNA dan protein (Stearn & Hoekstra, 2003). Selanjutnya
dalam mengkaji masalah evolusi, maka terdapat dua area pembahasan
evolusi molekuler yaitu: (1) evolusi makromolekul, menunjuk kepada rata-
rata dan pola perubahan yang tampak pada materi genetik (misalnya
urutan DNA) dan produksinya (misalnya protein) selama waktu evolusi
serta mekanisme yang bertanggung jawab untuk sejumlah perubahan itu;
dan (2) rekonstruksi sejarah evolusi gen dan organisme (molecular
phylogeny), menjelaskan sejarah evolusi organisme dan makromolekul
seperti adanya keterlibatan data-data molekuler (Widodo, 2003).
Berdasarkan uraian di atas diketahui pentingnya evolusi molekuler
untuk dikaji dan dipelajari lebih lanjut. Makalah ini akan menguraikan
sebagain kecil dari evolusi molekuler.
B. Rumusan Masalah
Berdasarkan latar belakang di atas maka rumusan masalah dari
makalah ini adalah sebagi berikut :
1. Bagaimana konsep dari evolusi molekuler secara luas ?
2. Bagaimana prosedur evolusi molekuler ?
C. Tujuan
Berdasarkan latar belakang dan rumusan masalah di atas, tujuan
dari makalah ini adalah sebagai berikut :
1. Mengetahui konsep evolusi molekuler secara luas.
2. Mengetahui prosedur evolusi molekuler.
 BAB II

PEMBAHASAN

A. Konsep Evolusi Molekuler

Pengkajian evolusi pada masa evolusi modern saat ini dilihat dari
berbagai aspek dan pendekatan sesuai dengan perkembangan ilmu
pengetahuan dan teknologi itu sendiri. Pada masa sekarang ini masalah
evolusi dikaji dari pendekatan genetika populasi, evolusi ekologi,
sistematik, evolusi molekuler dan paleontologi (Stearn & Hoekstra, 2003).
Berbagai pendekatan dalam mengkaji masalah evolusi ini diprediksikan
akan terus berkembang sesuai dengan dinamika perkembangan ilmu.
Evolusi molekuler (molecular evolution) pada dasarnya
menjelaskan dinamika daripada perubahan evolusi pada tingkat molekuler,
disamping itu untuk mendukung pemahaman tentang proses evolusi dan
efek-efek berbagai macam mekanisme molekuler, termasuk di dalamnya
adalah evolusi genom, gen-gen, dan produk- produknya (Graur & Hsiung
Li, 2000). Lebih lanjut dikatakan bahwa studi tentang evolusi molekuler
berakar pada dua disiplin ilmu yang berbeda yaitu genetika populasi dan
biologi molekuler. Genetika populasi melengkapi tentang dasar teori untuk
proses-proses evolusi, sementara biologi molekuler melengkapi tentang
data empirik. Jadi untuk memahami evolusi molekuler tersebut sangat
diperlukan pengetahuan dasar keduanya yaitu genetika populasi dan
biologi molekuler praktis.
Graur & Hsiung Li (2000) mengungkapkan pembahasan, lingkup,
atau area evolusi molekuler meliputi dua area yaitu: (1) evolusi
makromolekul, dan (2) rekonstruksi sejarah evolusi gen dan organisme.
Area evolusi makromolekul menunjukkan karakteristik perubahan dalam
materi genetik (urutan DNA atau RNA) dan produk-produknya (protein
atau molekul RNA) serta terhadap rata-rata dan pola perubahan yang
tampak. Sedangkan area kedua filogeni molekuler menjelaskan sejarah
evolusi organisme dan makromolekul seperti adanya keterlibatan data-data
molekuler dan metodologi pohon rekonstruksi. Stearn dan Hoekstra (2003)
secara lebih sederhana menyatakan bahwa evolusi molekuler mengkaji dan
 memandang evolusi dari rekaman sejarah dalam urutan DNA dan protein.
Karmana (2009) menungkapkan pengertian dan lingkup dari evolusi
molekuler adalah suatu pendekatan pengkajian masalah evolusi yang
berpijak pada populasi genetika dan biologi molekuler dengan area atau
lingkup pengkajian pada perubahan materi genetik (urutan DNA atau
RNA) dan produknya (protein atau molekul RNA) serta rata-rata dan pola
perubahannya serta mengkaji pula sejarah evolusi organisme dan
makromolekul yang didukung data-data molekuler (filogeni molekuler).
B. Prosedur Evolusi Molekuler
Terbentuknya Planet Bumi
Pembentukan alam semesta diawali dari peristiwa Big Bang yang
terjadi 20 milyar tahun yang lampau. Sekitar 15 milyar tahun sesudah
peristiwa tersebut, terbentuklah gugusan awan yang tersusun atas gas dan
debu, dimana pengaruh gravitasi menyebabkan benda-benda tersebut
berkondensasi membentuk bola gas yang disebut bintang. Bintang ini
dikelilingi oleh berbagai benda sferis yang disebut planet. Gas hidrogen
dan helium adalah komposisi utama pembentuk bintang, sementara
sebagian kecil unsur-unsur berat berperan menyusun berbagai planet.
Dalam tahap awal pembentukannya, planet bumi masih sangat
panas hingga H2O selalu dalam bentuk uap. Pada tahap selanjutnya, saat
temperatur bumi mulai menurun, molekul air dapat berkondensasi hingga
terbentuk danau dan lautan. Kehidupan di bumi diperkirakan berasal dari
berbagai reaksi kimia di atmosfer yang diikuti dengan terjadinya berbagai
reaksi di perairan purba tersebut.

Teori Asal Usul Kehidupan oleh Oparin

Radiasi UV dari matahari bersama dengan percikan listrik dari
halilintar diduga menyebabkan berbagai gas di atmosfer bereaksi dan
membentuk senyawa organik sederhana. Senyawa tersebut akan jatuh
kebumi dan terlarut dalam lautan dan terus bereaksi hingga tercipta
bentukan seperti sup yang disebut ”primitive soup”. Sup purba ini
mengandung beragam senyawa seperti asam amino, gula, dan basa asam
nukleat. Pada tahap selanjutnya senyawa dalam sup tersebut mulai
mengalami polimerisasi dan menghasilkan bentukan seperti kantung.
Kantung inilah yang diduga kelak akan menjadi sel-sel purba yang
pertama muncul di muka bumi. Teori ini diajukan oleh pakar biokimia dari
Rusia bernama Alexander Oparin di tahun 1920-an. Charles Darwin
sendiri juga pernah memprediksikan bahwa kehidupan pertama muncul
dari suatu kolam yang mengandung amonia dan senyawa lain yang
dibutuhkan. Dalam hal ini Oparin memberi penekanan bahwa kehidupan
muncul di bumi sebelum adanya oksigen. Hal ini disebabkan oksigen
adalah senyawa yang reaktif dan bila bereaksi dengan molekul-molekul
prekursor tersebut dan terjadi oksidasi, maka senyawa yang baru terbentuk
tersebut akan terurai menjadi air dan CO2.

Senyawa kompleks yang tertimbun membentuk sop purba di lautan

tersebut selanjutnya berkembang sehingga memiliki kemampuan dan sifat
sebagai berikut :

a) memiliki sejenis membran yang mampu memisahkan ikatan-ikatan

kompleks yang terbentuk dengan molekul-molekul organik yang
terdapat disekelilingnya;
b) memiliki kemampuan untuk menyerap dan mengeluarkan molekil-
molekul dari dan ke sekelilingnya;
c) memiliki kemampuan untuk memanfaatkan molekul-molekul yang
diserap sesuai denagn pola-pola ikatan didalamnya;
d) mempunyai kemampuan untuk memisahkan bagian-bagian dari
ikatan-ikatannya. Kemampuan semacam ini oleh para ahli
dianggap sebagai kemampuan untuk berkembang biak yang
pertama kali.

Senyawa kompleks dengan sifat-sifat tersebut diduga sebagai

kehidupan yang pertamakali terbentuk. Jadi senyawa kompleks yang
merupakan perkembangan dari sop purba tersebut telah memiliki sifat-sifat
hidup seperti nutrisi, ekskresi, mampu mengadan metabolisme, dan
mempunayi kemampuan memperbanyak diri atau reproduksi. Walaupun
dengan adanya senyawa-senyawa sederhana serta energi yang berlimpah
sehingga dilautan berlimpah senyawa organik yang lebih kompleks,
namun Oparin mengalami kesulitan untuk menjelaskan mengenai
mekanisme transformasi dari molekul-molekul protein sebagai abenda tak
hidup kebenda hidup.

Polimerisasi Monomer Hingga Menghasilkan Makromolekul

Polimerisasi suatu monomer untuk menghasilkan makromolekul

seperti protein dan asam nukleat membutuhkan energi untuk membangun
ikatan dan pelepasan H2O. Tidak seperti sel masa kini yang menggunakan
pospat berenergi tinggi, sel di masa lampau menggunakan sumber energi
yang lain. Protein yang pertama kali tercipta adalah suatu polimer yang
memiliki urutan asam amino yang acak disebut sebagai proteinoid.
Senyawa ini dapat dibuat dengan cara memanaskan asam amino kering
pada suhu 150oC selama beberapa jam. Bila protein masa kini membangun
ikatan antar asam amino pada gugus amin dan hidroksil, maka protein di
masa lampau bahkan dapat membuat ikatan pada gugus rantai samping.
Proteinoid ini terkadang tersusun atas 250 asam amino dan sudah memiliki
kemampuan enzimatik.

Terbentuknya proteinoid ini diperkirakan terjadi disekitar gunung

berapi. Pengamatan tentang terbentuknya proteinoid banyak dilakukan
oleh seorang pakar bernama Sydney Fox. Terjadinya polimerisasi asam
amino juga dapat terjadi melalui pengikatan dengan mineral tanah liat
yang disebut ”clay”. Ikatan antara tanah liat ini dengan molekul-molekul
kecil organik dapat memicu terjadinya reaksi polimerisasi. Sebagai contoh,
jenis tanh liat tertentu seperti Montmorillonite dapat mengkondensasi
asam amino menjadi polipeptida sepanjang 200 residu. Polimerisasi asam
amino juga dapat terjadi dalam suatu larutan yang mengandung agen
kondensasi. Beberapa agen kondensasi yang telah dikenal adalah sejenis
derivat sianida reaktif yang disebut poliphospat.

Polifosfat dapat bereaksi dengan beragam molekul organik untuk

menghasilkan fosfat organik. Salah satu produk dari reaksi ini adalah asam
amino asil fosfat dan fosforamidat. Asil fosfat adalah asam amino yang
memiliki gugus fosfat yang terikat pada gugus karboksil, sedangkan
fosforamidat adalah asam amino yang gugus fosfatnya berikatan pada
gugus amin. Bila senyawa derivat semacam ini dipanaskan, maka akan
terbentuk polipeptida. Melalui cara yang serupa, molekul AMP dapat
dibuat dari adenin yang ditambah polifosfat, dan selanjutnya dapat
terbentuk polipeptida melalui polimerisasi.

Asal Mula Makromolekul sebagai Materi Genetik

Informasi genetik suatu organisme diwariskan pada keturunannya

melalui suatu untaian nukelotida. Campuran polifosfat, purin, dan
pirimidin dapat menghasilkan rantai asam nukleat, tentu dengan adanya
ribosa atau deoksiribosa. Bila suatu RNA template diinkubasikan dalam
campuran nukleotida dan suatu agen kondensasi, maka dapat terbentuk
untai RNA komplementer. Kemudian bila campuran nukleosida trifosfat
(atau campuran nukleotida dan polifosfat) diinkubasikan dalam kondisi
seperti bumi di masa lampau, lalu menggunakan Zn sebagai katalis, maka
pada akhirnya dapat terbentuk satu untai RNA. Proses polimerisasi seperti
ini berjalan sangat lambat. Namun untuk selanjutnya, bila polimer RNA
telah ada, maka RNA ini dapat berperan sebagai template untuk
pembuatan RNA komplemen selanjutnya.

Polimerasi dari monomer-monomer akan terjadi pembentukan

banyak makromolekul dan biasanya akan menyisakan atau pembebasan
H2O (air). Makromolekul yang dibentuk berupa protein dan asam-asam
amino membutuhkan energi untuk pembentukan dan menyisakan air.
Proteinoid merupakan polimer protein imitasi yang berisi susunan asam-
asam amino secara acak (random). Proteinoid dapat dibentuk dengan
pemanasan kering asam amino dengan suhu berkisar 150 0C selama
beberapa jam. Dalam struktur biologi bahwa protein tersusun atas 2 gugus
yakni α-NH2 dan α-COOH dari asam amino Selain pemanasan kering,
pembentukan proteinoid juga menggunakan mineral lilin (clay) sebagai
substrat.
 Sistem katalisis menggunakan clay sama halnya dengan prinsip
“key and lock” asam amino acak akan tersusun pada permukaan clay,
ketika beberapa susunan terbentuk, masing-masing asam amino akan
terhubung menjadi polipeptida misalnya hingga 200 panjangnya hasil
residu. Polimerasi asam amino pula terjadi dengan kehadiran komponen
asing berupa agen kondensi yang ditambahkan dalam gugus asam amino.
Misalnya polipospat yang paling banyak digunakan dalam proses biologi.
Polipospat dapat bereaksi dengan beragam jenis molekul dalam
membentuk polipospat organik yang sebelumnya anorganik. Asam amino
dapat bereaksi dengan polipospat dengan menghasilkan 2 kemungkinan
produk molekul yakni Acyl Phosphat dari pemutusan rantai di ujung gugus
Karboksil (α-COOH)  asam amino, serta Phosporamidates dari pemutusan
rantai di ujung Amina (α-NH2).

Asal Mula Terbentuknya Sel

Terbentuknya molekul organik dalam dunia purba adalah tahap

pertama pembentukan sel primitif. Diduga bahwa protein dan lipida
terkumpul di sekitar RNA atau DNA primitif sehingga menghasilkan
bentukan serupa kantung. Sel primitif ini mulai mengembangkan
kemampuan untuk menggunakan RNA sebagai materi genetiknya. Lipid
berperan membangun membran yang melindungi berbagai komponen sel.
Walau protein dan RNA memiliki kemampuan enzimatik, tetapi bila
protein lebih dominan dalam perannya, maka RNA akan mengurangi
peran katalitiknya.

DNA baru ditemukan pada tahap evolusi berikutnya. Karena DNA

lebih stabil daripada RNA, maka DNA dapat menyimpan dan mentransfer
informasi genetik dengan tingkat kesalahan yang rendah. Sel primitif ini
sangat mirip dengan bakteri, sel ini hidup dalam media senyawa organik
yang disebut primitive soup. Akan tetapi media ini menyediakan suplai
energi yang terbatas. Secara perlahan sel primitif ini mulai mencari sumber
energi baru, yaitu sinar matahari. Bentuk awal fotosintesis di muka bumi
ini berupa proses yang mengolah energi sinar matahari dan belerang.
 Bentuk fotosintesis pada tahap selanjutnya tidak lagi memakai
belerang, tetapi memakai H2O dan melepaskan O2 ke atmosfer.
Keberadaan oksigen di atmosfer mulai mengubah wajah bumi, karena
dengan adanya oksigen, maka kemampuan respirasi mulai terbentuk. Sel
pada tahap selanjutnya mampu menghasilkan energi dengan cara
mengoksidasi zat makanannya. Fotosintesis melepas oksigen dan
mengambil karbohidrat, sementara respirasi melakukan sebelumnya.
Proses ini membuka jalan terbentuknya ekosistem dimana flora dan fauna
berinteraksi saling melengkapi.
 BAB III

PENUTUP

Kesimpulan

Evolusi molekular merupakan penjelasan tentang proses evolusi pada tingkar

molekuler yang mencakup kajian tentang fisika, kimia, dan juga biologi.
Terbentuknya alam semesta berhubungan dengan evolusi fisika yang merupakan
penjelasan mengenai peristiwa pembentukan bumi, melalui peristiwa Big Bang
selanjutnya pembentukan mikromolekul, makromolekul, atmosfer bumi yang
dijelaskan pada teori Oparin yaitu Primitive Soup, serta penjelasan tentang
peristiwa awal terbentuknya sel beserta perkembangannya secara biologi yang
dapat dijelaskan dengan perkembangan materi genetik.

Saran

Alangkah baiknya, penulis dapat menambahkan penjelasan lebih rinci

terkait teori-teori yang disebutkan serta memperbanyak referensi buku ataupun
artikel terbaru terkait topik bahasan. Penulis diharapkan dapat menyampaikan
topik bahasan dengan baik dan akan bekerja lebih baik di masa depan.
 Daftar Rujukan

Dharmayanti, N.L.P.I. 2011. Filogenetika Molekuler: Metode Taksonomi

Organisme Berdasarkan Sejarah Evolusi. Wartazoa. Vol. 21 (1). Hal : 1-
10.

Graur, D & Hsiung Li, W. 2000. Fundamental of Molecular Evolution. Second

Edition. Massachusetts: Sinaur Associates, Inc, Publisher.

Karmana, I Wayan. 2009. Kajian Evolusi Berbasis Urutan Nukloitida. Ganec

Swara. Vol. 3 (3). Hal : 75-81.

Stearn, S.C. & Hoekstra, R.F. 2003. Evolution an Introduction. New York:
Oxford University Press.

Waluyo, L. 2005. Evolusi Organik. UMM Press. Malang.

Widodo. 2003. Evolusi (Program Semi Que-IV) Direktorat Pendidikan Tinggi.

Proyek Peningkatan Manajemen Pendidikan Tinggi Departemen
Pendidikan Nasional. Jakarta.