Mahadata Kesehatan dan Pelayanan Kedokteran Masa Datang

Budi Wiweko
budi.wiweko01@ui.ac.id
budi.wiweko@gmail.com

Academic Health System Universitas Indonesia - Indonesian Medical Education and Research Institute
Faculty of Medicine Universitas Indonesi - Dr. Cipto Mangunkusumo General Hospital
Jakarta

Inspiring and empowering society

Kemajuan teknologi yang memberikan
pengaruh lebih dari 80% terhadap tenaga
kesehatan:

• kemampuan menganalisis genomik

• penggunaan perangkat telepon pintar
• natural language processing (NLP) dan speech
recognition
• telemedisin
• penggunaan kecerdasan buatan sebagai model
prediksi maupun perangkat diagnostik

Eric Topol. Nature, 2019

Inspiring and empowering society


Mahadata dan Pelayanan Kesehatan
Cakupan JKN terhadap layanan
Kesehatan
Fasyankes yang melakukan
pelayanan JKN
Jumlah dokter spesialis
Jumlah dokter umum
Penyebab kematian tertinggi
Jumlah penduduk usia lanjut
“ Big data is new oil “
221.021.074 penduduk
27.055 fasyankes
22.840 FKTP
Dokter umum: 120.000
Dokter spesialis: 40.000
Stroke, penyakit jantung,
diabetes melitus, tuberkulosis
15% dari total populasi
(39 juta)
Inspiring and empowering society
Bagaimana mahadata kesehatan dikumpulkan

Berbagai aktifitas pelayanan kesehatan yang merupakan sumber mahadata

Inspiring and empowering society

 (Bio bank UK)

Dari DNA menjadi mahadata: Penyimpanan sampel darah, urin dan saliva yang berasal dari
> 500.000 subyek. Tampak robot mengambil sperimen yang akan diteliti untuk melihat kaitan
genetik dan penyakit

Inspiring and empowering society

Translasi data klinik dan genomik menjadi
algoritma

Inspiring and empowering society

 Peran Teknologi dalam Mahadata Kesehatan

Berbagai platform teknologi yang dapat menjembatani digitalisasi layanan kesehatan

Dean Ho. Trends in biotechnology, 2020

Inspiring and empowering society

 Perkembangan teknologi
digital dalam layanan
kesehatan

Inspiring and empowering society

 Kecerdasan buatan dan mahadata kesehatan

Kecerdasan buatan yang pertama kali didefinisikan

• Machine learning (ML) diperlukan untuk
oleh John Mc Carthy pada tahun 1955.
mengelompokkan variasi pasien dan meramalkan
luaran suatu penyakit berbasis data pencitraan dan
genetik yang terstruktur.

• Natural language processing (NLP) akan

mengekstraksi dan mengolah informasi penting dari
data tidak terstruktur, seperti rekam medik
elektronik.

Kurt Benke, Geza Benke. Int. J. Environ. Res. Public Health 2018

Inspiring and empowering society

Manfaat kecerdasan buatan:
• Klinisi akan meningkatkan kecepatan dan akurasi
interpretasi data dan gambar
• Fasyankes dapat memperbaiki alur kerja dan
mengurangi kemungkinan kesalahan
• Pasien terutama untuk mengolah data kesehatan
dirinya yang sangat bermanfaat bagi aspek promotif
dan preventif

Eric J Topol. Nature Medicine, 2019

Inspiring and empowering society

Mahadata dan Kedokteran
Presisi

Kedokteran presisi merupakan pelayanan

kesehatan individu berbasis genetik,
perilaku dan lingkungan.
Richard Hodgson

“ Perkembangan aspek genetik dan ketersediaan data kesehatan mendorong terwujudnya

pelayanan kesehatan individu secara lebih tepat ”

Inspiring and empowering society

Penerapan kedokteran presisi terhadap berbagai penyakit pada manusia

Chan Song et al. Biomedicine and Pharmacotherapy, 2020

Inspiring and empowering society

.

Aplikasi kedokteran presisi pada penyakit kanker

Chan Song et al. Biomedicine and Pharmacotherapy, 2020

Inspiring and empowering society

 Teknologi Reproduksi Berbantu = TRB

43 tahun bayi tabung di dunia

25 Juli, 1978

Lahirnya Louise Brown

membuktikan bahwa
pembuahan di luar tubuh
manusia dapat dilakukan

Program bayi tabung memberikan perubahan yang fundamental pada proses dan fungsi reproduksi
manusia

Niederberger et al. Fertil Steril, 2018

Inspiring and empowering society

“ We’re at the end of beginning, not the beginning of the end “

Patrick Steptoe

Robert Edward
BAYI TABUNG PERTAMA INDONESIA

Sudraji Sumapraja
4 Oktober 2010

Nugroho Karyanto
Dilahirkan 2 Mei 1988

Inspiring and empowering society

 Intra cytoplasmic sperm injection (ICSI)

Dokumentasi Klinik Yasmin - RSCM

Inspiring and empowering society

 Jumlah embrio dengan kromosom normal

n = 4,747 cycles and 29,803 embryos. (Modified from Munne)

Ata, Munne et al. (2012) Reprod Biomed Online and unpublished data

Inspiring and empowering society

Jumlah sel telur yang diperlukan untuk menghasilkan
satu buah blastokista euploid

Vaiarelli et al. Curr Opin Obstet Gynecol, 2018

Inspiring and empowering society

 Stimulasi ovarium Sperma ICSI
3 5
1

Sel telur
Seleksi embrio

6
2

Inefisiensi Biologis bayi tabung

5% persen oosit menjadi bayi
yang dilahirkan
Reseptivitas endometrium
Inspiring and empowering society
 Anti-Mullerian Hormone (AMH)
to Biological Age

Indonesian Kalkulator of Oocytes

Chronological Age AMH Level Biological Age

25 years old 5.4 ng / mL 25 years old
25 years old 0.5 ng / mL 42 years old
POI
Wiweko. Ina Repromed, 2015

Inspiring and empowering society

Intracytoplasmic Morphologically Selected Sperm Injection

Mandi sauna atau berendam air hangat

Menonton televisi lebih dari 40 jam seminggu

RS Pondok Indah IVF Center Documentation

Inspiring and empowering society

Software Pemindai Kromosom Sel Telur

RS Pondok Indah IVF Center Documentation

Inspiring and empowering society

Inkubator cerdas yang mengamati pembelahan embrio setiap saat

RS Pondok Indah IVF Center Documentation

Inspiring and empowering society

 Inkubator cerdas yang mengamati
pembelahan embrio setiap saat

RS Pondok Indah IVF Center Documentation

Inspiring
Dokumentasi Klinik Yasmin - RSCM and empowering society
 Pra-implantation Genetic Testing

Biopsi trophectoderm

hatching blastocyst

Dokumentasi Klinik Yasmin - RSCM

RS Pondok Indah IVF Center Documentation

Inspiring and empowering society

 Pra-implantation Genetic Testing
Biopsi trophectoderm

Monosomy 21, XX

Spent Culture Medium (cell-free DNA embrio)

Monosomy 21, XX
Wiweko. Klinik Yasmin - RSCM

Inspiring and empowering society

Kecerdasan buatan dalam program
bayi tabung

Mahadata dari rekam medik elektronik

dan data pencitraan bayi tabung dapat
dianalisis oleh ML dan NLP menjadi
algoritma

Inspiring and empowering society

 Automated Grading Embryo

Pengambilan 1226 data embrio dari Melakukan Image Cropping, dan melakukan
Yasmin IVF, RSCM Kencana labeling embrio secara manual

Algoritma yang sudah didapatkan dari proses deep- Data citra embrio diproses menggunakan teknologi deep-learning
learning dilatih menggunakan database dari Fast.AI dengan arsitektur ResNet50 Convulotional Neural Network
PyTorch

Akbar A, Riyati O, Amelia P, Mutia K. Wiweko B. IMERI, 2020

Inspiring and empowering society

 Automated Grading Embryo

Dilakukan labelling
dan grading secara
manual pada 1226
citra embrio

Train / Test
Grade 1: 344 / 115
Grade 2: 465 / 155
Grade 3: 110 / 37

Citra embrio dengan grading 1,2 dan 3

Akbar A, Riyati O, Amelia P, Mutia K. Wiweko B. IMERI, 2020

Inspiring and empowering society

Inspiring and empowering society
PEMERIKSAAN RESEPTIVITAS ENDOMETRIUM
BERBASIS EKSPRESI 238 GEN

Alonzo et al. Fertil Steril, 2013

Inspiring and empowering society

 Precision Public Health

Translasi kedokteran presisi menuju precision public health dalam memecahkan masalah
kesehatan masyarakat.

Inspiring and empowering society

Continuously Monitoring the Human Machine

Kedokteran presisi akan mendukung kesehatan presisi yang memungkinkan individu mengatur
perilaku dan lingkungan untuk hidup sehat. Pengumpulan data kesehatan secara pasif dan
terus menerus merupakan kunci utama dalam aspek kesehatan presisi.

Model pemanfaatan data berbasis aplikasi mobile dalam pelayanan kesehatan

Inspiring and empowering society

Inspiring and empowering society
 A positive feedback loop

Setiap orang akan dinilai faktor risiko serta

dibandingkan dengan populasi sehingga dapat
dipilih intervensi yang tepat.

Pengamatan secara pasif dan terus menerus

akan meningkatkan luaran promotif dan
preventif.

Inspiring and empowering society

Now GP & wearable technology

Telemedisin yang dikembangkan NHS memanfaatkan ML untuk

menganalisis data yang diperoleh dari wearable technology
menjadi layanan kedokteran presisi.

Algoritma dibangun sehingga bisa menelusuri riwayat kesehatan

dan memberi informasi ini kepada pasien dan tenaga kesehatan.
Fokus terutama pada pencegahan dan deteksi dini.

Inspiring and empowering society

Seluruh data ibu hamil dalam BPJS Kesehatan diolah menggunakan desain nested case-control
menjadi kelompok pre-eklampsia / eklampsia (n = 3318) dan kelompok normotensi (n = 19,883).

Data yang ada memiliki 95 variabel termasuk data karakteristik dan demografi serta riwayat
kesehatan 24 bulan sebelum onset hipertensi serta melahirkan.

Inspiring and empowering society

 Joseph Aoun menyampaikan pentingnya literasi
data, teknologi dan manusia bagi mahasiswa

Perguruan Tinggi berada di era kecerdasan buatan

• Literasi data sangat penting bagi mahasiswa untuk dapat memahami mahadata Kesehatan
• Literasi teknologi menyiapkan kemampuan mahasiswa untuk beradaptasi dan mengadopsi kemajuan
teknologi
• Literasi manusia akan menyiapkan mahasiswa untuk bisa berkolaborasi lintas disiplin dalam

mengaplikasikan kemajuan ilmu dan teknologi

Inspiring and empowering society

“ In an age where the average consumer manages nearly all aspects of life online, it’s a
no-brainer that healthcare should be just as convenient, accessible, and safe as online
banking. ”

— Jonathan Linkous, CEO of the American Telemedicine Association

Inspiring and empowering society

INDONESIA REPRODUKSI SEHAT
• Umur • Mual
• Riwayat penyakit keluarga • Paritas • Muntah
• Kadar Hb • HPHT • Sakit kepala
• Berat badan • Kenaikan berat badan • Kaki bengkak
• Tinggi badan • Kenaikan berat janin • Perdarahan pervaginam
• Riwayat penyakit individu • Tekanan darah • Ketuban pecah
• Edukasi perencanaan keluarga • Gerak janin • Merokok

Bandingkan dengan data base normal

DATA GENOMIK
Remaja putri
Pasangan Monitoring
Calon Ibu hamil Persalinan Bayi dan anak
usia subur
Remaja putra pengantin
Berat lahir
Pregnancy Organizer Risiko stunting Risiko stunting

Suplementasi
• Zat besi
• Notifikasi berkala
• Asam folat
• ANC berkala
• Zinc
• Deteksi dini
• Vitamin D3
• Intervensi
• MMN (multiple micronutrient)
• Emergensi

A life cycle approach: from womb to tomb Budi Wiweko, 2021

Architecture of an HIoT framework

Inspiring and empowering society

Widely used HIoT services

Inspiring and empowering society

A generalized m-IoT environment

Inspiring and empowering society

Wearable sensors

Inspiring and empowering society

A blockchain-based health monitoring system

Inspiring and empowering society

Application of HIoT
Category of HIoT application

Inspiring and empowering society

A smart healthcare framework for AAL

Inspiring and empowering society

Catatan penting terkait mahadata kesehatan (1)

No Variabel Uraian Catatan

1 Regulasi Hukum Kesehatan 4.0 Kondisi sekarang
Melindungi semua Issue penting terkait mahadata • UU no 36 tahun 2009
• Kepemilikan • Perpres 39 tahun 2019
• Keamanan • RUU perlindungan data
• Rahasia pribadi
• Privacy • Surat edaran Menkes no. 303
• Akses / 2020
• Aspek kontribusi dan berbagi • Perkonsil no. 74 / 2020
• Kekayaan intelektual
• Biobank

2 Infrastruktur • Platform teknologi digital yang disahkan dan Perlu diperhatikan kondisi
digunakan pemerintah geografis Indonesia
• Jaringan komunikasi yang handal dan merata (5 G)
• Wearable device buatan Indonesia

Inspiring and empowering society

Catatan penting terkait mahadata kesehatan (2)
No Variabel
3 Sumber daya manusia
4 Badan otoritas data kesehatan
Indonesia
5 Update dan perbaikan panduan
pemanfaatan teknologi dalam
pelayanan kesehatan
6 Peran organisasi profesi
Uraian
• Literasi data, teknologi dan manusia
sejak pendidikan dasar
• Memperbanyak data scientist dan ahli
bioinformatika
• Badan yang mengatur tata kelola dan
lalu lintas data kesehatan Indonesia
• Mengawal berdirinya Institut genom
Indonesia (INA – GENIUS)
• Penilaian teknologi kesehatan (HTA)
• Koding layanan dalam jaminan
kesehatan nasional
• Mengembangkan dan menjaga etika
serta profesionalisme layanan
teknologi dan digital kedokteran
• Pemberdayaan masyarakat dalam
layanan kesehatan digital
Inspiring and empowering society
Catatan
• Disrupsi kurikulum pendidikan
• Sosialisasi - diseminasl pemahaman
serta pemanfaatan teknologi dan
data
• Satu data Indonesia
• Pusdatin
• Sehat pedia – Temenin
Penyiapan PNPK dan PPK pemanfaatan
teknologi digital dalam layanan
kesehatan
• Panduan etik dan profesi
• P2KB
Otoritas Data Kesehatan. Wiweko, 2020

Inspiring and empowering society

SOFT LAUNCHING

HUT IMERI - 28 JULI 2021

Inspiring and empowering society

Features and Services

1. Cloud Storage

2. Data Catalogue

3. Single Sign On (SSO) - under

development

4. Cloud Computing Analytics - under

development

5. Data Labelling - under development

Soft Launching IMERI-IdeaLab Health Big Data Center – 28 Juli 2021

Inspiring and empowering society

 Track Record of IMERI-IdeaLab
on Health Big Data
Big Data Analytics
1. Synergy of MAHADATA Universitas Indonesia in Response to COVID-19: Evaluation of Large-scale social restriction (PSBB) and Mental Health.
Next Generation Sequencing and Bioinformatics Analysis
1. Genome-based characterization of Escherichia coli causing bloodstream infection through next-generation sequencing
2. Targeted genome sequencing data of young women breast cancer patients in Cipto Mangunkusumo national hospital, Jakarta
3. Genetic profiling and diversity of SARS-CoV-2 in Indonesia
4. Microbiome analysis using 16S rRNA gene sequence analysis
5. Mapping Genomic Profiles and Correlation Analysis of Genetic Mutations Against Phenotypes in Colorectal Cancer Patients at Dr. Cipto
Mangunkusumo National Hospital, Jakarta
Image-based Artificial Intelligence
1. The RAIT Study – CAD4TB : Prediction of Tuberculosis Disease Using Chest X-Ray (CXR) and Artificial Intelligence
2. The FIGHT COVID-19 Study : Scoring of Pneumonia COVID-19 Using Chest X-Ray (CXR) and Artificial Intelligence
3. Clinical Epidemiological and Radiological Based Scoring to Predict Tumor Regrowth in Patients with Meningioma using Machine Learning
4. Skin Viability Detection using AI-enhanced Photographic Analysis for Plastic Surgery Application
5. Cervicam : screening lesions for cervical pre-cancer using the IVA method with an image-recognition model and Artificial Intelligence
6. Diabetic Retinopathy - RetCAD. Classification of Diabetic Disease Based on Retinopathy Image Using Digital Image Processing and Artificial Intelligence
7. Embryo morphology based artificial intelligence to predict chromosomal status
8. FLUIDDA Research - Artificial Intelligence using CT-COVID19 Data

Sound-based and Text-based Artificial Intelligence

1. Analysis of breath sounds (coughing of shortness breath vs coughing of COVID-19) using machine learning
2. Digital stethoscope: (Classification of abnormal lung sounds based on Machine learning
3. Early Detection of Psychotic Mental Disorders in High-Risk Adolescents using Semantic Analysis and syntax based on Machine learning.

Soft Launching IMERI-IdeaLab Health Big Data Center – 28 Juli 2021

Inspiring and empowering society

 Service: Data Catalogue

Data access permission types

1. Free access
2. Restricted access with
login/subscription
3. Restricted access with
login/subscription & joint research
arrangement with IMERI

Soft Launching IMERI-IdeaLab Health Big Data Center – 28 Juli 2021

Inspiring and empowering society

Inspiring and empowering society
 Business Flow for Data Access

Registered user
Public’s view on Registered user’s Access approved
requests for
dataset view on dataset by admin
access

Soft Launching IMERI-IdeaLab Health Big Data Center – 28 Juli 2021

Inspiring and empowering society

Business Canvas

Inspiring and empowering society

 Road to GRAND LAUNCHING
and BEYOND

TECHNOLOGICAL DEVELOPMENT
- Cloud Storage
- Data Catalogue
- Single Sign On (SSO)
- Cloud Computing Analytics
- Data Labelling
- Integration with RedCapFKUI
BUSINESS DEVELOPMENT
- Subscription Plan
- Pay for Services
- Sponsorship

Soft Launching IMERI-IdeaLab Health Big Data Center – 28 Juli 2021

Inspiring and empowering society

Inspiring and empowering society
Inspiring and empowering society
Inspiring and empowering society
 “ The goal of getting your genome done is not to tell
you what you will die from, but it’s how to learn how to
take action to prevent disease ” – George M. Church

Inspiring and empowering society

Inspiring and empowering society