Enzim adalah protein yang mengkatalisis reaksi kimia.

Reaksi dimulai, laju reaksi

dipercepat, dan hasilnya selalu sama karena kerja enzim. Beberapa enzim sering terlipat dalam
satu jalur yang panjang, seperti Siklus Asam Sitrat, yang merupakan rangkaian dari reaksi kimia
yang digunakan oleh sel untuk menghasilkan energi dari karbohidrat. Proses biologis seperti
metabolisme, sintesis protein, pembaharuan sel dan pertumbuhan, semuanya diatur oleh
enzim. Kekuatan enzim yang menopang kehidupan terletak pada fakta bahwa mereka
mengkatalisis reaksi pada kondisi pH mendekati netral, suhu dan tekanan atmosfer biasa.
Laju reaksi yang dikatalisis adalah jutaan hingga triliunan kali lebih cepat dari pada
reaksi yang sama tanpa enzim. Untuk mempercepat reaksi tanpa adanya enzim, energi panas
tambahan perlu disediakan, yang berdesakan substrat dan terkadang menyediakan energi yang
cukup untuk memicu reaksi. Dalam sebagian besar reaksi, keadaan transisi yang tidak stabil
dan sangat energik terbentuk dalam proses substrat diubah menjadi produk. Enzim
bertindak sebagai templat untuk reaksinya, mengikat substratnya dan memegangnya dalam
posisi yang tepat untuk membentuk produk. Enzim juga mengelilingi substrat dengan gugus
reaktif yang menstabilkan keadaan transisi, sehingga lebih mudah terjadi reaksi. Untuk
memahami cara kerja enzim, mari kita memperhatikan reaksi dalam Siklus Asam Sitrat yang
dikatalisis oleh enzim akonitase. Akonitase mengikat substratnya, sitrat, dan
menghilangkan gugus hidroksil dan atom hidrogen untuk membentuk cis-akonitat.
Kemudian atom hidrogen ditambahkan kemabli dalam posisi yang sedikit berbeda untuk
membentuk produknya isositrat. Di situs aktif enzim ini, letak beberapa asam amino tepat
untuk mengenali substratnya dan menahannya dalam posisi yang optimal untuk langkah awal
reaksi. Beberapa asam amino terlibat dalam mengenali dan menahan substrat. Asam amino
lainnya secara langsung terlibat dalam katalisis. Residu histidin 101 bertindak sebagai asam
dengan menyumbangkan protonnya. Akibat lingkungan kimianya, residu serin 642 dapat
bertindak sebagai basa dengan menerima proton dari substrat. Situs aktif akonitase juga
mengandung kumpulan besi-belerang yang menstabilkan substrat secara elektrostatik dan
membantu meletakkannya secara tepat terhadap residu katalitik. Langkah pertama dalam reaksi
adalah dehidrasi. Pada langkah ini, histidin bertindak sebagai asam dengan memindahkan H+ ke
gugus hidroksil tertentu pada substrat yang memungkinkannya terlepas sebagai molekul air.
Serin kemudian bertindak sebagai basa dengan mengekstraksi atom hidrogen dari sisi substrat
yang berlawanan sehingga terbentuk cis-akonitat. Cis-akonitat kemudian membalik dan reaksi
hidrasi berkomplementer dilakukan. Pada langkah ini, histidin mengambil atom hidrogen dari
molekul air disekitarnya, dan menempatkan gugus hidroksil yang dihasilkan pada cis-akonitat.
Residu serin kemudian mengembalikan atom hidrogennya dan produk akhir berupa isositrat
dilepaskan. Perhatikan bahwa enzim itu sendiri tidak diubah oleh reaksi. Enzim mengekstrak
sebuah gugus hidroksil serta atom hidrogen dan kemudian mengembalikannya, sehingga keadaan
enzim seperti semula. Hal ini adalah ciri khas dari katalis, ketika reaksi selesai, katalis
sudah siap untuk reaksi selanjutnya, sehingga ia bisa melakukan ribuan reaksi berturut-
turut. Perhatikan juga bahwa bentuk situs aktif sering fleksibel. Kebanyakan enzim mengelilingi
substratnya sampai menutup sehingga terbentuk lingkungan yang sempurna untuk sebuah reaksi.
a. mendefinisikan apa itu katalis.
b. enzim sebagai katalis.

ada tiga mekanisme dasar.Dan sifat kedua enzim, selain fakta bahwa mereka dapat
mempercepat reaksi satu juta hingga satu miliar kali lipat, adalah kekhususannya. lihat
berkali-kali, kita berjalan melalui metabolisme pusat dan semua reaksi. Sekarang, hal kedua
tentang enzim yang saya pikir akan menjadi apa yang kalian lakukan untuk mencari nafkah
jika Anda memutuskan untuk menjadi ahli biokimia dan ahli enzim adalah dapatkah kita
mengambil pemahaman kita tentang bagaimana katalis yang luar biasa ini bekerja dan
merancang katalis protein kita sendiri untuk melakukan reaksi apa pun yang kita ingin tidak
terlibat dalam 10 atau 12 reaksi dasar yang kita alami di dalam tubuh kita? Dan kita tidak
dapat melakukannya sekarang, tetapi saya berpendapat bahwa memahami katalisis adalah
persyaratan utama untuk mencapai titik di mana kita benar-benar dapat melakukan desain
katalitik. Dan hal ketiga yang menurut saya sangat penting adalah bahwa 40% hingga 50%
dari semua obat yang kita gunakan saat ini dalam pengobatan infeksi antibakteri, infeksi anti-
virus, infeksi anti-kanker semuanya adalah penghambat reaksi berbasis enzim. Dan
memahami katalisis membantu kita merancang inhibitor yang lebih baik. Jadi memahami
katalisis adalah inti dari banyak hal yang penting bagi kita semua di masyarakat. Jadi izinkan
saya memberi tahu Anda bagaimana saya menjadi bersemangat tentang enzim. Jadi saya
pergi ke sekolah pascasarjana. Tidak pernah mengikuti kursus biokimia. Mereka tidak
melakukan apa -apa tentang biokimia di tingkat molekuler. Ketika saya pergi ke sekolah
pascasarjana, saya mengikuti kuliah di tahun pertama sekolah pascasarjana yang diberikan
oleh seorang anggota fakultas di Stanford. Dan dia berbicara tentang enzim yang disebut
lenosterol cyclase yang mengubah molekul linier. Jadi inilah molekul linier , tapi saya
melipatnya menjadi empat cincin. Dan keempat cincin ini memberikan dasar untuk semua
steroid seperti estrogen dan testosteron dan kolesterol. Dan lihat apa reaksi ini. Satu enzim
dalam satu langkah mengubah molekul linier ini melalui serangkaian transformasi kaskade
dalam hidrida dan pergeseran metil ke dalam molekul ini, menempatkan enam pusat
asimetris dalam satu langkah dalam hasil 100% pada 37 derajat dalam pH 7. Saya berkata,
Tuhan, mengapa saya ingin menjadi ahli kimia? Anda berkeringat. Tidak ada pemblokiran
[Tak terdengar]. Anda berkeringat untuk menempatkan pusat asimetris apa pun, dan di sini,
protein kecil ini telah menemukan cara untuk melakukan semua ini dalam kondisi yang
sangat ringan. Jadi ini adalah pengalaman transformatif bagi saya. Saya ingat kuliah dengan
jelas karena saya pikir itu sangat menakjubkan dan saya belum pernah melihat bahwa enzim
dapat mengkatalisis reaksi seperti ini. Jadi enzim benar-benar luar biasa. Jadi yang ingin
Anda lakukan sekarang adalah mulai dengan mendefinisikan apa itu katalis. Dan katalis, bisa
untuk anda yang memiliki lebih banyak kimia, itu bisa menjadi ion anorganik misalnya. Ini
bisa berupa molekul organik kecil. Tapi bagi kami, kami akan fokus pada makromolekul
besar. Dan makromolekul, kita akan melihat bahwa kita sedang fokus, bisa jadi protein atau
RNA. Tetapi sebagian besar reaksi yang ditemukan dalam tubuh kita dikatalisis oleh katalis
protein. Dan katalis ini meningkatkan laju reaksi tanpa mereka sendiri berubah selama
reaksi. Dan selanjutnya, sementara mereka dapat meningkatkan laju reaksi, mereka tidak
mempengaruhi keseimbangan reaksi secara keseluruhan . Mereka hanya
meningkatkan laju pendekatan ke ekuilibrium. Jadi mereka tidak berpengaruh pada
larutan kesetimbangan, tetapi meningkatkan laju pendekatan keseimbangan. Jadi yang
ingin saya lakukan sekarang adalah mendefinisikan beberapa sifat dasar katalis yang akan
kita bicarakan selama sekitar 15 menit ke depan. Jadi hal pertama adalah bahwa katalis yang
akan kita fokuskan adalah enzim. Ingat, kita telah menghabiskan beberapa kuliah terakhir
berbicara tentang protein. Enzim hanyalah protein, tetapi kemudian kita melihat bahwa
mereka memiliki daerah khusus dalam struktur protein yang memungkinkan mereka untuk
mempercepat laju reaksi yang ditentukan. Saya juga akan menyebutkan bahwa di dalam diri
kita terdapat mesin yang disebut ribosom. Dan ribozom adalah mesin yang membuat protein,
membuat ikatan polipeptida. Kita tidak akan membicarakannya di tahun 507, tapi kita
membicarakannya di tahun 508. Dan pengamatan yang luar biasa dibuat pada awalnya oleh
eksperimen mani oleh Harry Knoller di UC Santa Cruz bahwa Anda tidak memerlukan
protein untuk membuat peptida. obligasi. Itu bid'ah pada saat itu. Pada tahun 2001, Steitz
memenangkan Hadiah Nobel untuk struktur ribosom dan Harry tidak mendapatkan Hadiah
Nobel. Buruk. Dialah yang membuat penemuan mani, meskipun struktur ribosom, yaitu 2,3
megadalton, benar-benar spektakuler. Saya masih merinding ketika memikirkan struktur
yang diterbitkan pada tahun 2001. Tapi Harry tidak mengerti. Bagaimanapun, jadi itu
penyimpangan. Jadi itu mengambil beberapa menit dari 50 menit saya. Bagaimanapun, kita
akan fokus pada enzim sebagai katalis. Jadi mengapa enzim penting. Mereka penting karena
seperti yang sudah saya katakan, mereka mempercepat laju reaksi 10 hingga 6-- sejuta--
hingga 10 hingga 15 kali lipat. Wah. Bisakah Anda bayangkan itu? Essigmann selalu berkata
kepada saya, beri mereka contoh. Itu banyak. Ini lebih cepat dari peluru yang melaju
kencang. Apakah Anda tahu dari mana itu berasal? Lebih cepat dari peluru yang melaju
kencang? Lihat, apakah ini saat saya terputus dengan audiens saya. Itu burung, itu pesawat,
mampu melompati gedung-gedung tinggi dalam satu lompatan. Superman, tentu saja lima.
Dari situlah logo kursus lima kami berasal. Jadi izinkan saya memberi Anda sebuah contoh
tentang ini. Jadi ini diambil dari sebuah artikel oleh Wolfenden, dan ini adalah rangkaian
reaksi yang kecepatannya dapat dikatalisis oleh enzim yang juga dapat terjadi dalam larutan.
Jadi jika Anda menurunkan pada akhir ini, waktu paruh penambahan air ke CO2 adalah lima
detik. Itu cukup cepat. Mengapa Anda membutuhkan air untuk menghidrasi CO2? Ada yang
punya ide? Di mana Anda melihatnya dalam beberapa kuliah terakhir? Hemoglobin.
Mengapa Anda membutuhkan itu? Karena di jaringan Anda, semua asam lemak dari glukosa
dipecah menjadi CO2. CO2, keluarnya dari mana? Anda menghembuskannya. Entah
bagaimana itu harus dibawa berkeliling dan masuk ke paru-paru Anda dari jaringan Anda.
Dan ada enzim kunci yang disebut karbonat anhidrase yang bahkan mempercepat reaksi yang
sangat cepat ini hingga satu juta kali lipat. Mari kita lihat satu lagi yang mungkin sudah tidak
asing lagi bagi Anda. Mari kita pikirkan tentang hidrolisis ikatan peptida. Kami baru saja
memberi tahu Anda bahwa ribosom membuat peptida. Bagaimana dengan hidrolisis ikatan
peptida, yang memainkan peran utama dalam kematian media sel dan pembekuan darah serta
mengontrol kadar protein di dalam sel? Jika Anda melihat waktu paruh hidrolisis ikatan
peptida , 450 tahun. Itu berarti jika kita membutuhkan reaksi ini dalam hidup kita, itu tidak
akan pernah terjadi. Jadi jika Anda benar-benar melihat percepatan laju, protease, yang
menghidrolisis ikatan peptida, memiliki konstanta laju sekitar 50 per detik. Konstanta laju ini
sekitar 10 hingga minus 9 per detik. Itulah kecepatan percepatan 10 sampai 12. Jadi tanpa
jenis enzim ini dan banyak jenis enzim lainnya, kita tidak akan hidup dan kita tidak akan bisa
berfungsi. Jadi deskripsi percepatan laju diberikan oleh istilah yang akan kita peroleh di
kuliah berikutnya-- kcat di atas KM. Kcat adalah angka turnover. Ini memberi tahu Anda
seberapa baik katalis Anda dalam hal per detik. KM memiliki ketergantungan konsentrasi
. Jadi ini adalah konstanta laju orde kedua-- konsentrasi terbalik, terbalik waktu. Dan inilah
yang kami gunakan untuk memikirkan seberapa efisien enzim, seperti yang akan kita lihat di
kuliah berikutnya. Jadi yang ingin saya tunjukkan di sini adalah grafik lain yang dibuat oleh
Wolfenden, yang kita bicarakan tentang data di slide sebelumnya. Dan yang ingin saya
lakukan adalah menunjukkan perbandingan reaksi yang dikatalisis enzim dan reaksi yang
tidak dikatalisis enzim. Dan kami baru saja mendengar tentang hidrolisis ikatan peptida,
percepatan laju 450 kali lipat . Itu banyak. Apa yang Anda perhatikan segera tentang reaksi
yang dikatalisis enzim? Kcat di atas KM berada pada urutan 10 hingga 6 hingga 10 hingga 8
per molar per detik. Apakah itu membunyikan lonceng dengan siapa pun? Di mana Anda
pernah melihat angka seperti 10 hingga 6 hingga 10 hingga 8 per geraham per detik? Apa itu
adalah konstanta difusi dari dua molekul yang menemukan satu sama lain dalam larutan. Jadi
apa yang memberitahu kita? Itu memberitahu kita bahwa di dalam sel, enzim telah berevolusi
menjadi sangat efisien sehingga langkah-langkah pembatas kecepatan akan menemukan satu
sama lain dalam larutan. Ini fisik. Tidak ada hubungannya dengan chemistry. Jadi Anda
memiliki miliaran tahun untuk mengetahui semua kimia ini, dan apa yang membatasi
segalanya-- dan kita akan kembali ke sini sebentar lagi-- adalah enzim dan molekul kecil
menemukan diri mereka sendiri. Dan dari situlah angka ini-- dari 10 sampai 6 atau 10 sampai
8 per geraham per detik berasal. Jika Anda melihat reaksi non-enzimatik, kita baru saja
berbicara tentang hidrasi CO2 versus reaksi yang dikatalisis oleh enzim, yang Anda lihat
adalah mereka ada di mana-mana. Jadi percepatan laju yang mengejutkan dari 10 ke 6 ke 10
ke 15 yang Anda lihat benar-benar didasarkan pada laju reaksi non-enzimatik. Dan enzim
telah berevolusi-- kebanyakan dari mereka telah berevolusi selama miliaran tahun menjadi
sangat efektif dalam apa yang mereka lakukan. Jadi hal lain yang ingin saya katakan tentang
enzim pada tahap ini adalah bahwa enzim biasanya selain menjadi katalis yang hebat, mereka
juga-- Anda belajar, saya pikir, jika Anda pernah melihat enzim sebelumnya, mereka sangat
spesifik untuk substrat, yang akan saya sebut S dan kami akan kembali ke ini dalam satu
menit. Jadi mereka hanya bereaksi-- Anda memiliki ratusan metabolit di dalam tubuh kita.
Itu hanya akan mengambil dan bereaksi dengan salah satu metabolit itu. Namun pada
kenyataannya, saya pikir apa yang kami temukan selama 15 tahun terakhir ini adalah enzim
tidak terlalu spesifik. Mereka spesifik untuk apa yang mereka temui di dalam diri kita. Jadi
jika Anda mengeluarkan mereka sebagai ahli biokimia dan mulai bermain -main dengan
mereka, mereka tidak mendekati spesifik. Mereka tidak harus sespesifik itu karena mereka
tidak pernah menemukan molekul-molekul ini di dalam sel. Jadi mereka sangat spesifik
untuk substrat in vivo. Dan faktanya, banyak dari mereka yang promiscuous in vitro. Dan
saya pikir itu adalah sesuatu yang kurang dihargai. Jadi ini nomor tiga. Saya ingin berbicara
tentang kekhususan. Nomor empat, enzim secara umum, jika Anda melihat grafik
metabolisme itu, hampir semua reaksi itu dapat dibagi lagi menjadi 10 hingga 12 reaksi. Dan
10 sampai 12 reaksi itu, meskipun terlihat seperti hutan dan kekacauan , ditemukan dalam
leksikon yang telah Anda berikan pada kuliah pertama. Sehingga leksikon memberikan
kerangka berpikir tentang semua metabolisme primer. Sekarang, pada kenyataannya, ada
banyak jenis reaksi lainnya. Tetapi yang akan Anda lihat di 507 dapat dibatasi hingga 10
hingga 12 reaksi. Jadi enzim memiliki repertoar reaksi yang terbatas dalam metabolisme
primer. Jadi dalam hal ini, izinkan saya memberi saran untuk ahli kimia. Ahli kimia memiliki
seluruh tabel periodik. Apakah kita memiliki tabel periodik di sini? Tidak. Kami berada di
departemen yang salah. Kami berada di gedung yang salah. Bagaimanapun, kami memiliki
ratusan-- bukan ratusan-- kami memiliki 50 elemen yang dapat digunakan untuk
mengkatalisis reaksi. Kita dapat melakukan semua jenis reaksi secara katalitik, dan kita dapat
melakukannya dengan sesuatu yang kecil, seperti proton, atau sesuatu yang kecil, seperti
logam dengan sedikit bayam organik yang menggantung di atasnya. Tapi apa yang kita
lakukan dengan enzim? Kami memiliki molekul besar yang sangat besar ini . Jadi ada
playoff. Enzim memiliki repertoar reaksi yang sangat terbatas yang mereka katalis,
sementara ahli kimia sebenarnya dibatasi oleh imajinasi mereka untuk mengkatalisis reaksi
ini. Namun, karena dunia menjadi semakin hijau, ahli kimia tidak lagi diperbolehkan
menggunakan logam. Misalnya, mereka bisa menjadi racun bagi manusia. Jadi orang-orang
memikirkan kembali dan memfokuskan kembali pada pengembangan katalis hijau. Jadi
pertanyaan yang dapat Anda tanyakan pada diri sendiri, apakah ada cara enzim dapat
meningkatkan repertoar reaksi yang dapat dikatalisasi? Dan mereka bisa. Mereka
melakukannya dengan menggunakan vitamin pada botol vitamin. Jadi enzim memiliki
repertoar yang terbatas, tetapi mereka meningkatkan repertoar ini dengan menggunakan
vitamin. Inilah yang kita makan dari botol vitamin kita yang diubah menjadi co-faktor. Jadi
vitamin yang kita makan harus dimodifikasi secara halus dan kemudian dimasukkan ke
dalam katalis protein dan sangat memperluas repertoar. Mungkin banyak dari Anda-- berapa
banyak dari Anda yang mengonsumsi vitamin? Semua orang harus minum vitamin. Kenapa
tidak minum vitamin? Bagaimanapun, Anda dapat melihat vitamin B6, vitamin B2, vitamin
B1. Dan selama sekitar tiga minggu ke depan, kita berbicara tentang kimia tentang
bagaimana vitamin ini berinteraksi dengan katalis protein untuk meningkatkan repertoar
reaksi menjadi 10 yang dapat dikatalisasi oleh enzim yang sebenarnya . Tetapi selain
vitamin, saya ingin menyebutkan jenis katalis lain. Jadi sebagian besar vitamin adalah
molekul organik. Kita juga perlu memikirkan molekul anorganik. Molekul anorganik--
tembaga, seng, besi, semua itu jika Anda melihat botol vitamin Anda ada di bagian bawah
dan diberi label anorganik. Dan mereka hampir selalu dalam kursus pengantar biokimia
tersapu di bawah meja. Dan faktanya, banyak ahli biologi tidak memikirkan logam sama
sekali. Tapi 30% sampai 35% dari semua enzim memiliki logam yang tergabung. Dan
logam-logam ini sangat penting untuk repertoar reaksi yang dapat dikatalisasi oleh enzim.
Jadi tanpa membahas detail apa pun, saya hanya ingin membangkitkan selera Anda. Lihat
orang ini. Nah, apa yang kita lihat di sini? Benda-benda kuning ini adalah belerang. Yang
ungu adalah molibdenum, dan yang hijau adalah besi. Dan di tengah semua besi ini ada
benda perak ini, yang merupakan karbon yang terikat pada empat besi. Sebagian besar dari
Anda mungkin belum cukup canggih untuk berpikir bahwa itu luar biasa, tetapi baru dua
tahun yang lalu kristalografi sinar-x di mana kita dapat melihat hal-hal pada resolusi atom
cukup baik sehingga kita dapat melihat orang itu. Jadi apa yang orang ini lakukan? Apa
fungsinya? Cukup penting. Ini mengubah nitrogen menjadi amonia. Jadi itu ternyata menjadi
reduksi delapan elektron karena Anda tidak hanya menghasilkan amonia-- dua molekul
amonia-- tetapi Anda juga harus menghasilkan satu molekul hidrogen selama reaksi itu. Jadi
ini adalah cara dasar kita mengontrol nitrogen-- salah satu cara dasar kita mengontrol
nitrogen di lingkungan. Jadi ahli kimia akan senang untuk memahami bagaimana molekul
anorganik yang spektakuler ini dapat memediasi apa yang ternyata menjadi reduksi enam
elektron. Molekul lain-- molekul kofaktor yang semuanya berbasis logam yang menurut saya
sama menakjubkannya adalah yang satu ini. Kami baru-baru ini mendapatkan struktur
resolusi atom hingga 1,5 angstrom. Ini memiliki empat mangan dan kalsium. Ada yang tahu
ini fungsinya apa? Ini adalah co-faktor yang mengambil air dengan adanya cahaya - sinar
matahari - dan mengubahnya menjadi gas oksigen. Mengapa itu penting? Karena kita
membutuhkan gas oksigen untuk bernafas. Jadi bagaimanapun, pada faktor yang satu ini
memediasi transformasi itu. Cukup menakjubkan. Dan itu adalah fokus utama dari orang
-orang yang ingin memikirkan bagaimana sebenarnya katalis ini bekerja, tetapi kita tidak
akan membahasnya lebih jauh. Kita tidak akan membahasnya lebih lanjut di tahun 507. Jadi
saya hanya ingin menunjukkan di sini bahwa, sekali lagi, enzim memiliki repertoar yang
terbatas. Repertoar mereka jauh lebih sedikit daripada yang bisa dilakukan ahli kimia, tetapi
mereka sangat efisien dalam apa yang mereka lakukan. Jadi saya berpendapat jika kita benar-
benar dapat memahami dasar katalisis dan bagaimana hal-hal ini berevolusi untuk dapat
melakukan transformasi yang menakjubkan ini, kita mungkin, jika saya dapat kembali 50
tahun dari sekarang, melihat bahwa kita memiliki protein perancang di seluruh tempat yang
dapat mengkatalisasi reaksi spesifik yang kita minati, bukan yang ditemukan di tubuh kita.
Oke, jadi hal berikutnya yang ingin saya sebutkan secara singkat adalah enzim, jadi jika
Anda melihat enzim, itu adalah molekul makro yang besar. Kami telah melihat ini dalam
beberapa kuliah terakhir. Wilayah di mana kimia atau katalisis terjadi disebut situs aktif. Dan
kita telah melihat ini sebelumnya dalam superfamili protein barel TIN . Jadi ada wilayah
sekitar 10 angstrom. Kami memiliki rantai samping asam amino Anda yang saya minta untuk
Anda coba ingat dan pikirkan. Kita akan melihat bahwa itu adalah kunci untuk membuat
percepatan laju ini begitu fantastis. Di sinilah chemistry terjadi. Tapi saya pikir sekarang
jelas dari penelitian yang telah dilakukan dalam 15 tahun terakhir ini tidak benar. Seseorang
dapat membuat perubahan di sini atau di sini. Seseorang dapat mengubah asam amino dan
benar-benar mematikan enzim atau mengaktifkan enzim. Jadi ahli kimia menggunakan
molekul kecil ini, biologi menggunakan molekul besar yang besar. Semua orang awalnya
fokus pada satu wilayah kecil ini di mana Anda dapat melihat transformasi kimia yang
terjadi. Tapi bagaimana dengan molekul lainnya? Sisa molekul juga penting. Anda tidak
dapat menghapus, secara umum, semua bayam ini dan menghasilkan katalis yang memiliki
percepatan laju yang luar biasa ini. Jadi situs aktif sangat penting. Tapi begitu juga asam
amino spesifik di luar situs aktif. Dan orang-orang telah mempelajari ini karena mutagenesis
yang diarahkan oleh teknologi penglihatan , yang mungkin telah dilakukan banyak dari Anda
pada tahun 702 atau 335. Jadi apa implikasinya? Dan saya hanya ingin menyebutkan satu hal
lagi. Saya tidak ingin menghabiskan banyak waktu untuk ini, tetapi pemikiran kita tentang
katalisis berubah secara dramatis dan telah berubah dan terus berubah. Saya terus
mempelajari ini, bahkan untuk mengajar 507. Karena ternyata, bagaimana perubahan di sini
mengatur apa yang terjadi di wilayah ini di mana menurut Anda kimia itu terjadi? Dan itu
mengatur kimia itu karena perubahan dan gerakan konformasi. Jadi hal lain tentang enzim
yang perlu kita pikirkan lebih jauh-- dan ini adalah fokus utama dari apa yang orang pikirkan
sekarang-- adalah dinamika dalam reaksi yang dikatalisis enzim. Jadi jika Anda melihat skala
waktu-- dan saya membuat Anda berpikir tentang skala ukuran dalam beberapa kuliah
pertama. Seperti berapa lama ikatan hidrogen? Berapa lama ikatan karbon nitrogen? Ikatan
karbon oksigen? Anda juga perlu memikirkan skala waktu. Dan ini terutama benar dalam
kasus katalisis. Apa yang terjadi pada skala waktu fantasecond? Itu cukup cepat. Itu adalah
getaran ikatan. Tapi apa yang Anda lakukan selama reaksi yang dikatalisis enzim? Anda
melanggar ikatan dan Anda membuat ikatan. Jadi kita akan melihat bahwa keadaan transisi
reaksi terjadi pada skala waktu fantasecond. Padahal, jika melihat kriteria kcat, yang
merupakan angka turnover , enzim yang diberikan dalam kebalikan waktu, biasanya pada 10
per detik hingga 1.000 per detik. Jadi mereka berada pada skala waktu milidetik hingga
kedua. Jadi katalisis terjadi di atas sini. Sekarang, saya baru saja memberi tahu Anda bahwa
mutasi di luar situs aktif dapat memengaruhi katalisis , jadi orang juga perlu memikirkan
skala waktu di antara dua ekstrem ini. Saya juga telah memberi tahu Anda bahwa
menemukan enzim, menemukan substratnya dalam larutan , sering kali merupakan langkah
yang lambat. Jadi di sini Anda memiliki skala waktu nanodetik, mikrodetik, dan saya tidak
akan menghabiskan waktu untuk ini, tetapi Anda kembali dan melihat ini dan berpikir
tentang Anda memiliki semua rantai samping asam amino Anda. Anda mungkin memiliki
loop yang bergerak masuk dan keluar dan menutupi situs aktif. Semua interaksi dinamis ini
memainkan peran kunci dalam katalisis, menjadikan enzim secara keseluruhan penting dalam
keseluruhan proses katalitik. Jadi itulah pengantar saya kepada Anda tentang apa itu katalis
enzim. Dan sekarang yang ingin saya lakukan adalah melihat peluru kedua yang akan kita
bicarakan, yang sudah saya hilangkan. Bagaimana kita menggambarkan katalisis?
Bagaimana kita mencoba untuk mengkonseptualisasikan dalam kerangka teoritis semua
pengamatan eksperimental yang telah dilakukan selama beberapa dekade? Dan ada banyak
hal yang salah dengan teori ini, tetapi teori ini telah teruji oleh waktu, tidak hanya bagi para
ahli biokimia, tetapi juga bagi para ahli kimia. Dan saya pikir ini membantu kita untuk
berpikir tentang bagaimana enzim mampu hanya dengan rantai samping asam amino untuk
protein memberi kita percepatan dan spesifisitas tingkat yang menakjubkan yang sebenarnya
kita amati. Jadi yang kami inginkan adalah teori untuk mengkonseptualisasikan katalisis. Dan
ini adalah teori keadaan transisi. Dan ini-- banyak dari Anda telah melihat ini dalam beberapa
bentuk sebelumnya, baik dalam kimia mahasiswa baru atau mungkin jika Anda pernah
memiliki 560. Orang-orang melewati dan menurunkan semua persamaan laju. Yang akan
saya lakukan hanyalah menunjukkan kepada Anda gambaran tentang bagaimana teori ini
membantu kita berpikir tentang transformasi katalitik ini dan kemudian bagaimana gambaran
ini membantu kita berpikir lebih spesifik tentang percepatan laju menakjubkan yang
sebenarnya kita amati. Oke, jadi saya tidak ingat apa yang ada di slide berikutnya, tapi ini
adalah gambar yang sering Anda lihat saat berpikir tentang katalisis. Jadi ini adalah katalisis
kimia, tetapi sekali lagi, katalisis kimia, katalisis biologis , prinsip dasar yang sama
menyatakan bahwa kita memiliki beberapa substrat A dan B untuk produk dan apa yang
dibutuhkan. Jadi saya pikir semua ini intuitif, tetapi jika Anda memiliki dua hal yang bersatu,
mereka harus bersatu dengan cara yang tepat untuk dapat membuat ikatan. Mereka harus
menghapus semua pelarut dari luar mereka. Mereka harus bersatu dengan kekuatan yang
cukup untuk bisa melewati penghalang, apa pun itu, untuk memutuskan satu ikatan dan
membentuk ikatan baru. Jadi itu benar untuk semua reaksi dan semua orang menghadapi
masalah yang sama dalam hal konversi substrat menjadi produk. Dan titik tertinggi di
sepanjang koordinat reaksi-- jadi ini yang kita sebut diagram koordinat reaksi. Dan ini adalah
energi. Jadi titik tertinggi sepanjang diagram koordinat reaksi disebut keadaan transisi-- TS.
Ini adalah teori keadaan transisi. Oke, teori TS. Dan di sinilah-- ini adalah titik di mana kita
dapat mengisolasinya karena ini adalah titik di mana semua chemistry terjadi. Ikatan sedang
dibuat dan dipatahkan. Dan masa hidup yang baru saja saya tunjukkan pada slide sebelumnya
adalah cepat-- fentaseconds. Jadi, Anda tidak akan pernah bisa mengisolasi status transisi.
Semuanya perlu diselaraskan. Itu tidak gratis. Anda harus melakukan banyak pekerjaan
untuk mencapai tahap di mana Anda bisa mendapatkan chemistry ini terjadi. Itulah yang
katalis kami lakukan. Dan kemudian bang, reaksi berakhir pada saat itu. Jadi ini adalah cara
lain untuk menggambarkan keadaan transisi reaksi. Dan pada kenyataannya, ini adalah
kartun yang Anda lihat di sebagian besar buku teks pengantar yang menggambarkan laju
reaksi. Tetapi koordinat reaksi jauh lebih rumit. Dan itu juga berlaku dalam reaksi enzimatik.
Jadi itu benar reaksi kimia, itu benar reaksi enzimatik. Jadi Anda mungkin memiliki plus b,
dan mereka mungkin membentuk dua atau tiga zat antara di sepanjang jalur reaksi di mana
Anda memiliki banyak transisi-- Anda memiliki banyak keadaan transisi di sepanjang jalur
reaksi. Dan masing-masing status transisi ini tidak dapat diisolasi. Tapi bagaimana dengan
lembah kecil ini? Lembah kecil ini adalah tempat Anda mungkin memiliki kesempatan untuk
melihat perantara selama konversi a plus b menjadi p plus q. Jadi zat antara-- dan jika Anda
tertarik untuk mempelajari katalisis dan kimia reaksi dan Anda perlu menentukan apakah zat
antara ini, energinya bisa tinggi atau energinya lebih rendah. Mereka mungkin mudah
diisolasi, tidak mudah diisolasi. Tetapi mereka memiliki semua ikatan kovalen yang utuh.
Jadi berbeda dengan keadaan transisi di mana ikatan dibuat dan diputus, Anda tidak akan
pernah bisa mengisolasi ini. Anda memiliki kesempatan untuk dapat-- jika Anda pintar dan
kreatif, orang yang mempelajari mekanisme, Anda sebenarnya dapat melihat zat antara di
sepanjang koordinat reaksi. Jadi itu diagram koordinat reaksi. Kami akan kembali ke ini
karena saya pikir mereka benar-benar membantu kami untuk mengkonseptualisasikan
bagaimana enzim dapat mencapai percepatan tingkat yang fantastis ini. Jadi dari teori
keadaan transisi, asumsikan sebagai berikut-- Saya tidak akan membahas detailnya sama
sekali. Tetapi poin kunci yang perlu dipikirkan dalam teori keadaan transisi adalah bahwa--
dan ini pertama kali dikemukakan oleh Linus Pauling. Siapa Linus Pauling? Dia pahlawanku.
Oke, Linus Pauling, dia orang vitamin C. Dia kehilangannya ketika dia menjadi tua, tetapi
pada hari-hari awal, dialah yang bisa mengambil rantai polipeptida-- hanya seutas asam
amino-- dan dia duduk di sana dan dia bermain dengannya. Dan lihatlah, katanya, kita akan
memiliki heliks alfa dalam protein. Betapa menakjubkannya itu? Anda pernah mendengar
saya berbicara tentang dia sebelumnya. Dia adalah salah satu yang saya pikir dikonsep--
pertama dikonsep-- bagaimana enzim dapat mengkatalisis reaksi. Apa yang ingin Anda
lakukan untuk mengkatalisis reaksi? Anda ingin menurunkan penghalang ini. Jadi bagaimana
Anda menurunkan penghalang? Anda tidak ingin enzim mengikat substrat dengan erat, dan
saya akan kembali ke sini sebentar lagi. Anda ingin mengikat status transisi dengan erat. Jadi
dia mengemukakan pada tahun 1940-an bahwa cara enzim mungkin dapat mengkatalisis
reaksi mereka adalah dengan mengikat erat-- secara unik dan erat mengikat keadaan transisi
reaksi. Dan saya pikir itu ternyata menjadi cara yang sangat baik untuk
mengkonseptualisasikan sebagian besar reaksi enzimatik. Sekarang, teori keadaan transisi
memberi tahu kita, yang sekali lagi tidak begitu menarik bagi saya tetapi berfungsi untuk
menggambarkan sebagian besar data eksperimental, bahwa keadaan dasar-- jadi ini akan
menjadi keadaan dasar-- berada dalam keseimbangan dengan keadaan transisi. Jadi Anda
mungkin bertanya pada diri sendiri, bagaimana Anda bisa berada dalam keseimbangan
dengan sesuatu dengan waktu paruh yang begitu singkat? Itu pertanyaan yang bagus untuk
ditanyakan. Namun kenyataannya, kerangka kerja ini-- teori keadaan transisi--
memungkinkan kita untuk dapat menjelaskan hampir semua pengamatan eksperimental yang
kita buat baik sebagai ahli kimia maupun ahli biokimia. Jadi ini melewati dan menurunkan
persamaan itu, yang tidak akan saya lakukan hari ini. Di masa lalu, saya biasa menghabiskan
banyak waktu untuk membuat persamaan. Saat ini, saya tidak lagi menurunkan persamaan.
Tetapi persamaan kunci yang perlu Anda pikirkan ditampilkan di sini. Dan konsekuensi dari
persamaan ini cukup sederhana. Ini memberitahu Anda bahwa konstanta laju reaksi-- jadi
dari teori keadaan transisi , konstanta laju reaksi. Dan di mana konstanta laju ini? Dari mana
konstanta laju ini berasal? A pergi ke beberapa produk p. Anda dapat mengukurnya secara
eksperimental. Jadi k yang diamati adalah parameter yang dapat diukur secara eksperimental
sama dengan sekelompok konstanta yang disebut koefisien transmisi. Ini harus menjadi
cappa. Konstanta Boltzmann, suhu dalam derajat Kelvin, waktu konstan Planck e hingga
delta minus g belati di atas rg. Jadi ini persamaannya. Ini adalah konstanta. Ini adalah
konstanta Planck, konstanta Boltzmann. Ini Anda dapat mengukur secara eksperimental.
Cappa memberi tahu Anda pada dasarnya-- koefisien transmisi memberi tahu Anda frekuensi
keadaan transisi ini terurai untuk membentuk produk versus kembali ke bahan awal dan
secara umum, berada di urutan satu di sebagian besar reaksi. Jadi, hal utama yang perlu
diingat dari persamaan ini, yang menjelaskan data dan membantu kita berpikir tentang
katalisis, adalah bahwa saat Anda meningkatkan laju reaksi, ini berbanding terbalik dengan
penghalang aktivasi. Jadi apa yang ingin Anda lakukan, persamaan ini memberi tahu Anda,
apakah Anda menurunkan penghalang ini. Laju reaksi Anda menjadi lebih cepat dan lebih
cepat. Jadi, tujuan keseluruhannya adalah mencari cara untuk menurunkan penghalang. Jika
Anda dapat menurunkan penghalang, teori ini memprediksi bahwa laju reaksi Anda akan
lebih cepat. Jadi itulah yang ingin kami lakukan. Konstanta laju berbanding terbalik dengan
penghalang aktivasi. Jadi sekarang mari kita lihat sistem enzim secara spesifik. Jadi saya
akan menggambar koordinat reaksi yang sama seperti yang kita gambarkan di sana untuk
reaksi kimia. Dan saya akan menggunakan persamaan sederhana. E adalah enzim, s adalah
substrat membentuk kompleks substrat enzim. Substrat mengikat di wilayah yang kita sebut
situs aktif di sini. Entah bagaimana, enzim mampu mengubah dirinya menjadi produk.
Sekarang, kebanyakan reaksi jauh lebih rumit dari ini. Anda memiliki banyak substrat. Anda
memiliki banyak produk. Tapi itu tidak mempengaruhi apa pun dalam hal memikirkan
masalah. Dan kemudian pada akhirnya , produk terdisosiasi. Jadi itu reaksi sederhana. Anda
mendapatkan sesuatu di sana , katalis bekerja di dalamnya, itu diubah menjadi produk yang
diinginkan, dan produk dilepaskan. Jadi apa yang saya katakan sekarang beberapa kali adalah
bahwa enzim telah berevolusi sedemikian rupa sehingga seringkali langkah-langkah fisik dan
bukan kimia membatasi laju. Jadi apa langkah fisiknya? Berikut langkah-langkah fisiknya.
Enzim menemukan substrat dan solusi, itu langkah fisik. Apa yang dibatasi oleh? Ini dibatasi
oleh kontrol difusi. Seberapa cepat mereka dapat menemukan satu sama lain dalam larutan?
Itulah angka 10 sampai 8 per mol per detik yang membatasi sebagian besar reaksi berbasis
enzim yang saya tunjukkan beberapa slide yang lalu. Bagaimana dengan ini? Kami memiliki
disosiasi produk. Bagaimana dengan disosiasi produk? Itu juga langkah fisik. Anda membuat
produk duduk-duduk, tetapi agar enzim berputar, sekali lagi, untuk membebaskan situs aktif ,
produk harus terlepas sehingga dapat mengikat substrat lain. Dan inilah chemistry-nya. Ah,
itulah yang saya pedulikan. Tapi apa yang terjadi, sekarang, adalah jika langkah-langkah ini
membatasi laju, maka Anda tidak dapat melihat chemistry. Jadi sangat menantang, seringkali
sangat menantang, untuk mempelajari kimia reaksi karena langkah-langkah pembatas laju
tidak ada hubungannya dengan kimia. Jadi biarkan saya menggambar diagram saja. Jadi
Anda dapat menggambar diagram koordinat reaksi. Jadi yang Anda miliki adalah beberapa
enzim plus substrat dan dapat membentuk kompleks substrat enzim. Anda memiliki keadaan
transisi dari reaksi Anda. Kompleks produk enzim kemudian dapat berdisosiasi untuk
membentuk enzim plus produk. Jadi apa yang perlu Anda pikirkan jika Anda berpikir tentang
bagaimana mempercepat reaksi adalah apa hambatan dalam reaksi secara keseluruhan? Anda
tidak ingin mulai bermain-main dengan sesuatu yang tidak mengontrol laju reaksi. Jadi, Anda
perlu tahu apa langkah pembatas laju dalam reaksi. Dan langkah pembatas laju adalah
penghalang tertinggi di sepanjang koordinat reaksi. OK, sekarang saya sudah memberitahu
Anda bahwa ini adalah kasus sederhana. Kami memiliki satu substrat yang diubah menjadi
produk. Kebanyakan reaksi enzimatik akan memiliki banyak hambatan. Jadi untuk
mempengaruhi laju reaksi secara keseluruhan, Anda perlu mencari tahu apa yang membatasi
laju, dan entah bagaimana enzim telah menemukan cara untuk menurunkan penghalang
untuk membuat reaksi ini lebih mudah terjadi. Ingat, saya baru saja memberi tahu Anda
bahwa konstanta laju berbanding terbalik dengan penghalang aktivasi ini. Jadi jika kita dapat
menurunkan penghalang ini, apa yang akan kita lihat, jika kita dapat menurunkan penghalang
ini, sekarang kita memiliki laju reaksi keseluruhan yang lebih rendah . Jadi teori ini
memungkinkan kita untuk berpikir tentang apa yang perlu kita lakukan untuk membuat
katalis ini benar-benar bekerja dengan konstanta laju 10 hingga 6 hingga 10 hingga 15 kali
lebih cepat daripada reaksi tanpa katalis. Dan saya ingin mengatakan satu hal lagi sebelum
Anda melanjutkan. Seperti semuanya, saya pikir ada baiknya kita berada di bidang yang
berubah dengan cepat. Ingat, saya katakan Anda harus berpikir tentang dinamika. Kami tidak
lagi memikirkan penghalang reaksi tunggal. Itu ada di sebagian besar buku pelajaran
sekarang. Sebenarnya apa yang kami pikirkan adalah kami membawa dinamika ke dalamnya.
Saya katakan hal-hal di luar situs aktif dapat memodulasi apa yang terjadi di dalam situs
aktif. Apa yang kita pikirkan adalah lanskap reaksi. Jadi seseorang memiliki banyak
hambatan yang harus dilewati. Hampir semua reaksi melibatkan banyak hambatan. Jadi,
Anda harus mencari tahu mana yang membatasi kecepatan dan menurunkan penghalang
aktivasi itu. Dan enzim, jika Anda memikirkannya, mereka sangat besar. Apakah mereka
semua melipat dengan cara yang persis sama? Tidak. Jadi kami selalu berpikir bahwa kami
memiliki enzim yang homogen. Tidak. Jika ada di antara Anda yang bekerja di UROP, Anda
akan mengetahuinya dengan cepat. Anda menggunakan teknologi rekombinan untuk melipat
barang-barang di dalam sel. Mereka tidak semua melipat dengan benar. Jadi Anda memiliki
semua campuran. Dan Anda mendapatkan lanskap reaksi. Jadi sumbu ini membawa
dinamika yang saya katakan sebelumnya yang perlu Anda pikirkan-- perubahan konformasi
yang terjadi setiap langkah di sepanjang jalur reaksi. Enzim bergerak di semua jenis langkah,
mengorientasikan ulang segalanya untuk mendapatkan kimia yang tepat. Jadi yang ingin saya
lakukan sekarang adalah-- sehingga memberi Anda cara untuk mengkonseptualisasikan
percepatan laju. Sekarang yang ingin saya lakukan adalah memberi tahu Anda apa
mekanisme utama yang digunakan enzim untuk meningkatkan laju reaksi ini. Bagaimana kita
menurunkan hambatan energi ini? Jadi biarkan aku melihat. Saya harus mulai menghapus di
suatu tempat. OK, jadi kita berada di peluru ketiga di sini. Mekanisme katalisis. Dan apa
yang akan kita bicarakan adalah beberapa mekanisme katalisis. Kita akan berbicara tentang
energi ikat, yang merupakan energi yang paling sulit dipikirkan orang. Kita akan berbicara
tentang asam umum, katalisis basa umum . Dan kita akan berbicara tentang katalisis kovalen.
Dan kita akan melihat bahwa selama sisa semester, ketika kita mulai berbicara tentang jalur
metabolisme, semua mekanisme ini digunakan di hampir semua reaksi yang dikatalisis enzim
untuk memberi kita percepatan laju yang luar biasa ini. Apa yang ingin saya lakukan-- itulah
pertama kalinya saya melakukannya. Itu tidak terlalu buruk. OK, jadi apa mekanisme
katalisis? Bagaimana kita mendapatkan 10 ke 6 ke 10 ke 15 percepatan? Dan hal pertama ,
dan saya pikir yang benar-benar unik untuk katalis enzim dibandingkan dengan molekul
anorganik atau organik kecil, adalah penggunaan energi ikat dalam katalisis. Jadi ini dia--
dan ini juga salah satu yang dianggap menyumbang jumlah terbesar pada faktor-faktor ini
hingga 10 hingga 15. Jadi energi ikat dalam katalisis, dan apa artinya? Apa yang perlu kita
pikirkan? Jadi enzim mengikat substrat. Jika kita mengambil kasus sederhana ini, kita
membutuhkannya untuk mengikat. Kami membutuhkannya untuk mengikat secara khusus.
Jadi itu adalah bagian penting dari enzim yang belum kita ketahui-- spesifisitasnya. Tetapi
bagaimana jika ia mengikat substratnya dengan sangat erat? Apakah menurut Anda itu
bagus? Tidak. Jadi tidak bagus karena fungsinya apa? Jika semua bayam mengganti substrat
Anda dan membuat ikatan hidrogen dan interaksi Van Der Waals, semua interaksi non-
kovalen lemah yang kami habiskan setengah kuliah berbicara tentang empat atau lima kuliah
yang lalu, apa yang akan terjadi adalah Anda akan memiliki jenis mengikat. Anda akan
memiliki energi yang lebih rendah. Tapi apa yang kemudian lakukan pada penghalang
aktivasi? Ini meningkatkan penghalang aktivasi. Jadi energi ikat adalah energi bebas yang
dilepaskan ketika enzim bergabung dengan substrat. Namun kuncinya adalah energi ikat ini
tidak digunakan untuk mengikat secara sempurna. Ini digunakan untuk katalisis. Jadi energi
ini digunakan untuk mengikat substrat dan-- dan ini adalah kuncinya-- untuk katalisis. Jadi
apa yang ingin kita lakukan dan bagaimana melakukannya? Jadi jika kita melihat ini, jika
kita melihat diagram koordinat reaksi kita di sini, kita tidak ingin mengikat substrat dengan
erat karena ini adalah penghalang terbesar-- langkah pembatas laju di sepanjang jalur reaksi.
Apa yang ingin kami lakukan adalah menurunkan penghalang ini. Jadi bagaimana kita bisa
menurunkan penghalang? Kita dapat menurunkan penghalang dengan menstabilkan keadaan
transisi . Itu sekarang membuat penghalang ini-- mungkin tidak bisa membaca apa pun
sekarang, tapi itu membuat penghalang ini lebih rendah. Bagaimana cara lain Anda bisa
menurunkan penghalang? Anda dapat menurunkan penghalang dengan meregangkan substrat
agar lebih terlihat seperti keadaan transisi. Jadi Anda dapat menyaring substrat dalam bentuk
ini, dan sekarang, sekali lagi, Anda akan memiliki penghalang yang lebih rendah
dibandingkan dengan penghalang itu. Jadi, Anda akan menggunakan energi ikat ini untuk
menstabilkan keadaan transisi. Jadi kami ingin menggunakan energi ikat untuk menstabilkan
keadaan transisi menjadi tidak stabil-- salah satu dari ini atau semua ini bisa benar-- tidak
menstabilkan keadaan dasar-- G-S. Atau apa lagi yang perlu Anda lakukan agar reaksi
bekerja jika Anda memiliki satu atau dua substrat atau bahkan satu substrat? Molekul Anda
dalam larutan semuanya terlarut. Yang perlu Anda lakukan adalah menyingkirkan pelarut.
Jika Anda memiliki dua substrat, Anda harus menyatukannya. Anda harus menyatukan
mereka pada orientasi yang tepat. Itu tidak gratis. Anda harus mendapatkan energi dari suatu
tempat, dan energi tersebut diusulkan berasal dari energi ikat ini. Jadi energi ikat tidak
digunakan untuk mengikat substrat sepenuhnya, tetapi untuk melakukan semua hal ini agar
substrat Anda siap untuk membentuk produk. Jadi Anda dapat melarutkan dan menyatukan
reaktan. Dan Anda dapat membekukan entropi rotasi dan translasi . Jadi, Anda menyiapkan
segalanya untuk reaksi yang akan terjadi. Jadi dalam hal ini, biarkan saya menghapus ini dan
membuat ini menjadi lebih jelas. Apa yang bisa Anda miliki, sekarang, adalah Anda bisa--
jadi pada awalnya, inilah penghalangnya. Jika Anda menstabilkan keadaan transisi , ini
menjadi penghalang. Jika Anda tidak menstabilkan keadaan dasar, maka ini menjadi
penghalang. Jadi apa yang kami coba lakukan adalah menurunkan penghalang ini agar reaksi
bekerja. Jadi cara utama yang kami lakukan adalah dengan menggunakan interaksi antara
enzim dari interaksi non-kovalen yang lemah antara enzim dan substrat untuk membantu
kami melakukan hal-hal ini untuk meningkatkan katalisis. Jadi itulah salah satu mekanisme
utama katalisis. Yang kedua-- dan jenis katalisis ini unik untuk protein. Jadi kedua jenis
katalisis digunakan secara luas dalam kimia organik atau anorganik saat Anda merancang
katalis. Maksud saya, ketika Anda merancang pengikat substrat katalis, molekul kecil,
pelepasan produk besar masih menjadi masalah. Jika Anda pergi dan membaca literatur
organologam, orang mengalami masalah dengan rilis produk sepanjang waktu. Jadi masalah
dalam katalisis persis sama dalam biokimia seperti halnya dalam organik dan anorganik.
Tetapi sekarang kita harus berurusan dengan protein besar ini, yang memiliki sifat unik ini ,
salah satunya adalah bahwa seluruh protein memainkan peran kunci dalam katalisis dan
memungkinkan semuanya untuk menyelaraskan dalam sepersepuluh angstrom untuk
membuat reaksi ini bekerja sangat efisien, yang ahli kimia belum bisa melakukannya. Dan
saya rasa kita tidak akan pernah bisa mendesainnya, tapi kita bisa mengembangkan katalis
menjadi lebih baik dan lebih baik sehingga mereka bisa melakukan hal yang sama. Itulah
keindahan protein adalah Anda dapat mengembangkannya menjadi katalis yang lebih baik
dan lebih baik. Jadi mekanisme kedua-- jadi mekanisme pertama adalah energi ikat.
Mekanisme kedua-- Saya tidak ingat apakah mereka menggunakan I atau 2. Mekanisme
kedua adalah asam umum, katalisis basa umum. Sekarang, sebagai ahli kimia, apa yang Anda
pelajari tentang reaksi katalis? Nah, salah satu cara yang bisa Anda lakukan adalah dengan
proton gemuk besar. Proton cukup baik dalam membantu Anda mengkatalisis reaksi jika
Anda kembali dan berpikir tentang transformasi kimia atau ion hidroksida. Berapa
konsentrasi proton dan ion hidroksida dalam larutan berair pH 7? 10 ke geraham minus 7.
Jadi Anda tidak memiliki banyak proton dan ion hidroksida di situs aktif. Jadi meskipun ini
adalah katalis yang sangat baik yang digunakan oleh ahli kimia organik dan kimia anorganik
sepanjang waktu, mereka menggunakannya dalam pelarut organik, Anda dapat berargumen
bahwa situs aktif enzim lebih seperti pelarut organik. Tapi bagaimanapun, jenis katalisis ini
disebut spesifik. Jadi ketika Anda melihat katalisis asam atau basa tertentu-- dari mana
katalisis asam dan basa umum berasal? Itu berasal dari rantai samping asam amino Anda.
Jadi ingat, kuliah kedua atau ketiga saya berkata, oh, ini semua asam amino. Berikut adalah
semua rantai samping. Anda benar-benar tidak harus tahu semua asam amino Anda. Ini
adalah kosakata dasar dari semua biokimia, dan pKa dari semua rantai samping. Mengapa?
Itu sebabnya. Karena Anda tidak dapat memahami apa pun tentang katalisis tanpa
mengetahui apa yang sebenarnya dilakukan oleh rantai samping enzim ini. Jadi katalisis
asam dan basa umum berasal dari rantai samping asam amino Anda. Jadi rantai samping apa
yang Anda miliki? Anda dapat memiliki karboksilat. Ada yang tahu berapa pKa karboksilat?
Hei, Boggin, ada apa? SISWA: Empat sampai lima. JOANNE STUBBE: Bagus, empat
sampai lima. Lihat, dia ingat. Anda bisa mendapatkan imidazol. Ini memiliki pKa pada pH
netral. Bagaimanapun, Anda harus kembali dan melihat kelompok apa yang dapat terlibat
dalam katalisis. Dan ahli kimia, selama beberapa dekade, telah mempelajari bagaimana Anda
dapat menggunakan katalisis asam dan basa umum untuk memberi Anda peningkatan
kecepatan. Sekarang, apa yang belum saya katakan adalah jumlah peningkatan kecepatan
Jadi orang selama bertahun-tahun telah mengukur bahwa dengan energi ikat, Anda bisa
mendapatkan faktor 10 sampai 8. Jika Anda melihat katalisis asam basa umum dari semua
bahan organik dan reaksi anorganik yang telah dipelajari orang selama beberapa dekade,
Anda mendapatkan faktor 100 hingga 1.000 kali lipat. Sekarang, kita perlu mendapatkan
faktor 10 hingga 15 dalam beberapa kasus. Kita sudah sampai pada faktor 10 sampai 6. Jadi
jelas, Anda harus menggunakan beberapa kombinasi mekanisme ini untuk memberi Anda
percepatan laju yang luar biasa ini. Jadi Anda akan melihat selama sisa semester banyak situs
aktif enzim dengan banyak rantai samping asam amino yang berperan dalam katalisis asam
dan basa umum . Dan jenis katalisis yang terakhir adalah katalisis kovalen. Dan lagi, katalisis
kovalen berarti Anda membentuk-- dan di mana Anda pernah melihat katalisis kovalen?
Anda telah melihat ini ketika kita berbicara tentang, bagaimana Anda mempelajari struktur
struktur utama protein? Kami menggunakan protease dengan tripsin atau kimotripsan yang
dapat memecah protein besar menjadi potongan-potongan kecil. Kami melewati mekanisme
reaksi itu. Pada sisi aktif enzim tersebut terdapat serin yang membentuk ikatan kovalen. Jadi
selama semester, Anda akan melihat banyak contoh. Dan saya akan memberikan tanda
kurung bagi Anda yang tidak ingat, kembali dan lihat protease serin. Ini adalah contoh klasik
yang ada di setiap buku teks. Dan bagaimana kita tahu berapa banyak percepatan laju yang
Anda dapatkan dari katalisis kovalen versus tidak memiliki katalisis kovalen. Kami
mengetahui hal ini, sekali lagi, karena ahli kimia organik mempelajari mekanisme kimia
terperinci dari reaksi ini, dan kami menemukan bahwa dalam kasus ini, kami mendapatkan
percepatan laju 100 hingga 1.000 kali lipat. Jadi yang Anda lihat adalah enzim. Dan ini
adalah tiga mekanisme umum di mana semua enzim mengkatalisis reaksi mereka dalam
beberapa variasi. Sekarang, menghubungkan dari 10 ke 15 ini, 10 ke 8 dikaitkan dengan ini,
dan 10 kuadrat dikaitkan dengan itu sangat menantang. Dan masih banyak orang yang
mencoba membedah mekanisme reaksi secara detail. Dan saya berpendapat bahwa
memahami bagaimana metode yang berbeda ini bekerja dan bersinergi untuk memberi Anda
percepatan ini adalah kunci untuk akhirnya merancang katalis baru yang dapat melakukan
apa yang Anda ingin mereka lakukan yang berbeda dari transformasi biologis. Dan saya pikir
saya mungkin sudah berakhir. Saya hanya ingin mengatakan satu hal lagi. Saya hanya ingin
memberi Anda perasaan tentang apa yang harus Anda lakukan. Jika Anda memikirkan
koordinat reaksi ini, yang perlu Anda lakukan adalah memikirkan bagaimana Anda akan
menstabilkan keadaan transisi relatif terhadap keadaan dasar? Jadi yang kita bicarakan adalah
stabilisasi yang unik untuk keadaan transisi dan bukan keadaan dasar. Jika Anda
menstabilkan keduanya, apa yang akan terjadi? Jika kamu menstabilkan mereka berdua-- jika
kamu menstabilkan orang ini dan kamu menstabilkan orang ini, penghalangnya akan sama
persis. Jadi yang Anda butuhkan adalah cara untuk menstabilkan status transisi secara unik di
atas keadaan dasar. Jadi pertanyaannya adalah, berapa banyak yang Anda pikirkan? Berapa
percepatan laju yang menurut Anda dapat diperoleh dari ikatan hidrogen? Apakah ada yang
punya ide? Satu ikatan hidrogen. Jadi di sini, Anda memiliki protein dengan 1.500 ikatan
hidrogen. Tetapi jika Anda bisa mendapatkan satu ikatan hidrogen yang ada di sini dalam
 keadaan transisi reaksi, itu tidak di sini, berapa banyak percepatan laju yang menurut Anda
bisa Anda dapatkan? Ada yang punya ide? Anda bisa mendapatkan hampir 1.000 kali lipat.
Maksud saya, dan Anda dapat melakukan perhitungan yang sangat sederhana. Saya tidak
ingat apakah saya memiliki ini di-- OK, jadi itu saja. Jadi kita bisa melakukan perhitungan
yang sangat sederhana, dan saya akan menggunakan ini untuk menunjukkan perhitungannya.
Di sini, kami memiliki tarif kami. Ini pasti Delta G. Belatinya harus di udara. Jadi ini adalah
reaksi enzimatik. Ini adalah persamaan [Tak terdengar]. Satu memiliki persamaan yang sama
untuk reaksi non-enzimatik. Jadi inilah reaksi non-enzimatik. Secara umum, reaksi non-
enzimatik dapat terjadi melalui beberapa mekanisme. Untuk reaksi enzimatik hanya jauh,
jauh lebih lambat. Jadi jika kita berasumsi, misalnya, bahwa perbedaan laju antara reaksi
enzimatik dan non-enzimatik adalah faktor 10, berapa banyak yang Anda peroleh dengan
asumsi bahwa semua istilah ini sama dalam reaksi enzimatik dan non-enzimatik? Anda dapat
menghitung belati Delta Delta G sebesar 1,38 kilokalori per mol. Bagi Anda yang modern,
ini adalah 5,8 kilojoule per mol. Maaf, saya sudah sangat tua, jadi saya masih berpikir dalam
kilokalori per mol. Tetapi ikatan hidrogen, satu ikatan hidrogen bernilai 2 hingga 7--
dibandingkan tanpa ikatan hidrogen, bernilai 2 hingga 7 kilokalori per mol. Jadi faktor 10
adalah 1,4 kilokalori per mol. Jadi itu menunjukkan kepada Anda, bahwa jika Anda memiliki
2 sampai 7 dengan satu ikatan hidrogen, itu dapat memberi Anda faktor-faktor 1.000 ini. Jadi
saya pikir itu adalah pengamatan yang perlu Anda ingat. Karena Anda memikirkannya
berulang kali. Benar-benar tidak perlu banyak untuk menyelaraskan semuanya dengan cara
yang tepat. Dan ketika saya mengatakan ikatan hidrogen, kekuatan ikatan hidrogen ini sangat
bergantung pada bagaimana semuanya selaras. Jika mereka benar-benar selaras, maka Anda
mendapatkan ikatan yang jauh lebih kuat. Mereka bahkan bisa mendekati-- dalam fase gas,
mereka bisa mendekati 30 kilokalori per mol. Jadi setelah semuanya selaras, itulah tugas dari
seluruh protein besar ini, untuk benar-benar memberi Anda katalisis. Dan saya pikir saya di
akhir kuliah saya sekarang. Saya tidak akan punya waktu untuk berbicara tentang-- Saya
sudah membahas tentang pertanyaan kekhususan. Tapi izinkan saya mengatakan, saya pikir
enzim benar-benar luar biasa. Tidak ada yang seperti mereka. Lebih cepat dari peluru yang
melaju kencang. Mereka dapat mengkatalisasi tingkat satu juta hingga 10 hingga 12, 10
hingga 15 kali lipat. Dan mereka benar-benar menggunakan konsep sederhana yang telah
dikembangkan ahli kimia selama bertahun-tahun. Tetapi kunci dari enzim ini adalah molekul
besar yang sangat besar ini, dan dinamika dalam molekul ini yang membuat segalanya
menjadi selaras dengan tepat untuk dapat menurunkan hambatan ini sehingga Anda dapat
mengubah substrat menjadi produk Anda. Oke teman-teman, sampai jumpa lagi. Tamat.

Tumbuhan/Tanaman C3 adalah tumbuhan yang mendominasi sebagian

besar di bumi (85%) dengan melakukan fotosintesis secara standar. Pada
saat siklus Calvin, senyawa pertama yang melakukan fiksasi CO 2 adalah
fosfogliserat (molekul berkarbon 3) dengan bantuan enzim rubisco
sehingga lintasan tersebut dinamakan C3. Tumbuhan ini tidak memiliki
adaptasi fotosintesis untuk mengurangi laju fotorespirasi. Contoh
tanaman C3 adalah mangga, padi, gandum, kedelai, dll
Tumbuhan/Tanaman C4 adalah tumbuhan yang pada saat melakukan
proses fotosintesis menggunakan lintasan C4. Hal yang membedakan dari
tanaman C4 yakni daun dari tanaman C4 berupa Anatomi Kranz. Anatomi
daun tersebut memiliki dua macam kloroplas (dimorfik) di dua tempat
yakni sel mesofil dan seludang pembuluh (bundle-sheath).

Gambar 1. Anatomi daun C4 (Kranz Anatomy).

Perbedaan kedua tempat tersebut membuat tumbuhan C4 terjadi dua
proses reaksi. Senyawa pertama yang melakukan fiksasi CO 2 adalah
oksaloasetat (molekul berkarbon 4) dengan bantuan enzim PEP
karboksilase yang dilakukan di dalam sel mesofil. Selanjutnya,
oksaloasetat dikonversi menjadi malat dan kemudian masuk ke dalam
seludang pembuluh. Malat dipecah dan menghasilkan piruvat dan CO 2.
Piruvat akan menuju ke sel mesofil lagi untuk dikonversi menjadi PEP
sedangkan CO2 akan di fiksasi oleh PGA dengan bantuan enzim rubisco.
Tumbuhan C4 jumlahnya sekitar 3% dari tumbuhan berpembuluh. Contoh
tanaman C4 adalah jagung, tebu, shorgum, dll.
Tumbuhan/Tanaman CAM adalah tumbuhan yang saat melakukan
fotosintesis menggunakan lintasan crassulacean acid metabolism (CAM)
untuk meminimalkan laju fotorespirasi. Pemberian nama tersebut
berdasarkan pertama kali ditemukannya lintasan reaksi tersebut pada
Famili Crassulaceae. Saat ini ada sekitar 20 famili tumbuhan CAM seperti
Cactaceae, Orchidaceae, Liliaceae, Bromeliaceae, dan Euphorbiaceae.

Baca juga :  Materi Metabolisme (Katabolisme) dan Cara Mudah Menghafalkannya

Metabolisme tumbuhan CAM yakni pembentukan asam malat dilakukan

pada malam hari sedangkan penguraiannya terjadi pada siang hari. Perilaku
tumbuhan ini adalah stomata membuka pada malam hari untuk menyerap
CO2 sedangkan siang hari stomata menutup. Contoh tumbuhan CAM adalah
Anggrek, Nanas, dan Kaktus.

Persamaan antara tumbuhan C4 dan CAM adalah keduanya memiliki jalur

metabolisme yang sama. Perbedaannya adalah tumbuhan C4 berbeda secara
struktural dalam hal lintasan metabolismenya, sedangkan tumbuhan CAM
berbeda dalam hal waktu. Dalam gambar berikut menjelaskan perbedaan ketiga
jenis tumbuhan tersebut.
Gambar 2. Perbedaan proses mekanisme fotosintesis pada tumbuhan C3, C4 dan CAM.
Untuk mempermudah pemahaman, berikut adalah perbedaan tumbuhan
C3, C4 dan CAM dalam bentuk tabel:
No Ciri Pembeda Tumbuhan C3 Tumbuhan C4 Tumbuhan CAM
1 Anatomi daun –    Sel fotosintesis –    Sel seludang Biasanya tidak ada
tidak memiliki pembuluh tertata sel-sel palisade dan
berkas yang jelas dengan baik dan kaya terdapat vakuola
–    Sel mesofil besar organel yang besar di dalam
dan tidak rapat –    Sel mesofil tidak mesofil
–    Sel-sel seludang terlalu besar dan lebih
ikatan pembuluh rapat
kecil dan banyak –    Ikatan pembuluh
lebih sedikit
2 Kloroplas (tempat Mesofil daun Mesofil daun dan Mesofil
fotosintesis) (monomorfik) seludang  (monomorfik)
(dimorfik)
3 Jenis Tanaman Angiospermae: –    Monokotil: tebu, Tumbuhan
durian, apel, jagung sukulen/xerofit
mangga –    Dikotil: famili contoh: kaktus, lidah
Amaranthaceae buaya
4 Penggolongan Disebut C3 karena Disebut C4 karena Mengikat CO2 pada
menghasilkan menghasilkan malam hari dan siang
senyawa pertama senyawa pertama hari stomata
 berupa berkarbon berupa berkarbon menutup
tiga empat
5 Kebutuhan energi 3:2 5:2 6,5:2
ATP : NADPH
6 Fiksasi CO2 CO2 langsung masuk Fiksasi CO2 melewati Fiksasi CO2 melewati
dalam sikulus calvin lintasan C4 yang lintasan C4 yang
saat siang hari terjadi di dua tempat terjadi di waktu yang
yang berbeda (mesofil berbeda (siang dan
dan seludang) malam)
7 Kebutuhan air per 450 – 950 g 250 – 350 g 18 – 55 g
penambahan berat
kering
8 Senyawa pertama Asam fosfogliserat Asam oksaloasetat Asam oksaloasetat
yang dihasilkan
9 Enzim pertama RuBP karboksilase PEP karboksilase –    PEP karboksilase
saat fiksasi CO2 (Rubisco) kemudian RuBp (malam)
karboksilase –    RuBP karboksilase
(siang)
10 Tempat reaksi Sel-sel mesofil daun –    Sintesis asam malat Sintesis asam malat
di sel mesofil daun dan pemecahan
–    Pemecahan asam asam malat terjadi di
malat di seludang sel mesofil daun
pembuluh
11 Waktu fiksasi CO2 Siang hari Sintesis asam malat –    Sintesis asam malat
dan pemecahan asam terjadi waktu malam
malat terjadi di siang hari
hari –    Pemecahan asam
malat terjadi di siang
hari
12 Mekanisme –    Siang hari: stomata –    Siang hari: stomata –    Siang hari: stomata
membuka/menutup membuka membuka menutup
stomata –    Malam hari: –    Malam hari: stomata –    Malam hari: stomata
stomata menutup menutup membuka
13 Fotorespirasi Ada Ada, tapi hanya di Ada, tetapi hanya
seludang pembuluh terjadi di sore
dan bahkan hampir menjelang malam
tidak melakukan hari
fotorespirasi
14 Hambatan Ya Tidak Ya
fotosintesis oleh O2
15 Kompensasi 30 – 70 ppm 0 – 10 ppm 0 – 5 ppm (dalam
terhadap CO2 gelap)
16 Laju fotosintesis Rendah Tinggi Rendah
17 Laju fotorespirasi Tinggi Rendah Rendah
18 Efisiensi terhadap Kurang efisien Efisien Efisien
H2O
19 Adaptasi terhadap Mudah beradaptasi Mudah adaptasi di Mudah adaptasi di
lingkungan ketika CO2 tinggi, daerah kering dan lingkungan yang
habitat lahan basah banyak sinar matahari sangat kering.
20 Adaptasi dalam Mati Mati Dapat tumbuh
keadaan walaupun lambat
kekeringan hebat
21 Temperatur 15 – 25°C 30 – 40°C ~35°C
optimum saat
fotosintesis
22 Efek temperatur Menghambat Memacu Memacu
(30-40°C) pada
penangkapan CO2
23 Produksi bahan 20 – 25 ton 35 – 40 ton Rendah dan sangat
kering per tahun beragam